청구인이 상속취득하였다가 양도한 쟁점주택에 대한 장기보유특별공제 적용시, 청구인이 피상속인과 동일세대원으로 보유·거주한 기간을 통산하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인의 부(母) aaa(1924년생, 이하 “피상속인”이라 한다)은 1970.12.31. OOO, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였고, 2013.8.2. 피상속인의 사망으로 청구인은 협의분할에 의한 상속으로 쟁점주택을 취득하였다.
• 나. 청구인은 2021.11.8. 쟁점주택을 주식회사 BBB에 OOO원에 양도하고, 2021.12.29. 쟁점주택을 소득세법상 1세대 1주택 및 고가주택에 해당하는 것으로 보아, 장기보유특별공제액을 OOO원(보유 및 거주기간 공제율 각 32% 적용)으로, 납부할 세액을 OOO원으로 기재하여 2021년 귀속 양도소득세 신고를 하였다.
• 다. 처분청은 2022.7.11.∼2022.7.30.까지 청구인의 위 쟁점주택 양도 등에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 쟁점주택 취득 후 동 주택에 거주하지 아니한 사실을 확인하고, 위 장기보유특별공제액 중 거주기간에 따른 공제금액 OOO원을 부인하여 2022.10.7. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.12.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점주택은 상속개시 당시 동일세대원인 피상속인으로부터 상속받은 주택으로서 장기보유특별공제액 산정을 위해 소득세법 제95조 제2항 [표2]의 거주기간을 적용할 때, 상속개시 전 청구인과 피상속인이 동일세대원으로서 보유․거주한 기간을 통산하여야 한다. (2) 기획재정부 예규(재산세제과-720, 2021.8.10.)를 보면, ‘동일세대원으로부터 상속받은 1세대 1주택(고가주택)의 장기보유특별공제 적용시, 소득세법 제95조 제2항 [표2] 적용대상 여부를 판정함에 있어, 피상속인과 상속인의 동일세대원으로서 보유 및 거주한 기간은 통산하는 것’으로 회신한 사실이 확인되는바, 이와 달리 거주기간을 통산하지 아니하여 장기보유특별공제금액을 배제한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 장기보유특별공제를 적용함에 있어, 소득세법 제95조 제2항 [표2] 적용을 위한 1세대 1주택 여부 판단시 피상속인과 상속인의 보유·거주기간을 통산하는 것이나, 장기보유특별공제액 산출을 위한 [표2]상의 보유·거주기간을 적용할 때에는 상속인(청구인)의 자산취득일(상속개시일)부터 판단하는 것이다. 소득세법 제95조 제4항에서 장기보유특별공제 적용 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제5호 에서 상속에 의해 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날을 취득일로 본다고 규정하고 있는바, 청구인은 2013.8.2. 상속으로 쟁점주택을 취득하였으므로, 장기보유특별공제 적용시 보유기간은 쟁점주택 취득일인 2013.8.2.(상속개시일)부터 양도일인 2021.11.8.까지로 8년 3개월이며, 거주기간은 해당 자산 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것으로서, 주민등록등본상 청구인의 쟁점주택 전입이력을 보면, 쟁점주택 취득 후 2017.8.11.∼2017.9.19.까지 약 1개월만 거주한 것으로 확인되므로, 쟁점주택 양도에 대한 장기보유특별공제는 보유기간 8년이상 9년미만에 따른 공제율 32%만 적용하고, 거주기간 공제율은 적용하지 않는 것이 타당하다. 또한, 소득세법 제95조 제2항 단서 조항의 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산 여부 판단시에는 소득세법 시행령 제154조 제8항 제3호에 따라 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산하지만, 소득세법 제95조 제4항에서 장기보유특별공제에 해당하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 주장하는 기획재정부 예규(재산세제과-720, 2021.8.10.)는 동일세대원으로부터 상속받은 1세대 1주택 고가주택의 장기보유특별공제 적용시 소득세법 제95조 제2항 [표2] 적용대상 여부를 판정하는 경우에만 피상속인과 상속인의 동일세대원으로서 보유·거주한 기간을 통산하므로, 이 건 처분의 쟁점인 장기보유특별공제액 산출을 위한 위 [표2]상의 보유·거주기간 계산시 통산여부와는 무관한 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 상속주택 양도에 대한 장기보유특별공제액 계산시 상속개시 전 피상속인과 상속인이 동일세대원으로서 거주한 기간을 통산하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 (2021.12.8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 [표2]에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조의2(양도소득의 필요경비 계산 특례) ① 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따르되, 취득가액은 그 배우자 또는 직계존비속의 취득 당시 제97조 제1항 제1호에 따른 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제97조 제2항에도 불구하고 필요경비에 산입한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 증여받은 경우로서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우

2. 제1항을 적용할 경우 제89조 제1항 제3호 각 목의 주택[같은 호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)을 포함한다]의 양도에 해당하게 되는 경우

3. 제1항을 적용하여 계산한 양도소득 결정세액이 제1항을 적용하지 아니하고 계산한 양도소득 결정세액보다 적은 경우

④ 상속세 및 증여세법 제18조 제2항 제1호 에 따른 공제(이하 이 항에서 “가업상속공제”라 한다)가 적용된 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따른다. 다만, 취득가액은 다음 각 호의 금액을 합한 금액으로 한다.

