사업주가 근로소득세 등을 대납하는 네트방식의 근로계약이 봉직의 채용시장에서 일반적인 관행으로 존재하였다는 사실을 부인하기는 어려워 보이고, 이 사건의 경우 쟁점소득세는 청구인이 임의로 대납한 것이 아니라 이 건 봉직의들과의 쟁점근로계약에 따라 지급된 것으로서 그 성격상 급여와 다르게 취급하여야 할 이유가 없고, 청구인은 당초 총급여액에 포함하지 아니하였던 쟁점소득세를 각 해당 봉직의 임금으로 보아 근로소득에 포함하는 내용의 수정신고를 하였고, 증가한 근로소득세 과세표준에 따라 추가로 발생한 근로소득세액을 모두 원천징수 및 납부한 것으로 확인되는 점, 청구인이 쟁점소득세에 대하여 봉직의들을 상대로 구상권을 행사하기도 어려워 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] 수영세무서장이 2022.12.5. 청구인에게 한 2017년∼2020년 귀속 종합소득세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2022. 10.16.까지 청구인의 근로소득 원천징수세액 과소신고혐의 과세자료에 대한 서면확인을 실시하여, 청구인이 2017년∼2019년 기간 동안 쟁점근로계약에 따라 봉직의들의 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원(2017년 OOO원, 2018년 OOO원, 2019년 OOO원의 합계로 이하 “쟁점소득세”라 한다)을 대납한 사실을 확인하였고, 청구인은 2022.10.6. 처분청에 쟁점소득세를 근로소득 지급액에 포함하여 원천징수이행상황 신고서를 수정신고 하면서, 쟁점소득세는 근로계약에 따라 청구인이 부담한 급여상당액이므로 이를 청구인의 필요경비로 인정하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.12.5. 이를 거부하였다.
(1) 청구인이 대납한 쟁점소득세 상당액은 근로계약 조건에 따라 청구인이 부담하여야 할 것이므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다. (가) 봉직의와의 네트(net)방식 근로계약은 의로계의 일반적인 관행이고, 쟁점소득세를 이 건 봉직의들의 근로소득에 합산하여 원천징수의무를 이행한 이상 그 본질은 인건비이다.
1. 사용자와 근로자가 근로계약을 함에 있어서 급여의 책정이나 지급방식 등은 사적자치의 영역이므로 그것이 근로기준법 등 다른 법령에 위반되지 않는 이상 이를 규제할 수 있는 것은 아니고, 쟁점근로계약과 같은 네트방식의 계약은 병원 운영자의 필요가 아니라 의사들의 요구에 따라 일반적으로 행해지고 있는 형태인데도 처분청은 아무런 근거 없이 이러한 의료계의 관행 자체를 부인하고 있다. 또한 네트방식의 근로계약과 관련하여 이미 대법원은 사업주가 대납한 근로소득세 등은 임금총액에 포함되어야 한다고 판시한 바 있다(대법원 2021.6.24. 선고 2016다 200200 판결).
2. 소득세법제27조 제1항에서 규정하고 있는 사업소득의 필요경비는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 비용을 말하고, 여기에서 ‘통상성’, 즉, ‘일반적으로 용인되는 통상적’인 비용이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 사업자도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하는 것으로서, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결 외 다수), 대부분의 봉직의들이 고용계약을 함에 있어서 세후 실수령액을 기준으로 급여를 산정하고 있는 관행 등에 비추어, 청구인과 이 건 봉직의 간 쟁점근로계약이 결코 통상성을 벗어나는 것이라 볼 수 없고, 이러한 측면에서 쟁점소득세는 그 실질이 인건비라 보는 것이 타당하다. (나) 쟁점소득세는 약정에 따라 지급된 금액으로 이를 필요경비로 인정하지 않는다면 중복과세에 해당한다.
