[요지] 처분청이 제시한 비교대상토지의 매매사례가액을 쟁점양도거래와 유사한 상황에서 특수관계인이 아닌 제3자간 일반적으로 거래된 가격 즉 시가로 볼 수 있음이 상당하다 할 것인 점, 청구법인이 주차장 부지를 청구인 aa로부터 임차할 이유가 없어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점양도거래에 대하여 저가 양도로 보아 부당행위계산부인을 적용하고 쟁점임차료를 과다지급한 것으로 보아 손금불산입하여 법인세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점양도거래는 저가 양도가 아니므로 부당행위계산 부인 대상 및 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제 대상에 해당하지 않는다. (가) 청구법인은 쟁점토지에서 OOO를 운영하던 중 부채 비율을 줄이기 위하여 쟁점양도거래를 하였는바, 쟁점양도거래의 상대방인 FFF이 세법상 청구법인과 특수관계인이었으므로 쟁점토지를 시가에 따라 양도하고자 하였으나 비교대상이 될만한 유사매매사례가액을 찾지 못하였다. 이에 청구법인은 쟁점양도거래(2020.3.2.)를 하기 전인 2020.2.11. 법인세법 시행령 제89조 제2항에 따라 외부 감정평가기관인 OOO에게 쟁점토지의 시가 감정을 의뢰하여 그 결과 쟁점토지 중 토지의 가액은 OOO원, 건물의 가액은 OOO원 합계 OOO원으로 평가되었고 이에 따라 청구법인과 FFF은 쟁점토지의 매매대금을 OOO원으로 정하였다. 한편 OOO 일원에서 추진 중이던 주거복합 주택건설사업(이하 “쟁점개발사업”이라 한다)의 시행사인 GGG(이하 “GGG”라 한다)는 2020년 12월경 쟁점토지를 쟁점개발사업의 대상 토지에 포함하여 사업 심의를 신청하였고 이후 FFF은 2021.4.20. GGG 및 인근 지주들의 설득 끝에 쟁점토지를 GGG에게 OOO원에 매각하였다. 쟁점개발사업은 2021.11.1. 주택건설사업계획 승인 및 지형도면 고시(OOO)가 있었으나 OOO 지역의 미분양 우려로 인하여 심판청구일 현재 사업진행이 되지 않고 있다. 조사청은 쟁점양도거래일(2020.3.2.)로부터 1년 1개월 후에 이루어진 인근 토지(비교대상토지)의 2021.4.2.자 매매사례가액(OOO)을 기초로 환산한 OOO원을 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 시가로 보았다. 그러나 쟁점양도거래가 부당행위계산 부인의 대상이 되기 위해서는 쟁점양도거래 당시를 기준으로 저가 양도인지 여부를 판단하여야 하는 것이므로 쟁점토지 양도일로부터 1년 1개월의 장기간이 경과한 후 이루어진 비교대상토지의 매매사례가액은 그 자체로 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 시가가 될 수 없다. 조세심판원과 국세청은 이 건과 유사한 사건에 대하여 토지의 가격은 개별성이 강하여 연접한 토지라도 그 지목, 위치, 품목에 따라 가격이 다를 수 있다고 하여 비교대상토지의 매매사례가액을 시가로 인정함에 있어 엄격한 태도를 보이고 있다. 쟁점토지는 그 용도가 OOO고 면적이 OOO인 반면 비교대상토지는 상가 건물이 위치하고 있으며 면적도 OOO에 불과하다. 나아가 비교대상토지의 2021.4.2.자 매매사례가액은 비교대상토지가 쟁점개발사업의 대상 부지에 포함된 상태에서의 거래가격인 반면, 쟁점양도거래 당시 쟁점토지는 쟁점개발사업의 대상 부지에서 제외되어 있었으므로 비교대상토지의 2021.4.2.자 매매사례가액을 기준으로 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 시가를 산정하는 경우 쟁점토지의 시가가 부당하게 과다 평가되는 결과가 발생한다. 또한 비교대상토지는 쟁점개발사업 대상 부지의 돌출된 가장자리에 있어 사업 시행에 별로 필요하지는 않으나 쟁점개발사업의 인ㆍ허가를 위해서는 반드시 매입해야 하는 토지였으므로 매입 협상에 기간이 오래 소요되고 거래가격도 비정상적으로 과다하게 책정된 것으로 알고 있다. 이처럼 비교대상토지의 거래가격은 소위 알박기와 유사한 상황에서 정해진 것이므로 쟁점개발사업의 대상 부지가 아니었던 쟁점토지의 매매사례가액으로 볼 수 없음은 물론이고 쟁점개발사업 대상부지의 일반적인 거래가격이라고 할 수조차 없다. 즉 비교대상토지는 쟁점토지와 위치, 면적, 쟁점개발사업 대상 부지 포함 여부 등에서 유사성이 있다고 할 수 없으므로 비교대상토지의 2021.4.2.자 매매사례가액을 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 시가로 볼 수 없다. 결국 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하는 매매사례가액은 존재하지 않으므로 쟁점양도거래 당시 쟁점토지는 시가가 불분명한 경우에 해당한다. (나) 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 감정가액이 존재하는 경우에는 그 감정가액을 채용하지 못할 특별한 사정이 없는 한 다른 평가방법에 의한 가격을 시가나 기준가격으로 삼을 수는 없는 것(대법원 1994.8.26. 선고 93누19146 판결, 참조)이다. 그렇다면 이 건은 법인세법상 부당행위계산 부인의 판단기준이 되는 시가를 산정함에 있어서 시가가 불분명한 경우에 해당하여 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 등이 감정한 가액을 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 시가로 보아야 한다. 