청구인이 쟁점부동산 중 건물을 별도로 양도한 후 그 부수토지가 수용을 원인으로 양도된 경우 부수토지에 대해서도 1세대1주택(고가주택) 비과세 규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2002.1.17. OOO 토지 1,661㎡(이하 “쟁점토지”라 한다.) 및 지상의 건축물(이하 “쟁점주택”이라 하고 쟁점토지와 함께 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 2021.7.20. ‘매매’를 원인으로 AAA에게 쟁점주택을, 2021.9.10. ‘공공용지의 협의취득’을 원인으로 OOO(이하 “OOO”라 한다)에게 쟁점토지를 각각 양도하였고, 쟁점부동산의 양도거래에 대해 1세대1주택(고가주택) 비과세규정을 적용하여 2021.9.30. 양도소득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 신고하였다.
• 나. 처분청은 2022.5.4.부터 2022.5.23.까지 청구인의 2021년 귀속 양도소득세에 대한 세무조사를 실시한 결과 쟁점토지가 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 양도소득세 비과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2022.9.13. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.12.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 1세대1주택 비과세 규정을 적용함에 있어 청구인의 쟁점주택의 양도와 쟁점토지 양도의 시점이 다른 것을 들어 이후 주택부수토지의 양도에 대해 비과세 규정을 적용할 수 없다는 의견이다. 그러나, 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 에 따르면 주택부수토지를 분할하여 양도하는 경우 비과세를 배제하도록 규정하고 있으나, 이에 대한 예외로 주택 및 부수토지의 일부가 수용되는 경우 그 잔존토지에 대해서는 그러지 않는 것으로 규정하고 있다. 즉, 조세법률주의에 따라 쟁점토지도 이러한 예외 규정의 적용대상에 해당한다. 판결(OOO 판결)에 따르면 수용의 경우 시차를 두고 주택과 그 부수토지가 분리하여 양도되는 경우 1세대1주택 비과세 규정을 적용한다는 전제하에 경매의 경우에는 그 유추적용을 부인하는 것으로 되어 있다. 이 건은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 해당 주택 및 그 부수토지에 해당되어 위의 법원 판결과도 부합한다. 결국 공익사업을 위한 사업인정고시로 인해 OOO에 수용이 예정된 주택 및 그 부수토지를 이축권을 매각하기 위한 절차로 이축권 매수자의 명의로 소유권을 이전하였을 뿐이고 이축권을 매각한다는 내용의 문구를 쟁점주택 매각 시 매매계약서에 명시하였으므로 양도소득세 비과세를 배제할 이유는 없다. 청구인은 쟁점부동산의 소재 지구가 OOO 택지사업인정고시로 수용지구로 지정된 후 OOO로부터 토지와 주택의 보상내역서를 받은 상태에서 이축권을 매각하기 위해 쟁점주택을 OOO가 아닌 제3자(이축권 매수자)에게 양도하고, 직후에(매각시차: 1개월 20일) OOO에게 주택부수토지를 매각하였다는 이러한 매각 시차의 이유로 쟁점토지의 양도에 대해 1세대1주택 비과세 적용을 배제하고 양도소득세를 과세하였다. 처분청은 청구인이 쟁점주택 및 쟁점토지를 모두 수용하겠다는 OOO의 통지가 있었고, 이에 따라 쟁점주택 및 쟁점토지를 OOO에게 함께 양도하였다면 쟁점주택 및 쟁점토지 모두 비과세를 적용받을 수 있었으나, 청구인은 이축권으로 인한 추가수익을 얻기 위해 쟁점주택을 제3자에게 양도한 후 쟁점토지만 OOO와 협의매수를 통한 수용의 방식으로 양도한 것이므로 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 후단규정을 적용할 수 없다는 의견이다. 