첨단기술기업 지정(2차)에 따른 쟁점감면의 기산연도가 2019사업연도라는 청구주장의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 19OO.O.OO. 설립되어 선박에서 발생하는 유해물질 저감장치를 개발 및 제 조하 는 사업을 영위하는 법인으로서 2014.OO.OO. 최초로 첨단기술기업으로 지정받은 후 2015.OO.OO. 연구개발특구로 지정된 OO시 OO구에 입주하였고, 2015사업연도부터 조세특 례 제한법(이하 “조 특법”이라 한다) 제12조의2 제2항에 따른 연구개발특구에 입주하는 첨단기 술기업 등에 대한 법인세 등 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 법인세를 신고하였다.
• 나. OO 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 20OO.O.OO.부터 20OO.O.OO.까지 청구법인 에 대 한 법인통합조사를 실시한 결과 청구법인이 2019사업연도에 조특법 제12조의2에 따라 감면 받은 법 인세 OOO원에 대해 청구법인의 첨단기술기업지정 유효기간이 2019.O.O.자로 만료되 어 2019사 업연도에는 첨단기술기업에 해당하지 아니함에도 위의 법인세 감면을 적용받은 것으로 보아 해당 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 2021.6.4. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 20OO.O.OO. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 20OO.OO.OO. 기 각결정(조심 20OO부OOOO, 20OO.OO.OO.)하였다.
• 라. 청구법인은 2019사업연도 중 첨단기술기업 지정은 만료되었으나, 2017.O.O. 새로운 기술 에 대 한 첨단기술기업 지정을 받은 기업에 해당하 므로 새로운 첨단기술기업 지정일(2017.O.O.)부 터 최초로 소득이 발생한 시기는 2019사업연도라는 이유로 2023.2.21. 아래의 <표1>의 경정청구 를, 선박평형수 처리장치(이하 “BWTS”라 한다)와 선박 배연탈황 스크러버 시스템 기술(이하 “ECS”라 한다)과 같이 감면대상 제품(사업)별로 구분하여 <표2>와 같이 법인세 등의 환급을 구하는 경정청구를 각각 제기하였으나, 처분청은 2023.5.4. 이를 모두 거부하였다. <표1> 경정청구내역(주위적 청구) ㅇㅇㅇ <표2> 경정청구내역(예비적 청구) ㅇㅇㅇ
• 마. 청 구법인은 이에 불복하여 2023.6.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 조특법 제12조의2에 따른 이 건 법인세 감면은 ① 연구개발특구의 육 성 에 관한 특별법 제9조 제1항에 따라 지정을 받은 첨단기술기업이, ② 감면대상사업장에 서,

③ 감면대상사업을 하는 경우, ④ 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정 을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소 득이 발생 하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내 는 100%, 그 다 음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 50%의 법인세를 감면하도록 규정하 고 있다. 위 조특법 법문 내용에 따르면, 청구법인의 경우는 다음과 같이 감면율 및 감면기간을 적용하여야 한다. 청구법인은 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조 제1항 에 따라 1차(유효기간: 2014.OO.OO.∼2016.OO.OO.) 및 2차(유효기간: 2017.O.O.∼2019.O.O.)로 첨단기술기업 지 정을 받은 기업이다. 또한, 청구법인은 조특법 시행령 제11조의 2 제1항 제4호에 해당하는 감면대상사업으로서 산업발전법 제5조 및 첨단기술 및 제품의 범위 고시에 따라 산업통상자원부로부터 2014.O.OO.자로 선박평형수 처리장치(BWTS)로 첨단기술ㆍ제품 확인서(확인번호: OOO)를 받 게 되 었고, 2018.OO.OO.자로 “선박 배연탈황 스크러버 시스템 기술(ECS)로 “첨단기술ㆍ제품 확인 서” (확인 번호: 제OOO)를 받는 등 2개 제품에 대하여 첨단기술ㆍ제품 확인을 받아 감면대상사업 을 영위하고 있다. 위 감면대상사업을 보면 BWTS는 2014.O.OO.자로 첨단기술ㆍ제품 확인을 받아 감면대상 사 업을 하고 있고, ECS는 2018.OO.OO.자로 첨단기술ㆍ제품 확인을 받아 감면대상 사업을 하 고 있다. 한편, 조특법 제12조의2(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 법률, 이하 같다) 제2항 에 따르면 법문에 의하면, 제12조의2 제1항 제1호에서는 ① “연구개발특구의 육성에 관한 특별 법 제9조 제1항에 따라 2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업”이 그 대상이고, 2018.12.31.까지 지정을 받은 기업은 ② “해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발 생한 과세연 도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도) 의 개시일부터∼”로 규정하고 있다. 그러므로, 이 건 법인세 감면은 연구개발특구의 육성에 관한 특별법제9조 제1항에 따 라 2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업인 경우 그 지정을 받은 후 최초로 소득이 발생 한 과세연도부터 3년간은 100%, 이후 2년간은 50% 법인세가 감면되어야 한다. 따라서, 청구법인은 2017.O.O.자로 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조 제1항 에 따 라 첨단기술기업으로 지정을 받는 등 “2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업”에 해당되 므로 2017사업연도부터 본 법인세 감면을 받을 수 있고 그 이후의 최초 소득은 2019사 업연도부터 발생하므로 2019사업연도부터 3년간은 100%, 그 이후 2년간은 50%의 법인세 감면을 적용받아야 한다. 이에 대하여, 2022.12.31. 조특법 제12조의2 제2항 단서를 신설하여 첨단기술기업 지정이 취 소되는 등 대통령령으로 정하는 사유 발생 시에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연 도 부 터 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고, 2023.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용하도 록 하였다. 따라서, 2022.12.31. 조특법 제12조의2 제2항 단서의 신설 개정 법률을 보더라도, 2022.12.21. 이전에 개시하는 청구법인은 비록 2019.O. O. 첨단기술기업 지정서가 만료되었으 나, 신설된 조항에 따라 2023.1. 1. 이후 개시하는 과세연도부터 감면을 적용하지 않으므로 2022.12. 31. 이전에 개시하는 이 건 감면의 경우는 감면이 가능하다. 결론적으로 청구법인은 2017.O.O.자로 연구개발특구의 육성에 관한 특별법제9조 제1항 에 따 라 첨단기술기업 지정을 받았으므로, “2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업”에 해당되 고 2017 과세연도부터 본 법인세 감면을 받을 수 있고, 그 이후 최초 소득은 2019사업 연도부터 발 생하므로, 2019사업연도부터 3년간은 100%, 그 이후 2년간은 50%의 법인세 감면 을 적용하는 것이 타당하다. 청구법인은 꾸준하게 상당한 수준의 연구개발비를 지출해왔고, 2019사업연도에 사업성과가 발생하여 매출액이 급증한 결과 일시적으로 과세연도 말에 첨단기술기업 기준을 미충족한 것이다. 청구법인은 2014.OO.OO. 처음 배기가스를 줄이는 스크러버 기술로 첨단기술기업으로 지 정되 어 2015년경 처음 매출이 발생하였고, 2016년부터는 다른 첨단기술을 개발하기 시작하여 막대한 연 구개발비가 투입되어 2017.O.O. 다시 선박평형수 처리장치로 첨단기술기업으로 지정되었으며, 2016년부터 2018년까지 3년간 연구개발비를 투자하여 막대한 비용이 발생하였고 사업이 안정화 단계에 있었기에 매출 수준이 낮아 제대로 이익조차 발생시키지 못하였다. 청구법인은 2019사업연도에 이르러서야 이익을 발생시키게 되어 겨우 첨단기술기업 지정 에 따른 세제 혜택을 누리고자 함에도 연구개발특구에서 첨단기술기업으로서 유효기간 내에 발생 시 킨 감면대상 사업소득임에도 단지 사업연도말에 첨단기술기업으로 지정되어 있지 않다는 이 유만으 로 아무런 법적 근거도 없이 쟁점감면 혜택을 배제한다면 이는 입법자가 첨단기술기 업으로 지정된 기업에게 전폭적인 세제 혜택을 주어 사업성과를 촉진함으로써 첨단기술에 대한 재투자를 유도하려는 선순환 구조를 달성하지 못하게 된다. 첨단기술에 관한 사업을 기반으로 하고 있는 청구법인에게 가장 큰 비중을 차지하는 비용 은 인건비와 연구개발비이다. 그런데 청구법인은 매출이 줄고 있는 2016년부터 2018년까지도 인 건비와 연구개발비 수준을 매출액이 감소하는 수준에 비하여 일정하게 유지하였고, 심지어 2018년에는 계속되는 적자에도 연구개발비를 O억원 정도를 증액하였다. 2019년부터 청구법인의 사업성과가 나타나기 시작하자 기존 인건비와 연구개발비에 비해서 매출이 급증하면서 연구개발비의 수준이 급격하게 낮아져서 일시적으로 첨단기술기업의 요건 인 3∼4퍼센트 보다 낮아지게 되었으나 매출액 수준에 맞추어 연구개발비에 재투자하기 시작하여 2021년부터 첨단기술기업의 연구개발비 수준에 맞추었고, 2022년에는 순이익이 줄어들고 있 는 상 황임에도 연구개발에 박차를 가하여 인건비와 연구개발비 수준이 훨씬 늘어나게 되었다. 첨단기술을 개발하여 이를 상용화하는데 상당한 시간이 걸리게 되는데 기술개발에 내재하 는 위험 및 불확실성과 경제적 가치의 전유성 문제로 인한 사적 수익률과 사회적 수익률 간의 격 차 때문에 초기사업화 단계의 응용연구에 과소투자가 발생하여 시장실패에 이른다는 것은 경제학적으로도 널리 알려져 있고, 이 때문에 정부에서 연구개발비에 대한 투자를 지원하고 있다. 정부는 시장실패를 극복하기 위해 첨단기술을 지원하는 경우가 많은데 예컨대 탄소중립 투 자일 경우 기술개발에 따른 조기 상용화를 고려하여 단기 계획은 3년, 중기 계획은 10년, 장기적으로는 30년까지도 기술개발 투자 전략을 수립하고 있다. 그리고, 연구개발특구의 육성에 관한 특별법에서 첨단기술기업의 유효기간을 2년으로 지 정하고 있음에도 쟁점감면은 5년(3년: 100%, 2년: 50%)으로 설정하였는데 이는 애초에 입법 협의 단계에서 첨단기술기업의 유효기간이 2년임을 인지하면서도 유효기간 만료와 무관하게 첨 단기술기업에게 지속적으로 혜택을 부여하기 위한 취지라고 해석하여야 한다. 따라서, 연구개발특구와 첨단기술기업 지원정책을 성공적으로 실현하기 위해서는 충분한 시 간을 두고 첨단기술기업의 성과를 지쳐보고 그에 대하여 혜택을 부여하는 것이 필요하고, 단 순히 연말에 일시적으로 첨단기술기업의 요건을 충족하지 못하였다고 하여 첨단기술기업에 기반한 사업을 성공시키기 위하여 지금까지 투자해 온 연구개발비를 모두 부인하고 첨단기술기 업으로서 발생한 소득에 대한 혜택을 부인하여서는 안된다. 따라서, 청구법인이 2019사업연도 중인 2019.O.O.까지 첨단기술기업이었던 것이 분명함에 도 처 분청이 특별한 근거 없이 사업연도 말 기준으로 일시적으로 첨단기술기업에 해당하지 않게 되 었다는 이유로 2019사업연도부터 2021사업연도까지에 대하여 쟁점감면을 부인하는 것은 법 률 의 규정 형식에 배치되어 조세법률주의에 위반되고 입법 취지에도 반하는 것이므로 받아들이기 어 렵다.