1. 쟁점소득세는 청구인이 임의로 대납한 것이 아니라 이 건 봉직의들과의 근로계약에 따라 급여보전의 목적으로 지급된 것으로서, 일반적으로 의료계 등에서 이루어지고 있는 관행이고, 쟁점소득세에 대하여 청구인이 이 건 봉직의들을 상대로 구상권을 행사할 수 있는 것도 아니며, 근로계약에 따라 청구인이 지출한 것으로서 그 성격상 급여와 다르게 취급할 이유가 없다. 2) 소득세법 기본통칙(20-0…4, 사용자가 부담한 소득세 등의 소득구분)은 근로자가 부담하여야 할 급여에 대한 소득세 등을 사용자가 부담한 경우 이를 당해 근로자의 근로소득으로 보도록 규정하고 있는데, 이에 따라 청구인은 쟁점소득세를 이 건 봉직의들의 근로소득으로 보아 소득세를 원천징수하였음에도 불구하고 이를 필요경비에 산입하지 아니하는 것은 중복과세이다. 처분청은 쟁점소득세가 소득세법 기본통칙 33-0…1(소득세 등의 필요경비 불산입)에서 규정하고 있는 “원천징수의무자가 원천징수액을 징수하지 아니하고 대신 납부한 경우”에 필요경비에 산입할 수 없다는 규정을 근거로 경정청구를 거부처분을 하였으나, 해당 통칙은 법률상 납세의무 없는 자가 비용을 부담하는 경우 업무와 관련없는 지출에 해당하여 필요경비에 산입하지 아니한다는 일반적인 규정으로서, 이 사건 경우와 같이 근로제공의 대가로 지급된 쟁점소득세의 경우에도 적용할 수 있는 것은 아니다. 즉, 원칙적으로 납세의무가 없는 원천징수세액의 대납은 필요경비 불산입 대상이지만, 원천징수세액 지급의 성격이 실질적인 급여의 추가 지급이라고 한다면 이는 그 실질이 인건비로서 필요경비에 산입하여야 한다. (2) 처분청이 이 사건에 적용한 근거법령이 모호하고 그 해석이 자의적이다.
1. 처분청은 쟁점소득세를 필요경비에 불산입하는 근거로 소득세법 제33조 (필요경비 불산입) 제1호와 제13호를 인용하나, 제1호에서 정하고 있는 소득세 등은 사업주 자신의 소득세 등을 의미하는 것으로서 쟁점소득세와는 무관하고, 같은 조 제13호는 업무과 관련 없는 경비는 사업소득의 필요경비에 산입하지 아니한다는 규정으로, 청구인이 쟁점소득세를 이 건 봉직의들의 근로소득에 합산하여 원천징수의무(원천징수불이행 가산세 포함)를 이행한 이상 그 본질은 청구인이 지출한 인건비라 할 것인데, 당해 인건비를 업무와 관련 없는 비용으로 보았다면 이 또한 부당하다.
2. 처분청이 제시한 소득세법 기본통칙 33-0…1(소득세 등의 필요경비 불산입)과 소득세법 기본통칙 20-0…4(사용자가 부담한 소득세 등의 소득구분)는 모두 “근로자가 부담하여야 할 근로소득세 등을 사용자가 부담한 경우”에 대하여 상호보완적으로 적용되어야 할 것인바, ① 사용자가 대신 부담한 소득세는 종업원의 근로소득에 해당하고, ② 당해 소득세 상당액을 근로소득에 합산하여 원천징수하였다면 인건비에 해당하며, ③ 그러지 아니하였다면 필요경비에 산입할 수 없다는 뜻으로 해석·적용되어야 하며, 필요경비를 불산입하는 이유는 의무 위반에 대한 제재의 성격도 있지만 당해 소득세 상당액에 대하여 구상권 행사 등 사인간의 채권·채무관계가 유보되어 있다고 보는 측면도 있다.
