[요지] 청구법인은 정부 발표 등에 따라 이사회를 개최하여 건설사업을 중단하기로 의결하였고, 자산계상한 관련비용은 사업초기에 지출된 용역비 등인바, 건설사업의 중단에 따라 보상금 지급이 당연히 예정되어 있다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 관련비용은 건설사업의 취소일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 것이 타당함
[요지] 청구법인은 정부 발표 등에 따라 이사회를 개최하여 건설사업을 중단하기로 의결하였고, 자산계상한 관련비용은 사업초기에 지출된 용역비 등인바, 건설사업의 중단에 따라 보상금 지급이 당연히 예정되어 있다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 관련비용은 건설사업의 취소일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 것이 타당함
[참조결정] 조심2014서3525 / 조심2016전2522 / 조심2009전1864 / 조심2022부7229
[주 문] 경주세무서장이 2023.2.27. 청구법인에게 한 2017사업연도부터 2021사업연도까지의 법인세 합계 OOO원(2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원)의 각 부과처분은,
1. 청구법인이 2017사업연도까지 OOO 및 OOO 건설과 관련하여 건설중인자산으로 계상하였던 금액의 합계 OOO원을 2018사업연도의 손금으로 하고,
2. 청구법인이 2017년부터 2021년까지 수행한 원전 종사자 건강조사 DB 구축 및 방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB 구축 관련 연구의 경제적 효과를 재조사하여 그 결과에 따른 금액을 한도로 OOO원을 연구무형자산(개발비)로 계상하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며,
3. 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
(1) 청구법인은 2010년경부터 경상북도 영덕군 및 강원특별자치도 삼척시 근덕면 일원에 OOO및 OOO(이하 “쟁점원자력발전소”라 한다)를 건설(이하 해당 사업을 “쟁점원전건설사업”이라 한다)하기로 하고 지형현황측량, 건설예정부지의 매입 등 원전건설사업을 진행하던 중 정부가 2017.12.29. 원전의 단계적 감축 등을 내용으로 하는 제8차 전력수급기본계획을 확정ㆍ발표하자, 2018.6.15. 이사회를 개최하여 쟁점원전건설사업을 백지화하기로 의결하였는데, 쟁점원전건설사업과 관련하여 건설중인자산으로 계상되어 있던 사전준비용역비 및 광고선전비 등 OOO원(이하 “쟁점①비용”이라 한다)을 잡손실로 회계처리하고 이를 2018사업연도 손금에 산입하여 2018사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.
(2) 청구법인은 산업통상자원부장관의 “원전해체산업 육성 추진 관련 협조요청”에 따라 원전해체연구 등을 목적으로 하는 재단법인(이하 “쟁점재단법인”이라 한다)의 설립을 지원하기 위하여 2019년 5월 경 본사 내 조직으로 OOO 설립추진실(이하 “쟁점설립추진실”이라 한다)을 신설하고, 2019년부터 2021년까지 쟁점설립추진실 소속 직원들의 인건비를 손금산입하여 각 사업연도의 법인세를 신고ㆍ납부하였다.
(3) 청구법인은 2016.2.1. 본점 및 주사무소를 경상북도 경주시 OOO로 이전한 후,조세특례제한법제63조의2 제2항에 따른 법인세 감면세액을 계산하는 과정에서 청구법인의 본사 조직 내 대외협력부 등(이하 “쟁점부서”라 한다) 소속 직원들을 이전본사 근무인원에 포함하여 같은 항 제2호 나목 및 다목의 비율을 산정하였고, 이에 따라 2017사업연도부터 2021사업연도까지 법인세를 감면받았다.
