AAA이 확인서를 통해 쟁점계약서2가 실제 계약서이고, BBB에게 발주하여 쟁점건물 공사를 진행하였다고 인정하고 있을 뿐 BBB에게 지급한 구체적인 일정과 금액 등이 불분명하므로 이에 대해 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 청구인에 대한 이 건 종합소득세 부과처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
AAA이 확인서를 통해 쟁점계약서2가 실제 계약서이고, BBB에게 발주하여 쟁점건물 공사를 진행하였다고 인정하고 있을 뿐 BBB에게 지급한 구체적인 일정과 금액 등이 불분명하므로 이에 대해 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 청구인에 대한 이 건 종합소득세 부과처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] OOO서장이 2022.5.11. 청구인에게 한 2016년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 AAA이 공사를 발주하고 공사대금을 지급하였다고 인정한 FFF 등에게 OOO원이 실제 지급되었는지 여부 및 지급일정 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]
(1) 쟁점계약서1의 내용을 변경하여 쟁점토지만을 매매 목적물로 하여 체결한 쟁점계약서2가 그 내용에 부합하는 금융거래내역, 매수인 AAA의 확인서 등 증빙자료를 통하여 실제 계약서인 사실이 확인되므로 쟁점토지 및 지상 미완성 건물 양도에 따른 수입금액은 OOO원이고, AAA이 쟁점토지와 쟁점건물을 포함한 쟁점부동산 전부를 목적물로 한 쟁점계약서1을 첨부하여 OOO원을 취득가액으로 신고하였다는 이유로 처분청이 청구인이 수입금액을 과소신고한 것으로 보아 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다. (가) AAA이 취득가액 증빙을 잘못 제출한 것을 인정하면서 쟁점계약서2가 실제계약서이고 잔여공사는 청구인과 무관하다는 내용의 확인서를 제출하였고, 쟁점계약서1에서는 계약일인 2016.10.6.에 계약금 OOO원을 지급하고 2016.11.18.에 잔금 OOO원을 지급하기로 약정되어 있는 반면, 쟁점계약서2 중 토지매매계약서에서는 계약금 OOO원은 계약일에, 중도금 OOO원은 2016.10.7.에, 잔금 OOO원은 2016.10.12.에 지급하고, 나머지 OOO원은 청구인의 대출금을 매수인이 승계하기로 약정되어 있으며, 건축공사계약서에서는 선금 OOO원을 계약일자인 2016.10.12.에 지급하고 잔금은 준공 후 전세보증금으로 대체하기로 되어 있는바, 청구인의 금융거래내역과 쟁점계약서2의 대금지급 일정이 아래 <표1>과 같이 일치하는 사실이 확인된다. <표1> 청구인의 금융거래 내역 OOO (나) 계약일자는 쟁점계약서1이 2016.10.6., 쟁점계약서2는 2016.10.7. 이었음에도 불구하고 쟁점계약서2의 작성일자를 2016.8.5.로 기재하여 오해의 소지가 있으나, 쟁점계약서2 중 토지매매 계약금 OOO원을 계약 시 지불하도록 한 것과 금융거래내역상 2016.8.5.이 아닌 2016.10.7.에 계약금이 입금된 사실을 통해 계약당사자의 합의로 계약일만 2016.8.5.로 소급하여 기재한 것을 알 수 있다. (다) 계약서 작성 후 이를 변경하는 것은 일반적인 것인데 처분청이 매수인 AAA이 제출한 쟁점계약서1에 기재된 매매대금을 근거로 청구인이 수입금액을 누락하였다고 본 것은 부당하고, 쟁점계약서2에 따른 금액과 지급일정이 금융거래 내역과 일치하는 사실이 객관적인 증빙을 통해 확인되므로 쟁점계약서2 및 이에 따라 지급받은 금액이 청구인의 수입금액에 해당한다.
