쟁점인건비를 가공경비로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부 등

[ 세 목 ] 법인 [ 결정유형 ] 경정 [ 문서번호 ] 조심2023부6880 (2023.11.29) [ 전심번호 ] [ 제 목 ] 쟁점인건비를 가공경비로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부 등 [ 요 지 ] 대표이사가 청구법인과 체결한 근로계약서가 확인되지 않았고, 실제 근무사실을 입증할 수 있는 결재서류나 출‧퇴근 기록, 비상연락망 기재사실 등이 확인되지 아니한 점, AA와의 거래내용을 보면, 공사사실을 확인할만한 구체적인 증빙이 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비를 가공인건비로 보고, 쟁점경비를 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없음 다만, BB와의 거래내용을 보면, 현장사진, 계약서, 대금지급 증빙을 제출한 사실이 있고, 처분청이 부사장의 확인서만을 근거로 하여 이 건 거래를 가공거래로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어려움 [ 결정내용 ] [

] 법인세법 제19조 / 법인세법 제26조 / 법인세법 제27조 [주 문] OOO세무서장이 2022.11.16. 청구법인에게 한 2017～2021사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2017년 제2기～2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2017년 제2기 부가가치세 과세기간에 aaa 주식회사로부터 수취한 세금계산서 OOO원(공급가액)를 실지 거래로 인정하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2001.8.1. 설립하여 18홀의 회원제 골프장을 운영해 오던 중, 2016.7.15. 대중골프장으로 변경등록 하여, 현재 OOO소재 OOO를 운영하고 있다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)은 2022.7.20.∼2022.9.23. 청구법인에 대한 법인통합조사(2017∼2021사업연도)를 실시하여, 대표이사 bbb(2018년 3월 취임)이 실제 청구법인의 업무를 수행한 사실 없이 급여를 지급받은 것으로 보아 관련 급여 및 4대 보험료 합계 OOO원을 손금불산입(기타사외유출, 이하 “쟁점인건비”라 한다)하고, 공사비용으로 계상한 ㈜ccc외 2개 업체로부터 실지거래 없이 세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 공사비 OOO원(공급가액, 이하 “쟁점공사비”이라 한다)과 기타 사적사용 비용 등을 손금불산입 및 매입세액 불공제한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2022.11.16. 청구법인에게 2017∼2021사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2017년 제2기∼2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점인건비 및 쟁점공사비와 관련한 법인세 및 부가가치세 부과처분에 불복하여 2023.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) bbb은 2018년 3월 청구법인의 대표이사로 취임하여 심판청구일 현재까지 청구법인의 대표이사로 재직하고 있으며, 급여는 2017년 OOO원을 지급받은 이래 매년 이사회에서 정한 금액을 지급받고 있다. (가) 청구법인은 2017.12.27. 임시주주총회에서 임원보수지급규정을 정하면서 보수액 지급한도를 대표이사 연 OOO원, 이사 연 OOO원, 감사 연 OOO원으로 하였고, 이사회에서는 대표이사의 연봉을 2018년 OOO원, 2019년 OOO원, 2020년 OOO원, 2021년 OOO원으로 의결하였다. (나) bbb은 청구법인의 대표이사로 취임한 이래 청구법인의 대표이사로서 상근하면서 대출연장, 자금관리 등 업무를 수행하였다. 