쟁점토지와 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 aaa과 공동으로 소유하고 있던 OOO 외 5필지의 토지 및 건물(건물 OOO, 토지 OOO, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2021.4.8. ㈜BBB(이하 “BBB”라 한다)에게 OOO원에 일괄 양도한 후, 2021.6.30. 청구인 소유 지분의 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다.
• 나. OOO청장(이하 “조사관서”라 한다)은 2022.6.14.부터 2022.8.5.까지 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 쟁점부동산의 양도가액을 토지 및 건물로 구분하지 아니하고 양도금액 전체를 토지금액으로 신고한 부분에 대하여 부가가치세법 제29조 및 같은 법 시행령 제64조에 따라 전체 양도금액을 매매 계약일 현재의 토지 및 건물 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액을 토지(OOO원) 및 건물(OOO원) 양도가액으로 재계산하고, 양도가액 변경에 따른 (환산)취득가액 등을 경정하여 처분청에 제세 결정 통보를 하였는바, 처분청(OOO)은 2022.8.29. 청구인에게 2021년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였고, 처분청(OOO)은 2022.9.2. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.11.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점부동산 중 건물은 1994년 4월경 신축하여 양도일 현재 많이 노후화되어 재건축을 고려하던 중 OOO 지역의 부동산 개발 활황으로 부동산개발업체와 거래가 성사되어 매매가 이루어진 것으로, 매수자는 철거 후 새로운 건물을 신축하려는 용도로 매입하는 것이므로 당연히 구(舊)건물은 자산가치가 없는 것이어서 토지값만 쌍방이 합의하여 체결된 거래로서, 매매계약서 사본에도 ‘건물은 노후되었고, 사업시행을 위하여 철거예정이므로 별도의 가액이 없는 것으로 한다’고 명시되어 있다. 이는 거래당사자간 자유로운 의사합치로 계약을 체결한 것으로 거래관행을 현저히 벗어나거나 부가가치세 등 조세회피 의도에 따라 건물가액을 “OOO”으로 한 것이 아니다. (1) 구 부가가치세법 시행령 제64조 와 소득세법 시행령 제166조 제6항 을 보면, 토지와 건물 등을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있는바, 여기서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 토지와 건물의 가액의 구분이 없거나 구분하였다 하더라도 거래당사자가 조세를 회피할 목적으로 통상의 거래관행에 현저히 벗어나는 가액으로 자산별 가액을 임의로 구분한 경우에 적용하는 것이지, 그것이 거래관행에 따른 당사자 사이의 합리적인 가액 결정에 의한 것인 경우에도 적용하는 것은 아니라 할 것이다. 이 건의 경우 위 기재내용과 같이 구(舊)건물이 노후화 되고, 철거 예정인 상황에서 매매가 이루어졌음에도 불구하고 처분청은 제반 상황의 고려 없이 단순히 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 난다고 하여 구 부가가치세법 시행령 제64조 와 소득세법 시행령 제166조 제6항 을 적용한 것은 거래당사자간 자유의사에 의하여 체결한 매매가액을 무시하여 국세부과의 대원칙인 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙에 위배되는 것이고, 결과적으로 양도소득세를 산정함에 있어 그 양도가액을 원칙적으로 실지거래가액에 의하도록 하고 있는 소득세법의 체계에도 반하는 처분으로 위법ㆍ부당하다(서울행정법원 2019.9.3. 선고 2019구단50406 판결 참조). (1) 한편, 부가가치세법 제29조 제9항 과 같은 법 시행령 제64조 제2항은 법률 제18577호(2021.12.8.) 및 대통령령 제32419호(2022.6.30.)로 개정시 법 조문에 “ 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다”고 단서 규정을 신설하였고, 시행령 조문에서 “① 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우와 ② 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다”고 조문을 개정ㆍ신설하였는바, 개정 취지가 기존 조문의 입법 미비점을 보완하여 부당한 과세행정을 바로 잡은 것이라 할 수 있는바, 불완전한 법령에 근거한 이 건 부가가치세 등 부과 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 구부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것, 이하 같다) 제29조 제9항을 보면, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에는 실지거래가액을 공급가액으로 하는 것이나, 다만 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 및 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 기준시가 등으로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 기준시가 등에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다고 명시하고 있다. 