쟁점공사는 사용승인이 있은 이후에 별도의 설계변경이 없었던 것을 감안한다면 쟁점매입세금계산서와 관련한 공사용역은 202ㅇ ㅇ월경 제공완료된 것으로 보이는 점, 사용승인일이 쟁점공사의 잔금과 관련한 공급시기에 해당하는 점, 쟁점매입세금계산서는 부가가치세법령에 따른 ‘계약의 해지 등에 따라 공급가액의 변동 사유’가 발생한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
쟁점공사는 사용승인이 있은 이후에 별도의 설계변경이 없었던 것을 감안한다면 쟁점매입세금계산서와 관련한 공사용역은 202ㅇ ㅇ월경 제공완료된 것으로 보이는 점, 사용승인일이 쟁점공사의 잔금과 관련한 공급시기에 해당하는 점, 쟁점매입세금계산서는 부가가치세법령에 따른 ‘계약의 해지 등에 따라 공급가액의 변동 사유’가 발생한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점매입세금계산서는 부가가치세법 제32조 제7항 에 규정한 수정세금계산서로 판단되기에 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 부가가치세 부과처분은 이를 취소하여야 한다. 부가가치세법 제11조에 따르면 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.”고 규정하고 있어 부가가치세법 의 주된 내용인 과세거래 유형, 공급시기 및 과세표준, 세금계산서 발행 시기 등에 대한 판단은 거래당사자 간에 체결한 계약이 있는 경우 그 계약에 근거하여야 한다. 또한, 용역의 공급시기를 규정한 부가가치세법 제16조 및 같은 법 시행령 제29조의 규정을 살펴보면, 과세거래의 유형(일반적 용역의 공급, 완성도기준지급조건부 용역의 공급, 중간지급조건부 용역의 공급 등)과 이에 따른 공급시기․과세표준 등을 판단할 때, 실제 대금의 지급형태와 관계없이 당사자 간에 약정한 계약이 있는 경우 그 계약에 근거하여 과세거래의 유형 및 공급시기 등을 판단하고 있어 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부는 최초 계약서 및 변경계약서와 정산합의서에 근거하여 살펴보아야 한다. 용역의 공급시기에 대해 부가가치세법은 제16조에서 ‘일반적인 용역의 공급’의 경우에는 ‘역무의 제공이 완료되는 때’(제1항 제1호)를 공급시기로 보고 있고, 같은 법 시행령 제29조 제1항 단서에서 ‘완성도기준조건부’ 또는 ‘중간지급조건부’로 용역을 공급하는 경우에도 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제34조 제1항 에 따르면 ‘세금계산서는 제16조에 따른 용역의 공급시기에 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.’고 규정하고 있다. 부가가치세법 제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조에 따르면 수정세금계산서 발급사유를 ① 세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적은 경우(착오 사유) ② 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우(정정사유)로 나누고, 그 발급사유가 발생하는 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있다. 그런데, 당초의 세금계산서의 경우 원칙적으로 부가가치세법 제34조 에 의해 ‘용역의 공급 시기’까지, 예외적으로 부가가치세법 시행령 제75조 제7항 에 의해 ‘용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내’ 발급할 수 있는 것으로 규정되어 있고, 수정세금계산서의 경우에도 같은 법 시행령 제70조에서 ‘필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우’(제6호)에는 ‘재화·용역의 공급일이 속하는 과세기간의 확정신고기한 다음날로부터 1년 이내 작성’하여야 한다고 규정하여 그 발급기간에 특별한 제한을 두고 있으나, ‘필요적 기재사항이 착오로 잘못 적힌 경우’(제5호), ‘처음 공급한 재화가 환입된 경우’(제1호), ‘계약의 해제로 재화·용역이 공급되지 아니한 경우’(제2호), 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우’(제3호)에는 수정세금계산서를 언제까지 발급하여야 하는지 부가가치세법에 별도 명문 규정이 없어 수정세금계산서 발급에 특별한 기간의 제한을 두고 있지 않은 것으로 해석된다. 