(2) (예비적 청구) 앞서 언급한 바와 같은 청구주장이 받아들여지지 않더라도, 조특법 제12조의2 제1항에 따르면 감면대상사업이란 조특법 시행령 제11조의2 제1항에서 ‘각 호의 산업을 영위 하는 사업’을 말한다고 규정하고 있고, 청구법인에 해당하는 사업은 같은 항 제4호의 “산업 발 전법 제5조 제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련한 산업”이다. 조특법 제12조의2 제2항에 따르면 “해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도 (중략)”로 규정하고 있으므로, 감면율은 “해당 감면대상 사업별”로 판단하여야 하도록 규정하 고 있는 점을 고려할 때 감면대상 사업별로 구분하여 감면세액을 계산하여야 한다. 즉, BWTS는 2014.O.OO.자로 첨단기술ㆍ제품 확인을 받아 감면대상사업을 영위하고 있 고, BWTS 감면대상사업은 2014.O.OO.로부터 감면율을 산정하도록 하며, ECS는 2018.OO.OO.자 로 첨단 기술ㆍ제품 확인을 받아 감면대상 사업을 하고 있으므로 ECS 감면대상사업은 2018.OO.OO.부터 감 면율을 산정하여야 한다. 따라서, 예비적으로 청구법인의 2019사업연도부터 2021사업연도까지에 대하여 조특법 제12조의2에 따른 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업에 대한 법인세 감면세액에 대하여 적용 감 면율을 100%로 하여 감면대상 사업별(BWTS 감면대상사업과 ECS 감면대상사업)로 구 분하여 관 련 법인세액은 감면되어야 한다. 산업발전법 제5조 제1항 에 따르면 첨단기술 및 첨단제품의 범위 산업통상자원부 고시 에 의하도록 하고 있고, 해당 고시 별표1에 따르면 첨단기술 및 첨단제품의 범위는 개별 첨단기 술 및 제품을 고시하는 것이며, 산업통상자원부 고시에 따른 첨단기술 및 제품의 확인서에도 별표1 에 고시된 개별 첨단기술 및 첨단제품을 확인하고 있고, 첨단기술 및 제품 확인서 어디에도 산업분야를 기재하여 확인받지 않았다. 한편, 처분청은 청구법인의 BWTS 첨단기술과 ECS 첨단기술 모두 동일한 조선산업에서 소 득이 발생한 것이므로 2018.OO.OO.에 확인받은 ECS 첨단기술 관련 사업은 새로운 산업 분 야 가 아 니라 기존의 동일한 조선산업이라는 의견이나, 별표1에서 ‘조선해양 산업분야’라고 하는 것 은 첨단기술 및 제품의 범위를 찾기 쉽게 표준산업분류표 순서로 찾기 쉽게 분류한 것이고, 산업통 상자원부 고시 및 첨단기술 및 제품의 범위 확인서 어디에도 산업 분야별로 확인한 바 없다. 그러므로, ‘첨단기술 및 첨단제품’은 해당 각 개별 첨단기술 및 첨단제품별로 확인받으므로 산업 단위가 아닌 각각의 개별 ‘첨단기술 및 첨단제품’별로 판단하여야 하고, BWTS는 2014.O.OO.자 로 첨단기술ㆍ제품에 대한 확인을 받아 감면대상사업을 하고 있으므로 BWTS 감 면 대상사업은 2014.O.OO.부터 감면율을 산정하도록 하고, ECS는 2018.OO.OO.부터 첨단기술ㆍ 제 품에 대 한 확인 을 받아 감면대상사업을 하고 있으므로 ECS 감면대상사업은 2018.OO.OO.부 터 감면율을 산정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구주장의 전제는 감면요건이 사업연도 중에 일시 완성된 기간이 있다면 그 사업연도 를 포함한 연이은 5개 사업연도는 무조건 ‘쟁점감면’을 받을 수 있다는 것이다. 다시 말해, 청구 법 인은 2019사업연도 중 일부기간에 조특법 제12조 제1항의 감면요건을 완성하기만 하면, 같 은 조 제2항에 따라 2019사업연도부터 2023사업연도까지 쟁점감면을 적용받을 수 있다고 주장한다. 그러나, 아래의 내용을 고려하면 청구법인은 ‘쟁점감면’을 받고자하는 매 사업연도(적어도 납 세의무성립일)마다 조특법 제12조 제1항의 감면요건을 유지하고 있어야 한다. 그런데, 청구법 인의 경우 2019.O.O.까지만 유효하고 그 다음날부터 첨단기술기업 지정이 만료되었으므로 2019사업연도 및 그 이후 납세의무 성립일에 감면요건을 갖추지 못하였으므로 청구법인의 주 위적ㆍ예비적 주장을 살펴볼 필요도 없이 청구법인은 쟁점감면을 적용받을 수 없다. 국세기본법 제21조 내지 제22조 및 법인세법 제6조 에 따라 성립한 법인세 채무 에 대해 ‘쟁점감면’ 조항에서 제1항은 그 조세채무의 감면요건에 대해 기술하고 있고, 제2항에서 는 감면율을 규정하고 있다. 즉, 법인세법에 의해 해당 과세연도에 성립ㆍ확정된 법인세 납세의무에 대하여, 쟁점감 면 조항의 제1항 감면요건(① 연구개발 특구입주, ② 첨단기술기업 지정, ③ 감면대상사업 영위) 을 갖춘 기업은 제2항의 감면비율 상당액을 감면받을 수 있다. 그리고, 제2항은 그 감면율에 대 하여 최초 감면 과세연도를 기산연도로 하여 단계별 하향 차등 방식을 취하고 있다. 우리 대법원은 “법인세는 과세기간인 사업연도 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연 도 종료 시에 완성하고 그 때 납세의무가 성립하며 그 확정절차도 과세기간 종료 후에 이루어지므 로, 사업연도 진행 중 세법이 개정되었을 때에도 그 사업연도 종료 시의 법에 의하여 과세 여부 및 납세의무의 범위가 결정되는바, 이에 따라 사업연도 개시 시부터 개정법이 적용된다고 하여 이 를 법적 안정성을 심히 해하는 소급과세라거나 국세기본법 제18조 제2항 이 금하는 납세의무 성 립 후의 새로운 세법에 의한 소급과세라 할 수 없고, 신의성실의 원칙에 위배되는 것이라 할 수도 없다(대법원 1996.7.9. 선고 95누13067 판결 참조). 이처럼 조세법률의 적용시점은 납세의무성립일을 기준으로 한다. 조특법에 의한 세제 혜택 부여 대상의 기준은 조특법의 독자적인 기준에 따라 판단해야 할 것이고, 조세감면을 위한 경우에는 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것이 그 입법취 지에 비추어 더욱 합리적이라 할 것이다(대전지방법원 2017.11.30. 선고 2017구합102470 판결, 참조). 조세심판원도 “첨단기술기업의 지정 유효기간이 2019.O.O. 만료된 청구법인의 경우 2019 사 업연도 종료일 현재에는 조특법 제12조의2에서 규정한 감면요건을 충족하고 있지 아니하므 로 2019사업연도에 대한 세액감면을 적용하지 않는 것이 타당하다”는 취지로 결정하였다(조심 20OO부OOOO, 2022.OO.OO., 참조). 한편, 이 건 법령의 입법 취지는 대덕특구를 세계 유수의 혁신클러스터로 육성하여 세계 각 국과의 경쟁에서 우위를 확보하기 위한 세제지원을 목적으로 하고, 연구소 기업 및 첨단기술 기 업은 특구지정 목적 및 육성방향에 가장 적합한 기업형태로 세제지원을 통한 연구소 기업 및 첨단기술 기업의 유치 및 창업활성화로 대덕특구를 육성하기 위함이다. 이러한 입법 취지를 달 성하려면, 쟁점감면 요건을 매 사업연도마다 유지되어야 하는 존속요건으로 보아야 한다. 만일 잠시 일시적 충족하였다는 이유만으로 이후 5년간의 대규모 감면을 허용한다면 입법 취지를 달성하지 못한 채 대규모 조세 혜택만을 주게 된다. 즉, 이 건 법령은 첨단기술기업의 유치 및 활성화를 위한 조세 감면ㆍ특혜 조항이고, 그 취지를 달성하기 위해 적어도 감면대상 기 업은 과세기간 종료일(납세의무성립일)까지는 감면요건을 충족한 첨단기술기업이어야만 한다. 쟁점감면의 입법취지는 특구지역 내 첨단기술기업의 클러스터 형성이다. 즉, 해당 지구 내에 서 특허권을 보유하고 첨단기술제품을 생산 및 판매하는 등의 엄격한 요건을 갖춘 첨단기술기업(첨 단기술매출액이 30% 이상이고 연구개발투자비가 매출액의 5% 이상일 것)에 대한 세제 지원 목적으로 쟁점감면 조항은 입법되었고, 구제적으로 ‘연구개발의 활성화 → 연구개발 성과 의 사업 화 촉진 → 사업화 성과의 연구개발에 대한 재투자’로 이어지는 선순환 시스템을 구축할 수 있도록 하는 것이다. 그러므로, 2019사업연도에 일시적으로 감면요건을 충족하였다고 하여 곧바로 2019사업연도 내지 2021사업연도에 100% 감면을 받을 수 있다는 청구법인의 쟁점감 면 조항에 대한 해석은 자의적 해석이다. 즉, 쟁점감면 조항 및 ‘ 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 ’ 모두 ‘첨단기술기업’에게 혜택을 주기 위해 입법되었으나 그 입법취지가 첨단기술기 업이었던 자에게 혜택을 주기 위한 것은 아니다. 청구법인은 2019.O.O.부터 첨단기술기업 지정이 만료되어 2019사업연도의 납세의무성립 기 준일 2019.12.31. 현재 첨단기술기업이 아니므로 청구법인은 2019.O.O.일 이후로는 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 및 쟁점감면 조항이 제공하는 혜택을 받을 수 없다. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 은 일정 요건을 만족한 첨단기술기업을 지정한 뒤에도 그 관리ㆍ통제를 엄격하게 하고 있고, 이러한 전제하에 쟁점감면 조항은 ‘첨단기술기업 지정’을 감면요건의 하나로 삼고 있다. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제14조에서는 실제 첨단기술기업에 대한 세제를 지 원하기 위해 쟁점감면 조항이 입법되었는바, 그 내용을 살펴보면 연구개발특구 내 첨단기술 기 업의 육성을 위한 여러 특혜들이 주어지도록 하되 그 첨단기술기업 유효기간은 2년으로 제 한하여 재심사를 받게 하는 등 엄격하게 통제하고 있다는 것을 알 수 있다. 이처럼 연구개발특구의 육성에 관한 특별법은 첨단기술기업이 될 수 있는 요건 및 그 유 효기간을 명확하게 해 둔 후 해당 첨단기술기업에게는 조세를 포함한 많은 특혜를 주고 있 고, 그 유효기간은 지정받은 날로부터 2년으로 하고 재신청하여 다시 첨단기술기업인지를 판단하도록 하고 있다. 그래서, 연구개발특구의 육성에 관한 특별법은 첨단기술기업 유효기간이 만료된 기업에 게 는 만료 이후 도래하는 여러 혜택을 받을 수 없게 하였다. 청구법인은 2019.O.O. 첨단기술기 업 지정이 만료되었다. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 의 첨단기술기업 지원 일환으로 쟁점감면 조항이 입법되었다는 점을 고려하면 청구법인은 2019년 12월경에는 연구개발특구 의 육성에 관 한 특별법 상 첨단기술기업도 아니므로 쟁점감면과 같은 조세 혜택을 받을 수 없
• 다. 만약 청구주장과 같이 극단적 문언해석으로 쟁점감면 조항을 성립요건으로 해석하게 되면 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 이 지정서의 만료 기간 및 재지정 규정을 굳이 둘 필 요가 없는 등 법규 상호 간에 배치ㆍ충돌이 발생한다. 조세법률주의 원칙상 조세 법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리 적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하나, 조세법규의 문언 자체에 의하 더라도 그 의미가 분명하지 아니하거나 외견상 법규 상호 간에 배치되거나 충돌하는 것처 럼 보이 는 경우 법원으로서는 당연히 법규 상호 간의 조화로운 해석을 통하여 문제가 되고 있는 문언의 진 정한 의미를 밝혀야 하고, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해 치지 아 니 하는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 법규의 합목적적 해석을 할 수 있다 할 것이다(대법원 2015.4.16. 선고 2011두5551 전원합의체 판결 등 참조). 청구주장과 같이 문리해석을 하여 감면대상을 지정만료 여부와 무관하게 ‘ 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 에 따라 과거에 지정받은 사실이 있는 첨단기술기업’으로 해석하게 되면, 여러 모순점이 생기게 된다. 즉, ① 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 에서 만료기간을 둘 필요도 없을 뿐더러, ② 재지정 규정을 둘 필요도 없다. ③ 또한, 조특법 제12조의2 개정연혁을 보면, “1. 연구개발특 구의 육성에 관한 특별법 제9조 제1항에 따라 XXXX년 XX월 XX일까지 지정을 받은 첨단기술기업”이라고 하면서 지정일자를 계속 개정하였다. 청구법인의 해석대로라면 XXXX년 XX월 XX일을 특정하여 개정할 필요도 없다. 결국, 쟁점감면 조항 문언의 진정한 의미는 논리 해석 상으로 ‘과거 지정을 받은 사실’을 감면요건으로 한다는 것이 아니라 조세감면 당시 유효한 지 정 첨단기술기업임을 전제한다. 한편, 자동차운전면허증도 유효기간이 있는 것처럼, ‘첨단기술기업 지정’과 같은 행정행위는 당연히 그 만료기간이 있다는 점은 누구나 예측이 가능하다. 첨단기술기업 육성 지원이라는 입 법취지를 고려하여 지정이 만료된 첨단기술기업은 쟁점감면 조항의 배제라고 해석하더라고 법적 안정성을 해치는 것도 아니다. 따라서, 쟁점감면 조항의 감면요건 중 “×××× 년 ××월 ××일까지 지정받은 첨단기술기 업”이 라는 문언의 진정한 의미는 지정받아 유효한 기업이라고 해석하여야 한다. 연구개발 특구의 육 성에 관한 특별법이 첨단기술기업 대상을 지속적으로 엄격하게 관리한다는 전제하 에 쟁점감면 조항은 첨단기술기업을 주요 감면조건으로 입법되었다. 이처럼 ‘엄격한 요건을 갖춘 첨단기술기업’을 주요 감면요건으로 삼는 상황에서, ⅰ) ‘매년 매 출규모에 비례하여 상당한 금액의 연구개발비를 지출하여 첨단기술기업 지정을 유지한 기 업’ 과 ⅱ) ‘청구법인처럼 과거 어느 한 사업연도에 일시적으로 충족하고 이후 매출규모 대비 연구 개 발비 지출을 소홀히 하여 첨단기술기업에서 탈락한 기업’이 청구법인 해석처럼 동등하게 감면을 받 을 수 있게 한다면 조세공평이 크게 훼손되게 된다. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 의 입법취지는 연구개발비를 지속적으로 일정 이상 지출하는 첨단기술기업을 특구지역 내로 유치하기 위한 것이다. 이를 달성하기 위해 ‘쟁점감 면’ 조항은 ‘납세의무성립일 기준 유효한 첨단기술기업 지정서 보유’라는 도구적 방법을 사용하였다. 만약, 청구법인이 이런 도구적 방법 때문에 일부 사업연도 혜택을 받지 못한다고 하더라도 이는 규율 대상의 성격과 획일적 처리가 요청되는 조세법의 특성에 따른 결과일 뿐이어서 이 를 조세공평 등에 어긋나는 현저하게 비합리적이고 불공정한 조치라고 평가할 수는 없다(대전지 방법원 2020.1.16. 선고 2019구단100235 판결, 대법원 2020.11.12. 선고 2020두46189 판결). 청구법인은 2019.O.O.부터 첨단기술기업 지정이 만료되고, 이후에는 첨단기술 지정을 신청하 였으 나 연구개발비 지출 미비로 인해 첨단기술기업에서 탈락하여 2019년 9월경부터 감면요건 을 불비한 법인이다. 그런데도 청구법인은 여타 법인이 어려운 상황에서도 감면요건을 유지하기 위해 노력한 것 과 동일하게 취급해야 한다면서, 2019∼2021사업연도 법인세 OOO원 상당의 대규모 감면을 요구 하 고 있다. 이는 ‘쟁점감면’ 규정에 대한 청구법인의 자의적 법령해석으로 공평과세에 심히 어 긋난 것으로 받아들이기 어렵다. 청구법인은 2차 첨단기술기업 지정서가 2019.O.O. 유효기간이 만료된 이후 첨단기술기업 추 가 지정을 신청하였으나, 첨단기술기업 지정요건 중 하나인 연간 총매출액 대비 일정 비율 이상 연 구 개발비 사용조건을 미충족하여 첨단기술기업으로 재지정을 받지 못하였으므로 첨단기술기업 지 정이 만료되어 2019사업연도 및 그 이후 납세의무 성립일에 감면요건을 갖추지 못하였다. 법인세는 과세기간인 사업연도의 개시와 더불어 과세요건이 생성되어 사업연도 종료 시에 완 성되고, 이때 납세의무가 성립하며 그 확정 절차도 과세기간 종료 이후에 이루어지므로 사업 연도 진행 중 세법이 개정되었을 때에도 그 사업연도 종료 시의 법에 의하여 과세 여부 및 납 세 의무의 범위가 결정되는바, 이에 따라 사업연도 개시시부터 개정법이 적용된다고 하여 이를 법 적 안정성을 심히 해하는 소급과세라거나 국세기본법 제18조 제2항 이 금하는 납세의무 성립 후의 새로운 세법에 의한 소급과세라 할 수 없고, 신의성실의 원칙에 위배된다 할 수 없다할 것(대법원 1996.7.9. 선고 95누13067 참조)인바, 조세법률 적용 시점은 납세의무 성립일을 기 준으로 한다. 조세심판원은 첨단기술기업의 지정 유효기간이 2019.O.O. 만료된 청구법인의 경우 2019사업연 도 종료일 현재에는 조특법 제12조의2에서 규정한 감면요건을 충족하고 있지 아니하므로 2019사업연도에 대한 세액감면을 적용하지 않는 것이 타당하다고 결정하였다(조심 20OO부OOOO, 20OO.OO.OO). 쟁점감면의 입법 취지는 특구 지역 내 첨단기술기업의 클러스터 형성이므로 해당 지구 내 에 서 특허권을 보유하고 첨단기술ㆍ제품을 생산판매하는 등의 엄격한 요건을 갖춘 첨단기술기 업 (첨 단기술 매출액이 30% 이상이고, 연구개발 투자비가 매출액의 5% 이상일 것)에 대한 세제지 원 목적으로 쟁점감면 조항은 입법되었고, 구체적으로 연구개발의 활성화 ⇨ 연구개발 성과의 사업 화 촉진 ⇨ 사업화 성과의 연구개발에 대한 재투자로 이어지는 선순환 시스템으로 구축할 수 있도 록 하는 것이다. 그러므로, 2019사업연도에 일시적으로 감면요건을 충족하였다 고 할지라도 2019사업연도 내지 2021사업연도에 100% 감면을 받을 수 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 따라서, 2019사업연도 종료일 기준으로 첨단기업의 유효기간이 만료되지 않았더라도 청구 법 인은 2015사업연도부터 최초로 조특법 제12조의2 감면을 적용받았으므로 2019사업연도부터 동일 사업에서 발생한 소득으로 새로이 100% 감면을 적용받을 수 없다.