(2) 처분청은 AAA이 잔여공사를 의뢰한 건물건축공사 시공자는 단순명의대여자이고, 실제로는 청구인이 잔여공사를 수행한 것으로 보아 잔여공사대금 OOO원이 청구인에 귀속되었다는 의견이나, 실지 소득귀속자 여부를 입증할 책임은 처분청에 있는 것이고 처분청이 청구인에게 위 잔여공사대금이 귀속되었다는 입증을 하지 아니한 채 청구인이 쟁점토지와 미완성된 건물을 처분한 이후에 매수인 AAA의 부실한 일처리에 따른 책임을 청구인에게 지우는 것은 위법․부당하다. (가) 처분청은 건축주가 건축공사를 의뢰할 때 사업자등록증 등을 확인하여 정상적인 사업자 여부를 확인하는 것이 당연한 것임에도 AAA이 사업자등록 및 건축 관련 사업을 영위한 이력이나 세금을 신고한 내역이 없는 시공자에게 건축공사를 의뢰한 점, AAA과 잔여공사 시공자가 체결한 건축공사계약서의 계약일인 2016.11.10.은 쟁점건물의 사용승인일인 2016.11.9. 이후로서 계약의 신뢰성이 떨어지는 점, 청구인이 쟁점토지와 미완성된 건물을 매도한 이후인 2016.12.21.에 청구인을 공급받는자로 하는 전기공사 관련 세금계산서가 발급된 점 등을 근거로 잔여공사 시공자는 단순 명의대여자이고, 청구인이 실지 공사대금 귀속자라는 의견이나, 위와 같은 사실은 청구인이 쟁점토지 및 미완성건물을 AAA에게 매도한 이후 발생한 것으로서 이는 AAA과 공사시공업자 간의 문제이지 청구인과는 아무 관계가 없는 것으로서 청구인이 이에 관여할 권한이나 의무도 없다. (나) 조세심판원 선결정례와 법원 판례는 귀속 명의와 주체에 대한 다툼이 있는 경우 이에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있고 누구에게 귀속되었는지 여부가 불분명할 경우 그로 인한 불이익은 궁극적인 증명책임을 부담하는 과세관청에 돌아간다고 해석하고 있으며, 다만 필요경비와 같이 납세의무자에게 유리하고 사실관계가 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있어 과세관청이 증명하기 곤란한 경우는 납세의무자의 증명 필요성을 인정하고 있다(조심 2021서926, 2021.6.8., 대법원 2014.5.16. 선고 2011두9935 판결 참조). 제3의 시공자가 단순 명의대여자이고 청구인이 실지 소득 귀속자라는 사실에 대한 입증책임은 처분청에 있는 것이고, 이에 대해 처분청이 쟁점금액이 청구인에게 귀속되었다는 어떠한 증거도 제시하지 못하고 있는 이상, 청구인이 쟁점토지와 미완성 건물을 매도한 이후에 AAA이 시공한 쟁점건물 공사비용의 근거가 부실하다는 이유로 청구인이 잔여공사를 수행하고 이에 대한 수입금액이 청구인에게 귀속되었다고 본 것은 부당하다. (다) 처분청은 청구인을 공급받는자로 하여 2016.12.21.자 전기공사 관련 세금계산서가 발급된 사실이 청구인이 잔여공사를 한 증거라는 의견이나, 위와 같은 처분청 의견은 위 세금계산서가 부가가치세법상 정당하게 교부된 것이라는 사실을 전제로 하여야 하는바, 2016.12.21.은 쟁점건물이 준공된 2016.11.9. 이후이므로 위 세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 거짓세금계산서로 보이고, 위 세금계산서가 매입세액 불공제와 같은 제재의 대상이 될 수는 있을지언정 청구인이 잔여공사를 수행하고 이에 대한 댓가를 수령하였다는 증거가 될 수는 없다 하겠다.
