청구법인이 쟁점토지의 온천개발 등 사업시행자로 지정되었다거나 달리 쟁점토지를 온천개발이나 다른 사용목적으로 사용하려고 한 근거나 계획을 제출하지 못하고 있을 뿐만 아니라, 쟁점토지에서 실제 온천개발 등을 위한 토지조성공사 및 건축공사에 착공한 사실이 확인되지 아니하며, 쟁점토지의 지목이 변경된 사실도 나타나지 아니하는바, 청구법인이 쟁점토지에서 개발사업을 영위한 것으로 보이지도 아니하는 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 1994.12.23. OOO 온천지구로 지정·고시되어 온천공 탐사 및 시추공 굴착 공사 등 온천개발 사업이 진행되던 토지로서, 청구법인은 2016년경 개발사업이 잠시 중단된 상태의 쟁점토지 및 쟁점권리등을 매입하여 개발사업을 재개하였고, 구체적 개발사업 진행내역은 아래와 같다. (가) 쟁점토지는 1986.4.28. 온천이 발견되어 온천개발에 착수한 곳으로, 제주특별자치도지사는 쟁점토지가 소재한 제주특별자치도 제주시 OOO 전체와 OOO 일원을 온천개발지구로 지정고시하였고, 전 소유자 aaa·bbb·ccc(명의신탁자 ddd의 부인) 3인(토지 소유주이자 제주도민인 ddd가 현장관리와 개발계획의 진행을 위임받아 진행)이 1988년경부터 온천개발에 본격적으로 착수하여 십여 개의 온천시추공 굴착 및 탐사를 하였으나 상업성이 있는 온천 맥이 발견되지 아니하고 최초 공동허가권자들의 고령과 지병으로 투자가 중단됨에 따라 개발사업이 더 이상 진행되지 않고 방치되었다. (나) 청구법인은 2014년경부터 쟁점토지에서의 온천개발 및 주변 토지의 종합개발을 목표로 쟁점토지를 취득하고자 하였고, 2015년경 계약금 지불 후 온천개발 지역에 식재할 조경수 및 밀감나무를 미리 매입하여 비축하는 등 준비한 후 2016.1.29. 법인을 설립하고 본격적으로 사업에 착수하게 되었다. 이에 청구법인은 그동안 방치되어 있던 사업부지의 정리를 위해 예초작업을 선행 실시하고(구매자 eee, OOO 제초제 등 구매내역 제출), 개발단지 내 차량진입로 확보를 위한 지적도상의 도로 부분 현황 및 경계를 측량하였으며(폐도로 사진 제출), 미사용하고 있던 폐도로를 복원하기 위해 도로 주변 토지의 실소유주에게 협조 요청을 하고 사업설명회를 실시하여 도로공사를 완료하였다(도로복원 관련 동의서, 포장도로 사진 제출). 또한 청구법인은 온천사업 개발구역 내에 컨테이너 사무실을 설치하고 사업부지에 대한 전체 측량 및 주변 토지소유주에 대한 사업설명회를 실시하였으며(측량도면 및 측량비 지급내역 제출), 조경수 식재 및 개발사업에 필요한 용수 확보를 위해 종달리 수리조합에 지하수 공급을 의뢰하고 개발부지 내 3개소에 수도를 설치하였고(지하수 관정 사진 2매 제출), 사업부지 내 묘지와 무연고 묘를 이장완료하거나 이장 협의 중에 있다(2018년 6월, 8월 출금내역, 20019.2.19.자 OOO원 수기 영수증). 한편 당시 청구법인의 대표이사 fff는 본인이 운영하던 굴삭기 대여 및 토목공사업과 관련하여 보유하고 있던 굴삭기를 이용하여 수시로 사업부지를 정리하였다(fff의 굴삭기 매입자료, 토목공사 영수증 및 공사현장 사진 제출). (다) 청구법인이 온천개발을 위한 준비작업 진행 중에 제주특별자치도지사로부터 2016.11.28.경 온천공 개발사업이 더 이상 진척되지 아니할 경우 온천발견 신고수리를 취소하겠다는 예고 공문이 왔고, 청구법인은 사업권 승계사실을 고지하는 한편 신고수리 취소 불가 의견서 등을 제출하였다.
