조세심판원 심판청구 양도소득세

자경농지에 대한 감면세액을 계산함에 있어 상속으로 취득한 농지가 공익사업에 따라 주거지역에 편입되는 경우 양도소득세를 감면해야 한다는 청구주장의 당부 등

사건번호 조심-2023-부-9089 선고일 2023.11.08

조특령§66⑦은 양도소득금액 중 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득을 안분하는 산식을 규정하고 있고 이는 주거지역 등에 편입된 시점까지 발생한 양도차익에 대하여만 비과세를 받을 수 있도록 하여 편입일 이후부터 발생되는 개발이익 상당액에 대하여 양도소득을 감면하지 않겠다는 취지(조심 2019중3449, 19.12.23.)인데 청구인은 쟁점토지를 주거지역 편입일 이후 취득(상속)하였고 취득 당시 기준시가가 주거지역에 편입된 날의 기준시가보다 크므로 감면대상

[ 세 목 ] 양도 [ 결정유형 ] 기각 [ 문서번호 ] 조심-2023-부-9089(2023.11.08) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 자경농지에 대한 감면세액을 계산함에 있어 상속으로 취득한 농지가 공익사업에 따라 주거지역에 편입되는 경우 양도소득세를 감면해야 한다는 청구주장의 당부 등 [ 요 지 ] 조특령§66⑦은 양도소득금액 중 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득을 안분하는 산식을 규정하고 있고 이는 주거지역 등에 편입된 시점까지 발생한 양도차익에 대하여만 비과세를 받을 수 있도록 하여 편입일 이후부터 발생되는 개발이익 상당액에 대하여 양도소득을 감면하지 않겠다는 취지(조심 2019중3449, 19.12.23.)인데 청구인은 쟁점토지를 주거지역 편입일 이후 취득(상속)하였고 취득 당시 기준시가가 주거지역에 편입된 날의 기준시가보다 크므로 감면대상 소득금액이 없어 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨 [ 결정내용 ] 결정 내용은 붙임과 같습니다. [

관련법령

] 조세특례제한법 69 [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인들은 2014.5.6. 상속으로 취득한 OOO 외 6필지 답 11,417㎡(주거지역 편입일은 2009.12.28.이고, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 각 1/5씩 소유하다가, 쟁점토지가 2018.8.30. OOO에 각 OOO원에 수용되자 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2018.11.16. 납부할 양도소득세가 없는 것으로 신고하였다.
  • 나. 처분청은 청구인들에 대한 양도소득세조사를 실시한 결과, 청구인들이 주거지역 편입일 이후 쟁점토지를 취득하였으므로 감면받을 양도소득금액은 없는 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하는 대신, 조특법 제77조의3에 따른 개발제한구역지정에 따른 매수대상 토지등에 대한 양도소득세 감면규정(양도소득세의 40% 감면)을 적용하여 2023.4.7. 청구인들에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인들은 이에 불복하여 2023.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) 농지가 주거지역으로 편입된 이후 수용의 방식으로 양도되는 경우, 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 계산할 때에 주거지역 편입일을 고려하지 않고 전체 기간의 양도소득세를 감면하여야 한다. (가) 조특법 제69조는 자경농지라 하더라도 농지등이 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 경우, 소유자가 누리는 개발이익을 양도소득세 감면에서 배제하기 위해 아래 산식을 적용하여 주거지역에 편입된 시점까지 발생한 양도차익에 대하여만 비과세 받을 수 있도록 되어 있다. (나) 그런데, 기준시가가 매년 상승하는 일반적인 상황에서 주거지역등에 편입된 이후 농지를 취득하고, 매매방식으로 양도하는 경우에는 양도차익을 계산할 때 위 산식에 따라 분자가 음(-)으로, 분모가 양(+)으로 되어 양도차익이 음(-)으로 산정되게 되므로 감면받을 세액이 없어지게 되어 입법취지에 부합하지만, 청구인들과 같이 농지가 주거지역등에 편입된 이후 수용의 방식으로 양도되는 경우, 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도당시 기준시가로 보도록 되어 있어, 위 산식에 따라 양도차익을 계산할 때 분자와 분모가 모두 음(-)이 되어 양도차익은 양(+)이 되고 이에 따라 감면받을 세액 발생하게 되므로 입법취지에도 부합하지 않고 수학적으로도 타당하지 않다. (다) 또한 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 에 따라 자연녹지에 있던 농지가 공익사업에 의해 주거지역에 편입될 경우 자연녹지를 기준으로 보상이 이루어지므로 보상가액에는 이미 개발이익이 배제되어 있다고 봄이 타당한데도, 개발이익을 배제한다는 명목으로 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하는 것은 개발이익이 이중으로 배제되어 부당한 처분이다.

(2) 설령, 주거지역 편입 시점까지 발생한 양도차익에 대해서만 비과세를 받을 수 있다고 하더라도, 상속으로 취득한 토지의 경우 취득당시 기준시가를 적용함에 있어 상속 당시 기준시가가 아닌 피상속인이 취득한 당시의 기준시가를 적용해야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지를 주거지역 편입일인 2009.12.28. 이후 취득(2014.5.6. 상속으로 취득)하였고, 조특법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조 제7항에 따라 취득당시 기준시가가 주거지역에 편입된 날의 기준시가보다 크므로 감면대상 소득금액은 없다.