(4) 청구법인은 2017년 3월부터 2020년 2월까지 ‘원전 종사자 건강조사 DB 구축’에 관한 연구를 하면서 지출한 비용의 합계 OOO원과, 2020년 3월부터 2021년 12월까지 ‘방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB 구축’(이하 ‘원전 종사자 건강조사 DB 구축’에 관한 연구와 합하여 “쟁점연구”라 한다)에 관한 연구를 하면서 지출한 비용의 합계 OOO원(이하 위 OOO원과 합한 OOO원을 “쟁점④비용”이라 한다)을 당기비용으로 회계처리하고, 각 사업연도의 손금에 산입하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다.
(1) 쟁점①비용은법인세법상 자산의 취득가액이므로 그 평가손실을 손금산입할 수 없고, 쟁점원전건설사업 중단에 대한 비용보전절차가 진행 중이므로 그 절차가 완료된 시점에 비보전비용으로 확정된 금액만을 손금으로 인식하여야 한다.
(2) 쟁점설립추진실 소속 직원들이 쟁점재단법인의 설립 등기일(2020.8.25.) 이후에도 쟁점재단법인의 업무를 담당하였는데, 2020.8.25. 이후 해당 직원들의 인건비 합계 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)을 청구법인이 지급한 것은 사업과 직접 관련 없는 비용으로 손금불산입하여야 한다.
(3) 쟁점부서 소속 직원들 중 일부(이하 “쟁점부서직원들”이라 한다)가 청구법인의 본점 주소지가 아닌 수도권 등 지역에 상주하면서 근무하였으므로 쟁점부서직원들을 이전본사 근무인원에서 제외하여 조세특례제한법제63조의2 제2항에 따른 법인세 감면세액을 재산정하여야 한다.
(4) 쟁점④비용은 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목의 개발비로서 무형자산에 해당하므로 법인세법제23조 제4항 등에 따라 쟁점④비용을 손금불산입하여야 한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점원전건설사업의 종결에 대한 실질적인 결정은 정부가 국무회의 심의를 통해 확정한 것이나 다름없고, 청구법인은 이러한 정부의 정책결정을 받아들여 2018년 이사회 결의를 통해 건설 중단을 확정하였으므로, 쟁점①비용의 손금확정시기는 이사회 결의일인 2018사업연도이다. (가) 처분청은 쟁점①비용이 미확정 자산평가손실이라서 손금에 산입할 수 없다고 주장하나, 쟁점원전건설사업은 착공조차 못 한 채 건설 자체가 중단되어 건축물, 기계장치 등 가치를 평가할 만한 실물 유형자산에 대한 투자비는 전혀 존재하지 않았다. 쟁점①비용은 오직 사전인허가비용, 환경영향평가비용 등 용역비와 건설부서 인건비 등으로만 구성되어 있으므로, 자산의 평가손실이라는 처분청의 의견은 타당하지 않다. (나) 청구법인이 쟁점①비용을 2018사업연도에 손금산입한 것은 자산의 평가손실을 인식한 것이 아니라, 쟁점원전건설사업이 중단된 이후에는 향후 해당 원전의 자산성이 완전히 상실되었기 때문이다. (다) 쟁점①비용의 대부분은 청구법인이 원자력 발전소 설계업체 등에게 설계준비업무, 예비지질조사업무, 환경영향평가업무 등 쟁점원전건설사업을 위한 사전준비용역 등을 공급받은 대가로 지급한 것이다. 