쟁점토지 취득권리의 시가를 청구법인이 의뢰하여 받은 감정평가액과 담보평가 목적의 쟁점감정가액의 평균액으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2022.9.1. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 OOO 토지의 시가를 AAA감정평가법인 및 BBB감정평가법인의 감정가액의 평균액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]

청구법인은 2001.9.21. 설립된 건축공사 외 종합건설업 법인으로, 2020.7.30. OOO 토지(OOO 항만재개발 2단계 사업에 따라 조성되는 토지 중 일반상업용지 3, 4 토지로, 각 토지 면적은 6,885.9㎡, 7,234.7㎡ 합계 14,116㎡이며, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 부동산 매수권리(이하 “쟁점토지 취득권리”라 한다)를 OOO 항만재개발사업의 시행법인인 CCC㈜(청구법인과 특수관계인으로, 이하 “사업시행사”라 한다)로부터 OOO원에 취득하였다. 청구법인은 쟁점토지 취득권리를 2020.12.21. 특수관계법인인 DDD㈜(이하 “매수법인”이라 한다)에 OOO원(AAA감정평가법인과 BBB감정평가법인의 감정평가가액의 평균액으로, 이하 “쟁점양도가액”이라 한다)으로 양도(이하 “쟁점거래”라 하고, 그 거래일인 2020.12.21.을 “쟁점거래일”이라 한다)하고 해당 양도차익을 영업외수익으로 계상하여 2020사업연도 법인세를 신고하였다.

