상법제235조에서 합병후 존속한 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다고 규정하고 있고, 국세기본법제23조에서도 합병 후 존속하는 법인이 합병으로 소멸된 법인의 납세의무를 승계하는 것으로 규정하고 있는바, 특별한 사정이 없는 한 소멸된 법인의 의무를 승계하는 것에 대응하여 그에 대한 권리도 합병법인이 승계한다고 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이와 다른 전제에서 청구법인에게 쟁점사업연도에 대한 경정청구권이 없다고 본 것은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2022.9.30. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 피합병법인을 흡수합병한 법인으로 피합병법인의 경정청구권을 승계한 것이므로 청구법인을 이 건 경정청구의 당사자로 볼 수 있다. (가) 상법제235조에서 ‘합병 후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다’고 규정하고 있고, 국세기본법제23조에서 ‘법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비를 납부할 의무를 진다’고 규정하고 있으므로, 경정청구의 당사자는 납세의무의 승계를 통해 과세표준신고서를 제출한 자의 지위를 승계한 자도 포함된다고 보아야 한다. (나) 또한, 행정심판법제13조 제1항에서 ‘취소심판은 처분의 취소 또는 변경을 구할 법률상 이익이 있는 사람이 청구할 수 있다’고 규정하고 있는바, 행정처분의 직접 당사자가 아닌 제3자라 하더라도 그 행정처분으로 인하여 법률상 보호되는 이익을 침해당한 경우에는 그 처분을 취소해 달라는 행정심판을 청구하여 그 판단을 받을 자격이 있다 할 것이다. (다) 한편, 조세심판원은 청구법인과 유사한 사례(처분청이 세액공제 발생 당시 피합병법인의 납세지를 관할하던 세무서에 경정청구를 하여야 한다고 본 사례)에 대하여 ‘피합병법인을 흡수합병한 청구법인이 소멸한 피합병법인의 권리‧의무를 모두 승계한 점’을 들어 피합병법인의 법인세 신고내용에 대한 합병법인의 경정청구권을 인정한 바 있다(조심 2013전3837, 2014.5.20.).
(2) 피합병법인은 쟁점사업연도에 대한 법인세를 기한후에 신고하지 않았을 뿐만 아니라, 기한후신고라 하더라도 개정된 국세기본법제45조의2 제1항에 따라 경정청구가 허용된다고 보아야 한다. (가) 처분청은 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고서 제출일자가 전산상 ‘2017.3.8.’로 입력되어 있다는 이유만으로 기한후신고를 했다는 의견이나, 피합병법인은 정확히 신고기한인 2017.2.28.에 쟁점사업연도에 대한 법인세를 신고‧납부하였다(국세청 전산상 2017.2.28. 납부된 것으로 확인됨). (나) 설령, 그 신고가 기한후신고라 하더라도 2019.12.31. 국세기본법제45조의2 제1항의 개정으로 기한후신고자도 경정청구를 허용한 바 있으므로 법정신고기한으로부터 5년간 경정청구가 허용되어야 할 것이다. (다) 또한, 처분청은 국세기본법제45조의2 제1항 단서 규정을 들어 기한후신고에 대한 결정일로부터 90일 이내에 경정청구를 했어야 한다는 의견이나, 피합병법인은 그 신고에 대한 어떠한 통지도 받은 바 없을 뿐만 아니라, 그 단서 규정은 과세관청의 조사경정 또는 결정을 의미하는 것이지 기한후 신고에 대한 내용은 아니라 할 것이다.
(3) 쟁점금액은 결산조정을 통해 직전사업연도의 수익에 포함된 금액으로서 시스템 오류로 쟁점사업연도에 중복하여 포함된 이상 이를 과세표준에서 차감하는 것이 타당하다. (가) 쟁점금액은 피합병법인의 제20기 기중 회계처리에는 반영되지 못하여 감사인(OOO회계법인)의 회계감사 과정에서 발견되어 기말 수정분개를 통해 피합병법인의 손익계산서에 반영되었으며, 그 금액을 토대로 제20기에 대한 법인세를 신고하였다. (나) 그런데, 회계시스템상 오류로 쟁점사업연도 기중 회계처리시 쟁점금액을 다시 한번 수익에 포함시켜 중복계상하였으므로, 이를 과세표준에서 차감하는 것이 타당하다. (다) 한편, 처분청은 쟁점사업연도에 대한 감사인(OOO회계법인)의 공식적인 확인서 등을 제출할 것을 요구하고 있으나, 재무제표의 작성 책임은 원칙적으로 회사에 있는 것이고 회계법인 명의로 작성된 확인서를 제출하는 것이 감사인으로서는 불가능함에도 불구하고 그 자료를 제출하지 않는다는 이유로 경정청구를 거부하는 것은 납득하기 어렵다. (라) 청구법인은 중복계상의 입증자료로서 감사인(OOO회계법인) 소속 회계사의 확인 이메일과 회계감사 과정에서 감사인으로부터 수령한 정산표 및 위 정산표가 첨부된 이메일, 그리고 쟁점금액이 반영된 쟁점사업연도의 계정원장 등을 제출하였다.
