조세심판원 심판청구 종합부동산세

청구법인이 일반누진세율이 적용되는 공익법인에 해당하지 않는다고 보아 쟁점주택에 대하여 단일세율을 적용하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2023-서-0423 선고일 2023.05.25

상증세법 시행령이 18.2.13. 일부 개정됨에 따라 21.1.1.부터는 법인세법 시행령상 지정기부금단체 등에 해당하는 경우에만 공익법인 등에 해당하게 되었고, 청구법인은 기한 내 요건을 갖춰 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정·고시된 단체에 해당하지 않으므로 청구주장을 받아 들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1996.2.3. ‘학술연구비 지원, 학술기관ㆍ단체 지원 및 현저한 공로자에 대한 학술상 시상’을 그 고유목적사업으로 하여 공익법인의 설립 운영에 관한 법률에 따라 설립ㆍ등기된 후, 일반주택임대업을 영위하고 있는 재단이다.
  • 나. AAA는 청구법인 설립 당시 재산을 출연한 자로, 청구법인에게 2008.7.21. 등 본인이 거주하던 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)와 그 부속토지를 증여(소유권이전등기)하였는데, 주택의 경우 관련 법령에 따라 청구법인이 이를 사무실로 사용할 수 없게 되자, 청구법인은 2010.4.23. 정관을 변경하고 OOO교육감의 허가를 얻어 수익사업인 부동산 임대업을 사업목적에 추가하였고, 이에 AAA는 청구법인으로부터 쟁점주택을 임대하고 그 곳에서 거주하면서 청구법인에 임대료를 지불하였다.
  • 다. 청구법인은 자신이 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 제16조 제1항에 따른 공익법인등에 해당한다고 보아, 2021.9.28. 처분청에 ‘법인 주택분 일반세율 적용 신청서’를 제출하였고, 이에 처분청은 일반세율을 적용하여 2021.11.19. 청구법인에게 2021년 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.
  • 라. 이후 처분청은 2020년 7월경 국세청장의 ‘법인 소유 주택에 대한 종합부동산세 일반 누진세율 적용관리 사후관리 계획’에 따라 청구법인에 대한 2021년 귀속 종합부동산세를 검토한 결과, 청구법인이 일반누진세율이 적용되는 공익법인등에 해당하지 않는다고 보아 단일세율(3%)를 적용하여, 2022.9.15. 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다(참고로, 청구법인은 2022.9.7. 처분청에 법인세법 시행규칙 제18조의3 에 따라 공익법인등지정추천 신청서류를 제출하였다).
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1996년경 성립 이후 현재까지 공익목적 사업을 성실하게 운영하였고, 단 한 번도 제3자로부터 기부금을 수령하지 아니한 채, AAA가 설립 당시 출연한 재산의 수입으로 성실하게 그 설립 취지에 맞는 고유목적사업을 영위하여 왔으므로, 당연히 상증세법 시행령 제12조에 따른 공익법인에 해당한다.

(2) 한편 청구법인은 AAA로부터 쟁점주택을 증여받는 과정에서 처분청에 전화하여 기부금 모집허가를 반드시 얻어야 하는지 문의하였는데, 당시 담당자는 ‘기부금을 모집하지 않는다면 관련 허가를 받을 필요 없고, 기존대로 성실히 공익법인에 대한 일체의 서류를 제출하면 된다’는 내용의 답변을 하였고, 이에 2021.9.28. 처분청에 쟁점주택에 대한 ‘법인 주택분 종합부동산세 일반세율 적용 신청’을 하였는데, 이제와 단순히 형식적으로 ‘기부금 모집 허가’를 취득하지 아니하였다는 이유만으로 청구법인을 공익법인으로 볼 수 없다고 하는 것은 국세기본법 제14조 제2항 에 따른 실질과세원칙에 위배된다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인 설립 당시 적용되던 상증세법 시행령 제12조 제5호는 상증세법 시행령이 2018.2.13. 일부개정됨에 따라 삭제되었고, 해당 조문의 개정이유에 의하면, 이는 공익법인의 범위를 정비하여 공익법인의 범위를 합리화하는 데 그 개정취지가 있음을 알 수 있다. 청구법인은 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 가목 내지 마목에 해당하지 않고, 같은 호 바목에 해당하기 위해서는 국세청장에게 지정추천서를 제출하여 국세청장의 추천을 받고 2022.3.31.까지 기획재정부 장관으로부터 지정ㆍ고시를 받아 2021.1.1.부터 소급하여 공익법인의 지위를 인정받았어야 하나, 청구법인은 이러한 법령상 의무를 다하지 아니하여 2021.1.1.부터 공익법인의 지위를 상실하였다.

