이 건 해명자료 제출안내의 경우 처분청이 내부자료를 서면검토한 결과 청구법인의 ㅇㅇ사업연도 중소기업 특별세액감면과 관련한 법인세 신고내용의 적정여부를 확인하기 위하여 ㅇㅇ사업연도 대비 ㅇㅇ사업연도 상시근로자 수의 감소 등에 따른 감면한도의 적용에 대한 해명자료의 제출을 요구한 것으로 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과하고, 포괄적인 질문검사권을 행사한 것이 아니라서 이를 세무조사로 보기 어려운 점 등에 비추어, 중복조사에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 청구법인이 조사청으로부터 기 조사받은 사업연도인 2020사업연도의 동일 세목인 법인세와 관련하여법인세법제60조 제6항 규정에 근거하여 보정자료의 제출을 요구하였는바, 이는국세기본법제81조의4의 세무조사권 남용금지 규정에 위배된다.
(2) 처분청의 과세자료 소명안내는 위법한 중복세무조사로서 그에 따른 이 건 부과처분은 위법·부당하다. (가) 세무조사는 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 등 과세요건 사실을 조사·확인하고 과세에 필요한 직·간접의 자료를 수집하는 일련의 행위를 말한다. 그리고 국세기본법 시행령제63조의2 제2호 전단의 “각종 과세자료”란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 그 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료로서 국세의 부과·징수와 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하고, 이러한 자료에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 아니한다(대법원 2015.5.28. 선고 2014두43257 판결 참조). (나) 처분청이 청구법인에게 발송한 과세자료 소명요구서는 세무자료의 제출을 직접적으로 요구하는 것이고, 당초 세무조사시 이미 제출하였던 과세자료를 재차 요구하는 것으로 부당할 뿐만 아니라, 과세요건 사실을 조사·확인하고 필요한 자료를 수집하는 일련의 행위는 전부 청구법인에 대한 관계에서는 세무조사로 보아야 할 것이다. (다) 따라서 처분청이 청구법인에게 발송한 과세자료 소명요구서에 기재된 과세자료는 세무조사 당시 현존하였을 뿐만 아니라, 조사공무원에게 제공된 자료를 다시 요구하는 점, 감면세액의 적정성 여부에 대하여 세무조사 당시 자료를 제출하여 이미 검토되었던 점, 처분청이 과세표준과 세액을 경정하기 위하여 질문하거나 서류 등 제출을 명하는 일체의 행위는 세무조사에 해당(서울행정법원 2017.2.14. 선고 2016구합55704 판결 참조)하므로 처분청의 과세자료 소명요구는 명백한 중복조사 금지 원칙에 반하는 것이다.
(2) 또한법인세법제66조 제2항 제1호 및 제4항에서는 납세지 관할 세무서장 등은 신고를 한 내국법인이 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하고 위와 같이 경정한 후 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정하도록 규정하고 있는바, 과세관청은 납세의무자인 법인이 스스로 신고한 법인세 신고 내용에 오류 또는 누락이 있을 때에는 증액경정을 할 수 있고, 그 증액경정에 오류나 누락이 재차 발견된다면, 부과제척기간 내에서 수차례에 걸쳐 반복하여 증액경정을 할 수 있는 것이다.
(3) 법인세 감면법인 사후관리에 따른 ‘법인세 신고관련 해명자료 제출 안내문’은 처분청에서 법인세 감면법인 사후관리대상이 된 청구법인에 대해 세원관리 업무절차에 따라 법인세 부당감면 혐의에 대한 설명과 그에 따른 소명자료 제출을 요청하거나 수정신고에 대하여 안내를 한 것이고, 청구법인의 사업장을 방문하여 장부‧서류‧물건 등을 조사한 사실이 없으며, 청구법인에 세무서 방문을 요구한 사실도 없다. 또한 본 해명안내문은 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 우편, 이메일, 팩스 등으로 손쉽게 응답할 수 있을 것으로, 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에 해당하므로 재조사가 금지되는 세무조사로 볼 수 없다.