이와 같이 쟁점양도거래는 쟁점토지가 감정가액을 시가로 보아 이루어졌고 이는 쟁점토지 중 건물 부분 역시 마찬가지이다 즉 쟁점토지 중 건물 부분은 쟁점양도거래 당시 감정가액이 OOO원으로 평가되었고 청구법인은 위 감정가액을 시가로 보아 건물 부분을 공급대가 OOO원에 양도하였다. (다) 처분청은 2019년 9월경 토지매입 용역회사가 청구법인에게 쟁점토지의 양도가액으로 OOO원을 제시하였으므로 쟁점양도거래 당시의 시가도 이와 유사한 금액이어야 한다는 취지의 의견을 제시하였으나 위 금액은 OOO 사업의 중단을 전제로 미래의 기대수익에 대한 보상까지 포함한 것이고 쟁점개발사업을 전제로 한 것이므로 쟁점양도거래와는 거래 상황이 전혀 다르다. 또한 처분청은 비교대상토지의 거래가액을 유사매매사례가액으로 보아야 한다고 하나, 법인세법령의 문언상 매매사례가액의 거래 시기는 행위 당시를 기준으로 판단하여야 하므로 쟁점양도거래가 부당행위계산부인 대상이 되기 위해서는 쟁점양도거래 당시의 시가를 기준으로 저가 양도인지 여부를 판단하여야 하는바, 비교대상토지의 매매가액이 2020년 7월경 매매사례가액으로 인정되더라도 이는 쟁점양도거래일로부터 5개월이 경과한 이후의 매매사례가액으로 쟁점양도거래 당시의 시가로 인정될 수 없다. 설령 상증법 상의 시가 평가에 관한 규정을 유추적용하더라도 시가로 인정되는 범위는 “평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지”의 매매사례가액으로 한정되므로 쟁점양도거래 후 5개월이 지난 비교대상토지의 매매사례가액을 시가로 인정하여야 한다는 처분청 의견은 어디에서도 법적 근거를 찾을 수 없다. 쟁점토지가 쟁점개발사업의 개발이 예정된 토지로서 위치ㆍ면적 등 토지의 특성보다 “거래 시기”를 시가 인정의 중요한 기준으로 삼아야 하고 비교대상토지와 처분청이 조사한 두 개 토지의 매매사례가액이 OOO 정도 차이가 나는 것도 토지의 특성 차이 때문이 아니라 9개월 정도의 거래 시기 차이 때문이라는 처분청의 논리를 일관하면 5개월 정도의 거래 시기가 차이나는 쟁점토지와 비교대상토지 역시 거래 시기 차이에 따라 시가에 상당한 차이가 존재할 것이므로 비교대상토지의 거래사례가액을 그대로 쟁점토지의 시가로 볼 수는 없다. (라) 처분청은 쟁점토지의 감정가액이 감정평가일로부터 15개월 전 담보대출 목적의 감정가액과 거의 유사하다는 점을 문제 삼아 청구법인이 제시한 감정가액을 인정할 수 없다고 하나, 이는 쟁점양도거래 당시 쟁점토지에 쟁점개발사업의 시행이 예정되어 있었다는 것을 전제로 하는 것으로서 전혀 타당하지 않다. 쟁점양도거래 당시나 이로부터 15개월 전이나 쟁점토지에 개발이 예정되어 있지 않았다는 점은 동일하므로 그 실질가치가 크게 변동할 이유가 없는 것이다. 한편 처분청은 쟁점토지의 감정가액의 기준시점이 2020.2.14.인 반면 쟁점토지의 등기사항전부증명서 상 쟁점양도거래의 계약일자가 2020.2.13.로 확인되므로 쟁점양도거래는 감정가액에 따라 이루어진 것으로 볼 수 없다는 의견을 제시하였다. 그러나 쟁점양도거래는 2020.3.2.자 감정가액에 따라 체결된 것임이 분명하다. FFF은 쟁점양도거래 이전인 2020.3.2. 금융권의 대출심사 및 여신건전성 확인을 위하여 쟁점토지의 매매가계약서에 임대차예상가액을 기재하여 제출한 적이 있는데 쟁점양도거래 이후 쟁점토지의 소유권이전등기 당시 담당 법무사가 위 가계약서를 실제 계약서로 오인하고 2020.2.13.을 등기원인일자로 신청하여 등기사항전부증명서상의 등기원인일자가 잘못 기재된 것이며 동 사실에 대하여 당시 법무사가 확인서를 제출하였다. 쟁점양도거래 과정에서 발급받은 매도용 인감증명서의 발급일자가 2020.2.27.인 점을 보더라도 쟁점양도거래의 계약이 2020.2.13. 체결되지 않았음을 알 수 있다. 상식적으로 감정평가법인에 시가 참고용 감정평가를 의뢰해 놓고 감정평가 결과가 나오기도 전에 매매계약을 체결하였을 리는 없다. (마) 처분청은 쟁점개발사업의 부지 매입을 담당한 토지매입 용역회사에서 2019년 5월 제작한 “OOO 주거복합 신축공사 계획서 및 지적도”에서 대지의 위치가 쟁점토지인 OOO 일원으로 기재되어 있는 것으로 보아 쟁점양도거래 당시 쟁점토지에 쟁점개발사업의 시행이 예정되어 있었다는 의견을 제시하였다. 그러나 위 문건의 내용은 토지매입 용역회사가 용역 제공을 시작하기에 앞서 매입을 목표로 하는 토지를 청구법인과 일체의 합의 없이 자체적으로 기재한 것일 뿐, 쟁점양도거래 당시 쟁점토지가 쟁점개발사업의 부지에 포함될 것이 예정되어 있었다는 증거가 될 수 없다. 실제로 청구법인은 2019년 8월경 토지매입 용역회사로부터 쟁점토지 매매와 관련하여 연락을 받았으나 제안을 분명하게 거절하였고 이후 쟁점양도거래 당시는 물론 2023년 7월경까지 아무런 연락을 주고 받은 적이 없다. 즉 토지매입 용역회사는 2019년 5월경 쟁점토지를 쟁점개발사업의 부지로 매입하고자 하였으나 쟁점토지에서 OOO 사업을 계속 영위하려는 청구법인이 제안을 거절함에 따라 매입을 포기하고 쟁점양도거래 당시에는 쟁점토지를 제외한 채 개발사업부지를 확정한 것이다. 