쟁점건물의 취득가액을 쟁점토지의 취득가액에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

가. 청구인은 2001.11.28. OO 시 OO 구 OOO 대 2,029 ㎡ (이하 “ 쟁점토지 ” 라 한다) 를 매매를 원인으로 OOO 원에 취득한 후, 2002.6.19. 쟁점토지 지상에 근린생활시설 (이하 “ 쟁점건물 ” 이라 한다) 을 신축하여 부동산 임대업 및 음식업을 영위하다가 2020.3.31. 쟁점토지의 1/2 지분 (이하 “ 쟁점토지 a” 라 하고, 나머지 지분을 이하 “ 쟁점토지 b” 라 한다) 을 a 에게 OOO 원에 양도 (이하 “1 차 양도 ” 라 한다) 하고, 2020.5.21. 쟁점토지 a 의 취득가액 OOO 원 (OOO 원의 1/2) 과 쟁점건물의 1/2 지분 (이하 “ 쟁점건물 a” 라 하고, 나머지 지분을 이하 “ 쟁점건물 b” 라 한다) 에 대한 환산취득가액 OOO 원 합계 OOO 원을 필요경비로 계상하여 양도소득세 OOO 원을 신고․납부하였다. 나. 이후 청구인은 2020.5.28. 쟁점건물에 대하여 멸실등기를 경료한 후, 2020.9.28. 쟁점토지 b 를 1 차 양도와 같은 매수인인 a 에게 OOO 원에 양도 (이하 “2 차 양도 ” 라 한다) 하고 2020.11.4. 쟁점토지 b 의 취득가액 OOO 원을 필요경비로 계상하여 양도소득세를 신고하였다. 다. OO 지방국세청장 (이하 “ 조사청 ” 이라 한다) 은 2021 년 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 1 차 양도 매매대상에 쟁점건물이 포함되지 않았음에도 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 계상한 잘못이 있음을 감사지적하였고, 이에 따라 처분청은 2022.1.4. 청구인에게 1 차 양도에 대한 양도소득세 OOO 원을 경정․고지하였으며, 청구인은 이에 불복하여 2022.4.4. 국세청장에게 심사청구를 제기하자, 국세청장은 2022.7.13. 청구인의 심사청구를 기각하였다. 라. 청구인은 2023.2.24. 쟁점건물 b 의 실지취득가액 OOO 원 (OOO 원의 1/2) 을 양도자산의 필요경비로 보아 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2023.4.25. 이를 거부하였다. 마 청구인은 이에 불복하여 2023.7.19. 심판청구를 제기하였다.

가. 청구인 주장 청구인과 쟁점토지의 매수인인 a 은 쟁점토지 지상에 쟁점건물을 철거하고 관광호텔을 신축하여 관광호텔업을 공동영위할 목적으로 2019.5.8. 쟁점토지 및 쟁점건물의 시가를 OOO 원으로 평가하여 각 1/2 지분을 OOO 원에 양도하기로 하는 매매계약 (이하 “ 쟁점매매계약 ” 이라 하고, 관련 계약서를 이하 “ 쟁점매매계약서 ” 라 한다) 을 체결하였다 쟁점매매계약에서 매도인과 매수인이 정한 특약사항은 아래와 같다. 특약사항 현 목측물 상태에서 토지지분의 1/2 을 매매하여 공유하기로 함

1/2 의 매매가는 OOO 원임

3. 본 계약 체결 후 공유자 상호간 협의하여 새로운 건물 (관광호텔) 을 건축하기로 함

4. 본 계약은 현 건물의 멸실을 전제로 한 계약임

OOO 원이며 중도금이 있는 계약임

6. 본 계약은 현재 지상에 있는 수목 등 일체를 포함하는 매매계약임

OOO 원은 은행에서 대출하여 지급하기로 하고, 대출금액 등이 부족시에는 매수자가 책임지고 지급하기로 함

8. 본 계약 후 매매예약가등기를 하기로 함. 매매예약가등기에 소요되는 비용은 매수자가 부담함

9. 건물 내에 있는 식당 집기류 일체는 매도자가 소유함

10. 본 계약 체결 후 상호협의하여 새로운 건물 (관광호텔) 을 건축함에 있어 건축허가사항 등 필요한 일체의 제반과정에 공유자 상호 적극 협조하기로 함

