수정세금계산서는 당초의 세금계산서와 상관관계를 갖는 하나의 거래에 해당한다고 볼 수 있고, 당초 거짓으로 발행하였던 세금계산서를 취소하기 위하여 수정세금계산서를 발급하였음에도 수정세금계산서 역시 거짓세금계산서로 보아 가산세를 부과한다면, 잘못을 수정하려 한 납세자에게 더 큰 불이익을 지우게 되는 점, 수정세금계산서의 발급에 대한 제재와 관계 없이 당초의 거짓 세금계산서의 발급을 이유로 제재함으로써 거짓 세금계산서를 발급ㆍ수취한 행위를 바로잡을 수 있는 점 등에 비추어 수정세금계산서에 대하여 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
(1) 청구법인은 주식회사 A(거래당시 상호는 주식회사 B이었고, 이하 “A”라 한다)에게 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(총 4매, 이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점매출거래”라 한다)를 발급하였다.
(2) 청구법인은 주식회사 C, 주식회사 D, E 주식회사(이하 각각 “C”, “D”, “E”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(총 11매, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 하며, 관련 거래를 “쟁점매입거래”, 쟁점매입거래와 쟁점매출거래와 합하여 “쟁점거래”라 한다)를 수취하였다.
(3) 청구법인은 2021.5.27.부터 2021.7.21.까지 쟁점세금계산서에 대한 수정세금계산서(총 10매, 공급가액 합계 OOO원, 이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 수수하였다. <표1> 쟁점세금계산서 내역 (단위: 원, 매) 과세기간 쟁점매입세금계산서 쟁점매출세금계산서 매입처 공급가액 매수 매출처 공급가액 매수 2020년 제2기 C OOO 3 A OOO 4 D OOO 4
• -
• 2021년 제1기 E OOO 2
• -
• D OOO 2
• -
• 합계
• OOO 11
• OOO 4
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 처분은 위법한 세무조사에 의한 것이므로 취소되어야 한다. (가) 처분청은 청구법인에게 세무조사 중지신청을 강요하였다.
1. 처분청의 조사팀은 2021.12.9. 처분청을 방문한 청구법인의 당시 대표이사(F)에게 배우자에 대한 세무조사를 실시하겠다고 겁박하여 세무조사 중지(3차)를 신청하도록 강요하였는바, 이러한 사정은 2차 중지신청서에는 모든 기재내용이 인쇄되어 있고 서명란에만 도장이 날인되어 있는 것과 달리, 3차 중지신청서에는 일부만 인쇄되어 있고 신청기간, 신청사유, 서명이 수기작성된 점을 볼 때 조사팀이 미리 작성해 둔 신청서에 F이 비자발적으로 서명한 것임을 알 수 있다.
2. 청구법인의 3차 세무조사 중지신청서에 의하면 신청사유가 ‘자료해명 시간필요’로 기재되어 있으나, 이는 정당한 중지사유로 보기 어렵다. 국세기본법 시행령 제63조의9 와 국세기본법 제81조의7 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의7 제1항에서 세무조사 중지사유를 정하고 있으나, 청구법인의 경우 이에 해당하는 바가 없으므로 F에게 중지신청을 강요한 것은 조사권을 남용한 경우에 해당한다. (나) 처분청은 세무조사 중지를 세무조사의 연장으로 이용하였다.
1. 처분청은 2차 중지기간(2021.10.1.∼2021.11.30.) 중에 수차례 전화로 자료제출을 독촉하였고, 그에 따라 청구법인은 3차례에 걸쳐 수백장이 넘는 소명자료를 제출하였으며, 3차 중지기간(2021.12.10.∼2021.12.19.)에도 3차례에 걸쳐 소명자료를 제출하였다.
2. 처분청은 조사 중지기간 중에 청구법인 측과 통화한 사실을 인정하면서도 질문조사권을 행사한 것이 아니라고 주장하나, 2차 중지기간 중에 45일이 지난 2021.11.15.경 청구법인 측에 전화할 이유는 질문조사밖에 전혀 없다.
3. 청구법인의 세무대리인과 F은 조사 중지기간 중에 조사팀과 36차례(수신 6건, 발신 30건)나 통화한 사실이 있는바, 조사 중지를 조사 연장으로 활용하였음을 알 수 있다.
4. 4차 중지의 경우도 당초 조사기간 만료일(2022.1.20.)의 17시 48분경 통지하면서 중지기간을 2022.2.9.까지 하고, 재개되는 조사기간을 온전한 하루를 포함하여 2022.2.10.까지 연장한 것은 위법한 것이다. (다) 처분청은 과도하게 소명을 요구하였고 F을 조세범칙혐의자로 표시하여 거래처에 보내는 등 세무조사권을 남용하였다. 1) 국세기본법 제81조의4, 제81조의8, 제81조의9 등에 의하면 필요한 최소한의 범위에서 조사하여야 한다고 명시하고 있다.
2. 처분청은 F에게 수시로 전화하여 세무조사를 진행하였고, F을 자료상 혐의자로 표시하여 거래처에 거래사실확인을 요구하고 업계에 조세범칙혐의자라는 사실을 알려 계약 보류 및 해지 등의 불이익을 당하게 하였다. (라) 처분청은 청구법인이 과세전적부심사를 청구하자 조세범칙조사를 개시조차 하지 않았음에도 고발을 하였다며 과세전적부심사의 대상에서 제외하였으며, 고발서에 대한 정보공개청구도 거부하는 등 청구법인과 F에게 고통을 주기 위한 행정을 하고 있는바, 행정기본법 제8조 의 법치행정의 원칙, 조세법률주의 등에 반한다. (마) 청구법인의 대표이사를 조사대상자로 선정하지 아니한 이 건 세무조사는 위법하다. 1) 조세범 처벌절차법 제7조 제1항 제1호 에 의하면 “지방국세청장 또는 세무서장은 조세범칙행위 혐의자를 처벌하기 위하여 증거수집 등이 필요한 경우에는 조세범칙조사를 실시하여야 한다”고 규정하고 있다. 2) 조세범 처벌법 제18조 에 의하면 법인의 대표자 등이 그 법인의 업무에 관하여 이 법에서 정하는 범칙행위를 하면 그 법인에게도 벌금형을 과한다고 규정하고 있다.
3. 따라서 조세범칙의 조사대상은 법인의 대표자 등을 조사대상자로 선정하여야 하나, 이 건의 경우 법인만을 조사대상으로 하여 위법하다.
4. 청구법인의 대표이사인 F은 조세범칙조사의 통지를 송달받은 사실이 없고, 청구법인(직원)에게만 송달한 것은 송달받아야 할 자에게 도달한 경우로 볼 수 없는바, 이와 같은 위법한 조사에 근거한 처분은 위법하다. (바) 조세범 처벌절차법 제7조 및 제9조 제1항에 의하면 조세범칙행위가 진행 중인 경우나 조세범칙행위 혐의자가 도주 또는 증거를 인멸할 우려가 있어 압수ㆍ수색영장을 발부받을 시간적 여유가 없는 경우 외에는 조세범칙조사심의위원회의 심의를 거쳐 조세범칙조사를 실시하여야 하나, 이 건은 그러한 경우에 해당하지 않음에도 심의를 거치지 않았는바 위법하다.
(2) 쟁점매출세금계산서는 가공세금계산서에 해당하지 아니한다. (가) 쟁점매출거래는 정상적인 거래이다.