청구법인의 회장 ddd은 bbb의 부친으로 가족상황은 ddd 회장, bbb, 10대인 남동생 1명 등 3인이 전부인 상황에서 ddd 회장이 나이가 들어 경영이 어려워지면서 캐나다에서 학위 취득을 위해 유학중인 bbb을 귀국하게 하여 청구법인 등의 경영을 맡긴 것으로 회사에 근무하지 않았다는 처분청 의견은 사실과 다르다. (다) bbb의 국적은 캐나다이지만, 국내거소증명서 및 출입국 사실증명서에 의하면, 국내에서 상시 거주하면서 청구법인의 대표로서 업무를 수행하였음이 출입국에 관한 사실증명, 청구법인의 일일자금 전표의 결재 날인 등 문서에 의해 확인되고, 청구법인의 주요업무인 은행업무, 노조업무 등 청구법인을 대표하여 국내에서 성실히 근무하였음이 확인되므로 쟁점인건비는 법인세법에서 규정한 임원보수 한도 내에서 지급된 급여로써 손금불산입 처분은 부당하다. (2) 처분청은 bbb이 청구법인에 상시 출근하지 않았으며 대표이사로서의 업무를 직접 수행하지 않았다는 의견이나, 먼저 처분청이 상시 출근하지 않았다는 의견에 대하여 살펴보면, 청구법인의 부사장인 eee으로부터 받은 진술형 문답서를 근거로 하고 있으나, 문답서 전체를 검토하여 보면 bbb이 상시 출근하지 않았다는 답변이 어디에도 없음에도, 문답서 중 일부분 내용만을 발췌하여 출근하지 않았다는 논리를 펴고 있다. 청구법인은 규모가 작지 않은 법인으로 주주들이 특수관계이고, 가족회사라 하더라도 “bbb은 주주총회에서 선출된 등기된 대표이사로 대외적으로 청구법인을 대표하고 있고, 대표이사가 출산으로 인하여 재택근무를 하면서 일시적으로 출근을 못하였다고 대표이사로서의 업무를 직접 수행하지 않았다”는 의견은 사실관계를 호도하고 법리를 왜곡한 주장이다. (가) 처 분청은 청구법인 사업장소재지에 대표이사가 상주하는 사무실이 없다는 의견이나, 청구법인의 실상을 모르는 주장으로 상근하는 사무실이 있다. bbb이 대표이사로 재직하고 있는 여러 법인이 있고, 각 법인으로 매일 출근할 수가 없어 “본사 개념의 사무실을 OOO”에 두고 ddd 회장, bbb 대표, eee 부사장 및 다른 직원 등과 같이 근무하고 있고, 동 사무실에 bbb 대표이사의 사무실도 존재한다. 또한 처분청은 청구법인 사업장소재지에 ddd 회장의 사무실은 있으나, 대표이사의 사무실은 별도로 없다고 하였으나, 청구법인의 결재서류를 eee 부사장이 본사로 가져와 결재하거나 대표이사가 직접 청구법인에 출장하여 빈 사무실에서 결재하기 때문에 굳이 사무실을 만들 이유가 없었다. (나) 처분청은 조사착수시 예치해 온 연봉계약서, 출근부 등 서류에 대표이사(bbb) 관련 문서는 한 건도 확인되지 않았다는 의견이나, 임원에 대한 연봉계약서, 출근부 등의 비치는 세법 등에서 정한 사항이 아니고 회사에서 정할 사항으로 대표이사의 연봉계약서, 출근부가 없다고 하여 상시 출근하지 않았다고 보는 것은 억지 주장에 불과하다. 또한, 처분청은 bbb이 사용한 현금영수증이 bbb의 거소지에서 주위로 확인되고, 사업장 인근에서 사용한 흔적이 없다고 언급하면서 “결혼 이후 자녀 3명의 임신과 출산을 반복하여 조사대상 기간 중에는 대표이사로서 청구법인의 업무를 수행하였다고 보기 어렵고, 대표이사의 출퇴근 기록, 결재과정에 대한 eee의 문답내용, 조사기간 중의 bbb의 상황 등으로 보아 청구법인에 상시 출근하여 업무를 수행하였다”고 보기 어렵다는 의견이나, 이는 처분청이 사실관계를 잘못 조사한 것으로 대표이사가 본사 주변에서 생활용품을 살 일이 없으면 사지 않는 것이고, 본사 주변을 보면 생활용품을 살 가게도 없는 것을 알 수 있다. 