(2) 청구인은 개발이익배제원칙에 따라 보상가액이 산정된 토지의 양도에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 부인하는 것은 개발이익의 이중배제라고 주장하나, 이 건은 양도소득세 감면을 부인한 것이 아니라 관련 규정에 따라 감면받을 소득금액이 없는 경우에 해당한다.

(3) 청구인은 처분청이 제시한 법령해석사례(사전-2018-법령해석재산-721)가 구체적인 증빙이 없는 답변이고, 분모와 분자가 모두 음수인 경우에는 그 값은 양수이므로 수학적 오류가 있다고 주장하나, 조특법 시행령 제66조 제7항은 해당 토지가 주거지역 등에 편입된 시점까지 발생한 양도차익에 대하여만 비과세 받을 수 있도록 하여 편입(지정)일 이후부터 발생되는 개발이익 상당액에 대하여 양도소득을 감면하지 않겠다는 취지이므로 청구인의 주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 자경농지에 대한 감면세액을 계산함에 있어, 상속으로 취득한 농지가 공익사업에 따라 주거지역에 편입되는 경우 양도소득세 전부를 감면해야 한다는 청구주장의 당부

② 상속으로 취득한 농지의 경우 취득 당시 기준시가를 적용함에 있어 상속받은 날이 아닌 피상속인이 취득한 날을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제77조의3【개발제한구역 지정에 따른 매수대상 토지등에 대한 양도소득세의 감면】① 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」 제3조 에 따라 지정된 개발제한구역(이하 이 조에서 “개발제한구역”이라 한다) 내의 해당 토지등을 같은 법 제17조에 따른 토지매수의 청구 또는 같은 법 제20조에 따른 협의매수를 통하여 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 다음 각 호에 따른 세액을 감면한다.

1. 개발제한구역 지정일 이전에 해당 토지등을 취득하여 취득일부터 매수청구일 또는 협의매수일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액

2. 매수청구일 또는 협의매수일부터 20년 이전에 취득하여 취득일부터 매수청구일 또는 협의매수일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 25에 상당하는 세액

② 개발제한구역에서 해제된 해당 토지등을 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따른 협의매수 또는 수용을 통하여 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 다음 각 호에 따른 세액을 감면한다. 다만, 개발제한구역 해제일부터 1년(개발제한구역 해제 이전에 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 따른 경제자유구역의 지정 등 대통령령으로 정하는 지역으로 지정이 된 경우에는 5년) 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 사업인정고시가 된 경우에 한정한다.

1. 개발제한구역 지정일 이전에 해당 토지등을 취득하여 취득일부터 사업인정고시일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액

2. 사업인정고시일부터 20년 이전에 취득하여 취득일부터 사업인정고시일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 25에 상당하는 세액

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받은 토지등은 피상속인이 해당 토지등을 취득한 날을 해당 토지등의 취득일로 본다.

④ 제1항 및 제2항을 적용할 때 감면신청, 거주기간의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「소득세법」 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예 정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. (3) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인들이 제출한 쟁점토지의 기준시가 변동 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점토지의 기준시가 변동 내역 OOO (나) 쟁점토지의 주거지역 편입일과 취득일의 기준시가는 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점토지의 기준시가 OOO (다) 쟁점토지의 공공주택지구 보상안내문에 기재되어 있는 사업 추진 일정은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점토지 공공주택지구 사업추진 일정 OOO (라) 처분청은 쟁점토지의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고 개발제한구역지정에 따른 매수대상 토지등에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 아래 <표4>과 같이 청구인들에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정·고지하였다. <표4> 양도소득세 경정·고지 내역 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 상속으로 취득한 농지가 공익사업에 따라 주거지역에 편입되는 경우 편입된 날과 무관하게 양도소득세 전부를 감면해야 한다고 주장하나, 조특법 제69조 제1항 단서에서 8년 이상 자경농지가 주거지역 등에 편입되는 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득에 한하여 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제66조 제7항은 양도소득금액 중 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득을 안분하는 산식을 규정하고 있으며, 이는 주거지역 등에 편입된 시점까지 발생한 양도차익에 대하여만 비과세 받을 수 있도록 하여 편입(지정)일 이후부터 발생되는 개발이익 상당액에 대하여 양도소득을 감면하지 않겠다는 취지(조심 2019중3449, 2019.12.23. 참조)인데, 청구인은 쟁점토지를 주거지역 편입일인 2009.12.28. 이후 취득(2014.5.6. 상속으로 취득)한 점, 취득당시 기준시가가 주거지역에 편입된 날의 기준시가보다 크므로 감면대상 소득금액이 없어 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 보건대, 청구인은 상속으로 취득한 농지의 경우 취득 당시 기준시가를 적용함에 있어 상속받은 날이 아닌 피상속인이 취득한 날을 적용해야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제5호 에 따르면 ‘상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날’을 자산의 취득시기로 보도록 되어 있는 점 등에 비추어, 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)