장기보유특별공제 대상은 조합원입주권 양도차익 중 관리처분계획인가 이전 토지 및 건물분 양도차익에 한정되는 것으로 조합원입주권 전체의 양도차익으로 볼 수 없음
장기보유특별공제 대상은 조합원입주권 양도차익 중 관리처분계획인가 이전 토지 및 건물분 양도차익에 한정되는 것으로 조합원입주권 전체의 양도차익으로 볼 수 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(2) 쟁점자산은 양도일 당시 멸실되지 아니하였고, 양도일 이후에도 공동주택 공시가격이 공시되는 등 주택으로서 소유권이전등기가 되고 있었다. 청구인들은 신탁등기가 환원되고 아파트 매매계약을 체결하여 쟁점자산을 양도하였고, 양수인은 소유권이전등기를 완료하고 부동산 취득에 따른 세무신고를 정상적으로 완료한 후 쟁점조합을 수탁자로 다시 신탁등기를 하였다. 양수인과 쟁점조합의 신탁계약서에는 조합원입주권 신탁계약서가 아닌 부동산신탁계약서라고 기재되어 있고, 계약서상 양수인이 부동산소유등기를 완료한 후 조합원이 되었으며, 양수인이 소유한 부동산과 그 부수토지를 쟁점조합에 제공하고 쟁점조합과 신탁계약을 체결하는 것으로 되어 있다. 즉 양수인은 청구인들로부터 조합원입주권을 양도받은 것이 아니라 청구인들과 부동산 매매계약을 한 것이고, 조합원 자격으로 쟁점조합에 부동산을 제공하고 신탁계약을 한 후 쟁점조합으로부터 조합원입주권을 취득한 것이다.
(3) 쟁점조합이 관리처분계획인가를 받았다고 해서 그 재건축사업에 아파트를 소유한 모든 소유자들의 기존 건물과 부수토지가 관리처분인가일 이후에는 무조건 조합원입주권이라는 권리로 변환되는 것은 아니다. 법에 명시하였듯이 기존 건물과 부수토지를 제공하고 취득한 권리여야 한다.
(4) 따라서 쟁점자산의 양도는 주택의 양도이지 조합원입주권의 양도가 아니므로 관리처분계획인가일 이후 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
(2) 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존의 주택이나 대지를 제공하고 그 사업계획에 따라 취득하게 되는 새로 건설되는 주택 및 부대ㆍ복리시설을 분양받을 권리(입주자로 선정된 지위)는 장차 그 분양받을 주택 등에 대한 소유권을 취득할 때까지는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목 소정의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하는 것이고(대법원 2007.6.15. 선고 2005두5369 판결, 참조), 장기보유특별공제의 대상은 소득세법 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정된다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 참조).
(3) 청구인들은 쟁점자산의 양도는 사실상 주택의 양도이므로 쟁점자산을 취득한 날부터 양도한 날까지의 보유기간 전체 양도차익에 대하여 장기보유 특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점자산은 사실상 관리처분계획인가일에 쟁점조합에 제공되고 조합원입주권으로 전환된 것으로 판단된다. (가) 관리처분계획인가란 재건축 사업시행인가 후 조합원이 보유하고 있었던 부동산을 평가하고, 그 지분에 따라 이후 분양되는 토지 및 건축시설 등에 대해 합리적이고 균형있는 권리의 분배에 대한 사항을 계획하여 관공서에게 인가를 받는 것으로 기존부동산 철거 이전 사실상 재건축사업절차의 마지막 부분에 해당하며, 도시 및 주거환경정비법 제81조 에 따르면 관리처분계획인가일 이후에는 기존부동산에 대해 사용‧수익이 불가능하다고 규정하고 있어 관리처분계획인가일 이후에는 기존 부동산은 사용ㆍ수익할 수 없고 철거가 예정되어있는 자산으로 이를 다른 부동산과 동일한 것으로 보기 어렵다. (나) 주택재건축정비사업에 있어 관리처분계획인가를 받으면 아직 기존주택이 철거되지 않았더라도 부동산에서 새로 건설되는 주택 등을 분양받을 수 있는 권리(조합원입주권)로 전환된다(국심 2006중1745, 2006. 8.11., 참조). (다) 2020.7.20. 청구인들이 쟁점자산 양수인과 체결한 쟁점자산 매매계약서의 특약사항에 “매도인은 1세대1주택으로 10년 보유, 5년 거주 조건을 충족하여 조합원 지위양도가 가능하며, 매도인은 매수인이 조합원 승계하는데 협조하기로 한다”라고 기재되어 있다. (라) 소득세법 제95조 제2항 에 장기보유특별공제의 대상 중 조합원입주권의 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획인가 전의 토지ㆍ건물분 양도차익으로 한정하고 있어 별도의 규정이 없는 한 원칙적으로 조합원입주권을 부동산과 동일한 것으로 보기 어렵다(조심 2021서0886, 2021.6.29., 참조). (마) 청구인들이 쟁점조합과 작성한 신탁계약서에 청구인들은 ‘조합원’으로 명시되어 있고, “조합원이 사업시행구역안의 소유주택 등 조합원이 될 권리를 양도하였을 때에는 수익자의 자격을 상실한다.”고 기재되어 있으며, “위탁자가 신탁재산을 제3자에게 양도하여야 할 사유가 발생한 경우에는 재건축사업에 특별한 지장이 없는 한 본 건 신탁계약을 해지하여”라고 작성되어 있는 것으로 미루어 신청인의 신탁등기 및 신탁재산 환원 등기는 조합원의 지위를 양도하기 위한 절차에 불과한 것으로 보인다.