또한 결혼과 자녀로 인하여 청구법인의 업무를 수행할 수 없다고 하는 것은 다자녀를 권장하는 정부정책을 이해하지 못하는 억지 주장이고, 지금은 재택근무가 일반적인 근무형태임에도 이런 주장을 하는 것은 처분청 주장을 합리화하여 억지과세를 하려는 것으로 밖에 볼 수 없다. (3) 한편, 청구법인이 골프장을 수리․보수공사하고 지급한 공사비 중 처분청이 허위로 지출한 공사비로 보아 손금불산입한 2017사업연도 OOO원과 2020사업연도 OOO원, 2021사업연도 OOO원은 실제 공사 후 지급한 비용으로서 법인세법상 손비에 해당되며, 세금계산서 발급받고 지출한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다. (가) 처분청이 손금불산입한 2017사업연도 공사비 OOO원은 ㈜aaa에 도급을 주어 골프장 연못 보강공사를 한 후, 지급한 골프장 공사비로 공사당시에 작성한 계약서, 공사내역서, 금융지출내역에 의하여 실제공사를 하였음이 확인된다. (나) 2020년 지출한 공사비 중 ㈜fff에 지급한 공사비 OOO원은 2020.3.17. 계약 후 폐수처리장 배관공사를 하였음이 계약서 및 금융자료 등 지출증빙에 의하여 확인된다. (다) 2021년 ㈜fff에 지출한 공사비 OOO원은 사우나 노후배관공사 교체공사와 골프장 배관 수리 및 교체공사 후 지급된 금액으로 금융자료 등 지출증빙에 의하여 확인되므로 가공지출로 보아 손금에 산입하지 아니한 처분은 부당하다. (4) 쟁점공사비는 골프장의 해저드에 대한 청소 및 수리공사 내역, 폐수처리장, 사우나 및 주방의 노후배관교체 공사비로 계약서, 세금계산서 및 계좌이체 내용 등에 의하여 실지 거래가 확인된다. 처분청은 조사당시 청구법인이 가공공사로 인정하였다는 의견이나, 청구법인이 가공공사비로 인정한 부분은 OOO여원에 달하는 다른 부분으로 이견이 있어도 가공거래로 인정한 것이고, 위 청구주장 부분은 실지거래임에도 처분청이 사실조사를 소홀히 하여 가공거래로 본 것이므로 관련 부분에 대한 부가가치세 등 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1) 이 건 세무조사 당시 대표이사(bbb)의 실질적 업무 수행 여부에 대한 사실관계 확인을 위해 청구법인의 공동대표인 eee(부사장)으로부터 청구법인의 조직현황, 의사결정구조 등에 대한 구체적인 진술을 받았는데, 청구법인 사업장에는 최대주주이자 최종결재권자인 ddd의 사무실은 있으나, 대표이사 bbb의 사무실은 없었으며, 조사 착수시 ‘장부 등 서류의 일시보관 동의’하에 예치해 온 연봉계약서, 출근부 등 서류에 bbb 관련 문서는 한 건도 확인되지 않았다. (가) eee의 진술에 따르면, 청구법인의 직원들은 출퇴근 관리를 지문시스템으로 하고 있으나, 임원의 근태관리는 지문시스템으로 하지 않는 것으로 확인되므로, 청구법인이 주장하는 대표이사의 상근 사실을 전산시스템에 따른 출퇴근 기록 등 객관적인 자료로 입증하지 못하고 있다. 또한 eee 공동대표는, 각 골프장마다 ‘상무가 총괄책임자로 근무하며, 본인이 수요일(주1회)에 직접 출근하여 중요 서류들을 검토하고 결재한 후, 일일자금현황만을 본사로 가져가서 bbb 대표 책상 위에 올려두고, 회장님(ddd)은 중요한 서류나 통상적이지 않은 일에 대해서만 골프장에 직접 와서 결재를 한다’고 하였다. (나) bbb의 현금영수증 사용내용을 보면, 거래시간이 대부분 평일 낮 시간대로, 사용 장소가 거소지인 OOO인근으로 나타나고, 청구법인 사업장 인근 지출은 없는 것으로 확인된다. bbb은 결혼 후 자녀 3명의 임신과 출산을 반복하여 조사대상기간 중에는 대표이사로서 청구법인의 업무를 수행하였다고 보기 어려운 상황이었으며, 조사기간 중에도 bbb에게 질문조사를 실시하고자 하였으나, 어린 자녀 2명(2018년생, 2020년생)의 양육과 셋째 자녀 임신 상태라는 이유로 eee이 직접 조사에 대응하고 답변하였다. 위 조사내용과 같이 대표이사의 출퇴근 기록, 결재과정에 대한 eee의 문답내용, 조사기간 중 대표이사 bbb의 상황 등으로 보아 bbb이 청구법인에 상시 출근하여 업무를 수행하였다는 청구법인의 의견은 사실관계와는 부합하지 않는 설득력이 없는 주장에 불과하다. (2) bbb의 아버지이자 청구법인의 최대주주인 ddd 회장은 법인등기사항 증명서상 2008.5.30. 