달리 본사를 양도하지 못하였을 경우에도 감면받을 수 있다는 예외적인 규정을 두고 있지는 아니한 반면, 청구법인은 스스로 동 법령상의 사후관리 요건을 충족하지 못한 것으로 판단하여 2017사업연도 법인세 신고시 감면받은 세액과 이자상당액을 추가 납부하고, 2015사업연도 본사 이전 세액감면 대신 투자세액공제를 적용하여 경정청구를 한 후 우리 원 심판결정을 통해 환급받은 사실이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 아래와 같은 상당한 노력을 하였음에도 본사를 매각하지 못한 것이므로, 쟁점세액감면규정이 계속 적용됨이 타당하다. 청구법인은 ① 2014.7.25.부터 2018.4.11.까지 한국자산관리공사의 온비드 시스템을 통해 22차례 매각입찰공고를 하였으나 모두 유찰되었고, ② 국토교통부장관에게 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법에 따라 지방자치단체, 한국토지주택공사, 한국자산관리공사 및 한국농어촌공사가 매입하도록 요청하는 한편, ③ 원활한 매각을 위하여 A에 용도변경 등을 요청하였으며, ④ 청구법인의 모회사에게도 매입을 요청하였고, ⑤ 행복주택으로 개발할 수 있는지 여부를 검토하기도 하였으며, ⑥ 매각광고 등을 실행한 바 있다.
(2) 대법원은 아래와 같이 법령에 추징처분 또는 부과처분이 배제되는 “정당한 사유”를 명시적으로 규정하고 있지 않은 경우에도, 조세 감면 규정 또는 중과 규정의 입법취지를 고려하여 납세자에게 책임을 돌릴 수 없는 사유가 인정되는 경우에는 정당한 사유를 인정하여 추징처분 또는 부과처분이 위법하다고 판단하고 있다. (가) 대법원 2017.11.29. 선고 2017두56681 판결의 내용은 아래와 같다. 구 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제13조 제5항 제4호는 본문에서 ‘고급오락장에 해당하는 부동산을 취득한 경우 취득세율을 구 지방세법 제11조 에 따른 세율과 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다’고 규정하면서, 단서에서 ‘고급오락장용 건축물을 취득한 날부터 30일 이내에 고급오락장이 아닌 용도로 사용하거나 고급오락장이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사를 착공하는 경우를 제외한다’고 규정하고 있다…(중략)…고급오락장 취득 전후의 객관적 사정에 비추어 취득자가 취득 후 바로 고급오락장이 아닌 다른 용도로 이용하고자 하였으나 책임질 수 없는 장애로 인하여 취득 후 30일 이내에 용도변경공사를 착공하지 못하였고, 그러한 장애가 해소되는 즉시 용도변경공사를 착공하려는 의사가 명백한 경우라면, 취득세 중과세율을 적용할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 이와 달리 납세의무자인 취득자와 무관하거나 그에게 책임지울 수 없는 사유로 인하여 이 건 단서에서 정한 형식적 요건을 갖추지 못한 경우에까지 일률적으로 중과세율을 적용하는 것은 고급오락장을 중과하는 본래의 입법취지에 반할 뿐만 아니라 납세의무자의 예측가능성과 법적 안정성을 현저히 해칠 우려가 있다. (나) 대법원 2013.2.28. 선고 2011두32416 판결의 내용은 아래와 같다. 구 조세감면규제법(1990.12.31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것) 제56조의2 제1항은 “한국증권거래소에 처음으로 주식을 상 장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조, 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다”고 정하고, 구 법인세법(1994.12.22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항 제5호는 ‘자산재평가법의 규정에 의한 재평가차액은 당해 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하지 아니한다’고 정하고 있다. 그런데 1990.12.31. 법률 제4285호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제138조 는 ‘구 조세감면규제법 제56조의2 제1항에 의하여 재평가를 한 법인이 2003.12.31.까지 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다’고 정하고 있다. 위 각 규정의 입법 취지는 주식시장의 활성화를 위하여 주식의 상장을 전제로 자산재평가를 한 법인에 대하여는 자산재평가법상의 재평가요건을 갖추지 못하였더라도 그 재평가차액을 법인세의 과세대상에서 제외함으로써 주식의 상장을 유도하되, 사후 당해 법인이 주식의 상장을 게을리하는 경우에는 이러한 과세특례를 박탈함으로써 이를 악용하는 것을 방지하고자 하는 데 있다고 할 것이다. 따 라서 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항에 의하여 자산재평가를 한 법인이 2003.12.31.까지 주식을 상장하지 못하였더라도 그 원인이 당해 법인에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유에서 비롯되었을 경우에는 재평가차액에 대하여 법인세를 과세할 수 없다고 보아야 한다. (다) 대법원 2004.3.12. 선고 2002두5825 판결의 내용은 아래와 같다. 