(4) 따라서 쟁점자산의 양도는 조합원입주권의 양도이므로 관리처분계획인가일이후의 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.
(1) 쟁점자산의 등기사항전부증명서에 따르면 청구인들이 2002.3.4. 쟁점자산을 취득하였고, 2019.4.16. 쟁점조합에 신탁을 원인으로 소유권을 이전하였으며, 2020.7.29. 신탁재산의 귀속을 원인으로 신탁등기를 말소한 후 양수인에게 매매하였고, 양수인은 같은 날 쟁점조합에 다시 신탁하였으며, 2021.2.24. 쟁점자산은 멸실된 것으로 나타난다.
(2) 쟁점자산이 속한 OOO는 2018.10.5. 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획 인가가 되었고, 이에 대한 양측의 다툼은 없다.
(3) 쟁점자산의 양도와 관련된 내용은 다음과 같다. (가) 청구인들은 2020.7.20. 양수인과 쟁점자산을 매매하는 계약을 체결하였고, 그 주요 내용은 다음과 같다. <부동산(아파트) 매매계약서> ㅇㅇㅇ (나) 청구인들과 쟁점조합이 2020.7.29. 체결한 쟁점자산의 소유권이전 및 신탁계약 해지계약서에 기재된 내용은 다음과 같다. <소유권이전 및 신탁계약 해지계약서> ㅇㅇㅇ (다) 2022년 6월 쟁점조합이 발급한 조합원입주권 취득자 확인서의 내용은 다음과 같다. <조합원입주권 취득자 확인원> ㅇㅇㅇ
(4) 청구인들은 쟁점자산을 양도한 후, 쟁점자산의 보유기간 전체 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 <표>와 같이 소득세법 제95조 제2항 에 따라 쟁점자산의 관리처분계획인가일까지의 양도차익만 장기보유특별공제대상으로 보아 장기보유특별공제액을 재계산하여 양도소득세 합계 OOO원(각 OOO원)원을 경정·고지하였다. <표> 각 청구인별 양도소득세 신고 및 경정 내역 ㅇㅇㅇ
(5) 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 은 장기보유특별공제 적용대상을 조합원입주권까지 확대하였는데, 그 개정 내용 및 개정 취지는 다음과 같다. <2013.1.1. 개정전·후의 소득세법 제95조 제2항 > 제95조 제2항 개정전 제95조 제2항 개정후
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <기획재정부 개정세법 해설>
(1) 개정내용 종전 개정 ▣ 장기보유특별공제액 적용대상 o 3년 이상 보유한 부동산 < 신 설 > ▣ 조합원입주권의 관리처분계획 인가 전 양도차익에 대한 장기보유특별공제 적용시 보유기간 < 신 설 > ▣ 장기보유특별공제액 적용대상 추가 o (좌 동) o 조합원입주권의 관리처분계획 인가 전 양도차익 부분(승계 취득분 제외) o 기존 주택의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간
(2) 개정이유 o 장기보유특별공제는 토지ㆍ건물 양도시만 적용되고 부동산을 취득할 수 있는 권리에는 적용되지 않으나,
• 재개발ㆍ재건축 관리처분계획인가 승인시점에서 주택을 보유한 자가 추후 조합원입주권 양도시 멸실 전 주택분 양도차익에 대해서는 주택이 조합원입주권으로 변환된 것이므로 장기보유특별공제를 적용
(3) 적용시기 및 적용례 o 2013.1.1.이후 최초로 양도하는 분부터 적용
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 조합원 분양 전에 쟁점자산에 대한 신탁등기를 말소하고 기존 자산을 인계받은 후 주택의 상태로 양도하였으므로 쟁점자산의 양도를 조합원입주권이 아닌 주택의 양도로 보아 쟁점자산 보유기간 전체에 대해 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하나, 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존의 주택이나 대지를 제공하고 그 사업계획에 따라 취득하게 되는 새로 건설되는 주택 및 부대ㆍ복리시설을 분양받을 권리(입주자로 선정된 지위)는 장차 그 분양받을 주택 등에 대한 소유권을 취득할 때까지는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목 소정의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당하고, 이 경우 그 입주자로 선정된 지위의 취득시기는 사업계획승인이 있은 때라고 할 것인바(대법원 2007.6.15. 