11. 기타사항은 부동산 매매일반판례 및 판례에 따르기로 함 쟁점매매계약에서 중요한 점은 특약사항에서 정한 바와 같이 쟁점건물의 멸실을 전제로 하여 (쟁점매매계약서 제4항), 매매계약일 현재 지상에 있는 수목 등 일체 (쟁점건물 포함) 를 포함하므로 (제6항) 쟁점매매계약 체결 후 쟁점토지 및 쟁점건물에 매매예약가등기를 하기로 하고 그 비용은 a 이 부담하기로 한 것이다 (제6항). 또한, 쟁점건물의 1/2 을 매수인에게 양도하는 것을 전제로 하였기 때문에 쟁점건물 내에 있는 식당 집기류 일체는 매도자가 소유한다는 것을 특약사항으로 명시하였다. 즉, 쟁점매매계약은 처음부터 쟁점토지 지상의 쟁점건물을 철거하여 새로운 건물 (관광호텔) 의 건축을 전제로 하였기 때문에 매매대상에는 쟁점토지 뿐만 아니라 쟁점건물도 포함하였고 쟁점매매계약에도 이러한 내용들이 특약사항으로 명시되어 있다. 청구인과 매수인은 매매대상에 쟁점건물이 포함된다는 사실을 확실히 하기 위하여 특약사항으로 쟁점건물의 멸실을 전제로 계약하였고, 2019.7.1. 쟁점토지 및 쟁점건물 모두 매매예약을 원인으로 매수인에게 소유권이전청구권가등기가 경료되었다. 즉, 청구인과 매수인은 쟁점건물에 대한 가치도 총 매매가액에 포함시켰으나 쟁점건물을 철거하는 것을 전제로 한 매매계약이었기 때문에 쟁점매매계약서에 쟁점건물을 기재하지 않았던 것이다. 매수인 a 이 2019.7.1. 쟁점토지 및 쟁점건물 모두 매매예약을 원인으로 한 소유권이전등기가등기를 경료하여 매수인 a 이 OOO 원을 출자하고, 청구인은 현물로 OOO 원을 출자하여 공동 (50:50) 으로 호텔을 신축하는 사업자가 되었다. 청구인은 2020.3.31. 쟁점토지와 쟁점건물의 각 1/2 지분의 양도가액 OOO 원 (1 차 양도) 에 대하여 쟁점토지의 실지취득가액과 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목에 의한 쟁점건물의 환산취득가액을 합한 OOO 원을 필요경비로 계상하여 2020.5.31. 양도소득세 OOO 원을 신고ㆍ납부하였다. 이후 청구인은 2020.9.28. 쟁점토지의 1/2 지분을 취득한 a 과 공동출자 (50:50) 로 관광호텔을 신축하면서 공동사업자로서의 의견이 일치되지 않아 공동사업자의 지분 1/2 인 쟁점토지 b 를 OOO 원에 a 에게 양도하고 양도소득세를 신고하면서 양도소득금액 계산명세서에 쟁점건물의 양도면적은 표시하였으나 쟁점건물의 취득가액 OOO 원에 대하여는 양도가액 OOO 원에 대한 필요경비로 계상하지 않고 쟁점토지의 실지취득가액 OOO 원만 필요경비로 계산하여 양도소득금액을 신고함으로써 양도소득세를 과다 신고ㆍ납부하였다. 대법원은 토지와 건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위해 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 취득 후 단시일내에 건물철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백하다면 건물의 취득가액과 철거비용 등을 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있다는 입장 (대법원 1992.9.8. 