조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점금액(3억원)을 이 건 토지의 취득가액에 포함되는 것으로 보아 쟁점토지의 양도차익을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2023-서-0876 선고일 2023.06.19

청구인이 제출한 쟁점금액의 입금증(계약금)은 전 소유자가 청구인에게 직접 작성하여 준 것이 아닌 것으로 보이고, 쟁점금액이 이 건 토지의 매각대금으로 지급하였다고 볼 만한 객관적이고 구체적인 입증자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어 이 건 토지의 취득가액으로 신고된 가액 중 쟁점금액을 제외하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하는 것이 타당하다 할 것 이므로 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단됨

--------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2011.8.25. OOO 등 7필지 토지 전체면적 4,238㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)을 AAA(이하 “전 소유자”라 한다)으로부터 취득하였고, 2020.11.26. 이 건 토지 중 OOO 토지 471㎡ 및 OOO 토지 3,700㎡(2필지 토지 4,171㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다)가 국토교통부장관에 수용됨에 따라 보상금을 수령한 후, 2021.1.29. 처분청에 쟁점토지의 양도가액 OOO원, 취득가액(실제거래가액) OOO원으로 하여 산출한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고‧납부하였다.
  • 나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고를 검토한 결과, 이 건 토지의 취득계약서가 제출되지 아니하여 청구인에게 이 건 토지의 취득계약서의 제출을 요청하였으나, 청구인이 취득계약서를 제출하지 아니하고 OOO원에 대한 대금이체 증빙과 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대한 지급확인서 및 통고서(이하 “쟁점통고서”라 한다)를 제출하였다.
  • 다. 처분청은 이 건 토지의 취득가액 신고금액 중 쟁점금액(OOO원)을 제외 하여, 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로 보아 2022.1.6. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.3.31. 이의신청을 거쳐 2022.12.30. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 이 건 토지의 취득가액 OOO원 중 쟁점금액(OOO원)을 계산오류로 부인하였으나, 다음과 같이 쟁점금액(OOO원)은 취득가액에 포함되어야 한다. (가) 청구인은 변경되기 전 당초 매수인 BBB이 운영하는 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)에게 이 건 토지의 계약금으로 쟁점금액(OOO원)을, 2011.6.17. OOO원, 2011.6.28. OOO원을 각 송금한 사실이 ‘AAA의 6월 은행기입장’ 및 ‘타행 송금의뢰 확인증’에서 확인된다. (나) 전 소유자가 BBB에게 교부한 영수증에서도 2011.6.20. 쟁점금액(OOO원)을 계약금으로 영수하였다는 사실이 확인된다.

(2) 따라서 이 건 토지의 취득가액에 쟁점금액을 포함하여 이 건 양도소득세를 감액 경정하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 AAA의 계좌로 입금한 쟁점금액(2011.6.17. OOO원, 2011.6.28. OOO원)이 이 건 토지의 계약금으로 취득가액에 포함된다고 주장하나, 다음과 같은 사유들에 비추어 쟁점금액을 취득가액으로 인정하기는 어렵다. (가) 이 건 토지의 매매계약서에서 명시된 바와 같이 본 거래는 이 건 토지와 회사(AAA과 그 자산)를 모두 양도하는 계약이고, BBB의 처 CCC가 해당 지분을 취득하여 대표자로 취임하고 공동사업으로 운영한 것으로 보아 거래대금 전체인 OOO원을 이 건 토지의 거래가액(전 소유자의 경우 양도가액)으로 볼 수 없다. (나) 전 소유자는 여러 차례에 걸쳐 매매계약을 변경 체결하였으나, 일관되게 이 건 토지와 회사를 함께 거래대상으로 명시한 매매계약서와 청구인이 OOO청장에게 제출한 부동산거래신고 소명서 등을 통해 이 건 토지와 회사의 매매대금이 OOO원이고, 계약금 OOO원은 BBB이 지급하고 나머지 OOO원은 청구인이 은행대출을 받아 지급한 사실이 확인된다. (다) 쟁점통고서에는 계약금 OOO원이 토지뿐만 아니라 회사를 포함한 거래라는 것으로 명시되어 있다. (라) 청구인이 쟁점법인의 계좌로 OOO원을 이체하였음은 확인되나, 이 자체만으로는 청구인이 토지에 대한 계약금 명목으로 BBB에게 OOO원을 지급한 것으로 인정하기 어렵다. (마) 청구인이 전 소유자의 이 건 토지와 관련한 양도소득세부과처분취소소송에서 법정에 출석하여 자신이 이 건 토지의 매매대금으로 OOO원, BBB이 쟁점법인의 매매대금으로 쟁점금액(OOO원)을 전 소유자에게 지불하였다고 증언하였다. BBB도 OOO세무서에 출석하여 청구인이 이 건 토지를 OOO원에 취득하고 CCC가 쟁점법인의 주식을 OOO원에 취득하였다고 진술하였고, 이러한 진술이 청구인과 BBB의 진술과도 일치하며, 이에 터잡아 대법원은 전 소유자의 양도가액은 이 건 토지 OOO원, 회사 OOO원으로 판단하였다(대법원 2017.2.23. 선고 2016두60805 판결).