구 지방세법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제2항 제7호 가목에서 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 취득한 토지의 경우 유예기간인 3년 이내에 매각하지 못함에 있어 정당한 사유가 있는 경우를 비업무용 토지의 예외사유로 규정하고 있지 아니하나, 비업무용 토지에 대하여 중과세 하는 취지 및 비업무용 토지에 관한 일반규정인 구 지방세법 시행령 제84조의4 제1항 제1호 에서 비업무용 토지에 대한 예외사유로 정당한 사유를 들고 있는 점 등을 고려하면, 법인이 채권을 보전하거나 행사할 목적으로 취득한 토지를 유예기간인 3년 이내에 매각하지 못하였다고 하더라도 매각하지 못한 것에 정당한 사유가 있는 경우에는 구 지방세법 시행령 제84조의4 제2항 제7호 가목 소정의 채권보전용 토지로서 비업무용 토지에서 제외된다고 보아야 할 것이다. (라) 대법원 1994.9.13. 선고 94누4141 판결의 내용은 아래와 같다. 2년 이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 구 공장의 토지와 건물을 먼저 양도하여 소득세법 제6조 제2항 제2호 (1989.12.30. 법률 제4163호로 삭제되기 전의 것)에 의하여 양도소득세를 면제받은 경우에, 그 면제된 세액의 추징을 규정한 소득세법 시행령 제18조 제5항 제1호 (1989.12.30. 대통령령 제12877호로 삭제되기 전의 것) 소정의 유예기간을 넘겨 신설될 공장을 시공하거나 준공하여 사업을 개시하였다고 하더라도, 그 추징의 입법취지는 소득세감면의 혜택이 부동산투기 등 비생산적인 목적에 악용됨을 방지하여 소득세감면의 본뜻을 살리고자 하는 사후관리의 측면에서 규정된 것이므로(당원 1992.4.28. 선고 91누8487 판결; 당원 1990.1.12. 선고 89누6198 판결 참조), 그 지연의 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 사유에서 비롯되었을 때에는 같은 시행령 조항을 적용하여 면제된 양도소득세를 추징할 수 없다고 보아야 할 것이고(당원 1989.6.13. 선고 88누4553 판결 참조), 이는 명문의 규정이 없다 하여 달리 해석할 것은 아니다. 나. 처분청 의견 청구법인이 혁신도시로 본사를 이전한 날로부터 2년 이내에 종전 본사를 양도하지 못한 것에 대해 정당한 사유가 인정되지 아니하므로 이 건 처분은 적법하다.
(1) 종전 본사의 양도를 전제한 일반 법인의 본사 이전에 대한 감면 규정과의 형평성을 고려하여야 한다. (가) 청구법인이 예시로 들고 있는 대법원 판결은 감면규정 또는 중과규정의 입법취지를 고려하여 해당 입법취지에 반하지 않는 경우의 예외를 둔 것이지, 감면규정과 관련하여 언제든지 정당한 사유를 인정할 수 있다고 판시한 것은 아니다. 대법원 2017.11.29. 선고 2017두56681 판결은 구 지방세법에서 고급오락장용 건축물 취득의 경우 중과세율 적용을 원칙으로 하면서, 단서 규정에서 취득자가 취득일로부터 30일 이내에 고급오락장이 아닌 용도로 사용하거나 고급오락장이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사를 착공하는 경우를 제외한다는 예외규정을 두고 있었는데, 이는 “납세자가 취득할 당시에는 고급오락장 건축물이라고 하더라도 고급오락장이 아닌 용도로 사용하거나 용도변경공사를 하여 고급오락장으로 사용하지 않겠다는 의사를 가질 수 있음”을 염두하여 “취득일로부터 30일 이내”라는 일정한 기한을 설정한 입법취지를 고려한 것이므로, 납세자의 용도변경공사를 착공하려는 의사가 명백한 경우에는 취득일로부터 30일 이내라는 요건을 충족하지 않았더라도, 납세자의 책임지울 수 없는 사유를 근거로 하여 추징을 배제할 수 있도록 해석해야 한다고 판단한 사례이고, 대법원 2004.3.12. 선고 2002두5825 판결의 경우에도 비업무용 토지에 대한 중과세 규정의 입법취지와 비업무용 토지에 관한 일반규정에서 비업무용 토지에 대한 예외사유로 정당한 사유를 들고 있는 점 등을 고려하여, 납세자가 감면받을 당시와 이후의 상황을 살펴보아 입법취지에 반하지 않는 납세자의 의사를 인정할 수 있다면, 납세자의 책임지울 수 없는 사유를 근거로 하여 추징을 배제할 수 있도록 해석해야 한다고 본 판례이다. 따라서 청구법인이 본사 이전 후 사업을 개시한 날로부터 2년 이내 종전 본사를 양도하지 않는 것 자체가 쟁점세액감면규정의 입법취지에 반하는지 여부에 대한 검토 없이, 단순히 청구법인이 책임질 수 없는 사유로 양도하지 못한 경우가 인정되면 이전일 이후의 나머지 사업연도에도 법인세 감면을 적용할 수 있다는 청구주장은 타당하지 않다. (나) 공공기관의 혁신도시 이전에 대한 세제지원 규정과 일반 법인의 지방 이전에 대한 세제지원 규정과의 형평을 고려하여야 한다. 구 조특법 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) 등은 “본사를 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 본사를 양도할 것”을 요건으로 하여 법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등을 감면할 수 있다고 규정하고 있는바, 일반 법인이 지방으로 이전한 날로부터 불가피한 사유로 2년 이내에 종전 본사를 양도하지 못한 경우에 해당 법인에게 책임을 지울 수 없다는 이유로 법인세 감면을 해주어야 한다는 예규나 심판결정, 판례(하급심 포함)는 현재까지 없고, 이는 입법취지에 비추어 당연한 것으로서, 청구주장을 따를 경우 이는 공공기관을 일반 법인보다 우대하는 것으로서 조세평등주의에 반하는 결과가 초래된다.