(3) 처분청은 소득세법 시행령 제48조 제5호 에 따라 건설 등에 의한 총수입금액은 작업진행률에 의하여 계산하여야 하는데 건축작업진행에 관한 증빙 자료가 없으므로 AAA이 잔여공사 시공자에게 지급한 금액을 청구인의 수입금액으로 보아야 한다는 의견이나, 소득세법 시행령 제48조 는 사업소득의 수입시기에 관한 것이지 수입금액의 적정성에 대한 규정이 아니고, 쟁점건물은 건축기간이 1년 미만으로 작업진행률 산정 대상이 아니며, 부동산 매매금액은 주변 시세를 감안하여 매도인과 매수인의 합의로 결정될 사안이지 작업진행률에 따라 결정될 수는 없다. 또한 소득세법 시행령 제48조 제5호 에서 규정하는 수입시기는 건설용역이나 예약매출에 관한 것으로 이 건 주택신축판매업에서 사전 예약매출이 없는 토지와 건물의 매매에 적용되는 규정이 아니고, 설령 위 규정을 적용한다고 하더라도 쟁점건물은 2016.4.20. 착공하여 2016.11.9. 사용승인을 받아 그 공사기간이 1년 미만이므로 작업진행률에 의하여 수입금액을 계산하는 것이 아니라 완성기준이나 인도기준에 따라 완성 또는 인도시기에 수입금액 전체를 인식하는 것이며, 작업진행률에 따라 수입시기를 결정할 경우에도, 소득세법 시행규칙 제20조 제3항 에 따라 예외적인 경우를 제외하고는 작업시간이나 작업일수, 기성공사의 면적이나 물량이 아니라 발생한 필요경비에 따라 작업진행률을 계산하여야 한다. 따라서 청구인이 2016년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 공사원가계산서에 지출한 공사 필요경비가 적시되어 있음에도 불구하고 처분청이 기성공사의 물량을 기준으로 하는 작업진행률이 제시되지 않았다는 이유로 쟁점금액을 청구인에게 귀속되는 수입금액이라고 본 것은 부당하다.
(4) 잔여공사대금인 쟁점금액이 청구인에게 귀속되었다고 보기 위해서는 청구인이 잔여공사를 수행하고 이에 따라 완성된 건물을 AAA에게 매도한 것이어야 하나, AAA이 미완성 건물을 매수하여 AAA 명의와 책임으로 잔여공사를 완료하였고, 건축물대장상 건축주 및 시공자는 AAA으로서 건물등기사항전부증명서상 원시취득자도 AAA이며, 청구인이 신고한 공사원가가 3.3㎡당 OOO원에 불과한 사실 등을 종합하여 고려하면 청구인이 잔여공사를 수행하지 않았다는 사실이 확인된다. (가) 청구인이 한 2016년 귀속 종합소득세 신고서상 공사원가계산서를 보면, 쟁점사업장의 건설원가는 OOO원(원재료비 OOO원, 외주비 OOO원, 경비 OOO원)이고 쟁점건물(연면적 524.54㎡)의 3.3㎡당 공사비는 OOO원인데, 위 금액으로 4층 13가구로 구성된 철근콘크리트구조의 다가구주택을 건설하고 에어컨, 냉장고, 전기쿡탑, 32인치 티브이, 드럼세탁기, 전자렌지, 침대, 옷장까지 제공하였다는 것은 2016년 당시의 물가를 감안하면 실현 불가능한 것으로서 청구인이 건설원가를 고의로 축소 신고하지 않은 이상 건설원가로 OOO원을 신고한 것은 수입금액이 OOO원(토지 OOO원, 미완성건물 OOO원)이었기 때문이라고 보는 것이 합리적이다. (나) 처분청도 청구인이 잔여공사를 수행하기에는 건설비용이 턱없이 부족하다는 사실은 인정하면서도 쟁점금액을 수입금액에서 제외하는 대신 잔여공사에 대한 건설비용 관련 증빙을 제출하면 비용으로 반영하겠다고 하였으나 청구인으로서는 청구인이 수행하지 않은 잔여공사 관련 비용의 증빙을 제출할 방도가 없다. (다) 처분청은 청구인이 쟁점토지와 미완성 건물을 매각한 이후 매수자 AAA이 한 행위에 대한 책임을 청구인에게 돌리고 있고, 소득의 실지귀속 여부의 입증책임은 처분청에 있음에도 쟁점금액이 청구인에게 귀속되었다는 증거는 하나도 제시하지 못한 채, 오히려 제3자인 AAA이 진행한 공사 관련 비용지출 증빙을 청구인에게 제출하도록 요구함으로써 납세자의 재산권을 침해하고 있다.