• 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.4.14.부터 2022.7.14.까지 청구법인의 2017∼2020사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 쟁점토지 취득권리를 매수한 매수법인이 쟁점토지의 취득자금을 조달하기 위해 담보대출을 일으키는 과정에서 새마을금고BBB회가 EEE감정평가법인에 의뢰하여 작성한 감정가액 OOO원(이하 “쟁점감정가액”이라 합니다)이 있는 것을 확인하여 이를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 청구법인에게 부당행위계산 부인규정을 적용하여 위 3개 감정평가법인이 각각 산정한 감정가액의 평균액인 OOO원을 쟁점토지의 시가로 보아 청구법인이 신고한 양도가액 OOO원과의 차액인 OOO원을 2020사업연도의 익금에 가산하여 2022.9.1. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점거래는 법인세법제52조에서 규정한 부당행위계산에 해당되지 않는다. (1) 쟁점거래에 따라 청구법인의 2020사업년도에 대한 조세 부담이 부당하게 감소되지 않았다. (가) 청구법인은 쟁점거래에 있어 거래가액에 객관성과 정당성을 부여하기 위하여 공신력 있는 2개 감정평가기관의 매매거래를 위한 시가평가목적에 근거한 감정가액의 평균액으로 거래하였고, 이 가액은 법인세법 시행령제89조에서 정한 시가의 범위에 포함되는바 쟁점거래에 따라 청구법인의 조세 부담이 부당히 감소된 사실은 존재하지 않는다. (나) 또한, 쟁점토지는 청구법인이 매수법인에 양도한 2020.12.17.부터 6개월 전인 2020년 6월 국가기관인 해양수산부와 사업시행사 간에 OOO원에 거래된 바 있는데, 해당 거래가액은 제3자간에 거래된 가액으로 시가에 해당한다. 쟁점토지는 OOO 항만재개발사업에 의하여 조성된 토지로, 해양수산부는 사업시행사로부터 쟁점토지 등을 사업비 정산 절차를 통해 매입한 후, 조성된 토지의 대가를 조성된 토지의 면적으로 정산하여 대물로 지급하는 방식을 채택하였다. 이런 구조에서는 해양수산부가 부당히 과다계상된 사업비를 매입가액으로 인정할 이유가 없을 뿐만 아니라, 이러한 사업비의 정산은 감사원의 감사 대상으로 최근까지 감사원의 감사를 받은 사실이 있어 그 가격산정은 객관성과 공신력을 가진다 할 것이다. 이 같이 쟁점거래일 6개월 전에 제3자간에 거래된 가격이 존재하고 청구법인은 그 가액보다 OOO원이 넘는 가격으로 거래하였던바, 쟁점거래가 비록 특수관계인과 있었던 거래이긴 EEE 청구법인의 경제적 이익이 극AAA된 거래이며, 쟁점거래로 가득한 소득에 대한 납세의무를 적법하게 이행하였기에 쟁점거래로 인해 조세 부담이 부당히 감소되지 아니한 것이므로 부당행위계산에 해당하지 않는다. (2) 청구법인이 쟁점토지를 매각한 이유와 매수법인의 주주 구성 등을 살펴보아도 쟁점양도가액은 적정한 가액임을 알 수 있다. (가) 청구법인은 주상복합건축물을 건축·분양할 목적으로 쟁점토지를 취득하였으나, 취득 후 금융기관으로부터 건축비 대출이 되지 않아 그 해결책을 찾고자 노력했으나 찾지 못했다. 최초 설계에 따른 건축비용은 토지 매입가 포함 OOO원 정도로 예상되었고, 당시 청구법인이 접촉한 금융기관은 해당 건축비용의 대출을 구두로 약속했으나 현실화 과정에서 난색을 표해 해당 사업은 사실상 포기할 수밖에 없는 상황이었기에, 청구법인은 쟁점토지를 매각하기로 결정하고 대상자를 물색하기에 이르렀다. (나) 쟁점토지 건축에 상당한 자금이 소요되어서 매입자를 찾기 어렵던 중 OOO은행의 펀드인 OOO과 OOO 측(이하 “투자법인”이라 한다)에서 OOO 항만재개발사업에서 조성된 토지에 건축분양사업을 할 의사가 있다는 의견을 제시받았다. 투자법인은 쟁점토지를 매입하되 그 선제조건으로 자신들이 직접 청구법인에 투자할 경우, 청구법인의 기존 주주와 지분율에서의 불공정함, 이미 청구법인이 진행하고 있는 타 사업장의 소득이 합산되어 투자법인의 이익산정을 위한 경계가 명확하지 않을 수 있어 추후 이익 배분에 잡음이 생기는 것을 제거하기 위해 신설법인을 설립하되 사업의 불확실성을 제거하는 방편으로 청구법인의 실질 경영자인 AAA이 일정 부분 투자에 참여하여야 하고, 쟁점토지의 매매가액 산정은 객관성과 공정성을 위하여 시가산정 목적에 따른 2개의 감정기관에 감정을 의뢰하여 해당 감정가액의 평균액으로 정하는 조건을 제시하였다. 청구법인은 투자법인의 제시조건을 검토하여 이를 수용하기로 한 후 그 제안에 더해 쟁점토지에 관한 건축공사를 실시함에 있어 시공에 관한 업무를 청구법인이 수행하는 조건을 제시하였고, 투자법인이 해당 조건을 수용하겠다 하여 거래가 이루어지게 되었다. (다) 이런 계약을 근거로 2020년 10월 투자법인과 AAA은 자본금 OOO원으로 매수법인을 설립하였고, 매수법인의 주주 구성, 의결권 및 배당권 등은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 매수법인의 주주 구성, 의결권 및 배당권 등 ㅇㅇㅇ 위 ＜표1＞과 같이 청구법인과 특수관계자인 AAA은 지분이나 의결권 등이 투자법인에 비해 상당히 약해 매수법인의 경영권을 장악할 수 없는 구조이고, 이사회의 구성 또한 청구법인 측이 그 정족수 구성에서도 불리하여 부당히 매수법인에 이익을 분여할 수도 없는 구조이다. 이는 매수법인이 법률적으로는 청구법인과 특수관계인에 해당한다 하더라도 실질은 청구법인 측과 투자법인 측의 이해관계가 대립되는 구조여서 자신들의 이익을 희생하면서 상대방에게 이익을 분여할 이유가 없어, 주주 일방이 타방을 배제하고 자신만의 이익을 추구할 경우 견제가 되는 상호 대립 관계에 있다 할 것이다. 이런 상호견제 관계에서 청구법인이 쟁점토지 매매에 따른 이익을 더 얻기 위해 거래가액을 부당히 상향하여 산정할 수 없고, 반드시 해당 계약의 내용에 따라 시가평가 목적을 반영한 2개 감정기관의 감정가액의 평균액에 따른 가액을 수용하여야 했다. (라) 이와 관련하여 청구법인은 OOO가 담보목적으로 감정한 쟁점감정가액에 관한 내용을 쟁점토지 거래일(2020.12.17.) 10일 후인 2020.12.28.에서야 알게 되었다. 1) 즉 청구법인이 쟁점감정가액을 알게 된 시점은 쟁점토지 거래일 후였고, 가사 쟁점토지 거래일 이전에 그 내용을 알고 있었다고 하여도 투자법인과의 계약 내용을 부정하고 시가감정가액보다 더 상향 평가된 쟁점감정가액을 반영하여 거래가액을 정하려 하였다면 투자법인의 입장에서는 총 사업비가 상향되는 결과가 되고 이는 종국적으로 자신들의 개발이익이 줄어드는 결과가 되므로 당연히 이 내용을 수용하지 않았을 것이다. 반대로 쟁점감정가액이 청구법인이 한 시가감정가액보다 낮은 경우 투자법인이 이를 거래가액에 반영하려 하였다면 청구법인은 매매이익이 줄어들 것이어서 이 경우에는 청구법인이 그 제안을 수용하지 않았을 것이다. 이렇게 상호 약정된 시가감정가액 외 감정의 목적이 다르고 감정주체도 쟁점토지의 계약 당사자들이 아닌 금융기관이 자신들의 업무와 관련하여 한 쟁점감정가액이 쟁점토지의 거래가액에 영향을 미치는 경우 그 담보감정가액이 시가감정가액보다 더 상향평가 되었는지, 아니면 하향평가 되었는지의 여부에 따라 가격의 안정성에 영향을 미치게 되고 종국적으로 쟁점토지의 거래가 이루어 질 수 없는 결과에 이르게 될 수도 있다. 2) 만약 처분청 의견대로 쟁점감정가액을 시가에 반영한다면, 담보감정가액이 시가감정가액보다 낮은 경우에는 청구법인이 신고한 소득금액보다 시가로 보아야 하는 금액이 더 적어져서 이미 신고·납부한 법인세를 환급하여야 할 것인데 처분청은 이런 결정을 하지 않을 것이 분명하다. 그렇다면 담보감정가액이 시가감정가액보다 상향된 경우에는 이를 시가의 범위로 보고, 하향되는 경우는 시가의 범위에서 배제한다는 것인데, 이는 동일한 과세요건사실에 대하여 오롯이 과세처분에 유리한 부분만을 취사선택하겠다는 것이 된다. (3) 시가감정가액과 담보감정가액이 차이가 나는 원인은 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO가 EEE감정평가법인에 의뢰한 담보감정평가서상의 평가액은 공신력 있는 감정평가기관이 관련된 법률적 요건을 충분히 반영하여 평가한 것이므로 해당 감정평가내용 및 결과물을 부정하지는 아니EEE, 현행 감정평가에 관한 규칙제5조에서는 가치다원론을 인정하고 있고 법인세법상 시가의 범위를 산정함에 있어서는 해당 요건에 부합하는 가치를 반영한 감정가액을 적용하여야 한다. 1) 가치다원론이란 가치를 보는 관점이나 상황, 용도에 따라 개념이 다양하게 존재한다는 것으로, 이에 따라 감정의 평가목적에 따른 분류를 정하고 있는데 그 중에는 시장가치와 담보가치를 구분하고 있다. 가) 담보가치란, 금융기관 등이 대출에 따른 담보취득을 목적으로 담보대상 물건의 상태나 진위, 적부, 선악 등을 판정하고 그 경제적 가치를 판정하여 산정한 평가가치를 말하는 것으로, 이는 감정평가사에 의하여 시장가치로 평가하여야 마땅EEE, 금융기관이나 대주의 주관적 입장에서 설정한 일정한 여신 조건, 예컨대 미래 회수시점까지의 리스크를 반영한다거나, 청산가치를 조건으로 평가하는 경우 등에는 엄밀히 보아 비시장가치의 성격을 지니는 개념으로 보아야 한다. 나) 이에 반하여 시장가치는 통상 일반 거래에 있어 성립될 가능성이 가장 높은 평가가액을 산정하는 것으로, 이러한 시장가치와 담보가치는 비록 그 평가의 대상이 동일하다 할지라도, 평가목적의 차이로 인해 그 개념 및 평가중점, 시장성 판단에 이르기까지 여러모로 차이를 보이게 된다. 2) 이에 따라 시가감정은 통상 일반적인 거래에서 성립될 가능성이 가장 높은 시장가치를 산정하는 것이고, 담보감정은 은행 등 금융기관이 담보를 실행하기 위하여 활용하는 가치로 미래 회수시점에 중점을 두는 주관적 가격이자 채권회수관점의 처분가격으로, 이는 시장에서 수요와 공급에 의해 형성되는 보편적인 가치이며 객관적 가치이자 현시점의 가치에 중점을 두는 시장가치와 차이가 있다. (나) 이러한 가치다원론을 전제에 두고 청구법인의 시가감정가액과 금융기관의 담보감정가액이 평가금액에서 차이가 나는 원인 및 담보감정가액의 시가로서의 부적정성 등을 살펴보겠다. 1) 청구법인의 시가감정가액은 일반적 거래를 예정하여 시장가치를 산정한 것으로 감정평가시 보정치를 산정함에 있어 비교대상 평가기준선례지를 매매목적에 따라 평가한 기존 유사토지로 선정하였다. 즉 평가선례지를 쟁점토지와 같이 항만재개발 사업이 진행 중인 인근토지인 OOO(매매목적평가선례, 평가선례단가 OOO원)과 쟁점토지와는 달리 이미 개발이 완료되고 도심의 성숙도가 진행되었으나 그 입지 조건을 미래에 항만재개발이 완료되어 가는 과정을 반영하여 OOO에서 중중급의 성숙도로 인정하는 OOO(소송관련평가선례, 평가선례단가 OOO원)을 선택하였다. 