(2) 쟁점토지는 단순 임야가 아니라 법인세법제55조의2 제2항 제4호에 따른 농지, 임야 및 목장용지 외의 기타 토지에 해당하고, 청구법인이 2016.6.19. 취득하여 개발사업을 진행하다가 부득이한 사유로 양도하였으므로 비사업용 토지로 볼 수 없다. 청구법인은 제주 제2공항이 생긴다는 호재 등을 감안하여 오랫동안 방치되어 왔던 OOO 개발사업을 시행하기로 하고, 쟁점토지를 인수한 후 최초 공동개발업자인 ddd를 앞세워 주변 작업 및 기초공사 등 사업을 진행하였다. 그러나 부동산 경기 침체, OOO을 공동개발하기로 하였던 ddd 부부의 투자 철회, 금융기관 PF 대출승인의 보류·지연 등으로 사업진행에 어려움을 겪게 되었고, 청구법인이 사업을 계속 영위하기 위해서는 쟁점토지와 쟁점권리등 사업권을 개인에게 양도하고 개인의 대출로 치환하여 시간을 번 후 다시 온천 및 토지 등 개발사업을 진행하는 방법을 택할 수밖에 없었는바, 쟁점토지와 쟁점권리등 사업권을 양도한 후 경기회복을 기다리며 투자자를 모색하고 있는 상황이다. 위와 같이 1988년부터 OOO 개발사업이 진행되어 왔고, 청구법인이 쟁점토지 및 쟁점권리등을 인수한 후에도 쟁점토지는 2016년부터 2017년 양도 당시까지 온천개발 사업부지, 부동산 매매 및 개발, 주택건축 등 사업부지인 사업용 토지로 사용되었으며, 이후 자금압박 등 부득이한 사유로 쟁점토지를 양도하였는바, 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 없다.
(3) 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다 하더라도 ① 쟁점토지의 양도소득금액(과세표준)을 청구법인의 2017사업연도 법인세 신고서 및 손익계산서와 계정별 원장의 쟁점토지 및 쟁점권리등 양도가액인 OOO원에서 손익계산서상 상품 매출원가로 표시되어 있는 OOO원(쟁점토지 취득가액 OOO원, 쟁점권리등 취득가액 OOO원 등 포함)과 자본적 지출액 OOO원을 공제한 OOO원으로 결정하거나, ② 쟁점토지의 양도가액 OOO원에서 쟁점권리등 가액 OOO원을 제외한 OOO원을 쟁점토지의 양도가액으로 하고, 쟁점토지 취득가액 OOO원(필요경비 포함), 상품계정상의 지출액 OOO원, 자본적 지출액 OOO원을 공제한 OOO원으로 산정하여야 한다.
(1) 청구법인은 쟁점토지가 단순 임야가 아니라 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 농지, 임야 및 목장용지외의 기타 토지에 해당하고, 취득 후 2년 미만의 토지로서 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 법인세법 시행령 제92조의4 에 따라 토지지목의 판정은 사실상의 현황에 의하는 것이나 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의하는 것이므로 쟁점토지는 그 공부상의 지목에 따라 임야에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점토지를 2년 미만의 기간 동안 소유하면서 토지 소유기간 동안 법에 규정된 사업용으로 사용한 기간이 전혀 없는 것으로 보이는 점, 쟁점토지는 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되거나 보호구역 내에 있지 아니하고, 착공신고는 물론 개발사업 승인 신청을 장기간 하지 않은 토지로서 청구법인이 이를 사업용으로 사용하려는 의도가 없었던 것으로 보이는 점 등을 고려할 때 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.