한편 처분청은 청구법인이 쟁점개발사업의 건물과 쟁점토지 사이의 안전거리가 OOO 이상인 사실을 알 수 있었을 것이고 GGG가 쟁점사업시행을 위해 결국 쟁점토지를 매입할 수밖에 없다는 사실을 예측하여 미리 쟁점양도거래를 해 둔 것이라는 의견을 제시하였으나, 구 OOO 시행규칙(1999.3.12. OOO 제37호로 개정된 것) 별표3에 의하면 저장능력 OOO의 OOO를 설치하기 위해서는 원칙적으로 저장설비와 충전설비를 제1종 보호시설로부터 OOO 이상의 안전거리를 확보하여 설치하여야 하되 다만 저장설비를 지하에 설치하는 경우에는 정해진 기준의 2분의 1의 안전거리만 확보하면 OOO를 설치할 수 있다고 규정하고 있고 청구법인은 위 규정에 따라 쟁점토지에 OOO를 설치하여 운영하여 왔으며, 이후 안전거리 규정은 OOO 이상으로 점차 강화되었으나 개정규정은 종전의 규정에 의한다는 경과규정에 따라 청구법인은 안전거리 기준의 변경에 관계없이 사업을 영위해 왔다. 한편 OOO는 1994.4.1. 이후에 건축물 등 보호시설을 설치하려는 자에게는 개정된 안전거리 규정이 적용된다고 유권해석함에 따라 GGG는 2020년 1월경 강화된 안전거리 규정(OOO)을 준수하여 1차 설계를 완성하는 등 GGG는 청구법인이 이미 토지매입 용역회사를 통해 쟁점토지의 매각을 거절하였으므로 쟁점토지에 OOO가 계속 운영되는 것을 전제로 사업부지에서 쟁점토지를 제외하고 OOO 시행규칙상의 안전거리 규정을 준수하여 건축물을 설계하였던 것이다. 그런데 GGG의 1차 설계는 OOO를 간과한 것이었다. 위 고시는 OOO 시행규칙상 규정된 안전거리의 2배 이상을 유지하여야 한다는 조건이었고 이에 따르면 쟁점개발사업의 건축물은 OOO의 안전거리를 준수하여야 했던 것이다. OOO시장이 설계 변경을 조건으로 사업계획을 승인하자 GGG는 뒤늦게 2020년 12월경 쟁점토지를 사업부지에 포함하기로 결정하고 직접 청구법인에게 매각 제안을 하였다. 이처럼 청구법인은 경과규정에 따라 구 OOO 시행규칙을 적용받으므로 수시로 변경되는 안전거리 규제를 인지할 필요가 없었고 설령 청구법인이 현행 안전거리 규제를 정확하게 파악하고 있었다고 하더라도 GGG의 1차 설계는 GGG 내부사정이므로 청구법인으로서는 GGG가 현행 안전거리 규제를 준수하지 않고 1차 설계를 잘못하였는지 여부를 알 수도 없었다. 결국 청구법인이 GGG의 설계 오류와 쟁점토지의 매각 제안을 충분히 예측하고 부의 무상 이전을 위해 쟁점양도거래를 한 것이라는 처분청 의견은 사후적인 결과에 기초하여 거래의 경위를 재구성한 것으로서 전혀 합리적이지 않다. FFF이 GGG에게 쟁점토지를 매각하는 거래는 쟁점양도거래 당시에는 누구도 예상할 수 없는 것이었으며 쟁점토지는 쟁점양도거래 당시 쟁점개발사업의 예정된 부지가 아니었다. (바) 청구법인은 OOO 지역과 OOO 지역에 OOO를 운영하고 있었는데 이 중 쟁점토지는 OOO에 소재한 유일한 OOO로서 청구법인의 사업에 중대한 비중을 차지하고 있었다. 이를 제3자에게 매각하는 경우 청구법인의 사업은 큰 타격을 입게 되고, OOO 지역에서 이를 대체할 만한 사업장을 구하는 것도 현실적으로 불가능하였으므로 청구법인은 쟁점토지를 매각할 의사가 전혀 없었다. 다만 2019년경 청구법인의 주거래은행에서 청구법인의 재무구조상 매출액(OOO원) 대비 부채(OOO원)가 과다하다는 의견을 표명하여 청구법인은 계속적인 사업 영위에 영향을 주지 않는 특수관계인에게 쟁점토지를 매각하는 방식으로 부채비율을 낮추기로 결정하였다. 이에 따라 청구법인의 주주인 BBB 등은 2020.1.23. FFF을 설립하고 청구법인은 2020.3.2. FFF과 쟁점양도거래를 하였다. 쟁점토지를 제3자에게 매각할 경우 임대차 계약이 지속되지 못하면 청구법인의 사업이 중단될 우려가 있는 것과 달리 특수관계인에게 매각한다면 부채비율을 낮추는 동시에 계속적인 사업 영위도 보장될 수 있었기 때문이다. FFF이 청구법인의 기존 대출 OOO원을 승계하는 방식으로 쟁점토지의 매매대금을 지급하였으므로 청구법인은 쟁점양도거래로 인해 부채비율을 낮추려는 목표를 달성할 수 있었다. (사) 처분청은 청구법인이 GGG에게 쟁점토지를 직접 매각하였다면 부채비율을 현저히 감소시킬 수 있었을 것이므로 부채비율 감소를 목적으로 쟁점양도거래를 하였다는 청구주장에 논리적 모순이 있다는 의견이다. 그러나 이러한 처분청의 의견은 청구법인이 부채비율 감소 뿐만 아니라 계속적인 사업 영위를 목적으로 하고 있었다는 점을 간과한 것으로, 처분청의 의견대로 청구법인이 GGG에게 쟁점토지를 직접 매각하게 되면 쟁점토지가 쟁점개발사업의 부지에 포함되므로 부채비율은 줄일 수 있을지언정 쟁점토지에서 OOO 사업을 계속 영위하는 것은 불가능하게 된다. 따라서 GGG에게 쟁점토지를 직접 매각하는 방식은 청구법인이 고려할 대안이 전혀 아니다. (아) 처분청은 쟁점양도거래 이후 청구법인이 기존에 지출하던 대출이자 비용보다 FFF에게 지급하는 임차료 비용이 상승하였으므로 쟁점양도거래에 경제적 합리성이 없다는 취지의 의견이다. 그러나 청구법인은 쟁점양도거래를 통해 부채비율 감소와 계속적인 사업 영위 목적을 모두 달성하였다. 만약 청구법인이 FFF에게 지급하는 임차료 비용이 높은 점이 문제라면 이에 대해 부당행위계산부인 규정을 따로 적용하면 될 일이지 쟁점양도거래 자체를 문제 삼을 일은 아니다. 결국 부의 무상이전이 쟁점양도거래의 목적이라는 처분청 의견은 전혀 타당하지 않으며 청구법인이 부채비율 감소 및 계속적 사업 영위를 위해 FFF과 쟁점양도거래를 하였고 실제로 두가지 목적을 모두 달성하였다. 따라서 청구법인이 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 감정가액을 기준으로 쟁점토지를 양도한 것은 법인세법령에 따른 적법한 거래로서 저가 양도에 해당하지 않음에도 불구하고 처분청이 청구인들에게 법인세, 부가가치세, 증여세를 부과한 처분은 위법ㆍ부당하다.