(2) 청구법인은 감면대상사업에서 발생한 소득에 대한 해석을 첨단기술로 지정받은 기술별로 구분하여 감면을 적용해야 한다고 주장하나, 조특법 조문의 ‘산업별’ 규정이 있으므로 이와 같 은 청구주장은 이유 없다. 조특법 제12조의2 제1항에 따르면 연구개발특구에 입주한 기업으로서 해당 구역의 사업장 에 서 대통령령으로 정하는 사업을 하는 경위의 기업에게 감면을 적용하도록 구체적으로 제한 을 두고 있고, 같은 법 시행령 제11조의2 대통령령으로 정하는 사업에 “첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업”을 영위하는 사업을 말한다고 규정하고 있다. 청구법인은 산업발전법 제5조 제1항 에서 해당 고시 별표1에 따르면 개별 첨단기술 및 제 품을 고시한다고 주장하나, 이는 산업별로 첨단기술 및 제품의 범위를 고시하고 있음을 간과한 것이다. 즉, 산업발전법 별표1은 첨단기술 및 제품의 범위를 고시하고 있으나, 각 산업별, 분 야별로 구분을 하여 첨단기술 및 제품의 범위를 나타내고 있다. 또한, 조특법 시행령 제11조의2 조문에서는 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업이라고 명확하게 명시되어 있음에도 법조문을 이해하지 아니하고 자의적으로 첨단기술과 제품별로 감면소득을 판단하여야 한다는 청구주장은 설득력이 없다.

