이 건 처분은 쟁점특례 규정에 따라 과세이연세액과 함께 납부하였어야 할 이자상당가산액을 청구인이 납부하지 아니하였으므로 이를 고지한 것에 불과한 점, 이 건 이자상당가산액은 당초 종전토지의 양도소득세 신고시 청구인이 납부하였어야 할 양도소득세액을 지연납부함에 따른 이자상당액으로서 이를 부담하지 아니하게 할 경우 법정기일 내 양도소득세를 납부한 납세자와 형평이 맞지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
이 건 처분은 쟁점특례 규정에 따라 과세이연세액과 함께 납부하였어야 할 이자상당가산액을 청구인이 납부하지 아니하였으므로 이를 고지한 것에 불과한 점, 이 건 이자상당가산액은 당초 종전토지의 양도소득세 신고시 청구인이 납부하였어야 할 양도소득세액을 지연납부함에 따른 이자상당액으로서 이를 부담하지 아니하게 할 경우 법정기일 내 양도소득세를 납부한 납세자와 형평이 맞지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 종전토지의 수용사실 확인서 및 용지매매계약서를 보면, 대토보상계약일 및 보상채권 만기 보유 특약 체결일이 2012.7.25.로 확인되고, 토지대금 납부확인서를 보면, 종전토지에 대한 5회 토지대금 납부일이 2014.8.28., 쟁점대토의 등기사항전부증명서상 청구인의 소유권 등기의 등기원인일도 2014.8.28.로 되어 있으며, 청구인은 쟁점대토에 대한 소유권 이전등기일(2017.12.12.) 이전에 쟁점대토상 건축인허가 및 착공용으로 한국토지주택공사 OOO지역본부장에게 쟁점대토의 토지사용승낙 신청(2016.2.17.)을 하여 쟁점대토 위에 이 건 상가를 신축한 후 상당 부분을 분양하는 등 사실상 쟁점대토에 대한 재산권을 행사하였던바, 쟁점양도분은 대토보상계약일인 2012.7.25.을 기준으로 3년 경과여부를 보아야 하고, 백보 양보하여 등기부상 등기원인일인 2014.8.28.을 기준으로 보더라도 3년을 경과하여 양도한 것이며, 최근 대토보상의 활성화를 위해 도입된 대토보상리츠의 경우 대토보상권의 우회적 현금화 내지 컨설팅회사나 민간 부동산 개발업자의 토지확보수단으로의 악용방지를 위하여 보상계약을 체결한 날부터 3년 간 주식 처분을 제한한 점을 보더라도 청구인은 쟁점대토의 보상계약 체결일이 2012.7.25.이어서 이날부터 계산하면 쟁점양도분을 3년 이상 보유하였음이 확인되므로 이를 3년 이내 양도한 것으로 보아 이자상당가산액을 과세한 이 건 처분은 취소되어야 한다. 또한, 한국토지주택공사에서 진행한 대규모 공익토지조성사업이 청구인과 관계없는 사정으로 장기간 진행되어 청구인은 대토보상계약일(2012.7.25.)로부터 5년 이상 지난 2017.12.12.이 되어서야 쟁점대토의 소유권 이전등기를 할 수 있었음에도 쟁점대토에 대한 소유권 이전등기가 지체된 책임을 전적으로 청구인에게 돌려 과세이연세액에 이자상당가산액까지 부과한 이 건 처분은 무리한 과세처분이라 할 것이다.
(2) 대토보상은 보상금 지급수단의 한 방법으로 대토보상 신청금액에 해당하는 가액의 해당 사업지구의 조성토지로 보상하는 제도로, 사업에 따른 개발이익을 원주민과 공유하는 한편, 사업시행자와 정부는 보상자금을 효율적으로 관리하기 위한 것이 본 제도의 취지라 할 것이고, 쟁점특례에서 대토취득 후 3년 이내 양도시 과세이연받은 세액을 추징하는 것은 3년 이내에 매매차익이 발생하는 양도를 하지 말라는 것이지, 청구인과 같이 비싼 이자와 건축자재비를 지급하며 상가를 신축한 후 어렵게 분양한 상가를 3년 이내에 양도하였다고 하여 10년간의 이자상당가산액까지 부담하게 하는 것은 쟁점특례의 취지와 전혀 부합하지 아니한다. 쟁점특례는 원래 공공사업용지로 농지를 강제 매수당한 거주자가 농지를 대토로 보상받은 경우 대토에서 최소 3년간은 농사를 더 지으라는 취지이지, 최초로 상업용지를 대토로 보상받은 청구인의 경우에 까지 이를 적용할 수 없음에도 억지로 적용한 것은 쟁점특례의 본래 취지와 맞지 않을 뿐만 아니라 현실을 반영하지 못한 법의 적용에 불과하므로 이 건 처분은 부당하다.