그러므로, 수정세금계산서는 법 논리상 당초 세금계산서의 발급을 전제로 하고 있고, 또한 사인 간의 계약에 관하여 규정한 민법 제543조 (해지, 해제권) 및 제544조(이행지체와 해제) 등의 규정 등을 살펴 볼 때 당사자 간에 합의한 계약은 쌍방이 채무의 이행을 종료하여 계약이 종료되는 날까지는 기존 계약(변경에 관한 조항, 해지·해제에 관한 조항 등)에 의한 변경·해지 또는 당사자 간 새로운 합의나 법원 판결에 의해 계약 내용의 변경·해지 등이 일어날 수 있고, 나아가 납세자에게 자기 시정의 기회를 부여하는데 의의가 있는 부가가치세법제32조 제7항(수정세금계산서)의 입법취지를 고려할 때 수정세금계산서는 당초 세금계산서 발급 시기인 용역의 공급시기 이후부터 계약의 종료일까지의 기간 이내에는 세법이 규정한 수정세금계산서 발급사유가 발생하는 경우 언제든지 발급할 수 있다. 쟁점공사의 용역의 공급완료일은 계약에 따라 AAA-주가 쟁점공사를 완료한 후 궤도시설사업 준공검사를 받아 그 시설물을 청구법인에게 인도한 2022.4.14.로 판단된다. 그리고, 쟁점공사와 관련하여 쌍방이 합의한 ‘최초 계약’ 및 ‘1차 변경 계약’의 “도급 계약 특수조건” 제7조는 아래와 같기에 쟁점공사의 계약의 종료일은 위 특수조건 제7조에 기초하여 살펴보아야 하는데 ① 준공일 이전에 공사비의 증액이 있는 경우에는 그 증액된 공사비까지의 지급이행이 완료되는 날이 계약의 종료일이고, ② 준공일 이전에 공사비의 증액이 없는 경우에는 수급인의 추가관리비(강산삭도 공사비의 9%)까지 그 지급이행이 완료되는 날이 쟁점공사와 관련한 계약의 종료일에 해당하기에 쟁점공사 계약종료일은 청구법인이 강산삭도 공사비의 9%를 적용․산정한 AAA-주 추가관리비 OOO원(부가가치세 포함)과 2차 설계변경으로 인한 추가공사비 OOO원(부가가치세 포함)을 모두 지급한 2022.11.3.로 판단된다. (변경) 도급계약 특수조건 제7조 “ 수급인”의 공사비 증액분은 기존원가계산서상의 산출비율로 확정키로 하며, 간접비 정산은 없는 것으로 한다. 또한, 강산삭도 공사비(공급가 기준)의 9%를 수급인의 추가공사비로 확정지급하기로 한다. 그러므로 쟁점공사와 관련한 수정세금계산서는 용역의 공급시기인 2022.4.14.부터 계약의 종료일인 2022.11.3.까지 기간 이내에 수정세금계산서 발급사유가 발생하는 경우에는 수정세금계산서의 발급이 가능한 것으로 판단된다. 부가가치세법 제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조의 수정세금계산서 발급 사유와 그 발급 절차를 살펴보면 아래 표와 같이 ① 착오 사유가 있는 경우에는 당초 세금계산서의 오류를 바로잡기 위하여 당초 발급 일자에 당초 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 적색 또는 음(-)의 표시를 하여 발급하고 ② 정정 사유가 있는 경우에는 당초 세금계산서 발급 당시 존재한 오류의 시정이 아니라 후발적 사유로 인한 정정 사유에 해당하기에(내국신용장 개설은 예외 적용) 그 정정 사유 발생일자에 증감되는 금액만을 새로이 발급한다. 구분 구체적 내용 수정 세금계산서 작성일 수정 세금계산서발급방식 부가 가치세법 시행령 제70조
