청년등상시근로자와 청년등외 상시근로자의 고용증감 인원을 통산하여 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 쟁점세액공제 대상 상시근로자의 고용증가 인원 수를 산정하는 것으로 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분(부작위)의 당부

[주 문] OOO 세무서장이 조세특례제한법제29조의7 고용을 증대시킨 기업 에 대한 세액공제와 관련하여 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로 2019사업연도의 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제29조의7(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) 산정 시 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 쟁점규정을 적용하여 아래 <표1>과 같이 전체 상시근로자 증가인원(10.5명) 한도가 아닌 청년등상시근로자 외 상시근로자(이하 “비청년상시근로자”라 하며, 청년등상시근로자와 합하여 이하 “상시근로자”라 한다) 증가인원(16.92명)에 대해 세액공제를 적용하여 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 처분청에 경정청구를 하였다. <표1> 청구법인과 처분청의 쟁점세액공제 산정 비교(청구법인 제시) OOO
• 나. 처분청은 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 쟁점규정 제1항 및 기획재정부 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4.) 등에 따르면 쟁점세액공제 산정은 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 계산하도록 규정되어 있다는 이유로 2023.1.12. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 법률 제16835호로 개정된 쟁점규정을 적용하여 청구법인의 경정청구를 거부한 행위는 조세법의 대원칙인 조세법률주의와 국세기본법 제18조 (세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)에 어긋나는 부당한 처분에 해당한다. (가) 기획재정부 개정세법 해설에서는 고용증대세제의 합리적 운영과 세액공제금액의 명확화를 위하여 해당 법률 조항을 개정한다고 하면서 2020.1.1.이후 신고하는 분부터 적용이라 정하고 있다. (나) 일반적으로 예규는 세법의 추상성과 난해성을 보완하여 전국적으로 통일된 해석기준을 제시하여 행정의 효율성을 제고하고 납세자에게 이를 알기 쉽게 설명하여 납세자에게는 예측가능성을 보장하는 것으로 과세관청 내부에 대하여 구속력이 있고 납세자에 대한 법규적인 효력은 없다(대법원 1992.12.22. 선고 92누7580 판결).

(2) 입법의 미비 내지는 조세정책에 부합되지 않음을 이유로 적법하지 않은 예규에 근거하여 개정 법률 시행 시기 이전에 이미 납세의무가 성립한 과세기간에 개정된 법률을 소급하여 적용하는 것은 소급과세원칙에 어긋난다. 나. 처분청 의견

(1) 2019.12.31. 개정된 쟁점규정의 내용은 증가한 인원수 계산시 “증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다”라는 한도 규정을 일부 개정한 것으로 2020.1.1.부터 시행한다고 정하고 있는데, 개정 법률 이후 “이 법 시행일인 2020년 1월 1일 이후에 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것임”이라는 국세청 예규(서면-2020-법인-1503, 2020.11.19.)가 “고용증대세액공제액 산정시 한도 규정 적용 시기는 2020.1.1. 전 개시하는 과세연도에도 적용함”이라는 기획재정부 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4.)로 변경된바, 상급 기관인 기획재정부 예규에 따라 개정된 쟁점규정을 적용하여 한 이 건 거부처분은 타당하다. (2) 국세기본법 제18조 제3항 의 소급과세금지의 원칙은 세법의 과세관청에 의한 과세처분이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 하고 과세처분의 결과 납세자에게 조세부담등 경제적 불이익이 발생한 경우에 한하여 적용될 수 있다. 청구법인은 개정된 쟁점규정에 따른 기획재정부 예규가 고시되고 기획재정부 해석 변경에 따른 국세청 예규가 삭제된 2022.7.11. 이후에 쟁점세액공제에 대한 경정청구를 하였는바, 이는 소급과세금지의 원칙이 적용되기 위한 조건인 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 함에 부합하지 않는 것으로 어떠한 행위나 계산을 법률 개정 후에 행하였고, 기획재정부 예규가 고시된 이후 한도 규정이 있음을 충분히 인지하고 난 이후의 경정청구로서 소급 과세금지의 원칙에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 2019.12.31. 법률 제169835호로 개정된 조특법 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)의 규정을 적용하여 청구법인의 2019사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정된 것) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “청년등상시근로자”라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

• 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원
• 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제 받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 제17조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제29조의7 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다. (2) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정되기 전의 것) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견 기 업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금 액)

• 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원
• 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등 상시근로자의 수가 공제를 받은 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항 제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정 된 쟁점규정과 관련한 2020 개정세법 해설(2020년 3월 국세청 발간)의 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 개정된 쟁점규정과 관련한 2020 개정세법 해설의 내용 OOO

(2) 국세청 예규(서면-2020-법인-1503, 2020.11.19.)의 내용은 아래 <표3>과 같은바, 동 예규는 국세법령정보시스템상 “삭제사례”로 게재되어 있다. <표3> 국세청 예규(서면-2020-법인-1503, 2020.11.19.)의 내용 OOO

(3) 기획재정부 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4.)의 내용은 아래 <표4>와 같은바, 동 예규는 국세법령정보시스템상 “유지사례”로 게재되어 있다. <표4> 기획재정부 예규(조세특례제도과-322, 2022.5.4.)의 내용 OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점세액공제의 대상인 상시근로자의 고용증가 인원 수를 산정함에 있어 청년등상시근로자의 증감 인원 수와 비청년상시근로자의 증감 인원 수를 통산하여 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 산정하여야 한다는 의견이나, 청구법인이 경정청구를 제기한 2019사업연도 당시에는 쟁점규정에 “증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다”는 규정이 없었던 점, 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 조특법의 부칙에서 개정된 쟁점규정에 대해 개별적용례를 규정하지 아니한 채 제1조(시행일)에서 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하였고, 제2조(일반적 적용례) 제1항에서 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있어 개정된 쟁점규정은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것이고, 이 건 경정청구 대상 과세기간인 2019사업연도에는 적용되지 아니하는 것으로 보는 것이 타당한 점, 세액공제 대상 상시근로자 인원 수의 산정에 있어 납세자에게 다소 불리하게 개정된 쟁점규정을 2019사업연도에 대해서도 적용하는 것으로 해석할 경우 소급과세금지의 원칙을 위배할 소지가 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세액공제와 관련하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.