청구법인 사내이사로 취임하여 그 지위를 현재까지 유지하고 있다. eee 대표이사와 ddd 회장은 중요 경영활동에 직접 참여하여 여비교통비, 숙박비, 접대비 등을 법인카드로 사용한 반면, bbb은 자금 관련이나 중요사항만 전화 등으로 업무를 보고, 직접 대인관계가 없기 때문에 ddd 회장이 법인카드 발부를 허락하지 않았다고 하며, 법인카드 사용내역도 없다. 또한, 청구법인의 업종 특성상 골프장 코스 관리는 매우 중요한 사항으로 ddd 회장이 주 1회 이상 사업장에 직접 와서 코스 점검을 하는 등 대표이사로서의 업무를 대신 수행하고 있다. 이 건 쟁점 외 조사관서가 부과처분한 내용 중 청구법인의 가공공사비 계상과 관련하여 자금유출의 실질 귀속자가 ddd 회장으로 확인되어 상여처분 한 사실이 있는데, 이는 ddd 회장의 지시에 따라 청구법인의 법령 위반 행위와 자금유출이 이루어졌음을 방증하는 것이다. 추가적으로 eee의 문답서 내용을 보면, bbb 대표이사는 골프장 외에도 중요한 경영 문제를 통제 결정하고 있으며, 이는 장차 가업상속의 준비단계로, 전체사업의 규모를 감안할 때 과한 급여가 아니라는 취지의 진술을 한 바 있고, bbb은 조사대상기간 동안 청구법인과 계열사 10개 업체로부터 총 OOO원의 급여를 수취하였으며, 2021년 기준으로만 본다면 11개 법인에서 총 OOO원의 급여를 수취하였고, 그 중 사업자등록상 8개 법인의 대표로 등록되어 있어 청구법인의 실지 대표이사로 업무를 수행하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (3) 조사대상기간 중 공사사실이 인정된 쟁점 외 다른 공사들과 달리 쟁점공사비와 관련하여서는 진행상황 등을 확인할 수 있는 서류나 파일은 일체 확인할 수 없었고, 청구법인은 쟁점공사비에 대하여 계약서, 대금증빙, 전자세금계산서 등을 근거로 실제 골프장 수리․보수 공사비로 지출된 공사비임을 주장하나, 청구법인과 계열사인 ㈜ggg가 2017년부터 2021년까지 태풍피해 공사비, 일반 수선비 등의 명목으로 수취한 세금계산서 중 조사관서에서 실제 거래가 없는 것으로 확인하여 가공세금계산서로 부인한 금액은 총 OOO원이다. 청구법인의 경우 기타 전기수전공사 등에 대한 정상적인 공사관련 서류 및 대금 정산내용은 청구법인의 사무실에 보관하고 있었으나, 쟁점공사비와 관련한 계약서, 견적서 등 일체의 서류가 확인되지 않아 조사한바, OOO소재 본사에 보관하고 있는 것으로 확인되었다. 또한 실제 공사를 진행하였을 경우, 골프장 운영시간 및 일정과도 밀접한 관련이 있어, 실제로 공사하였음이 인정된 건은 전산파일의 세부내역에 공사시기별로 시간대와 실제 공사할 시간, 공사진척도가 기재되어 있었으나, 쟁점공사비와 관련된 서류나 파일은 일체 없었다. (4) 이 건 세무조사당시 청구법인은 쟁점공사비와 관련하여 계약서 및 견적서를 제시하면서 정상거래로 주장하였고, 이에 조사관서에서 실제 공사가 없었다는 점을 검증하기 위해 거래처 중 ㈜fff의 계좌를 금융조회하여 확인한 결과, 청구법인 및 ㈜ggg가 ㈜fff의 계좌로 공사대금을 송금한 후, 수일 내에 현금으로 인출하고 있는데, 이는 전형적인 자료상 거래 형태이다. 또한, ㈜aaa이 ㈜ggg와 동일자로 청구법인에 발행한 전자세금계산서의 품목은 연못보강공사로 작성되었으나, 청구법인은 단지 수선비로 회계 처리하였을 뿐 공사에 대한 세부 견적서도 없었다. 이러한 사실관계에 따라 조사관서는 쟁점공사비가 가공거래의 개연성이 높은 것으로 판단하여 대표이사 eee에게 재차 소명을 요구한 바, eee은 골프장 호황으로 인한 세부담 증가로 가공세금계산서를 수취하여 쟁점공사비를 수선비로 처리하였고, 대금을 돌려받은 후 ddd 회장에게로 자금이 유출되었음을 인정하였다. 따라서, 쟁점공사비와 관련하여 공사 관련 세부내역 등을 확인할 수 있는 서류가 없고, 전형적인 가공거래 형태를 통해 계좌이체 금액을 수일 내에 현금으로 돌려받은 사실을 eee이 인정하였으므로, 쟁점공사비를 가공경비로 판단하여 매입세액 불공제 및 손금불산입한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점인건비를 가공경비로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부