쟁점①비용 관련 지급의무는 정부의 비용 보전 여부와 관계없이 이미 확정되었으며, 다만 지출 당시에는 쟁점원자력발전소의 준공이 예정되어 있어 건설중인자산으로 회계처리하였다가 쟁점원전건설사업이 종결되자 비로소 이사회 결의일에 손금산입한 것이다. 반면, 청구법인이 정부로부터 수취할 예정인 보전금은 청구법인이 산업통상자원부에 비용보전신청서를 제출하여 국회예산심의 등 절차를 거쳐 최종 확정되므로 쟁점①비용의 지급의무와 명확히 구분되는 정부에 대한 별도의 채권, 권리에 해당한다. 따라서 보전금의 익금 귀속시기가 확정되지 않은 것이지 쟁점①비용의 손금 귀속시기가 미확정된 것이 아니다. 정부정책과 청구법인의 이사회 결의에 따라 쟁점원전건설사업이 완전히 철회ㆍ종결되었고, 이에 자산성이 완전히 상실되어 결과적으로 더 이상 미래 전기판매수익을 창출시키지 못하므로 쟁점①비용을 일시 손금한 것이다. 이는 공사 중단 및 타절 등이 확정된 경우에는 해당 확정 일에 건설중인자산을 일시 손금에 산입하라는 조세심판원의 선결정례(조심 2014서3525, 2016.1.27.)와 국세청 유권해석(법인46012-2833, 1998.9.30.)을 보더라도 명확하다. (라) 기업회계기준서에도 유형자산과 관련된 손상차손 및 손실, 제3자에 대한 보상청구 및 그 보상금의 수령은 각각 구분되는 경제적 사건이므로 유형자산 손상과 손실은 별도로 손실로서 인식하고, 보상금은 수취할 권리가 발생하는 시점에 당기 손익으로 반영하도록 규정(아래 ＜표1＞ 참조)하고 있다. ＜표1＞ 기업회계기준서 제1016호 유형자산 65 손상: 소실 또는 포기된 유형자산에 대해 제3자로부터 보상금을 받는 경우가 있다. 이 경우 보상금은 수취할 권리가 발생하는 시점에 당기손익으로 반영한다. 66 유형자산과 관련된 손상차손이나 기타 손실, 제3자에 대한 보상청구나 그 보상금의 수령 그리고 대체 유형자산의 매입이나 건설은 각각 구분되는 경제적 사건이므로 다음과 같이 분리하여 회계처리한다. ⑶ 손상, 소실 또는 포기된 유형자산에 대해 제3자에게서 받는 보상금은 수취할 권리가 발생하는 시점에 당기손익으로 반영한다. (마) 처분청은 OOO의 손상차손에 대한 손금불산입 세무조정사례를 제시하면서 쟁점①비용을 손금산입한 것은 부당하다고 주장하나, OOO의 경우 쟁점원자력발전소와 달리 청구법인의 이사회에서 사업종결을 결의한바 없고, 발전사업허가가 취소된 사실도 없어 사업의 재개가능성이 존재하였기 때문에 2018사업연도 결산시 그 손상차손 OOO원을 미확정 평가손실로 보아 손금불산입한 것이다. 실제로 OOO는 사업이 재개되어 건설이 진행 중에 있다. 처분청은 또 보험차익의 귀속시기를 예로 들면서 쟁점①비용 역시 비용보전 절차가 종료된 사업연도에 손금산입하여야 한다고 주장하나, 쟁점①비용에 대한 정부의 보전은 정부의 정책 및 전기사업법에 따른 것이지, 청구법인과 보험회사 간 보험계약 및 약관에 따른 것이 아니므로 보전금 신청, 절차, 확정 등이 보험계약에 따른 보험금과는 명백히 다르다. 쟁점①비용은 보험차익 사안과 같이 재해 및 화재 손실 등으로 인해 발생하는 재량적인 손실 추정액이 아니라 원전건설 관련 용역을 공급받고 지급한 용역비 등으로서 이미 확정된 손실에 해당한다.