① 착오 사유 필요적 기재사항, 착오로 오기 당초 작성일 당초(적색) 수정(흑색) 제1항 5호 필요적 기재사항, 착오 외의 사유로 오기 당초 작성일 당초(적색) 수정(흑색) 제1항 6호 착오로 전자세금계산서 이중 발급 당초 작성일 당초(적색) 제1항 7호 면세 등을 발급한 경우 당초 작성일 당초(적색) 제1항 8호 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우 당초 작성일 당초(적색) 수정(흑색) 제1항 9호
② 정정 사유 처음 공급한 재화가 환입된 경우 환입일 수정(적색) 제1항 1호 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 계약 해제일 수정(적색) 제1항 2호 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가·차감되는 금액이 발생한 경우 증감 사유 발생일 차감(적색) 추가(흑색) 제1항 3호 과세기간 종료 후 25일 이내 구매확인서등이 개설된 경우 당초 작성일 과세(적색) 영세(흑색) 제1항 4호 <표1> 수정세금계산서 발급사유 및 발급 절차 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제3호 에서 ‘계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우’에는 “증감사유가 발생한 날을 작성일”로 적고 ‘추가되는 금액은 검은색 글씨로 발급’한다고 규정하고 있는데, 이 경우 “계약의 해지 등”이란 표현으로 본 규정이 예시 규정으로 보여 “계약의 해지” 외에도 해지와 같이 당초 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생할 수 있는 계약의 변경·재판상의 화해·판결 등을 모두 포함하는 것으로 해석된다. “1차 변경 계약” 제20조(설계변경으로 인한 계약금액의 조정)는 “설계서의 내용이 공사현장의 상태와 일치하지 않거나 불분명, 누락, 오류가 있을 때 또는 사업계획의 변경 등으로 인하여 추가 시설물(가설구조물을 포함)의 설치가 필요한 때에는 도급인은 설계를 변경할 수 있다.”(제1항), “제1항의 설계변경으로 인하여 공사량의 증감이 발생한 때에는 다음 각 호의 기준에 의하여 계약금액을 조정하며, 필요한 경우 공사기간을 연장하거나 단축한다.”(제2항)고 규정하고 있으며, “(변경)도급계약 특수조건”에서 “기타 도급계약에 표기되지 않은 부분은 별첨된 견적내역서상의 견적 기준 및 조건에 의하여 향후 설계 변경 등에 반영한다.”(제6조), “ 수급인의 공사비 증액분은 기존원가계산서상의 산출비율로 확정하기로 하며, 간접비 정산은 없는 것으로 한다, 또한 강산삭도 공사비(공급가기준)의 9%를 수급인의 추가공사비로 확정 지급키로 한다.”(제7조)고 규정하고 있어, 계약상으로 준공일 이전에 설계변경으로 추가공사비가 발생하는 경우에는 추가공사비와 AAA-주의 추가관리비(강산삭도 공사비의 9%)를 1차 설계 변경 계약금액과는 별도로 정산하여 지급하기로 사전 약정하고 있다. 그리하여, 청구법인은 AAA-주와 사전 약정(특약)에 따라 계약의 종료일 이전인 2022.11.1. 상호정산 합의하여 당초 계약금액을 변경하고 추가공사비를 지급하였기에 “정산합의서”에 의한 계약금액의 변경이 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제3호 의 수정세금계산서 발급 사유인 계약의 해지 등에 따라 공급가액이 추가되는 경우에 해당하여 같은 법 시행령 제70조 제1항 제3호에 규정한 수정세금계산서 발급 절차에 따라 그 증감 사유가 발생한 날을 작성일로, 추가되는 금액을 공급가액으로 하여 발급한 쟁점매입세금계산서를 수취하였다. 따라서, 쟁점매입세금계산서를 당초 작성일자로 소급하여 발행한 것이 아니기에 수정세금계산서로 볼 수 없다는 처분청 의견은 수정세금계산서의 발급 사유와 발급절차를 규정한 부가가치세법 시행령 제70조 의 법리를 오해한 것이므로 부당하다. 