• 가. 쟁 점

① 첨단기술기업 지정(2차)에 따른 쟁점감면의 기산연도가 2019사업연도라는 청구주장의 당 부

② 감면대상 사업별(BWTS 감면대상사업과 ECS 감면대상사업)로 구분하여 감면을 적용하 여 야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청은 청구법인이 조특법 제12조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대 한 법인세 등의 감면)에 따른 감면요건을 미충족하였고, 2015사업연도에 최초로 소득이 발 생 하여 위 감면을 적용받았으므로 청구이유가 타당하지 않다는 이유로 2023.5.4. 청구법인의 경 정청구를 거부하였다. (나) 청구법인이 제출한 첨단·기술제품 확인서(확인번호: 제OOO)에 따르면 산업통상자원부는 2018.OO.OO. 청구법인의 ‘선박 배연탈황 스크러버 시스템 기술’이 산업발전법 제5조 및 첨단기술 및 제품의 범위 고시의 선박 GHG(온실가스) 감소 핵심기술에 해당되는 것을 확 인한 것으로 나타난다. (다) 산업통상부장관은 2014년 O월 청구법인에게 선박평형수처리장치(BWTS)는 산업발전 법 제5조 및 첨단기술 및 제품의 범위 고시의 ‘평형수/오폐수 분석 및 제어기술’에 해당됨을 확인하였다. (라) 청구법인이 제출한 첨단기술기업 지정서를 살펴보면, 기존의 지정서의 2014.OO.OO.∼2016.OO.OO.이고, 이후 지정서의 유효기간은 2017.O.O.∼2019.O.O.로 나타난다. (마) 이 건 관련 1심 판결(OO지방법원 20OO.O.OO. 선고 20OO구합OOOOO)의 주요 내 용은 아래와 같다. 쟁점 조항 제1항 제1호는 ‘첨단기술기업에 해당할 것’과 ‘첨단기술기업 지정시기가 일몰기 한 내일 것’을 별도의 감면요건으로 규정하고 있는 것으로 해석되고, 쟁점 조항 제2항은 위와 같은 감면요건을 충족한 경우 해당 연도의 감면률만을 규정하고 있다고 봄이 타당하다. 따 라서, 쟁점조항에 따라 법인세 감면을 받기 위해서는 해당 기업이 감면요건 적용 당시 첨 단 기술기업에 해당하여야 하는 것은 당연하고, 이는 법인세 납세의무 성립일인 사업연도 종 료일을 기준으로 판단되어야 한다. (중략) 쟁점 조항 및 연구개발특구법이 위와 같이 엄격한 요건을 갖춘 첨단기술기업에 대하여 세 제 지원을 하는 취지는 연구개발특구 내 기업의 연구개발을 활성화하고 이를 사업화하여 그에 따른 성과를 연구개발에 재투자하도록 유도함과 동시에 이를 통하여 연구개발특구를 육성하기 위한 데 있고, 나아가 첨단기술기업 지정의 유효기간은 2년으로 한정하는 것은 일단 첨단기술기업으로 지정받은 기업이라도 이후 지속적으로 연구개발에 재투자하여 첨단기술 기업으로 재지정받을 수 있도록 유도하기 위함이다. 따라서, 첨단기술기업으로 지정받은 기 업 이라고 하더라도 2년의 유효기간이 종료된 이후 다시 첨단기술기업으로 지정받지 못한 경 우 라면 더 이상 각종 특혜를 받을 수 없고, 특히 쟁점 조항에 따른 세제지원도 종료된다고 해 석하는 것이 위와 같은 쟁점 조항 및 연구개발특구법의 입법취지에 부합한다. (바) 조특법 제12조의2 규정의 신설 취지 등을 살펴보면 연구소기업 및 첨단기술기업은 특 수 지정목적 및 육성방향에 가장 적합한 기업 형태로서 세제지원을 통한 연구소 기업 및 첨 단 기술기 업의 유치 및 창업활성화로 대덕특구를 육성하고자 함이고, 지원내용은 소득발생 후 3 년간 100%, 2년간 50% 법인세 감면으로 규정하고 있다. (사) 청구법인이 제출한 재정경제위원회 심사보고서에 따르면 쟁점감면의 경우 세제지원의 대상을 연구소 기업 및 특허권 보유 등 엄격한 요건을 갖춘 첨단기술기업으로 한정하고 있고, 그 지원 대상 업종도 생물 산업ㆍ정보통신산업 등으로 구체화하고 있다는 점에서 입주한 기업 대부분에게 세제지원 혜택을 부여하는 다른 특구지역과는 차별화되는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 조특법 제12조의2 제2항에서는 감면요건을 갖춘 기업 의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세 연 도 (지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 감면대 상사업에 서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액 을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하 는 세액을 각각 감면하도록 하여 과세연도 단위를 기준으로 하여 조세감면을 적용하도록 규정하 고 있는바, 청구법인은 첨단기술기업 2차 지정에 따라 쟁점감면의 기산연도가 2019사업연도라 주 장하나, 청구법인은 선박평형수처리장치(BWTS)로 1․2차에 걸쳐 첨단기술기업으로 지정된 것으로 보이므로 관련 산업에서 최초로 소득이 발생한 2015사업연도부터 기산하여 2019사업연도까지 위의 조세 감면 규정이 적용되는 것이므로 2020․2021사업연도는 쟁점감면을 적용할 수 없다 할 것이고, 청 구법인은 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제9조 제1항 에 따라 1차(유효기간: 2014.OO.OO.～2016.OO.OO.)로 지정받은 첨단기술기업 지정이 종료되자 이 후 유효기간을 2차(2017.O.O.～2019.O.O.)로 하여 첨단기술기업으로 지정을 받았으므로 2019사 업연도 말을 기준으로 청구법인은 첨단기술기업에 해당하지 아니하며 조특법 제12조의2 제1항에 따르면 첨단기술기업 등으로 지정을 받은 기업에 대하여 감면을 적용하는 것으로 규정하고 있 는 것이므로 각 과세연도 말에 첨단기술기업에 해당하지 아니한 경우 해당 과세연도 전체에 대하 여 감면을 배제하는 것으 로 해석하는 것이 타당해 보이므로(조심 20OO부OOOO, 20OO.OO.OO., 같은 뜻임) 청구법인은 2019사업연도에도 쟁점감면 적용대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인의 사업은 선박평형수 처리장치(BWTS) 사 업과 선박 배연탈황 관련 ESC사업으로 구분이 가능한데 ESC사업의 경우 2019사업연도에 최 초로 소득이 발생하였으므로 적어도 ESC사업에서 발생한 소득에 대해서는 2019사업연도부 터 쟁점감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점감면 조항을 살펴보면 ‘감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도’라 함은 해당 첨단기술을 이용하여 최초 소득이 발생하는 것을 뜻하는 것이 아닌 조특법 시행령 제11조의2 제1항 제4호에 따른 ‘첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산 업’에 서 최초로 소득이 발생한 과세연도를 의미하는 것으로 해석하는 것이 타당하다 할 것(조심 20OO부 5OOO, 2022.OO.OO., 같은 뜻임)인바, 청구법인은 2014.O.OO. ‘선박평형수 처리장치’라는 첨단 기 술을 확인받음으로써 이와 관련된 ‘조선산업’에서 2015사업연도에 최초로 소득이 발생 하고 다 른 감면 요건을 충족하여 2015사업연도부터 쟁점감면의 적용대상(쟁점감면의 기산연도 는 2015사업연도임)이 된 점, 청구법인이 비록 2018.OO.OO. ECS(선박 배연탈황 스크러버 시스템 기술)로 하여 첨단기술ㆍ제품 확인을 받아 이러한 사업을 영위하고 있다 하더라도 이 기술에 대한 사업도 선 박에 관한 것으로 ‘조선산업’과 관련된 것으로 보이므로 이미 앞서 감면받았던 감면대상사업(BWTS)과 다른 감면대상사업에 해당한다고 보기 어려운 점, 청구법인은 첨단기 술 기업 2차 지정 (2017.O.O.～2019.O.O.) 이후에 첨단기술기업으로 지정받은 내역은 확 인되지 아 니하고, 이미 앞 서 쟁점①에서 살펴본 바와 같은 이유로 청구법인은 2019사업연도 이후부터는 쟁점감면의 적용 대 상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제80조의2 및 제65조 제1 항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부 개정된 것) 제12조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】① 연구개 발특구의 육성에 관한 특별법제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 “감면대상사업장”이라 한다)에서 생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 “감면대상사 업”이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제6항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.

1. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법제9조 제1항에 따라 2018년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업

2. 연구개발특구의 육성에 관한 특별법제9조의3 제2항에 따라 2018년 12월 31일까지 등 록한 연구소기업

② 제1항에 따른 요건을 갖춘 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 해당 감면대 상 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(지정을 받은 날 또는 등록한 날부터 5년이 되는 날 이 속하는 과세연도까지 해당 감면대상사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2017.4.7. 대통령령 제27978호로 일부 개정된 것) 제11조의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】① 법 제12 조의2 제1항에서 “생물산업·정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 산 업을 영위하는 사업을 말한다.

1. 생명공학육성법제2조에 따른 생명공학과 관련된 산업(종자 및 묘목생산업, 수산물부화 및 수산종자생산업을 포함한다)

2. 정보통신산업 진흥법제2조 제2호에 따른 정보통신산업

3. 정보통신망 이용촉진 및 정보보호 등에 관한 법률제2조 제1항 제2호에 따른 정보통신서비스를 제공하는 산업

4. 산업발전법제5조 제1항에 따라 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 산업 (3) 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “연구개발특구”(이하 “특구”라 한다)란 연구개발을 통한 신기술의 창출 및 연구개발 성과 의 확산과 사업화 촉진을 위하여 조성된 지역으로서 제4조에 따른 지역을 말한다. (중략)

3. “첨단기술기업”이란 특구에 입주한 기업 가운데 정보통신기술, 생명공학기술, 나노기술 등 기술 집약도가 높고 기술혁신 속도가 빠른기술 분야의 제품을 생산·판매하는 기업으로서 제9조에 따라 지정을 받은 기업을 말한다. 제9조【첨단기술기업의 지정 등】① 과학기술정보통신부장관은 다음 각 호의 요건을 모두 갖 춘 기업을 첨단기술기업으로 지정할 수 있다.

1. 대통령령으로 정하는 기술분야의 국내외 특허권(특허법제100조에 따른 전용실시권을 포함한다)을 보유할 것

2. 제1호에 따른 특허권을 활용하여 제품을 생산·판매할 것

4. 연간 총매출액에서 연구개발비 및 제2호에 따른 생산·판매의 매출액이 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 기준에 적합할 것

② 제1항에 따른 첨단기술기업의 지정절차와 그 밖에 첨단기술기업의 지정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제9조의2【첨단기술기업의 지정 취소】①과학기술정보통신부장관은 첨단기술기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 지정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 지정을 취소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 지정을 받은 경우

2. 제9조 제1항에 따른 지정요건을 갖추지 못하게 된 경우

3. 휴업·부도·폐업 또는 파산 등으로 대통령령으로 정하는 기간 동안 기업 활동을 하지 아니한 경우

② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따라 첨단기술기업의 지정을 취소하려면 청문을 하여야 한다. (4) 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행령 제12조의3【첨단기술기업의 지정요건】② 법 제9조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 다음 각 호의 기준을 말한다. 이 경우 제1호 및 제2호에 적용하는 연간 총매출액은 첨단기술기업의 지정 신청일이 속하는 분기의 직전 4분기의 매출액을 합한 것으로 하되, 기업 창업 후 2분기 이상이 지나고 1년이 지나지 아니한 기업에 대해서는 첨단기술기업의 지정 신 청일이 속하는 분기의 직전 분기 매출액을 모두 합한 것으로 한다.