(2) 정부는 쟁점재단법인의 설립과 초기 운영을 위해 원전해체의 수행주체인 청구법인이 사업비 조달, 공정관리, 인허가 등 초기 법인운영을 주도적으로 수행하도록 지시하였고, 이에 청구법인은 쟁점재단법인의 설립과 초기 운영의 주체로서, 업무를 수행한 것이므로 청구법인이 쟁점재단법인 설립 이후 지출한 쟁점인건비는 사업관련성, 통상성, 수익관련성을 모두 갖춘 손비로서, 손금에 산입함이 타당하다. (가) 원전 사업의 경우 원자력 발전소의 건설 및 운영뿐만 아니라 설계 수명이 다한 원전을 안전하게 해체하는 것도 매우 중요하다. 이러한 이유로 원자력 발전 사업 관련 법률인원자력안전법은 청구법인에게 원전 해체 사업에 대한 의무를 부여하고 있으며, 이에 주무부처인 산업통상자원부도 청구법인이 쟁점재단법인의 설립 및 운영 주체가 될 것을 지시하였는바, 법률과 정부의 지시사항을 이행하는 과정에서 지출된 쟁점인건비를 청구법인의 사업과 무관하다고 보는 것은 타당하지 않다. (나) 내국법인이 지급한 해외현지법인 파견자 인건비의 손금 인정 사례에서도 알 수 있듯이 인건비의 손금 인정 여부는 해당 인건비를 지급받은 파견자가 수행하는 업무가 내국법인의 업무와 관련되어 있는지 여부로 판단해야 하는 것이지, 내국법인과 독립된 별도 법인이 설립, 존재한다고 하여 인건비의 손금성을 부인하는 것은 타당하지 않다. 처분청은 쟁점재단법인 설립 전 인건비는 손금으로 인정하면서도 쟁점인건비의 경우 쟁점재단법인이 독립된 법인으로 설립된 이후 지출된 것이므로 업무무관비용에 해당한다고 주장하나, 쟁점재단법인 설립 이전 발생된 비용과 설립 이후 발생된 비용을 달리 볼 이유는 없으며, 쟁점인건비가 청구법인 사업과 관련하여 지출된 이상 손금에 산입함이 타당하다. (다) 쟁점인건비는 정부의 쟁점재단법인 설립 및 운영 관련 협조 요청에 따라 지출한 것으로, 정부시책을 따라야 하는 공공기관 특성상 통상적으로 지출하는 비용에 해당한다. 산업통상자원부는 청구법인에게 쟁점재단법인의 원활한 설립 진행을 지원할 것을 요청하였는데, 여기서 설립의 의미는 단순히 법적 설립만을 의미하는 것이 아니라 연구소 준공 등 쟁점재단법인을 운영할 인적ㆍ물적설비가 갖추어지는 것을 의미하는 것이며, 이러한 배경으로 ‘청구법인과 지자체, 공공기관 간 쟁점재단법인 설립 및 운영을 위한 업무협약서’에서는 운영지원 기간을 연구소의 초기 안정 기간을 고려하여 법인설립 이후부터 연구소 준공 후 5년간으로 하고, 설립 비용분담 뿐만 아니라 쟁점재단법인 운영사업비를 지원하도록 규정하고 있다. 실제로 청구법인에 대한 세무조사 당시 쟁점재단법인 본원 시설은 아직 건설 중이었고, 연구소에서 직접 채용한 인력도 없는 등 인적ㆍ물적설비가 전무하여 청구법인 직원들이 쟁점재단법인의 설립과 초기 운영 업무를 전적으로 담당하였다. 이처럼 산업통상자원부 공문, 업무협약서 내용과 쟁점재단법인 초기 운영 상황을 보더라도 설립 이후 지출한 쟁점인건비는 사업관련성은 물론 통상성을 모두 갖춘 손비에 해당한다. (라) 청구법인은 쟁점재단법인을 통해 국내외 원전 해체 기술 관련 연구결과물을 확보하여 국내 원전사업에 활용할 뿐만 아니라 원전해체산업의 해외 수출 가속화도 달성할 수 있을 것으로 기대되는 등 쟁점인건비는 청구법인의 수익과 직접 관련되어 있으며, 이러한 사실은 산업통상자원부에서 발주한 원전해체사업 관련 연구용역보고서(동남권 원전해체 연구소 구축을 위한 연구용역 보고서)에서 쟁점재단법인이 수행하는 원전해체 연구 및 사업의 최대 수혜자가 청구법인임을 명시하고 있는 점을 보더라도 명확하다. (마) 설령 쟁점인건비가 청구법인 사업과 직접 관계없이 지출된 금전이라고 하더라도 쟁점인건비는 기부금 단체인 쟁점재단법인에 대하여 무상으로 용역을 공급하면서 수반된 지출로서, 기부금에 해당한다. 국세청도 ‘용역의 제공 과정에서 금전적으로 지출한 비용은 기부금으로 볼 수 있다는 취지에서, 건설업을 영위하는 내국법인이 법인세법제24조 제2항에 따른 법정기부금단체에 건설용역을 무상으로 제공하는 경우 해당 건설용역을 제공하면서 일용근로자 인건비 등을 지출한 경우 해당 금전적 지출액은 법정기부금에 해당한다’(서면-2014-법령해석법인-19563, 2015.5.19.)고 해석한 바 있으므로, 처분청 주장대로 쟁점인건비가 청구법인의 사업과 무관하게 지출된 것이라면법인세법상 기부금으로라도 인정받아야 할 것이다.