2) 그러나 OOO의 담보감정가액의 보정치 결정시의 비교대상평가선례지는 OOO에서 제일 중심지역으로 도심의 성숙도가 최고이며 주변환경이 도심중심을 구성하는 OOO(담보목적평가선례, 평가선례단가 OOO원)을 선택하였다. 이와 같이 시가감정가액과 담보감정가액의 평가액이 차이가 나는 원인은, 다른 보정치 산정요인은 거의 동일EEE 평가선례지의 채택에 있어 각각 해당 평가목적에 부합하는 평가선례지를 선택하였고 이에 따른 해당 평가선례지의 단위당 가격이 상당한 차이를 보이고 있기 때문이다. 즉 시가감정가액의 평가선례단가의 평균은 ㎡당 OOO원이나, 담보감정가액의 평가선례단가는 OOO원으로 그 가격 차이가 OOO원에 달해 담보감정가액의 평가선례지가 1.7배 높다. 3) 이는 어느 한 감정평가기관의 감정이 잘못되었다는 것이 아니라 감정의 목적에 따른 가치의 다양성은 인정하되 이를 그 목적에 맞게 사용하여야 한다는 것이다. 구체적으로 보면 담보감정의 평가선례지는 OOO에서 최고의 도심성숙도를 이루고 있음에도, 항만재개발사업이 아직 진행 중이고 도심의 형성이 전무한 쟁점토지와 동일한 비중을 두어 감정가액을 산정하여 비교하는 것은 가치의 다양성을 인정하지 않는 결과를 초래하는 것이고, 법인세법제89조의 시가는 합리적 경제주체간의 일반적이고 보편타당한 거래를 목적으로 하는 거래가액을 의미하는 것인데, 일반적인 거래 목적이 아닌 금융기관의 채권·채무를 원인으로 한 주관적 처분가격을 반영한 담보감정가액은 특정한 목적에 기인한 감정가액이므로 해당 감정가액은 시가의 범위에 해당되지 않는다는 것이다. (4) 쟁점토지에 대해 복수의 감정가액이 존재한다. (가) 쟁점토지의 경우 항만재개발사업이 시작되던 시점부터 2020년 12월까지 아래 ＜표2＞와 같이 여섯 차례에 걸쳐 감정평가가 이루어졌다. ＜표2＞ 쟁점토지 감정가액 ㅇㅇㅇ (나) 이를 살펴보면, ① 2019.12.9. OOO이 의뢰한 담보목적의 감정평가액은 OOO원으로 청구법인이 2020.12.1. 의뢰한 시가평가목적의 평가가액인 ④와 ⑤의 평균액인 OOO원과는 OOO원의 차이가 나고, 해양수산부가 2020년 6월 시가산정목적으로 평가한 ② 또는 ③의 평균은 OOO원으로 청구법인이 의뢰한 감정가액과는 OOO원의 차이가 있다. (다) 한편 OOO의 담보감정가액인 ⑥은 1년의 감정기준시점 차이가 나는 OOO의 감정가액과는 OOO원이, 6월의 감정기준시점 차이가 나는 해양수산부의 감정가액과는 OOO원의 차이가 나는데, 이는 OOO 기준으로는 1년 만에 쟁점토지의 평가액이 무려 172%가, 해양수산부 기준으로는 6월 만에 162%가 증액되어 평가되었음을 알 수 있다. 쟁점토지를 비롯한 인근 토지는 이때부터 현재까지 항만재개발사업이 진행되고 있어 도심 기능이 전혀 이뤄지지 않았음에도 2020년 12월 대비 최대 1년, 최소 6월의 기간에 무려 172%∼162%의 가치가 상승하였다는 것은 일반 상식으로는 이해하기 어렵다. (라) 국토교통부가 발표한 2019년 대비 2020년 전국평균지가상승률은 0.8625%이고 2020년 OOO의 지가상승룔은 0.048%로 OOO지역의 지가상승률은 전국평균지가상승률대비 5%에 불과함에도 쟁점토지만 1년 사이에 172%의 가치가 상승하였다는 것은 상식적이지 못하다. 만약 처분청 의견과 같이 감정의 목적에 관계없이 확인 가능한 감정가액 모두를 시가의 범위에 포함시켜야 한다면, 위 ＜표2＞의 감정가액 전부를 평균하여 시가를 산정하여야 할 것이다. (마) 이에 더하여 쟁점토지는 쟁점양도일 6개월 전에 해양수산부와 매도법인 간에 OOO원으로 거래된 바 있는데, 이 가액은 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 이는 법인세법 시행령제89조 제1항 제1호에서 정한 시가에 해당되며, 이 거래가액과 쟁점양도가액을 비교하면, 오히려 쟁점거래는 시가보다 고가에 양도한 것이므로 저가양도에 해당하지 아니한다. (5) 판례 등을 살펴보아도 평가목적에 부합하는 감정가액이 법인세법상의 시가로 인정되어야 한다. (가) OOO고등법원(2010.01.29. 선고 2009누6865 판결)에서는 ‘납세의무자는 법인세법제89조 제2항 1호의 감정가액을 적용함에 있어 재산에 대한 시가감정가액과 담보감정가액이 존재하는 경우 이 모두를 합산한 금액의 평균액을 시가로 보아야 한다고 주장하고, 처분청은 담보감정가액은 그 목적이 시가의 산정목적이 아님을 이유로 시가에 반영하지 않아야 한다’는 의견에 대하여, 법원은 “담보를 평가목적으로 하는 경우 매매를 평가목적으로 하는 경우와 달리 담보의 안정성, 경매가능성 등도 포함되므로 담보목적의 감정가액을 매매목적으로 사용할 수 없다”고 판시하였다. (나) 대법원에서도 “감정평가의 목적도 금융기관에 대한 담보제공을 위하여 이루어진 점 등에 비추어, 위 감정평가에 의한 감정가격을 ○○동 부동산에 대한 적정한 교환가치를 반영한 시가라고 할 수 없다(대법원 2003.5.30. 선고 2001두6029 판결)”고 하였고, “감정평가액이 시가로 인정받기 위해서는 가격형성요인 및 인근유사토지의 가격수준 뿐만 아니라 비교표준지간의 지역요인 개별요인 등의 구체적인 품등비교 내역 그 격차율 등의 기재가 구체적으로 설시되어야 하며, 단순히 금융기관의 담보제공을 위한 감정가액은 시가로 인정할 수 없다(대법원 2010.3.25. 선고 2009두22386 판결)”고 하여, 청구법인의 주장과 부합되게 담보감정평가액의 경우 매매를 위한 시가로 볼 수 없다고 판결한 바 있다.
• 나. 처분청 의견 (1) 담보목적으로 평가한 쟁점감정가액이 시가에 해당하지 않는다는 청구주장에 대하여 살펴본다. (가) 담보목적으로 평가한 EEE감정평가법인의 쟁점감정평가액 또한 공신력 있는 감정평가법인의 평가액으로 법인세법제52조에서 정한 시가에 해당한다. 청구법인은 담보목적의 감정가액은 시가로 볼 수 없다는 취지의 법원 판례(OOO고등법원 2010.01.29. 선고 2009누6865 판결) 등을 근거로 담보목적으로 쟁점토지를 평가한 EEE감정평가법인의 쟁점감정가액을 쟁점토지 시가계산에서 제외하여야 한다고 주장EEE, 아래 ＜표3＞에서 보듯이 담보목적의 감정가액이라도 공신력 있는 감정기관의 감정가액으로서 시가로 볼 수 있다는 다수 판례가 존재한다. ＜표3＞ 담보목적 감정가액의 시가인정 여부에 대한 판례 등 ㅇㅇㅇ (나) 매매거래에 있어 감정가액을 시가로 보기 위해서는 그 평가목적에 관계없이, 공신력 있는 감정평가기관에 의해 대상물건의 모든 가격산정요인이 구체적·종합적으로 참작되어 각 요인들이 빠짐없이 반영되었는지 및 대상물건의 제반 가격형성요인, 구체적인 품등비교내역이나 그 격차율에 대한 구체적인 기재 등 그 감정평가 내용의 진실성과 정당성을 담보할 수 있을 정도의 합리적인 이유가 설시되었는지가 중요한 요소이며, 그러한 감정평가에 따른 평가액이라면 담보목적의 평가액 또한 법인세법제52조에서 정한 시가로 볼 수 있다. (나) EEE감정평가법인의 쟁점감정가액이 현저히 고가에 결정되었다는 청구주장에 대한 의견은 다음과 같다. 1) EEE감정평가법인은 쟁점토지의 매수권리를 취득한 매수법인이 쟁점토지의 취득자금을 마련하기 위해 대출을 실행하는 과정에서 OOO의 의뢰를 받아 2020.12.9. 담보목적으로 쟁점토지의 감정평가를 실시하고 감정평가서를 작성한 것으로 확인되고, AAA·BBB감정평가법인과 같은 평가방식인 공시지가기준법으로 쟁점토지를 평가하면서 거래사례비교법에 의한 시산가액으로 그 합리성을 비교·검토하였다. 또한 EEE감정평가법인은 공시지가기준법에 의한 비교표준지로 ‘OOO’를 채택하면서, 시점수정에 따라 -0.632%의 지가변동율을 적용하였고 가로, 접근, 환경, 획지, 행정 및 기타 조건 등 개별요인 비교에 따른 격차율을 기재하고 그 구체성을 인정할 만한 구체적인 이유를 설시하였으며, 시점수정, 지역요인, 개별요인 등 그 밖의 요인을 보정한 이유를 설시하고 비교표준지와의 그 밖의 요인 보정치를 2.11로 결정하였다. 또한 거래사례기준법에 의한 비교거래 사례로 ‘OOO’을 채택하면서, 선정에 관한 의견을 구체적으로 기재하고 있으며 가로, 접근, 환경, 획지, 행정 및 기타 조건 등 개별요인에 따른 격차율을 기재하고 구체성을 인정할 만한 구체적인 이유를 설시한 것으로 확인된다. 따라서 EEE감정평가법인의 감정평가서는 공신력이 인정되는 감정기관이 쟁점토지의 모든 가격산정요인을 구체적·종합적으로 참작하여 각 요인들을 빠짐없이 반영하였고, 쟁점토지의 제반가격 형성요인과 그 격차율에 대하여 구체적으로 기재하여 감정평가 내용의 진실성과 정당성을 담보할 수 있을 정도의 합리적인 이유가 설시되어 있으므로 EEE감정평가법인의 감정평가액은 법인세법제52조에서 정하는 시가로 볼 수 있다. 2) 청구법인은 EEE감정평가법인이 평가사례로 선정한 ‘OOO’이 표준지 및 쟁점토지 대비 OOO 중심가에 위치하여 비교대상 평가사례로 삼는 것이 현저히 불합리하다며 평가액의 신뢰성을 문제 삼고 있으나, 비교표준지와 ‘OOO’의 개별공시지가가 유사하고 동일지역 내 속해 있어 도심지역과의 비교자체가 무의미하며, 쟁점토지와 ‘OOO’의 입지조건은 직접 비교대상이 아니고 이미 비교표준지와 쟁점토지간 개별요인에 의해 0.700대로 조정된 바 있으므로 이 같은 문제는 EEE감정평가법인의 평가액을 배척할 수 있는 근거가 될 수 없다. 3) 또한, 청구법인은 쟁점감정가액이 장래 도심의 구성이 갖추어져 신도시의 기능이 작용할 것이라는 미래가치가 담보가치로 반영되어 평가액이 크게 결정되었다고 주장EEE, EEE감정평가법인이 평가선례로 적용한 ‘OOO’의 공시지가는 OOO원으로, 동 토지 공시지가 대비 평가차이 2.036배로 OOO의 시세반영(공시지가 대비 시세율 평균 2.095배) 등에 있어 합리성이 결여되지 아니한 것으로 보이고, ‘그 밖의 보정요인 보정치 산출내역’ 검토에서도 1.05배의 보정치는 비교표준지 공시지가 OOO원 대비 평가사례공시지가 OOO원의 차이를 적절히 반영한 가액으로 확인됨을 알 수 있어 청구법인이 주장하는 ‘쟁점토지의 평가액을 산정함에 있어 미래가치를 고려하여 현저히 과다하게 평가하였다’는 논리가 전혀 성립되지 않음을 알 수 있다. (다) 청구법인은 매수법인과 ‘계약상 지위 이전 합의서’를 체결하기 이전에 EEE·AAA·BBB감정평가법인의 감정평가액을 모두 확인할 수 있었고, 공신력 있는 감정기관의 감정가액의 경우 감정의뢰인이나 감정평가의 목적에 관계없이 시가로 볼 수 있음에도 높은 금액으로 평가된 EEE감정평가법인의 쟁점감정가액은 배제하고 AAA·BBB감정평가법인의 감정평가액의 평균액을 기준으로 양도가액을 산정함으로써 특수관계법인에 시가보다 낮은 가액에 자산을 양도하고 청구법인의 조세부담을 부당하게 감소시켰으므로 법인세법제52조에 따른 부당행위계산 부인의 대상이 된다 할 것이다.