1. 연구개발비(조세특례제한법 시행령별표 6에 따른 연구·인력개발비 세액공제를 적용받 는 비용 및 같은 표에 따른 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설의 취득비용 을 말한다. 이하 같다)가 연간 총매출액에서 차지하는 비율이 다음 각 목의 구분에 따른 비 율 이상일 것. 다만, 연구·시험용 시설의 취득비용의 상한은 다음 각 목의 구분에 따른 비율 의 60퍼센트로 한다.

• 가. 연간 총매출액이 50억원 미만인 경우: 5퍼센트
• 나. 연간 총매출액이 50억원 이상 200억원 미만인 경우: 4퍼센트
• 다. 연간 총매출액이 200억원 이상인 경우: 3퍼센트

2. 법 제9조 제1항 제2호에 따라 생산ㆍ판매한 제품의 매출액이 연간 총매출액에서 차지하는 비율이 20퍼센트 이상일 것 제12조의4【첨단기술기업의 지정절차 등】① 법 제9조 제1항에 따라 첨단기술기업으로 지정받으려는 기업은 첨단기술기업 지정신청서에 법 제9조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추었음을 증명하는 서류를 첨부하여 과학기술정보통신부장관에게 제출하여야 한다.

② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따라 첨단기술기업의 지정 신청을 받은 경우 해당 기업 이 법 제9조 제1항 각 호의 모든 요건을 갖추었다고 인정될 때에는 첨단기술기업으로 지정하 고, 첨단기술기업 지정서를 내주어야 한다.

③ 제2항에 따른 첨단기술기업 지정의 유효기간은 첨단기술기업으로 지정받은 날부터 2년으로 한다. (5) 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행규칙 제2조의3【첨단기술기업의 재지정 신청】영 제12조의4 제3항에 따라 첨단기술기업 지정의 유 효 기간이 끝나는 기업으로서 다시 지정을 받으려는 기업은 영 제12조의4 제1항에 따라 다시 지 정 신청을 하여야 한다. (6) 산업발전법 제5조【첨단기술 및 첨단제품의 선정】① 산업통상자원부장관은 중·장기 산업발전전망에 따라 산업구조의 고도화를 촉진하기 위하여 첨단기술 및 첨단제품의 범위를 정하여 고시하여야 한다. (중략)