(1) 쟁점계약서1 상의 매매대금 OOO원이 실제와 달리 작성되었다거나 변경되었다는 청구주장은 신뢰하기 어렵고, 이를 청구인의 수입금액으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다. (가) 청구인은 AAA과 토지 및 신축중인 건물을 완공하기로 하는 내용의 쟁점계약서1을 2016.10.6. 체결하고, 계약 다음날에 쟁점계약서2를 2016.8.5.로 소급하여 작성하였으며, 2016.10.12. 미완성 상태에서 건물을 양도하기로 하는 건축공사 관련 계약서를 작성하였다고 주장하나, 청구인을 공급받는자로 하여 위 건축공사 관련 계약서 작성일인 2016.10.12.이 지난 시점인 2016.10.20. BBB 주식회사로부터 가스공사 관련 공급가액 OOO원의 세금계산서를, 2016.10.25. OOO건축사사무소(CCC)로부터 쟁점건물 설계용역 관련 공급가액 OOO원의 세금계산서를, 건물 사용승인일인 2016.11.9.로부터 1개월 이상이 지난 시점인 2016.12.21. ㈜DDD으로부터 쟁점사업장 신축건축공사 관련 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급 받은 사실이 있다. 또한 매수인 AAA이 2016.11.9. 취득세를 신고할 당시 첨부한 ‘건축물의 설계 표준계약서’의 설계자(OOO건축사사무소 EEE) 및 계약금액(공급대가 OOO원)이 OOO건축사사무소가 2016.10.25. 청구인을 공급받는자로 하여 쟁점부동산 설계용역을 품목으로 발급한 공급대가 OOO원의 세금계산서와 일치하는 점에서 청구인이 계속하여 쟁점건물 건축공사를 진행한 것으로 보는 것이 타당하다. (나) 청구인은 청구인의 2016년 귀속 종합소득세 신고내역상 공사원가계산서상 쟁점사업장 건설원가는 OOO원으로서 이를 쟁점건물(연면적 524.54㎡)의 3.3㎡당 공사비로 환산하면 OOO원이 되어 당시 물가를 감안하면 위 공사비로 쟁점건물을 건축하는 것은 불가능하다고 주장하나, 처분청은 청구인이 2016년 귀속 종합소득세 정기신고 시 제출된 장부상 필요경비를 반영하여 종합소득세를 부과한 것이고, 청구인의 수입금액이 OOO원 증가하였다고 해서 필요경비도 동일하게 증가한다고 보기는 어렵고, 추가로 발생하는 필요경비와 필요경비를 발생시키는 사실관계에 관하여는 청구인이 입증하여야 한다. (다) 청구인은 쟁점건물 건축공사 시공자인 FFF과 AAA의 거래관계는 청구인과는 무관하다고 주장하나, 건축주가 건축공사를 의뢰할 때는 사업자등록증 등을 확인하여 정상적인 사업자 여부를 확인하는 것이 당연한 것임에도, 건축 관련 사업을 영위한 이력 및 세금을 신고한 내역이 없는 미등록사업자인 FFF에게 건축공사를 의뢰한 점, AAA과 FFF이 체결한 건축공사계약서의 계약일인 2016.11.10.이 쟁점건물 사용승인일인 2016.11.9. 이후인 점 등을 감안하면 AAA이 시공자를 FFF으로 변경하여 잔여 건축 공사를 하였다고 보기 어렵다.
(2) 작업진행률을 기준으로 수입금액을 산정하지 않은 상황에서 청구인이 제출한 건축공사계약서 외에 쟁점부동산의 건축작업 진행 및 건축 시공자 변경에 관한 다른 증빙자료가 없고, 건축 착공 신고일인 2016.4.20.부터 건축공사 관련 변경계약일인 2016.10.20.까지 발생한 공사대금은 OOO원, AAA과 FFF 간의 공사계약서에 의하여 시공자(혹은 현장관리인) 변경 이후 2016.11.10.까지 진행한 잔여 공사의 공사대금은 OOO원인 사실 및 쟁점건물이 2016.11.9.에 사용승인을 받은 사실 등을 감안하면 일반적인 건축 진행 과정과 상이한 쟁점건물 건축공사의 계약기간이 1년 미만이므로 작업진행률에 의하여 수입금액을 산정할 수 없다는 청구주장은 신뢰하기 어렵다. 결론적으로 토지매매계약서의 내용을 변경하면서 계약일을 소급하여 기재한 점, 매매 협상 및 시공 권한을 위임 받은 GGG에 관한 사항을 확인할 수 없는 점, 청구인과 AAA, AAA과 FFF 사이에 작성된 공사계약서의 공사기간이 서로 겹치고 공사내역이 불분명한 점, AAA과 FFF의 공사계약서 작성일이 쟁점건물의 사용승인일 이후인 점, AAA이 쟁점부동산을 양도하고 양도소득세 신고시 쟁점계약서1을 증빙서류로 제출한 점 등을 감안하면 쟁점계약서1이 실제와 달리 작성되었다거나 변경되었다는 청구주장은 신뢰하기 어렵고, 처분청이 쟁점계약서1 상의 매매대금을 청구인의 수입금액으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(1) 소득세법 제80조【결정과 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 (2) 소득세법 시행령 제48조【사업소득의 수입시기】사업소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.