(2) 청구법인은 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당한다고 보더라도, 쟁점권리등의 장부가액을 쟁점토지의 취득가액에 포함하거나 양도가액에서 차감하여 양도차익을 계산하여야 한다고 주장하나, 쟁점권리등은 쟁점토지와 별개의 구분된 자산이고 이를 계속하여 보유하고 있을 뿐 쟁점토지와 함께 양도한 바 없으므로 쟁점권리등 취득가액을 쟁점토지의 필요경비로 공제하거나 쟁점토지의 양도가액에서 쟁점권리등 가액 상당을 차감할 수 없다. (가) 청구법인은 쟁점권리등을 ‘시설물 양도 양수 계약서’라는 별도의 계약서를 작성하여 매입한 후 쟁점토지와 별도의 유형자산[시설물(온천시추공)]으로 관리하였고, 제주특별자치도지사의 온천원 보호지구 해제 관련 공문(환경자산물관리과-7415, 2016.11.28. 시행)에 대하여 온천 개발을 위해 해제 조치를 유예해달라는 의견서를 보낸 것으로 보아, 쟁점권리등이 쟁점토지와 별개의 실질적 자산에 해당한다 할 것이므로 쟁점권리등 취득가액을 토지의 취득원가로 볼 수 없다. (나) 또한 부동산 매매계약서에 의하면 쟁점토지의 실질적인 양도금액이 OOO원임이 분명하고, 쟁점토지 양도 당시 쟁점권리등이 포함되어 함께 양도된 사실을 인정할 수 없다. 당초 청구법인이 세무서에 해명자료로 제출한 양수인(ggg)의 확인서(2021년 8월 작성)에 따르면 “OOO에 소규모 온천 개발을 한다고 하여 토지를 매입하면 온천수를 공급해준다는 설명을 듣고 2017.8.3. 청구법인 소유의 OOO 임야(2681평방미터)를 매입했으나”라고 적혀있고, 또 다른 양수인(hhh, iii)의 확인서(2021년 8월 작성)에도 온천공 개발 완료 시 온천수를 공급받을 것이라는 내용이 적혀있는 점 등에 비추어 부동산 매매계약 시 쟁점권리등이 포함되어 양도하였다는 사실을 인정하기 어렵다. 청구법인이 심판청구 당시 제출한 부동산 매매계약서 특약사항에 토지 대금에 지상권인 온천공 개발사업권이 포함되었다고 기재되어 있기는 하나, 이는 당초 과세자료 해명 시 세무서에 제출된 서류가 아니고, 양수인 ggg와 체결한 부동산 매매계약서를 보면 같은 날 작성되었음에도 불구하고 도장이 서로 다르며, 양수인 jjj과 체결한 부동산 매매계약서를 보면 당초 세무서에 제출된 계약서는 법무사 사무실 상호, 소재지 및 전화번호가 있으나 추가 제출된 계약서에는 법무사 관련 내용이 없으며 날인된 도장도 다르다는 점, 새롭게 제출된 계약서상 대부분의 도장 등이 동일한 형태로 확인된다는 점 등을 보면 쟁점권리등이 포함되어 있다는 내용의 계약서는 정상적인 계약서가 아니라 의도적으로 사후에 작성된 것으로 보인다. 또한 쟁점토지 중 일부를 양수한 jjj(취득금액 OOO원)이 2019년 8월에 해당 토지를 양도하고 양도소득세 신고 시 첨부한 매매계약서에 따르면 매매대금에 온천공 개발권이 포함된 것으로 확인되지 않아 청구법인이 주장하는 대로 쟁점토지 양도금액에 쟁점권리등이 포함되었다고 볼 수 없다.
(3) 청구법인은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 하더라도 쟁점토지의 양도가액(OOO원)에서 쟁점토지의 취득가액 등(OOO원)만을 필요경비로 공제한 것은 잘못이고, 토지 취득가액 등(OOO원) 외에 심판청구 시 자료로 제출한 계정별 원장상의 자본적 지출 OOO원 및 상품 지출액 OOO원을 토지의 자본적 지출로 보아 취득가액에 포함하여야 한다고 주장하나, 소유권 이전 수수료 OOO원을 필요경비로 공제하는 외에 나머지 쟁점권리등 취득가액, 필요경비, 자본적 지출액을 추가 공제할 수는 없다. (가) 법인세법 제55조의2 제6항 은 “토지등 양도소득은 토지등 양도금액에서 양도 당시 장부가액을 뺀 금액으로 한다”라고 규정하고 있고, “‘장부가액’이란 회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액으로서 자산의 취득가액에 자본적 지출·자산평가증 등을 가산하고 감가상각·평가손실 등을 차감한 당해 자산의 장부상 대차잔액을 가리키는 것(조심 2017부2672, 2017.7.21., 같은 뜻임)”이다. (나) 처분청은 청구법인이 양도 당시 장부가액을 확인할 계정별 원장 등을 제출하지 아니함에 따라 쟁점토지의 양도금액에서 차감할 양도 당시 장부가액을 토지 취득가액과 취득세 등만을 합산한 금액(OOO원)으로 산정하였으나, 청구법인이 이번 심판청구를 통해 계정별 원장을 제출하여 쟁점토지의 장부가액이 OOO원(토지 취득가액, 취득세, 소유권 이전 수수료 등)임이 확인되는바, 처분청이 소유권 이전 수수료 등을 필요경비로 공제하지 아니하고 양도차익 OOO원을 과다 계산한 것은 잘못이 있다(기 감액경정). (다) 청구법인의 2017년 부가가치세 신고서상 토지의 자본적 지출로 기재된 금액은 제1기 예정분 OOO원, 제1기 확정분 OOO원, 제2기 예정분 OOO원, 제2기 확정분 OOO원 합계 OOO원으로 확인되나, 그 중 토지의 자본적 지출로 신고된 한국국토정보공사와의 거래액 OOO원(한국국토정보공사와의 총 거래액 OOO원 중 OOO원은 쟁점토지 관련 비용 인정, 기 감액경정)과 ㈜AAA 제주지사 거래분 OOO원은 전자세금계산서를 통하여 쟁점토지와 관련이 없는 거래분으로 보이며, 법무사 kkk사무소 거래분 OOO원은 토지 양도 당시 거래비용으로 자본적 지출이 아닌 당기비용인 것으로 판단된다. (라) 기타 계정별 원장에 토지의 자본적 지출로 되어 있는 금액 중 BBB(616--99, fff)와의 거래금액 OOO원과 BBB(310--10, lll)와의 거래금액 OOO원의 경우, 세금계산서 및 계산서 사본과 견적서에 의해 쟁점토지 관련 매입인 것으로 보이나, fff는 거래 당시 청구법인의 대표자이고 lll과는 특수관계(3촌)인 것으로 나타나는바, 실제 공급이 이루어졌는지 여부 및 거래금액이 적정한지 등에 대한 구체적인 증빙이 없어 토지 관련 자본적 지출로 볼 수 없고, 나머지 자본적 지출은 쟁점토지 관련 매입인지 여부를 확인할 수 없어 토지 관련 자본적 지출로 볼 수 없다. (마) 상품 계정별 원장 내역 중 적격증빙이 확인된 거래는 CCC과의 거래뿐이나 해당 거래처는 청구법인 대표자 eee의 사업장으로 실제 거래 여부 및 쟁점토지 관련 매입 여부 확인을 위한 구체적이고 객관적 증빙이 없어 단순 당기비용으로 보는 것이 타당하다.