(1) 청구법인이 합병 전에 발생한 피합병법인의 법인세 경정사항을 청구하기 위해서는 법인세법제11조 제1항 또는 제2항에 따른 납세지 변경신고를 했어야 하나 청구법인이 이를 이행하지 아니하였으므로 청구법인을 이 건 경정청구의 당사자로 보기 어렵다.
(2) 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고기한은 2017.2.28.이나 국세청 전산망에 수록된 피합병법인의 법인세 신고서 제출일자는 2017.3.8.로 나타나므로 이를 기한후 신고로 보아야 하고, 그 신고에 대하여 2017.11.7. 결정된 것으로 전산상 나타나며, 더욱이 청구법인에 대한 법인세 통합조사시 합병에 대한 조사를 실시하고 2018.3.26. 결정한 바도 있으므로, 그로부터 90일 이내에 경정청구를 했어야 함에도 청구법인은 이를 도과하였다.
(3) 청구법인은 쟁점금액이 직전사업연도의 수정분개 내역이라고 주장하나, 청구법인은 공인회계사의 내부 수정분개 내역(엑셀자료) 등만 제출하였을 뿐, 결산서나 법인세 과세표준신고서 및 소득금액조정내역 등 이에 대한 객관적인 서류가 제출된 바 없어 중복계상 여부를 확인할 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.
① 피합병법인을 흡수합병한 청구법인이 이 건 경정청구의 당사자 적격이 있는지 여부
② 피합병법인이 법인세 기한후신고한 것으로 보아 이 건 경정청구의 기한이 도과된 것으로 볼 수 있는지 여부
③ 직전사업연도(20기)에 이미 계상된 쟁점금액이 쟁점 사업연도(21기)에도 중복 계상되었으므로 이를 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청이 2022.9.30. 청구법인의 경정청구를 거부하면서 통지한 내용에 의하면 아래와 같은 거부사유가 확인된다. [경정청구 거부통지서상 거부사유] OOO (나) 피합병법인은 원래 ‘9월말 법인’이었으나, 사업연도 변경신청으로 ‘4월말 법인’으로 변경되면서 직전사업연도의 기간이 ‘2015.10.1.～2016.4.30.’로 변경되었고, 청구법인과의 합병(합병등기일: 2016.11.28.)에 따라 쟁점사업연도의 기간이 ‘2016.5.1.～2016.11.28.’로 의제되었으며, 이에 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고기한은 ‘2017.2.28.’로 보인다. (다) 피합병법인이 쟁점사업연도에 대한 법인세를 기한후신고 했다는 것에 대해서는 구체적인 자료가 제시되지 아니하였다. (라) 청구법인과 피합병법인간 합병이 적격흡수합병에 해당한다는 것과 쟁점금액이 직전사업연도에 귀속되어야 할 수익(비용 차감)이라는 것에 대해서는 다툼이 없다. (마) 청구법인은 쟁점금액이 직전사업연도와 쟁점사업연도에 중복하여 계상되면서 이중과세가 되었다는 취지로 아래와 같은 입증자료를 제출하였으나, 처분청은 그 자료들을 객관적인 자료로 볼 수 없다는 의견이다. [직전사업연도 결산조정 사항] OOO [직전사업연도 정산표] OOO [직전사업연도 법인세 신고서] OOO [쟁점사업연도 기중 회계처리 내역] OOO [쟁점사업연도 정산표] OOO [쟁점사업연도 법인세 신고서] OOO (바) 청구법인은 2022.7.7. 직전사업연도 및 쟁점사업연도의 감사인(OOO회계법인)에게 쟁점금액의 중복계상 여부를 확인하는 내용의 ‘재무제표에 대한 경영진의 진술서(2022.7.6. 작성분)’를 이메일로 송부하였고, 이에 감사인(OOO회계법인)은 같은 날 ‘피합병법인의 2016.11.28.자 재무제표 변동사항을 반영한 경영자확인서 내용을 확인하였다’는 내용으로 회신하였다. (사) 피합병법인의 쟁점사업연도 법인세 신고 부속서류인 자산조정계정명세서에 의하면, 2016.11.28. 현재 세무상 미수금 잔액은 OOO원으로 나타나는 반면, 청구법인의 2016사업연도 법인세 신고 부속서류인 자산조정계정명세서에는 피합병법인으로부터 승계한 세무상 미수금 잔액이 OOO원으로 기재되어 있어 쟁점금액만큼 차이가 나는 것으로 나타난다. (아) 쟁점사업연도에 대한 청구법인의 경정청구 상세내역은 아래 <표>와 같다. <표> 쟁점사업연도에 대한 청구법인의 경정청구 내역 OOO (자) 2019.12.31. 국세기본법제45조의2 제1항 개정으로 기한후 신고자도 경정청구를 할 수 있도록 개정되었으며, 그 부칙규정상 이전에 기한후 신고하였다 하더라도 2020.1.1. 