[요지] 쟁점건물을 주소지로 하여 거주자의 주민등록 전입신고가 되어 있었고, 주택용 전기요금을 적용하여 전기요금을 산정하였으며, ㅁㅁ군수는 쟁점건물에 대하여 주택의 세율을 적용하여 취득세와 재산세를 부과하였고, 청구법인이 쟁점건물을 양도하기 위하여 작성한 매매계약서에 쟁점건물의 용도가 주택으로 기재되어 있었던 점 등에 비추어, 양도당시 쟁점건물은 주거기능이 그대로 유지‧관리되고 있어서 언제든지 주택으로 이용 가능한 경우에 해당된다고 보는 것이 실질에 부합해 보인다 할 것임
[참조결정] 조심2021서4910
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2018.11.30. 쟁점건물을 취득한 이후 2021.3.3. 양도할 때까지 쟁점건물을 주택이 아닌 사업장으로 사용하였음에도 불구하고 처분청이 쟁점건물을 주택으로 보아 법인세법 제55조의2에서 규정한 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 부당하다. (가) 청구법인이 쟁점건물을 취득할 당시 이를 중개한 공인중개사는 쟁점건물이 사람이 거주하지 않는 공실상태였음을 확인한 사실이 있고, 또한 청구법인은 쟁점건물을 사업용(농ㆍ공ㆍ축산물 가공생산ㆍ판매사업)으로 사용할 목적으로 취득함에 따라 지방세특례제한법 제12조에서 규정한 어업법인에 대한 취득세 50%를 감면받은 사실도 있다. (나) 청구법인이 쟁점건물 취득 후 OOO과 같이 필요한 자재를 구입하고 시설물을 설치하는 등 생산시설과 적재를 위한 준비 작업을 하였고 이와 같은 거래에 대하여 모두 세금계산서를 수수하였다. (다) 청구법인은 쟁점건물에서 제품을 생산하면서 OOO와 같이 전기요금을 납부하였는데 특히 2019년 5월부터 2020년 3월까지의 전기요금이 많았던 것으로 보아 쟁점건물을 사업용으로 사용하였음을 알 수 있다. (라) 그 밖에 미역가공작업에 종사한 작업자 BBB, CCC 등이 쟁점건물에서 다시마 얼굴팩 성형작업을 한 사실이 있다는 확인서를 제출하였다.
(2) 처분청 의견에 대한 반박 내용은 아래와 같다. (가) 처분청은 쟁점건물에 일반인OOO의 주민등록이 등재된 것으로 보아 쟁점건물이 주택으로 사용되었다고 단정하였으나, 청구법인은 쟁점건물을 주거용으로 임대한 사실이 전혀 없고 2019년 10월자 OOO 항공촬영사진에서 쟁점건물의 대지 위에 어업용으로 사용되는 로프, 앵커, 부이 등이 정리되어 있는 것으로 보아 쟁점건물이 주택으로 사용되지 않았음을 알 수 있다. (나) 처분청은 쟁점건물을 사업용으로 사용하기 위하여 지출한 공사내역서 등 구체적 증빙자료가 없다고 하나, 청구법인은 쟁점건물을 취득한 후 CCCOOO과 쟁점건물을 공장으로 사용하기 위한 판넬설치 및 정리작업 용역계약을 체결하여 완공한 후 그 공사대금 OOO원을 지급하기 위하여 2018.9.1. DDD로부터 OOO원을 빌린 사실이 있고 청구법인의 OOO 계좌에서 2018.9.21. OOO원, 2018.10.26. OOO원 등 합계 OOO원을 이체하였으며 이에 대하여 모두 회계처리를 한 사실이 청구법인의 보통예금 계정 및 미지급금 계정에서 확인되고, 또한 CCC의 용역공급에 대하여 조기환급신고를 하여 부가가치세 OOO원을 환급받은 사실이 있음에도 불구하고 처분청이 구체적 증거자료가 없다고 하는 것은 납득하기 어렵다. (다) 한편 쟁점건물에서 청구법인의 매출이 발생되지 않는 것은 청구법인의 매출을 청구법인의 명의가 아닌 등기이사 BBB의 개인사업장(EEE)의 매출에 포함하여 신고한 데 기인하였으며 이러한 사실은 BBB의 2023.7.2.자 확인서를 통해 알 수 있다.