② 쟁점공사비를 가공경비로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 (2) 법인세법 시행령 제43조(상여금 등의 손금불산입) ① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

⑤ 법인의 해산에 의하여 퇴직하는 임원 또는 직원에게 지급하는 해산수당 또는 퇴직위로금 등은 최종사업연도의 손금으로 한다.

⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다.

⑧ 제3항 및 제7항에서 “특수관계에 있는 자”란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

• 가. 친족(국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)
• 나. 제2조 제5항 제1호의 관계에 있는 법인
• 다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인
• 라. 해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인
• 마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ③ 법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. 제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제35조 에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

2. 해당 법인의 주주등(소액주주등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

형법 또는 국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액 (3) 부가가치세법 제39조 (공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 부가가치세법 시행령 제77조 (사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 법인통합조사 종결보고서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 2021.12.31. 현재 주주현황은 아래 <표1>과 같고, 청구법인의 계열사 및 관계사 현황은 아래 <표2>와 같다. <표1> 청구법인 주주현황 (단위: 원, %) <표2> 청구법인 계열사 및 관계사 현황 (나) 청구법인의 최근 5년간 법인세 신고내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 법인세 신고내용 (단위: 백만원, %) (다) bbb은 청구법인의 최대주주이자 회장인 ddd의 장녀로 1988.12.9. 대한민국에서 출생 후 캐나다로 출국하여 장기 거주한 것으로 확인되고, 2014.8.26. 캐나다 국적을 취득하면서 대한민국 국적을 상실하였으며, 2017.3.22. 혼인목적으로 귀국한 후, 2018년 3월경 청구법인 대표이사로 취임하였다. 귀국 후 국내 거소를 OOO에 두고 있고, 이 건 심판청구일 현재 자녀 3명(2018년생, 2020년생, 2022년생)을 양육하고 있는 것으로 나타나는데, 국내 귀국 후 발생한 근로소득 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> bbb의 근로소득내용 (단위: 백만원) (라) 처분청은 이 건 세무조사시 bbb이 청구법인의 사업장에 상시 출근하지 않았고, 법인의 업무에 직접 관여한 사실이 확인되지 않았으며, 결재서류에도 형식상 도장이 날인되어 있을 뿐, 실제 청구법인의 주요 의사결정은 회장인 ddd에 의해 이루어졌다는 사실이 청구법인의 공동대표인 eee(부사장)에 대한 문답(진술)서에서 확인되었으므로 bbb에게 지급된 급여를 손금으로 인정할 수 없다는 의견인바, 문답서 세부내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> eee 문답서 내용 (2) 청구법인이 제출한 일일자금현황 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인이 제출한 임원보수지급규정을 보면, 보수액 지급한도는 대표이사 OOO원, 이사 OOO원, 감사 OOO원으로 확인되고, bbb의 급여에 대하여 매년 이사회 결정을 통해 연봉을 결정한 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 법인등기부를 보면, bbb은 2014.1.7. 청구법인의 감사로 취임하였다가 2018.2.23. 사임하였고, 같은 날 대표이사에 취임한 것으로 등재되어 있으며, 청구법인은 bbb이 대표이사 취임 후 상시 사업장OOO으로 출근한 것은 아니나, OOO소재 본사 사무실로 출근하거나, 임신 등 사유로 재택근무를 하면서 대표이사 업무를 수행한 것으로 주장하며, 은행대출관련 계약서, 대표이사 도장이 날인된 일일자금현황(일보), 업무노트 등을 제출하였다. (3) 쟁점공사비와 관련하여 처분청이 가공(공사)경비로 경정한 내용과 청구법인이 실지거래임을 주장하는 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 쟁점공사비 관련 경정내용 등 (단위: 천원) (가) ㈜aaa이 2017년 제2기에 ggg(주)와 청구법인에게 발급한 세금계산서 내용은 아래 <표7>과 같은데, 청구법인은 이에 대하여 연못(해저드)보강공사라 주장하며 공사당시 현장사진, 계약서 등을 제출하였으나, 처분청은 동 공사가 골프장 운영시간 및 일정과도 밀접한 관련이 있고, 실제로 공사를 하였을 경우 청구법인의 사무실에서 확보된 전산파일의 세부내역에 공사시기별로 시간대와 실제 공사한 시간, 공사진척도가 기재되어 있었어야 하나, 공사비와 관련된 서류나 파일을 확인할 수 없어 가공경비에 해당한다는 의견이다. <표7> ㈜aaa 세금계산서 발급내용 (단위: 천원) (나) 처분청은 위 <표6> 공사내용과 관련하여 ㈜fff에 대한 금융조사를 실시하였는데, 확인된 계좌거래내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> ㈜fff 금융거래내용 (다) 처분청의 세무조사당시 청구법인의 공동대표인 eee은 문답서 작성과정에서 쟁점공사비에 대해 가공거래임을 인정하였고, 이에 대한 확인서를 서명․제출하였으나, 이 건 심판청구 심리일에 출석하여 진술을 번복하여 실지 공사가 있었던 것이라고 주장하고 있고, 처분청은 조사당시 공사와 관련한 구체적 자료 제출 내용이 없었으므로 실지 공사여부를 확인할 수 없었다는 의견이다. (라) 한편, 청구법인과 ㈜aaa, ㈜fff간의 특수관계 여부 및 거래처 조사(실지공사내용 확인 등) 내용 등은 확인되지 아니한다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 증명의 난이도나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결, 대법원 2013.10.31. 선고 2010두4599 판결 등 참조). 한편 법인세부과처분 취소소송에서 납세의무자가 증명활동을 하지 아니하고 있는 손금에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 증명의 부담을 지우는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 등 참조). 이 건에서 청구법인은 bbb이 실제 청구법인에서 근무하였으므로 쟁점인건비를 가공급여로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, bbb이 청구법인과 체결한 근로계약서가 확인되지 않았고, 실제 근무사실을 입증할 수 있는 결재서류나 출‧퇴근 기록, 비상연락망 기재사실 등이 확인되지 아니한 점, 청구법인의 사업장은 OOO이고 bbb의 거주지는 OOO인데 bbb이 청구법인의 사업장으로 출근한 사실을 확인할 수 있는 증빙이 없고, 청구법인의 사업장에는 bbb의 사무실이나 별도의 근무공간이 없는 것으로 확인되는 등 bbb이 청구법인에게 통상적인 근로용역을 제공한 것으로 보기 어려운 점, 조사관서의 이 건 세무조사시 bbb이 법인의 업무에 직접 관여한 사실이 확인되지 않았고, 결재서류에도 형식상 도장이 날인되어 있을 뿐, 실제 청구법인의 주요 의사결정은 회장인 ddd에 의해 이루어졌다는 사실이 청구법인의 공동대표인 eee(부사장)에 대한 문답(진술)서 작성 과정에서 확인된 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점인건비를 가공인건비로 보아 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