1. A는 유한회사 G 및 H 주식회사(이하 각 발전소를 “G”, “H”, 합하여 “쟁점발전소”라 한다)로부터 발전소공사(이하 “쟁점발전소공사”라 한다)를 도급받았다.
2. 청구법인은 2020.12.14. 원청업체인 A로부터 공급가액 합계 OOO원에 쟁점발전소공사에 대한 하도급을 받았고, 같은 날 주식회사 I(이하 “I”라 한다)에게 공급가액 합계 OOO원에 재하도급을 주었다.
3. 청구법인은 계약내용에 따라 쟁점발전소공사를 관리ㆍ감독하여 준공하였고, 2020.12.21.부터 2021.2.17.까지 A로부터 6회에 걸쳐 합계 OOO원(공급대가)을 지급받았다.
4. 청구법인은 A와 쟁점발전소공사 외에도 J, K 등의 10건 이상 공사를 성공적으로 진행한 이력이 있고, 가공세금계산서를 발급할 이유가 전혀 없다. (나) 쟁점발전소가 제기한 심판청구(조심 OOO, 이하 “쟁점발전소심판청구”라 한다)에서 재조사결정이 있었고, 그에 따른 재조사에서 일부 거래가 정상적인 것으로 인정된 바 있다.
1. 청주ㆍ대전세무서장은 쟁점발전소가 A 등과 가공세금계산서를 수수하였다고 보아 부가가치세를 경정하였으나, 쟁점발전소는 2021년 12월경 심판청구를 제기하였고, 조세심판원장은 2022년 6월경 재조사결정을 하였다.
2. 청주세무서장은 재조사한 결과, A가 G에 대하여 발급한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 중 OOO원에 해당하는 거래는 실제 용역을 제공하였고 나머지 OOO원의 경우 L 주식회사(이하 “L”라 한다)가 공급하였다는 내용으로 일부인용하는 결정을 하였는바, A의 하도급거래인 청구법인의 거래도 정상적인 것으로 인정되어야 한다. (다) 처분청은 I가 쟁점발전소에 공사용역을 제공하였고, L로부터 부족한 자금을 제공받아 발전소를 완공한 것이라는 의견이나, 이는 근거 없는 것이다.
1. A는 하도급업자인 I에게 2021.12.21. 선급금OOO원을, 같은 날 청구법인에게 OOO원을 지급하였고, 공사가 완료되었다.
2. L는 2020.12.28. I와 계약을 체결하였는바, 당시에는 이미 대부분의 공사가 완료되어 한국전기안전공사에 사용전검사 신청이 이미 접수된 상태였음에도, A로부터 공사실적을 가로채기 위해 계약을 체결한 것이며, 2020.12.30. 사용전검사 승인이 나자마자 쟁점발전소에 매출세금계산서를 발행하였다.
3. 청주세무서장은 A의 G에 대한 OOO원 상당의 공사용역을 사실로 인정하여 처분을 변경하였는바, 청구법인의 A에 대한 쟁점매출거래도 가공거래라고 볼 수 없다.
4. 대전세무서장은 청주세무서장과 달리 동일한 사실관계에도 불구하고 H와 A의 거래를 가공거래로 보아 처분을 유지하였는데, 이는 재조사를 소홀히 하고 직무를 유기한 것이다.
(3) 쟁점매입세금계산서는 가공세금계산서에 해당하지 아니한다. (가) 쟁점매입거래의 내용은 아래와 같다.
1. 청구법인은 D, C와 함께 AI 기술에 기반하여 발전효율을 제고시키는 EMS솔루션 개발을 기획하였는바, D과 C가 쟁점발전소로부터 발전데이터를 구매하여 이를 가공한 다음 청구법인에게 공급하면 청구법인이 EMS솔루션을 완성하여 다른 태양광발전소에 공급하기로 하였고, 2020년 12월경 20여개의 태양광발전소에 연간 OOO원을 20년간 지급받기로 하는 내용의 사전계약을 체결하였다.
2. 처분청은 데이터의 가치가 없다는 의견이나, EMS솔루션을 상용화하기 위해서는 인공지능을 위한 학습용 데이터가 필요하고, 정부에서도 여러 ‘인공지능 학습용 데이터 구축사업’을 지원하고 있는 사정을 감안하면 발전데이터의 가치가 없다고 단정하는 것은 부당하다.
3. 또한 처분청은 데이터 관련 사업이 상용화 단계에 이르지 않아 그 사업가치를 인정하기 어렵다는 의견이나, 데이터 구축사업에 대한 지원목적은 인공지능 학습용 데이터의 구축에 있고 이를 활용한 인공지능 모델 및 알고리즘 개발이 아니므로 반드시 상용화 수준이 요구되는 것은 아니다.
4. 청구법인이 시공한 G의 경우 모듈 탈부착, 모듈 판넬 각도조절 등을 시험하기에 좋은 조건을 갖추고 있고, 2021년의 1일 평균 전력생산량이 4.23MW로, 전국 평균(3.6MW)보다 0.63MW이 많이 생산하였으며, 이는 연간 OOO원 상당의 초과 수익이 발생한 것이다.
5. 쟁점발전소에서 2022년 4월경 EMS솔루션을 적용하여 1일 전력생산량을 실험한 결과 최대 5.82MW까지 향상시킬 수 있는 것으로 나타났고, 쟁점발전소의 경우 부지면적이 넓어 여러 조건을 달리해 가면서 발전데이터를 수집할 수 있는 좋은 조건을 갖추고 있다. (나) C와의 매입거래는 정상거래이다.
1. C는 7명의 석박사 등이 근무하고 있는 등 EMS솔루션을 개발할 수 있는 능력을 보유하고 있는 법인이다.
2. 청구법인은 2020.12.1. C와 ‘용역업무표준계약서(쟁점발전소 개발 및 구축사업계약)’(공급가액 합계 OOO원, 이하 “발전소용역계약”이라 한다)를 각 체결하였는바, “발전효율 최적화를 위한 기술적용에 필요한 데이터 수집/분석 기술개발, 수집된 데이터의 소유권 이전”의 용역을 제공받기로 하고, 2021.2.8.부터 2021.2.15.까지 공급대가 OOO원을 지급하였으나, 이후 강도 높은 세무조사로 인해 거래처와의 계약이 파기되었다.
3. 또한 청구법인은 2020.12.1. C와 ‘수소발전(연료전지)에 적합한 AI기반 EMS솔루션 개발 및 구축계약’(공급가액 OOO원, 이하 “수소EMS솔루션계약”이라 한다)을 체결하였는바, 쟁점발전소가 D, C에 데이터를 공급하면, D, C에서 데이터를 가공한 후 청구법인에게 공급하고 청구법인이 EMS솔루션을 완성하는 계획을 하였으며, 계약내용에 따라 2021.12.22. 선금 OOO원(공급대가 OOO원)을 지급하였으나, 청구법인과 C에 대한 세무조사로 인해 연구개발사업이 진행될 수 없게 되어 계약이 중지되었다. (다) D과의 매입거래는 정상거래이다.
1. D은 배전선로 원격모니터링 장치 등 4개의 특허권을 보유하고 있는 법인이다.
2. 청구법인은 2020.12.1. D과 발전소용역계약(공급가액 OOO원)을 각 체결하였는바, 2021년 1월경 해당 발전소의 발전효율 최적화를 위한 데이터 및 기술에 관한 개발보고서를 제출받은 후 2021.2.15. 계약금 OOO원을 각 지급하였으나, 해당 계약은 쟁점발전소의 매각을 전제로 체결한 것인데, 매각이 무산되자 데이터를 공급할 수 없게 되어 관련 계약을 합의해제하고 수정세금계산서를 발급하게 되었다.
