청구법인이 특수관계인으로부터 부당하게 낮은 임대료를 수취한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부

가. 청구법인은 1971.10.1. 부터 부산광역시 동래구 OOO, 1 층에 본점을 두고 연료 및 관련 제품 도·소매업을 영위하면서, 부산광역시 동구 OOO 에 지점인 ‘ 주식회사 A OOO 영업소 ’(가스충전소로서 이하 “ 쟁점영업소 ” 라 하고, 해당 사업장을 “ 쟁점충전소 ” 라 한다)’ 를 운영하고 있다. 나. 쟁점영업소는 2006.2.25. 쟁점충전소를 주식회사 B[ 대표이사는 C(청구법인의 대표이사 D 의 아버지) 으로 이하 “B” 라 한다 ] 에 보증금 없이 월세 OOO 원에 임대하였고, B 는 2016.12.15. E 주식회사 (이하 “E” 라 한다) 에 쟁점충전소를 전대보증금 OOO 원, 월세 OOO 원에 전대하였으며, E 는 같은 날 이를 다시 사단법인 F(이하 “F” 이라 한다) 에 쟁점충전소를 월세 OOO 원 (보증금 없음) 에 전전대하는 계약을 체결하였다. 다. 대구지방국세청장은 2022.7.20. 부터 2022.9.23. 까지 주식회사 G 에 대하여 법인통합조사를 실시하여 대표이사 D 에 대한 자금출처조사를 실시한 결과, 특수관계인 간 저가임대에 따른 부당행위계산 부인 자료를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제88조의 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 보아 B 와 E 간 임대료와 쟁점영업소와 B 간 임대료 차액 OOO 원을 익금산입하여 2023.3.30. 청구법인에게 2017 사업연도 법인세 OOO 원을 경정·고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점영업소는 당초 2006.3.1. 쟁점충전소를 B 에 임대하면서 주위에 임대료를 책정할 유사한 가스충전소가 없었고, 이로 인하여 시가가 불분명한 것으로 보아 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호에 의하여 산출된 임대보증금 없이 월 OOO 원을 적정 임대료로 보아 임대차계약을 체결하였으며, B 는 쟁점충전소를 10 여년간 운영하였다. 2016 년 가스 3 사 OOO 가 F 에 대한 가스 매출을 위한 권리를 확보하기 위해 치열하게 경쟁한 끝에 E 가 F 의 조합원에게 가스를 공급하게 되었고, E 는 부산광역시에 가스 충전소가 없어 부산광역시에서 가장 중앙에 위치한 쟁점충전소를 임차한 것이며, 쟁점충전소는 개인택시 기사들이 사방에서 접근하기가 편리한 곳이어서 이를 보증금 OOO 원 및 임차료 OOO 원에 임차하여 F 의 조합원에게 가스를 공급한 것이다. 실제로도 E 가 청구법인에 보낸 공문을 보면, 위와 같은 특별한 사정으로 다른 지역보다 높은 임차료를 지급하였고, E 가 쟁점충전소를 임차하기 이전 판매량 (2016 년 월 평균판매량) 이 196 톤이었으나 F 에 전전대한 이후에는 판매량 (2017 년 월 평균판매량) 이 402 톤으로 2 배 이상 증가하였다고 확인하였다. (2) 쟁점영업소는 당초 B 와 2006.2.25. 임대차계약을 체결하면서 “ 무허가 사무실과 화장실로 인해 행정관서로부터 영업정지 등의 제재가 없는 한 건축허가 가능일까지로 한다 ” 는 특약조항에 따라, 새로운 건물의 신축허가 시까지 위 임대차계약의 효력에 변동이 없었는바, 청구법인은 B 와 E 의 전대계약에 개입할 여지가 없어 전대계약의 당사자가 될 수 없으므로 그 거래행위가 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것이라고 볼 수 없다. 또한, B 가 E 에 쟁점충전소를 보증금 OOO 원, 월 임대료 OOO 원 (부가가치세 별도) 에 임대하였으나 같은 날 E 는 쟁점충전소를 F 에 월 전전대료 OOO 원에 임대한 사실도 있으므로, B 와 E 의 월 OOO 원의 전대차계약은 가스 3 사가 F 에 가스를 납품하기 위한 경쟁 입찰의 결과로 거래당시의 특별한 사정 등에 해당하는 것 (대법원 2012.11.29. 선고 2010 두 19294 판결 등 참조) 이어서 적정임대료로 보기 어렵고, E 가 F 에 전전대한 금액 월 OOO 원을 적정임대료로 봄이 타당하다. (3) 처분청은 쟁점영업소와 B 와의 임대차를 저가임대로서 부당행위거래로 보아 이 건을 과세하였으나, 임대료의 적정 여부는 법인세법 시행령제88조 제2항에서 “ 행위 당시 ” 의 거래를 기준으로 판단하는바, 당초 쟁점영업소와 B 의 임대차거래는 2006 년의 거래로 행위 당시의 거래이고 비교대상인 전대차 거래 (B 와 I) 는 2016 년 거래로, 행위 당시의 거래가 아니므로 두 거래를 비교하여 부당행위계산 부인 여부를 판단할 수는 없다 할 것이다. 