(2) 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 비롯된 엄격 해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 비과세 및 조세감면에 해당하는 경우에는 물론 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는바(대법원 2007.7.12. 선고 2005두15021 판결), 종합부동산세법 제9조 제2항 제1호, 같은 법 시행령 제4조의3 제1항 제2호 및 상증세법 제16조 제1항 등에 의하면, 공익법인의 경우 일반누진세율을, 2주택 이상을 소유한 법인 또는 법인으로 보는 단체의 경우 3%의 세율을 적용하는 것이고, 종합부동산세법이 2020.8.18. 법률 제17478호로 개정됨에 따라 신설된 제9조 제2항은 주택 보유 법인에 대하여 단일 최고세율을 적용하여 법인 다주택자등의 투기 수요를 차단함으로써 법인에 대한 종합부동산 과세를 강화하는 데 그 취지가 있으므로, 처분청이 공익법인에 해당하지 아니하는 청구법인에 대하여 3%의 세율을 적용한 것은 적법하다.

(3) 청구법인은 2021.1.1.부터 세법상 공익법인이 아닌 비영리법인에 해당하고, 2020.12.31. 이전에 출연받은 재산이 남아 있는 경우 이를 직접 공익 목적 사업에 전부 사용하여 더 이상 잔여 출연재산이 없게 되는 경우, 상증세법 시행령 제38조 제2항에 따라 출연잔여재산의 가액이 없게 된 날이 속하는 과세연도 귀속분까지는 공익법인등으로서의 납세협력의무를 이행하여야 하고 그 이후 귀속분에 대하여는 공익법등의 납세협력의무가 없게 되는 것인데, 청구법인이 2021.3.30. 제출한 공익법인 출연재산 보고서에 의하면, 청구법인은 2008.7.21. 출연받은 쟁점주택을 포함하여 총 OOO원의 출연재산가액이 남아 있으므로 잔여재산가액에 없게 되는 날이 속하는 사업연도 귀속분까지 공익법인등의 납세협력의무를 성실하게 이행해야 하는 것이므로, 결국 청구법인이 공익법인에 해당하지 않는다고 보아 단일세율을 적용하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인이 일반누진세율이 적용되는 공익법인에 해당하지 않는다고 보아 쟁점주택에 대하여 단일세율을 적용하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서, 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인에 대한 2021년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과내역은 아래 <표>와 같다. <표> 청구법인에 대한 2021년 귀속 종합부동산세 등 부과내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인의 정관의 주요내용은 아래와 같은데, 이에 의하면 청구법인은 2022.9.5. 기준 쟁점주택을 포함하여 합계 OOO원의 재산을 보유한 것으로 나타난다. ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 2021.3.30 처분청에 2020사업연도 관련 ‘공익법인 출연재산 등에 관한 보고서’를 제출하였는데, 이에 의하면 청구법인의 공익사업 유형은 ‘교육’으로 기재되어 있고, 청구법인은 토지(장부가액 OOO원), 쟁점주택(장부가액 OOO원), 예금 등 금융자산(OOO원) 등 합계 OOO원의 자산을 보유한 것으로 나타난다. (라) 처분청은 청구법인에게 ‘2018.2.13. 전에 인ㆍ허가를 받은 학술연구ㆍ장학ㆍ기술진흥ㆍ문화ㆍ예술ㆍ환경단체의 경우 2020.12.31.까지는 당연지정기부금단체로 인정되었으나, 2021년부터는 기획재정부장관 지정대상 공익법인(구 ‘지정기부금단체’) 지정신청을 하여야 하고, 다만 2018.2.13. 전에 인ㆍ허가를 받은 학술연구ㆍ장학ㆍ기술진흥ㆍ문화ㆍ예술ㆍ환경단체로서 공익사업을 영위함에도 불구하고, 2021년 공익법인 지정신청을 하지 못한 학술단체 등에 대해서는 지속적인 공익활동을 지원하기 위해 2022.2.3.까지 지정신청 추가 접수를 진행할 예정으로, 이를 통해 2022.3.31.까지 기획재정부장관 지정대상 공익법인으로 지정받은 경우에는 2021.1.1.부터 소급하여 공익법인으로 인정되고, 2023.12.31.까지 3년간 공익법인으로 효력이 유지되는바, 청구법인은 2021.10.12.까지 공익법인 지정추천 신청을 하지 않아 공익법인의 지위를 상실하였으나, 이번 법인세법 시행령 개정으로 추가신청이 가능한 것으로 보여 안내하오니, 2021년부터 공익법인으로 인정받기를 원하는 경우, 지정요건[ 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목 1)∼5)]을 갖추어 지정추천 신청을 하기 바란다’는 내용의 “공익법인 지정추천 추가신청 안내서”를 발송한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 역대 동숭학술연구상 등 수상자, 동숭학술연구비 및 동숭연구지원금 등 수혜자 등이 포함된 2015년 제19회 동숭학술상 시상식 기록집을 제출하였다. (바) 그간 법인세법령 및 상증세법령의 이 건 관련 주요 개정경과를 정리하면 다음과 같다.