3. 또한 청구법인은 2020.12.1. D과 ‘차세대 EMS솔루션 개발사업계약’(이하 “차세대EMS솔루션계약”이라 한다, 공급가액 OOO원)을 체결하였는바, 선금 OOO원과 기술료 OOO원을 지급하였으나, 이후 청구법인 등에 대한 세무조사로 연구개발사업을 진행할 수 없게 되어 계약을 해제하게 되었고, 2021.1.20. D과의 ‘특허사용계약’(공급가액 OOO원)을 체결한 후 계약금 및 잔금 OOO원을 지급하였으며, 이는 정상거래이다. (라) E와의 매입거래는 정상거래이다.
1. 청구법인은 E로부터 발전소 공사에 소요되는 모듈 2개를 공급받기로 하였으나, 쟁점발전소 공사계약이 해지됨에 따라 청구법인이 공사를 진행하는 M에 공급하였다.
2. 그 과정에서 M의 명목으로 세금계산서를 발급하였어야 하나, E 직원의 착오로 당초 쟁점발전소 명목으로 세금계산서를 발급하였고, 이를 뒤늦게 알게 되어 수정세금계산서를 발급하였다.
(4) 가공세금계산서에 대한 수정세금계산서 수수행위는 가산세 부과의 대상에 해당하지 아니한다. (가) 앞서 본 바와 같이 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서이므로 그에 대하여 발급한 쟁점수정세금계산서는 가산세의 대상이 되지 아니한다. (나) 설령 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보더라도 수정세금계산서는 가산세의 대상이 되는 세금계산서로 볼 수 없다. (다) 판례는 “공급가액이 음수인 수정세금계산서를 발급ㆍ수취한 행위는 새로이 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 것을 내용으로 하는 가공의 세금계산서를 발급ㆍ수취하기 위한 것이 아니라 앞선 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발급ㆍ수취한 행위를 바로잡기 위한 방편에 불과하므로 구 조세범 처벌법 제10조 제3항 제1호 에서 정한 죄에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다”고 판시한 바 있고(대법원 2020.10.15. 선고 2020도118 판결, 참조), 국세청 심사청구에서도 “가공세금계산서를 수수한 과세기간 중 수취대상이 아닌 수정세금계산서를 수수하여 과세표준을 시정한 행위를 신고납세 등 의무를 위반했다고 보아 가산세를 부과하는 것은 부당하다”고 결정한 바 있다(심사부가 2018-31, 2020.1.15., 참조).
(1) 이 건 세무조사는 적법하다. (가) 처분청은 청구법인에게 세무조사 중지신청을 강요한 사실이 없다.
1. 청구법인은 당초 서울지방국세청의 납세자보호위원회에서 세무조사 중지신청서가 조작되었다고 주장하였다가, 신청서 작성모습이 담긴 CCTV영상 등을 근거로 문제가 없다고 결정되자, 국세청의 납세자보호위원회에서부터 주장을 변경하여 처분청이 F을 겁박하였다고 주장하고 있다.
2. 처분청이 조사기간 중인 2021년 12월초에 F의 배우자(청구법인의 2020.4.6.∼2021.9.15. 대표이사)의 계좌를 통한 혐의거래에 대하여 소명을 요구하자, 청구법인은 2021.12.20.까지 확인서 등을 제출하겠다며 세무조사 중지(3차, 2021.12.10.∼2021.12.19.)를 신청하였다. (나) 처분청은 세무조사 중지기간을 세무조사의 연장으로 이용하지 않았다.
1. 청구법인은 소명자료 준비를 이유로 총 3회의 조사 중지신청(140일)과 1회의 조사 기간연장(50일)을 요청하였고, 그럼에도 1차 조사중지 재개일(2021.8.9.)까지 소명자료를 제출하지 않는 등 비협조적이었으며, 처분청이 거래처에 해명안내문을 발송하자 청구법인이 거래처로부터 전화가 너무 많이 와서 사업을 할 수 없다고 하소연하면서 청구법인이 거래사실관계에 대한 소명자료를 제출하겠다고 제안하여 거래처 사실확인을 중단하였으나 계속해서 소명자료가 제출되지 않았다.
2. 청구법인의 세무대리인은 거래처인 H와 G에 대한 이의신청을 접수(2021.8.26.)하였고, 그 결과가 나올 때까지 기다려 달라며 2차 중지를 신청하였으며, 2차 중지기간 중에 청구법인이 자발적으로 일부 자료를 제출하였으나, 단순자료에 불과하였고, 처분청이 원하는 거래사실에 대한 해명내용은 전혀 없었다.
3. 처분청은 2021.12.1. 조사재개일에 공문으로 관련 서류를 구체적으로 명시하여 제출을 요구하였고, 이에 청구법인이 소명자료의 준비를 이유로 3차 중지를 요청하였으며, 3차 중지기간 중에 일부 자료를 제출하였으나, 이는 본인들이 신청한 경정청구의 증빙자료 및 조사재개 시 요구한 해명자료에 불과하였으며, 처분청이 조사 중지기간에 추가로 자료제출을 요구한 사실이 없다.
4. 청구법인은 통화내역을 증빙으로 제출하였으나, 이는 처분청의 조사팀과의 통화내역뿐 아니라 다른 부서와의 통화내역까지 포함된 것으로, 이마저도 청구법인의 발신전화가 대부분이므로 처분청이 수시로 자료를 요구하였다고 볼 수 없다.
5. 청구법인의 세무대리인은 이 건 조사 외에도 거래처인 D에 대한 조사, 청구법인의 경정청구 신청 등 여러 업무가 있었기 때문에 청구법인이 제출한 통화내역은 그와 관련된 것으로 추정된다. (다) 처분청은 과도하게 소명을 요구하거나 세무조사권을 남용하여 거래처에 소명요청한 사실이 없다.
1. 처분청은 부가가치세법 제74조 에 따라 정당한 질문ㆍ조사권을 행사하였다.
2. 처분청은 청구법인의 자료상 혐의를 조사하면서 원칙적으로 모든 매입ㆍ매출처를 확인하여야 하는 의무가 있으나, 과도한 조사가 되지 않도록 청구법인의 외형 등을 고려하여 과세기간별 거래가액 합계 1천만원 이상의 일부 거래처에 대해서만 소명요청을 하였다.
3. 처분청은 청구법인이 2021년 8월경 거래처로부터 전화가 많이 와 사업을 진행할 수 없다고 하소연함에 따라 자료제출을 독촉하지 않는 등 청구법인의 사정을 최대한 배려하면서 조사를 진행하였다. (라) 처분청은 절차를 위반한 사실이 없다.
1. 처분청은 2021.4.13. 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하던 중 2021.12.22. 범칙조사로 전환하여 범칙조사 통지서를 송달하려 하였으나 사업장에서 문을 열어주지 않았고, 청구법인이 2021.12.23. 권리보호를 요청하여 조사가 중지된 후 재개된 2022.1.18.에 범칙조사 통지서 등을 적법하게 송달하였다.
2. 처분청은 2022.3.2. 확인된 증거자료 등을 토대로 조세범칙조사심의위원회의 승인을 얻어 청구법인을 고발하였고, 조세범 처벌절차법 제17조 제1항 및 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 제8조의2 에 따라 통고처분 절차를 생략한 것으로, 절차적인 위법이 없다.
(2) 쟁점매출세금계산서는 재화 또는 용역의 공급 없이 발행된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (가) 쟁점발전소공사는 I가 하였고, 자금부족으로 인해 청구법인과 A를 거래에 참여시켰다가 계약이 파기된 후, L로부터 자금을 지원받기로 하고 L를 쟁점발전소공사의 도급업체로 참여시킨 것이다.