(3) 따라서 쟁점건물은 비록 공부상 주택으로 등재되어 있더라도 쟁점건물의 보유기간 동안 제품생산을 위한 작업장으로 사용되었음이 입증됨에도 불구하고 처분청이 양도 당시 쟁점건물이 주택에 해당한다고 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
(1) 처분청이 양도 당시 쟁점건물의 용도를 주택으로 보아 법인세법 제55조의2에서 규정한 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 정당하다. (가) 2018.9.1. 개업일부터 2021.3.30. 폐업일까지 청구법인의 총수입금액은 장비임대로 발생한 OOO원(2020년 7월～9월 기간 중 발생)이 전부이고 쟁점건물을 작업장으로 사용하여 발생한 매출을 신고한바 없으며, 법인세 신고 시 인건비 계상내역도 없는 것으로 보아 청구법인이 쟁점건물에서 사업을 영위하였다고 보기 어렵다. (나) 쟁점건물에는 2017.1.2.～2021.7.16. 기간 동안 FFF이, 2018.8.16.～2020.11.12. 기간 동안 GGG이 각 주민등록을 한 사실이 있고, 청구법인으로부터 쟁점건물을 취득한 AAA는 2021.7.30.부터 심판청구일 현재까지 쟁점건물에 주민등록을 하여 주택으로 사용하고 있음이 확인된다. (다) OOO는 쟁점건물에 대하여 건물이 아닌 주택의 세율을 적용하여 청구인에게 2019년도 및 2020년도 재산세를 부과하였고 이에 따라 처분청도 청구인에게 종합부동산세를 부과하였으며 청구법인은 이를 모두 완납하고 이에 대한 불복을 제기한 사실이 없다. 또한 청구법인과 양수인인 AAA 모두 쟁점건물에 대하여 주택분에 대한 세율을 적용하여 취득세를 납부한 사실이 확인된다. (라) 또한 청구법인이 쟁점건물을 양도하기 위하여 작성한 매매계약서에서 그 용도가 단독주택으로 기재되어 있고 동 계약서 특약사항 제6호에는 “현재 주택은 공실이며, 주택 내부의 집기류 등은 잔금일 전에 치우겠다”는 내용이 기재되어 있는 것으로 보아 쟁점건물이 양도 당시 별도의 보수공사 없이도 주거용으로 사용할 수 있는 주택상태이었음을 알 수 있다.
(2) 청구주장에 대한 반박 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 쟁점건물 취득당시 공인중개사가 쟁점건물이 공실이었다고 진술하였고 어업법인에 대한 취득세 감면을 받았으며, 제3자인 FFF과 GGG이 쟁점건물에 주민등록이 된 것은 위장전입이라는 취지로 주장하나, 이러한 주장만으로는 쟁점건물이 주택이 아닌 작업장으로 사용되었음을 입증할 수 있는 근거로 볼 수 없다. (나) 또한 청구법인이 쟁점건물을 작업장으로 사용하였다고 주장하며 촬영한 사진, 앵커, 결속기 등 구입내역, 판넬 등 설치비 지급내역, 전기요금 납부사실 등 만으로는 쟁점건물이 작업장으로 사용되었다는 청구주장이 입증된 것으로 보기 어렵다. (다) 청구법인은 쟁점건물이 작업장으로 사용되었다는 근거로 BBB, CCC의 확인서를 제출하였으나 BBB는 청구법인의 등기임원, 사내이사, 주주로 확인되며, 청구법인은 근로자에 대한 (일용)근로소득지급명세서를 제출한 사실이 없고, 법인세 신고 시 인건비를 계상한 사실도 없는 것으로 보아 청구주장을 신뢰하기 어렵다. (라) 청구법인은 쟁점건물에서 생산된 제품을 청구법인의 명의가 아닌 등기이사 BBB 명의 개인사업장(EEE)의 매출에 포함하여 신고하였다고 주장하나, 처분청이 BBB에게 유선으로 확인한 바 청구법인의 매출을 자신의 매출에 포함하여 종합소득세를 신고한 사실이 없다고 진술한 사실로 보아 청구주장을 받아들이기 어렵다.
(3) 따라서 처분청이 양도 당시 쟁점건물을 주택으로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 “별장”이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. (단서 생략)
(3) 법인세법 시행령 제92조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ② 법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. (단서 및 각 호 생략)
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2018.8.7. 설립된 뒤 2018.11.30. 쟁점건물을 취득하여 2021.3.3. 쟁점건물을 양도하였고 이후 2021.3.30. 폐업하였다. (나) 청구법인의 등기사항전부증명서 상 목적사업은 “영어에 필요한 자재의 생산 및 공급사업, 영어에 필요한 종묘생산사업, 수산물의 구매 및 비축사업, 수산장비 등의 임대, 수리 및 보관사업 등”으로 기재되어 있다. (다) 청구법인의 등기 상 본점 소재지는 아래와 같으며, 청구법인은 2018.11.30. 쟁점건물을 취득한 후 2019.4.11. 쟁점건물 소재지로 본점을 이전등기하였다. (라) 건축물대장에는 쟁점건물의 주용도가 단독주택으로 기재되어 있으며, OOO는 2019년～2020년 기간 동안 쟁점건물에 대하여 주택용 전기요금을 적용하였다. (마) 쟁점건물에는 2017.1.2.～2021.7.16. 기간 동안에는 FFF이, 2018.8.16.～2020.11.12. 