(4) 따라서 본 ‘법인세 신고관련 해명자료 제출 안내문’은 오류가 있는 청구법인의 법인세 신고서 과세표준 경정을 위한 절차일 뿐,국세기본법제81조의2 제2항 제1호 및 조사사무처리규정 제3조 제1호에 따른 중복조사에 해당하지 않고,법인세법제66조 제2항 제1호 및 제4항에 따라 오류가 있는 청구법인의 법인세 부당감면에 따른 법인세 부과처분은 적법하다.
(1) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정된 것) 제81조의2(납세자권리헌장의 제정 및 교부) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다.
1. 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32424호로 개정된 것) 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우
3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우 4.조세범 처벌절차법제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여조세범 처벌절차법제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.
(3) 법인세법 제60조(과세표준 등의 신고) ⑥ 납세지 관할 세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 보정할 것을 요구할 수 있다. 제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제122조(질문·조사) 법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행에 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 이 경우 직무상 필요한 범위 외에 다른 목적 등을 위하여 그 권한을 남용해서는 아니 된다.
1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자
3. 지급명세서 제출의무자 및 매출·매입처별 계산서합계표 제출의무자
4. 제109조 제2항 제3호에 따른 경영 또는 관리책임자
5. 제1호에 해당하는 자와 거래가 있다고 인정되는 자
6. 납세의무자가 조직한 동업조합과 이에 준하는 단체
(4) 조세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. (단서 생략)
2. 감면 비율. 다만, 제1호 무목에 따른 업종을 경영하는 사업장의 경우 나목, 다목 및 바목에도 불구하고 나목, 다목 및 바목의 감면 비율에 100분의 50을 곱한 비율로 한다.
3. 감면한도: 다음 각 목의 구분에 따른 금액
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의해 나타나는 사실관계 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2021년 3월 2020사업연도 법인세 신고 시 조특법 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액 감면을 적용(감면율: 15%)하여 OOO원을 감면받은 것으로 나타난다. (나) 이후 청구법인은 2021년 9월 2019사업연도 지급명세서를 추가로 제출하는 수정신고를 하였고, 이에 2020사업연도의 평균근로자 수(90명)가 2019사업연도의 평균근로자 수(96.33명) 보다 감소(6.33명)된 것으로 나타난다. (다) 조사청이 2022.4.14.∼2022.7.14. 기간 동안 청구법인의 2017∼2020사업연도에 대해 법인세 통합조사를 실시하였으나, 당시 조사청이 청구법인이 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용한 것에 대하여 2019사업연도 대비 2020사업연도 상시 근로자수 감소에 대한 자료제출을 요청하였는지, 감면한도를 초과하였는지에 대해 조사하였는지 여부는 확인되지 아니한다. (라) 처분청은 2023.1.4. 청구법인이 기 제출한 신고서 등의 서류나 내부에 수집된 과세자료 등을 통해 청구법인이 2020사업연도에 중소기업에 대한 특별세액감면에 대한 한도 없이 법인세를 신고한 혐의를 확인하여 청구법인에게 아래 <표>과 같은 해명자료 제출 안내문을 발송한 것으로 나타난다. <표> 해명자료 제출 안내문 내용 일부 (마) 처분청은 청구법인이 이에 대해 관련 해명자료를 제출하지 않자 이 건 법인세를 경정·고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결 참조). (나) 청구법인은 2020사업연도에 대한 법인세 통합조사를 하였음에도 해명자료 제출안내를 통해 같은 세목 및 같은 기간에 대하여 재조사하는 것은국세기본법제81조의4 제2항에서 금지된 중복조사에 해당한다고 주장하나, 처분청은 청구법인이 기 신고한 신고서 등의 서류와 처분청이 보유한 내부자료를 기초하여 과세사실의 오류를 지적한 것으로 보이는 점, 이 건 해명자료 제출안내의 경우 처분청이 내부자료를 서면검토한 결과 청구법인의 2020사업연도 중소기업 특별세액감면과 관련한 법인세 신고내용의 적정여부를 확인하기 위하여 2019사업연도 대비 2020사업연도 상시근로자 수의 감소 등에 따른 감면한도의 적용에 대한 해명자료의 제출을 요구한 것으로 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과하고, 포괄적인 질문검사권을 행사한 것이 아니라서 이를 세무조사로 보기 어려운 점 등에 비추어, 중복조사에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2018서4038, 2018.12.19., 조심 2018중3799, 2018.12.20. 외 다수, 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.