(2) 종전 본사를 양도하지 못한 것에 대해 청구법인에게 책임질 수 없는 사유가 있다고 볼 수도 없다. (가) 청구법인은 종전 본사의 매각을 위해 상당한 노력을 기울였다고 주장하면서도, 이를 뒷받침할 증거자료는 제출하지 아니하여 이에 대한 입증이 필요하다고 할 것이다. (나) 청구법인이 구 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(이하 “지방이전 특별법”이라 한다)에 따른 종전 부동산의 처리와 관련한 규정을 모두 활용하지 않았다면, 종전 본사를 양도하지 못한 책임이 없다고 볼 수 없는바, 이와 관련하여 아래와 같은 사항을 지적하는 바이다. 첫째, 청구주장과 같은 일련의 노력이 지방이전 특별법 제43조(종전부동산의 처리계획 수립 등) 제1항 및 제2항에 따라 국토교통부장관에게 제출된 종전 부동산의 처리계획에 의한 것인지가 확인되어야 한다. 왜냐하면 해당 규정에서는 “이전공공기관의 장은 지방이전계획에서 정한 이전완료일로부터 1년 이내를 매각시기로 하여 종전 부동산의 처리계획을 수립하여야 하며, 해당 처리계획에는 매각시기의 세부추진일정 및 방법은 물론 종전 부동산 중 일부 또는 전부를 매각하지 못하는 경우 구체적인 사유 및 활용방안이 포함되어 있어야 한다”고 규정하고 있기 때문이다. 둘째, 지방이전 특별법 제43조 제3항에 의하면 지방자치단체와 지방공기업도 이전공공기관의 종전 부동산을 매입할 수 있는데, 청구법인이 지방자치단체와 지방공기업에 대하여 매입요청을 하지 않은 것이 사실인지 및 그 이유에 관한 확인이 필요하다고 할 것이다. 셋째, 지방이전 특별법 시행령 제37조(종전부동산의 매입) 제1항 단서에는 “종전 부동산의 처리계획에 제시된 기한 내에 매각되지 아니하여 매입공공기관 또는 지방공기업에 매각하려는 경우”를 같은 항 본문의 매입요청과 별도로 규정하고 있는데, 청구법인은 2014.2.2. 매입공공기관에 대하여 매입요청을 하였고 이후에는 하지 않았다는 점에서, 당시 시행령 단서규정에 근거한 매입요청은 하지 않은 것으로 보이므로, 동 규정에 근거한 매입요청을 하였는지에 관한 확인도 필요하다고 할 것이다. (다) 청구법인은 혁신도시로 이전하여 사업을 개시한 날인 2015.8.17.부터 2년 이내인 2017.