1. I는 2020년 6월 말경 N 주식회사 등으로부터 토지조성공사에 필요한 중장비를 공급받아 기반공사를 완료하였으나, 자금부족으로 모듈과 인버터 등의 핵심자재를 공급받지 못하게 되자, 자금조달을 위해 쟁점발전소를 완공한 후에 청구법인에게 매각하기로 하고, 청구법인을 통하여 A로부터 자금을 조달하는 약정을 맺었다.
2. 그러나 쟁점발전소를 청구법인에게 매각할 수 없게 되자 청구법인은 I에 자금을 지원하지 않았고, 그에 따라 I는 L로부터 자금을 제공받아 발전소를 완공하였는바, 이러한 거래사실은 I가 L에 발급한 세금계산서와 O 주식회사(이하 “O”라 한다)가 L에 핵심자재(모듈과 인버터)를 공급하고 세금계산서를 발급한 사실 등을 통해 확인된다. (나) 청구법인은 I와의 거래가 파기되었음에도 수정세금계산서를 발급하지 아니하고, 마치 본인들이 쟁점발전소공사를 한 것처럼 2021.1.8. 쟁점매출세금계산서를 발급하였고, 매입세금계산서도 수취하여 ‘청구법인 → A → 쟁점발전소 → C, D → 청구법인’의 순으로 거래를 구성하였다. (다) 청구법인은 매출에 대한 공급대가를 지급받았다며 금융증빙을 제시하였으나, 2021.2.9.부터 2021.2.17.까지 ‘청구법인 → C, D → 쟁점발전소 → A → 청구법인’ 순으로 약 OOO원의 자금을 4∼5회 회전시킨 것으로 확인된다.
(3) 쟁점매입세금계산서는 가공세금계산서에 해당한다. (가) C와의 매입거래는 가공거래이다.
1. 청구법인은 C와 발전소용역계약(2020.12.1.), 수소EMS솔루션계약(2020.12.1.)을 체결하고 정상적으로 세금계산서를 수취하였다는 의견이나, 해당 거래는 쟁점발전소와 관련한 회전거래의 일부로 실제 재화나 용역을 공급받지 않고 수취한 가공거래이다.
2. 쟁점발전소를 조사한 청주ㆍ대전세무서장은 위 데이터가 아무런 가치가 없다고 보아 가공거래로 고발하였고, C의 대표도 역삼세무서장의 조사에서 아무런 용역을 제공하지 않았다고 진술한 바 있다.
3. 정상거래였다면 발전이 시작된 2021년 1월 이후 데이터를 제공받았어야 하나 2021년 6월까지 아무런 데이터를 제공받지 않았고, 대금지급도 청주세무서가 G에 대한 현장확인을 실시하자 일부 금액을 회전시켜 지급하였으며, 수정세금계산서를 발급한 이후에도 대금을 회수하지 않고 있는 점 등을 볼 때 이와 관련한 거래는 가공거래이다.
4. 청구법인은 쟁점발전소의 매수계약이 무산되고 세무조사로 사업을 진행할 수 없었다고 주장하나, 쟁점발전소의 매수계약이 무산된 것은 2020.12.31.인데 세금계산서는 2021.1.8. 발급되었고, 쟁점발전소의 이의신청이 기각되기 전까지 아무런 소명자료를 제출하지 않았는바, 청구주장은 타당하지 아니하다.
5. 처분청이 수소EMS솔루션계약에 대한 거래사실증명서류의 제출을 요구하였으나, 청구법인과 C는 계약서, 세금계산서, 대금증빙 외에 아무런 증빙자료를 제출하지 않았다.
6. 청구법인은 C에 거래대금을 정상적으로 지급하였다고 주장하나, 청구법인이 2020.12.22. C에 OOO원을 지급한 것으로 나타나나, 이를 곧바로 주식회사 P, 주식회사 Q, 주식회사 R로 이체한 후, 다시 배우자의 계좌(OOO원)를 거쳐 다시 F의 계좌(OOO원)로 이체한 것으로 확인된다.
7. 수소EMS솔루션계약을 보더라도 총공급가액 OOO원 중 인건비가 OOO원으로 구성되나 C의 2020년 총 인건비가 OOO원에 불과한바, 가공거래임을 뒷받침하며, 수정세금계산서를 수취한 이후에 선급금 OOO원을 회수하지 않은 점을 보더라도 해당 거래는 가공거래이다. (나) D과의 매입거래는 가공거래이다.
1. 청구법인은 D과 발전소용역계약(2020.12.1.), 차세대EMS솔루션계약(2020.12.1.), 특허사용계약(2021.1.20.)을 체결하고 정상적으로 세금계산서를 수취하였다는 의견이나, 해당 거래는 쟁점발전소와 관련한 회전거래의 일부로 실제 재화나 용역을 공급받지 않고 수취한 가공세금계산서이다.
2. D은 청구법인과 비슷한 시기에 처분청의 조사를 받았고 그 결과 쟁점발전소로부터 실제 제공받은 데이터가 없으며, 차세대EMS솔루션계약과 관련한 용역에 대한 근거를 제시하지 못하여 가공확정되었으며 통고처분 및 과태료가 납부되었다.
3. 청구법인은 관련 거래대금을 지급하였다고 주장하나, 2021년 2월경 약 OOO원의 금액으로 4∼5회에 걸쳐 자금을 회전시킨 사실이 확인된다. (다) E와의 매입거래는 가공거래이다.
1. 청구법인은 청주세무서장 및 대전세무서장의 조사 당시 청구법인과 E가 쟁점발전소공사를 진행하다가 산사태로 공사현장이 매몰되어 이를 L와 I가 마무리한 것처럼 주장하였고, 계약서 및 합의서 등의 허위의 증빙을 제출하였다.
2. 청주세무서장은 위 주장이 거짓임을 알지 못하고 조사를 종결하였으나, 대전세무서장이 발전소 현장확인을 통해 공사현장이 매몰된 사실이 없음을 밝혀내자 대전세무서장의 세무조사가 종결된 직후인 2021.5.27. 수정세금계산서를 수수하였다.
3. G의 이의신청에서 E의 대표는 실제 공사를 진행한 사실이 없다고 진술하였는바, 이 건 세금계산서는 가공세금계산서임이 명확하다.
(4) 가공세금계산서에 대한 수정세금계산서 수수행위는 가산세 부과의 대상이 된다. (가) 청구법인은 재화나 용역의 공급 없이 쟁점세금계산서를 수수하였고, 이 건 세무조사 착수 이후에 쟁점세금계산서에 대한 수정세금계산서를 수수하였다. (나) 부가가치세법 시행령 제70조 에서는 수정세금계산서 발급사유를 열거하고 있는바, 청구법인의 경우 당초 쟁점세금계산서의 오류를 바로잡을 목적으로 발급한 경우에 해당하지 아니하고 세무조사 착수 이후에 가공세금계산서에 대하여 수정세금계산서를 수수하는 행위는 적법한 발급대상으로 보기 어렵다. (다) 심지어 A와의 OOO원 상당의 매출거래, C와의 OOO원 상당의 매입거래에 대해서는 수정세금계산서를 수수하지 않는 등 일부 거래에 대해서만 수정세금계산서를 발급하였는바, 계약의 해제로 발급하였다는 청구주장과도 모순된다.