① (주위적) 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부
② (예비적1) 쟁점권리의 양도가액을 쟁점토지의 양도가액에서 제외하거나 쟁점권리의 취득비용을 필요경비 공제해야 한다는 청구주장의 당부
③ (예비적2) 상품계정상 지출액 및 자본적 지출액 등을 필요경비로 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조 제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득
2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득
3. 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득
⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
1. 산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률에 따른 종ㆍ묘 생산업자가 산림용 종자 또는 산림용 묘목의 생산에 사용하는 임야
2. 산림문화ㆍ휴양에 관한 법률에 따른 자연휴양림을 조성 또는 관리ㆍ운영하는 사업에 사용되는 임야
3. 수목원ㆍ정원의 조성 및 진흥에 관한 법률에 따른 수목원을 조성 또는 관리ㆍ운영하는 사업에 사용되는 임야
4. 산림조합 및 산림계가 그 고유목적에 직접 사용하는 임야
5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 시행령 제22조 에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야
6. 종중이 소유한 임야(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)
7. 그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 기획재정부령으로 정하는 임야 제92조의8(사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위) ① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 운동장ㆍ경기장 등 체육시설용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (각 목 생략)
2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (각 목 생략) (3.～12. 생략)
13. 그 밖에 제1호부터 제12호까지에서 규정한 토지와 유사한 토지 중 토지의 이용상황 및 관계 법령의 이행여부 등을 고려하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령으로 정하는 토지 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간
③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.
5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 (3) 법인세법 시행규칙 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간
3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로: 사도 또는 도로로 이용되는 기간
4. 건축법에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지: 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간
5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)
6. 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지: 취득일부터 2년
7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지: 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간
8. 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지: 건축이 가능한 날부터 2년
9. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지: 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년
10. 법인이 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업ㆍ폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지: 휴업ㆍ폐업 또는 이전일부터 2년
11. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기관이 금융산업의 구조개선에 관한 법률 제10조 의 규정에 따른 적기시정조치 또는 같은 법 제14조 제2항의 규정에 따른 계약이전의 결정에 따라 같은 법 제2조 제2호에 따른 부실금융기관으로부터 취득한 토지: 취득일부터 2년
12. 자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사가 같은 법 제3조의 규정에 따른 자산유동화계획에 따라 자산보유자로부터 취득한 토지: 취득일부터 3년
13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간
③ 영 제92조의11 제3항 제5호에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 기업구조조정 촉진법에 따른 부실징후기업과 채권금융기관협의회가 같은 법 제10조에 따라 해당 부실징후기업의 경영정상화계획 이행을 위한 약정을 체결하고 그 부실징후기업이 해당 약정에 따라 양도하는 토지(2008년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한정한다. 이하 이 항에서 같다) (2.～13. 생략)
14. 채무자의 회생 및 파산에 관한 법률 제242조에 따른 회생계획인가 결정에 따라 회생계획의 수행을 위하여 양도하는 토지
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 설립 및 발행주식의 보유현황 등은 아래와 같다.