(1) 청구인이 대납한 쟁점소득세는 일반적으로 용인되는 통상적인 비용으로 볼 수 없으므로 필요경비로 볼 수 없다. (가) 소득세법 제127조 는 소득을 지급하는 자에게 근로소득에 대한 원천징수를 의무적으로 이행하도록 규정하고 있으나 청구인은 근로기준법에 규정되지 않은 방식으로 근로계약을 체결하며 법령상 의무를 이행하지 않았고, 업계 관행에 비추어 볼 때 쟁점소득세가 통상적 인건비라고 주장하고 있으나, 일반적인 업체 및 대부분의 병원근로자들은 근로기준법에 따른 근로계약 체결 후 소득세법에 따라 정상적으로 원천징수하여 급여를 지급하고 있는 것을 볼 때, 네트(net)방식의 계약이 일반적으로 용인되는 계약이라 볼 수 없다. 따라서, 설령 당사자들간의 약정에 따라 청구인이 근로자의 소득세를 청구인의 비용으로 대납한 것이므로 구상권을 행사할 수 없다 하더라도 이는 청구인이 지출할 의무가 있는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이 아니므로 필요경비로 인정 할 수 없다. (2) 소득세법 기본통칙 등에 따르더라도 쟁점소득세는 필요경비로 인정할 수 없다. (가) 소득세법 기본통칙 20-0…4(사용자가 부담한 소득세 등의 소득구분)은 ‘근로자가 부담하여야 할 급여에 대한 소득세 등을 사용자가 부담한 경우에는 이를 당해 근로자의 근로소득으로 본다’고 규정하고 있는바, 이는 쟁점근로계약의 경우와 같이 네트(net)방식으로 계약한 후 대납한 소득세를 급여에 포함하지 않고 신고할 경우, 근로자의 4대 보험 및 소득세가 실제 근로자가 지급받은 금액에 따라 산정된 금액보다 더 적게 산정되는 문제가 발생하게 되므로, 소득세법 기본통칙에서 소득세 대납액을 근로자의 근로소득으로 의제한 것으로 보인다. (나) 청구인은 쟁점소득세를 급여라고 주장하나, 쟁점소득세는 위 기본통칙에 따라 근로소득으로 의제되어 합산된 금액이고, 법률상 근로자에게 납세의무가 부담된 세금으로, 납세의무가 없는 청구인이 대신 납부하였다고 하여 이를 청구인의 업무와 직접 관련된 비용으로 볼 수는 없다. (다) 또한 소득세법 기본통칙 33-0…1(소득세 등의 필요경비 불산입)은 ‘원천징수의무자가 원천징수세액을 징수하지 아니하고 대신 납부한 원천징수세액은 이를 필요경비에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있고, 2014.10.22. 국세청에서는 과세기준자문을 통해 본 심판청구 건과 동일한 사안에 대해 소득세법 기본통칙에 근거하여 필요경비에 산입하지 않는다고 판단(기준-2014-법령해석소득-20662, 2014.10.22.)한 바 있다.
(1) 소득세법 제27조【사업소득의 필요경비의 계산】 ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.
② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.
③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제33조【필요경비 불산입】 ① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.
13. 각 과세기간에 지출한 경비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액
(1) 청구인은 2012.6.18. 부산광역시 남구 OOO에서 ‘OOO’ 상호로 개인종합병원을 개업하여 현재까지 운영 중으로 청구인이 각 봉직의들과 쟁점근로계약에 따라 근로소득세를 총급여액에 포함하지 아니하고 원천징수한 사실과, 이후 수정신고를 통해 쟁점소득세를 각 해당 봉직의 근로소득에 합산하여 원천징수를 이행한 사실에는 청구인과 처분청 사이에 이견이 없다.
(2) 쟁점근로계약의 내용을 살펴보면 청구인이 제출한 근로계약서 제6조(연봉)에는 ‘을(봉직의) 부담의 소득세, 주민세, 4대 보험료는 갑(청구인)이 부담’한다고 되어있고, 실제로 청구인은 계약내용대로 자신이 고용한 봉직의들의 소득세와 4대 보험료 등을 대신 납부한 것으로 나타난다.
(3) 청구인은 2022.10.6. 쟁점근로계약에 따라 대납하였던 쟁점소득세를 근로소득 지급액에 포함하여 가산세를 포함한 원천징수세액을 처분청에 수정신고(수정 원천징수이행상황신고서 제출)하면서 각 소득자(봉직의)별 근로소득 지급명세서를 수정제출하였고, 쟁점소득세를 청구인의 각 과세연도 필요경비로 보아 종합소득세 2017년도 귀속분 OOO을 경정청구하였으나, 처분청은 소득세법 기본통칙 33-0…1(소득세 등의 필요경비 불산입)에 따라 ‘원천징수의무자가 원천징수액을 징수하지 아니하고 대신 납부한 경우’에 필요경비에 산입할 수 없다는 규정을 근거로 이를 거부처분 하였다. <표1> 청구인의 경정청구 내역 ㅇㅇㅇ