(3) 쟁점부서직원들의 근무형태, 업무내용, 업무의 지시ㆍ복명 관계 측면과 본사가 아닌 지역에서 근무할 수밖에 없는 고유업무 특수성 등을 고려했을 때, 쟁점부서직원들은 이전본사 근무인원에 해당한다. (가) “이전본사 근무인원”에 해당하는지 여부는 처분청 의견과 같이 근무장소로만 판단하는 것이 아니라 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시복명관계 등 다른 요소도 충분히 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 같은 뜻임). (나) 조세심판원은 근무장소 뿐만 아니라 근무형태, 업무내용을 종합적으로 고려하여 이전본사 근무인원 해당 여부를 판단하고 있는데, 구체적으로 해운 관련 중개업을 영위하는 법인 소속 영업직 직원들이 이전본사 근무인원에 해당하는지 여부에 대하여 설령 해당 직원들이 본사에서 상시 근무하지 않더라도 이들이 수행하는 주된 업무는 영업과 마케팅 활동이 대부분으로 거래처 소재지에서 상시 근무할 수밖에 없다는 점을 고려하여 영업직 직원들이 이전본사 근무인원에 해당한다(조심 2016전2522, 2017.2.10.)고 결정하였고, 본사 임직원이 수도권 안 다른 관계회사에서 겸직하고 있다고 하더라고 직무 또는 직책의 특성상 지방 본사에 상근할 수밖에 없는 점 등을 종합적으로 고려하여야 한다(조심 2009전1864, 2009.10.5.)고 판단하였다. 국세청 역시 본사이전 법인이 재택근무 또는 공유오피스에서 근무하더라도 이전본사 근무인원에 포함된다고 해석(서면-2022-법규법인-3376, 2023.5.18.)하였다. (다) 쟁점부서직원들은 다른 본사 직원과는 달리 국회 및 언론사(대외협력부, 미디어소통부), 원자력 발전소와 양수 발전소, 태양광 발전설비의 건설 및 민원현장(원전건설준비실, 양수준비팀, 새만금 사업실) 등 외부 현장에서 상시근무체제를 유지하는 외근직 형태로 근무하고 있어 청구법인의 경주 본사 사무실에서 수행할 수 있는 업무는 극히 제한적이다. 경주시 본사가 아닌 외근직 형태로 현장에서 근무할 수밖에 없는 부서 고유의 업무 특수성이 존재하므로 근무 장소만을 기준으로 이전본사 근무인원에서 제외하겠다는 처분청의 주장은 타당하지 않다. 이처럼 쟁점부서직원들이 수행하는 업무는 국회 및 언론 대관, 언론 대응 업무, 건설 및 투자업무, 자회사 건설 관리업무로서 모두 본사 업무에 해당함이 분명하고, 다만 업무 특수성 때문에 경주시 본사에서 상시 근무하지 못한 사정이 인정되므로, 전부 이전본사 근무인원으로 보아야 한다. (라) 쟁점부서 중 대외협력부와 미디어소통부는 본사 기획본부 산하, 원전건설추진실과 양수준비팀은 본사 원전 및 양수 건설처 산하, 새만금사업실은 본사 그린에너지본부 산하 조직으로, 각각 본사 본부장, 처장에게 업무 지시를 받고, 수행한 업무도 주기적으로 경주시 본사에서 이들에게 직접 보고하고 있으므로 업무보고 체계나 지시복명관계가 다른 본사 조직과 다르지 않다. 이처럼 쟁점부서는 세액감면 적용대상인 다른 본사 본부 조직 등과 동일한 업무보고 체계, 지시복명관계를 가지고 있는바, 쟁점부서직원들만 세액감면 적용대상 이전본사 근무인원에서 제외하는 것은 부당하다.