1. 청구법인은 2016.1.29. 설립되어 2016.2.2. 주업종을 주택 신축판매업, 부업종을 조경공사업 및 농수산물 도소매업으로 사업자등록한 법인으로, 2017.3.20. 현재 청구법인 발행주식은 eee(14,700주, 49%), fff(7,800주, 26%), ccc(7,500주, 25%)이 보유하고 있다.
2. 청구법인은 법인등기부상 설립목적을 부동산개발업, 주택 및 상가 분양업, 온천개발업, 대지조성사업, 건축공사업, 토목공사업 등으로 하고, 임원으로 대표이사 eee(설립 당시 fff), 사내이사 ccc·ddd·임양혁 등이 등재되어 있다.
3. 청구법인의 대표이사 eee는 제주특별자치도 서귀포시 OOO에서 ‘CCC’이라는 상호로 화초 및 식물 소매업을 영위하고 있다. (나) 청구법인의 쟁점토지 및 쟁점권리등 취득내역은 아래와 같다.
1. 청구법인은 2016.1.6. 매도인 mmm(대리인 ddd)와 OOO 온천지구로 고시(1994.12.23.)된 쟁점토지를 OOO원에 양도·양수하기로 하는 부동산 매매계약서를 작성하여 2016.7.4. 쟁점토지를 OOO원(계약금: OOO원, 중도금: OOO원, 잔금: OOO원)에 취득하였다.
2. 청구법인은 2016.3.7. 쟁점토지 전 소유자(mmm, bbb, ddd)의 대표 ddd와 총 대금을 OOO원으로 하고, 특약사항으로 온천공이 설치된 토지의 대금은 별도로 한다는 내용 등이 기재된 쟁점권리등에 대한 시설물 양도양수계약서를 작성하여 2016.8.8.(공증된 대금 영수증 작성일, 계약서상 잔금일은 2016.8.20.) 온천시추공에 관한 권리 및 시설물을 OOO원에 취득하였다.
3. 청구법인은 2016사업연도 재무제표(대차대조표)에 쟁점권리등을 유형자산 중 시설물(온천시추공) OOO원으로, 쟁점토지를 유형자산 중 토지 OOO원으로 각 계상하였다. (다) 쟁점토지에서의 개발사업 진행 내역은 아래와 같다.
1. 박태술 외 3인은 1988.12.19. 쟁점토지 중 제주특별자치도 제주시 OOO을 소재지로 하여 온천발견 신고(1990.9.22. 신고수리)를 하였고, 쟁점토지가 소재한 제주특별자치도 제주시 OOO 일원 1,399,266㎡는 1994.12.23. ‘OOO 온천지구’로 온천원보호지구로 지정고시(OOO호)되었다.
2. 제주특별자치도지사는 ‘OOO 온천지구 지정 후 장기간 개발사업 승인 신청이 없으며 온천발견신고자 의견 확인 결과 온천개발계획이 없음에 따라 온천법 제10조 제5항 제4호 규정에 따라 온천개발계획 취소, 같은 법 제10조의2 제4항 규정에 따라 온천개발계획 취소에 따른 온천원 보호지구 지정 해제’를 사유로 2020.9.23. OOO 온천지구를 지정해제(실효)하였다.
