청년등상시근로자와 청년등외 상시근로자의 고용증감 인원을 통산하여 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 쟁점세액공제 대상 상시근로자의 고용증가 인원수를 산정하는 것으로 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 조세특례제한법제29조의7 고용을 증대시킨 기업 에 대한 세액공제와 관련하여 청구인에게 한 2018․2019년 귀속 종합소득세의 경정청구 거부처분(부작위)은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO에서 OOO을 운영하고 있는 공동사업자(지분율 50%)로, 2022.9.14. 처분청에 다음 <표1>과 같이 조세특례제한법제29조의7(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) 및 중소기업 고용증가인원에 대한 사회보험료 세액공제(이하 “고용증대사회보험료세액공제”라 한다)를 증액하는 것으로 하여 2018․2019년 귀속 종합소득세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다. <표1> 청구인의 경정청구내역 ㅇㅇㅇ
• 나. 처분청은 2022.11.14. 청구인의 경정청구 중 고용증대사회보험료세액공제 관련 청구부분만 받아들여 종합소득세를 경정하여 환급(농어촌특별세는 추가 고지)하였으나, 쟁점세액공제에 대한 청구부분에 대해서는 쟁점세액공제의 대상이 되는 “증가한 상시근로자의 인원 수”를 산정함에 있어 청년 등 상시근로자(이하 “청년등상시근로자”라 한다)와 청년등상시근로자 외의 상시근로자(이하 “청년등외 상시근로자”라 한다)의 증가 내지 감소인원을 통산하여 순수히 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 하는 것으로 하여 이 부분에 대한 당초 신고가 정당한 것으로 보아 종합소득세등의 경정을 하지 아니하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.11.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 쟁점규정(이하 “개정전 규정”이라 한다)에서는 세액공제 가능한 상시근로자의 수를 계산할 때 청년등상시근로자의 증가인원과, 청년등외 상시근로자의 그 증가인원을 각각 구분계산하여 어느 한쪽의 인원이 감소하였더라도 다른 한쪽의 증가인원과 통산하지 아니하고 별도로 계산하게 되어 있었는데,2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 쟁점규정(이하 “개정후 규정”이라 한다)에서는 어느 한쪽의 증가한 상시근로자 수에서 다른 한쪽의 감소한 상시근로자 수를 차감하여 이를 한도로 하여 쟁점세액공제의 금액을 산정하도록 개정되었다. 또한, 개정후 규정의 개정 법률 부칙 제1조(시행일)에서 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 정하고 있고, 제2조(일반적 적용례) 제1항에서는 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있으며, 제17조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례)에서는 “제29조의7 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다”고 정하고 있다. 따라서 개정후 규정은 부칙 제1조 및 제2조 제1항에 따라 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용해야 할 것이고, 2018ㆍ2019년 귀속분에 대해서는 영향을 미치지 아니하는 것으로 보아야 하되, 사후관리나 세액추징에 대해서는 별도의 적용례인 부칙 제17조에 따라 2019년 귀속분을 2020.1.1. 이후 과세표준 신고하는 분부터 적용하는 것으로 보아야 할 것이다. 한편, 쟁점세액공제 관련 질의에 대해 국세청은 당초 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제1조와 제2조에 따라 개정후 규정을 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 해석(서면-법인-2020-1503, 2020.11.19., 이하 “기존예규”라 한다)하였고, 2022년 1월 경 한국세무사회가 기획재정부에 개정후 규정 적용시 공제 가능한 상시근로자의 수를 계산할 때 1안) 전체 증가한 상시근로자 수를 한도로 하여야 하는지, 2안) 전체 상시근로자의 수가 증가한 경우 각 호별로 청년등상시근로자와 청년등외 상시근로자 증가인원을 각각 적용하여야 하는지의 여부에 대한 질의를 하자, 기획재정부는 2022.5.4. 별다른 법률적 근거나 이유의 제시없이 단순히 “1안)이 타당하다”고만 회신(조세특례제도과-322, 2022.5.4., 이하 “기재부예규”라 한다)하였으며, 이에 국세청은 2022.7.11. 기존예규를 삭제하였다 기재부예규는 해당 과세기간의 납세의무 성립 당시 정하고 있는 법률에 따른 해석과 적용을 하지 아니하고, 납세의무 성립 이후에 개정된 법률을 소급하여 적용하도록 조세법률주의 원칙에 위반되게 해석하였으므로 이에 따른 이 건 처분은 위법한 처분이다. 과세관청의 세법해석을 적용함에 있어서는 종전의 세법해석이 명백히 관련 법령을 위반한 경우가 아닌 이상 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이 타당하다 할 것인데, 기존예규가 명백히 법령을 위반한 경우가 아님에도 불구하고 기재부예규에서 그 내용과 반대로 해석하면서 비록 개정전 규정의 불합리성과 그에 대한 입법상 미비점을 보완하기 위한 것이라고 하더라도 납세의무 성립일 이후 납세자에게 불리하게 개정된 개정후 규정을 이미 성립한 납세의무에 대해 소급적용하도록 한 것은 소급과세금지 원칙에도 위배될 뿐만 아니라 법적 안정성을 해치는 부당한 해석이라 할 것이다.
• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점규정은 당초 신규 일자리 창출에 대한 세제상 지원을 강화하기 위해 신설되었고, 특히 청년과 장애인의 고용증대에 대한 우대지원을 주요 골자로 하고 있다. 쟁점규정의 입법취지에 대한 이해를 위해 일례를 들어보면, 청구인이 경정청구한 2019년의 경우 청년등외 상시근로자는 11.75명이 증가하였으나, 청년등상시근로자는 10.25명이 감소하여 전체적으로 1.5명의 고용이 증가하는데 그쳤는데, 그에 비해 청년등상시근로자의 고용은 유지하고, 청년등외 상시근로자의 고용은 3명 증가하여 전체적인 상시근로자의 고용이 3명 늘어난 사업자가 있다고 가정할 경우, 2019년 대비 2020년과 2021년에도 고용인원이 감소하지 않았다는 전제하에서 청구인의 주장대로라면 청구인은 OOO원(11.75명 × OOO원 × 3년)의 세액공제를 받게 되고, 비교대상 사업자는 OOO원(3명 × OOO원 × 3년)의 세액공제를 받게 되어 신규 일자리 창출을 더 많이 한 비교대상 사업자가 청구인이 받는 세액공제액보다 1/4에 불과한 세액공제의 혜택을 받게 되는 불합리한 결과가 일어난다. 이는 더 많은 신규 고용을 창출한 기업에 대해 오히려 세제상 차별하는 상황이 되어 조세형평의 이념에도 반하고, 당초 입법취지와도 맞지 아니한 결과를 초래하게 된다.