또한 소득세법 제100조 제2항 을 보면 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 안분계산하게 되어 있으며, 같은 조 제3항에서는 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있다. 관련 법리에 대하여 법원은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 이 조항의 입법 취지, 예외를 허용하는 단서를 두지 않은 이 사건 조항의 문언 내용 및 형식, 조세명확주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 위 조항의 그 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라, 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석하고 있으며(대법원 2020.11.5. 선고 2020두42798 판결, 대구지방법원 2021.4.29. 선고 2020구합24730 판결 등 참조), 조세심판원도 법원과 동일한 입장으로 결정하고 있다(조심 2020구964 2020.6.1. 등). 따라서 청구인이 2021.4.8. 양도한 쟁점부동산은 토지와 건물의 실지거래가액이 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하거나 또는 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 기준시가 등으로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당되므로 이 건 부가가치세 및 양도소득세 부과처분은 적법하다. (1) 쟁점부동산의 양도는 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 기준시가 등으로 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에 해당하거나 토지의 가액과 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당한다. (가) 청구인이 양도소득세 신고시 평가한 쟁점부동산의 토지 및 건물 양도가액을 기준시가로 안분계산하면 아래 <표1> 내용과 같다. <표1> 실지거래가액 및 기준시가 안분계산가액의 비율차이 ◯◯◯ (나) 위 <표1>과 같이 청구인의 쟁점부동산 양도에 따른 토지 및 건물 신고 양도가액과 기준시가로 안분계산한 토지 및 건물 양도가액 차이가 30% 이상인 경우로서 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 및 소득세법 제100조 제2항 및 제3항이 적용된다. (다) 청구인은 매수인과 작성한 매매계약서에 건물의 가액과 토지의 가액을 구분 기재하였으므로 구분이 불분명한 경우에 해당하지 않는다고 주장하나, 법원은 소득세법 제100조 제2항 에서 말하는 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때’라 함은 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지와 건물 등의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지로 해석하여야 한다고 판단(대법원 2013.1.24. 선고 2012두22492, 의정부지방법원 2021.11.15. 선고 2021구단6315 판결 등 참조)하고 있고, 조세심판원도 당사자 간 합의서상의 토지 및 건물의 가액이 양도 당시의 시세를 반영한 정당한 가격임을 청구인이 입증하지 못한 경우이거나 실지거래가액으로 안분하는 경우 토지와 건물의 이용현황이나 효용가치 등을 고려하지 않는 등 안분 계산한 근거가 합리성이 부족하다면 기준시가 등의 비율에 의하여 안분하는 것이 타당하다고 결정한 바(조심 2012부3775 2012.10.23., 2011중1667 2011.6.28. 