수용은 쌍방의 합의된 양수도 거래가 아니다. 사업인정고시를 받은 사업시행자가 위 통지를 하는 순간 매매계약의 체결은 고정된 계약성취의 수순이다. 청구인의 물건 소재지에 공공택지개발지구 인정고시가 된 날부터 사업시행자가 인정고시를 취하하기 전까지는 고정된 수순이고, 통지의 순간에 매매계약의 체결은 성립된 것임을 의미한다. 이축권 매매는 청구인이 추가수익을 얻기 위해 제3자에게 쟁점주택을 이전하는 것이 아니고, 정책적으로 지원하는 제도이다. 이축권은 수용지구에 있는 건물에 대해 삶의 터전을 잃어야 하는 주민들에게 제공하는 손실보상 성격의 제도이다. 이주자 택지지구(수용지구 주민이 살 곳을 사업시행자가 지정하는 곳으로 이사가는 경우)를 택하거나 이축권을 받아 새로 건물을 짓는가는 수용 주민의 선택사항이다. 이때 이주자택지나 이축권으로 새 매각을 허용하는 것이고, 이러한 이축권의 매각은 건물만의 등기이전 형식을 빌려 이축권을 매수한 자에게 등기부상 소유자로 명의를 이전하는 것이다. 이것 또한 수용주민의 선택사항이며, 법률이 지원하는 제도이다. 엄밀히 말하면 이축권을 매매하기 위한 건물의 등기이전은 양도가 아닌 제도적 지원의 방편에 불과하다. 청구인의 이축권 매매는 OOO와의 수용계약에 따른 매매특약으로 보는 것이 타당하다. 즉, 이 건의 경우 이축권 매각은 매매특약이고, 청구인이 제3자에 대한 등기이전은 OOO의 수용의사 통지에서 비롯된 매매특약사항의 실현이므로 결국은 OOO가 수용하겠다는 의미의 성취를 이루는 절차상의 문제일 뿐이므로 통지일이 곧 계약체결일이다. 쟁점부동산은 2019.7.19. OOO로부터 사업인정고시가 되어 협의매수하기로 되어 있었고, 청구인은 쟁점부동산에 대하여 보상내역서를 받은 상황이었다. 수용지구 사업에서 주택에 대해서는 이축권이 나오고 이 이축권의 매각에 대해서는 수용 직전에 이축권을 매입하려는 자에게 건물을 등기이전하고 그 매입자가 OOO로부터 대신 보상을 받으면 원래 소유주를 대신하여 이축권이 발생하게 된다. 이러한 이유로 청구인은 단지 이축권을 매각하려는 의도로 쟁점주택을 매각하였고, 이러한 사실은 이축권 매각계약서에 기재되어 있다. 청구인의 이축권 매각은 지방자치단체의 정책적인 배려이고 사업시행자의 인정사항이라는 것은 경기도 감사총괄담당관실의 의견서를 보면 알 수 있다. 결국 공익사업을 위한 사업인정고시로 인해 OOO에 수용이 예정된 쟁점부동산을 이축권을 매각하기 위한 절차로 이축권 매수자의 명의로 쟁점주택 명의를 등기이전한 것이고, 이축권을 매각한다는 내용의 문구를 쟁점주택 매각 시 매매계약서에 특약으로 명시하였다. 그리고, 등기 이전 후에도 수용이 되지 않을 경우에 거래물건이 회수될 수 있고, 또한 이때 매수인은 지상권이 없으며, 사업시행자의 철거 시 철거에 협조하여야 한다는 조건부로 계약을 한 것이므로 물건의 매매가 아닌 개발제한 구역에 건물을 지을 수 있는 권한을 매매한 것이므로 1세대1주택 비과세 규정의 입법취지를 고려할 때 청구인에게 양도소득세 비과세를 배제할 이유는 없다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 후단규정의 법적 취지는 원칙적으로 주택의 부수되는 토지를 분할하여 양도할 때 토지에 대해서는 1세대1주택 비과세를 적용하지 않지만 물건 중 ‘일부’만 수용됨으로써 수용이라는 행위가 없었다면 주택과 부수토지 전부에 대해 1세대1주택 비과세를 적용받을 수 있었던 경우 5년 내 부수토지를 양도하면 비과세혜택을 적용하여 줌으로써 국가기관 등의 일방적인 행정행위로 인한 개인의 불이익을 구제하기 위한 규정이다. 청구인의 경우 건물 및 토지를 모두 수용하겠다는 OOO의 통지가 있었고, 이에 따라 건물 및 토지를 함께 협의매수를 통해 양도하였다면 건물 및 토지분에 대해 모두 비과세를 적용받을 수 있었으나, 이축권으로 인한 추가 수익을 얻기 위해 건물을 제3자에게 양도한 후 쟁점토지만 협의매수를 통한 수용의 방식으로 양도한 것으로 후단규정을 적용할 수 없다. 