3. 제주특별자치도지사는 ‘OOO 온천지구 지정해제 등 행정처분 유예기간 내에 온천개발사업 승인신청이 없고, 온천공 원상복구 의무 관련 의견조회 결과 온천 개발의사가 없는 것으로 인정’된다는 사유로 2020.11.2. 온천발견신고 수리취소(온천발견 신고자: 박, 이, 홍, 조)하고, 2020.11.10. 이를 공시송달하였다. (라) 청구법인은 2017.6.29.부터 2017.12.11.까지 아래 <표1>과 같이 쟁점토지를 ggg 외 6명에게 총 OOO원에 분할 양도하였고, 처분청과 청구법인이 각 제출한 매매계약서의 거래가액에는 차이가 없으나, 처분청이 제출한 매매계약서에는 특약사항이 기재되어 있지 아니하고, 청구법인이 제출한 매매계약서에는 특약사항(상세내용은 아래 <표2> 참고)이 기재되어 있고, 기타 두 계약서는 도장, 법무사 상호 기재 여부 등에서 차이가 있다. <표1> 쟁점토지 양도내역 ㅇㅇㅇ <표2> 청구법인이 제출한 계약서의 특약사항 주요내용 ㅇㅇㅇ (마) 쟁점토지 양수인들은 ‘토지를 매입하면 온천수를 공급해 준다고 하여 쟁점토지를 매입하였으나, 계약내용과 달리 토목공사나 온천수 공급이 어렵다고 하여 재차 양도(ggg, jjj)·잔금 OOO원 미지급(hhh)·계속 보유(iii)하였다’는 내용의 확인서를 제출하였다. (바) 청구법인이 주장하는 쟁점토지 취득·양도가액 및 자본적 지출 내역과 관련한 사실관계는 아래와 같다.
1. 청구법인은 쟁점토지를 양도한 후 2017사업연도 계정별 원장(계정과목: 상품매출)에 상품매출 OOO원으로 계상하였다.
2. 청구법인의 계정별 원장(계정과목: 상품, 자본적 지출)에는 상품 매출원가 OOO원(쟁점토지 및 쟁점권리등 취득가액, 분할측량비, 조경수 비용 등 포함), 자본적 지출 OOO원(굴삭기, 토지측량비 등 포함)이 계상되어 있다.
3. 청구법인은 필요경비 지출을 입증하기 위하여 ① 1988년경부터 ddd가 쟁점토지에서 온천시추공 굴착 및 탐사한 내역이 나타나는 OOO 지구 지정고시, 전 토지소유주 간 합의서, 전 소유주의 개발비용 명세(수기 작성) 등, ② 2014년경부터 온천개발부지 내에 식재할 나무로 조경수 및 밀감나무를 미리 매입하여 비축하였다며 조경수 및 밀감나무 매매계약서 및 영수증(2015년 1월) 등, ③ 사업부지 정리를 위해 예초작업을 실시하였다며 일용노무비명세서(2016사업연도, OOO 온천지구’에서 ‘예초 및 식재작업’을 수행하고 노무비 총액 OOO원을 지급한 것으로 기재), 금융거래내역(2016.4.27.～2017.7.21., 적요란에 강, 권, 김, 굴삭기, 공사대금, 장비사용료, 인건비, 조경수 구입비 등으로 기재되어 출금) 등, ④ 차량진입로 확보를 위한 지적도상 도로 부분 현황 및 경계 측량을 하였다며 비포장 도로 사진, ⑤ 폐도로 복원을 위해 주변 토지의 실소유주에게 협조 요청을 하고 사업설명회를 실시하였다며 동의서(2016년 6월), 도로 사진, ⑥ 온천사업개발구역 내 법인 및 개인소유 부지에 대한 전체 측량을 실시하였다며 영수증(2016년 9월, 대한측량협회 고급기술자 김, 경계측량 6회, OOO원), ⑦ 개발사업 부지 내 용수확보를 위해 종달리 수리조합에 지하수 공급을 의뢰하고 농업용수 공급공사를 시행하여 부지 내 3개소에 수도를 설치하였다며 수도 사진 3장, ⑧ 부지 내 컨테이너 사무실을 설치하였다며 컨테이너 사진 장, ⑨ 토목공사업을 영위하던 청구법인의 당시 대표이사 fff가 중고 굴삭기를 매입하여 주유비만 받고 사업부지 정리를 실시하였다며 fff의 사업자등록증(BBB, 1995.9.28. 개업 중기대여 건설기계도급업), 건설기계 등록증[굴착기(2019.10.22. 등록), 굴삭기(2014.10.17. 등록)], fff 통장 사본, 공사 일정표(2016년 6월～2017년 12월), 세금계산서, ⑩ 현장관리인으로 맹**을 선임하였다며 2016.6.10.자 청구법인의 이사회 회의록, 인건비지급내역서(2016년 7월～2017년 1월), ⑪ 종달지구 온천발견 수리취소 예고(2016.11.28.)에 대하여 청구법인이 제출한 ‘청구법인 및 관계자들은 2016년에 온천개발 부지를 매입하였고, 2016.8.8. 