완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환으로 대체 취득한 완전모회사의 주식을 양도할 때 당초 보유하던 완전자회사 주식의 양도차익을 완전모회사 주식의 양도차익에 가산한 후 양도소득세를 납부하게 되므로 쟁점양도주식에 대한 양도소득세를 계산시 양도당시에 개정된 세율을 적용함이 타당함
완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환으로 대체 취득한 완전모회사의 주식을 양도할 때 당초 보유하던 완전자회사 주식의 양도차익을 완전모회사 주식의 양도차익에 가산한 후 양도소득세를 납부하게 되므로 쟁점양도주식에 대한 양도소득세를 계산시 양도당시에 개정된 세율을 적용함이 타당함
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 2016.6.16. 주식의 포괄적 이전에 따른 AAA-주 주식 양도에 대한 양도소득세 납세의무는 해당과세기간 종료일인 2016.12.31. 성립하므로 이에 대해서는 그 납세의무 성립 당시의 법률이 적용되는 것이 원칙이며, 조특법 제38조는 이와 같이 이미 납세의무가 성립한 양도소득에 대하여 그 과세를 이연하도록 규정한 것인데, 같은 법 시행령 제35조의2 및 시행규칙 별지23호의3 서식을 보면 주식의 포괄적 교환에 따른 양도소득세 과세표준의 신고를 전제로 과세이연금액과 납세의무 성립당시의 세율을 적용한 과세이연세액을 기재하도록 규정(곧, 주식의 포괄적 교환에 따른 양도소득세가 과세이연대상이고, 그 세액은 주식의 포괄적 교환 당시의 세율을 적용하여 산정하는 것을 당연한 전제로 규정)하고 있는바, 납세자가 과세이연을 적용하는 동안 법률이 개정되었다 하더라도 이미 성립한 양도소득세 납세의무의 세부담은 변경될 수 없는 것이며, 아울러 처분청의 의견과 같이 이미 납세의무가 성립한 부분에 대하여도 개정 후 법률을 소급하여 적용하는 것은 주식의 포괄적 교환제도를 원활하게 활용할 수 있도록 납세자에게 혜택을 부여하려는 특례제도의 취지에도 정면으로 반할 뿐 아니라, 경우에 따라서는 대주주의 범위 등 법률의 개정에 따라 양도소득세 과세대상에서 제외되는 경우도 발생하게 된다. 대주주의 상장주식 양도에 대해소득세법은 당초 20%의 세율(개정전 세율)을 규정하고 있다가 2017.12.19. 개정시 누진세를 도입하여 과세표준 3억원을 초과하는 부분에 대해서는 25%(개정후 세율)로 세율을 인상하였는데, 이는 앞으로의 과세 강화를 위한 취지이고 이는 부칙에서 “시행일 이후 양도분”에 대해 적용하도록 한 것에서 알 수 있는바, 이러한 개정ㆍ시행 이전에 있었던 주식의 포괄적 교환에 따른 OOO 주식의 양도에 대하여 종전보다 가중된 납세의무를 규정한 개정후 세율을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 반하고 소득세법 개정의 취지 및 부칙의 명문의 규정에 반할 뿐 아니라 납세자의 신뢰가 심하게 침해된다는 점에서도 위법ㆍ부당하다.
(2) (예비적 청구) 대법원은 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상의 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당화할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 경우에는 납세의무에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 판시하고 있는바(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 참조), 헌법재판소도 이 건과 유사한 구조의 조특법 제38조의2 제1항에 대한 사건에서 ‘과세이연은 이미 과세요건이 모두 성립되었음을 전제로 그 납부를 일정기간 연기해주는 것’이라 판시(헌법재판소 2016.5.26. 선고 2015헌바176 결정)하였고 청구인들은 이러한 법리에 따라 개정전 세율을 적용하여 양도소득세를 적법하게 신고한 것이며, 더욱이 2018년 상반기 양도소득에 대해 개정후 세율을 적용하여 신고하였다가 개정전 세율을 적용하여 경정청구한 건에 대하여 처분청이 전부 인용결정하였고, 이에 따라 2018년 하반기 양도소득세 신고분과 관련한 경정청구를 제기한 결과, 처분청이 청구인 AAA의 청구는 인용하되, 청구인 BBB의 청구는 거부하여 동일한 사안에 대하여 처분을 달리하는 등 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 존재하여서 청구인들에게 그 의무이행을 게을리 한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과한 처분은 부당하다.
