[요지] 청구법인은 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 따라 감사인의 회계감사를 받은 사실이 없고, 당초 법인세 신고 시 세무조정계산서 등에 고유목적사업준비금을 계상하지 않은 점, 세무상 결손금의 누적으로 수익사업의 잉여금이 없는 상태여서 2017~2021사업연도에 고유목적사업준비금을 설정하지 못하였기 때문에 법인세 경정 이후 소급하여 계상한 것에 불가피한 사정이 있다고 주장하나, 법인세 신고 당시 세무상 결손금이 발생한 이유는 청구법인이 매출의 귀속시기를 잘못 분류함에 따른 것인 점에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
[참조결정] 조심2014서0864
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 비영리내국법인에 대한 고유목적사업준비금의 손금산입 취지 등에 비추어 볼 때, 고유목적사업준비금과 관련한 세법의 적용을 외부회계감사를 받는 법인과 그렇지 않은 법인에 차별하여 달리 적용할 이유가 없다. (가) 청구법인은 그동안 봉안당 분양대금을 30년간 안분하여 매출로 인식하여 법인세 신고를 하였는바, 이익이 발생하지 않고 결손금만 발생하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상하지 못하였으나, 이 건 세무조사 결과에 따라 각 사업연도 소득이 발생하여 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있는 요건이 되었다. (나) 이에 청구법인은 2022년 결산 시 고유목적사업준비금을 소급하여 적립함과 동시에 이를 쟁점사업연도에 손금산입하는 것으로 하여 처분청에 법인세 경정청구를 하였는바, 처분청은 고유목적사업준비금은 비영리법인이 회계결산 시 손비로 계상해야만 손금으로 인정하는 결산조정사항이고, 예외적으로 외부회계감사를 받는 경우만 신고조정이 가능하므로 청구법인의 경우 신고조정으로 손금산입할 수 없다고 보아 경정청구를 거부하였으나, 청구법인은 쟁점사업연도 회계결산 및 법인세 신고 시 고의로 고유목적사업준비금을 손금에 계상하지 않은 것이 아니라 이익이 발생하지 않아 고유목적사업준비금으로 설정할 금액이 없었을 뿐인바, 과세표준 경정에 따라 고유목적사업준비금을 소급하여 계상한 것은 불가피한 것으로 달리 잘못이 없다. (다) 비영리내국법인에 대한 고유목적사업준비금의 손금산입 취지는 수익사업의 소득에 대해 영리내국법인과 동일하게 법인세를 부과한다면 공익성이 있는 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 사용할 재원 중의 일부가 국가 등에 귀속되어 공익사업의 원활한 수행에 장애가 될 수 있으므로 수익사업과 관련하여 발생한 이익에 대하여 법인세법에서 정한 일정한 금액을 고유목적사업준비금으로 손비계상한 경우 이를 손금으로 인정하여 비영리법인의 고유목적사업을 지원하기 위한 것인바, 법인세법 제29조 제2항은 ‘외부감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다’라고 규정하고 있고, 조세심판원도 외부감사 법인의 경우 법인세 경정으로 결손에서 이익이 발생하거나 이익이 증가된 경우 세무조정계산서에 신고조정으로 손비 계상한 후 이익이 발생한 사업연도에 고유목적사업준비금을 적립하고 경정청구를 신청하는 것이 가능하다고 판단(조심 2014서864, 2014.6.23.)하였으며, 관련 기획재정부 행정해석(법인세제과-104, 2020.1.23.) 및 대법원 판례가 다수 존재한다.
(2) 이상의 고유목적사업준비금의 입법 취지 및 판례 등에 비추어 볼 때, 법인세법 제29조 제2항은 외부감사 법인과 외부감사를 받지 않는 법인을 차등하여 세법을 적용하라는 의미가 아니고, 외부감사를 받는 법인의 경우 기업회계상 비용이 아닌 고유목적사업준비금을 손금으로 인정받을 수 없기 때문에 기업회계와 세법이 상충되는 부분을 합목적적으로 조정하는 절차를 규정한 것인바, 청구법인에게 이를 차등하여 적용할 이유가 없다.
(1) 외부회계감사를 받지 않는 청구법인의 경우 신고조정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 없다. (가) 청구법인은 법인세법 제29조 규정에도 불구하고 당초 결산 시 고유목적사업준비금을 손비로 계상하지 않았고, 같은 조 제2항에서 규정하는 감사인의 회계감사를 받는 법인에 해당하지 않더라도 해당 법령의 입법취지 등에 비추어 손금산입이 인정되어야 한다고 주장하나, 법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인의 경우 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 일반기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하도록 명확하게 규정하고 있는바, 당초 쟁점사업연도 결산 시 고유목적사업준비금을 손비로 계상하지 아니한 청구법인의 경우 이후에 각 사업연도 소득금액이 경정되었다 하더라도 고유목적사업준비금을 소급하여 손금에 산입할 수 는 없다.