온천개발의 행정 인허가권 및 지상권을 OOO원에 매입하였는바, 온천원 보호지구 지정해제나 온천발견신고 수리 취소처분을 하게 되면 본 법인과 대표이사 등 관계자들이 막대한 손실을 감수해야 될 것이므로 일정기간 유예기간을 주어 합법적인 개발을 할 수 있는 기회를 주시기를 앙망한다’는 내용이 기재된 의견서, ⑫ 온천개발 구역 내에 있는 묘지와 무연고 묘지를 정리하였다며 묘지 이장대행 전문업체인 ㈜DDD 대표 명함 및 대금지불확인서(2018～2019년) 등을 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후 쟁점토지에서 개발사업을 진행하였으므로 이를 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점토지는 공부상 지목이 ‘임야’인 토지로서, 청구법인은 2016.1.29. 설립 이래 사업자등록증상 ‘주택 신축판매업’을 주업종으로, ‘조경공사업 및 농수산물 도소매업’을 부업종으로 신고하였을 뿐 농업 또는 임업을 업종에 추가한 사실이 없고, 2017사업연도 수입금액으로 쟁점토지 양도로 인한 처분이익 OOO원을 신고한 외에 달리 농업 또는 임업 관련 수입이 발생한 사실이 나타나지 아니하며, 달리 청구법인이 쟁점토지를 그 지목대로 임야로서 생산력 등 그 고유한 특성을 활용할 목적으로 취득하였다고 볼 만한 사정이 없는바, 쟁점토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 의 ‘임업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 임야’로서 비사업용 토지에 해당하는 점, 청구법인은 쟁점토지 및 쟁점권리등을 취득한 후 투자자 모집 실패, 이자 부담 등으로 인하여 쟁점토지를 매각한 것으로 보이고, 청구법인이 쟁점토지의 온천개발 등 사업시행자로 지정되었다거나 달리 쟁점토지를 온천개발이나 다른 사용목적으로 사용하려고 한 근거나 계획을 제출하지 못하고 있을 뿐만 아니라, 쟁점토지에서 실제 온천개발 등을 위한 토지조성공사 및 건축공사에 착공한 사실이 확인되지 아니하며, 쟁점토지의 지목이 변경된 사실도 나타나지 아니하는바, 청구법인이 쟁점토지에서 개발사업을 영위한 것으로 보이지도 아니하는 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점권리의 양도가액을 쟁점토지의 양도가액에서 제외하거나 쟁점권리의 취득비용을 필요경비 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 심판청구 시 제출한 매매계약서에는 토지대금에 온천공 개발사업 지상권이 포함되었다고 기재되어 있으나 청구법인 처분청에 제출한 매매계약서에는 특약사항이 기재되어 있지 아니한바 증빙자료로서의 신빙성을 인정하기 어려운 점, 청구법인이 심판청구를 제기하면서 온천개발 사업을 계속할 예정이라고 기술하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점권리등을 계속하여 보유하면서 쟁점토지만을 양도한 것으로 보이므로, 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 청구법인은 상품계정상 지출액 및 자본적 지출액 등을 필요경비로 공제하여야 한다고 주장하나, 자본적 지출액 등을 양도소득의 필요경비로서 인정받기 위해서는, 공사계약서 및 대금 지급 증빙 등의 객관적인 입증을 통해 양도된 자산에 실제 소요된 비용으로서, 자본적 지출에 해당하는 것으로 법이 규정한 ‘용도 변경’이나 ‘내용연수 증가’ 등의 결과를 양도 자산에 가져올 정도의 공사비용이라는 사실이 명확히 확인이 되어야만 필요경비로 인정할 수 있는 것인바(대법원 2015.5.28. 선고 2015두37990 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 주장하는 쟁점토지 관련 필요경비는 쟁점토지 보유기간 중 지출한 것이 아니거나(조경수 등 매입대금) 실제 쟁점토지와 관련하여 지출하였는지 여부가 확인되지 아니할 뿐만 아니라 쟁점토지의 용도변경이나 내용연수 증가 등의 결과를 가져올 정도의 공사비용에는 해당하지 아니하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.