(1) 조특법 제2조 제7호는 과세이연에 대하여 개인이 사업용 고정자산 등을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용 고정자산 등을 대체 취득한 경우 종전 자산의 양도에 따른 양도차익에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 대체 자산을 양도할 때 대체 재산의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것이라고 정의하고 있으며, 같은 법 제38조 제1항과 같은 법 시행령 제35조의2 제3항 및 제4항에서도 주식의 포괄적 교환으로 발생한 완전자회사 주주의 양도차익에 대한 양도소득세를 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세이연을 받을 수 있다고 하면서 완전모회사 주식을 양도할 때 그 취득가액에서 과세이연된 양도차익을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다고 규정하고 있다. 위 규정들을 종합하면, AAA-주의 주주는 주식의 포괄적 교환으로 대체 취득한 CCC-주의 주식을 양도할 때 당초 보유하던 AAA-주 주식의 양도차익을 CCC-주 주식(쟁점주식)의 양도차익에 가산한 후 양도소득세를 납부하게 되는바, 곧 이 건 납세고지는 쟁점주식을 양도한 때 비로소 성립한 납세의무에 대한 것으로서 당초 AAA-주 주식 양도와는 별개이므로 이에 대하여 2017.12.19. 개정된소득세법에 따른 세율을 적용하는 것이 같은 법 부칙 제2조 제2항에 반한다고 볼 수 없으며, 특히 청구인들은 조특법 제38조 제1항에 따른 과세이연을 받기 위해서는 관할 세무서장에 과세특례신청서를 제출하여 자신의 선택에 따른 세율을 적용받는 것이므로 과세이연 양도소득에 대하여도 개정후 세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 청구인들은 2019.4.19. 이 건 심판청구 취지와 동일한 이유로 2018년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구를 제기하였고, 비록 OOO서장은 법령해석에 대한 착오로 청구인 AAA의 경정청구를 인용(2019.6.12.)하였으나 OOO청장은 청구인 BBB의 경정청구(당시 청구인측과 연락하여 세율 관련 문제점을 안내한 바 있어 청구인들은 과세관청이 개정후 세율을 적용할 수 있다는 내용을 알고 있는 상태에서 세율을 선택ㆍ적용함)를 거부(2021.1.11.)한 사실이 있어 청구인들에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.
① 주식의 포괄적 교환시 양도소득세 과세이연을 받은 후 대체 취득한 신주를 양도할 때 포괄적 교환 당시 과세이연 받은 양도차익에 대하여는 포괄적 교환당시의 세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
7. "과세이연(課稅移延)"이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "신사업용고정자산등"이라 한다)을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익(讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 "과세이연금액"이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × (신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액) 제38조(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세 특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 상법 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.
1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.
2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것
3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것
② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. (각 호 생략)
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것) 제35조의2(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 법인의 과세특례) ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 법인세법 제91조 제1항 에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조 제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.
1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환·이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액
2. 제1호의 금액과 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액
② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사의 주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. 압축기장충당금 × 양도한 주식 수 포괄적 교환ㆍ이전으로 취득한 주식 수
③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 법인세법 제91조 제1항 에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 "거주자등"이라 한다)이 보유주식을 법 제38조 제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다.
1. 교환·이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액
2. 교환·이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액
④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사의 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. (완전자회사 주식의 취득가액 + 제3항에 따른 양도소득 – 제3항 제2호의 금액) × 처분한 주식 수 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식 수
⑭ 법 제38조 제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
(3) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득
1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
1. 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30
2. 1)에 해당하지 아니하는 주식등 양도소득세 과세표준 세율 3억원 이하 20퍼센트 3억원 초과 6천만원 + (3억원 초과액 × 25퍼센트) 부칙 제1조(시행일)이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.
(4) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산
(5) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(6) 상법 제360조의2(주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립) ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 “완전모회사”라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 “완전자회사”라 한다.
② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 “주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.
(1) 청구인들은 2016.6.16. 자신들이 각자 보유한 AAA-주 주식 1,012,500주를 CCC-주 주식 341,361주와 교환한 후 2016.8.31. 처분청에 아래와 같은 과세특례 신청서(청구인 BBB의 것이며, 청구인 AAA의 것도 동일한 내용이다)를 제출하였는바, 이에 의하면 교환에 따라 취득한 CCC-주 주식 341,361주의 시가는 OOO원(1주당 OOO원), 당초 보유한 AAA-주 주식 1,012,500주의 취득가액은 OOO원(1주당 OOO원), 과세이연금액은 OOO원, 과세이연세액은 OOO원이었다.