① 이 건 처분이 위법한 세무조사에 의한 것인지 여부
② 쟁점매출세금계산서가 가공세금계산서인지 여부
③ 쟁점매입세금계산서가 가공세금계산서인지 여부
④ 쟁점수정세금계산서를 수수한 행위에 대하여 가산세를 부과한 처분의 당부
(1) 쟁점①과 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 아래와 같이 2021.4.13.부터 2022.2.10.까지 청구법인의 2020년 제2기 부가가치세에 대한 세무조사를 실시하였고(2021년 제1기 부가가치세는 2021.8.17.부터 2022.2.10.까지), 세무조사 중지 등의 경위는 아래와 같다. (나) 처분청은 2021.12.22. 청구법인에 대한 세무조사를 범칙조사로 전환승인받았고, 2021.12.23. 청구법인에게 ‘조세범칙조사 통지’를 발송하여 송달되었으나, 청구법인이 같은 날 국세기본법 제81조의18 및 납세자보호사무처리규정에 따른 권리보호를 요청하여 조사가 중지되자, 세무조사가 재개된 2022.1.17. 다시 청구법인에 ‘조세범칙조사 통지’ 공문OOO을 발송하였으며, 이는 2022.1.18. 청구법인의 직원이 수령한 것으로 확인된다. <표3> 조세범칙조사 개시통지 및 송달내역(2020년 제2기분) 조세범칙조사 통지내용 조사대상자 청구법인 조세범 처벌법 위반혐의 조항 조세범 처벌법 제10조 조사대상 과세기간 2020.7.1.∼2020.12.31. 조사기간 2021.4.13.∼2022.1.20. 조세범칙조사 개시일 2022.1.17. 조사사유 거짓 세금계산서 수수혐의 송달내역 발송일 2022.1.17. 수령일 2022.1.18. 수령인 S - 회사동료 (다) 청구법인이 제시한 주요 증빙은 아래와 같다.
1. 청구법인은 처분청이 청구법인을 겁박하여 세무조사 중지신청을 강요하였고 조사 중지기간 중에 세무조사를 진행하였다고 주장하며, 세무조사 중지신청서(2차, 3차)와 세무조사 중지기간 중 통화내역 및 자료제출내역을 증빙으로 제시하였는바, 통화횟수는 아래 <표4>와 같다. 이에 대하여 처분청은 세무조사 중지신청을 강요한 객관적 사정이 확인되지 아니하고, 청구법인이 제시한 통화내역은 조사팀 외 처분청의 다른 부서와의 통화내역도 포함된 것이며, 처분청의 조사담당자(이광식 조사관)의 사무실 통화기록에 의하면 13회만 확인되며, 이마저도 관련 사건의 불복기각결정 또는 조사재개일 직전의 방문일정 조율 등을 목적으로 한 것이라는 의견이다. <표4> 통화횟수 (단위: 건) 통화기간 (조사중지기간에 해당) 청구법인 제시 처분청 제시 발신 수신 합계 발신 수신 합계 2021.11.1.∼2021.11.30. 25 6 31 3 3 6 2021.12.10.∼2021.12.19. 6 1 7 3 4 7 합계 31 7 38 6 7 13
2. 처분청은 청구법인의 거래처에 ‘세금계산서 거래내역 조회’를 발송하여 소명을 요구하였는바, 청구법인은 처분청이 청구법인을 ‘자료상 혐의자’로 표시함에 따라 청구법인에게 손해를 끼쳤고 이는 세무조사권을 남용한 것이라고 주장한다. (라) 처분청이 제시한 주요 증빙은 아래와 같다.
1. 처분청은 조사 중지기간이 끝나고 조사가 재개된 시점에 질문조사권을 행사하였다며 아래와 같이 조사재개일(2021.12.1.)에 시행한 공문을 증빙으로 제시하였다. <자료요구 공문(처분청 OOO, 2021.12.1.)> 제목: 장부 및 서류 등 자료 제출 요구 귀하에 대한 세무조사와 관련하여 부가가치세법 제74조 질문ㆍ조사 규정 등에 따라 아래 자료 제출(소명)을 2021.12.3.(금)까지 요구합니다. ㅇ 2020.2기～2021.1기 귀속 부가가치세 신고내용 관련 자료 (세부내역 붙임 문서 참조) 연번 요청자료 비고 1 T 외 7
• 청구법인과 S(주) 및 ㈜A와 관련된 계약서 발전소 진행상황, 금융거래 내역 등 구체적인 관련 서류
• 청구법인의 구체적인 업무관련 서류(용역의 공급내용, 대금집행된 내역 등) ⋮ 15 (생 략)
2. 처분청은 청구법인의 권리보호 심의요청 건에 대한 서울지방국세청 및 국세청 납세자보호위원회의 기각의결 결과(2022.1.7., 2022.2.7.)를 제시하였는바, F이 중지신청서를 작성한 영상이 CCTV에서 확인되고 세무조사 중지신청을 강요한 사실이나 중지기간에 질문조사권을 행사한 사실이 없다고 보아 기각결정한 것으로 확인된다.
(2) 쟁점거래와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 쟁점세금계산서(OOO매, 공급가액 합계 OOO원) 및 쟁점수정세금계산서(OOO매, 공급가액 합계 △OOO원)를 가공세금계산서로 보아 OOO와 같이 2020년 제2기 부가가치세OOO원 및 2021년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. (나) 처분청은 청구법인이 실물거래 없이 세금계산서를 수수하였다고 보아 2022.3.2. 조세범 처벌법 및 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반 혐의(혐의금액: 공급가액 OOO원)로 청구법인의 대표이사 F 및 양벌규정을 적용하여 청구법인을 고발하였고, OOO은 2022.11.15. 같은 이유로 서울중앙지방검찰청에 송치한 것으로 확인된다. (다) 쟁점발전소의 심판청구 경위는 아래와 같다.
1. G와 H는 A와의 매입거래, CㆍD과의 매출거래에 대하여 가공거래가 아니라는 이유로 2021.12.27. 우리 원에 심판청구(쟁점발전소심판청구)를 제기하였고, 우리 원은 2021.6.7., 2021.6.21. “A가 쟁점발전소의 공사를 진행하였는지 여부와 쟁점발전소가 C 및 D과 공급계약한 실체가 있었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다”는 취지로 재조사결정을 하였다.
2. 청주세무서장은 재조사 후 아래와 같이 G가 A로부터 일부 공사용역(공급가액 OOO원)을 실제 제공받았다고 보아 감액경정하였고, 반면 대전세무서장은 재조사 후 H와 A 간의 거래를 가공거래로 보아 원처분을 유지하였다.
(3) 쟁점매출거래와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점발전소는 2020.12.11. 사용전검사를 신청하여 2020.12.30. 승인을 받았고, 그 신청서에 의하면 시공자는 I로 기재되어 있으며, 그 외에 ‘전기사업용 전기설비 공사계획 신고 확인증(2020.12.7.)’, 감리원배치확인서(2020.11.26.), ‘점검 및 시험성적서 측정/시험 총괄표(2020.12.22.)’에서 I가 시공자로 기재되어 있다. (나) 청구법인은 OOO과 같이 A에 G 및 H 공사에 관한 합계 OOO원(공급가액)의 쟁점매출세금계산서(4매)를 각 발급하였고, 이후OOO원에 대하여 수정세금계산서를 발급하였다. 한편 L는 쟁점발전소를 공급받는 자로 하여 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 발급하였고(작성일 2020.12.30., 발급일 2021.1.7.), 2021.12.31. I 및 O로부터 공급가액 합계 OOO원, OOO원의 세금계산서를 각 수취한 것으로 확인되는바, 처분청은 L가 I에 재하도급하여 쟁점발전소에 공사용역을 제공하였다는 의견이다. (다) 청구법인은 아래와 같은 증빙을 제시하였다.