1. 피상속인의 취득가액(제97조 제1항 제1호에 따른 금액) × 해당 자산가액 중 가업상속공제가 적용된 비율(이하 이 조에서 “가업상속공제적용률”이라 한다)

2. 상속개시일 현재 해당 자산가액 × (1 – 가업상속공제적용률) (2) 소득세법 시행령(2021.11.9. 대통령령 제32104호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.

3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간 제155조(1세대 1주택의 특례) ③ 제154조 제1항을 적용할 때 공동상속주택[상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택을 말하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택(상속받은 1주택이 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다)을 소유한 경우에는 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다] 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다. 다만, 상속지분이 가장 큰 상속인의 경우에는 그러하지 아니하며, 상속지분이 가장 큰 상속인이 2명 이상인 경우에는 그 2명 이상의 사람 중 다음 각 호의 순서에 따라 해당 각 호에 해당하는 사람이 그 공동상속주택을 소유한 것으로 본다.

2. 삭제 <2008. 2. 22.>

제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익 등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 청구인의 양도소득세 등 신고 자료를 보면, 피상속인과 청구인의 쟁점주택 보유 및 거주현황은 다음 <표1>과 같이 확인되고, 쟁점주택의 등기사항 전부증명서(건물)는 다음 <표2>와 같이 확인된다. <표1> 쟁점주택 보유 및 거주기간 ◯◯◯ <표2> 쟁점주택 등기사항전부증명서(건물) ◯◯◯ (2) 청구인은 2021.11.8. 쟁점주택 양도 후, 보유기간 및 거주기간을 각 8년으로 보아 소득세법 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율(각 32%, 합계 64%)을 적용하여 양도소득세 신고를 하였고, 처분청은 세무조사결과 청구인이 쟁점주택 취득 후, 거주기간이 1개월인 사실을 확인하여 거주기간에 따른 공제율(32%)을 부인하여 이 건 양도소득세를 경정․고지하였다. (3) 처분청과 청구인이 제출한 주민등록표 및 주택보유현황 자료를 보면, 청구인은 쟁점주택 양도시까지 쟁점주택 이외 다른 주택을 보유한 사실은 확인되지 아니하고, 청구인(1961년생)과 피상속인(1924년생)은 피상속인이 쟁점주택을 취득한 후 1972년 11월부터 2004년 8월까지 약 32년간 동일 세대로 거주해 왔으며, 2004.8.18. 청구인만 다른 주택으로 이사하여 거주하다 2010.1.5. 다시 동일 세대를 구성(피상속인이 청구인 세대로 전입)한 것으로 확인된바, 피상속인의 상속개시 당시 청구인과 동일세대를 구성하고 있었던 것으로 확인된다. (4) 소득세법 제95조 제2항 [표2]의 개정연혁을 살펴보면, 2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전에는 “보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액”을 장기보유 특별공제액으로 하였다가 개정 후 “보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것”으로 개정된 사실이 확인되고, 기획재정부에서 발간한 ‘간추린 개정세법 2020’ 내용을 보면, 개정 이유로 “보유주택에 거주하는 실수요자 중심으로 제도 전환”으로 기술된바, 신ㆍ구조문 내용은 다음 <표3>과 같다. <표3> 소득세법 제95조 제2항 신ㆍ구조문 종 전 개 정 (생략) 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (생략) 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (5) 소득세법 제95조 의 ‘장기보유특별공제’와 관련한 기획재정부 예규를 보면 다음 <표4>와 같은 유권해석 사항이 확인된다. <표4> 기획재정부 유권해석 내용 기획재정부 재산세제과-720(2021.8.10.) 동일세대원으로부터 상속받은 1세대 1주택(고가주택)의 장기보유특별공제 적용시, 소득세법 제95조 제2항 표2 적용 대상 여부를 판정함에 있어, 피상속인과 상속인의 동일세대원으로서 보유 및 거주한 기간은 통산하는 것임 기획재정부 재산세제과-960(2022.8.12.) 공동상속주택 보유자의 소득세법 제95조 제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율은 소득세법 시행령 제159조의4 에 따른 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간을 적용함 기획재정부 재산세제과-37(2023.1.9.) 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정된 것) 제95조 제2항에 따라 동일세대원으로부터 상속받은 주택의 장기보유특별공제 표2 적용시, 상속개시 전 상속인과 피상속인이 동일세대로서 보유 및 거주한 기간은 상속개시 이후 상속인이 보유 및 거주한 기간과 통산할 수 없는 것임 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우로서 쟁점주택 양도에 대한 소득세법 제95조 제2항 [표2]의 ‘장기보유 특별공제의 보유기간 및 거주기간별 공제율’ 적용시 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산하여 장기보유특별공제액을 산정해야 한다고 주장하나, 같은 법 제95조 제4항에서 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호에서 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속개시일로 규정하고 있는바, 위 [표2]의 ‘장기보유 특별공제의 보유기간 및 거주기간별 공제율’은 상속개시일 이후 청구인이 보유·거주한 기간을 기준으로 적용하는 것이 타당한 점, 청구인의 주민등록 이력을 보면, 쟁점주택 취득 후 양도시까지 거주한 기간이 약 1개월에 불과한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 청구인이 신고한 장기보유특별공제액 중 거주기간에 관한 공제를 부인하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.