• 아 래-
(2) 조특법 제38조는 2010.1.1. 법률 제9921호로 신설되었는바, 이에 관한 기획재정부 2009년 간추린 개정세법의 주요 내용 및 제정ㆍ개정 이유는 아래와 같다.
3. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례
□ 의의: 목표기업(완전자회사) 주주가 주식 전부를 인수기업(완전모회사)에 이전하고 인수기업의 주식을 받는 기업 조직개편(상법 제360조의2 ∼23)
□ 특례 요건
○상법에 따른 주식의 포괄적 교환ㆍ이전(교환ㆍ이전을 통해 완전지배관계 형성)
○ 특례합병 요건 (합병과 동일) ㉠사업 목적, ㉡사업 계속성, ㉢지분 연속성 * 사업 계속성, 지분 연속성의 경우 불가피한 경우 예외 인정
□ 특례 효과
○ 주식을 장부가로 양도ㆍ양수한 것으로 보아 양도차익 과세 이연 (완전자회사 주주, 완전모회사) * 완전모회사의 완전자회사주식 장부가액 산정
• 지배주주등(주식보유의무대상자에 한함) 및 지분 1% 이상 주주: 실제 취득가액(소득세법제97조 제1항 제1호에 따른 취득가액으로 함)
• 기타 소액주주로서 주식보유의무대상이 아닌 자의 소유분: 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사의 순자산 장부가액×지분비율
□ 사후관리: 합병과 동일 * 교환 후 일정기간 사업계속(완전자회사) 및 주식 보유(완전자회사 지배주주등, 완전모회사) (1) 개정 내용 (2) 개정 이유
○ 합병과 경제적 실질이 유사한 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대해 합병과 유사한 과세특례 신설
(3) 적용시기 및 적용례
○ 2010.7.1. 이후 교환ㆍ이전하는 분부터 적용
- 나. 적격 주식의 포괄적 교환ㆍ이전 시 양도차익 과세이연(영 제35조의2) 종 전 개 정 <신 설>
□ 과세이연대상 양도차익
○ 주식양도차익 中 모회사주식으로 받은 부분만 과세 이연 * 금전 등으로 받은 부분(0∼20%)은 과세
• 과세이연대상소득: 주식양도차익(①) - 과세소득(②)
① 주식양도차익 = (완전모회사주식의 시가 + 금전등 수취액)
• 완전자회사주식의 장부가액
② 과세소득 = Min(주식양도차익, 금전등 수취액)
□ 과세이연 방식
○ (법인 ) 과세이연대상소득 상당액을 손금산입하고 압축기장충당금 계상 내국법인 및 종합과세대상 외국법인(국내사업장 또는 부동산소득있는 경우, 법인세법제91조 제1항)
○ (개인 ) 주식양도차익과 금전등 수취액 中 작은 금액(②)을 양도소득으로 보아 과세 거주자, 비거주자 및 종합과세대상 외 외국법인
□ 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 취득한 주식 일부만 처분시 익금산입
○ (법인) 압축기장충당금 중 처분한 주식 비율만큼 익금산입 * 완전모회사의 완전자회사주식 장부가액 산정 압축기장충당금 × 양도한 주식 수 포괄적 교환ㆍ이전으로 취득한 주식 수
• (개인) (완전자법인 주식의 장부가액 + 과세소득 – 금전등 수취액)을 완전모회사 주식의 취득가액으로 간주하여 양도소득 과세
□ 다른 방법으로 취득한 완전모회사 주식이 있는 경우
○ 주식의 포괄적 교환ㆍ이전으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 간주
(1) 개정 내용
(2) 개정이유
○ 적격 주식의 포괄적 교환ㆍ이전의 경우 양도차익 과세를 이연하되, 대가를 금전으로 받은 부분은 이익이 실현된 것으로 보아 교환ㆍ이전 시점에서 과세
(3) 적용시기 및 적용례
○ 2010.7.1. 이후 교환ㆍ이전하는 분부터 적용 조특법[법률 제9921호, 2010.1.1. 일부개정] [제정ㆍ개정 이유] ◇ 주요 내용
- 거. 기업 구조개편에 대한 과세이연 특례 신설(법 제37조 및 제38조 신설)
1. 기업이 자산의 대부분을 양도하고 그 대가로 상대방 기업의 주식을 교부 받고, 청산하거나 상법에 따라 주식을 포괄적 교환ㆍ이전하고 다른 기업의 100퍼센트 자회사가 되는 경우 경제적 실질이 합병과 유사하므로 양도차익에 대한 과세를 이연함
2. 기업이 구조개편 유형별 장점을 살려 적합한 구조개편 유형을 선택할 수 있게 되어 기업의 경쟁력을 제고하고 자발적 구조조정을 원활히 하는 데 기여할 것으로 기대됨