(4) 쟁점④비용은 기업회계기준서상 개발비 요건을 충족하지 못하고 개발비로 계상한 사실도 없으므로법인세법상 무형자산(개발비)이 아니라 당기 손금에 산입함이 타당하다. (가)법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목은 개발비란 상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것을 말한다고 규정하고 있다. 즉,법인세법상 개발비는 당해 법인이 개발비로 계상(회계처리)한 것을 말하는바, 청구법인은 쟁점④비용을 무형자산 개발비로 계상한 바 없으므로 일시 손금에 산입함이 타당하다. 대법원 역시 법인이 개발비 규정에서 정한 비용을 지출하였더라도 개발비로 계상하지 않은 경우에는 위 규정에 따른 감가상각자산을 취득하였다고 볼 수 없고 이에 대하여 즉시상각의제 규정을 적용하여 감가상각 한도초과액을 손금에 산입하지 않는 것은 허용될 수 없다(대법원 2022.7.28. 선고 2019두58346 판결)고 명확하게 판시하였다. (나) 더욱이 쟁점④비용은 기업회계기준서상 무형자산(개발비)요건을 충족하지 못하므로법인세법상 개발비로 볼 수 없다. 쟁점연구는 방사선의 인체에 대한 영향을 확인하기 위한 목적으로 원전 종사자에 대한 건강조사, 진단을 통해 방사선 인체 영향 등을 장기간 추적 연구하고 이를 데이터베이스화하는 연구활동에 해당하는 것이지, 전력 매출의 향상, 전력 생산원가의 절감 등을 위한 원자력 발전설비 개량화에 대한 연구, 중수로 개량연료 개선 등과 같은 개발연구 또는 상업적 생산, 특허화 목적으로 수행하는 개발활동이 아니다. (다) 쟁점④비용은 대부분 현재 원전에서 종사하고 있는 청구법인의 임직원과 장기간 원전에서 근무했던 퇴직자의 건강 및 질병 현황을 파악하기 위한 목적으로 병원, 검진기관 등에 지급한 정밀건강조사비용(건강진단비용)과 방사성 진단 의약품비, PET-CT 검사비용, 각종 시약 및 재료비 등으로 구성되어 있는바, 지출 내역을 보더라도 향후 상업화, 특허화 등을 목적으로 지출한 것이 아니라 방사선 인체 영향에 대한 순수 연구를 위해 지출한 것임을 확인할 수 있으며, 이는 일반 회사에서 지출하는 건강검진비와 실질이 크게 다르지 않음을 알 수 있다. (라) 쟁점연구는 미래경제적 효익을 창출하지 못하고 기술적 실현가능성도 전혀 없으므로 기업회계기준서상 개발비 요건을 충족하지 못한다. 쟁점연구는 어떠한 상업화 달성, 특허 등록 등을 통해 향후 전기판매수익, 특허 등으로 인한 로열티 수익 등 미래 경제적효익을 창출하기 위해 수행되는 것이 아니다. 비록 쟁점연구에 대한 실시계획서 등에 위탁 연구로 소요될 비용 약 OOO원이 절감되었다고 되어 있으나, 이는 외주위탁연구 대신 자체연구를 하여 예산절감이 이루어졌다는 의미일 뿐이지, 청구법인이 쟁점연구를 통한 상업화 가능성 등 미래경제적 효익을 창출하는 방법을 구체적으로 제시한 것이 아니다. 