(2) 쟁점임차료는 통상적인 비용이므로 손금산입 대상이다. (가) 청구법인은 OOO를 운영하던 중 거래처인 OOO업체로부터 타 업체를 소개해 줄테니 차고지를 임대해 달라는 요청을 받았다. 이에 청구법인은 차고지로 임대할 부지를 물색하였고 적합한 부지로 쟁점차고지를 발견하였으나 청구법인이 위 토지를 직접 매입할 경우 업무무관자산이 될 위험이 있다고 판단하여 청구법인의 대표이사인 BBB이 2019.10.22. 위 토지를 OOO원에 매입하였다. BBB은 2019.11.12. 위 토지에 관한 소유권이전등기를 마친 뒤 위 토지 지상에 차고지 건물의 신축이 가능하다는 관할 지방자치단체장의 답변에 따라 청구법인은 2020.1.3. 위 토지 및 지상에 건축할 차고지 건물에 관하여 임대차기간을 2020.1.10.～2025.1.10.로 하고 임차보증금을 OOO원으로 하며 월 임차료를 OOO원으로 정하여 임차하였고 BBB은 2020.9.3. 쟁점차고지 건물을 준공하고 사용승인을 받았다. 쟁점임차료는 토지의 임차와 관련하여 지출된 자산의 임차료로서 손금의 범위에 포함되는 것이고, OOO업체가 쟁점차고지를 언제부터 실제로 사용하였는지와 관계없이 청구법인이 OOO업체에게 임대할 목적으로 쟁점차고지를 임차하였다면 그때부터 임차를 하기 시작한 것으로 보아야 한다. 만약 청구법인이 BBB 소유의 쟁점차고지 토지에 자기 명의로 건물을 신축하고 토지 임대차계약 종료 후에 건물을 BBB에게 무상으로 귀속시키기로 하면서 공사기간 중 BBB에게 토지 임차료를 지급하였다면 해당 토지 임차료는 건물의 취득가액에 포함되어 감가상각을 통해 결과적으로 손금산입이 인정된다(서이 46012-10340, 2001.10.11.). 이 건에서 BBB은 자기 명의와 계산으로 쟁점차고지 토지에 건물을 신축하였는데 이는 위 사안과 건물의 최종적인 소유권 귀속, 청구법인의 토지 및 건물 사용 시점 등에 있어 아무런 차이가 없다. 이 경우 BBB은 청구법인이 쟁점차고지를 취득할 경우 부담하는 법인세에 비해 훨씬 많은 종합소득세 등을 부담하므로 이 건 거래에 조세회피 목적이 인정될 여지도 없다. 그럼에도 불구하고 조사청은 공사기간 중 BBB에게 지급한 쟁점임차료가 전액 손금불산입 대상이라는 것으로서 합리적인 이유없이 손금으로 인정하지 않는 것은 타당하지 않다. 청구법인은 처분청이 쟁점임차료의 손금산입을 인정하지 않은 2020.1.10.～2020.9.9. 기간 동안 실제로 쟁점차고지를 OOO업체에게 임대하여 사용하였다. 한편 청구법인은 2020.8.26. OOO업체인 HHH, III에게 쟁점차고지를 2020.9.1.～2023.8.31. 기간 동안 임대하는 계약을 체결하였다. 이와 같이 청구법인이 2020.9.9.까지 쟁점차고지를 실제로 사용하지 않았다는 점을 전제로 한 이 건 부과처분은 그 전제부터 명백한 사실에 위배되므로 타당하지 않다. (나) 처분청은 쟁점차고지 건물의 건축 기간에 지급한 쟁점임차료에 대하여 경제적 합리성이 없어 손금으로 인정될 수 없다는 의견을 제시하였다. 그러나 청구법인이 BBB으로부터 임차한 부동산은 쟁점차고지 건물 뿐만 아니라 그 토지도 포함된다. 청구법인이 거래처에 차고지를 임대할 목적으로 특수관계없는 제3자로부터 나대지를 임차하여 그 지상에 건물을 건축하였다면 청구법인은 건물의 건축기간 중에도 사업용 건물의 건축하기 위해 토지를 사용한 것이다. 그런데 처분청은 청구법인이 특수관계인인 BBB으로부터 토지를 임차하였다 하여 건물의 건축 기간 중 지출한 토지 임차료를 손금으로 인정할 수 없다고 하는바, 이는 법인세법 제19조 제2항의 손비의 요건을 모두 갖춘 비용을 아무런 법적 근거도 없이 손금불산입하는 것이다. 청구법인은 쟁점차고지 건물의 건축 기간 중 적어도 토지 부분을 사업용 건물의 건축을 위해 사용하고 그에 대한 임차료를 정당하게 지급한 것으로 보아야 한다. 또한 OOO 사업의 거래관행상 청구법인으로서는 OOO 업체 등 거래처와 공급계약을 체결하기 수개월 전부터 거래처와 거래조건 등을 협의해야 하고 거래처에서 요구하는 거래조건을 충족하기 위해 차고지 목적의 부동산을 확보하여야 할 경영상의 필요가 있으므로 이러한 점을 보더라도 거래시점 이전의 임차료 지급에 어떠한 경제적 합리성도 인정될 수 없다는 처분청 의견은 타당하지 않다. 청구법인이 OOO업체에게 임대할 목적으로 2020.1.10.부터 쟁점차고지를 임차한 이상 쟁점임차료는 손금산입이 인정되어야 한다. 따라서 쟁점임차료를 청구법인의 2020사업연도 과세표준에 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 위법ㆍ부당하다.
(1) 쟁점양도거래는 저가 양도에 따른 부당행위계산 부인 대상 및 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제 대상에 해당한다. (가) 쟁점양도거래는 일반적인 부동산 거래와 달리 주상복합아파트 개발이 예정된 토지에 대한 거래로 거래 시기를 가격 결정의 중요한 요소로 보아야 할 것이다. 즉 동일 또는 유사한 부동산이라 할지라도 개발사업 시행 초기 거래가액보다 시간이 경과할수록 거래가액이 상승하는 것이 일반적이고, 쟁점양도거래 역시 GGG가 청구법인에 제시하였던 최초 거래가액은 OOO원이었으나 GGG가 FFF으로부터 최종 매입하는 시점에는 OOO원에 거래되었다. 쟁점토지의 매입용역을 수행한 매입용역업체 대표이사와의 문답내용에 근거한 협의시점에 GGG의 제시가액과 최종 거래가액에 대한 추이는 OOO과 같다. GGG에서 제시한 최초가액 OOO원은 조사청이 시가로 보아 적용한 유사매매사례가액 OOO원보다 높은 가액이고 최종 거래가액이 OOO원인 점으로 볼 때 최초 제시가액 OOO원이 거래 당시의 최소한의 실질적 가치를 반영하고 있다고 볼 개연성이 높으나, 협상과정에서 거래가액의 보안성을 중시하는 개발사업 부지 거래의 특성상 OOO원을 제시하였다는 사실을 입증할만한 문서는 조사일 현재 확보할 수 없었고, 제시가액은 매입용역을 대행한 매입용역업체 대표이사의 기억에 의존한 금액으로 시가임을 입증하기에는 객관적인 증빙자료가 부족하다고 판단하여 시가로 보지 아니하였으며, 조사청은 OOO와 같이 쟁점토지 인접 토지 거래 내역을 확인하였다. OOO에서 거래①은 거래가액을 확정 짓지 아니하고 사용승낙서만 제출된 상태로 사업심의 신청인이 2021년 3월 이후 부동산 대출자금(PF)이 확보된 시점인 2021년 4월에 토지 양도 계약이 이루어진 반면, 거래②는 2020년 7월에 계약을 체결하여 금액 변동없이 2021.4.20. 등기이전이 완료된 거래이다. 