1. I, G 및 H 대표자의 확인서에 의하면, I가 쟁점발전소공사를 진행하던 중 자금부족으로 인해 쟁점발전소 대표의 위임을 받아 쟁점발전소를 청구법인의 대표에게 양도하였고, A 및 청구법인과 공사계약을 체결한 것이라는 내용이 나타난다.
2. G는 2020.12.14. A와 공사도급계약(공급가액 OOO원)을 체결하였고, 청구법인은 같은 날 아래와 같이 A와 하도급계약(공급가액 OOO원)을 체결한 후, 다시 I에게 재하도급(공급가액 OOO원)한 것으로 나타나나(H의 경우도 같은 내용의 계약관계가 확인된다), 청구법인과 I 간 공사용역에 관한 세금계산서는 발급되지 않은 것으로 확인된다.
3. 청구법인은 2020.12.21.부터 2021.2.17.까지 A로부터 7회에 걸쳐 쟁점발전소공사의 공급대가 OOO원을 입금받은 것으로 나타난다.
4. 청구법인은 청구법인과 A 간의 쟁점매출거래가 정상거래에 해당한다고 주장하며, 현장사진(공사현장, 사용전검사 참관), I가 A에 발급해 준 선금지급보증서 등을 제시하였다. (다) 처분청은 아래와 같은 증빙을 제시하였다.
1. 처분청은 L가 쟁점발전소에 공사용역을 제공하였다는 의견으로, 해당 도급계약서(용역업무 표준계약서, 2020.12.7.), H 대표이사 및 L의 소명내용을 제시하였고, 청구법인이 공사용역을 제공하였다는 주장을 뒷받침하는 기성청구서, 실제 공사 진행에 대한 증빙이 확인되지 않아 청구주장을 받아들이기 어렵다는 의견이다.
2. 처분청은 아래 <표8>과 같이 청구법인의 금융거래내역을 제시하였는바, 2021.2.8.부터 2021.2.16.까지 청구법인이 약 OOO원의 자금으로 쟁점매입거래의 매입처에 거래대금을 지급하고 이를 회전시켜 거래대금을 회수하였다는 의견이다. <표8> 금융거래내역 (단위: 천원) 거래일 금융흐름 출금액 입금액 2021.2.8.∼ 2021.2.9. 청구법인 → C → H → A → 청구법인 OOO OOO 2021.2.9.∼ 2021.2.10. 청구법인 → C → G → A → 청구법인 OOO OOO 2021.2.10.∼ 2021.2.15. 청구법인 → C → H → A → 청구법인 OOO OOO 2021.2.15.∼ 2021.2.16. 청구법인 → C → G → A → 청구법인 OOO OOO 2021.2.15.∼ 2021.2.16. 청구법인 → D → 쟁점발전소 → A → 청구법인 OOO OOO 합계 OOO OOO
3. 안양세무서장은 A에 대하여 조사하였는바, 아래와 같이 쟁점발전소공사를 실제 수행한 것은 I이고 쟁점발전소와 A 간의 도급거래 및 A와 청구법인 간의 하도급거래를 가공거래로 보아 부가가치세를 경정하는 한편, 2023년 1월경 조세범 처벌법 제10조 위반 혐의로 고발한 것으로 나타난다.
(4) 쟁점매입거래와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점발전소가 제기한 심판청구의 재조사결정에 따른 처분청의 재조사결과(쟁점매입거래 관련)는 OOO 원처분을 유지하였다 (나) C와의 거래와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.
1. 청구법인은 아래 <표9>와 같이 C로부터 합계 OOO원(공급가액)의 쟁점매입세금계산서를 수취하였고, 이후 합계 OOO원에 대하여 수정세금계산서를 수취하였다. <표9> C 관련 매입세금계산서(C→청구법인) (단위: 원) 연번 작성일자 발급일자 공급가액 비고 수정세금 계산서 (발급일자) 공급자 1 2020.12.21. 2020.12.22. OOO 수소EMS솔루션 미발행 C 2 2020.12.30. 2021.1.8. OOO 발전소용역 발행 (2017.7.21.) 3 2020.12.30. 2021.1.8. OOO 합계
• - OOO
• -
2. 청구법인이 제시한 증빙은 아래와 같다.
3. 처분청이 제시한 증빙은 아래와 같다.
1. 청구법인은 아래 <표11>과 같이 D으로부터 합계 OOO원(공급가액)의 쟁점매입세금계산서를 수취하였고, 이후 합계 OOO원에 대하여 수정세금계산서를 수취하였다. <표11> D 관련 매입세금계산서(D→청구법인) (단위: 원) 연번 작성일자 발급일자 공급가액 비고 수정세금 계산서 (발급일자) 공급자 1 2020.12.30. 2021.1.8. OOO 발전소용역 발행 (2021.6.10.) D 2 2020.12.30. 2021.1.8. OOO 3 2020.12.30. 2021.1.8. OOO EMS 솔루션 발행 (2021.6.14.등) 4 2020.12.31. 2021.1.11. OOO 5 2021.1.20. 2021.2.9. OOO 특허사용 계약 미발행 6 2021.3.31. 2021.3.31. OOO 합계 OOO
2. 청구법인이 제시한 증빙은 아래와 같다.
2. 처분청이 제시한 증빙은 아래와 같다.
1. 청구법인은 아래 <표13>과 같이 E로부터 합계 OOO원(공급가액)의 쟁점매입세금계산서를 수취하였고, 이후 합계 OOO원에 대하여 수정세금계산서를 수취하였다. <표13> E 관련 매입세금계산서(E→청구법인) (단위: 원) 연번 작성일자 발급일자 공급가액 비고 수정세금 계산서 (발급일자) 공급자 1 2021.2.28. 2021.3.10. OOO 발행 (2021.5.27.) E 2 2021.2.28. 2021.3.10. OOO 합계 OOO
2. 처분청은 E와 청구법인이 작성ㆍ날인한 ‘G 신축공사(매몰공사) 공사대금 합의서(2021.2.10.)’를 제시하였는바, 조사 당시에는 E가 쟁점발전소공사를 진행하다가 공사현장이 매몰되어 수정세금계산서를 발급한 것이라고 주장하며 아래와 같이 허위증빙을 제시하였고, 심판청구에 와서 모듈을 공급한 것이라고 주장을 변경하는 등 청구주장을 신뢰하기 어렵다는 의견이다. <G 신축공사(매몰공사) 공사대금 합의서(2021.2.10.)> 위 G의 신축공사 하도급사인 청구법인 대표이사 F을 “갑”, 본 공사 하도급업자인 E 대표이사 OOO을 “을”이라 칭하여 G 당초 신축공사(매몰공사)(이하 본공사라 칭한다)의 공사비에 대하여 다음과 같이 합의한다.