1. 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인의 경우, 종전에는 상증세법 시행령 제12조 제5호에 따라 상증세법령상 공익법인등에 해당하였으나, 상증세법 시행령이 2018.2.13. 대통령령 제28638호로 일부개정되어 상증세법령상 공익법인의 범위가 법인세법령상 기부금단체 기준으로 정비됨에 따라, 법인세법 시행령에 따른 지정기부금단체등에 해당하는 경우에만 상증세법령상 공익법인등에 해당하게 되었다. 기획재정부가 발간한 ‘2017 간추린 개정세법’에 의하면, 그 개정 취지는 ‘기부금단체(단체기준)와 공익법인(사업기준)의 범위에 대한 일관성 제고’인 것으로 나타난다. 다만, 상증세법 시행령(대통령령 제28638호)의 부칙 제12조에 따라, 2018.12.31. 기준 종전의 규정에 따라 공익법인등에 해당하는 자는 2020.12.31.까지 공익법인등에 해당하는 것으로 간주되었다. 2) 법인세법 시행령이 2022.2.15. 대통령령 제32418호로 일부개정되면서, 같은 영 제39조 제14조에 따라 종전의 법인세법 시행령(대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제1호 다ㆍ라ㆍ아목에 따른 지정기부금단체등이 2021.1.1.∼2021.10.12.까지 같은 호 바목 후단에 따른 신청을 하지 아니한 경우에도 해당 단체등의 추천 신청을 받아 2022.3.31.까지 같은 호 바목에 따른 지정ㆍ고시를 하는 경우에는 2021년부터 소급하여 공익법인으로 인정받을 수 있게 되었는데, 기획재정부가 발간한 ‘2021년 간추린 개정세법’에 의하면. 이는 공익법인의 지속적인 공익활동을 지원하는 데 그 취지가 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 설립 이후 현재까지 출연재산의 수입으로 성실하게 고유목적사업을 영위하였으므로, 실질과세원칙에 따라 본인은 상증세법령상 공익법인에 해당한다고 주장하나, 상증세법 시행령이 2018.2.13. 대통령령 제28638호로 일부개정됨에 따라, 2021.1.1.부터는 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이더라도 법인세법 시행령상 지정기부금단체등에 해당하는 경우에만 상증세법 제16조 제1항에 따른 공익법인등에 해당하게 되었고, 2021년 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 당시 적용되던 상증세법 시행령 제12조 제9호 및 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목에 의하면, 청구법인은 일정 요건을 갖춰 국세청장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정ㆍ고시된 경우에 한하여 상증세법 제16조에 따른 공익법인등으로서 종합부동산세 중과 단일세율 적용 및 기본공제 배제대상에서 제외되는 것인데, 청구법인은 기한 내 국세청장의 추천을 받아 기획재정부 장관이 지정ㆍ고시되지 않는 등 상증세법령상 공익법인등의 인정요건을 갖추지 못하였을 뿐만 아니라 2022.2.3.까지 예외적으로 인정된 법인세법 시행령상 공익법인 지정신청 추가접수도 이행하지 않은 것으로 나타나, 결국 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 현재 법인세법령 및 상증세법령상 공익법인등에 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 처분청이 청구법인에게 중과 단일세율 등을 적용하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정된 것) 제14조 [실질과세] ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 종합부동산세법(2021.9.14. 법률 제18449호로 일부개정된 것) 제8조 [과세표준] ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. 제9조 [세율 및 세액] ① 주택에 대한 종합부동산세는 다음 각 호와 같이 납세의무자가 소유한 주택 수에 따라 과세표준에 해당 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)으로 한다.