거래①ㆍ②는 계약일이 약 9개월 차이로 거래② 계약 당시보다 거래① 계약 당시에 OOO원이 증가(OOO)한 금액으로 계약이 체결되었으며 이는 개발사업의 특수성으로 거래 시기에 따라 인근 부동산 거래금액이 증가하였음을 보여주는 것이다. (나) 청구법인은 쟁점양도거래일로부터 1년 1개월 후 거래된 비교대상토지의 유사매매사례가액은 그 자체로 양도 당시 쟁점토지의 시가가 될 수 없다고 주장하나, 쟁점양도거래의 계약일은 2020.2.13.로 거래② 계약일 2020.7.17.과 불과 약 5개월 차이 밖에 나지 않으며, 조사청은 유사매매사례가액 판단 시 인접 지번의 유사성을 고려하여 거래①ㆍ②를 표본으로 정하였고, 거래① 계약서에 계약금액 확정일이 2021.4.21.로 명시되어 있는바 해당거래는 유사매매사례가액으로 볼 수 없다고 판단하였으며, 거래②는 쟁점토지 계약일 약 5개월 뒤에 거래가액이 확정되어 쟁점토지의 시가의 범주 내에 해당한다고 판단하였다. 법인세법 시행령 제89조 제1항에 따른 시가란 해당거래와 유사한 상황에서 특수관계인이 아닌 제3자간 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다. 조사청이 시가로 본 비교대상토지는 쟁점토지와 연접해 있고, 개발 호재로 주변 부동산 가격 급등이 확연히 예상되는 토지로 쟁점토지와 유사성이 있다고 볼 수 있다. 또한 청구법인은 FFF을 설립하는 등 여러 정황상 쟁점토지가 개발사업 부지에 포함될 것이라는 것을 인지하고 있었다고 볼 수 있으며, 쟁점개발사업 부지에 포함된 비교대상토지의 매매사례가액은 GGG가 2019년 9월 청구법인에게 제시한 최초 거래가액 OOO원보다 낮은 가액으로 쟁점토지의 최소한의 실질적 가치를 반영하였다고 볼 수 있다. 따라서 비교대상토지의 매매사례가액은 쟁점양도거래와 유사한 상황에서 특수관계인이 아닌 제3자간 일반적으로 거래된 가격으로 볼 수 있으므로 시가의 범위에 포함된다. (다) 청구법인이 시가가 불분명한 경우로 보아 감정평가한 가액을 정당한 가액으로 볼 수 없다. 청구법인은 2020.2.11. 감정평가법인에 의뢰한 쟁점토지 감정가액 OOO원을 시가로 보아 해당 금액으로 매각하였으나, 동 감정가액은 매매일 15개월 전 담보대출 목적으로 실시한 감정평가 결과 감정가액과 거의 유사한 가액으로 쟁점양도거래 당시의 실질가치를 반영한 적정한 가액으로 볼 수 없다. 또한 해당 감정평가서상 조사기간은 2020.2.14., 작성일자는 2020.2.18., 제출일자는 2020.2.21.이나 쟁점토지의 등기부등본상 매매 등기원인일(계약일자)은 2020.2.13.로 확인되어, 감정평가 조사기간 전에 쟁점토지에 대한 매매계약을 하면서 감정가액을 준용하여 매매대금을 결정하였다는 청구주장은 성립할 수 없는 것이다. 즉 쟁점양도거래의 감정가액은 15개월 전 담보 목적의 감정가액과 거의 유사한 금액으로 정당한 가액으로 볼 수 없으며, FFF은 매각대금 OOO원 중 직접 부담한 금액이 전혀 없는 점으로 보아 FFF의 자금 사정을 고려한 임의의 금액으로 보아야 할 것이다. 청구법인은 2011.9.15. JJJ로부터 쟁점토지를 OOO원에 취득한 뒤 약 8년이 경과한 2020.3.2. 약 OOO 정도 상승한 OOO원에 양도한 것은 같은 기간 동안 쟁점토지의 개별공시지가 상승률(OOO)보다 현저히 미달하고, 쟁점양도거래의 등기원인일 이후에 작성된 감정평가서에 따른 감정가액이라는 점에 비추어 동 감정가액을 개발 호재로 주변 부동산 가격의 급등이 확연히 예상되던 쟁점양도거래 당시의 시가로 인정할 수 없다. 이에 반해 조사청은 2020.7.17. 매매계약을 체결하고 가액 변동 없이 2021.4.20. 등기이전이 완료된 비교대상토지의 매매사례가액을 쟁점토지의 시가로 보고 있으며, 동 가액은 쟁점토지와 연접해 있어 유사성이 있는 쟁점양도거래일보다 약 5개월 내에 확정된 비교대상토지의 거래가액으로, 비교대상토지의 매매사례가액을 적용하여 시가로 본 OOO원은 GGG에서 2019년 9월 청구법인에게 제시한 최초가액 OOO원보다는 낮은 가액으로써, 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 최소한의 실질적 가치를 충분히 반영하고 있다고 볼 수 있다. (라) 쟁점양도거래는 경제적 합리성이 결여된 거래이다. 청구법인은 부채비율 감소를 목적으로 쟁점토지를 FFF에 매각하였다고 주장하나, 쟁점양도거래 결과에 따른 청구법인과 FFF의 부채비율, 거래손익을 비교해보면 청구주장이 모순이라는 사실을 알 수 있다. FFF은 쟁점토지를 취득할 목적으로 2020.1.13. 설립된 법인으로 법인 설립 후 약 한 달이 지난 시점에 개발 호재로 시가 급등이 확연히 예상되는 상황에서 감정가액 OOO원을 매매가액으로 하여 청구법인으로부터 쟁점토지를 취득하였다. 청구법인은 쟁점토지를 매각한 후 월 OOO원의 임차료를 FFF에 지급하고 있으나 이는 쟁점토지 매각 전 청구법인이 부담하던 대출이자 비용의 OOO를 상회하는 금액으로 쟁점토지 매각에 따라 청구법인은 오히려 고정비 지출이 증가하였으며, 매각대금 중 OOO원은 조사일 현재까지 FFF이 지급하지 아니하여 회수하지 못하는 등 통상적이고 합리적인 거래에 부합한다고 볼 수 없다. 반면 FFF은 쟁점토지 취득과정에서 청구법인의 기존 대출 OOO원을 승계하고 임대보증금으로 OOO원을 수취하여 실제 FFF이 부담하는 비용없이 승계한 대출이자의 OOO에 상당하는 임대료를 청구법인으로부터 수취하였으며, 시행사인 GGG와의 계약 특약 조건에 따라 최종 매각 이후에도 청구법인으로부터 임대료를 수취하고 있다. FFF의 쟁점토지 보유기간은 약 380일로 단기간에 취득가액의 OOO에 상당하는 OOO원에 쟁점토지를 매각하여 OOO원의 이익을 취하면서도 쟁점토지 취득 시 청구법인에 미지급한 OOO원을 상환하지 않고 있으며 오히려 대표이사 가지급금 명목으로 OOO원을 인출한 사실이 확인된다. 청구법인은 쟁점양도거래로 경제적 손실이 발생한 반면 FFF은 쟁점토지 취득ㆍ양도 과정을 통해 OOO원의 이익이 발생하였는데 이는 청구법인이 개발 호재로 인하여 시가가 급상승할 것을 충분히 인지할 수 있는 쟁점토지를 OOO원에 매각하는 등 경제적 실질에 전혀 부합하지 않는 비정상적 거래임을 명확히 보여주는 것이다. 청구법인은 쟁점토지 매각 이유가 유동성 확보 목적이라고 주장하나, 2020년 3월경 시행사인 GGG가 제시한 매매가액이 OOO원이라는 문답서 기재 내용으로 보아 청구법인이 직접 시행사에 매각하였다면 부채비율이 현저히 감소했을 것이라는 사실을 충분히 예측할 수 있으므로 청구주장은 논리적으로 모순이 있는 것이다. 또한 청구법인은 쟁점토지를 양도할 의사가 없었고 당시에는 쟁점토지가 개발사업 대상 부지에 포함되지 않았다고 주장하나, 아래와 같이 쟁점토지 인근 토지를 매입한 토지매입 용역회사에서 2019년 5월 제작한 “OOO 주거복합 신축공사 계획서 및 지적도”를 보면 대지의 위치가 쟁점토지인 OOO 일원으로 기재되어 있음을 알 수 있다. 