(2) 매수법인이 쟁점토지와 유사한 OOO(이하 “일상2토지”라 한다)을 매입하였는데 그 매입가액과 비교하여도 쟁점토지를 저가매수하였음을 알 수 있다. 매수법인은 2020년 12월 청구법인으로부터 쟁점토지를 OOO원(㎡당 OOO원)에, 2020년 10월 청구법인의 특수관계법인인 ㈜FFF(2020년말 기준 청구법인 지분 70% 보유)로부터 일상2토지를 OOO원(㎡당 OOO원)에 매수한 바 있다. 일상2토지는 OOO 항만재개발사업 구역 내 조성토지라는 점에서 쟁점토지와 동일하고, 건폐율, 용적률, 높이 등 행정적 조건 및 2021년 토지공시지가 또한 유사함에도 평가선례 토지는 ㎡당 OOO원에, 쟁점토지는 ㎡당 OOO원에 매입하여 쟁점토지를 현저히 낮은 가격에 구매한 것이 확인(아래 ＜표4＞ 참조)되므로, 청구법인은 본인이 지배하는 특수관계법인이 유사토지를 ㎡당 OOO원에 처분한 사실을 알면서도 청구법인 소유 토지는 ㎡당 OOO원에 양도하는 거래를 하였음을 알 수 있다. ＜표4＞ 일상2토지 매매거래내역 비교 ㅇㅇㅇ (3) AAA감정평가법인의 감정가액과 BBB감정평가법인의 감정가액은 OOO의 적정시세에 비해 현저히 낮게 감정되었을 여지가 크다. (가) AAA감정평가법인은 공시지가기준법 계산상 OOO 토지를 평가선례로 적용하였고, 동 토지는 공시지가 OOO원, 기준시점 2020.8.16., 공시가 대비 평가차이 2.329배, 시가참고목적 평가사례로 선정의 객관성에 특별한 문제가 없음이 검토되나, OOO 토지는 OOO 항만재개발 1단계 사업에 따라 조성된 일반상업용지2 토지로서 쟁점토지가 동일한 항만재개발 2단계 조성토지인 점과 이용 용도가 일반상업용지로 동일한 점, 면적의 크기 또한 4,671.1㎡로 면적에 따른 비교열위가 현저히 적은 점에도 불구하고, 개별요인을 0.698로 낮게 산정하여 쟁점토지가 OOO 토지보다 현저히 가치가 낮은 것으로 평가함으로써, 쟁점토지의 최종 감정평가액이 OOO원으로 산출되었고, 개별요인이 낮게 산정된 주된 이유를 보면 행정적 조건에서 OOO 토지보다 용적률 적용이 상대적으로 불리하게 적용되어 열세라고 적시되어 있으나 실제 대상토지들의 용적률은 동일한 것으로 검토(BBB감정평가서 참조)되어 OOO의 적정시세에 비해 현저히 낮게 감정가가 계산되었을 여지가 큰 것으로 보인다. 또한, AAA감정평가법인이 2020년 11월 수행한 사전견적 용역제안서상 감정가액이 OOO원으로 산출되어 있고, 이는 3개 감정평가법인의 감정가액 평균액과 유사한 바 이를 통해서도 쟁점토지에 대해 처분청이 산정한 시가가 합리적임을 알 수 있다 (나) BBB감정평가법인은 공시지가기준법 계산상 OOO 토지를 평가선례로 적용했으나, 동 평가선례 토지의 평가목적이 ‘소송’으로 확인되고, 기준시점도 2019.7.23.로 쟁점토지의 매매시점과도 1년 이상 격차가 존재하며, 3개 감정평가서의 평가선례·거래사례자료상 12개 사례 중 하위 3번째로 낮은 가액에 평가된 선례임이 확인되어, 시가참고 목적의 감정평가를 하면서 시세평균 대비 낮은 평가가 이루어진 소송선례가액을 적용한 부분에서 그 감정가액이 OOO의 적정시세 대비 현저히 낮게 계산되었을 여지가 큰 것으로 보인다. (다) AAA 및 BBB의 감정평가서를 검토한 바와 같이 2개 감정평가서는 그 감정가액이 OOO의 적정시세 대비 현저히 낮게 책정되었을 여지가 커 보이는 상황에서, 감정평가서는 감정평가사가 개별요인·그 밖의 보정요인, 매매사례로 무엇을 적용하는지 등의 주관적 요인에 의해 평가액이 달라지게 되고, 이는 담보목적 감정평가의 경우뿐만 아니라 매매목적 감정평가시에도 동일하게 적용되는 논점이며, 따라서 AAA·BBB·EEE감정평가법인의 3개 감정평가액 중 EEE감정평가법인의 쟁점감정가액만을 배제하는 것은 인정될 수 없으므로 법인세법제89조 제2항 제1호에 따라 계산한 감정평가액의 평균액인 OOO원을 쟁점토지의 시가로 적용하여야 한다. (4) 쟁점토지에 대한 과거의 전체 감정가액 중 AAA·BBB·EEE감정평가액만 적용하는 것은 불합리하다는 청구주장에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 주장하는 해양수산부가 2020.6.8. 의뢰하여 평가된 GGG·HHH감정평가법인의 평가액 OOO원 및 OOO원은 OOO 항만재개발사업의 사업시행사와 주무관청인 OOO해양수산청(해양수산부) 간의 총사업비 범위 내 조성토지 소유권의 정산을 목적으로 항만재개발사업 2단계 전체 조성토지에 대해 필지별 평가된 가액으로, 전체 필지별 사업시행사 공개입찰 분양가액(2020년 11월 개찰, 분양최저 입찰가)과 비교시 현저히 저가에 평가되어 있음이 확인되어, 비교가능한 감정가액으로 볼 수 없음이 명백하다. (나) 오히려 청구법인은 2018.2.1. 사업시행사와 최초 체결한 ‘부동산매매예약’에 따른 취득권리에 갈음하여 2020.7.30. 쟁점토지 취득권리로 변경된 계약을 하면서 사업시행사의 공개입찰 예정가액이 아닌 총사업비 정산목적의 낮은 감정가액을 적용받아 그 혜택을 얻었다고 봄이 타당하다. (5) 이상과 같이 이 건과 쟁점이 유사한 사안에 대하여 조세심판원 및 대법원 등은 공신력 있는 감정기관의 감정가액이 그 평가의 진설성과 정당성을 담보할 수 있다면 그 평가의 목적에 관계없이 법인세법에 따른 시가로 봄이 상당하다는 취지로 판단한 바 있으므로 담보목적의 쟁점감정가액을 포함한 3개 감정평가기관이 각각 평가한 감정가액의 평균액을 시가로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지 취득권리에 대한 시가 산정시 감정목적이 상이한 쟁점감정가액을 반영하여 시가를 산정하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 EEE에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(3) 거제시 도시계획 조례 제62조【용도지역 안에서의 용적률】① 영 제85조 제1항에따라 각 용도지역 안에서의 용적률은 다음 각 호와 같다.