8. 17.까지는 종전 본사를 양도하여야 함에도, 2017.2.1. OOO와 종전 본사 건물 1층 일부에 대해 임대차계약을 체결하였고, 동 임대차 계약은 2023.7.21. 해지되었는바, 적어도 임대차계약 체결일부터는 청구법인에게 종전 본사를 양도할 의사가 없었다고 보아도 무리가 아니므로, 청구법인이 종전 본사를 양도하고자 상당한 노력을 하였다고 볼 수는 없다. (라) 청구법인의 종전 본사가 높은 가격에 낙찰 및 매각되었다는 점에서 청구법인은 일정한 금액 이상을 충족하는 조건으로 매각을 하고자 하였을 수 있음을 간과할 수 없다. 청구법인의 종전 본사는 경기도 A 에 소재하면서 OOO 왕복 8차선 대로변에 위치한 곳으로서, A는 OOO 부근을 ‘OOO’라는 이름으로 경제도심을 형성하고자 하였고, 동 내용은 2018년 11월경 A 2035년 목표 도시기본계획에도 확정되었다. 또한, 종전 본사는 2022.3.25. 감정가인 OOO만 원보다 높은 OOO원에 낙찰되었고(낙찰가율 127%), 이후 2023.6.27.에 OOO원에 매각되었다는 점에서, 청구법인이 정한 일정한 금액 이상을 충족하는 매수 제안이 없었기에 혁신도시로 이전하기 전은 물론이고, 이전 후 2년 이내 종전 본사를 양도하지 못한 것일 수 있다.
(1) 조세특례제한법 제62조【공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】 ④ 수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호 에 따른 성장관리권역(이하 이 조에서 “성장관리권역”이라 한다)에 본사가 소재하는 이전공공기관이 2015년 12월 31일까지 혁신도시로 본사를 이전하는 경우, 이전공공기관은 과세연도별로 제1호의 금액에 제2호 또는 제3호 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여 이전일 이후 이전공공기관에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (각호 생략)
⑦ 제4항에 따라 법인세를 감면받은 이전공공기관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.
2. 본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우
⑧ 제4항에 따라 감면받은 법인세액을 제7항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2 제4항의 이자상당 가산액에 관한 규정을 준용한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제58조【공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】 ⑧ 법 제62조 제7항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 혁신도시로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우
⑩ 법 제62조 제7항에 따라 납부하여야 하는 세액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한다.
2. 법 제62조 제7항 제2호에 해당하는 경우: 제8항에 해당하게 된 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액
(1) 청구법인이 경기도 A 소재 당초 본사를 처분하기 위해 노력하였다는 상세내용은 OOO과 같다.
(2) 청구법인이 조특법상 투자세액공제 규정들을 적용하여 2015사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기한 것과 관련한 우리 원 심판결정문OOO상 확인되는 청구법인이 제출한 자료의 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 본사 지방이전에 따른 종전 경기도 A 소재 본사 부동산을 매각하기 위하여 2014.7.25. 공개경쟁입찰 공고[온비드(OnBid), 전자자산처분시스템]를 하였으나, OOO22회차까지 유찰되었다. (나) 청구법인은 2014.12.2. 국토교통부장관에게 매입공공기관(한국토지주택공사, 한국자산관리공사, 한국농어촌공사)이 청구법인의 종전 본사를 매입할 수 있도록 매입의뢰를 요청하였으나, 국토교통부장관으로부터 2014.12.18. 매입의사가 없음을 통보받았다.
(3) 처분청은 공공기관의 혁신도시 이전에 대한 세제지원과 관련한 개정세법 해설(2012년, 국세청 발간)의 내용을 제출한바, 그 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 공공기관의 혁신도시 이전 관련 개정세법 해설의 내용
27. 공공기관의 혁신도시 이전에 대한 세제지원 위임사항 (조특법 시행령 제58조)
○ 혁신도시로 이전하는 공공기관에 대한 세제지원은 공공기관의 본사를 수도권 밖으로 이전하도록 유도하기 위한 것으로 기존의 지방이전 세제지원과의 형평성을 감안하여 규정 신설 (이하 생략) (4) 처분청은 청구법인의 종전 본사가 감정가인 OOO원보다 높은 OOO원에 2022.3.25. 낙찰되었고, 이후 2023.6.27. OOO원에 매각되었다는 의견에 대한 증빙으로 관련 신문기사의 내용을 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 혁신도시로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 당초 A 소재 본사를 양도하기 위하여 상당한 노력을 기울였음에도 매각하지 못한 불가피하고도 정당한 사유가 존재하므로, 쟁점세액감면규정을 계속 적용함이 타당하다고 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등), 조특법 제62조 및 같은 법 시행령 제58조에서 본사 이전에 따른 세액감면을 받고, 2년 이내 본사를 양도하지 아니한 경우, 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준 신고 시 감면받은 법인세액 및 이자상당액을 납부하여야 한다고만 규정하고 있을 뿐, 달리 본사를 양도하지 못하였을 경우에도 감면받을 수 있다는 예외적인 규정을 두고 있지는 아니한 반면, 청구법인은 스스로 동 법령상의 사후관리 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2017사업연도 법인세 신고 시 감면받은 세액과 이자상당액을 추가 납부하고, 2015사업연도 본사 이전 세액감면 대신 투자세액공제를 적용하여 경정청구를 한 후 우리 원 심판결정을 통해 환급받은 사실이 있는 점 등에 비추어 볼 대, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.