부가가치세법에 따라 사업자가 과세 용역을 공급받고 세금계산서를 수취한 후 변경된 계약에 의해 당초의 공급가액에 추가되는 금액이 발생하는 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정 교부받을 수 있기에 청구법인이 계약을 변경하고 그 변경계약일로 발급받은 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니라 수정세금계산서로 판단되므로 이 건 처분은 취소하여야 한다. (2) 국세기본법 제55조 제1항 에서 심판청구 대상에서 제외되는 처분 외에는 그 처분의 취소 또는 변경 등을 청구할 수 있도록 규정하고 있어 조사 단계에서는 주장하지 못한 것도 심판청구 단계에서 자유롭게 주장할 수 있기에 심판청구 단계에서 수정세금계산서라고 새롭게 주장하였다고 하여 그 사실 여부에 대한 판단 없이 수정세금계산서라는 주장은 배척할 수 없다. 처분청은 2022.3.31. 및 2022.4.5. (변경)공사원가계산서 작성일자에 2차 설계변경에 의한 공사금액을 AAA-주 및 청구법인이 합의하여 정산ㆍ확정한 것이라 보아 이에 기초하여 2023.3.31. 및 2022.4.5. 발급받지 아니하고 2022.11.1. 발급받은 쟁점매입세금계산서는 수정세금계산서가 아니라 주장하는데 이는 아래와 같이 처분청이 판단의 근거로 삼은 (변경)공사원가계산서의 법적 성질 및 정산에 관한 사실관계를 오해하고 한 위법한 의견이다. 변경공사원가계산서는 시공사인 AAA-주 일방이 작성한 서류로서 견적서 내지는 제안서와 같이 계약(합의) 전에 상대방에게 자신의 의사를 제안하는 기능을 가진 문서일 뿐 쌍방이 합의한 도급계약서 내지는 정산합의서와 같이 거래당사자를 구속하는 법적 효력이 없다. 만일 변경공사원가계산서가 쌍방합의한 정산서와 동일한 법적 효력이 발생하였다면 2022.3.31. 및 2022.4.5.로 공사금액이 각 확정되었기에 AAA-주가 그 이후 청구법인에게 정산확정을 종용할 이유가 전혀 없고 대금의 독촉만이 필요함에도 불구하고, 2022.4.5. 이후부터 2022.11.1. 정산합의 전까지 계속적으로 청구법인에게 공문을 발송하여 정산금액의 확정을 종용하였기에 AAA-주 일방이 작성한 변경공사원가계산서를 청구법인이 그 작성일자에 정산ㆍ합의한 사실이 없음이 확인된다. 처분청이 제시한 기안지를 보면 청구법인이 AAA-주의 2022.7.12. 공문을 받고 정산을 요청받은 금액에 대한 수용 여부를 대표이사에게 품의한 내부 기안문으로 위 기안지의 정산설계 변경금액에 OOO원(부가가치세 별도)으로 기재되어 있고, 총괄표의 최초 제출(2022.4.5.)의 금액 하단 계의 금액이 OOO원으로 기재되어 있는데 이러한 금액은 모두 부가가치세 별도 금액이기에 부가가치세를 포함한 금액으로 합산하면 총괄표의 최초 제출(2022.4.5.)의 금액 하단 계의 금액이 OOO원, 조정 후 제출(2022.7.1.) 금액 하단 계의 금액이 OOO원이다. 따라서, 기안지의 내용을 볼 때 2022.4.5. AAA-주가 정산을 요청한 금액은 OOO원(부가가치세 별도)가 아니라 OOO원임이 확인되고 2022.4.5. 변경공사원가계산서 작성일자에 청구법인이 그 변경공사원가에 대한 정산을 합의하지 아니한 사실과 2022.7.12. 현재에도 최종 정산을 하지 아니한 사실이 충분하게 확인된다. 그러므로, 2022.3.31. 및 2022.4.5. 변경공사원가계산서 작성일자에 각 공사금액이 쌍방합의하에 정산 확정되었기에 변경공사원가금액 OOO원(부가가치세 별도)이 2022.4.5. 최종 확정된 것으로 본 처분청의 의견은 사실관계를 오인함에서 비롯된 것이고, 이에 따라 2022.3.31. 및 2022.4.5. 세금계산서를 발급받지 않아 수정세금계산서도 발급받을 수 없다고 본 처분청 의견도 사실관계를 오해한 것이다. 그리고, 처분청은 2차 설계변경으로 인한 공사금액이 2022.3.31. 및 2022.4.5. 확정되었음에도 2022.3.31. 및 2022.4.5. 세금계산서를 발급받은 사실이 확인되지 아니하기에 당초 세금계산서를 수정하는 수정세금계산서도 발급받을 수 없고, 수정세금계산서를 발급받는다 하더라도 그 변동사유가 발생한 날(2022.3.31., 2022.4.5.) 