(3) 청구인은 2016.2.17. 한국토지주택공사에 쟁점대토에 대한 토지사용승낙 신청을 하여 이 건 상가를 신축한 후, 어렵게 일부 상가를 분양하게 되었는데, 이 건 상가의 수분양자들이 2012.12.22. 전에 잔금청산을 완료하였음에도 쟁점특례를 들어 등기취득일로부터 3년이 지난 후에 등기이전을 해 주어야 한다는 모순이 발생한다는 점에서 쟁점대토의 소유권 이전등기일로부터 3년 이내의 양도를 제한하는 쟁점특례는 민법상 자유계약의 원칙에 위배될 뿐만 아니라 법률체계에도 큰 혼란을 야기하는 결과를 초래한다고 할 것이다.
(1) 청구인은 2012.7.30. 종전토지가 수용됨에 따라 종전토지의 양도에 대한 양도소득세 신고시 조세특례제한법제77조의2에 따라 처분청에 과세이연 신청서를 제출하여 과세이연을 받았고, 종전토지 수용에 대한 보상으로 받은 쟁점대토에 대해 2017.12.12.에 소유권 이전등기를 완료한 사실이 확인된다. 조세특례제한법 시행령제73조 제4항 제2호에서는 대토보상을 받아 같은 법 제77조의2에 따라 양도소득세 과세이연을 적용받은 거주자는 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 해당 대토를 양도하는 경우에는 과세이연금액에 상당하는 세액과 이자상당가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다고 하고 있고, 이에 대한 예외를 별도로 규정하고 있지 아니한바, 청구인이 주장하는 대토보상계약일, 등기사항전부증명서상 등기원인일 또는 토지사용승낙 신청일부터 기산하여 3년 경과여부를 판단할 수는 없는 것이므로 쟁점대토의 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 양도한 쟁점양도분에 대한 과세이연세액의 이자상당가산액을 과세한 처분은 정당하다.
(2) 청구인은 쟁점양도분에 대해 3년 이내 양도한 것으로 스스로 인정하여 2017년 10월, 2018년 12월 경 그에 대한 과세이연세액을 신고ㆍ납부한 사실이 있으므로 그 과세이연세액에 대한 이자상당가산액을 경정ㆍ고지한 처분은 정당하다.
쟁점대토를 소유권이전등기후 3년 이내 양도한 것으로 보아 이자상당가산액을 부과한 처분의 당부
(1) 조세특례제한법(2012.10.2. 법률 제11486호로 일부개정되기 전의 것) 제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2015년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 “대토보상”이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.
② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다.
③ 제1항에 따라 양도소득세를 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다.
1. 대토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우
2. 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우
④ 제1항에 따른 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.
⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2012.10.15. 대통령령 제24141호로 일부개정되기 전의 것) 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ⑨ 법 제66조 제6항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 법 제66조 제5항에 따라 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
1. 감면을 받은 과세연도의 종료일 다음 날부터 법 제66조 제5항에 해당하는 사유가 발생한 과세연도의 종료일까지의 기간
2. 1일 1만분의 3 제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 법 제77조의2 제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서 “대토”라 한다)로 보상받은 경우에는 해당 토지등을 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 산식에 따라 계산한 금액(이하 “과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 소득세법 제95조 제2항 에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도 시까지로 본다.
② 법 제77조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 법 제77조의2 제1항에 따라 대토보상을 받은 자(이하 “대토보상자”라 한다)에 대한 보상명세를 다음 달 말일까지 대토보상자의 납세지 관할 세무서장에게 통보하는 것을 말한다.
③ 사업시행자는 대토보상자에게 대토보상을 현금보상으로 전환한 때에는 그 전환내역을 다음 달 말일까지 제2항의 세무서장에게 통보하여야 한다.
④ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세 과세이연을 적용받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 과세이연금액에 상당하는 세액과 이자상당가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 이자상당가산액에 관하여는 제63조 제9항을 준용한다.
1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 제3항 에 따른 전매금지를 위반함에 따라 대토보상이 현금보상으로 전환된 경우
2. 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 해당 대토를 양도하는 경우. 다만, 대토를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑤ 법 제77조의2 제1항에 따라 양도소득세 과세이연을 적용받은 거주자(제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 과세이연금액에 상당하는 세액(과세이연금액에 소득세법 제104조 에 따른 세율을 곱하여 계산한 세액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다.
1. 해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니한 경우
2. 제4항 제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우
3. 해당 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어지는 경우
⑥ 법 제77조의2 제4항에 따라 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세이연신청서에 대토보상 신청서 및 대토보상 계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑦ 사업시행자는 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 때에는 제6항의 세무서장에게 그 등기부등본을 제출하여야 한다.