(3) 처분청이 제출한 청구인들의 경정청구현황 및 청구인들의 심판청구서 등에 의하면, 청구인들은 2018.1.1. 법률 제15225호로 개정된 소득세법개정ㆍ시행 이후 CCC-주 주식을 양도한 후 개정후 세율(25%)을 적용하여 양도소득세를 신고하였다가 청구인 BBB가 2018년 상반기 양도분 중 과세이연소득에 대하여 개정전 세율을 적용하여 경정청구(2018.11.14.)한 결과 인용(2019.2.26., 인용세액: OOO원)되었으며, 그에 따라 청구인들이 2019.4.19. 2018년 하반기 양도분에 대하여 경정청구를 제기하였고, 그 결과 청구인 AAA의 청구는 인용(2019.6.12., 인용세액: OOO원), 청구인 BBB의 청구는 거부(2021.1.11., 세액: OOO원)되었다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점주식 양도에 따른 양도소득세 계산시 주식의 포괄적 교환 당시 과세이연받은 양도차익에 대하여는 그 당시의 세율을 적용하여 한다(곧, 그에 따른 세액을 이연하여야 한다)고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확정해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임), 조특법 제2조 제7호는 과세이연이란 개인이 사업용 고정자산 등을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용 고정자산 등을 대체 취득한 경우 종전 자산의 양도에 따른 양도차익에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 대체 자산을 양도할 때 대체 자산의 취득가액을 종전 자산의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것이라고 정의하고 있는 점, 위 정의 규정과 마찬가지로 조특법 제38조 제1항은 주식의 포괄적 교환으로 발생한 완전자회사 주주의 양도차익에 대한 양도소득세를 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세이연받을 수 있다고 하면서 같은 법 시행령 제35조의2 제3항 및 제4항은 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 양도할 때는 완전모회사 주식의 취득가액에서 과세이연된 양도차익을 차감한 금액을 완전모회사 주식의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다고 정하고 있는 점, 이와 같은 방식을 통해 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환으로 대체 취득한 완전모회사의 주식을 양도할 때 당초 보유하던 완전자회사 주식의 양도차익을 완전모회사 주식의 양도차익에 가산한 후 양도소득세를 납부하게 되는데, 쟁점주식 양도에 따른 양도소득세를 계산함에 있어 개정후 세율을 적용하는 것이 2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법부칙 제2조 제2항에 반한다고 볼 수 없는 점, 조특법 제38조 제1항에 따른 과세이연을 받기 위해서는 같은 법 시행령 제35조의2 제14항에 따라 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하는데, 청구인들은 조특법 제38조 제1항에 따른 과세이연의 적용 여부를 신청서 제출 여부를 통해 선택할 수 있는 점 등을 종합하면 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2021서2912, 2022.2.8., 같은 뜻임).
(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 세법해석상의 의의로 인해 견해의 대립이 있는 등 쟁점주식의 양도에 따른 양도소득세를 과소신고․납부한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 쟁점①에서 이미 본 것과 같이 조특법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환에 따른 과세이연은 세액의 이연이 아닌 소득의 이연임이 규정상 명확하므로 청구인들이 주장하는 것과 같이 주식의 포괄적 교환을 전후로 양도차익을 구분․계산하여 이를 이원하는 것으로 볼 수 없는 점, 설령 과세관청의 법령의 해석에 일부 오류가 있어서 청구인들의 경정청구를 달리 처리한 사실이 있다 하더라도 이를 이유로 명문의 규정을 벗어나 법령해석상의 의의 등이 있다고 할 수도 없는 점 등에 비추어 청구인들에게 쟁점주식 양도에 따른 양도소득세 과소신고․납무에 이를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것이다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.