다음달 10일까지 발급받거나 아니면 당초 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음날부터 1년 이내에 세금계산서를 발급받고 경정청구를 하여야 하는데 심판청구일 현재 이를 경과하였으므로 수정세금계산서 발급이 불가하다는 의견이다. 그러나, 앞서 살펴본 바와 같이 변경공사원가계산서를 작성한 2022.3.31. 및 2022.4.5. 현재 변경공사원가에 대하여 쌍방이 그 정산을 합의한 사실이 없고, 1차 변경계약에 의한 공사금액 OOO원(부가가치세 포함)에 대한 최종 세금계산서를 2022.3.31. 발급받아 1차 변경계약의 공사금액에 대한 세금계산서를 전부 수취하였기에 2022.3.31. 및 2022.4.5. 변경공사원가계산서에 대한 쌍방 합의가 없는 상태에서 그날로 추가 발행한 세금계산서를 발급받는 경우 오히려 그 추가 발급받는 세금계산서야말로 계약상 원인 없이 임의로 발급된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 청구법인은 2022.1.1.이 용역의 공급시기이거나, 공급시기 이후 설계변경이 있었음을 주장하는 것이 아니라 공급시기 이전에 이루어진 설계변경으로 인한 추가 공사금액에 대하여 그 정산이 공급시기 이후에 이루어져 그 정산일자에 발행한 쟁점매입세금계산서는 부가가치세법령에 따른 수정세금계산서 발급사유와 발급절차에 따라 발행한 수정세금계산서라고 주장하는 것이다. 처분청은 쟁점공사의 용역의 공급완료일을 상하부 정류장 건축물의 사용승인일인 2022.4.5.이라는 의견이나, 쟁점공사의 공사명이 OOO 케이블카 건설공사 중 상하부승강장 및 삭도설치공사인 것과 케이블카 운행의 필수시설은 ‘삭도설비’이고, 궤도시설준공검사를 받지 아니한 경우에는 궤도운송영업을 할 수 없는 점 등을 고려할 때 실질적으로 쟁점공사의 공급완료일은 허가권자인 OOO군수로부터OOO계획시설(궤도시설)사업 준공검사필증을 교부받은 2022.4.14.이다. AAA-주는 쟁점공사와 관련하여 청구법인과 2020.3.18. 최초로 계약을 체결하고 2021.11.3. 설계변경으로 인한 1차 변경계약을 체결하여 공사를 진행하였으며, 준공이 임박한 2022.4.5. 변경도급계약서의 변경도급계약 일반조건 제20조에 규정한 2차 설계변경에 따른 추가공사비와 변경도급계약 특수조건 제7조에 따른 AAA-주의 추가 관리비를 그 내역인 공사원가계산서를 첨부하여 청구법인에 청구하였으나, 청구법인과 그 추가 공사금액에 대한 합의가 이루어지지 않은 상태에서 2022.4.14. 용역의 공급이 완료되었으며, 1차 도급계약금액(OOO원)에 대한 세금계산서는 2022.3.31.까지 모두 발행되었다(총 16회, 총발행금액: 공급대가 OOO원). AAA-주의 2차 설계변경으로 인한 추가공사비 및 추가관리비의 정산요청에 대하여 청구법인과 AAA-주가 약 6개월여 기간 동안의 협의과정을 거쳐 2022.11.1. 최종 총공사비를 OOO원(부가가치세 포함)으로 정산합의하였기에 AAA-주는 이러한 정산합의일(2022.11.1.)에 증액된 공사금액에 대한 쟁점매입세금계산서를 발행하고 청구법인은 2022.11.3. AAA-주에 해당 금액을 지급하였다. 따라서, 부가가치세법 제11조 제1항 에 따르면 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것이고, 2차 설계변경에 의한 추가공사비 및 추가관리비의 지급을 2021.11.3. 변경계약 일반조건 제20조 및 특수조건 제7조에서 사전약정하고 있어, 수정세금계산서 발급사유를 정한 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제3호 전단의 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가(또는 차감)되는 금액이 발생한 경우로 수정세금계산서 발급절차를 규정한 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제3호 후단에 따라 증감사유가 발생한 날(2022.11.1.)을 작성일로 한 것인바, 쟁점매입세금계산서 발급은 적법하다.