(2) 개정후 규정의 개정이유를 보면, 사후관리와 추징세액에 대해서는 변경과 보완하는 내용으로 기술하고 있고, 적용시기 및 적용례도 별도로 적용하고 있다. 그러나 쟁점이 되고 있는 “증가한 상시근로자의 인원수를 한도로 한다”는 규정은 세액공제금액을 명확화하기 위한 것이라고 명시하고 있어 종전의 내용을 변경한다는 의미가 아니라 그 내용을 보다 명확하고 확실하게 해석될 수 있도록 개정한 것이고, 종전부터 해석해 오던 사항을 법문상으로 명시한 것에 불과하므로 그 부칙 조항에 적용시기 및 적용례를 별도로 규정하지 아니하였던 것이다. 쟁점 규정은 종전의 같은 법 제26조(고용창출투자세액공제)와 제29조의5(청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)을 통합한 것으로, 그 전신이라 할 수 있는 종전의 29조의5 제1항에서 “상시근로자의 증가한 인원수 중 작은 수를 한도로 한다”고 규정한 사실이 있고, 쟁점 규정과 비슷한 입법 취지로 2012년 신설된 같은 법 제30조의4(중소기업 사회보험료 세액공제)에서도 같은 법 시행령 제27조의4 제3항에서 “해당 과세 연도에 직전 과세 연도 대비 증가한 상시근로자 수를 한도로 한다”고 규정한바 있어 세액공제금액 계산시 전체 상시근로자 증가 인원 수를 한도로 이미 적용된 사실이 있는 점을 감안하면, 쟁점 규정의 해석에 있어서도 전체 상시근로자의 증가인원을 한도로 하는 것으로 해석한다고 하더라도 납세자에게 예측하기 어려운 부담을 지워 법적 안정성을 해친다고 보기는 어렵다. 또한 기재부 해석이 그 동안 일반적으로 적용되어 오던 해석을 명확히 하여 쟁점 규정에 대한 해석을 정비한 것이므로 국세기본법제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제3항에서 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보는 것에 해당하고 새로운 해석이나 관행이 아니므로 소급과세 금지의 원칙에 반한다고도 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 청년등상시근로자와 청년등외 상시근로자의 고용증감 인원을 통산하여 증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 쟁점세액공제 대상 상시근로자의 고용증가 인원수를 산정하 는 것으로 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분(부작위)의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정의 것) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2024년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “청년등상시근로자”라 한다)의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액. 다만, 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2022년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 수도권 밖의 지역에서 증가한 청년등상시근로자의 인원 수(증가한 상시근로자의 인원 수를 한도로 한다)에 대해서는 500만원(중견기업의 경우에는 900만원, 중소기업의 경우에는 1,300만원)을 곱한 금액으로 한다.

