쟁점증축부분의 양도소득금액을 산정함에 있어서 실제취득가액이 불분명하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1989.11.16. OOO 토지 및 건물(지하 1층～지상 5층 규모의 근린생활시설로, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 2015.4.22. 쟁점부동산 1층 근린생활시설의 면적을 49.94㎡에서 99.52㎡로 증축(이하 “쟁점증축부분”이라 한다)한 후 2021.11.30. 쟁점부동산을 OOO원에 양도하고 2022.1.25. 실지취득가액이 불분명한 경우로 보아 아래 <표1>과 같이 환산취득가액을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다. <표1> 청구인이 신고한 양도소득세 내역 ㅇㅇㅇ
• 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인의 양도소득세 신고에 대하여 세무조사를 한 결과, 쟁점부동산 소재지 관할 지방자치단체장인 OOO장으로부터 회신받은 쟁점증축부분 관련 공사계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다) 상의 공급가액 OOO원을 쟁점증축부분의 실지취득가액으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2022.8.11. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.9.26. 이의신청을 거쳐 2022.12.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 제114조 제7항 과 같은 법 시행령 제176조의2 제1항에서 “양도 또는 취득당시의 실지거래의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우로 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정할 수 있다”고 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점증축부분의 공사비용을 절감하기 위하여 직접 자재를 구입하였고 설계비, 공사자재비, 인건비 등 공사비를 공사진행 속도에 맞추어 지급하면서 대부분의 증빙자료를 보관하지 못하였으므로 위 법령의 규정과 같이 쟁점증축부분의 양도소득금액을 산정함에 있어서 실제취득가액이 불분명하고 매매사례가액, 감정가액이 존재하지 아니하여 그 다음 순위인 환산가액을 취득가액으로 하여 적법하게 신고하였던 것이다. 조사청은 쟁점계약서 상의 계약금액인 OOO원만을 쟁점증축부분의 실지거래가액으로 보았으나 이는 쟁점증축부분에 소요된 공사비의 일부분에 지나지 않으므로 동 금액만을 가지고 “실거래가액을 확인할 수 있는 경우”라고 보아서는 아니된다. 청구인의 기억으로는 2015년 당시 쟁점증축부분에 소요된 실제 공사비가 약 OOO원 이상인 것으로 알고 있고 그 당시 쟁점부동산의 건물 시가표준액은 OOO원인데 이러한 시가표준액을 감안하면 실제 공사비는 OOO원 이상 소요될 것으로 충분히 예상됨에도 불구하고 조사청이 시가표준액의 38.5%에 불과한 OOO원만을 실지거래가액으로 본 것은 상식에 맞지 않는다. 처분청은 이의신청 심리과정 중에 쟁점증축부분과 관련된 설계비 OOO원과 건물사용승인 대행비 OOO원 등 합계 OOO원을 실지거래가액으로 인정하기도 하였는데 이렇듯 실지거래가액을 인정할 자료들이 추가로 나타나는 상황과 취득가액이 가변적일 수 없다는 점 등을 감안하면 쟁점증축부분의 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우로 보아야 할 것이다. 건물은 신축 후 노후화가 진행됨에 따라 양도가액이 취득가액보다 낮아지는 것이 일반적인데 조사청의 논리에 따를 경우 2015년 OOO원에 증축한 건물을 6년 후에 784.7% 증가한 가액(OOO원)으로 양도한 것이 되는바 이는 매우 비현실적이고 비합리적이다. 청구인의 경우와 같이 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우라면 환산취득가액을 적용하도록 세법에서 명백히 규정하고 있음에도 불구하고 “납세자가 실지거래가액에 대한 자료를 제출하지 않아 일부 확인된 자료만으로 취득가액을 결정할 수밖에 없다”는 식의 처분청의 과세논리는 도저히 받아들일 수 없다. 따라서 처분청은 쟁점증축부분의 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조사청은 청구인에게 쟁점증축부분 관련 공사계약서 등의 자료제출을 요구하였으나 청구인은 구체적인 증빙자료를 제출하지 않고 공사진행 속도에 맞추어 수시로 현금을 지불함에 따라 관련 계약서, 대금 영수증 등을 대부분 갖추지 못하였다고 답변하였다. 이에 조사청은 쟁점증축부분에 소요된 실지취득가액을 확인하기 위하여 OOO장에게 자료요청을 한 결과 쟁점계약서를 회신받았는데 동 계약서에는 총 계약금액이 OOO원(공급가액)으로 기재되어 있었고 또한 청구인이 쟁점계약서 상 공급가액으로 전자세금계산서를 수취한 후 부가가치세 신고 시 고정자산 매입으로 신고한 사실도 확인되었다. 또한 청구인의 2014년～2015년 종합소득세 신고서에 첨부된 대차대조표, 손익계산서 상에서 2015년에 쟁점부동산의 가액이 OOO원 증가된 것으로 기재되어 있다. 