선고 92 누 7399 판결 참조) 이고, 국세청 기본통칙 97-0 … 8(건물 철거비용의 필요경비 산입) 은 토지만을 이용하기 위하여 토지와 건물을 함께 취득한 후 해당 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우 철거된 건물의 취득가액과 철거비용의 합계액에서 철거 후 남아 있는 시설물의 처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요경비로 산입하도록 규정하고 있다. 따라서, 2 차 양도와 관련하여 쟁점건물 b 의 실지취득가액 OOO 원을 양도자산 (쟁점토지 b) 의 필요경비로 인정하여야 함에도 처분청이 이를 부인하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구인은 대법원 1992.9.8. 선고 92 누 7399 판결 및 국세청 기본통칙 97-0 … 8(건물 철거비용의 필요경비 산입) 을 근거로 쟁점건물 b 의 실지취득가액을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구인이 제시한 위 판결 등은 토지를 이용할 목적으로 토지와 건물을 함께 취득한 후 단시일 내에 해당 건물을 철거하고 토지만을 양도하거나, 지상에 새건물을 건축한 후 기존건물 (새건물) 의 철거를 전제로 토지와 함께 기존건물 (새건물) 을 양도하는 경우에 적용가능한 것이며, 청구인의 경우와 같이 토지를 취득하여 그 지상에 건물을 신축한 후 오랫동안 사용하다가 토지만을 양도한 경우에는 적용할 수 없다. 청구인과 a 이 2019.5.8. 체결한 쟁점매매계약서상의 매도대상에는 쟁점토지 1/2 지분만이 기재되어 있고, 쟁점토지에 관한 등기사항전부증명서에도 쟁점토지 1/2 지분의 가액이 OOO 원에 거래된 것으로 기재되어 있는 점, 2 차 양도 시에도 1 차 양도와 같이 쟁점토지 1/2 지분만이 거래되었고 거래금액 또한 OOO 원에 거래된 점, 쟁점건물의 등기사항전부증명서를 보더라도 쟁점건물의 소유권이 이전된 사실이 없는 점, 청구인이 쟁점건물 신축과 관련한 부가가치세 신고 내용 외에 구체적인 증거자료를 제시하지 못하는 점, 쟁점토지 a 가 2020.3.31. 먼저 소유권 이전된 후 쟁점토지의 나머지 지분인 쟁점토지 b 는 2020.9.28. 매도되었는데 2 차 양도는 1 차 양도와는 독립된 별개의 거래일뿐 아니라 쟁점건물 멸실 이후에 토지만을 양도한 것이어서 쟁점건물을 취득가액으로 인정해 달라는 청구주장은 이치에 맞지 않는 점, 철거를 전제로 토지와 함께 기존건물을 매매한 경우로도 볼 수도 없으므로 청구인이 인용한 대법원 판례를 이 건에 적용하는 것은 적절하지 않은 점 등을 종합하면 청구인이 주장하는 필요경비를 인정할 수 없다. 따라서, 처분청이 2 차 양도와 관련하여 청구인이 주장하는 쟁점건물 b 의 실지취득가액 OOO 원을 필요경비 부인하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