(5) 쟁점④와 관련하여 처분청은 아래 <표14>와 같이 발급된 쟁점수정세금계산서에 대하여 3%의 가산세를 부과한 것으로 확인된다. <표14> 쟁점수정세금계산서 수수내역 (단위: 원) 연번 구분 작성일자 발급일자 공급가액 수정사유 상대방 1 매출 2020.12.30. 2021.7.21. OOO 착오에 의한 이중발급 A 2 2020.12.30. 2021.7.21. OOO 소계
• - OOO
• - 3 매입 2020.12.30. 2021.6.9. OOO 착오에 의한 이중발급 C 4 2020.12.30. 2021.6.9. OOO 소계
• - OOO
• - 5 2020.12.30. 2021.6.10. OOO 착오에 의한 이중발급 D 6 2020.12.30. 2021.6.10. OOO 7 2020.12.31. 2021.6.14. OOO 8 2020.12.30. 2021.6.14. OOO 소계
• - OOO
• - 9 2021.5.27. 2021.5.27. OOO 계약의 해제 E 10 2021.5.27. 2021.5.27. OOO 소계
• - OOO
• 총계
• - OOO
• (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 청구법인에게 세무조사 중지신청을 강요하였고, 조사중지기간에도 세무조사를 계속하는 등 세무조사가 위법하여 이 건 처분을 취소하여야 한다고 주장하나, 처분청이 강압적으로 청구법인에게 조사중지를 신청하도록 강요하였다거나 조사중지기간에 질문조사권을 행사하였다고 볼만한 객관적인 증빙이 확인되지 않는 점, 전화통화의 경우 대부분 청구법인의 발신통화이고, 처분청 내 조사부서가 아닌 다른 부서와의 통화가 다수 포함되어 있으며, 조사재개 등의 안내에 관한 통화일 수 있으므로 통화횟수만으로는 위법한 조사행위가 있었다고 단정하기 어려운 점, 청구법인이 조사중지기간 중에 자료를 제출한 사실이 47건(제출일 기준 7일) 확인되나, 조사기간 중에 요청한 자료를 청구법인이 조사중지기간에 자발적으로 제출하였을 가능성을 배제할 수 없는 점, 청구법인은 범칙조사대상자의 선정 및 고발 등에 절차적 하자가 있었다고 주장하나, 하자가 있었는지를 살펴보기에 앞서 조세범 처벌법 및조세범 처벌절차법은 세법을 위반한 자에 대한 형벌에 관한 사항과 조세범칙사건을 공정하고 효율적으로 처리하기 위하여 조세범칙사건의 조사 및 그 처분에 관한 사항을 정함을 목적으로 하는 법률이고, 이 건 부가가치세 부과처분은 그와는 별개로부가가치세법에 따른 처분으로, 범칙조사의 절차적 위반여부 등이 이 건 부과처분의 무효 또는 취소 사유에까지 이른다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세관청으로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이나, 과세관청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 처분의 위법성을 다투는 납세의무자가 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결, 같은 뜻임). 청구법인은 쟁점매출세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점발전소공사에 관한 세금계산서가 L 내지 A를 거래당사자로 하여 이중으로 발급되어 두 거래 중 하나는 가공거래에 해당하게 되는 점, 청구법인은 I 및 A와의 거래를 통해 쟁점발전소에 공사용역을 제공하였고 하나, 계약서와 금융거래내역만 제시되었을 뿐, 기성청구서 등의 실제 공사사실을 뒷받침하는 증빙이 제시되지 아니하였고, 쟁점발전소공사와 관련한 매입세금계산서도 확인되지 않는 반면, 처분청은 I가 L를 통해 쟁점발전소공사 용역을 공급하였다는 의견으로, 감리원배치확인서 등의 다수의 공사 관련 문서에서 I가 시공사로 기재되어 있으며, I는 L를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였는바, 처분청의 의견이 보다 신빙성이 있어 보이고 수긍이 가는 점, 한편 청구법인은 세무조사 당시에는 E에 하도급하여 공사를 진행하다가 공사현장이 매몰되었다는 등의 주장을 하면서 관련 증빙[쟁점발전소 신축공사(매몰공사) 공사대금 결정 및 대금지급합의서]을 제출하였으나, 조사과정에서 매몰사실이 없는 것으로 확인되자 현재와 같이 주장을 변경하였는바, 청구주장을 신뢰하기 어렵고, 청구법인은 쟁점발전소공사의 공급가액(합계 OOO원) 중 계약금(OOO원)을 제외한 OOO원에 대하여 수정세금계산서를 발급하였는바, 결과적으로도 청구법인이 용역을 제공하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점매출거래가 정상적인 거래라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입거래가 거래과정에서 계약이 해지된 것일 뿐, 정상적인 거래라고 주장하나, 해당 거래의 실체를 확인할 수 있는 객관적이고 구체적인 증빙이 부족해 보이고, 이 건 세무조사가 실시된 후 착오에 의한 이중발급 등을 이유로 대부분의 공급가액에 대한 수정세금계산서가 발행된 점, 쟁점매입거래의 거래대금은 청구법인이 지급한 후 수일 내에 대부분의 금액이 쟁점매출거래의 거래대금 명목으로 다시 청구법인에게 반환된 것으로 보이는 점, 조사과정에서 C 대표는 용역의 제공이 없었다고 진술한 바 있고, D의 대표자인 F은 가공세금계산서 발급을 이유로 부과된 통고처분금액을 납부한 점 등이 비추어 쟁점매입거래가 정상거래라는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다. (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점수정세금계산서도 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 그에 따른 가산세 부과처분이 적법하다는 의견이나, 재화나 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 가공의 세금계산서를 발급․수취한 후 이를 취소하는 의미에서 같은 공급가액에 음의 표시를 하여 작성한 수정세금계산서를 발급․수취한 경우, 뒤의 공급가액이 음수인 수정세금계산서를 발급․수취한 행위는 새로이 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 것을 내용으로 하는 가공의 세금계산서를 발급․수취하기 위한 것이 아니라 앞선 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발급․수취한 행위를 바로잡기 위한 방편에 불과한 것으로(대법원 2020.10.15. 선고 2020도118 판결, 같은 뜻임), 수정세금계산서는 당초의 세금계산서와 상관관계를 갖는 하나의 거래에 해당한다고 볼 수 있고, 당초 거짓으로 발행하였던 세금계산서를 취소하기 위하여 수정세금계산서를 발급하였음에도 수정세금계산서 역시 거짓세금계산서로 보아 가산세를 부과한다면, 잘못을 수정하려 한 납세자에게 더 큰 불이익을 지우게 되는 점(조심 2020중2399, 2021.8.23. 같은 뜻임), 수정세금계산서의 발급에 대한 제재와 관계 없이 당초의 거짓 세금계산서의 발급을 이유로 제재함으로써 거짓 세금계산서를 발급ㆍ수취한 행위를 바로잡을 수 있는 점 등에 비추어 수정세금계산서에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다. 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ② 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다. 제81조의8(세무조사 기간) ① 세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다.
1. 납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우
2. 거래처 조사, 거래처 현지확인 또는 금융거래 현지확인이 필요한 경우
3. 세금탈루 혐의가 포착되거나 조사 과정에서 조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 개시하는 경우
4. 천재지변이나 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우
5. 제81조의16 제2항에 따른 납세자보호관 또는 담당관(이하 이 조에서 “납세자보호관등”이라 한다)이 세금탈루혐의와 관련하여 추가적인 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우
6. 세무조사 대상자가 세금탈루혐의에 대한 해명 등을 위하여 세무조사 기간의 연장을 신청한 경우로서 납세자보호관등이 이를 인정하는 경우
② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사 기간을 정할 경우 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다.
③ 제2항에 따라 기간을 정한 세무조사를 제1항 단서에 따라 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 경우에는 제2항의 세무조사 기간의 제한 및 이 항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다.
1. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내용에 대한 조사가 필요한 경우
2. 역외거래를 이용하여 세금을 탈루(脫漏)하거나 국내 탈루소득을 해외로 변칙유출한 혐의로 조사하는 경우
3. 명의위장, 이중장부의 작성, 차명계좌의 이용, 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우
4. 거짓계약서 작성, 미등기양도 등을 이용한 부동산 투기 등을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우
5. 상속세ㆍ증여세 조사, 주식변동 조사, 범칙사건 조사 및 출자ㆍ거래관계에 있는 관련자에 대하여 동시조사를 하는 경우
④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.
