청구인은 조특령 개정 전인 17.7.10. 종전토지를 양도하고 18.4.18. 대체토지를 취득한 후 20.2.11. 개정 조특령 시행으로 2021년에 이르러 조특법§67의 양도소득세 감면 요건을 충족하지 못하였던 점에 비추어 청구인에게 쟁점시행령 개정 전에 청구인이 해당 감면 요건을 미충족할 것을 예측하여 청구인의 세법상 의무를 이행할 것을 기대하기는 무리가 있다 할 것이므로, 이 건 처분세액 중 종전 토지의 양도소득세 신고기한 다음 날부터 조특령 개정 전일까지의 이자상당액을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OO세무서장이 2022.12.28. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원과 이자상당액 OOO원의 부과처분은 이자상당액 중 2017.10.1.부터 2020.2.10.까지의 기간분에 대해서는 이자상당액을 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
(1) (주위적 청구) 쟁점시행령은 부칙에 따라 시행 이후 양도하는 분부터 적용하여야 하고, 상기 대토와 관련하여 쟁점시행령을 적용하는 것은국세기본법상 소급과세 금지의 원칙에 위배된다. (가) 쟁점시행령의 부칙 제2조(일반적 적용례) 제3항에서 “이 영 중 양도소득세에 관한 개정 규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다”라고 명시적으로 규정하고 있고, 부칙 제12조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례)와 제28조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치)에서도 개정 규정은 시행일이 속하는 과세기간부터 적용하고, 시행일이 속하는 과세기간 전의 과세기간분에 대해서는 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 되어 있는바, 쟁점시행령은 2017년 종전 토지의 양도에 대하여 감면 결정이 이루어진 본 심판청구 건에는 적용될 여지가 없다. (나)국세기본법제18조 제2항에서는 “국세를 납부할 의무가 성립한 이후에 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니하여야 한다”고 규정하고 있는바, 처분청이 쟁점시행령의 부칙에 명시적으로 시행 이후 양도하는 분부터 적용하여야 한다고 규정하고 있음에도 불구하고 쟁점시행령을 본 심판청구 건에 적용하는 것은국세기본법상 소급과세 금지의 원칙에 위배되는 것이다.
(2) (예비적 청구) 납세자가 예측할 수 없는 법령의 개정은 가산세를 면할 정당한 사유에 해당하므로, 납부지연가산세로 고지처분된 이자상당액은 감면되어야 한다.
(1) (주위적 청구) 쟁점시행령 제68조 제6항에서 농지 대토와 관련하여 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간 계산은 8년 자경감면을 규정한 쟁점시행령 제66조 제14항을 준용하도록 되어 있다. (가) 쟁점시행령 제66조 제14항 제2호는 사업소득 총수입금액이 도매업 및 소매업 기준 OOO원 이상인 과세기간을 경작기간에서 제외하도록 규정하고 있고, 그 시행시기는 부칙에서 2020.2.11.이 속하는 과세기간에 발생한 사업소득부터 적용하도록 되어 있으며, 쟁점시행령 제67조 제6항에서 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우 농지 대토에 따른 새로운 농지를 계속하여 경작하지 않은 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 쟁점대토는 조특법 제70조에 따른 양도소득세 감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보아야 한다. (나) 쟁점시행령 개정 시 대토 감면 규정인 쟁점시행령 제67조 제6항 등은 개정 규정을 그대로 준용하여 경작기간을 판단할 뿐, 연동하여 개정되지 않았는바, 쟁점시행령 제66조 제14항 제2호의 개정 규정은 개정일 이후 대토 감면 받는 분부터 적용한다는 내용이 없다. (다) 이와 같은 해석에 따라 청구인의 2021년 귀속 사업소득의 총수입금액은 OOO원으로 복식부기의무 기준 금액인 OOO원 이상인 과세기간이 발생하므로, 쟁점대토의 경우 조특법 제70조에 따른 양도소득세 감면 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(2) (예비적 청구) 국세기본법제47조에서 규정하고 있는 사유에 해당하지 아니하므로, 당초 처분한 이자상당액의 납부지연가산세 부과처분은 정당하다.