더욱이 청구법인은 1988년부터 OOO을 영위하여 관련 규정(액화석유가스의 안전관리 및 사업법 시행규칙 제12조 별표4 및 OOO)에 따라 쟁점토지와 보호시설의 안전거리가 최소 OOO인 사실을 인지할 수 있었던 것으로 보인다. GGG는 당초 관련 규정을 인지하지 못했다고 하더라도 청구법인은 GGG가 관련 고시 내용에 따라 결국에는 쟁점토지를 배제하고 개발사업을 진행하기 어렵다는 점을 충분히 예상하고 쟁점양도거래를 하였다고 보는 것이 합리적이며, GGG가 쟁점개발사업을 원활하게 진행하기 위해 결국 2차 심의 신청 과정에서 쟁점토지를 쟁점개발사업 부지에 편입할 수밖에 없었고, 그 결과 FFF이 GGG에 쟁점토지를 OOO원에 매각한 결과를 보더라도 이러한 조사청의 과세 근거는 명백하다 할 것이다. (마) 쟁점양도거래의 실질적인 목적은 부의 무상 이전을 위한 것이다. 재무제표에서 알 수 있듯이 FFF은 부동산 취득, 매각, 임대 외에 다른 사업 내역은 없으며 조사 착수일에도 FFF이 별도로 사용하는 사무실은 없었다. 세금계산서 발급과 경리업무는 청구법인의 관리이사가 담당하고 있으며 관리이사는 FFF의 업무가 임대업과 관련된 업무 외에는 없는 것으로 진술하였다. FFF은 최대주주 BBB과 배우자 KKK가 공동대표로 등재된 상태로 KKK는 연 OOO원을 급여로 수령하고 있으며 그 사유에 대해 BBB에게 확인한 바 “대표이사로서 업체에 특별한 이슈(사건, 사고)가 발생할 시 책임지는 역할이었기 때문에 근로를 제공하지 않지만 해당 역할에 대해 급여를 지급하는 것이며, 이는 정당한 것으로 판단된다”라고 진술하였다. 또한 BBB은 FFF의 주주 구성에 대해서는 “갑작스럽게 상속 등을 고민하다 보니 자녀들도 미리 준비를 하고자 하는 제 개인적 생각으로 주주로 등재하였다”라고 진술하였으며, FFF이 쟁점토지를 취득하게 된 이유에 대해 “가업승계 관련 컨설팅을 받은 결과 청구법인의 자산을 축소해야 한다는 내용과 주요 거래 은행에서 매출액 대비 부채비율이 높다는 의견에 의해 청구법인의 꼭 필요한 자산 이외 자산을 처분하는 과정에서 OOO(쟁점토지)를 매각하였다”라고 진술하였고, FFF이 쟁점토지를 다시 GGG에 매각하게 된 이유에 대해 “그 때는(매각시점) 매각하지 않고 영업을 하기 힘든 상황이고 주변 인근 지주들 요청, GGG의 요청 등에 의해 매각하게 되었으며 현실적으로 OOO는 24시간 영업이라는 특성상 가까운 거리에 주상복합아파트가 건설되면 야간 소음으로 민원 발생 등 영업하기 어려운 상황에 직면하게 될 것으로 최종 판단하였다”라고 진술하였다. 청구법인이 쟁점토지를 GGG에 직접 매각하였다면 청구법인의 주식 가치가 급격히 상승하였을 것이고, 청구법인의 주주 구성(부 LLL OOO, 모 MMM OOO)으로 볼 때 향후 고액의 상속세 및 증여세가 발생할 것을 충분히 예상할 수 있다. 따라서 청구법인이 쟁점토지를 GGG에 직접 매각하지 않은 배경이나 동기, FFF의 설립 과정과 사업 내용 및 주주 구성, 단기간 보유 후 매각한 정황 등으로 보아 FFF은 상속세 및 증여세를 회피할 목적으로 설립된 법인으로 보는 것이 합리적이다.
(2) 쟁점임차료는 과다지급된 비용이므로 손금불산입 대상에 해당한다. 쟁점차고지는 BBB 명의로 취득할 당시 전 소유주가 건설자재 야적장으로 사용하고 있던 나대지 상태의 토지로, 취득 후 건물 신축공사 및 주차장 부지 조성공사 등을 실시하여 2020.9.3. 신축건물 사용승인을 받은 것으로 확인된다. 건물 신축공사 등에 지출된 금액은 토지 관련 OOO원, 건물 관련 OOO원(대출금 OOO원 제외) 합계 OOO원이며, 이는 청구법인이 BBB에게 지급한 임대보증금 OOO원과 9개월간 임차료 OOO원보다 적은 금액으로 BBB이 쟁점차고지 조성공사를 진행하는데 있어 본인 자금이 아닌 청구법인의 자금으로 진행하였다고 봄이 타당하다. 또한 BBB은 월 OOO원의 임대료 산정 근거에 대해 이자와 운영비용, 세금 그리고 청구법인의 수익금 등을 고려하여 임대료를 책정하였다고 진술하였으나, 법인이 자산을 임차한 경우에는 그 계약조건에 따라 지급의무가 확정된 임차료를 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 산입하는 것이므로 임차할 건물이 준공되어 실제 임차에 사용한 기간의 임차료 상당액을 손금에 계상하여야 하나, 청구법인은 건물 신축 공사가 진행 중이던 2020.1.1.～2020.8.31. 기간 동안에도 BBB과의 임대차 계약 내용에 따라 임차료를 지급한 것으로 확인되는바, 청구법인이 수익을 창출할 수 없는 상황임은 물론 실제 임차한 부동산을 차고지로 임대할 수 없는 상황임에도 불구하고 상당 기간 고액의 임대보증금과 임차료를 지급한 것은 그 지급행위가 경제적 합리성을 결한 것이고, 실제 청구법인이 HHH에 차고지를 임대하기로 약정한 기간은 2020.9.1.부터이므로 청구법인이 무상 임대 예정인 차고지를 2020.1.1.부터 임차할 이유는 없는 것이다. 따라서 청구법인은 거래처에서 쟁점차고지를 사용할 수 있는 건물 준공 시점부터 쟁점차고지를 임차한 것으로 보아야 하고 거래처와 약정한 임대 기간 이전에 BBB에게 임차료를 지급한 것은 일반적인 거래라 할 수 없고 특수관계인간 거래이기 때문에 가능한 것으로 공사기간 중에 지급한 쟁점임차료는 과다지급한 비용으로 손금불산입 대상에 해당한다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점토지를 특수관계인에게 저가 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 법인세를 부과하고 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여대상으로 보아 증여세를 부과한 처분의 당부
② 쟁점임차료를 과다지급한 것으로 보아 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부
(1) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용(이하 “손비”라 한다)의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. (단서 생략)
7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. (단서 생략) 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. (단서 생략)
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.