(2) 2022.4.5.(사용승인일) 공급가액이 확정된 것으로 보아 이루어진 이 건 부가가치세 부과처분의 타당성에 대해 살펴본다. 청구법인은 쟁점공사의 사용승인일(2022.4.5.)에 공급가액이 확정되지 않아 AAA-주가 기성청구를 하지 않았고, 세금계산서도 발급하지 않았다고 주장하나, 변경공사원가계산서에 의하면, 2022년 3월 설계변경에 따른 공사도급금액의 변동이 있었음이 확인되고 이후 2022.4.5. 사용승인이 완료된 이후 추가적인 설계변경은 이루어지지 않았다. 또한, 2022년 7월 내부 기안문에서 알 수 있듯이 2022.4.5. 도급설계변경 및 정산이 이루어진 것으로 확인됨에도 2022.4.5.(사용승인일) AAA-주에서 세금계산서를 발급한 내역은 없다. 청구법인이 2022.11.3.까지 계약기간이 남아 있다고 주장하는 근거로 강산삭도(주)의 관리비 추가지급요건 관련 계약서상 내용을 언급하였으나, 2020년 3월 최초 도급계약서상 특수조건, 2021년 11월 변경 도급계약서상 특수조건의 내용을 보면 이는 ㈜강산삭도의 관리비 추가지급과 관련한 내용으로 쟁점매입세금계산서의 용역의 공급시기, 공사도급금액 최종 정산 등과는 무관한 내용으로 보이므로 이러한 내용을 근거로 쟁점공사의 계약기간이 남아 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 청구법인은 2022.4.5.(사용승인일)까지 공급가액이 확정되지 않았고, 정산합의한 2022.11.1. 공급가액이 확정되었으므로 계약기간이 남아 있다고 주장하나, 처분청은 2023.5.10. ‘추가자료 제출요구’ 공문을 발송하여 2023.5.17. 청구법인으로부터 추가자료를 제출받았다. 청구법인은 조기환급신청 관련하여 2023.2.2. 처분청에 기성 정산합의서를 제출하였으나, 최종 도급계약서는 제출하지 않았고, 처분청이 2023.5.17. 추가자료 제출을 요구하자 환급신청 시 및 현장확인 과정에서 제출한 적 없는 최종도급계약서를 2023.5.17. 제출하였다. 청구법인이 제출한 정산합의서의 수정일자(2022.11.3.)와 최종도급계약서상 수정일자(2023.5.17.)가 상이한 것으로 확인되고, 청구법인은 전산상 최종 수록한 일자와 작성일자를 동일시 할 수 없다고 주장할 수 있으나, 최종도급계약서를 조기환급 신청 시 또는 현장확인 과정에서 제출하여야 함에도 이를 제출하지 아니하다가 2022.11.1. 수취한 쟁점매입세금계산서가 쟁점이 되자 2023.5.17. 제출하였는데 이는 최종계약서를 2022.11.1.로 소급하여 작성하여 제출한 것으로 보이므로 최종계약서 작성만으로 쟁점공사 계약기간이 남아 있다고 볼 수 없다. 쟁점공사에 대한 설계변경은 2022년 3월에 이루어져 2022.4.5.(사용승인일) 이후에 설계변경이 추가로 이루어지지 않았고 사용승인일에 AAA-주는 세금계산서를 발급한 사실이 없다. 용역의 공급이 완료된 시기에 세금계산서를 발급한 사실이 없음에도 2022.11.1. 계약의 해지 등에 따라 공급가액 증감 사유가 발생하였으므로 쟁점매입세금계산서가 수정세금계산서에 해당한다는 청구주장은 납득하기 어렵다. 쟁점공사는 완성도기준지급조건부 용역의 공급으로 용역의 공급시기는 2022.4.5.(사용승인일)이고, 사용승인일 이후 공급가액을 확정하기 어려운 계약 등의 해지, 지체상금, 하자 보수, 미시공부분, AAA-주와 소송의 진행 등 공급가액이 변동된 사유가 발생한 사실이 없는 것으로 나타난다. 따라서, 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 날인 2022.4.5.(사용승인일)이고, 사용승인일 이후 공급가액이 확정하기 어렵다는 특별한 사정이 없으므로 쟁점매입세금계산서는 용역의 공급이 완료된 이후 발급한 것으로 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 매입세액 불공제 대상이다. 청구법인은 과세사실판단자문 신청 시 쟁점매입세금계산서는 부가가치세법 시행령 제29조 제2항 제1호 의 규정을 적용하여, ‘역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정된 때’인 2022.11.1.를 공급시기라 주장하다가 이 건 심판청구를 제기하면서 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제3호 의 규정을 적용하여 ‘계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우’라 하는 등 일관성 없는 주장을 하고 있다. 따라서, 청구법인은 부가가치세법 제16조 에 따르면 용역의 공급시기는 ‘역무의 제공이 완료된 때’인 것임을 간과하고, 대금결제일에 맞추어 발급된 쟁점매입세금계산서를 적법한 수정세금계산서라 주장하나, 이는 부가가치세법령에 따른 계약의 해지 등에 따라 공급가액 증가사유가 발생한 것으로 보기 어려우므로 청구주장은 이유 없다.