(2) 따라서, 처분청이 이 건 토지의 취득가액을 OOO원으로 보아 청구인에게 쟁점토지 양도에 대하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점금액(OOO원)을 이 건 토지의 취득가액에 포함되는 것으로 보아 쟁점토지의 양도차익을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 일부 개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부 개정되기 전의 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 이 건 토지의 부동산 등기사항전부증명서에 의하면, 전 소유자는 이 건 토지를 1997.3.19. 및 1988.7.4. 각 취득하였고, 이후 청구인은 아래 <표1>과 같이 2011.8.25. 전 소유자로부터 각 취득하였으며, 2020.11.26. 국토교통부장관에게 보상금을 수령한 후 2020.12.18. 수용을 원인으로 소유권이전등기를 하였다. <표1> 이 건 토지의 등기사항전부증명서 내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구인은 이 건 토지의 양도에 대하여 2021.1.29. 아래 <표2>와 같이 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고‧납부하였고, 처분청은 이 건 토지의 취득가액을 OOO원으로 인정하여, 쟁점토지 양도에 대하여 2022.1.6. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다. <표2> 양도소득세 예정신고 및 경정내용 ㅇㅇㅇ (다) 청구인과 처분청 간 이 건 토지의 취득가액이 OOO원이라는 데 대하여 이견은 없고, 쟁점금액(OOO원)이 포함될 수 있는지 여부가 이견이 있다. (라) 쟁점법인의 사업 이력과 주식보유현황은 다음과 같다.

1. 전 소유자는 1995.8.17. 쟁점법인을 설립하여, 이 건 토지 중 OOO을 본점 소재지로 하여 건설폐기물 중간처리업 등을 사업 목적으로 하여 운영하였다.

2. 쟁점법인의 2011‧2012사업연도 주식등변동상황명세서 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점법인의 주식변동현황 ㅇㅇㅇ (마) 청구인은 전 소유자에게 이 건 토지의 매매대금으로 OOO원(계약금의 쟁점금액 및 잔금 OOO원)을 지급하였다고 주장하며, 토지취득대금 지급확인서, OOO원에 대한 대금이체 증빙, 쟁점통고서를 각 제출하였다.