1. ㈜fff와의 거래내용을 살펴보면, 청구법인은 골프장 폐수처리장 및 사우나 배관공사 등을 하였고, 그에 관한 계약서 등 자료를 제출하였으나, 제출한 현장사진 자료에는 공사실시에 관한 사항이 나타나지 아니하고, 기타 공사사실을 확인할 수 있는 구체적 증빙이나 정황이 확인되지 아니하는 점, 처분청이 제출한 금융거래 조사내용을 보면, 청구법인이 입금한 공사대금이 입금 후 수일 내로 현금 인출되는 것으로 나타나고, ㈜fff의 부가가치세 신고 등에 관한 사항도 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 동 거래에 대해 실지 공사가 있었다고 보기는 어렵다 할 것이다.

2. ㈜aaa과의 거래내용을 살펴보면, 청구법인은 공사당시 현장사진(해저드 보수공사 등), 관련 계약서 및 대금지급 증빙 등을 제출한 사실이 있는 반면, 처분청은 eee의 확인서 이외에 뚜렷한 과세근거를 제시하지 못하는 점(eee은 확인서에 따른 진술을 번복하고 실지 공사를 주장하고 있다), ㈜aaa에 대한 금융조사가 이루어진 사실이 없고, ㈜aaa이 청구법인과 특수관계에 있다든지 기타 허위로 세금계산서를 수수할 만한 정황이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 eee의 확인서만을 근거로 하여 이 건 거래를 가공거래로 본 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.