조세심판원 심판청구 양도소득세

세무조사권을 남용한 과세처분이라는 청구주장의 당부 등

사건번호 조심-2023-서-0870 선고일 2023.10.10

이 건에서 청구인에게 이루어진 단순한 해명안내 등은 세무조사의 범주로 보기 어렵고 이 건 처분은 그 이후 추가적인 세무조사를 동반하지 않은 채, 당초 검토내용에 대한 착오·오류 등을 원인으로 감사부서에서 한 처분지시에 따른 것인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

주 문

OOO세무서장이 2022.10.7. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은, 2020.6.1. 다음날부터 그 부과처분일까지의 납부불성실가산세를 차감하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 개인사업자로 임대업을 영위하다가 2017.1.9. 법인(이하 “전환법인”이라 한다)으로 전환하면서, 사업용부동산(OOO 소재 토지 및 건물로, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)은 전환법인으로 소유권이전등기된 날(2019년 8월)에 양도(현물출자)되었음을 전제로, 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고(이하 “쟁점신고”라 한다)함과 동시에 그에 대한 이월과세(이하 “쟁점이월과세”라 한다)를 신청하여 이를 적용받아 왔다.
  • 나. 처분청은 쟁점부동산이 전환법인의 설립일(2017.1.9.)에 양도되었음을 전제로, 그때를 귀속시기로 보아 청구인이 그에 대한 양도소득세를 신고하지 않았다는 이유 등에서 쟁점이월과세의 효력을 부인하여, 2022.10.7. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 결정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.12.27. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 우선 이 건 처분에 앞서, 전환법인의 관할인 OOO세무서장과 청구인의 전주소지 관할 OOO세무서장은 쟁점이월과세에 대한 해명을 요구하였고, 당시 청구인이 관련 자료를 성실하게 제시하여 아무런 문제를 삼지 않았음(2019년 귀속 양도로 인정)에도, 이제 와서 처분청이 이를 재차 문제 삼은 것은 「국세기본법」상 중복조사금지의 원칙을 위반한 것으로, 이 건 처분은 그 자체로 위법하다.

(2) 전환법인은 형식상 2017년에 설립되었지만, 쟁점부동산의 소유권이전등기(청구인→전환법인)에 필요한 취득세 문제로, 그 등기가 지연되는 사정(취득세 감면이 동반되지 않으면 굳이 현물출자 및 법인전환을 할 이유가 없어, 취득세와 이전등기가 해결된 다음에야 비로소 이월과세를 신청할 수밖에 없다)이 있었는바, 쟁점이월과세의 효력은 그대로 인정되어야 한다. 설령 쟁점이월과세의 효력이 부인될 수밖에 없다면, 최소한 가산세만이라도 면제되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) OOO세무서장 및 OOO세무서장의 해명자료 제출안내 등은 단순한 자료요청에 불과하므로, 질문조사권이 동반된 세무조사의 범주로 볼 수 없는바, 이 건 처분은 중복조사와 무관하다.

(2) 부동산의 양도시기는 대금청산일로, 부동산을 현물출자하고 그 대가로 주식을 인수하여 법인을 설립하였다면, 소유권이전등기 여부와 관계없이 해당 부동산은 이미 양도된 것이므로, 청구인은 쟁점부동산이 2017년 양도되었음을 전제로 이월과세를 신청하였어야 했다. 또한, 양도소득세의 납세의무는 취득세와는 별도로 성립ㆍ확정되므로, 취득세 감면 등과 같은 사정을 이유로 소득세법령이 정한 양도시기 자체가 변경될 수도 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 세무조사권을 남용한 과세처분이라는 청구주장의 당부

② 양도소득세의 신고가 없었던 것으로 보아 쟁점이월과세를 부인하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부