(4) 청구인이 청구주장의 근거로 제시한 자료는 다음과 같다. (가) 대법원 2021.6.24. 선고 2016다200200 판결을 보면, 피고(사업주)는 매달 원고(봉직의사)의 실수령액에 대한 근로소득세 등을 대납하기로 하였으므로 그 명칭 여하를 불문하고 피고(사업주)가 대납하기로 한 해당 근로소득세 등 상당액은 평균임금 산정의 기초가 되는 임금총액에 포함되어야 하고, 따라서 피고(사업주)가 원고(봉직의사)에게 지급할 퇴직금을 산정할 때 그 기초가 되는 평균임금에 원고의 퇴직 전 3개월 동안 피고(사업주)가 부담하기로 한 근로소득세 등의 금액도 합산되어야 한다고 판시하였다. (나) 이 외 국세 상담센터의 2018.9.5.자 인터넷 상담내용에서는 ‘근로를 제공함으로써 받는 봉급·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여는 근로소득에 해당하는 것으로서, 근로자가 부담하여야 할 보험료와 소득세 등을 회사가 대신 부담하였다면 대신 부담한 금액을 포함하여 소득세를 원천징수하여 신고하고 필요경비에 산입할 수 있다’고 되어있고, “갑근세 대납”으로 검색하여 조회한 화면 상 문서번호 법인1264.21-231, 1985.1.24. 질의와 관련한 답변요지에서는 “갑근세추징세액을 대납하고 종업원에게 구상권 행사를 포기하고 갑근세 납부한 경우 동 추징세액은 손금에 산입되며”라고 나타난다. (5) 소득세법 제27조 제1항 은 “사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.”고 규정하고 있고, 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 것’이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 사업자도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하며, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되고(대법원 2017.10.26. 선고 2017두51310 판결, 대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두12320판결 등 참조), 사회질서에 위반하여 지출된 비용에 해당하는지는 그러한 지출을 허용하는 경우 야기되는 부작용, 그러한 지출이 거래에 미칠 영향, 이에 대한 사회적 비난 정도, 규제 필요성과 향후 법령상 금지될 가능성, 상관행과 선량한 풍속 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고2012두7608 판결 등 참조).
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 대납한 쟁점소득세는 일반적으로 용인되는 통상적인 비용으로 볼 수 없고, 이는 네트(net)방식 근로계약의 경우 근로자의 근로자의 4대 보험 및 소득세가 실제 근로자가 지급받은 금액에 따라 산정된 금액보다 더 적게 산정되는 점과 소득세법 기본통칙 33-0…1의 취지 등도 감안하여 쟁점소득세를 필요경비로 인정할 수 없다는 의견이나, 의사·약사 등 전문직의 구직난이 심화되면서 비교적 이들에게 유리한 형태의 네트제 근로계약이 채용시장에서 생겨나게 되었고, 이에 따라 퇴직금 정산(이 외에도 초과근무 수당정산 및 4대 보험료 등 대납분의 회계처리 문제, 연말정산에 따라 발생한 환급금이나 추가납부세액의 그 귀속문제 등도 논란이 되어온 것으로 보인다) 등과 관련하여 병원장과 봉직의 간 분쟁이 계속되어왔으며, 대법원은 봉직의가 급여로 매월 일정액을 지급받되 그에 대하여 부과되는 근로소득세 등을 사업주가 대납하기로 하는 근로계약을 체결한 사안에서, 대납한 근로소득세 등 상당액은 평균임금 산정의 기초가 되는 임금총액에 포함되어야 한다고 판시(2021.6.24. 선고 2016다200200 판결 참조)한 점 등에 비추어 볼 때, 사업주가 근로소득세 등을 대납하는 네트(net) 방식의 근로계약이 봉직의 채용시장에서 일반적인 관행으로 존재하였다는 사실을 부인하기는 어려워 보인다. 또한 이 사건의 경우 쟁점소득세는 청구인이 임의로 대납한 것이 아니라 이 건 봉직의들과의 쟁점근로계약에 따라 지급된 것으로서 그 성격상 급여와 다르게 취급하여야 할 이유가 없고, 청구인은 2022.10.6. 당초 총급여액에 포함하지 아니하였던 쟁점소득세를 각 해당 봉직의 임금으로 보아 근로소득에 포함하는 내용의 수정신고를 하였고, 증가한 근로소득세 과세표준에 따라 추가로 발생한 근로소득세액을 모두 원천징수 및 납부한 것으로 확인되는 점, 청구인이 쟁점소득세에 대하여 이 건 봉직의들을 상대로 구상권을 행사하기도 어려워 보이는 점, 네트제 근로계약과 관련하여 대한의사협회 등의 자정노력 등과는 별개로 향후 정부차원의 규제나 법령상 금지될 가능성이 크다는 사실이 확인되지도 않는 점, 일반적으로 기본통칙, 집행기준 등은 행정청 내부를 규율하는 규정일 뿐 국가와 국민사이에 효력을 가지는 법규가 아니므로 대외적 구속력(법원성)이 없고(대법원 1987.5.26. 선고 1986누96 판결 등, 같은 뜻임), 처분청이 제시한 소득세법 기본통칙 등이 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로서의 효력을 갖는다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.