(3) 청구법인은 AAA-주로부터 2022.3.31. 및 2022.4.5. 변경공사원가계산서에 대한 쌍방합의가 없는 상태에서 세금계산서를 발급받을 수 없다고 주장하나, 사업자는 과세대상이 되는 용역을 공급하는 시기에 세금계산서를 발급하는 것이지, 매출자와 매입자 간의 합의를 전제로 하는 것은 아니므로 AAA-주는 2022.3.31. 또는 2022.4.5. 쟁점공사가 완료된 시점에 세금계산서를 발급하여야 함에도 이를 발급하지 않았으므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 청구주장과 같이 쟁점매입세금계산서가 수정세금계산서에 해당한다면 수정세금계산서 “계약의 해지 등” 사유에 해당하는지 여부에 대한 검토가 선행되어야 한다. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 계약의 해지 등 법령에 “등”이 있다는 이유로 용역의 공급시기가 상당시간 지난 후 세금계산서를 교부받을 수 있다고 폭넓게 해석할 수 없다. 청구법인이 제출한 2022.11.1. 정산합의서의 내용만으로 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생하였다고 볼 수 있는지 검토가 이루어져야 한다. 도급계약서상 설계변경, 물가변동, 시공 물량의 증감 등 사유에 해당한다면 당초 계약금액이 변경된 것으로 볼 수 있으나, 2022.11.1. 작성된 정산합의서상 단순히 공사금액 정산만으로는 공급가액 증감 사유에 해당되지 않는 것으로 보인다. 따라서, 이미 공사가 완료된 쟁점공사에 대한 기성분에 대한 공급가액의 변동이 있거나 추가적인 공사 용역의 제공으로 발급한 것이 아닌 쟁점매입세금계산서는 부가가치세법 시행령 제70조 에서 규정한 수정세금계산서 발급 사유에 해당되지 아니하고, 단순히 청구법인과 AAA-주 간의 대금 정산 등의 사유로 발급하였기에 적법하게 발급된 수정세금계산서로 볼 수 없다. 쟁점매입세금계산서가 적법한 수정세금계산서에 해당하려면 용역의 공급시기인 2022년 4월 또는 세금계산서 발급 특례조항에 따라 실제 거래가 있는 시기(2022년 4월)의 다음 달 10일까지 발급되었어야 함에도 청구법인의 시공사 AAA-주는 당초 세금계산서를 발급한 사실이 없으므로 쟁점매입세금계산서를 수정세금계산서로 볼 수 없다. 수정세금계산서는 재화나 용역의 공급시기에 적법하게 작성 및 교부된 세금계산서에 착오 기재내용 등을 수정하기 위한 것이므로 거래 당시 세금계산서를 발급하지 않은 경우 또는 적법하게 작성 및 발급한 세금계산서가 아닌 경우에는 그에 대한 수정세금계산서를 발급할 수 없다 할 것이다. 따라서, 쟁점매입세금계산서를 용역의 공급시기 이후에 발급된 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 부인한 이 건 처분은 정당하다. AAA-주가 건설공제조합 OOO지점에 제출한 하자보수보증서상 쟁점공사 계약금액은 OOO원이고, 하자보증서상 계약이행기일인 2022.3.31.이 쟁점공사에 대한 준공검사완료일로 해당 일자에 공사금액이 확정된 것으로 판단된다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에 따라 세금계산서를 발급하려면 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.
③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 전자세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.
④ 제2항에도 불구하고 전기사업법 제2조제2호 에 따른 전기사업자가 산업용 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 전자세금계산서임을 적은 계산서를 발급하고 전자세금계산서 파일을 국세청장에게 전송할 수 있다. 이 경우 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 제3항에 따른 발급명세를 전송한 것으로 본다.
⑤ 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 전자세금계산서 발급명세를 전송할 수 있다.
⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제34조(세금계산서 발급시기) ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.
② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.
③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.
1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우
3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(중략)
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.