5. 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 호에서 “건설등”이라 한다)의 제공 용역의 제공을 완료한 날(목적물을 인도하는 경우에는 목적물을 인도한 날). 다만, 계약기간이 1년이상인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 작업진행률(이하 “작업진행률”이라 한다)을 기준으로 하여야 하며, 계약기간이 1년미만인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 작업진행률을 기준으로 할 수 있다. 제142조【과세표준과 세액의 결정 및 경정】① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다. (3) 소득세법 시행규칙 제20조【건설등에 의한 수입의 수입시기 및 총수입금액 등의 계산】① 영 제48조 제5호 단서에 따른 건설등의 제공의 경우 각 과세기간의 총수입금액에 산입할 금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. (건설등의 계약금액×작업진행률) 직전과세기간까지 총수입금액으로 계상한 금액
② 영 제48조 제5호 단서에서 “계약기간이 1년 이상인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우”라 함은 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설등으로서 비치ㆍ기장된 장부에 의하여 해당과세기간 종료일까지 실제로 발생한 건설등의 필요경비 총누적액을 확인할 수 있는 경우를 말한다.
③ 영 제48조 제5호 단서에서 “기획재정부령이 정하는 작업진행률”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율을 말한다. 다만, 건설등의 수익실현이 건설등의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 항에서 “작업시간등”이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설등의 경우에는 그 비율로 할 수 있다. 작업진행률 = 해당과세기간말까지 발생한 건설등의 필요경비 총누적액 / 건설등의 필요경비 총예정액
④ 제3항의 규정에 의한 건설등의 필요경비 총예정액은 건설업회계처리기준을 적용 또는 준용하여 건설등의 도급계약당시 추정한 원가에 당해과세기간말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 원가로 한다.
⑤ 영 제48조 제5호 단서에서 “계약기간이 1년 미만인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우”라 함은 계약기간이 1년 미만인 경우로서 사업자가 그 목적물의 착수일이 속하는 과세기간의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 총수입금액과 필요경비를 계상한 경우를 말한다.
(4) 건축법 제22조【건축물의 사용승인】① 건축주가 제11조ㆍ제14조 또는 제20조 제1항에 따라 허가를 받았거나 신고를 한 건축물의 건축공사를 완료[하나의 대지에 둘 이상의 건축물을 건축하는 경우 동(棟)별 공사를 완료한 경우를 포함한다]한 후 그 건축물을 사용하려면 제25조 제6항에 따라 공사감리자가 작성한 감리완료보고서(같은 조 제1항에 따른 공사감리자를 지정한 경우만 해당된다)와 국토교통부령으로 정하는 공사완료도서를 첨부하여 허가권자에게 사용승인을 신청하여야 한다.
② 허가권자는 제1항에 따른 사용승인신청을 받은 경우 국토교통부령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 사항에 대한 검사를 실시하고, 검사에 합격된 건축물에 대하여는 사용승인서를 내주어야 한다. 다만, 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 건축물은 사용승인을 위한 검사를 실시하지 아니하고 사용승인서를 내줄 수 있다.