1. 토지취득대금 지급 확인서 ㅇㅇㅇ

2. 쟁점통고서 ㅇㅇㅇ (바) 청구인은 쟁점금액이 이 건 토지의 계약금이고 변경 전 매수인 BBB이 전 소유자에게 지급한 토지 계약금 OOO원을 청구인이 BBB에게 송금하였다고 주장하며, 쟁점법인 은행기입장, 영수증(BBB 귀하), 타행 송금의뢰 확인증 2부를 각 제출하였다. (사) OOO서장은 2013.5.1. ~ 2013.5.20. 기간 동안 전 소유자의 이 건 토지 양도에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 이 건 토지의 계약서 내용이 불분명한 것으로 보아 금융거래 등을 확인하였는바, 아래 <표4>와 같이 이 건 토지 등의 양도가액인 OOO원에 이 건 토지 및 주식에 대한 것이 포함되어 있는 것으로 보아 이 건 토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 해당 양도소득세를 경정하였다. <표4> 전소유자에 대한 이 건 토지의 양도가액 ㅇㅇㅇ (아) 전 소유자는 위 (사)의 내용과 같이 그 처분에 불복하여 심판 청 구(조심 OOO, 2014.3.14. 기각)를 제기하였고, 2017.2.23. 최종적으로 대법원(2017.2.23. 선고 OOO 판결)에서 원고 패소로 확정되었다. (자) OOO서장의 전 소유자에 대한 조사종결보고서 및 법원의 소송과정 등에서는 다음과 같은 내용이 확인된다.

1. 전 소유자와 BBB, 청구인 간 이 건 토지 등 양도와 관련하여 작성된 계약서는 4개이고, 그 주요내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ

2. 전 소유자는 청구인, CCC(BBB의 처)와 사이에 쟁점법인의 주식양도에 관하여 작성된 계약서는 3장이고, 그 주요내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점법인의 주식양도 계약서 ㅇㅇㅇ

3. OOO청장이 2011.8.5. 발급한 토지거래계약허가증과 2011.8.25. 발급한 부동산거래계약신고필증에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다. ㅇㅇㅇ

4. 청구인은 OOO청장에게 위 3)의 부동산거래신고에 대한 소명서를 다음과 같이 작성하여 제출하였다. ㅇㅇㅇ

5. 쟁점법인의 2010사업연도 말 현재 구축물, 기계장치, 차량운반구, 비품, 중기에 대한 고정자산 관리대장에 의하면, 그 장부가액 합계가 OOO원에 해당한다.

6. 전 소유자에 대한 조사종결보고서에 의하면, 쟁점금액(OOO원)에 대한 금융증빙 및 이 건 토지의 가액을 다음과 같이 확인하였다. ㅇㅇㅇ

7. BBB은 2013.11.29. OOO세무서에 출석하여 이 건 토지 취득 및 쟁점금액과 관련하여 다음과 같이 진술을 하였다. ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 소득세법 제97조 제1항 에서는 “ 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다”고 규정하면서, 제1호 가목에 “취득가액(제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액)”을 규정하고 있다. (나) 청구인은 이 건 토지의 취득가액은 쟁점금액(OOO원)이 포함된 OOO원이므로 쟁점토지의 취득가액을 경정하여야 한다는 주장이다. (다) 살피건대, 종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합하는 것인바(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 등 참조), OOO서장은 전 소유자에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 이 건 토지의 거래가액을 쟁점금액이 제외된 OOO원으로 보아 해당 양도소득세를 경정하였고, 이후 제기된 동 양도소득세 부과처분의 불복에서 우리 원(조심 OOO, 2014.3.14.)과 대법원(2017.2.23. 선고 / 2016두60805/ 판결)은 이 건 토지 등의 전체 취득가액인 OOO원에는 이 건 토지와 사업장(AAA과 자산)의 매각대금이 포함되어 있었던 것으로 보았고, 이러한 사실을 감안하여 이 건 토지의 취득가액을 OOO원으로 판단하게 된 점, 청구인이 제출한 쟁점금액의 입금증(계약금)은 전 소유자가 청구인에게 직접 작성하여 준 것이 아닌 것으로 보이고, 쟁점금액이 이 건 토지의 매각대금으로 지급하였다고 볼 만한 객관적이고 구체적인 입증자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어 이 건 토지의 취득가액 으로 신고된 가액 중 쟁점금액을 제외하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하는 것이 타당하다 하겠다. (라) 따라서 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)