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 후단규정 관련 심판례의 해석 가운데 조세심판원 선결정(조심 2019중1668, 2019.7.3.)을 살펴보면 후단규정의 ‘일부’만 수용이 된 경우라 함은 예산부족 등의 부득이한 사유로 납세자의 의지와 관계없이 종국적으로 주택 또는 토지의 일부분만 협의매수가 된 경우로서, 주택 및 부수토지에 대한 보상금이 모두 지급된 이 건과는 그 사실관계가 다르다. 또한, 청구인은 쟁점부동산을 주로 식품가공업 또는 식당 등의 사업장으로 임대하는 용도로 사용하였을 뿐, 본인이 거주한 이력이 거의 없으며 양도일 당시에도 식품가공업을 영위하는 사업자에게 쟁점주택을 임대하고 있던 것으로 확인되어 국민의 안정적 주거생활을 보장하고자 하는 1세대1주택 비과세의 입법취지와도 무관하다. 청구인은 (주)AAA(OOO)에게 쟁점주택을 2019년말까지 임대하였고 그 후에도 계속 퇴거하지 않고 사용한 것으로 소명하여 처분청은 이에 대한 임대차계약서를 세무조사 당시 요청하였으나 청구인은 본인에게 불리한 내용이라 하여 제출을 거부하였다. 청구인은 판결(OOO 판결)을 근거로 이 건 처분이 잘못되었다고 주장하나, 이는 판례의 극히 일부만을 발췌하여 자의적으로 해석한 주장일 뿐이고 소득세법 시행규칙 제72조 의 취지에 부합하지 않는다. 청구인이 근거로 들고 있는 상기 판례는 단지 경매의 경우 공매를 명시하고 있는 상기의 후단규정을 유추 적용할 수 없다는 취지일 뿐이고 건축물을 먼저 양도한 뒤 토지를 협의매수를 통해 양도한 경우인 이 건과는 사안이 다르다. 주택부수토지에 대하여도 1세대1주택 비과세 혜택을 부여하는 법령의 입법 취지를 살펴본다. 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따르면 비과세 대상인 소득을 “주택과 이에 딸린 토지로서” 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(주택부수토지)의 양도로 발생하는 소득으로 규정하고 있는 바, 이는 주택과 그 부수토지를 함께 양도하는 경우를 상정하고 있다고 해석하는 것이 문언에 부합한다. 나아가 일정 범위 내의 주택부수토지에 대하여도 비과세 혜택을 부여하는 것은 건물은 그에 따른 부수토지가 있기 마련이고 건물을 양도할 때는 통상 양도 건물과 경제적 일체를 이루는 그 부수토지도 함께 양도되는 경우가 대부분이기 때문에 건물이 1세대1주택에 해당하는 경우 그 부수토지의 양도로 인하여 발생하는 소득도 일정범위에서 함께 비과세 하는 것이 규정 취지에 부합하기 때문이라 할 것(OOO 판결)인바, 쟁점주택을 먼저 양도한 후 쟁점토지를 별도로 양도한 이 건의 경우 쟁점토지에 대해 비과세를 적용하지 않는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점 이축권과 쟁점주택의 소유권이 제3자에게 이전된 후 쟁점토지가 공공용지의 협의취득을 원인으로 OOO에게 양도된 경우 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 후단규정에 따른 양도소득세 비과세 적용 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 (2) 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (3) 소득세법 시행규칙 제72조【1세대1주택의 특례】