(7) 첨단기술 및 제품의 범위(산업통상자원부 고시) 별표 1 분야명칭: 23. 조선해양 분야 대분류 중분류 소분류 첨단기술 및 제품 선정년도 순번 IT 조선 디지털그린 조선소 디지털 생산관리시스템 고소 및 밀폐장소 원격 검사 기술 10년 1 생산시스템 / 생산자동화 및 공정 관리 기술 10년 2 자동 인식 기반 물류 관리 기술 10년 3 지능형 용접자동화 기술 19년 4 생산 공정 오수, 대기 측정/정화 제어 기술 10년 5 중소조선소용 설계 시스템 3D 모델 기반 Smart - CAD 시스템 기술 15년 6 대형조선소와의 설계정보 인터페이스 기술 15년 7 규칙 기반 설계 자동화 기술 15년 8 평형수/오폐수 분석 및 제어 기술 10년 9 유수 분리 및 처리 센싱 감시제어 기술 10년 10 e-navigation 시스템 ENC 활용시스템 다이나믹 ENC(Electronic Navigational Chart, 전자해도) 기술 15년 11 충돌회피 항법 기술 10년 12 e-navigation 운용시스템 지능형 선교 기술 10년 13 육해상지원 S/W 및 인터페이스 기술 10년 14 e-navigation 정보 활용 시스템 Global AIS 네트워크 정보처리 및 관리 기술 15년 15 기상정보수집 관리 기술 10년 16 4S 통신 인프라 육해상 장거리 이동통신 기술 10년 17 게이트웨이 SW 기술 10년 18 전자(지능형) 항해시스템 지능형 의사 결정 기술 10년 19 최적항로 결정 기술 10년 20 Non Magnetron(Solid State Pulse Amplifier, FMCW등) 및 차세대 콤파스 기술 10년 21 DGPS 연동 해상 정밀 위치 결정 기술 10년 22 선박 표준 임베디드시스템 선박 임베디드 시스템 플랫폼 기술 15년 23 선박 임베디드 시스템 서비스 미들웨어 SW 기술 15년 24 선박 네트워크 시스템 선박 통합 제어 네트워크 기술 10년 25 선박 IT 시스템 선박 생애주기 관리 시스템 선박 생애주기 관리 기술 10년 26 안전관리 시스템 작업/안전 훈련/교육 시뮬레이터 10년 27 비상안내 및 구획관리기술 10년 28 위험구역 작업자, 승객 인식 관리 기술 10년 29 위험구역(밀폐구역等) 작업환경 실시간 모니터링 기술 19년 30 선박 사고예지기술 10년 31 기관자동화 시스템 실시간 기관 성능 감시기술 10년 32 실시간 베어링온도 및 마모감시기술 10년 33 엔진 윤활유 수분 센서 기술 10년 34 기관시스템 선박 열평형감시 제어시스템 기술 15년 35 해양플랜트 IT융합 시스템 해양플랜트 스마트 생산 기술 AR/VR 활용 해양플랜트 생산작업관리 기술 15년 36 해양플랜트 제어/안전시스템 (ICSS) 화재 및 가스 등 위험 탐지 및 관리 기술 10년 37 비상 정지 등 안전 프로세스 기술 15년 38 LNG Gas operation 통합제어기술 15년 39 해양플랜트 스마트 관리/운용시스템 유정 유지보수 기술 15년 40 해양플랜트 통신시스템 Propulsion Systems (DPS: Dynamic Positioning System) 15년 41 레저선박 IT시스템 추진 시스템 전기추진 제어시스템 기술 15년 42 중소형선박 그린에너지 활용기술 15년 43 레저보트 관리시스템 레저보트 SAR 관리기술 10년 44 고부가가치 선박 가스 추진선/운반선 동력장치 Dual Fuel Engine시스템 기술 (타선종에도 적용) 15년 45 성능기술 온실가스저감장치 실선 및 실해역 검증기술 (타선종에도 적용) 15년 46 배출가스 저감장치 기술 (타선종에도 적용) 15년 47 유압장치 19년 48 전장설비 선박 에너지통합관리 시스템 (타선종에도 적용) 15년 49 화물창(CCS) Insulation Panel 연결부 기밀유지 기술 15년 50 화물창 대형화를 반영한 슬로싱 평가 기술 15년 51 Cargo Handling System High Duty Cargo Compressor 기술 15년 52 LNG/LPG/LEG Cargo handling 설계기술 19년 53 Cargo Pump (Spray/Stripping pump) 기술 15년 54 Cryogenic Cargo Pump 기술 15년 55 N2 Generator 기술 15년 56 Regasfication Plant 기술 15년 57 IGG System 기술 15년 58 Reliquefaction Plant 설계 기술 19년 59 Combined IGG/GCU System 기술 19년 60 초대형 컨데이너선 생산 시스템 선체블록 내부도장 자동화 기술 15년 61 3차원곡판자동성형기술 19년 62 극후판 용접기술 15년 63 선체 시스템 진동 인텐시티 해석 및 계측 기술 15년 64 Air Lubricating System을 이용한 선체마찰저항 저감기술 15년 65 연료절감 장치 및 시스템 19년 66 외판 어패류 부착방지 도장기술 19년 67 Bio Fouling System (타선종에도 적용) 15년 68 조향 시스템 방향타 캐비테이션 감소기술 15년 69 운동제어시스템 횡동요 감쇠기술 15년 70 빙해선박 선체시스템 모형선-실선 상관계수 추정기술 15년 71 극지항로 운항성능 평가 기술 15년 72 빙저항 추정 기술 15년 73 추진시스템 저진동/저소음/고효율 추진기 기술 (타선종에도 적용) 15년 74 빙해선박용 전기 추진기설계 기술 15년 75 특수목적선 가스 벙커링선 벙커링 작업시 안전성 확보를 위한 위치 및 자세제어 기술 15년 76 차세대선박 크루즈선 Green and Comfort Design 저진동/저소음 설계 및 시공기술 10년 77 오픈형 다층구조 설계 및 시공기술 19년 78 저소음 비돌출형 공기조화 장치 기술 19년 79 기자재 개발 및 국산화 POD 추진시스템 15년 80 차세대 에너지 운반선 CNG 운반선 고압 용기 대형화를 위한 용접 및 용접 후처리 기술 15년 81 누출 가스 제어 기술 15년 82 CNG 다실린더 모듈화 제어 기술 15년 83 고압용기 안전성 모니터링 기술 15년 84 충돌 위험 대비 안전 구조 설계 기술 15년 85 CNG 운반선용 다실린더 동시 충전/하역 제어 기술 15년 86 액체수소 