이후 경정청구 분부터 그 개정내용이 적용되도록 규정하고 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 보건대, 처분청은 피합병법인을 흡수합병한 청구법인에게 이 건 경정청구의 당사자 적격이 없다는 의견이나, 상법제235조에서 합병후 존속한 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다고 규정하고 있고, 국세기본법제23조에서도 합병 후 존속하는 법인이 합병으로 소멸된 법인의 납세의무를 승계하는 것으로 규정하고 있는바, 특별한 사정이 없는 한 소멸된 법인의 의무를 승계하는 것에 대응하여 그에 대한 권리도 존속법인이 승계한다고 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이와 다른 전제에서 청구법인에게 쟁점사업연도에 대한 경정청구권이 없다고 본 것은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 보건대, 처분청은 피합병법인이 쟁점사업연도에 대한 법인세를 기한후 신고하는 등의 사유로 그 경정청구기한(90일)이 이미 지났다는 의견이나, 피합병법인이 쟁점사업연도에 대한 법인세를 기한후 신고했다고 볼 만한 구체적인 자료가 제시되지 않았고, 설령 기한후 신고를 했다고 하더라도 2019.12.31. 개정된 국세기본법제45조의2 제1항에 따라 기한후 신고자에게도 법정신고기한(이 건의 경우 2017.2.28.)부터 5년간 일반적인 경정청구가 허용되는 것이므로, 처분청이 이와 다른 전제에서 이 건 경정청구가 경정청구기한(90일)을 이미 경과한 부적법한 경정청구라고 본 것은 잘못이 있다고 판단된다. (다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 보건대, 처분청은 청구법인이 제시한 자료만으로는 쟁점금액의 중복 계상 여부를 확인할 수 없다는 의견이나, 청구법인이 제시한 자료들에 의하면, 직전사업연도에 대한 결산조정으로 쟁점금액만큼 직전사업연도의 당기순이익이 증가하여 직전사업연도에 대한 법인세 신고시 당기순이익 OOO원이 반영된 사실이 확인되는 점, 피합병법인은 쟁점사업연도의 기중 회계처리시 이미 직전사업연도 결산조정시 반영했던 쟁점금액을 다시 한번 계상하였고, 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고시 그 금액을 포함하여 당기순이익 OOO원이 반영된 사실이 확인되는 점, 피합병법인의 쟁점사업연도 법인세 신고 부속서류인 자산조정계정명세서(갑)상 2016.11.28. 현재 세무상 미수금 잔액은 OOO원으로 나타나는 반면, 청구법인의 2016사업연도 법인세 신고 부속서류인 자산조정계정명세서(갑)상 피합병법인으로부터 승계한 세무상 미수금 잔액은 OOO원으로 나타나, 정확히 쟁점금액만큼 차이가 발생하고 있는 점, 직전사업연도 및 쟁점사업연도에 대한 감사인(OOO회계법인)의 이메일 자료 등이 쟁점금액이 중복으로 계상되었다는 청구주장을 뒷받침해주고 있는 점 등에 비추어, 청구주장과 같이 직전사업연도의 법인세 과세표준을 구성한 쟁점금액이 쟁점사업연도에도 중복 계상되어 있는 것으로 보이므로, 처분청이 이와 다른 전제에서 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률
(1) 국세기본법 제23조(법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계) 법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비를 납부할 의무를 진다. 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.
② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.
③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.
④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 법인세법 제11조(납세지의 변경) ① 법인은 납세지가 변경된 경우에는 그 변경된 날부터 15일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 변경 후의 납세지 관할 세무서장에게 이를 신고하여야 한다. 이 경우 납세지가 변경된 법인이 부가가치세법 제8조 에 따라 그 변경된 사실을 신고한 경우에는 납세지 변경신고를 한 것으로 본다.
② 제1항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 종전의 납세지를 그 법인의 납세지로 한다. 제18조(평가이익 등의 익금불산입) 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.
2. 각 사업연도의 소득으로 이미 과세된 소득(이 법과 다른 법률에 따라 비과세되거나 면제되는 소득을 포함한다)
(3) 상법 제235조(합병의 효과) 합병후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.