1. 사용승인을 신청한 건축물이 이 법에 따라 허가 또는 신고한 설계도서대로 시공되었는지의 여부
2. 감리완료보고서, 공사완료도서 등의 서류 및 도서가 적합하게 작성되었는지의 여부
(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 2016.4.1. OOO 소재 토지 350.4m2를 취득한 후, 2016.4.15. 지상4층 13가구로 구성된 연면적 524.54m2, 철근콘크리트 구조의 다가구주택 건축허가를 받아 2016.4.28. 위 쟁점토지 소재지에서 사업자등록 후 주택신축판매업 등을 영위하였고, 2017.2.10. 2016년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점사업장의 수입금액을 OOO원으로 신고하였다. (나) 청구인은 AAA에게 쟁점토지와 쟁점건물을 합해 OOO원에 양도하는 쟁점계약서1(2016.10.6.자)과 쟁점토지와 미완성된 쟁점건물을 OOO원에 양도하는 쟁점계약서2(2016.8.5.자)를 작성한 후 2016.10.12. AAA에게 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료(등기원인은 2016.8.5.자 매매, 거래가액은 OOO원)하여 주었고, 쟁점건물에 대해서는 AAA이 2016.11.17. 소유권보존등기를 경료하였다. (다) AAA은 2018.1.11.(등기원인은 2018.1.4.자 매매) 쟁점토지(면적 350.4㎡) 및 쟁점건물(철근콘크리트구조 다가구주택 면적 209.74㎡)을 HHH 외 1인에게 양도한 후, 취득가액을 OOO원, 양도가액을 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하고, 청구인과 2016.10.6.자로 체결하였던 매매대금 OOO원의 쟁점계약서1을 첨부하여 양도소득세 신고를 하였다. (라) OOO서장은 AAA이 양도소득세 신고시 제출한 쟁점부동산 취득가액 OOO원과 청구인이 한 쟁점사업장 현황신고 수입금액 OOO원의 차이금액에 대한 소명을 청구인에게 요청하였고, 차액 OOO원을 수령한 FFF이 사업자등록한 사실이 없는 등 청구인이 제출한 쟁점계약서2가 임의로 작성되었다고 보아 2021.12.6. 쟁점사업장의 수입금액을 OOO원으로 하는 과세자료를 청구인의 주소지 관할인 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 청구인이 쟁점사업장 수입금액 OOO원을 신고누락한 것으로 보아 2022.5.11. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원, 무기장가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다. (마) AAA이 양도소득세 신고시 제출한 쟁점계약서1, 청구인이 제출한 쟁점계약서2의 주요내용을 비교하면 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점계약서1 및 쟁점계약서2 주요 내용 비교 OOO (바) 청구인(시공자)과 AAA(건축주)이 2016.10.12.자로 작성한 쟁 점토지 지상 다가구주택 신축공사 건축공사표준계약서에 의하면, 공사 기간은 2016.8.1.(착공)부터 2016.10.30.(준공)까지, 공급가액은 OOO원 (선금 OOO원, 잔금 OOO원), 기성부분급의 시기 및 방법은 준공 후 전세보증금으로 대체하되, 2016년 12월 31일까지 전세보증금으로 대체하지 못할 경우 건축주가 직접 지급하는 것으로 기재되어 있고, AAA은 2016.11.10.자로 위 건축공사표준계약서의 시공자를 FFF으로 변경하고 준공일은 2016.12.15.로, 공급가액은 OOO원으로 변경하는 계약을 체결하였다. (사) 처분청이 제시한 금융거래내역에 의하면, 아래 <표3>과 같이 AAA은 청구인에게 합계 OOO원을 지급하고, FFF에게 합계 OOO원을 지급한 것으로 나타난다. <표3> AAA의 대금 지급내역과 계약서 지급일정 비교표 OOO (아) 쟁점건물 일반건축물대장에 의하면, 건축주 및 시공자 AAA이 2016.4.15. 허가를 받아 2016.4.20. 착공하여 2016.11.9. 사용승인을 받았고, OOO청장이 발급(문서번호 OOO-15950, 2016.10.20.)한 건축관계자변경신고 수리 알림에 따르면 쟁점건물 건축주가 청구인에서 AAA으로 변경된 사실이 확인된다. (자) AAA은 쟁점건물 취득가액을 OOO원으로 하여 취득세를 신고․납부하면서 설계비(OOO건축사사무소 EEE) 공급대가 OOO원, 감리비(III 건축사사무소) 공급대가 OOO원 등의 증빙자료로 OOO건축사무소 및 주식회사 DDD(전기공사업)이 청구인의 쟁점사업장을 공급받는자로 하여 발급한 전자세금계산서를 제출하였다. (차) 처분청이 제출한 쟁점건물 다가구주택에 대한 2016년 11월부터 2016년 12월 확정일자 부여에 관한 자료에 의하면, AAA이 임대한 10개 가구의 보증금은 합계 OOO원으로 나타난다.