(1) 토지 등 수용사실 확인서(한국토지주택공사 발행) 및 대토보상 신청서(신청인: 청구인)에 의하면, 한국토지주택공사는 근거법령 “보금자리주택건설등에관한특별법”, 사업명 “OOO”, 사업인정고시일 2009.12.3., 고시번호 “국토해양부 고시 제OOO”로 하여 청구인이 소유하였던 종전토지를 총 보상액 OOO원에 수용하였고, 보상으로는 청구인이 2011.8.23. 한 대토보상 신청에 의하여 채권보상액 OOO원을 제외한 OOO원에 대해 대토보상하였으며, 대토보상 계약일은 2012.7.25.로 되어 있다. 종전토지 수용과 관련하여 청구인(매도인)과 한국토지주택공사(매수인)는 2012.7.25. 종전토지의 매매에 대한 용지매매계약을 체결하였고, 해당 용지매매계약서상 대토보상에 대해 해당 사업지구의 택지공급승인 후 한국토지주택공사가 청구인에게 통지하여 청구인과 한국토지주택공사가 용지공급계약을 체결하여 지급한다고 정하고 있다. 한국토지주택공사 OOO지역본부장이 청구인에게 발행한 서류에 따르면 종전토지의 대금납부내역이 다음과 같이 기재되어 있다. ㅇㅇㅇ
(2) 청구인의 양도소득세 신고서 및 과세이연신청서에 의하면, 청구인은 2012년 9월경 종전토지 양도에 대해 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도소득금액 OOO원, 양도소득세 산출세액 OOO원으로 산정하여 처분청에 신고하면서, 그 중 양도소득세 OOO원에 대해 과세이연을 신청한 사실이 확인된다.
(3) 쟁점대토의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 쟁점대토에 대해 전 소유자인 한국토지주택공사로부터 등기원인을 “2014.8.28. 대토보상”, 등기접수일을 “2017.12.12.”로 하여 소유권 이전등기를 하였다. 청구인이 한국토지주택공사에 제출한 토지사용승탁 신청 및 이행각서를 보면, 청구인은 2016.2.17. 쟁점대토(면적 1,094㎡, 공급용도 일반상업용지)에 대해 목적용도를 “건축인허가 및 착공용”으로 하여 토지사용승낙서 발급을 신청하였고, 이 건 상가의 집합건축물대장에 의하면, 이 건 상가는 허가일자를 2016.4.15., 착공일자를 2016.6.8., 사용승인일자를 2017.6.13.로 하여 건물연면적 7,123.13㎡, 지하2층 지상 7층에 근린생활시설/업무시설 및 운동시설로 건축된 사실이 나타난다.
(4) 쟁점대토의 등기사항전부증명서에 의하면, 이 건 상가가 분양됨에 따라 쟁점대토 중 일부가 다음 <표>와 같이 수분양자에게 양도된 것으로 나타난다. <표> ㅇㅇㅇ 청구인과 처분청이 제출한 양도소득세 신고서 등 증빙자료에 의하면, 청구인은 2017년 10월경 2017년 7월〜9월의 쟁점대토 양도분 656.97㎡에 대해 양도소득세 과세이연세액 OOO원을, 2018년 12월 경에는 쟁점대토 중 이 건 상가 503호의 전유부분 17.59㎡를 수분양자 AAA에게 2018.9.14.에 양도한 것으로 하여 그에 대한 양도소득세 과세이연세액 OOO원을 각 신고하였고, 수분양자 OOO에 양도한 이 건 상가 OOO의 전유부분 35.88㎡에 대해서는 과세이연금액을 취득가액에서 차감하는 것으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 대토보상계약일 또는 등기원인일로 기산하면 쟁점양도분을 3년 이상 보유하였고, 이 건 처분은 쟁점대토의 소유권 이전등기가 지체된 책임을 청구인에게만 전가하고 있으며, 청구인이 쟁점양도분에 대한 과세이연세액을 이미 납부하였음에도 그 이자상당액까지 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제73조 제4항 제2호 에서 토지수용의 대가로 대토를 보상받고 양도소득세를 과세이연받은 납세자가 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 해당 대토를 양도하는 경우 과세이연세액과 이자상당가산액을 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, 법문상 “소유권 이전등기를 완료한 날”을 대토보상계약일 또는 등기원인일 등으로 달리 해석하기는 어려운 점, 청구인도 쟁점양도분에 대해 소유권 이전등기를 완료한 날부터 3년 이내 양도한 것으로 인정하여 2017년 10월과 2018년 12월 경 그에 대한 과세이연세액을 스스로 신고․납부한 사실이 있고, 이 건 처분은 쟁점특례 규정에 따라 당초 과세이연세액과 함께 납부하였어야 할 이자상당가산액을 청구인이 납부하지 아니하였으므로 이를 고지한 것에 불과한 점, 이 건 이자상당가산액은 당초 종전토지의 양도소득세 신고시 청구인이 납부하였어야 할 양도소득세액을 지연납부함에 따른 이자상당액으로서 이를 부담하지 아니하게 할 경우 법정기일 내 양도소득세를 납부한 납세자와 형평이 맞지 아니하는 점, 종전토지에 대해 청구인과 한국토지주택공사가 2012.7.25. 체결한 용지매매계약서를 보면, 종전토지 수용에 대한 대가로 지급하는 쟁점대토는 해당 사업지구의 택지공급승인 후 청구인과 한국토지주택공사가 용지공급계약을 체결하여 지급한다고 정하여 쟁점대토에 대한 소유권이전등기의 기한을 별도로 특정일로 정하고 있지 아니하므로 쟁점대토의 소유권 이전등기가 계약내용을 위반하여 지체되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.