(3) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. (단서 생략)
(4) 상속세 및 증여세법 제45조의5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제) ① 지배주주와 그 친족(이하 이 조에서 “지배주주등”이라 한다)이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율이 100분의 30 이상인 법인(이하 이 조 및 제68조에서 “특정법인”이라 한다)이 지배주주의 특수관계인과 다음 각 호에 따른 거래를 하는 경우에는 거래한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 지배주주등이 증여받은 것으로 본다.
2. 재산 또는 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 낮은 대가로 양도ㆍ제공받는 것
③ 제1항에 따른 지배주주의 판정방법, 증여일의 판단, 특정법인의 이익의 계산, 현저히 낮은 대가와 현저히 높은 대가의 범위, 제2항에 따른 초과액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(5) 상속세 및 증여세법 시행령 제34조의5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제) ④ 법 제45조의5 제1항에서 “특정법인의 이익”이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 말한다.
1. 다음 각 목의 구분에 따른 금액
⑦ 법 제45조의5 제1항 제2호 및 제3호에서 “현저히 낮은 대가” 및 “현저히 높은 대가”란 각각 해당 재산 및 용역의 시가와 대가(괄호 생략)와의 차액이 시가의 100분의 30 이상이거나 그 차액이 3억원 이상인 경우의 해당 가액을 말한다. 이 경우 금전을 대부하거나 대부받는 경우에는 법 제41조의4를 준용하여 계산한 이익으로 한다.
⑧ 제7항을 적용할 때 재산 또는 용역의 시가는 법인세법 시행령 제89조에 따른다.
(1) 청구인들과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1988.6.13. 설립되어 OOO에서 OOO 사업 등을 영위하고 있는 법인으로, 2020.12.31. 현재 청구인 BBB의 아버지 LLL이 OOO, BBB의 어머니 MMM가 OOO, 청구인 BBB이 OOO, 청구인 BBB의 자녀들(청구인 DDD, 청구인 CCC, 청구인 EEE)이 각 OOO 씩 청구법인의 발행주식을 보유하고 있다. (나) FFF은 2020.1.13. 부동산 매매ㆍ임대업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로 OOO과 같이 청구인 BBB과 배우자 KKK 및 청구인 BBB의 자녀들이 FFF 발행주식의 OOO를 소유하고 있으며, 청구법인과는 특수관계인에 해당한다. (다) 청구법인은 2011.9.15. 쟁점토지를 JJJ로부터 OOO원에 취득하여 OOO 사업에 사용하다가 2020.3.2. 특수관계인인 FFF에 OOO원[토지 OOO원, 건물(공급대가) OOO원]에 양도(쟁점양도거래)하였고 이후 FFF은 2021.4.20. 쟁점개발사업의 시행사인 GGG에 쟁점토지를 OOO원에 매각하였다. (라) 청구법인이 FFF에 쟁점토지를 양도하기 전인 2018년 5월부터 NNN(이하 “NNN”이라 한다)이 쟁점개발사업의 타당성을 검토하여 토지매입 용역을 선행하였으며 그 진행 과정은 OOO와 같다. (마) GGG는 쟁점토지를 제외한 상태로 1차 심의를 신청하여 조건부 승인 통보를 받았으나, 이후 이격거리 문제로 시행사는 2020년 12월 쟁점토지 부지를 포함하여 2차 심의 신청하였으며 2021년 4월 쟁점토지를 FFF으로부터 OOO원에 취득하여 2021년 11월 최종적으로 사업승인이 결정되었다. (바) OOO시장의 2020.12.7.자 조건부 의결 내용 중 “지적사항” 기재 내용은 OOO와 같다. (사) OOO와 같이 쟁점개발사업 과정에서 GGG가 1차 심의 신청을 위해 취득한 전체 개발사업 부지의 1㎡당 평균단가는 약 OOO원이나, 이후 2차 심의 신청 후 취득한 쟁점토지의 1㎡당 평균단가는 OOO원으로 조사되었다. (아) 쟁점토지의 개별공시지가 변동내역은 OOO와 같다. (자) 청구법인은 FFF에 쟁점토지를 매각한 이후 FFF으로부터 쟁점토지를 다시 임차하여 사업장으로 사용하였다. (차) FFF은 설립 이후 쟁점토지 취득, 매각, 임대 외에 다른 사업 내역은 나타나지 아니하였다(OOO). (카) OOO은 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 등에 따라 쟁점토지를 평가하면서 기준시점을 2020.2.14., 작성일자를 2020.2.18., 제출일자를 2020.2.21.로 하여 쟁점토지를 OOO원(토지: OOO원, 건물 OOO원)으로 평가하였다. (타) 청구법인은 위 감정평가에 앞서 2018.11.19. 은행 담보 목적으로 OOO에 쟁점토지의 감정평가를 의뢰한 바 있으며, 당시 쟁점토지의 감정가액은 OOO원으로 나타난다. (파) 처분청이 쟁점개발사업의 사업부지 매입용역업체인 NNN의 대표이사를 상대로 작성한 문답서 일부 기재 내용은 OOO와 같다. (하) 처분청이 청구인 BBB을 상대로 작성한 문답서 일부 기재내용은 OOO와 같다. (거) GGG 대표이사 OOO이 처분청에 제출한 확인서 기재내용은 OOO와 같다. (너) 쟁점양도거래 관련 등기필정보 및 등기완료통지서상 등기원인 및 일자는 2020.2.13. 매매로 기재되어 있는 반면, 붙임서류 중 하나인 쟁점토지 매매계약서에는 계약금, 중도금 지급없이 2020.3.2. 매매대금 전부를 일시에 지급하는 내용이고 그 계약일은 2020.3.2.로 기재되어 있다. (더) 비교대상토지의 매매계약서 상 계약일자는 2020.7.17.로 쟁점토지의 계약일을 2020.2.13.로 볼 경우 약 5개월의 차이가 발생하고, 2020.3.2.로 볼 경우 약 4개월 15일의 차이가 발생한다. (러) 법무사 PPP가 쟁점양도거래 등기와 관련하여 청구법인에게 제출한 확인서(2023.1.26. 작성) 기재내용은 OOO와 같다. (머) 청구법인은 OOO를 운영하던 중 거래처인 OOO업체의 요청에 따라 차고지를 임대할 목적으로 2019.10.22. OOO(쟁점차고지)를 OOO원에 매입하는 계약을 청구인 BBB 개인 명의로 하였으며, 2019.11.11. 청구인 BBB 앞으로 소유권 이전 등기가 경료되었다. (버) 청구인 BBB은 2019.11.1. 