(2) 청구인이 제시한 증빙자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 2016.10.7. 공인중개사 입회하에 쟁점계약서2를 작성하면서 당초 매매대금 OOO원을 변경하여 토지대금 OOO원과 청구인이 부담한 공사원가에 대한 대가로 OOO원, 합계 OOO원은 AAA이 청구인에게 지급하고, 나머지 OOO원은 AAA이 제3의 시공자에게 지급하여 잔여공사를 진행하기로 합의한 후, 계약일자는 2016.8.5.로 소급하여 기재한 것이라고 주장하며, AAA이 아래와 같이 작성한 확인서(2022.6.4.자)를 AAA의 신분증과 함께 제출하였다. OOO (나) 청구인은 합계 OOO원(2016.10.7. OOO원, 2016.10.12. OOO원, 2016.11.29. OOO원, 2016.12.3. OOO원, 2016.12.5. OOO원, 2016.12.9. OOO원)을 AAA으로부터 수령한 내역이 기재되어 있는 OOO은행 청구인 명의 계좌(468025-91-11**)와 JJJ 명의 계좌(452502-95-11**) 입출금내역을 심리자료로 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 종합소득세 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것인바(대법원 2009.3.26. 선고 2007두22955 판결 참조), 청구인이 제시한 금융거래내역에 의하면 청구인은 쟁점계약서2에 기재된 지급일정에 따라 쟁점토지 매수인 AAA으로부터 매매대금을 지급받은 것으로 나타나는 점, 쟁점토지 및 미완성 건물의 매수인인 AAA은 청구인으로부터 이를 매수한 후 2년여 경과하여 쟁점부동산을 제3자에게 양도하고 2018.4.2. 양도소득세를 신고하면서 취득가액 증빙자료로 쟁점계약서1을 과세관청에 제출하였으나 쟁점부동산 매수인 AAA은 2022.6.4.자 확인서를 통해 쟁점계약서2가 실제 계약서로서 미완성된 쟁점건물을 본인의 책임으로 FFF에게 발주하여 공사를 진행하였다고 인정하고 있는 점, 청구인이 제출한 2016.10.7.부터 2016.12.9.까지 은행계좌 입출금거래내역에 의하면 청구인이 AAA으로부터 쟁점계약서2에 따른 매매대금인 OOO원을 지급받고 청구인의 대출금 OOO원을 AAA에게 승계하여 합계 OOO원을 쟁점토지 및 미완성건물 양도대가로 지급받은 사실이 객관적인 증빙자료로 확인되는 반면, 쟁점계약서1과 쟁점계약서2의 매매대금 차액인 OOO원을 AAA이 청구인에게 지급한 사실은 확인되지 아니하는 점, 쟁점건물 건축물대장 및 건물등기사항전부증명서 등에 의하면, AAA이 건축주 및 시공자로서 2016.4.15.에 건축허가를, 2016.4.20.에 건축공사 착공을 하고, 2016.11.9. 사용승인을 받아 2016.11.17. 소유권보존등기를 경료한 점 등을 종합하여 고려하면 처분청이 쟁점부동산 매매가액이 OOO원으로 기재되어 있는 쟁점계약서1을 실제 계약서라고 보고 청구인이 수입금액을 신고누락한 것으로 보아 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 할 것이다. 다만 AAA이 확인서를 통해 쟁점계약서2가 실제 계약서이고, FFF에게 발주하여 쟁점건물 공사를 진행하였다고 인정하고 있을 뿐 FFF에게 지급한 구체적인 일정과 금액 등이 불분명하므로 이에 대해 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 청구인에 대한 이 건 종합소득세 부과처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.