1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우
2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우
3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우
4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우
② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때(중략) 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
1. 처음 공급한 재화가 환입(還入)된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급
3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급(중략) 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.(중략)
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우(중략)
7. 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도 그 세금계산서의 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우
(1) 청구법인이 2022년 11월 AAA-주로부터 쟁점매입세금계산서를 수취한 것에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 청구법인이 제출한 정산합의서(2022.11.1.)의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (나) 청구법인이 제출한 OOO 케이블카공사와 관련한 감리보고서에 따르면 쟁점공사의 공사기간은 2022.2.15.까지이고, 공사완료일은 2022.3.31.으로 나타난다. (다) 처분청의 심리자료에 따르면 청구법인과 AAA-주와의 공사원가계산서의 작성일자 및 도급금액은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점공사의 공사원가계산서 내역 ㅇㅇㅇ (라) 쟁점공사 도급계약서상 특수조건(강산삭도 주식회사 관련)의 주요 내용은 아래와 같음 ㅇㅇㅇ (마) 처분청의 심리자료에 따르면, 과세사실판단자문위원회는 2023.7.6. 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세하는 것으로 의결하였고, 의결사유는 쟁점매입세금계산서는 용역의 공급이 완료된 이후에 발급된 것으로서 그 공급시기가 사실과 다른 세금계산서이기 때문으로 나타난다. (바) 청구인이 제출한 OOO계획시설(궤도시설)사업 준공검사필증을 보면 쟁점공사의 완료일은 2022.4.4.이고, 해당 공사필증은 2022.4.14. 발급된 것으로 되어 있다. (사) AAA-주가 청구법인에게 송부한 잔여공사비 지급요청(2022.8.5.)의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (아) 청구법인이 제출한 잔여공사비 지급요청에 대한 회신(2022.8.10.)의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (자) 처분청 심리자료에 따르면 AAA-주가 건설공제조합 OOO지점에 제출한 하자보수보증서(보증기간: 2022.4.8.부터 2024.4.7.까지 등, 발급일: 2022.11.3.) 상 계약 금액은 아래의 <표3>과 같다. <표3> 하자보수보증서상 계약내역(쟁점공사) ㅇㅇㅇ (차) 청구법인의 기안서를 살펴보면, AAA-주(상, 하부정류장+삭도공사)의 도급설계변경(정산)은 2022.7.1. 당초 대비 OOO원(부가가치세 별도) 증액된 것으로 기재되어 있다[결재란에 본부장만 서명이 되어 있고, 나머지 업무담당자(담당, 팀장, 부대표, 대표) 서명은 미기재되었다].
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아닌 수정세금계산서이므로 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 부가가치세법 제16조 제1항 제1호 에 따르면 ‘역무의 제공이 완료되는 때’를 용역이 공급되는 시기로, 같은 조 제2항에서 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 공급시기는 대통령령으로 정하도록 규정하면서 같은 법 시행령 제29조 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제20조 제1호에서 중간지급조건부 거래의 경우 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 각각 규정하고 있다. 쟁점공사를 담당한 AAA-주의 공문 및 쟁점공사에 대한 공사원가계산서를 살펴보면 사용승인일(2022.4.5.) 당시 쟁점공사에 대한 원가증액분은 쟁점매입세금계산서상 공급대가인 OOO원으로 확인되고, 쟁점공사는 2022.4.5. 사용승인이 있은 이후에 별도의 설계변경이 없었던 것을 감안한다면 쟁점매입세금계산서와 관련한 공사용역은 2022년 3월경 제공완료된 것으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 변경도급계약서(2021년 11월) 등을 살펴보면 계약보증금은 공사계약금액의 10%이고, 기성부분금은 1월에 1회(단, 최소 기성고 OOO원 이상 시 신청 가능, 단 계약금액의 90%까지 지급 후 10%는 허가권자의 사용승인 후 지급)이며, AAA-주는 2022.3.31.까지 청구법인에게 총 16회에 걸쳐 세금계산서를 발급하였는바, 사용승인일이 쟁점공사의 잔금과 관련한 공급시기에 해당하는 점, 청구법인이 제출한 잔여공사비 지급요청에 대한 회신(2022.8.10.) 및 정산합의서(2022.11.1.) 등에 따르면 쟁점공사와 관련한 공사비용은 2022.11.1. 전에 이미 확정되었고, 청구법인은 쟁점공사 잔금 등에 대한 공급시기 이후인 2022년 11월에 해당 공사대금을 지급한 것으로 나타나므로 쟁점매입세금계산서는 부가가치세법령에 따른 ‘계약의 해지 등에 따라 공급가액의 변동 사유’가 발생한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세금계산서를 용역의 공급시기 이후에 발급된 사실과 다른 세금계산서로 보아 매출세액에서 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.