7. 중심상업지역: 1200퍼센트 이하

8. 일반상업지역: 900퍼센트 이하

9. 근린사상업지역: 600퍼센트 이하

④ 제1항 제7호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 해당지역에서 주거복합건축물을 건축하는 경우 그 용적률은 해당 건축물의 연면적에 대한 주택연면적(주택부분에 대한 부대시설의 면적을 포함한다)의 비율에 따라 별표26을 적용한다.(2017.12.28. 신설) [별표 26] 중심·일반·근린상업지역 내 주거복합건축물의 용적률(제62조 제4항 관련) (단위: %) 주택연면적 비율 중심상업지역 일반상업지역 근린상업지역 80이상 ~ 90미만 720 540 430 70이상 ~ 80미만 780 585 60이상 ~ 70미만 840 630 50이상 ~ 60미만 900 675 460 40이상 ~ 50미만 960 720 490 30이상 ~ 40미만 1,020 765 510 20이상 ~ 30미만 1,080 810 540 10이상 ~ 20미만 1,140 855 570 10 미만 1,200 900 600 비고

1. 주거복합건축물이란 공동주택과 주거 이외의 용도가 복합된 건축물을 말한다.

2. 주택연면적 비율은 해당 건축물의 연면적에 대한 주택연면적 비율을 말한다.

주택법 시행령제3조에 따른 공동주택과 주택법 시행령제4조에 따른 건축법 시행령 별표 1 제14호 나목에 따른 오피스텔로서 숙식이 가능하도록 분양 또는 임대하는 오피스텔 및 주거용 부대시설의 면적을 포함한다

(4) 감정평가에 관한 규칙 제2조【정의】이 규칙에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “시장가치”란 감정평가의 대상이 되는 토지등(이하 “대상물건”이라 한다)이 통상적인 시장에서 충분한 기간 동안 거래를 위하여 공개된 후 그 대상물건의 내용에 정통한 당사자 사이에 신중하고 자발적인 거래가 있을 경우 성립될 가능성이 가장 높다고 인정되는 대상물건의 가액(價額)을 말한다.

2. “기준시점”이란 대상물건의 감정평가액을 결정하는 기준이 되는 날짜를 말한다.

5. “원가법”이란 대상물건의 재조달원가에 감가수정(減價修正)을 하여 대상물건의 가액을 산정하는 감정평가방법을 말한다.

7. “거래사례비교법”이란 대상물건과 가치형성요인이 같거나 비슷한 물건의 거래사례와 비교하여 대상물건의 현황에 맞게 사정보정(事情補正), 시점수정, 가치형성요인 비교 등의 과정을 거쳐 대상물건의 가액을 산정하는 감정평가방법을 말한다.

9. “공시지가기준법”이란 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1항 본문에 따라 감정평가의 대상이 된 토지(이하 “대상토지”라 한다)와 가치형성요인이 같거나 비슷하여 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준지(이하 “비교표준지”라 한다)의 공시지가를 기준으로 대상토지의 현황에 맞게 시점수정, 지역요인 및 개별요인 비교, 그 밖의 요인의 보정(補正)을 거쳐 대상토지의 가액을 산정하는 감정평가방법을 말한다.

10. “수익환원법(收益還元法)”이란 대상물건이 장래 산출할 것으로 기대되는 순수익이나 미래의 현금흐름을 환원하거나 할인하여 대상물건의 가액을 산정하는 감정평가방법을 말한다. 12의2. “적정한 실거래가”란 부동산 거래신고 등에 관한 법률에 따라 신고된 실제 거래가격(이하 “거래가격”이라 한다)으로서 거래 시점이 도시지역(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제36조 제1항 제1호 에 따른 도시지역을 말한다)은 3년 이내, 그 밖의 지역은 5년 이내인 거래가격 중에서 감정평가법인 등이 인근지역의 지가수준 등을 고려하여 감정평가의 기준으로 적용하기에 적정하다고 판단하는 거래가격을 말한다. 제11조【감정평가방식】감정평가법인등은 다음 각 호의 감정평가방식에 따라 감정평가를 한다.