가.

토지만 양도한 경우로 보아 쟁점건물의 취득가액을 필요경비 부인하여 경정청구를 거부한 처분의 당부 나. 관련 법률 등 (1) 소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물 (건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) 의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리 (건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 나. 지상권 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 제97조 (양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

(지적재조사에 관한 특별법 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다. 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 소득세법 기본통칙 97-0 … 8(건물 철거비용의 필요경비산입) 토지만을 이용하기 위하여 토지와 건물을 함께 취득한 후 해당 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우 철거된 건물의 취득가액의 합계액에서 철거 후에 남아 있는 시설물의 처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요경비로 산입한다. (단서 생략) 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 1 차 양도와 관련하여 장의 심사결정 (심사

• 양도 -2022-20, 2022.7.13.) 내용은 아래와 같다. 청구인과 매수인은 쟁점매매계약서를 작성하면서 매매목적물로 쟁점토지 a 만 기재하였을 뿐 아니라, 그 특약사항에도 쟁점토지 a 의 매매가는 쟁점양도가액으로 하며, 본 계약은 쟁점건물의 멸실을 전제로 한 계약임을 명시하고 있는 점, 청구인과 매수인은 매매대금을 산정함에 있어 쟁점건물과 쟁점토지를 별도로 산정하거나 평가한 사실이 확인되지 않으며, 청구인은 쟁점건물 양도와 관련하여 부가가치세를 신고ㆍ납부한 사실도 없는 점 등을 종합하면 건물가액이 양도가액에 포함되어 있으므로 쟁점건물의 취득가액을 필요경비로 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움 (나) 청구인은 위 심사결정에 불복하여 2022.10.24. 행정소송을 제기하였고, 부산지방법원은 2023.1.20. 원고 (청구인) 의 청구를 기각하는 결정을 하였으며, 이후 원고 (청구인) 가 1 심 판결에 불복하여 이 건 심판청구일 현재 2 심 재판에 계류 중에 있다. (판결 요지) 양도계약서의 ‘ 부동산의 표시 ’ 란에 이 사건 토지 (쟁점토지) 의 1/2 지분만 기재되어 있는 점, 등기사항전부증명서에 의하면 이 사건 양도 당시 이 사건 토지의 1/2 지분 매매가액이 OOO 원으로 기재되어 있고, 이 사건 건물 (쟁점건물) 이 a 에게 이전된 내역이 나타나지 않는 점, 이 사건 양도 이후 a 에게 매도한 이 사건 토지의 1/2 지분의 매매 시에도 이 사건 건물이 포함되어 있지 않음은 당사자 사이에 다툼이 없는데 그 매매가액 또한 이 사건 양도의 매매가액과 동일한 OOO 원인 점 등을 종합하면 이 사건 건물이 이 사건 양도의 매매목적물이었다거나, 위 건물 취득비용을 필요경비로 공제하여야 한다고 보기 어려움 (다) 쟁점매매계약서에는 매도인이 청구인, 매수인이 a, 작성일이 2019.5.8. 로 각 기재되어 있고, 매매대상은 쟁점토지의 1/2 지분 (쟁점건물 제외), 매매대금은 OOO 원으로 기재되어 있으며, 특약사항은 위 “ 가. 청구인 주장 ” 기재내용과 같다. (라) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점건물은 청구인이 2002.6.10. 소유권보존등기를 경료한 이후 2019.7.1. 매매예약을 원인으로 2019.7.1. a 에게 소유권이전청구권가등기가 경료되었다가, 2020.3.31. 해제를 원인으로 2020.3.31. 소유권이전청구권가등기가 말소된 후 2020.5.25. 멸실된 것으로 나타나고, 쟁점토지는 청구인이 2001.11.1. 매매를 원인으로 2001.11.28. 소유권이전등기를 경료한 후, a 이 2019.5.8. 매매를 원인으로 쟁점토지 a 에 대하여 2020.3.31. 소유권이전등기를 경료하였고, 이후 a 이 2020.8.11. 매매를 원인으로 쟁점토지 b 에 대하여 2020.9.28. 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 뿐만 아니라 쟁점건물도 함께 포함하여 양도가액을 정하였으므로 2 차 양도와 관련하여 쟁점건물 b 의 실지취득가액 OOO 원을 양도자산의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제97조 제1항에서 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 ‘ 해당 토지와 관련된 취득가액, 자본적 지출액, 양도비 등 ’ 을 규정하고 있어서 토지와 별개의 자산인 건물의 취득가액은 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 아니하는 것이나 예외적으로 토지와 건물을 함께 취득한 것이 토지만의 이용을 위한 것인 경우 등의 특별한 사정이 있다면, 건물의 취득가액을 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비로 볼 수 있을 것인데, 이러한 특별한 사정은 ‘ 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용 (매각) 하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도 ’ 하거나 ‘ 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수 ’ 하는 등 토지와 건물을 함께 취득한 것이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우이어야 인정되는바 (대법원 1992.9.8. 선고 92 누 7399 판결, 같은 뜻), 이 건의 경우 ① 1 차 양도 당시 체결한 쟁점매매계약에서 쟁점토지의 1/2 지분만을 매매대상으로 하고 있을 뿐 쟁점건물은 매매대상에서 제외되어 있었고, 2 차 양도의 경우 그 계약서가 제출되지 아니하여 구체적인 내용은 알 수 없으나 2 차 양도일 (2020.9.28.) 은 쟁점건물이 멸실등기 (2020.5.28.) 된 이후이므로 2 차 양도에 쟁점건물이 포함되어 거래되었다고 볼 수 없다 할 것이어서 쟁점건물의 취득가액을 쟁점토지 b 의 필요경비로 인정하기는 어려워 보이는 점,

② 2 차 양도에 있어서 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 지상에 건물을 신축하여 18 년간 임대업 등을 영위하다가 쟁점토지만 양도한 경우이므로 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우에 해당하지 아니하여 토지와 건물을 함께 취득한 것이 토지만의 이용을 위한 것인 경우 등의 특별한 사정이 있는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점건물 b 의 실지취득가액 OOO 원을 양도자산의 필요경비로 보아 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.