③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 조세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. 이월과세(移越課稅) 란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등” 이라 한다)을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는소득세법제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(4) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. (단서 생략) 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. (후문 생략)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 자료를 정리하면 다음과 같다. (가) 청구인은 아래 <흐름표>와 같이 개인임대업에 사용하던 쟁점부동산을 현물출자하고 주식을 인수하는 방법으로 전환법인을 설립하였는데, 현물출자에 따른 양도시기는 전환법인의 설립일이 아닌 쟁점부동산의 소유권이전등기일로 보아, 쟁점신고(양도소득세) 및 쟁점이월과세 신청을 하였다. OOO (나) OOO세무서장(전환법인 관할)은 전환법인이 설립되었음에도 사업용 고정자산의 취득내역이 확인되지 않자, 2020.2.14. 전환법인에게 해명안내문을 발송하였고, 청구인은 관련자료 등을 2020.6.1. 우편으로 제출하여 당시에는 별다른 처분은 없었고, 이후 OOO세무서장(청구인의 전주소지 관할)도 청구인이 제출한 자료 등에 따라 쟁점부동산이 2019년에 양도된 것으로 보아, 쟁점이월과세를 승인하였다. (다) 국세청 감사담당관실은 이월과세 실태를 점검하던 중, 쟁점부동산이 2017년(전환법인 설립)에 양도되었음에도, 청구인이 그와 달리 2019년(소유권이전등기)에 양도되었음을 전제로, 잘못 신청한 쟁점이월과세의 적용을 받고 있음을 확인한 후, 처분청에 이 건에 대한 처분지시를 하였다.

(2) 청구인의 항변 및 제시자료는 다음과 같다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 처분에 앞서 OOO세무서장 및 OOO세무서장의 해명안내 등이 세무조사에 해당함을 전제로 중복조사가 있었다고 주장하나, 이 건에서 청구인에게 이루어진 단순한 해명안내 등은 「국세기본법」 제2조 제21호 가 정한 “세무조사”의 범주로 보기 어렵고, 또한 이 건 처분은 그 이후 추가적인 세무조사를 동반하지 않은 채, 당초 검토내용에 대한 착오․오류 등을 원인으로 감사부서에서 한 처분지시에 따른 것인 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 이 사건 현물출자에 대하여, 그 양도시기를 소유권이전등기접수일로 전제한 쟁점신고 및 쟁점이월과세가 그대로 인정되어야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제88조 제1호 에서 “법인에 대한 현물출자를 통하여 자산을 유상으로 사실상 이전”하는 것도 양도의 정의에 포함하고 있는 이상, 그 양도시기는 같은 법 제98조에 따라 원칙적으로 대금을 청산한 날이 되어야 하는데, 청구인은 쟁점부동산의 현물출자를 통해 전환법인을 설립하면서 그 대가인 주식을 인수하여 대금을 청산한 이상, 이때를 양도시기로 봄이 타당한 점, 또한 전환법인이 설립된 이후에는 쟁점부동산이 소유권이전등기가 경료되었는지 여부와 관계없이 청구인(개인)이 아닌 전환법인의 소유임을 전제로 임대사업에 사용된 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 처분청이 2017년(전환법인 설립)에 쟁점부동산이 양도(현물출자)된 것으로 보아, 쟁점이월과세(2019년에 양도되었음을 전제)를 부인하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 전환법인에 현물출자한 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 및 이월과세 신청을 적법하게 이행하지 못한 이상, 청구인에게 가산세를 가산하여 양도소득세를 부과하는 것은 불가피하다는 의견이나, 청구인은 개인으로 영위하던 임대업을 법인으로 전환하여 계속 영위할 의도였을 뿐, 달리 양도소득세 등의 조세회피를 의도하여 양도시기 등을 조절한 것으로 보기 어렵고, 당초신고 등에 문제가 있다는 과세관청의 해명요구에도 성실하게 소명자료를 제출하는 등 납세의무자로서 납세협력의무를 적법하게 이행하기 위해 나름대로의 노력을 기울였던 것으로 보이는 점, 반면, OOO세무서장과 OOO세무서장은 청구인의 소명을 받고도 별다른 조치를 취하지 않았는바(이후 감사부서의 처분지시에 따라 처분청은 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하였다), 이 사건 부과처분이 지연됨에 따라 가산세가 증가하게 된 책임을 전적으로 청구인에게만 묻기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구인에게 부과된 가산세 중 일부(청구인이 해명자료를 OOO세무서장에게 제출한 2020.6.1. 다음 날부터의 납부불성실가산세)는 감면할 정당한 사유가 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)