1. 원가방식: 원가법 및 적산법 등 비용성의 원리에 기초한 감정평가방식

2. 비교방식: 거래사례비교법, 임대사례비교법 등 시장성의 원리에 기초한 감정평가방식 및 공시지가기준법

3. 수익방식: 수익환원법 및 수익분석법 등 수익성의 원리에 기초한 감정평가방식

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2020.7.30. 사업시행사와 체결한 ‘쟁점토지 취득권리 매매계약서’(매매가액은 OOO원으로 ㎡당 OOO원)를 제출하였다. (나) 해양수산부와 사업시행사가 2014.3.24. 체결한 ‘OOO 재개발사업 실시협약’을 제출하였다. (다) OOO지방해양수산청장이 GGG 및 HHH감정평가법인에게 의뢰한 ‘OOO 항만재개발사업(2단계)’에 대한 감정평가서의 주요 내용은 아래와 같다. ＜GGG감정평가법인 감정평가서 주요 내용＞ ㅇㅇㅇ ＜HHH감정평가법인 감정평가서 주요 내용＞ ㅇㅇㅇ (라) 청구법인이 제출한 ‘OOO 항만재개발사업 2단계 총사업비 산정서’의 주요 내용은 아래와 같다. ＜OOO 항만재개발사업 2단계 총사업비 산정서＞ ㅇㅇㅇ (마) 청구법인이 AAA 및 BBB감정평가법인에게 의뢰한 ‘OOO 외 소재 부동산 담보물’에 대한 감정평가서의 주요 내용은 아래와 같다. ＜AAA감정평가법인 감정평가서 주요 내용＞ ㅇㅇㅇ ＜BBB감정평가법인 감정평가서 주요 내용＞ ㅇㅇㅇ (바) 청구법인은 2020.12.21. 매수법인과 체결한 ‘계약상 지위 이전 합의서’를 제출하였다. (사) 매수법인이 2020.12.21. 개최한 이사회 및 임시주주총회 의사록에 따르면, ‘계약상 지위 이전 합의서 체결 및 이행(승계된 계약의 이행 포함)의 건’이 이사회 및 임시주주총회에서 승인된 사실이 나타난다. (아) OOO가 EEE감정평가법인에게 의뢰한 ‘매수법인 담보물’에 대한 감정평가서의 주요 내용은 아래와 같다. ＜EEE감정평가법인 감정평가서 주요 내용＞ ㅇㅇㅇ (자) III㈜가 JJJ감정평가법인에게 의뢰한 ‘OOO, OOO 항만재개발사업(2, 3단계)’에 대한 감정평가서의 주요 내용은 아래와 같다. ＜JJJ감정평가법인 감정평가서 주요 내용＞ ㅇㅇㅇ (2) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인의 직원인 BBB이 2022년 7월 작성한 확인서에는 “청구법인이 쟁점토지 매수권리를 2020.12.21. 양도하기 전에 양수자인 매수법인과 OOO 간에 해당 토지 취득자금 대출을 위한 대출약정 과정에서 EEE감정평가법인에 의해 쟁점토지가 OOO원에 감정평가(2020.12.9. 작성)된 사실을 인지하였음에도, 당사의 의뢰에 따라 감정평가된 AAA감정평가법인 감정가액(2020.12.16. 작성) OOO원, BBB감정평가법인 감정가액(2020.12.16. 작성) OOO원의 평균액을 기준으로 OOO원의 거래가액을 산정하였음을 확인한다”는 내용이 기재되어 있다. (나) 쟁점토지와 관련하여 시가평가를 위하여 청구법인이 의뢰한 감정평가가액 및 담보평가를 위하여 OOO가 의뢰한 쟁점감정가액은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 쟁점토지 취득권리 양도가액 산정에 사용된 감정가액 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인의 쟁점토지 취득권리 취득·양도과정은 다음과 같다. 1) 청구법인은 2018.2.1. OOO 항만재개발사업 사업시행사와 2단계 사업 조성부지 중 근린상업용지 6, 7, 8구역에 대한 ‘부동산 매매예약서’를 작성하였다. 2) 2019년 하반기에 OOO 항만재개발사업 2단계 부지 중 업무시설용지 1, 2부지가 일반상업용지 3, 4부지(쟁점토지)로 용도변경되었다. 3) 기존 매매예약토지였던 ‘근린상업용지 6, 7, 8구역’이 2020.7.30. 쟁점토지로 대상이 변경되었고, 사업시행사와 청구법인 간 쟁점토지 취득권리 매매계약서가 작성되었다(아래 ＜표6＞ 참조). ＜표6＞ 쟁점토지 취득권리 매매계약서 주요 내용 ㅇㅇㅇ 4) 청구법인은 2020년 12월 초에 쟁점토지 생활형 숙박시설에 대한 사업성 검토, 매각자문 검토, AAA감정평가법인에 감정평가 사전견적(용역제안서상 사전견적가액은 OOO원으로 산출)을 하였다. 5) 청구법인의 의뢰에 따라 2020.12.1. AAA 및 BBB감정평가법인은 감정평가를 수행하였다. 6) OOO는 2020.12.9. 매수법인에 대한 대출을 위해 EEE감정평가법인에 감정평가를 의뢰하였다. 7) 청구법인과 매수법인은 2020.12.23. 쟁점토지 취득권리에 대한 ‘계약상 지위 이전 합의서’를 체결하였다. (라) 청구법인과 매수법인은 AAA이 사실상 지배하고 있는 특수관계법인으로, 양 법인의 이사진 및 주주현황은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 청구법인 및 매수법인의 주주 및 이사진(2020년 기준) ㅇㅇㅇ (마) 처분청은 매수법인의 주주 AAA이 아래 ＜표8＞과 같이 매수법인에서 발생하는 배당가능이익의 65%를 배분받을 수 있는 것으로 검토된다며 매수법인의 정관을 제출하였다. ＜매수법인 정관 상 우선주 이익분배 부분발췌＞ ㅇㅇㅇ ＜표8＞ 매수법인 정관상 배당가능이익 분배기준 정리 ㅇㅇㅇ (바) AAA·BBB·EEE감정평가법인 모두 쟁점토지를 평가시 감정가액 산정방식은 공시지가기준법을 기준으로 평가하되, 거래사례비교법에 의한 시산가액으로 그 합리성을 비교·검토하였음이 나타난다. 1) 3개 감정평가법인 모두 공시지가기준법 계산에 적용한 비교표준지는 ‘OOO’로 동일EEE, 그 밖의 보정요인’을 계산함에 있어서의 평가사례기준가격 산출상의 ‘개별요인’의 평가 및 ‘선행사례’의 선정에 그 차이가 발생하여 감정평가액의 현저한 차이가 발생하였음이 나타난다(아래 ＜표9＞ 참조). ＜표9＞ 3개 감정평가서상 그 밖의 보정요인 적용 ㅇㅇㅇ 2) 거래사례비교법에 있어 BBB·AAA감정평가법인은 동일한 OOO을 채택하였고, EEE감정평가법인은 OOO 토지를 채택하였음이 나타난다(아래 ＜표10＞ 참조). ＜표10＞ 거래사례비교법 적용 내용 ㅇㅇㅇ 3) 3개 감정평가법인이 산정한 쟁점토지에 대한 최종 감정가액은 아래 ＜표11＞과 같다. ＜표11＞ 쟁점토지에 대한 최종 감정가액 ㅇㅇㅇ 4) 3개 감정평가서상 평가선례·거래사례자료 검토시 아래 ＜표12＞와 같이 2019·2020년 OOO의 공시지가 대비 시세율 평균은 2.095배이고, 시가참고 평가액 및 거래사례가는 공시지가의 2배 이상 시세차이가 있는 것으로 나타난다. ＜표12＞ 3개 감정평가서 상 평가선례·거래사례자료 리스트 요약 ㅇㅇㅇ 5) 처분청은 사업시행사의 2020년 하반기 OOO 항만재개발사업 2단계 부지 일부에 대한 공개입찰자료에 따르면, 입찰내역의 최저입찰가 대비 ㎡당 가액이 2021년 공시지가 대비 2배 이상으로 책정되었고, 사업시행사와 OOO해양수산청 간의 총사업비 범위 내 조성토지 소유권의 정산을 목적으로 평가된 GGG·HHH감정평가법인의 감정가액은 항만재개발사업 2단계 전체 조성토지에 대해 필지별 평가된 가액으로 2단계 부지 중 일부 공개입찰 자료상의 최저입찰가보다 GGG·HHH감정평가액이 낮은 가액으로 평가되어 있다며 아래 ＜표13＞과 같은 내용의 자료를 제출하였다. ＜표13＞ OOO 상 2단계부지 공개입찰자료 일부 발췌 ㅇㅇㅇ 6) OOO 항만재개발사업(1단계∼3단계)상 쟁점토지의 위치는 아래 ＜그림＞과 같다. ㅇㅇㅇ 7) 매수법인은 2020년 12월 청구법인으로부터 쟁점토지를 OOO원(㎡당 OOO원)에, 2020년 10월 청구법인의 특수관계법인인 ㈜FFF(청구인 지분 70% 보유)로부터 일상2토지(OOO)를 OOO원(㎡당 OOO원)에 매수하였다. (3) 처분청 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다. (가) 처분청은 감정평가의 목적에 따라 감정가액이 달라질 수 있는 기치다원론에 대한 인식 없이 비교대상 평가선례지를 채택함에 있어 “시가감정 평가선례지와 담보감정 평가선례지의 경우 ‘OOO’이라는 동일지역에 소재하고 있어 도심지역과의 비교자체가 무관하므로 쟁점토지와 평가사례지인 OOO의 입지조건은 직접적인 비교대상이 아니다”라고 답변하였다. 