2. 청년등상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수(증가한 상시근로자 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

• 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원
• 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 〜 ⑧ (생 략) <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제118조 제1항 제22호의 개정규정 및 제121조의13 제5항의 개정규정은 2020년 4월 1일부터 시행하고, 제96조 제1항의 개정규정(감면세액과 관련된 부분에 한정한다), 제106조의2 제13항의 개정규정 및 제126조의2의 개정규정(신문 구독료와 관련된 부분에 한정한다)은 2021년 1월 1일부터 시행하며, 제38조의2의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행하고, 제121조의2의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 제17조(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리에 관한 적용례) 제29조의7 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 일부개정되기 전의 것) 제29조의7(고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "청년등 상시근로자"라 한다)의 증가한 인원 수에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,100만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,200만원)]을 곱한 금액

2. 청년등 상시근로자 외 상시근로자의 증가한 인원 수 × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)

• 가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 700만원
• 나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 770만원

② 〜 ⑤ (생 략) 제26조(고용창출투자세액공제) ① 내국인이 2017년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다.

1. 기본공제금액: 중소기업의 경우 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액으로 하고, 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “중견기업”이라 한다)의 경우 다음 각 목에서 정한 바에 따른다.

• 가. 수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호 의 성장관리권역 또는 같은 항 제3호의 자연보전권역(이하 이 조에서 “수도권과밀억제권역 외 수도권”이라 한다) 내에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 1에 상당하는 금액
• 나. 수도권 밖의 지역에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 2에 상당하는 금액

2. 추가공제금액: 수도권과밀억제권역 외 수도권 내에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중소기업은 100분의 6, 중견기업은 100분의 5)에 상당하는 금액으로 하고, 수도권 밖의 지역에 투자하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 4(중소기업은 100분의 7, 중견기업은 100분의 6)에 상당하는 금액으로 하되, 대통령령으로 정하는 서비스업을 영위하는 경우에는 각각 해당 투자금액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 가목부터 다목까지의 금액을 순서대로 더한 금액에서 라목의 금액을 뺀 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

• 가. 해당 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 상시근로자 중 초ㆍ중등교육법 제2조 에 따른 학교로서 산업계의 수요에 직접 연계된 맞춤형 교육과정을 운영하는 고등학교 등 직업교육훈련을 실시하는 대통령령으로 정하는 학교(이하 “산업수요맞춤형고등학교등”이라 한다)의 졸업생 수 × 2천만원(중소기업의 경우는 2천500만원)
• 나. 해당 과세연도에 최초로 근로계약을 체결한 가목 외의 상시근로자 중 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수 × 1천500만원(중소기업의 경우는 2천만원)
• 다. (해당 과세연도의 상시근로자 수 - 직전 과세연도의 상시근로자 수 - 가목에 따른 졸업생 수 - 나목에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수) × 1천만원(중소기업의 경우는 1천500만원)
• 라. 해당 과세연도에 제144조 제3항에 따라 이월공제받는 금액

⑧ (생 략) 제29조의5(청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제) ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다)의 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 청년 정규직 근로자의 수(이하 이 조에서 “청년 정규직 근로자 수”라 한다)가 직전 과세연도의 청년 정규직 근로자 수보다 증가한 경우에는 증가한 인원 수[대통령령으로 정하는 정규직 근로자(이하 이 조에서 “전체 정규직 근로자”라 한다)의 증가한 인원 수와 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)의 증가한 인원 수 중 작은 수를 한도로 한다]에 300만원(중소기업의 경우에는 1천만원, 대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 700만원)을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2018.8.28. 대통령령 제29116호로 일부개정되기 전의 것) 제23조(고용창출투자세액공제) ⑧ 법 제26조 제1항 제2호 나목에 따른 청년근로자, 장애인근로자, 60세 이상인 근로자 수는 다음 각 호에 따라 계산한 수로 한다.