기간 동안에는 GGG이, 쟁점건물 양수인인 AAA는 2021.7.30.부터 심판청구일 현재까지 각 주민등록을 하였다. (바) 처분청의 사실관계 조회결과 OOO는 2023.3.28. 청구법인과 AAA의 쟁점건물의 각 취득에 대하여 “주택세율로 부과하였다”고 처분청에 회신하였다. (사) 청구법인과 양수인 HHH가 2018.10.2. 작성한 쟁점건물에 대한 매매계약서에는 용도가 주택으로 기재되어 있고, 특약사항 제6호에는 “현재 주택은 공실이며 주택내부에 있는 집기류, 마당에 있는 어망등은 잔금일 전에 매도인이 치워주기로 한다”로 기재되어 있다. (아) 청구법인은 공인중개사 III의 사실확인서(2023.3.7. 작성)를 제출하였으며 그 내용은 “계약 당시 쟁점건물이 공실인 상태로 계약을 진행하였고 잔금일 당시에도 공실인 상태를 확인하고 열쇠를 전달하였음을 확인함”으로 기재되어 있다. (자) 청구법인은 BBB, CCC의 확인서(2022.11.6. 작성)를 제출하였으며 그 내용은 “본인은 2018.12.1.부터 2019.8.30.까지 쟁점건물에서 다시마 팩 성형 작업을 한 사람으로 당시 쟁점건물은 다시마 팩 성형 작업과 미역, 다시마 양식장용 로프, 부이, 앵커 등 보관 장소로 사용하였으며 사람이 거주하는 주택용으로는 사용하지 않았음을 확인함”으로 기재되어 있다. (차) 청구법인은 BBB의 사실확인서(2023.7.2. 작성)를 제출하였으며 그 내용은 “작업장에서 생산된 미역, 다시마 관련 제품은 2019.1.1.부터 2019.12.31.까지 기간 중에 면세사업자인 EEE 명의로 계산서를 발행하고 판매한 사실이 있음”으로 기재되어 있다. (카) 청구법인은 계정별원장, 매입처별계산서합계표, 전자세금계산서를 제출하였으며 그 기재내용은 OOO와 같다. (타) 그 밖에 청구법인은 쟁점건물에서의 작업사진, 쟁점건물 항공촬영사진, 건물 펜스공사 사진 등을 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물을 취득한 이후 양도할 때까지 쟁점건물을 주택이 아닌 사업장으로 사용하였으므로 쟁점건물의 양도에 대하여 법인세법 제55조의2에서 규정한 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 적용할 수 없다고 주장하나, 법인세법 제4조 제1항 및 제55조의2 등에 의하면 내국법인 등이 지정지역에 있는 주택(그 부수토지 포함)과 별장, 비사업용토지를 양도한 경우에는 그 양도소득을 각 사업연도의 과세표준에 반영하고 이와 별도로 그 양도소득에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 추가로 납부하도록 되어 있는바, 여기서 주택은 건축물대장 등 공부상의 용도구분이나 건축 또는 용도변경에 대한 당국의 허가 유무 및 등기 유무와는 관계없이 상시 주거의 목적을 위하여 사용되는 건축물을 말하는 것으로서, 양도 당시 거주한다는 객관적 사실이나 사용한다는 실질적 행위가 있어야 함을 요건으로 하지 아니하므로 건축물의 구조․기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지․관리되고 있어서 언제든지 주택으로 이용 가능한 경우에는 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 주택으로 봄이 타당하다고 할 것(조심 2021서4910, 2021.10.21., 같은 뜻임)인데, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점건물을 소유하고 있던 기간 동안 뿐만 아니라 양도한 후에도 쟁점건물을 주소지로 하여 거주자(FFF, GGG, AAA)의 주민등록 전입신고가 되어 있었고, OOO는 청구법인이 쟁점건물을 소유하고 있던 기간 동안 쟁점건물에 대하여 주택용 전기요금을 적용하여 전기요금을 산정하였으며, OOO는 쟁점건물에 대하여 주택의 세율을 적용하여 취득세와 재산세를 부과하였고, 청구법인이 쟁점건물을 양도하기 위하여 작성한 매매계약서에 쟁점건물의 용도가 주택으로 기재되어 있었던 점(쟁점건물의 마당에 어망 등이 있었다고 기재되어 있다 하여 달리 볼 것은 아니다) 등에 비추어, 양도 당시 쟁점건물은 주거기능이 그대로 유지․관리되고 있어서 언제든지 주택으로 이용 가능한 경우에 해당된다고 보는 것이 실질에 부합해 보인다 할 것이다. 더욱이 청구법인이 쟁점건물에서 생산하였다고 주장하는 제품에 대하여 청구법인 명의의 매출이 발생하지 않은 것으로 나타나며, 이에 대하여 청구법인은 쟁점건물에서 발생한 매출을 BBB의 개인사업장(EEE) 명의로 계상하였다는 취지로 주장하나 BBB는 청구법인의 매출을 자신(BBB)의 매출에 포함하여 종합소득세를 신고한 사실이 없다고 진술한 사실이 있고, 자신의 매출을 타인의 매출로 계상하는 것은 일반적이지 않는 점 등을 감안할 때 청구법인이 쟁점건물에서 생산활동을 하였다고 인정하기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점건물을 법인세법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 과세특례대상 주택에 해당한다고 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.