운반선 극저온 액체수소 저장 용기 설계 기술 19년 87 액체수소 연료공급 시스템 기술 19년 88 극저온 소재 적용 기술 19년 89 NGH 운반선 경량 복합 소재 기술 15년 90 CO2 운반선 CO2 적하역 시스템 설계 및 제어 기술 15년 91 화물탱크 및 Gas Dome 설계/생산 기술 10년 92 친환경 선박 해양환경 보호 시스템 선박 GHG 감소 핵심 기술 15년 93 부가장치를 이용한 CO2 저감 추진장치 기술 15년 94 선박 소음 기인 해양 생태계 위해도 평가 기술 15년 95 친환경 도료 개발 기술 19년 96 평형수 배출없는 선박 설계 기술 19년 97 수중소음저감기술 모형시험을 통한 실선 수중소음 예측 기술 15년 98 선박 수중 소음원 규명 및 소음특성 평가 기술 15년 99 차세대 연료 수소,LNG, LPG, Bio,메탄올,연료전지,전기를 활용한 추진 기술 19년 100 가스(LNG, LPG, 수소) 연료공급 시스템개발 (타선종에도 적용) 15년 101 가스(LNG, LPG, 수소) 연료창 설계 및 배치기술 (타선종에도 적용) 19년 102 LNG/LPG/액체수소 벙커링 안전성 평가기술 (HAZOP/QRA) 19년 103 LNG/LPG/액체수소 유입/유출 시스템 기본설계 15년 104 스마트자율 운항선박 스마트운항시스템 물체인식 및 충돌회피 기술 19년 105 Cyber Safety 기술 19년 106 원격 감시 및 제어 기술 19년 107 진단/유지보수 시스템 핵심기자재 제어, 모니터링 및 유지보수 기술 19년 108 센서 개발 및 센싱 제어/관리 기술 19년 109 핵심기자재 자가 진단 기술 19년 110 디지털 트윈 시스템 빅데이터 저장, 가공, 분석 기술 19년 111 가상현실 통합 시뮬레이션 기술 19년 112 가상 현실 재현 기술 19년 113 디지털 목업 생성 기술 19년 114 미래형 선박 미래선박 기반기술 침수시 생존성 향상 설계 기술 15년 115 위험도 기반 선박 안전 설계 기술 15년 116 DC배전시스템 적용 및 보호기기 개발기술 19년 117 해양레저선박 소형 레저선박 파워 보트 워터제트 등 추진시스템 기술 15년 118 대형 레저선박 대형 레저선박 설계시스템 대형 레저선박 최적 선형설계 및 성능평가 기술 15년 119 하이브리드 추진체계 19년 120 해양 FPSO FPSO Topside 시스템 Topside Process 엔지니어링 기술 15년 121 Oil Separator 설계제작 기술 15년 122 Gas Treatment System 설계 및 제작기술 19년 123 EOR(Enhanced Oil Recovery) Package 기술 15년 124 위치유지 시스템 Turret Mooring System 기술 15년 125 Dynamic Positioning System 설계 기술 15년 126 위험도 기반 설계기술 위험도 평가기반 안전시스템 설계기술 (Shut Down 시스템) 15년 127 FLNG LNG - FPSO Topside 시스템 Sand Treatment Package 설계제작 기술 15년 128 고압 3 Phase 분리기 설계제작 기술 15년 129 Acid Gas Removal Package 설계제작 기술 15년 130 Glycol Dehydration Package 설계제작 기술 15년 131 Produced Water Treatment System 설계제작 기술 15년 132 MEG Treatment/Injection Package 설계제작 기술 15년 133 NGL Recovery System 설계 및 제작 기술 19년 134 Liquefaction System 설계 및 제작 기술 19년 135 Cryogenic LNG Heat Exchanger 설계 및 제작 기술 19년 136 Refrigerant Compressor 설계 및 제작 기술 19년 137 LNG - FSRU 시스템 Cryogenic LNG Cargo Pump 설계제작 기술 15년 138 LNG High Pressure Pump 설계제작 기술 15년 139 하역시스템 Stern Discharging System 기술 15년 140 해양 시추시스템 Drilling Control Drawworks System 15년 141 Bulk and Mud System Mud Treatment System 기술 15년 142 BOP Handling & Subsea Package BOP(Blow Out Prevent) System 15년 143 시추시스템 내해식성 고압 파이프 기술 15년 144 High Pressure Injection 펌프 기술 15년 145 Electric Top Drive System 설계 및 제작 기술 15년 146 Subsea Processing 장비 Sea Water Injection Subsea Separator 설계 및 제작 기술 15년 147 Chemical/Seawater/Gas Injection 장비 설계 기술 15년 148 OSV (해양지원선) 극지용 Cable Layer PSV, AHTS, PIPE LAYER, DSV, 지질탐사선 등 극지용 Cable Layer 기본설계 핵심기술 및 IT 융합기술 15년 149 해저 케이블 설치 장비 국산화 15년 150 OSV선박 극지용 내빙설계 및 선박기자재 저온성능 시험평가 기술 15년 151 극지용 빙수치해석 및 시뮬레이션 15년 152 극지용 쇄빙능력 평가시험 기술 15년 153 OSCV(심해저건설지원선) 친환경 연료추진 OSCV(심해저건설선) 기본설계 핵심기술 및 IT 융합기술 15년 154 해저생산 시스템 해저시스템 해저생산용 압축기(LNG-FSRU/FPSO) 15년 155 Subsea Multiphase Pump 설계 및 제작 기술 15년 156 Subsea 고압 하이브리드 밸브 및 제어시스템 15년 157 해양플랜트 엔지니어링 생산시스템 공정기술 위해도 기반 안전설계 기술 15년 158 Flow Assurance 기술 19년 159 해상 환경 대응 고효율 Separator 설계 15년 160 GBS 기반 선박설계 기술 15년 161 지반 설계 기술 Anchor 및 Piling 설계 기술 19년 162