② 영 제154조 제1항을 적용할 때 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택이 ‘매매’를 원인으로 2021.7.20. 제3자에게 소유권이전된 것에 대해서는 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청이 제시한 이 건 양도소득세 조사종결보고서의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (나) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 쟁점부동산 관련 주요 사건현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점부동산 관련 주요 사건현황 ㅇㅇㅇ (다) OOO 공공주택지구의 지정 및 지형도면 등의 고시는 다음의 <그림1>과 같다. <그림1> OOO 공공주택지구의 지정 및 지형도면 등의 고시 ㅇㅇㅇ (라) 청구인이 제출한 쟁점부동산과 관련한 손실보상내역은 아래 <그림2>와 같다. <그림2> 쟁점토지 및 쟁점주택 손실보상내역(명세) ㅇㅇㅇ (마) 쟁점주택에 대한 등기사항전부증명서에 따르면 쟁점주택은 2021.7.20. ‘매매’를 원인으로 하여 AAA에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다. (바) 쟁점주택에 대한 매매계약서는 아래 <그림3>과 같다. <그림3> 쟁점주택 양도 시 매매계약서 ㅇㅇㅇ (사) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점주택은 2021.6.15. 매매를 원인으로 청구인으로부터 AAA에게 2021.7.20. 소유권이 이전된 후, 2021.8.19. ‘공공용지의 협의취득’을 원인으로 2021.9.1. OOO에게 소유권이 이전된 것으로 나타난다. (아) 이 건 관련 과세전적부심사결정서(2022.9.7.)에 따르면 특약사항 제4호에서 이축권 권리행사에 따른 매매대금은 확인되지 않으나, 청구인이 동일 과세기간에 기타소득으로 하여 관련 종합소득세를 신고한 것으로 기재되어 있다. (자) 청구인이 제출한 물건 손실보상액명세서를 보면 OOO(쟁점주택)에 대한 보상금액 합계액은 OOO원으로 나타난다(보상물건에는 주택, 근린생활시설, 지장물, 수목 등이 포함되어 있음). (차) 청구인이 제출한 이축권매매계약서에 따르면, 청구인은 2021.6.15. AAA에게 OOO 지상의 건축물에서 발생할 이축권을 OOO원에 양도하는 매매계약을 체결(잔금일: 2021.7.14., 잔금액 OOO원)하였고, 특약사항의 주요 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (카) 청구인이 제출한 OOO 의견서의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (타) 청구인이 제출한 감정평가표(주식회사 BBB, 2021.7.13. 작성)에 따르면 쟁점주택 관련 이축권 감정가액은 OOO원으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2007.5.10. 선고, 2006두16182 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 후단규정에 따른 양도소득세 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나, 이 건은 쟁점주택이 이축권과 함께 제3자에게 소유권이 이전된 이후에 쟁점토지가 OOO에게 양도된 경우로 위의 소득세법 시행규칙 조항에서 규정하는 바와 같이 먼저 협의매수나 수용 등에 따라 부동산의 일부가 양도된 이후에 잔존주택이나 잔존토지를 양도하는 경우에 해당하지 않는 점, 청구인은 공공용지의 협의취득을 원인으로 쟁점주택 및 그 부수토지에 대해 보상을 받을 요건을 이미 갖추었음에도 이축권으로 인한 추가수익을 얻기 위해 제3자에게 쟁점토지와는 별도로 쟁점주택만을 양도한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도에 대해 비과세를 적용하여야 한다는 위의 청구주장을 받아들이기 어렵고, 1세대1주택 양도소득세 특례규정의 적용을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.