또한, 상가건물 임대차보호법제9조에 규정하는 “ 기간을 정하지 아니하거나 기간을 1 년 미만으로 정한 임대차는 그 기간을 1 년으로 본다 ” 는 조항은 임대차기간을 정하지 않았거나 1 년 미만일 경우로 한정한 경우로서 청구법인의 경우에는 부동산임대차계약서의 특약조항에 무허가 사무실과 화장실로 인해서 행정관서로부터 영업정지 등의 제재가 없는 한 임대인의 신축허가 가능기일까지로 한다고 계약되어 있어 임대차 기간이 정해져 있는 것으로 보아야 하므로 처분청의 부당행위계산 부인은 법리를 오해하여 부당한 처분이다. (4) 설령 청구법인과 B 와의 거래를 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 청구법인에게 B 와 E 와의 거래가격으로 거래한다고 하더라도 결국 B 가 신고․납부한 부가가치세는 매입세액이 공제되고 법인세는 원가 계산되어 결국 B 가 부담해야 되는 세액이 청구법인에게 이전되는 것이어서 조세가 부당하게 감소되지 않는다 할 것이고, 청구법인과 B 간의 임대차계약을 전대차계약과 비교하여 부당행위계산이라고 판단한 것은 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 판단이므로, 이 건 과세처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인과 B 는 특수관계인이고, 부당행위계산 부인 규정 적용 시 시가는 특수관계에 있지 아니한 자 간의 건전한 사회통념 및 상관행에 의하여 형성되는 가격을 기준으로 산정해야 하는바, B 와 E 는 제 3 자 간의 일반적인 관계로 2016 년에 B 와 E 의 전대차계약서상 월 전대료 OOO 원은 특수관계인이 아닌 제 3 자 간의 거래된 가격인 시가에 해당하므로, 청구법인이 특수관계인 B 에 시가보다 낮은 임대료로 자산을 임대한 것은 법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제88조에 규정한 부당행위계산 부인 대상에 해당한다 할 것이다. (2) 청구법인은 쟁점영업소와 B 와의 임대차계약이 비정상적이지 않다고 주장하나, 쟁점영업소와 B 와의 월 임대료는 OOO 원인데 비해 B 와 E 와의 월 전대료는 OOO 원으로 임대료가 전대료보다 1/10 에 불과한 비정상적인 계약이고, 쟁점영업소와 B 와의 임대차계약은 특약 사항과 주변 시세를 확인할 수 없다는 이유로 임대료가 10 년간 동일한 비정상적인 계약인 반면에, 이런 계약이 가능한 것은 청구법인과 B 가 특수관계인이기 때문일 것이고, B 와 E 의 전대계약 체결에 대하여 청구법인이 당사자가 될 수 없지만, 청구법인과 B 는 특수관계인이므로 전대차계약에 개입할 여지가 없다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 부당행위계산 부인 규정은 객관적으로 타당한 기준에 의하여 소득을 재계산하여 과세하는 것일 뿐 청구법인과 특수관계인 사이에 성립한 법률행위나 계산 그 자체의 사법상 효력을 부인하는 것은 아니다. (3) 청구법인은 E 가 F 에 쟁점충전소를 전전대한 전전대료 월 OOO 원을 시가로 보아야 한다고 주장하나, E 는 F 에 가스를 독점 공급할 수 있는 권리를 입찰하면서 F 에 쟁점충전소를 전전대한 것으로, E 는 경쟁입찰의 입찰자이고 F 은 경쟁입찰의 발주자로서 두 법인 간의 전전대계약은 이 건 임대계약과 유사한 상황으로 이루어진 거래로 보기 어려우므로 E 와 F 간의 전전대계약에 따른 전전대료를 제 3 자간에 일반적으로 거래된 가격이라고 보기 어렵다. E 는 쟁점충전소를 경쟁입찰한 것이 아니라, F 의 가스 공급에 경쟁입찰하였고, 그 결과 F 에 독점적으로 자사의 가스를 공급할 수 있기에 E 와 F 간에 월 임대료 OOO 원의 전전대계약이 이루어질 수 있었는바, 그렇다면, 전전대료는 거래 당시의 특별한 사정 등에 의한 가격이므로 이를 시가로 보기 어렵고, B 가 제 3 자인 E 에 재임대한 가액 월 OOO 원을 시가로 봄이 타당하다. (4) 청구법인은 B 와 E 와의 거래가격으로 거래한다고 하더라도 조세가 부당하게 감소되지 않는다고 주장하나, 쟁점영업소와 B 와의 계약 및 B 와 E 와의 계약은 각각의 개별적인 거래이고 청구법인은 특수관계인 B 에 시가보다 낮은 임대료로 자산을 제공하여 청구법인의 소득에 대한 조세가 부당하게 감소되었다.