1. 청년근로자 수: 근로계약 체결일 현재 15세 이상 29세 이하인 상시근로자 수(해당 과세연도의 상시근로자 수에서 직전 과세연도의 상시근로자 수와 제7항에 따른 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수를 뺀 수를 한도로 한다)로 한다. 다만, 그 청년근로자가 제27조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼고계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다.

2. 장애인근로자 수: 근로계약 체결일 현재 장애인복지법의 적용을 받는 장애인인 상시근로자 수와 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률에 따른 상이자인 상시근로자 수를 더한 수(해당 과세연도의 상시근로자 수에서 직전 과세연도의 상시근로자 수, 제7항에 따른 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수와 제1호에 따른 청년근로자 수를 뺀 수를 한도로 한다)로 한다.

3. 60세 이상인 근로자 수: 근로계약 체결일 현재 60세 이상인 상시근로자 수(해당 과세연도의 상시근로자 수에서 직전 과세연도의 상시근로자 수, 제7항에 따른 산업수요맞춤형고등학교등의 졸업생 수, 제1호에 따른 청년근로자 수와 제2호에 따른 장애인근로자 수를 뺀 수를 한도로 한다)로 한다.

(3) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 일부개정된 것) 제30조의4(중소기업 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제) ① 중소기업이 2013년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 청년 상시근로자 고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 100

2. 청년 외 상시근로자 고용증가 인원에 대하여 사용자가 부담하는 사회보험료 상당액: 청년 외 상시근로자 고용증가인원으로서 대통령령으로 정하는 인원 × 청년 외 상시근로자 고용증가인원에 대한 사용자의 사회보험료 부담금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 × 100분의 50 (4) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 일부개정된 것) 제27조의4(중소기업 고용증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제 적용 시 상시근로자의 범위 등) ③ 법 제30조의4 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 인원”이란 해당 과세연도에 직전 과세연도 대비 증가한 청년 상시근로자수(그 수가 음수인 경우 영으로 본다)를 말한다. 다만, 해당 과세연도에 직전 과세연도 대비 증가한 상시근로자 수를 한도로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 검토서에 따르면, 처분청은 청구인의 경정청구의 내용 이 근로자 수의 계산은 적정하나, 개정후 규정을 2020.1.1. 전 개시하는 사업연도에 미적용하여 청년상시근로자의 감소분을 고려하지 않고 계산하였는바, 기재부예규등 참조하여 개정후 규정의 한도규정을 적용하는 것으로 하여 쟁점세액공제 부분에 대한 청구인의 경정청구는 정당하지 아니한 것으로 판단한 사실이 나타난다. (2) 법제처 국가법령정보센터에 조회해 보면, 개정후 규정의 개정이유에 대해 다음과 같이 기술되어 있다. ㅇㅇㅇ (3) 국세청의 국세법령정보시스템에서 해석정비란에 게재된 기존예규의 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ 국세법령정보시스템에서는 위 기존예규는 ‘삭제 (해석)사례’로, 아래의 기재부예규는 ‘유지(해석)사례’로 게재되어 있다. (4) 국세법령정보시스템에서 조회되는 기재부예규의 내용은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점세액공제의 대상인 상시근로자의 고용증가 인원수를 산정함에 있어 청년등 상시근로자의 증감 인원수와 청년등 외 상시근로자의 증감 인원 수를 통산하여 증가한 상시근로자의 인원수를 한도로 산정하여야 한다는 의견이나, 청구인이 경정청구를 제기한 2018․2019년 당시에는 쟁점규정에 “증가한 상시근로자의 인원수를 한도로 한다”는 규정이 없었던 점, 2019.12.31. 법률 제16835호로 개정된 조세특례제한법의 부칙에서 개정 후 규정에 대해 개별적용례를 규정하지 아니한 채, 제1조(시행일)에서 “이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하였고, 제2조(일반적 적용례) 제1항에서 “이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있어 개정 후 규정은 2020.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것이고, 이 건 경정청구 대상 과세기간인 2018․2019년 귀속분에는 적용되지 아니하는 것으로 보는 것이 타당한 점, 세액공제 대상 상시근로자 인원 수의 산정에 있어 납세자에게 다소 불리하게 개정된 개정후 규정을 2019년 이전 귀속분에 대해서도 적용하는 것으로 해석할 경우 소급과세금지의 원칙을 위배할 소지가 있는 점 등에 비추어 쟁점세액공제와 관련하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분(부작위)은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기 본 법 제80조2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한