1. 납세의무자가 2주택 이하를 소유한 경우[ 주택법 제63조의2제1항제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다) 내 2주택을 소유한 경우는 제외한다] 과세표준 세율 3억원 이하 1천분의 6 3억원 초과 6억원 이하 180만원 + (3억원을 초과하는 금액의 1천분의 8) 6억원 초과 12억원 이하 420만원 + (6억원을 초과하는 금액의 1천분의 12) 12억원 초과 50억원 이하 1천140만원 + (12억원을 초과하는 금액의 1천분의 16) 50억원 초과 94억원 이하 7천220만원 + (50억원을 초과하는 금액의 1천분의 22) 94억원 초과 1억6천900만원 + (94억원을 초과하는 금액의 1천분의 30)

② 납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체(공공주택특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 등 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)인 경우 제1항에도 불구하고 과세표준에 다음 각 호에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액을 주택분 종합부동산세액으로 한다. <신설 2020.8.18.>

1. 2주택 이하를 소유한 경우(조정대상지역 내 2주택을 소유한 경우는 제외한다): 1천분의 30 (3) 종합부동산세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31447호로 일부개정된 것) 제4조의3 [일반 누진세율이 적용되는 법인 등] ① 법 제9조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 납세의무자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 또는 법인으로 보는 단체인 경우를 말한다.

2. 상속세 및 증여세법 제16조 제1항 에 따른 공익법인등

② 제1항 각 호의 법인 또는 법인으로 보는 단체는 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간에 기획재정부령으로 정하는 서류를 관할세무서장에게 제출해야 한다. (4) 종합부동산세법 시행규칙(2021.3.16. 기획재정부령 제836호로 일부개정된 것) 제4조의4 [법인 등의 일반 누진세율 적용 신고] ① 영 제4조의3 제2항에서 “기획재정부령으로 정하는 서류”란 별지 제2호의2서식의 법인 주택분 종합부동산세 일반세율 적용 신청서 및 다음 각 호의 서류를 말한다.

2. 영 제4조의4 제1항 제2호의 경우: 상속세 및 증여세법 제16조 제1항 에 따른 공익법인등임을 확인할 수 있는 서류

(5) 상속세 및 증여세법(2020.12.29. 법률 제17758호로 일부개정된 것) 제16조 [공익법인등에 출연한 재산에 대한 상속세 과세가액 불산입] ① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다. (6) 상속세 및 증여세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27835호로 일부개정된 것) 제12조 [공익법인등의 범위] 법 제16조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다.

5. 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업

8. 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업

9. 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 각 목의 규정에 의한 지정기부금단체등 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호 에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

11. 제1호 내지 제5호ㆍ제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업 (7) 상속세 및 증여세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28638호로 일부개정되어 2019.1.1. 시행된 것) 제12조 [공익법인등의 범위] 법 제16조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 바목에 따른 지정기부금단체등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.

5. 삭제

9. 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체등 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호 에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

11. 삭제

부 칙 제1조 [시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제45조의2제5항부터 제8항까지, 제49조, 제49조의2제1항제1호의2 및 제73조제1항ㆍ제4항의 개정규정은 2018년 4월 1일부터 시행하고, 제12조 및 제15조 제6항ㆍ제7항의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 제12조 [공익법인등의 범위에 관한 경과조치] 2018년 12월 31일에 종전의 제12조 제5호부터 제8호까지 및 제11호에 따라 공익법인등에 해당하는 자는 제12조의 개정규정에도 불구하고 2020년 12월 31일까지 공익법인등에 해당하는 것으로 본다. (8) 상속세 및 증여세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31446호로 일부개정된 것) 제12조 [공익법인등의 범위] 법 제16조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 “공익법인등”이라 한다)를 말한다. 다만, 제9호를 적용할 때 설립일부터 1년 이내에 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목에 따른 공익법인등으로 고시된 경우에는 그 설립일부터 공익법인등에 해당하는 것으로 본다.