(2) 법인세법 제29조 제2항에서는 위 제1항의 규정을 적용할 때 회계감사를 받는 비영리내국법인의 경우는 제한적으로 이익처분을 통해(신고조정을 통해) 손금산입을 허용하고 있으나, 이는 외부회계감사를 받아야 하는 비영리법인의 경우 결산 시 고유목적사업준비금을 설정할 수 없기 때문에 예외적으로 허용한 규정인바, 청구법인과 같이 외부회계감사 대상이 아닌 비영리법인은 적용 대상이 아니고, 같은 이유로 청구법인이 제시한 조세심판원 결정 및 기획재정부 행정해석 등도 외부회계감사 대상 비영리법인에 대한 법인에 대한 결정 등으로 이 사건과 사실관계가 달라 적용할 수 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 법인세법 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.
1. 다음 각 목의 금액
2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
② 제1항을 적용할 때 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.
③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.
④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.
⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)
2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우
3. 법인으로 보는 단체가 국세기본법 제13조 제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우
4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우
⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.
⑦ 제5항 제4호·제5호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.
⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.
⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치·보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.
1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표·포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다)
3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류
(2) 법인세법 시행령 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인이 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받은 사실이 없고, 당초 법인세 신고 시 세무조정계산서 등에 고유목적사업준비금을 계상하지 않은 점에 대하여는 처분청과 청구법인 간 이견이 없다. (나) 청구법인은 당초 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고 시 봉안당 분양대금을 30년간 균등 분할하여 매출로 인식하여 수입금액 합계 OOO원, 소득금액은 없음으로 신고하였으나, 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 봉안당 분양대금을 분양 시점에 전액 인식하는 것으로 관련 매출의 귀속시기를 조정하였고, 이에 따라 쟁점사업연도 청구법인의 소득금액을 OOO원으로 경정(관련 원가 추인)한 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 경정청구와 처분청의 검토내용을 보면 청구법인은 2023.3.31. 처분청에 이 건 세무조사로 인하여 증액된 각 사업연도 소득금액의 50% 상당액을 각 사업연도의 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.6.5. ‘법인세법 제29조 제1항은 비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우 손금산입 한도액의 범위에서 손금산입하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 당초 법인세 신고 시 세무조정계산서 등에 준비금을 계상하지 아니한 이상 사후 경정청구 등을 통하여 소급하여 손금에 산입하기 어렵다’는 이유 등으로 이를 거부하였다. (라) 청구법인이 제출한 고유목적사업 충당부채 명세서를 보면, 청구법인은 2022사업연도 결산 시 아래 ＜표2＞와 같이 고유목적사업금 합계 OOO원을 쟁점사업연도에 소급하여 적립하였고, 이는 청구법인이 경정청구 시 각 사업연도 손금산입한 금액과 동일하며, 청구법인이 제출한 2022년 재무상태표 등을 보면, 청구법인은 2022년 결산 시 쟁점사업연도 고유목적사업금 합계 OOO원 및 2022사업연도 고유목적사업준비금 설정액 OOO원의 합계 OOO원을 고유목적사업충당부채로 계상한 것으로 확인된다. ＜표2＞ 청구법인이 제출한 고유목적사업충당부채 명세서 내용 ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 고유목적사업준비금 손금산입의 취지 등을 고려할 때, 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받은 사실이 없는 청구법인의 경우도 경정청구를 통하여 이를 손금에 산입할 수 있다고 보는 것이 타당하다고 주장하나, 법인세법제29조 제1항은 “비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때주식회사 등의 외부감사에 관한 법률에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.”라고 규정하고 있는바, 청구법인은 주식회사의 외부감사에 관한 법률에 따라 감사인의 회계감사를 받은 사실이 없고, 당초 법인세 신고 시 세무조정계산서 등에 고유목적사업준비금을 계상하지 않은 점, 청구법인은 세무상 결손금의 누적으로 수익사업의 잉여금이 없는 상태여서 2017～2021사업연도에 고유목적사업준비금을 설정하지 못하였기 때문에 법인세 경정 이후 소급하여 계상한 것에 불가피한 사정이 있다고 주장하나, 법인세 신고 당시 세무상 결손금이 발생한 이유는 청구법인이 매출의 귀속시기를 잘못 분류함에 따른 것인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.