① (주위적 청구) 이 건 부과처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된 부당한 처분인지 여부
② (예비적 청구) 이자상당액을 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
• OOO 결정세액 OOO OOO OOO 이자상당액
• OOO OOO 총결정세액 OOO OOO OOO 자진납부세액 OOO OOO
• 차감고지세액
• OOO OOO (나) 2014년 이후 청구인의 사업소득 및 근로소득 발생 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인의 사업소득 및 근로소득 발생 내역 (단위: 원) 과세 기간 사업소득 근로 소득 합계 호○ (음식/커피전문점) 오○○(음식/카페) 총수입금액 소득금액 총수입금액 소득금액 총수입금액 소득금액 2014년 OOO OOO OOO OOO
• -
• 2015년 OOO OOO OOO OOO
• -
• 2016년 OOO OOO OOO OOO
• -
• 2017년 OOO OOO OOO OOO
• -
• 2018년 OOO OOO OOO OOO
• -
• 2019년 OOO OOO OOO OOO
• -
• 2020년 OOO OOO OOO
• OOO OOO
• 2021년 OOO OOO OOO OOO OOO OOO
• (다) 국세청에서 발간한 2020년 개정세법 해설 책자 중 쟁점시행령과 관련된 부분의 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점시행령 관련 개정세법 해설 책자 발췌 ㅇㅇㅇ * 적용시기 및 적용례: 2020.2.11.이 속하는 과세기간 분부터 적용 (라) 쟁점대토와 관련하여 쟁점시행령에 따른 사업소득 총수입금액 관련 요건을 제외한 나머지 요건은 모두 충족하는 것으로 나타나고, 위 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점시행령 제66조 제14항 제2호는 사업소득 총수입금액이 기준 이상인 과세기간을 경작기간에서 제외하도록 규정하고 있고, 그 시행 시기는 부칙에서 2020.2.11.이 속하는 과세기간에 발생한 사업소득부터 적용하도록 되어 있으며, 쟁점시행령 제67조 제6항에서 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우 농지대토에 따른 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 청구인들은 쟁점시행령은 부칙에 따라 시행 이후 양도하는 분부터 적용하여야 하고, 쟁점대토와 관련하여 쟁점시행령을 적용하는 것은국세기본법상 소급과세 금지의 원칙에 위배되며, 납세자가 예측할 수 없는 법령의 개정은 이자상당액을 면할 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 쟁점시행령 제67조 제6항에서 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다고 규정하고 있고, 쟁점시행령 부칙 제12조에서 제66조 제14항의 개정규정은 이 영 시행일(2020.2.11.)이 속하는 과세기간분부터 적용한다고 규정하고 있어, 쟁점대토에 있어 대체토지의 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항의 개정규정에 따라야 할 것인 점, 이에 따르면 청구인의 2020년 사업소득 총수입금액이 기준인 OOO원 이상인 OOO원으로 2020년은 경작기간에서 제외하여야 하고, 이에 쟁점대토는 종전 토지와 대체토지의 합산 경작기간이 8년을 경과하지 아니한 것으로 확인되므로, 조특법 제67조에 따른 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아야 하는 점에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점시행령에 따라 농지대토 감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점시행령 개정 전인 2017.7.10. 종전토지를 양도하고 2018.4.18. 대체토지를 취득한 후 2020.2.11. 쟁점시행령의 시행으로 2021년에 이르러 조특법 제67조의 양도소득세 감면 요건을 충족하지 못하였던 점에 비추어 청구인에게 쟁점시행령 개정 전에 청구인이 해당 감면 요건을 미충족할 것을 예측하여 청구인의 세법상 의무를 이행할 것을 기대하기는 무리가 있다 할 것이므로, 이 건 처분세액 중 종전 토지의 양도소득세 신고기한 다음 날부터 쟁점시행령 개정 전일까지의 이자상당액을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다.
⑤ 제1항에 따라 감면받은 양도소득세를 제4항에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다. (2) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제30390호 2020.2.11. 일부개정 이전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제30390호 2020.2.11. 일부개정 이후의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 1.소득세법제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다. 2.소득세법제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우 ＜부칙＞ 대통령령 제30390호, 2020.2.11. 제12조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제66조 제14항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다. 제28조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 경과조치) 이 영 시행일이 속하는 과세기간 전의 과세기간분에 대해서는 제66조 제14항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등) ③법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속ㆍ증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다. (4) 소득세법 시행령 제208조(장부의 비치ㆍ기록) ⑤법 제160조 제2항 및 제3항에서 “대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 다만, 제147조의2 및 부가가치세법 시행령 제109조 제2항 제7호 에 따른 사업자는 제외한다.
1. 해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자
2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조 제1항 제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자. 다만, 업종의 현황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 영세사업의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 금액에 미달하는 사업자로 한다.
② 제1항에 따른 운용 범위를 벗어난 자금 또는 자산에 상당하는 감 면세액은 세법에서 정하는 바에 따라 감면을 취소하고 징수할 수 있다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
결정 내용은 붙임과 같습니다.