선고 2005두5369 판결, 참조), 쟁점자산이 쟁점조합에 제공되어 관리처분계획인가를 받았고 해당 효력이 소멸된 바가 없는 이상 조합원입주권이 주택으로 다시 환원된 것으로 볼 수 없는 점, 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법 제95조 제2항 에서 장기보유특별공제 적용대상을 조합원입주권까지 확대하면서 도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처분계획인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다고 명시하고 있고, 해당 규정은 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이는 점(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 참조), 쟁점자산 매매계약서 특약사항에 따르면 “청구인은 1세대 1주택으로 10년 이상 보류, 5년 거주 조건을 충족하여 조합원의 지위양도가 가능하고, 양수인이 조합원을 승계하는데 협조하기로 한다”는 내용이 기재되어 있고, 쟁점조합이 발급한 조합원입주권 취득자 확인원을 통해 쟁점조합이 청구인의 조합원 자격을 박탈하고 양수인에게 조합원 자격을 부여한 것이 확인되는 점, 쟁점자산을 양도하면서 쟁점자산에 대한 신탁등기를 말소하는 과정을 거쳤다 하더라도, 양수인이 같은 날 쟁점자산의 소유권을 취득하고 다시 신탁등기를 경료하여 쟁점조합의 조합원 지위를 취득하였으므로 이러한 신탁등기의 말소는 청구인들이 취득한 조합원입주권을 양도하기 위하여 거친 절차에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점자산의 관리처분계획인가일까지의 양도차익만 장기보유특별공제대상으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정된 것) 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(2) 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 일부개정된 것) 제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
9. “조합원입주권”이란 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.
10. “분양권”이란 주택법 등 대통령령으로 정하는 법률에 따른 주택에 대한 공급계약을 통하여 주택을 공급받는 자로 선정된 지위(해당 지위를 매매 또는 증여 등의 방법으로 취득한 것을 포함한다)를 말한다.
(3) 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 일부개정된 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (4) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정된 것) 제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. 제166조【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.
1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간
2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간
(5) 도시 및 주거환경정비법(2017.10.24. 법률 제14943호로 개정된 것) 제74조【관리처분계획의 인가 등】① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.
3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액
4. 다음 각 목에 해당하는 보류지 등의 명세와 추산액 및 처분방법
5. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격
6. 정비사업비의 추산액 및 그에 따른 조합원 분담규모 및 분담시기
7. 분양대상자의 종전 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세
8. 세입자별 손실보상을 위한 권리명세 및 그 평가액
9. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 관하여 대통령령으로 정하는 사항
결정 내용은 붙임과 같습니다.