9. 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 각 목에 따른 공익법인등 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호 에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다. (9) 법인세법 시행령(2021.5.4. 대통령령 제31660호로 일부개정된 것) 제39조 [공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등] ① 법 제24조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “공익법인등”이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 바목에 따라 지정ㆍ고시된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간(지정받은 기간이 끝난 후 2년 이내에 재지정되는 경우에는 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년간으로 한다. 이하 이 조에서 “지정기간”이라 한다) 지출하는 기부금으로 한정한다.

  • 바. 민법 제32조 에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인(이하 이 조에서 “민법상 비영리법인”이라 한다), 비영리외국법인, 협동조합 기본법 제85조 에 따라 설립된 사회적협동조합(이하 이 조에서 “사회적협동조합”이라 한다), 공공기관의 운영에 관한 법률 제4조 에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제4항 제1호에 따른 공기업은 제외한다. 이하 이 조에서 “공공기관”이라 한다) 또는 법률에 따라 직접 설립 또는 등록된 기관 중 다음의 요건을 모두 충족한 것으로서 국세청장(주사무소 및 본점소재지 관할 세무서장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시한 법인. 이 경우 국세청장은 해당 법인의 신청을 받아 기획재정부장관에게 추천해야 한다.

1. 다음의 구분에 따른 요건

  • 가) 민법상 비영리법인 또는 비영리외국법인의 경우: 정관의 내용상 수입을 회원의 이익이 아닌 공익을 위하여 사용하고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수일 것(비영리외국법인의 경우 추가적으로 재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률 제2조 에 따른 재외동포의 협력ㆍ지원, 한국의 홍보 또는 국제교류ㆍ협력을 목적으로 하는 것일 것). 다만, 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제8항 제2호 각 목 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 해당 요건을 갖춘 것으로 본다.

2. 해산하는 경우 잔여재산을 국가ㆍ지방자치단체 또는 유사한 목적을 가진 다른 비영리법인에 귀속하도록 한다는 내용이 정관에 포함되어 있을 것

3. 인터넷 홈페이지가 개설되어 있고, 인터넷 홈페이지를 통해 연간 기부금 모금액 및 활용실적을 공개한다는 내용이 정관에 포함되어 있으며, 법인의 공익위반 사항을 국민권익위원회, 국세청 또는 주무관청 등 공익위반사항을 관리ㆍ감독할 수 있는 기관(이하 “공익위반사항 관리ㆍ감독 기관”이라 한다) 중 1개 이상의 곳에 제보가 가능하도록 공익위반사항 관리ㆍ감독기관이 개설한 인터넷 홈페이지와 해당 법인이 개설한 홈페이지가 연결되어 있을 것

4. 비영리법인으로 지정ㆍ고시된 날이 속하는 연도와 그 직전 연도에 해당 비영리법인의 명의 또는 그 대표자의 명의로 특정 정당 또는 특정인에 대한 공직선거법 제58조 제1항 에 따른 선거운동을 한 것으로 권한 있는 기관이 확인한 사실이 없을 것

5. 제12항에 따라 지정이 취소된 경우에는 그 취소된 날부터 3년, 제9항에 따라 추천을 받지 않은 경우에는 그 지정기간의 종료일부터 3년이 지났을 것. 다만, 제5항 제1호에 따른 의무를 위반한 사유만으로 지정이 취소되거나 추천을 받지 못한 경우에는 그렇지 않다.

⑭ 제1항 제1호 바목에 따른 공익법인등의 신청 및 추천방법, 지정절차, 지정요건의 확인방법 및 제출서류와 지정 취소 절차 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (10) 법인세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32418호로 일부개정된 것) 제39조 [공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등] ⑭ 기획재정부장관은 제16항에도 불구하고 종전의 법인세법 시행령(대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제36조 제1항 제1호 다목·라목 또는 아목에 따른 지정기부금단체등이 2021년 1월 1일부터 10월 12일까지 제1항 제1호 바목 후단에 따른 신청을 하지 않은 경우에도 기획재정부장관이 정하여 고시하는 바에 따라 해당 지정기부금단체등의 추천 신청을 받아 2022년 3월 31일까지 제1항 제1호 바목에 따른 지정·고시를 할 수 있다. <신설 2022.2.15>

⑯ 제1항 제1호 바목에 따른 공익법인등의 신청 및 추천방법, 지정절차, 지정요건의 확인방법 및 제출서류와 지정 취소 절차 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)