그러나 같은 지역이나 도시에 있어서도 각 지역의 도심성숙도나 경제적 활성화의 차이에 따라 토지나 건물의 시세가 큰 차이를 보이게 됨이 일반적임에도 이런 사실을 부인하여 ‘동일도시지역 내’라는 사실만을 부각하여 이러한 도심의 성숙도 등에 대한 입지조건을 가격산정의 기준에 반영할 이유가 없다고 답변하는 것은 실제 경제상황을 배제하겠다는 의견에 불과하다. (나) 처분청은 쟁점거래의 경우 매수법인이 다른 특수관계법인인 ㈜FFF로부터 매입한 일상2토지의 경우 OOO 내 항만재개발사업구역 내에서 조성된 토지로 쟁점토지와 인접하고 여러 가지 입지요인 등이 유사함에도 불구하고, 쟁점토지는 ㎡당 OOO원, 일상2토지는 ㎡당 OOO원으로 거래되어 그 가격차이가 크게 나는바 쟁점거래는 부당히 저가로 거래한 것이며, 2020년 11월 AAA감정평가법인이 수행한 사전견적용역제안서에는 쟁점토지의 감정가액이 OOO원으로 기록되어 있는바 처분청의 시가산정에 대한 의견이 타당하다고 답변하였다. 1) 그러나 일상2토지를 먼저 살펴보면, 2018.10.8. 해양수산부와 사업시행사의 총사업비 정산에 따른 거래금액은 AAA·대일감정평가법인의 감정가액 평균액인 ㎡당 OOO원, 총 거래가액은 OOO원이며, 쟁점토지는 2020.6.8. 해양수산부와 사업시행사의 총사업비 정산거래금액은 GGG·HHH감정평가법인의 감정가액으로 ㎡당 OOO원, 총 거래가액은 OOO원이다. 가) 차이가 나는 첫번째 원인은, 항만재개발공사 후 해양수산부와의 거래가격 자체가 쟁점토지보다 일상2토지가 더 높다는 것이다. 즉 일상2토지가 쟁점토지보다 더 빨리 준공된 점, 입지조건 등을 반영하여 해양수산부가 사업시행사와 협의하여 산정한 토지의 조성원가가 더 많이 산정되어 있는 점 등을 고려하지 않고, 단순하게 쟁점토지의 단위당 거래가액이 일상2토지의 단위당 거래가액보다 적다는 이유만으로 저가거래에 해당한다고 판단하는 것은 사실관계를 오도한 잘못된 판단이다. 그리고 ㈜FFF가 2020년 10월 거래한 일상2토지의 경우에도 그 거래가액의 산정은 쌍방의 합의 등 주관적 가치가 아니라, 매수법인이 매매거래목적의 시장가치기준으로 평가한 AAA감정평가법인의 감정평가금액(OOO원)을 근거로 체결되었다. 나) 차이가 나는 두번째 원인은, 쟁점토지의 경우 2017.12.28. OOO 도시계획조례 용도용적제가 실시되어 사업계획 및 실시계획 변경(2019년 12월)으로 OOO 도시계획조례 제62조 제4항에 따라 용도용적제를 적용하게 되어 일상2토지의 가격보다 낮게 산정된 것이다. 그리고 일상2토지의 경우 OOO 도시계획조례 용도용적제 실시이전인 2015.6.24. 사업 및 실시계획 승인이 이루어져 해당 용도용적제를 적용받지 않았다. 이와 같이 일상2토지의 경우 용도용적제 미적용으로 900%의 건축용적률을 적용받고, 쟁점토지인 일상3, 4토지의 경우 용도용적제 적용에 따라 건축용적률이 540%로 낮춰져 그 차이가 360%나 남에도 불구하고 이를 동일한 조건의 토지로 보아 매각하려 한다면 쟁점토지의 경우 건축 관련 수익이 현저히 낮아지므로 이를 동일한 단위당 공급가액 내지는 유사한 공급가액을 적용하여 매매하는 것은 불가하다 할 것이다. 처분청은 이러한 구체적 거래경위와 행정기관의 조례사항 등에 따른 규제 및 해당 규제의 적용시기 등을 파악함 없이 표면적 부분만을 과세처분의 근거로 제시하였는데, 이는 거래의 전체적이고 실질적인 상황을 반영하지 못한 판단이라 할 것이다. 2) 처분청은 쟁점토지에 대하여 2020년 11월 AAA감정평가법인이 수행한 사전견적용역 제안서상의 감정가액인 OOO원이 존재하는바, 이 가액은 쟁점토지의 3개 감정기관의 감정가액의 평균액과 유사하므로 처분청의 시가로 본 금액과 유사하므로 처분청의 시가 산정이 합리적이라 하였다. 그러나 사전견적용역 제안서상의 감정가액이란 일반적으로 탁상감정가액이라고 칭하고, 이 탁상감정가액은 현장에서 물건을 보지 않고 책상에서 감정가액을 도출하는 것으로 담보에 대한 정보를 참고하기 위한 것으로 이는 일반적인 거래목적에서는 사용되지 않고 단지 금융기관이 대출을 위하여 내부에서 대출가능금액의 측정치 산정에 이용되고 있으며 이 가액은 법률적·실질적 효력은 전혀 없는 것이다. 조세심판원 선결정(조심 2021중2238, 2022.5.18.)에서도 거래상대방이 제출한 매수의향서의 가액은 추후 거래상대방의 가격협상의사를 반영하여 변동 가능성이 존재하여 확정력이 없다 할 것이며, 실제 거래로 연결되지 않아 이는 시가로 볼 수 없다고 판시하고 있어, 거래 쌍방을 구속하거나 법률적인 확정력이 없는 가액은 시가로 볼 여지가 없으므로 이 건 탁상감정가액의 경우도 이러한 취지와 다름이 없다 할 것이다. (다) 처분청은 OOO상 2단계부지 공개입찰자료를 보아도 쟁점토지의 거래가액과 상당한 차이가 난다고 답변하였다. 1) 그러나 이미 전술한 사실과 같이 재개발사업대상토지에 대한 행정적용의 시간적 차이로 인한 용도용적제 적용 여부에 따른 상이한 조건이 존재하고, 이에 더하여 해당 입찰가격은 사업시행사가 취하고 싶은 희망예정가격이지 이 가격이 확정력 있는 정가에 해당되지 않는다(즉 거래로 확정되지 않은 희망예정가격을 시가의 판단의 자료로 삼을 수는 없다). 2) ‘2단계 준공감정가 및 분양가액’의 내용(아래 ＜표14＞ 참조)을 보아도, GGG감정가액보다 최저입찰가가 그 입지에 따라 거의 유사한 경우도 있고, 최대 140% 이상 상향되어 제시된 경우도 있어 해당 토지의 입지조건이나 행정적 요인, 분양 면적 등을 고려함이 없이 쟁점토지와 무조건적으로 거래가격을 분석하는 것은 지양되어야 한다. ＜표14＞ 2단계 준공감정가 및 분양가액 중 일부 ㅇㅇㅇ 3) 또한 공개입찰자료금액은 해양수산부와 사업시행사와의 사업비정산 감정평가금액으로 분양가액이 결정되지 않고, 사업시행사(주주의 구성은 청구법인, OOO, OOO, OOO 등)와 대출금융기관인 한국투자증권 외 10개의 금융기관이 2020.2.26. 체결한 ‘사업 및 대출약정서’에서 정하고 있는 분양관련 준수사항의 내용에 따른 금액에 의하여야 하며, 이 금액으로 분양이 되지 않을 경우 10%∼20%까지 할인율을 적용하여 분양금액을 수정하도록 되어 있어 사업시행사가 임의로 토지 분양가를 결정할 수 없는 것이어서 OOO상의 공개입찰자료금액보다 쟁점양도가액이 적다하여 저가거래되었다고 보는 것은 실체적 내용을 파악하지 못한 의견이다 (4) 청구법인의 항변에 대한 처분청의 추가 의견은 다음과 같다. (가) 쟁점토지의 시가를 산정함에 있어 EEE감정평가법인의 감정가액을 포함시키는 것은 타당하고, 청구법인이 제출한 자료만으로는 EEE감정평가법인의 감정가액이 불합리하다는 점이 입증되지 않았는바(또한 EEE감정평가법인의 감정가액의 적정성 여부는 이 건 심판청구 절차에서 감정평가업자가 아닌 청구법인의 주장에 의하여 좌지우지될 영역이 아니고, 법원에서 법원감정 등 객관적인 증거조사를 통하여 다루어져야 할 부분임), 3개 감정가액의 평균액을 시가로 보아 청구법인에게 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다. (나) 법인세법제89조 제2항 제1호에서는 “감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액)”으로 시가의 범위를 규정하고 있는바, 해당 규정에서 감정평가업자가 감정한 가액을 명시함에 있어 그 평가목적이 반드시 “시가평가목적의 감정가액”이어야 한다고 규정하고 있지 않다. 매매거래에 있어 감정평가액을 시가로 보기 위해서는 그 평가목적에 관계없이, 공신력 있는 감정평가기관에 의해 대상물건의 모든 가격산정요인이 구체적·종합적으로 참작되어 각 요인들이 빠짐없이 반영되었는지, 대상물건의 제반 가격형성요인, 구체적인 품등비교내역이나 그 격차율에 대한 구체적인 기재 등 그 감정평가 내용의 진실성과 정당성을 담보할 수 있을 정도의 합리적인 이유가 설시되었는지가 중요한 요소이며 그러한 감정평가에 따른 평가액이라면 담보목적의 평가액 또한 법인세법제52조에서 정하는 시가로 볼 수 있다. (다) 청구법인은 EEE감정평가서상 공시지가기준법 감정평가시 평가선례지를 마치 쟁점토지와 직접 비교하여 실질적인 경제상황을 배제하고 보정치를 잘못 결정한 것처럼 주장하고 있다. 1) 그러나 공시지가기준법의 감정평가방식은 해당지역 토지의 지가대표성이 있는 비교표준지를 선택하고, 동 비교표준지와 평가대상토지를 비교·조정한 후, 비교표준지와 평가선례지 또는 거래사례지의 평가선례 또는 거래사례가액을 그 밖의 보정요인으로 보정치를 결정하여 최종 감정평가액을 산정한다. 