쟁점차고지를 사업장 소재지로 하는 부동산임대 사업자등록을 하고 2020.1.3. 청구법인과 계약기간을 2020.1.10.부터 2025.1.10.까지로 하는 임대차 계약을 하였으며, 청구법인은 계약 내용에 따라 임차보증금 OOO원과 매월 임차료 OOO원을 청구인 BBB에게 지급하였다. (서) 쟁점차고지는 매입 당시 전 소유주가 건설자재 야적장으로 하고 있던 나대지 상태의 토지였으며, 청구인 BBB이 취득한 이후 쟁점차고지에 건물 신축공사와 주차장 부지 조성공사를 실시하여 2020.9.3. 건물 사용승인을 받았다. (어) 건물 사용승인 후 청구법인은 거래처인 택시업체 HHH과 2020.9.1.부터 2023.8.31.까지 쟁점차고지를 무상으로 제공하는 약정(계약)서를 작성하였다. (저) 한편 청구인 BBB은 2023.11.7. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 심리일 현재 청구법인이 쟁점토지에서 OOO 사업을 계속하고 있으며, 쟁점차고지에서 건물이 신축 중이던 2020.1.10.～2020.9.9. 기간 동안에는 청구법인이 OOO업체에게 쟁점차고지를 임대한 사실이 없다고 진술하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 시가로 볼만한 유사매매사례가액이 없었으므로 감정가액을 시가로 보아야 함에도 불구하고 처분청이 유사성이 없는 비교대상토지의 유사매매사례가액을 시가로 보아 법인세(부당행위계산부인 규정 적용), 부가가치세(쟁점토지 중 건물분), 증여세(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제 적용)를 부과한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 이 건의 경우 OOO 일원의 주거복합 주택건설사업(쟁점개발사업)과 관련하여 처분청이 토지매입 용역회사인 NNN의 대표이사를 상대로 작성한 문답서에서 “(NNN의 대표이사가) 2019년 9월부터 약 4개월 동안 청구법인과 OOO원 내지 OOO원에 쟁점토지를 매매하기로 협상을 진행하다가 청구법인이 증액을 요구하여 포기하였다”는 취지로 답변한 사실로 보아 쟁점토지의 매매에 대하여 사전에 당사자 간 가격협상이 진행되었다고 볼 수 있는 점, 동 문답서에서 NNN 대표이사가 쟁점개발사업에 포함된 부지의 대략적인 평당 단가가 OOO원에서 OOO원 정도였다고 진술하였는데 동 가액을 기준으로 쟁점토지의 시가를 산정해 보면 OOO원 내지 OOO원으로 계산되는 점, 이에 대해 청구인 BBB은 “위 NNN 대표이사의 진술내용이 사실과 다르며 쟁점토지에 대한 매각 협상은 오로지 GGG와 진행하였다”는 취지로 진술하는 등 양 측이 주장이 다르긴 하나 쟁점양도거래의 시가가 얼마인지를 다투는 이 건에 있어서 이해관계가 없는 것으로 보이는 NNN 대표이사의 위 진술내용을 배척하기는 어려워 보이는 점, 처분청이 쟁점양도거래 당시 쟁점토지의 시가를 산정하기 위하여 제시한 비교대상토지는 쟁점토지와 연접해 있고 쟁점양도거래일(2020.3.2.)로부터 불과 4개월 15일 만에 계약이 이루어진 점, 신축예정인 주상복합아파트와 OOO(쟁점토지) 간의 이격거리(OOO)는 반드시 지켜져야 쟁점개발사업이 추진될 수 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 비록 쟁점토지는 쟁점양도거래일 당시 쟁점개발사업 부지에 제외되어 있었지만 향후 쟁점개발사업에서 포함될 가능성이 충분하였다고 보여지므로 처분청이 제시한 비교대상토지의 매매사례가액(OOO원)을 쟁점양도거래와 유사한 상황에서 특수관계인이 아닌 제3자간 일반적으로 거래된 가격 즉 시가로 볼 수 있음이 상당하다 할 것이다. 그렇다면 쟁점양도거래에 경제적 합리성이 있었는지를 살펴보아야 할 것인데, 법인세법 제52조에서 부당행위계산부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것(대법원 2001두7268, 2002.9.4. 같은 뜻)인바, 이 건의 경우 쟁점개발사업과 관련하여 토지매입 용역회사인 NNN이 2019년 5월 제작한 “OOO 주거복합 신축공사 계획서 및 지적도”에서 대지의 위치가 OOO 일원으로 기재되어 있었고 동 지번은 바로 청구법인이 소유중이던 쟁점토지의 지번에 해당하며, 청구법인은 2019년 8월경 토지매입 용역회사로부터 쟁점토지 매매와 관련하여 연락을 받았으나 제안을 거절한 사실이 있었다고 주장하는 것으로 보아 개발이익에 따른 지가 상승이 예상되는 상황으로 볼 수 있음에도 청구법인은 쟁점토지를 직접 시행사에 매각하지 않고 청구법인과 주주 구성을 달리한 특수관계법인 즉, 부의 무상 이전이 가능한 형태의 법인을 설립하여 시가보다 저가에 양도한 점, 청구법인은 OOO원의 부채가 있었음에도 특수관계법인에게 감정가액인 OOO원에 양도하였는데 만약 제3자 간 거래라면 이러한 거래가 일어났을 것이라고 기대하기는 어려워 보이는 점, 청구법인은 쟁점토지에서 OOO 사업을 계속하기 위해서는 제3자에게 쟁점토지를 양도하기가 어려웠다고 주장하나 GGG가 쟁점토지를 취득하여 보유 중인 심리일 현재에도 청구법인은 쟁점토지에서 LPG 사업을 계속하고 있는 것으로 보아 청구주장은 설득력이 부족해 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점양도거래를 함에 있어 경제적 합리성이 있었다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점양도거래에 대하여 저가 양도로 보아 부당행위계산부인하여 법인세 및 부가가치세를 부과하고 상증법상 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 대상으로 보아 증여세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임차료가 통상적인 비용으로서 손금산입대상이라고 주장하나, 청구법인이 OOO업체에게 임대할 목적물은 쟁점차고지의 토지가 아니라 쟁점차고지의 주차장 건물이고, 쟁점주차장에 신축된 건물의 건축주는 청구법인이 아니라 청구인 BBB이므로 쟁점차고지에서 주차장 건물이 신축되는 기간 동안(2020.1.10.～2020.9.9.)에는 청구법인이 주차장 부지를 청구인 BBB으로부터 임차할 이유가 없어 보이며, 청구법인은 실제로 2020.9.10.부터 쟁점차고지를 OOO업체에게 임대하였으므로 처분청이 건물 신축 기간 중 청구법인이 청구인 BBB에게 지급한 쟁점임차료를 과다지급한 것으로 보아 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.