등 참조) 있다. (라) 청구인은 쟁점부동산의 건물이 노후화되어 재산적 가치가 없고 취득 후 철거예정이라 양도가액을 OOO으로 합의하였다고 주장하나, 쟁점부동산의 건물이 1994년 신축되었다고 하더라도, 양도계약 당시인 2020년 제1기 부가가치세 신고서상 임차인들의 임대보증금이 OOO원이고, 매월 발생하는 임대료가 OOO원으로 확인되며, 또한, 청구인의 종합소득세 신고서상 2020년 말 대차대조표의 건물가액이 OOO원(감가상각 후 잔존가액)으로 확인되는 점 등으로 보아 건물이 재산적 가치가 없다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. (마) 취득 후 철거 예정이라는 주장은 청구인이 건물을 양도한 이후의 상황으로서 매수인의 고려사항이지 매도인인 청구인이 고려할 사항이 아니며, 엄연히 수익 창출 및 재산적 가치가 있는 건물이 존재함에도 건물가액을 OOO으로 결정한 것은 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 것으로서 부가가치세 등 조세회피의 의도가 있다고 볼 수 있다. (1) 위 관련 법리와 사실관계 등을 종합하면, 청구인이 양도한 쟁점부동산은 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 기준시가 등으로 안분계산한 금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에 해당되거나 또는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하는바, 부가가치세법 제29조 등에 따른 이 건 부과처분은 적법ㆍ타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 일괄양도에 대해 토지 및 건물의 양도가액을 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지1> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 매매계약서 등 심리자료를 보면, 청구인과 aaa은 2021.4.8. 쟁점부동산 매매시 건물가액을 산정하지 않았고, 토지는 지번에 관계없이 각 평당 OOO원으로 계산하여 OOO원에 양도(계약일: 2020.2.4.)하였는바, 필지별 양도가액 신고내용은 다음 <표2>와 같고, 매매계약서 주요 내용은 <별지2>기재와 같다. <표2> 쟁점부동산 필지별 신고양도가액 ◯◯◯ (1) 청구인의 쟁점부동산 관련 제세 신고내용을 보면, 청구인은 쟁점부동산 중 건물 부분에 대해 1994년경부터 부동산임대업을 영위하였던 것으로 확인되고, 2020년 귀속 종합소득세 신고시 제출된 재무상태표에는 토지 OOO원, 건물 OOO원, 임대보증금 OOO원이 계상되어 있는바, 처분청이 제출한 조사종결보고서를 보면, 청구인은 쟁점부동산 양도시 임차인인 OOO 등 11인에게 명도비용으로 OOO원을 지급한 것으로 나타난다. (1) 인터넷 포털사이트의 쟁점부동산 소재지 주변의 사진(로드뷰)을 보면, 쟁점부동산 매수인인 BBB는 쟁점부동산 매입 후 건물 등을 철거한 것으로 보이고, 이 건 심리일 현재 생활형 숙박시설(OOO)을 건축 중인 것으로 확인된다. (1) 이 건 부가가치세 등 부과처분시 적용한 부가가치세법 제29조 및 같은 법 시행령 제64조는 최근 2회(2018.12.31. 법률 제16101호, 2022.2.15. 대통령령 제32419호)에 걸쳐 조문 개정이 이루어진 것으로 확인되고, 현행 시행령 조문에서는 “토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우”에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 기획재정부에서 발간한 “간추린 개정세법”을 보면, 개정이유는 다음 <표3>, <표4>와 같이 확인된다. <표3> 2018간추린 개정세법 (부가가치세법 제29조) ◯◯◯ <표4> 2021간추린 개정세법 (부가가치세법 시행령 제64조) ◯◯◯ (1) 한편, 청구인과 처분청 사이에 쟁점부동산 양도에 대해 취득가액을 경정한 부분에 관하여는 상호간에 다툼이 없는바, 처분청은 쟁점부동산 중 청구인이 2019.11.1. 상속으로 취득한 <표2>의 2필지에 대해 상속세 과세가액에서 OOO원을 감액 경정하여 상속세 OOO원을 환급․결정하였고, 동 과세가액 차감금액을 양도세 취득가액(필요경비)에서 감액 경정한 것으로 확인된다. (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 매매계약서상 건물은 철거예정으로 가치가 없는 것으로 하여 거래당사자간 자유로운 의사합치로 작성된 것으로서 거래관행을 현저히 벗어나거나 조세회피 의도가 있다고 보기 어려우므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 구 부가가치세법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 구분한 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 의 개정이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로, 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점부동산의 토지가액만을 계산하여 일괄양도한 것에 대해 처분청이 기준시가 등에 의하여 다시 안분 계산하여 부가가치세 및 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령

(1) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

(3) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. <별지2> 쟁점부동산 매매계약서 ◯◯◯