가.

청구법인이 특수관계인으로부터 부당하게 낮은 임대료를 수취한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 법인세를 부과한 처분의 당부 나.

(1) 법인세법 (2016.12.20. 법률 제14386호로 개정된 것) 제52조 (부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인 (이하 “ 특수관계인 ” 이라 한다) 과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산 (이하 “ 부당행위계산 ” 이라 한다) 에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 (요율 ㆍ 이자율 ㆍ 임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “ 시가 ” 라 한다) 을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 (算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 (2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정된 것) 제88조 (부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 “ 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 ” 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가. 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우 나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원 (소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택 (기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다) 을 제공하는 경우 제89조 (시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제 3 자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격 (주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액) 에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액 (감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의 2 ㆍ제39조의 3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식 (주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다) 의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “ 직전 6 개월 (증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3 개월로 한다)” 은 각각 “ 직전 6 개월 ” 로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산 (금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100 분의 50 에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액 (직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “ 원가 ” 라 한다) 과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률 (기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다) 을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. (3) 상가건물 임대차보호법 (2015.5.13. 법률 제13284호로 개정된 것) 제9조 (임대차기간 등)

① 기간을 정하지 아니하거나 기간을 1 년 미만으로 정한 임대차는 그 기간을 1 년으로 본다. 다만, 임차인은 1 년 미만으로 정한 기간이 유효함을 주장할 수 있다.

② 임대차가 종료한 경우에도 임차인이 보증금을 돌려받을 때까지는 임대차 관계는 존속하는 것으로 본다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 부산광역시 동래구 OOO 에 본점을 두고 가스충전소를 운영하면서, 부산광역시 동구 OOO 에 지점인 쟁점영업소를 운영하다가, 2006.2.25. 쟁점영업소가 운영하던 쟁점충전소를 B 에 임대하는 임대차계약을 체결하였다. B 는 쟁점충전소를 운영하다 2016.12.15. E 와 전대 계약을 체결하면서 전대기간을 2017.1.1. 부터 2021.12.31. 까지로 하고 전대보증금 OOO 원에 월 전대료 OOO 원을 지급받기로 하였고, E 는 쟁점충전소를 F 에 임대하는 전전대계약을 체결하면서 계약기간을 2017.1.1. 부터 2021.12.31. 까지로 하고 월 전전대료 OOO 원 (부가가치세 별도) 을 지급받고 조합원들에게 E 를 공급하기로 약정하였다. 대구지방국세청장은 2022.7.20. 부터 2022.9.23. 까지 주식회사 G 법인통합조사를 실시하면서 대표이사 D 에 대한 자금출처조사를 실시한 결과, 특수관계인 간 저가임대에 따른 부당행위계산 부인 자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제88조의 부당행위계산 부인 대상의 거래로 2023.3.27. 전대차계약에 따른 월세 OOO 원과 임대차계약에 따른 월세 OOO 원에 현재까지 전차하여 오고 있음. 전전차인인 F 은 쟁점충전소의 시장내 적정 임차료가 월세 OOO 원정도라 주장하여 당사는 F 에 2017.1.1. 보증금 OOO 원 및 월세 OOO 원에 전전대하였음. 당사는 해당계약을 통한 판매증가 효과가 전차 조건과 전전대 조건을 상회할 것으로 판단하여 상기 조건으로 각각 계약을 체결하였음. 실제로 당사가 전차하기 이전 판매량 (2016 년 월평균) 은 196 톤 / 월에 그쳤으나 당사가 전차하여 F 에 전전대한 이후에는 판매량 (2017 년 월평균) 이 402 톤 / 월로 크게 증가함. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점충전소를 특수관계인에게 저가임대한 것이 아니라고 주장하나, 청구법인이 B 의 특수관계인임에는 다툼이 없고, 쟁점영업소가 B 에게 월 OOO 원에 임대하고 있는 쟁점충전소를, B 는 제 3 자인 E 에 월 OOO 원에 임대하고 있어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보이며, 이 경우 특수관계가 없는 제 3 자 간에 체결된 임대료 월 OOO 원을 시가로 봄이 타당한 점, E 는 F 에 독점적으로 자사의 가스를 공급할 수 있어 쟁점충전소에 대한 전전대료를 적게 받더라도 가스 매출로 수익을 낼 수 있는 등 특별한 사정이 있음을 감안하면, 전전대 임대료인 월 OOO 원을 시가로 보기에 무리가 있고, 달리 쟁점영업소가 B 와 산정한 임대료 OOO 원이 경제적 합리성이 있는지를 입증할 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 특수관계인으로부터 부당하게 낮은 임대료를 수취한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다 (조심 2024 소 665, 2024.8.13. 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.