⑤ 세무공무원은 제4항에 따른 세무조사의 중지기간 중에는 납세자에 대하여 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 질문을 하거나 장부등의 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다.
⑥ 세무공무원은 제4항에 따라 세무조사를 중지한 경우에는 그 중지사유가 소멸하게 되면 즉시 조사를 재개하여야 한다. 다만, 조세채권의 확보 등 긴급히 조사를 재개하여야 할 필요가 있는 경우에는 세무조사를 재개할 수 있다.
⑦ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 제4항 및 제6항에 따라 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다.
⑧ 세무공무원은 세무조사 기간을 단축하기 위하여 노력하여야 하며, 장부기록 및 회계처리의 투명성 등 납세성실도를 검토하여 더 이상 조사할 사항이 없다고 판단될 때에는 조사기간 종료 전이라도 조사를 조기에 종결할 수 있다. 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.
② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제63조의7(세무조사의 연기신청) ① 법 제81조의7 제2항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
1. 화재, 그 밖의 재해로 사업상 심각한 어려움이 있을 때
2. 납세자 또는 납세관리인의 질병, 장기출장 등으로 세무조사가 곤란하다고 판단될 때
3. 권한 있는 기관에 장부, 증거서류가 압수되거나 영치되었을 때
4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있을 때
② 법 제81조의7 제2항에 따라 세무조사의 연기신청을 하려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 해당 행정기관의 장에게 제출하여야 한다.
1. 세무조사의 연기를 받으려는 자의 성명과 주소 또는 거소
2. 세무조사의 연기를 받으려는 기간
3. 세무조사의 연기를 받으려는 사유
제63조의9(세무조사의 중지) 법 제81조의8 제4항에서 “납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제81조의7 제2항에 따른 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우
2. 국외자료의 수집ㆍ제출 또는 상호합의절차 개시에 따라 외국 과세기관과의 협의가 필요한 경우
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하여 세무조사를 정상적으로 진행하기 어려운 경우
5. 제63조의16 제1항 제1호(같은 조 제2항에서 위임한 경우를 포함한다)에 따라 법 제81조의16 제2항에 따른 납세자보호관 또는 담당관이 세무조사의 일시중지를 요청하는 경우
(3) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트
2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트 제74조(질문ㆍ조사) ① 부가가치세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 부가가치세에 관한 업무를 위하여 필요하면 납세의무자, 납세의무자와 거래를 하는 자, 납세의무자가 가입한 동업조합 또는 이에 준하는 단체에 부가가치세와 관계되는 사항을 질문하거나 그 장부ㆍ서류나 그 밖의 물건을 조사할 수 있다.
② 납세지 관할 세무서장은 부가가치세의 납세보전 또는 조사를 위하여 납세의무자에게 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 제출하게 하거나 그 밖에 필요한 사항을 명할 수 있다.
③ 부가가치세에 관한 사무에 종사하는 공무원이 제1항에 따른 질문 또는 조사를 할 때에는 그 권한을 표시하는 조사원증을 지니고 이를 관계인에게 보여주어야 한다.
④ 제1항 또는 제2항을 적용하는 경우 부가가치세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 직무상 필요한 범위 외에 다른 목적 등을 위하여 그 권한을 남용해서는 아니 된다. (4) 부가가치세법 시행령 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
1. 처음 공급한 재화가 환입(還入)된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일(과세기간 종료 후 25일이 되는 날이 국세기본법 제5조제1항 각 호에 해당하는 날인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다) 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일은 처음 세금계산서 작성일을 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 덧붙여 적어 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 음(陰)의 표시를 하여 작성하고 발급
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 음(陰)의 표시를 하여 발급
8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
(5) 조세범 처벌절차법 제7조(조세범칙조사 대상의 선정) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 조세범칙조사를 실시하여야 한다.
1. 조세범칙행위의 혐의가 있는 자(이하 “조세범칙행위 혐의자”라 한다)를 처벌하기 위하여 증거수집 등이 필요한 경우
2. 연간 조세포탈 혐의금액 등이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우
② 지방국세청장 또는 세무서장은 조세범 처벌법 제3조 에 해당하는 조세범칙사건에 대하여 조세범칙조사를 실시하려는 경우에는 위원회의 심의를 거쳐야 한다. 다만, 제9조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지방국세청장은 국세청장의 승인을, 세무서장은 관할 지방국세청장의 승인을 받아 위원회의 심의를 거치지 아니할 수 있다. 제9조(압수ㆍ수색영장) ① 세무공무원이 제8조에 따라 압수 또는 수색을 할 때에는 근무지 관할 검사에게 신청하여 검사의 청구를 받은 관할 지방법원판사가 발부한 압수ㆍ수색영장이 있어야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 조세범칙행위 혐의자 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 자에게 그 사유를 알리고 영장 없이 압수 또는 수색할 수 있다.
1. 조세범칙행위가 진행 중인 경우
2. 장기 3년 이상의 형에 해당하는 조세범칙행위 혐의자가 도주하거나 증거를 인멸할 우려가 있어 압수ㆍ수색영장을 발부받을 시간적 여유가 없는 경우 제17조(고발) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 통고처분을 거치지 아니하고 그 대상자를 즉시 고발하여야 한다.
1. 정상(情狀)에 따라 징역형에 처할 것으로 판단되는 경우
2. 제15조 제1항에 따른 통고대로 이행할 자금이나 납부 능력이 없다고 인정되는 경우
3. 거소가 분명하지 아니하거나 서류의 수령을 거부하여 통고처분을 할 수 없는 경우
4. 도주하거나 증거를 인멸할 우려가 있는 경우
(6) 조세범 처벌법 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
1. 부가가치세법에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위 제18조(양벌 규정) 법인(국세기본법 제13조 에 따른 법인으로 보는 단체를 포함한다. 이하 같다)의 대표자, 법인 또는 개인의 대리인, 사용인, 그 밖의 종업원이 그 법인 또는 개인의 업무에 관하여 이 법에서 규정하는 범칙행위(국제조세조정에 관한 법률 제57조 를 위반한 행위는 제외한다)를 하면 그 행위자를 벌할 뿐만 아니라 그 법인 또는 개인에게도 해당 조문의 벌금형을 과(科)한다. 다만, 법인 또는 개인이 그 위반행위를 방지하기 위하여 해당 업무에 관하여 상당한 주의와 감독을 게을리하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
(7) 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 제8조의2(세금계산서 교부의무 위반 등의 가중처벌) ① 영리를 목적으로 조세범 처벌법 제10조 제3항 및 제4항 전단의 죄를 범한 사람은 다음 각 호의 구분에 따라 가중처벌한다.
1. 세금계산서 및 계산서에 기재된 공급가액이나 매출처별세금계산서합계표ㆍ매입처별세금계산서합계표에 기재된 공급가액 또는 매출ㆍ매입금액의 합계액(이하 이 조에서 “공급가액등의 합계액”이라 한다)이 50억원 이상인 경우에는 3년 이상의 유기징역에 처한다.
2. 공급가액등의 합계액이 30억원 이상 50억원 미만인 경우에는 1년 이상의 유기징역에 처한다.
② 제1항의 경우에는 공급가액등의 합계액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이상 5배 이하의 벌금을 병과한다.
OO세무서장이 2022.4.5. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO원(2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원)의 각 부과처분은 청구법인이 수수한 수정세금계산서(총 10매)에 관한 세금계산서불성실가산세 합계 OOO원(2020년 제1기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원)을 부과하지 않는 것으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.