양도소득세 신고 시 취득가액은 실지거래가액을 원칙으로 하고 환산취득가액은 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 예외적으로 적용할 수 있는 것인바, 쟁점계약서의 공사업체 상호, 계약금액과 청구인이 수취한 매입세금계산서의 공급자, 공급가액이 일치하고 청구인 스스로 부가가치세 신고 시 쟁점계약서의 금액을 고정자산 매입으로 신고하였으며 재무상태표에서도 쟁점증축부분에 소요된 금액을 반영하여 신고하였으므로 청구주장만으로는 쟁점증축부분에 대하여 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보기 어렵다. 다만 청구인이 이의신청 과정에서 제출한 설계비에 대한 계약서 및 지급증빙내역에 따라 설계비 OOO원과 임대사업장이 2015년 제1기 부가가치세 과세기간에 수취한 매입세금계산서 상 공급가액 OOO원을 쟁점증축부분의 실지취득가액에 포함할 수 있다고 보아 이를 인정하여 직권감액경정하였다. 따라서 쟁점증축부분의 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 경정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 쟁점증축부분의 양도소득금액을 산정함에 있어서 실제취득가액이 불분명하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 제160조(장부의 비치ㆍ기록) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다. (2) 소득세법 시행령 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청이 청구인의 양도소득세 신고에 대하여 조사하면서 쟁점부동산 소재지 관할 지방자치단체장인 OOO장으로부터 회신 받은 쟁점계약서의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (나) 쟁점부동산의 임차인은 2015.5.6. 쟁점증축부분과 관련하여 주식회사 AAA로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취하였고 청구인은 2015년 제1기 부가가치세 신고 시 위 세금계산서상의 공급가액을 기준으로 고정자산 매입을 신고하였다. (다) 청구인의 종합소득세 신고서에 첨부된 대차대조표, 손익계산서에는 2015년 쟁점부동산의 가액이 OOO원 증가된 것으로 계상되어 있다. (라) 처분청은 청구인이 제기한 이의신청에 대하여 결정하기 전에 청구인이 추가 제출한 건축설계계약서 상 설계비 OOO원과 건물사용승인 대행비 OOO원 등 합계 OOO원을 아래 <표2>와 같이 취득가액으로 추가 인정하여 직권감액․경정하고 청구인의 이의신청에 대하여는 기각결정을 하였다. <표2> 처분청의 양도소득세 경정내용(쟁점증축부분) ㅇㅇㅇ (마) 쟁점부동산의 일반건축물대장 기재내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점증축부분에 대한 취득 당시의 관련 증빙을 보관하고 있지 아니하여 실제 취득가액을 확인할 수 없으므로 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 과세관청으로서는 양도 또는 취득 시 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 매매계약서 상의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고(대법원 1996.6.25. 선고 95누3183 판결 등, 같은 뜻임), 소득세법 제97조 제1항 제1호 에 환산가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 제한적으로 적용하는 것인바, 이 건의 경우 청구인이 쟁점증축부분에 대한 공사계약서 등 필요경비를 입증할 수 있는 자료를 제출하지 않고 있는 상태에서 조사청이 서울특별시 마포구청장으로부터 쟁점계약서를 확보하였고 이에 대해 청구인은 동 계약서가 허위로 작성되었다거나 사실과 다르다는 주장을 하지 않고 있으며 그 밖에 허위의 계약서라고 인정할만한 정황이 없는 것으로 보아 일응 쟁점계약서 상의 기재내용을 배척하기는 어렵다 할 것이고 쟁점계약서에서 쟁점증축부분의 총공사금액이 OOO원으로 기재되어 있는 이상 동 금액을 쟁점증축부분의 실제취득가액으로 볼 수 있음이 상당하다 할 것이며 아울러 이 건이 실제취득가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다. 또한 청구인은 쟁점증축부분의 공급자인 주식회사 AAA로부터 쟁점계약서와 동일한 금액인 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취하고 이를 근거로 고정자산 매입신고를 하기도 하였으며 같은 금액을 회계장부에 기장한 사실로 보아도 실제 취득가액을 확인할 수 없으므로 환산취득가액을 적용하여야 한다고 청구주장을 인정하기는 어렵다 할 것이다. 이에 대해 청구인은 스스로 공사를 진행함에 따라 쟁점계약서 상 총공사금액보다 더 많은 금액을 지출하였음에도 관련 자료를 보관하고 있지 않다는 사유 등으로 환산취득가액 적용의 당위성을 주장하나 자산 양도의 필요경비 입증책임을 부담하는 청구인이 스스로 공사를 진행하였다면 더욱 더 관련 증거자료를 충실히 준비․보관하여 필요경비를 입증하였어야 함에도 이러한 의무를 소홀히 한 채 환산취득가액 적용을 주장하는 것은 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점계약서 상의 공급가액(추가인정 금액 OOO원 포함)을 쟁점증축부분의 실제취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.