또한, 비교표준지는 국토교통부장관이 전국의 개별토지 중 지가대표성 등이 있는 필지를 선정, 조사하여 공시하는 것으로, 토지시장의 일반적인 지표가 되는 토지이다. 2) EEE감정평가서는 비교표준지와 쟁점토지를 개별요인에 의해 0.700대로 합리적으로 조정하였음이 확인되고, 평가선례로 적용한 ‘OOO’의 공시지가는 OOO원인데, 동 평가선례토지의 평가선례가액은 공시지가 대비 차이 2.036배로 OOO의 시세반영(공시지가 대비 시세율 평균 2.095배) 등에 있어 합리성의 결여됨이 없음이 확인되며, ‘그 밖의 보정요인 보정치 산출내역’ 검토시에도 1.05배의 보정치는 비교표준지 공시지가 OOO원 대비 평가선례공시지가 OOO원의 차이를 적절히 반영한 가액으로 확인됨을 알 수 있어 청구법인이 주장하는 감정평가의 합리성 내지 정당성을 왜곡할 여지를 찾을 수 없다. (라) 청구법인은 처분청이 일상2토지의 ㎡당 거래가액보다 쟁점토지의 거래가액이 적다는 이유만으로 쟁점토지의 거래가액이 저가거래라고 판단하였다고 호도하고 있으나, 처분청은 3개 감정평가기관의 감정평가서 평균가액인 OOO원(㎡당 OOO원)을 쟁점토지의 합리적인 시가로 판단한 것이지 일상2토지의 매매사례가액인 ㎡당 OOO원을 쟁점토지의 시가로 판단하고 과세한 것이 아니다. 일상2토지의 매매가액 ㎡당 OOO원과 처분청의 쟁점토지 시가 적용가액 ㎡당 OOO원은 단순 ㎡당 가액 비교시에도OOO원이 적게 평가된 가액임이 확인된다. 처분청이 일상2토지와 쟁점토지의 매매거래를 비교 분석한 사유는, 일상2토지의 매매가액을 유사토지매매사례가액으로 적용하기 위함이 아닌 청구법인이 본인과 ㈜FFF의 거래내용을 모두 인지할 지위에 있었고, 합리적인 경제인이라면 쟁점토지의 매매가액 ㎡당 OOO원의 불합리성을 충분히 인지할 수 있었다는 점을 설명하기 위함이었다. (마) OOO상 2020년 11월 개찰된 ‘2단계부지 공개입찰자료’ 확인시 OOO해양수산청과 사업시행사 간의 사업비정산목적의 감정가액이 쟁점토지의 ㎡당 가액 OOO원과 유사한 다수 토지를 ㎡당 OOO원 초·중반대에 공개 입찰하였음을 알 수 있고, 청구법인은 동 가격이 사업시행자의 희망예정가격이지 확정력이 있는 정가에 해당되지는 않는다고 주장한다. 그러나 공개입찰을 통해 동 가격에 낙찰되었다면 동 낙찰가격이 실제 거래가격이 되는 것으로, 청구법인이 매각하고자 하는 쟁점토지의 시가 판단의 중요한 정보로 삼을 수 있음이 분명하며, AAA감정평가법인의 제안서상 사전감정평가액 또한 처분청은 법률적·실질적 효력의 문제를 거론하는 것이 아닌 쟁점토지 시가판단의 정보로서의 가치가 있음을 언급한 것이다. (바) 해양수산부와 사업시행자 간의 거래가액은 총사업비 범위 내에서 조성토지 소유권의 정산을 목적으로 항만재개발사업 2단계 전체 조성토지에 대해 필지별 평가된 GGG 및 HHH감정평가서의 감정가액이고, 동 감정가액은 기 제출한 답변과 같이 전체 필지별 사업시행사 공개입찰 분양가액(2020년 11월 개찰, 분양최저 입찰가)과 비교시 현저히 저가로 평가되어 있음이 확인되어 비교가능한 감정가액으로 볼 수 없음이 명백하며, 청구법인은 사업시행사로부터 동 평가가액으로 2020.7.30. 쟁점토지 취득권리를 취득하였는데, 오히려 청구법인은 사업시행사와 2018.2.1. 최초 체결한 ‘ 부동산매매예약’에 따른 취득권리에 갈음하여 2020.7.30. 쟁점토지 취득권리로 변경된 계약을 하면서 사업시행사의 공개입찰 예정가액이 아닌 총사업비 정산목적의 낮은 감정가액을 적용받아 쟁점토지를 취득함으로써 그 혜택을 얻었다고 봄이 타당하다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 법인세법 시행령제89조 제2항에서 시가가 불분명할 경우 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 시가로 보는 것이고 이 경우 감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액으로 하여야 하므로 담보목적으로 평가한 EEE감정평가법인의 쟁점감정가액 또한 공신력 있는 감정평가법인의 평가액이어서 법인세법 시행령제89조 제2항 제1호에 따른 시가에 해당한다 할 것인바, 쟁점감정가액을 포함한 3개 감정가액(AAA감정평가법인, BBB감정평가법인, EEE감정평가법인의 감정가액)의 평균액으로 산정한 쟁점토지의 시가와 비교할 때 청구법인이 특수관계에 있는 매수법인에게 쟁점토지 취득권리를 저가로 양도하였기에 이에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다는 의견이다. (나) 그러나 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이 되는 자산저가양도의 판단기준인 시가가 불분명할 경우 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가업자가 감정한 가액을 시가로 볼 수 있으나, 위와 같은 감정평가 결과를 근거로 한 시가의 추정 내지 파악이 무조건 허용되는 것은 아니어서 그 감정가격을 시가로 볼 수 있기 위해서는 어디까지나 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 할 것(대법원 2003.5.30. 선고2001두6029 판결 등 참조)으로, 이 건의 경우 청구법인과 매수법인이 외관상 특수관계에 있기는 EEE 각 법인의 주주 및 임원 구성, 의결권 비율 등으로 보아 청구법인과 매수법인이 서로에게 이익을 분여할 관계에 있는 것으로 보이지 아니한 점, 2019년 12월부터 쟁점거래일인 2020.12.21.까지 쟁점토지에 대한 여섯 개의 감정가액이 존재하는데 2019년 12월 III의 의뢰로 JJJ감정평가법인이 감정한 가액은 OOO원이고, 그로부터 6개월 후인 2020년 6월 해양수산부의 의뢰로 GGG 및 HHH감정평가법인이 감정한 가액은 OOO원 및 OOO원이며, 그로부터 다시 6개월 후인 2020년 12월 청구법인의 의뢰로 AAA 및 BBB감정평가법인이 감정한 가액은 OOO원 및 OOO원인데 비해 새마을금고BBB회의 의뢰로 EEE감정평가법인이 감정한 가액은 OOO원으로 위 5개의 감정가액과 큰 차이가 나는 점, 청구법인과 매수법인 간에 거래된 쟁점토지의 양도가액 OOO원은 쟁점토지의 시가감정을 목적으로 2개 감정평가기관이 평가한 감정가액의 평균액을 고려하여 결정한 가액으로, 쟁점거래일 6개월 전인 2020년 6월에 해양수산부와 사업시행사간 거래가액인 OOO원보다 10% 이상 높고, 청구법인의 2020.7.30. 매수가격인 OOO원보다도 OOO원 이상 높은 가격이며, 쟁점감정가액을 제외한 다섯 개의 감정가액과는 최대 14% 정도 차이가 나는데 반해 쟁점감정가액과는 47% 정도 차이가 나는 가격인 점, 국토교통부가 발표한 2019년 대비 2020년 전국평균지가상승률은 0.8625%이고 2020년 OOO의 지가상승률은 0.048%로 OOO지역의 지가상승률은 전국평균지가상승률 대비 5%에 불과함에도 쟁점감정가액을 쟁점토지의 시가로 인정할 경우 쟁점토지만 1년 사이에 172% 상승하게 되는 결과가 되는 점, 처분청이 쟁점토지의 시가 산정에 포함시킨 쟁점감정가액은 새마을금고BBB회가 매수법인으로부터 회수할 채권(대출금)에 대한 담보의 가치를 측정하고자 하는 목적으로 산정되었던 가액인 점 등을 종합할 때 담보가치 평가목적의 쟁점감정가액을 법인세법제52조 제2항에 따른 쟁점토지의 시가로 보기는 어렵다고 판단되므로 처분청이 쟁점감정가액을 시가의 범위에 포함시켜 3개 감정평가기관의 감정가액의 평균액을 쟁점토지의 시가로 보아 청구법인에게 부당행위계산 부인규정을 적용하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있고 쟁점토지의 시가를 쟁점감정가액을 제외한 AAA감정평가법인과 BBB감정평가법인의 감정가액의 평균액으로 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.