활용계획서 등에 인적손실 OOO원의 경제적 효과가 있다고 기재된 내용 또한 구체적으로 입증할 수 없는 연구계획단계의 추상적 효과에 불과하다. 더욱이 최근 제약 바이오 업계 등에서 개발비 회계처리 적정성에 대해 쟁점이 많이 제기되고 있어 개발비 인식요건에 대해 엄격하게 해석하고 있는 상황에서, 위탁연구비의 절감, 인적손실 예방비용과 같은 추상적이고 입증되지 않은 내용만을 근거로 쟁점④비용을 무형자산 개발비로 처리할 수 없다. (마) 쟁점연구의 결과물은 임직원 건강정보 집합일 뿐으로 다른 회사에서 실시하는 일반적인 건강검진과 크게 다를 바 없으며, DB구축 역시 임직원의 검진 결과 및 건강 정보를 각 직원이 지속적으로 조회, 확인할 수 있게 청구법인 ERP시스템상 전산화한 것에 불과하다.
(1) 쟁점①비용은 자산의 취득가액에 해당하는 것으로법인세법은 기업회계기준과 달리 자산의 평가손실을 손금으로 인정하지 아니한다고 규정하고 있고, 2017년 탈원전 정책은 비용보전도 포함하고 있으므로 쟁점①비용에 관한 보전 절차까지 완료되어 보전받지 못하는 부분이 확정되는 시점에 해당 금액을 손금으로 인식하는 것이 타당하다. (가) 청구법인은 기업회계기준서에 따라 쟁점①비용의 손금 귀속시기와 비용보전에 따른 보전금 익금 귀속시기를 각각 판단하여야 한다고 주장한다. 그러나 쟁점①비용은 측량비, 설계비, 시스템구축비, 부지 선정 관련 전문가 자문비용 등으로 이는 모두 쟁점원전건설사업의 부대비용인바,법인세법상 자산의 취득가액에 해당한다(법인세법제41조 제1항 및 제2항, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제2호). 그런데,법인세법은 자산의 평가손실을 기업회계기준서와 달리 천재지변 및 화재 등의 예외적인 경우가 아닌 이상 손금에 해당할 수 없다고 규정하고 있다(법인세법제42조 및 같은 법 시행령 제78조). 따라서 비용보전 절차까지 완료되어 보전 받지 못하는 부분이 확정되는 시점에 해당 금액을 손금으로 인식하여야 한다. (나) 쟁점원전건설사업이 백지화될 당시 OOO 역시 사업종결 대상이었는데, 청구법인은 OOO에 투입된 사전준비용역 및 부지측량 등의 비용 OOO원의 경우 기업회계기준서 제1036호에 따라 손상차손으로 인식한 후 손금불산입으로 세무조정하였다. (다) 2017년 탈원전 정책은 원전의 단계적 감축과 관련하여 적법하고 정당하게 지출된 비용에 대하여 보전하는 것도 포함하고 있는바, 손실 발생의 원인이 되는 2017년 탈원전 정책 자체에서 비용 보전까지 함께 예정하고 있다면, 비용 보전 절차까지 완료된 뒤에 보전 받지 못하는 부분에 관해서만 손실이 확정되는 것으로 보아야 한다. (라) 쟁점원전건설사업에 대한 건설중단 결정이 곧 손실 확정을 의미하는 것이 아니고, 정부가 건설중단에 따른 손실을 보전해줄 것이 예상되는 상황이었음에도 청구법인은 쟁점원전건설사업 관련 확정손실가액이 아닌 재량적인 손실추정액을 건설중단 이사회 의결일이 속하는 2018사업연도에 미리 비용으로 인식한 것이다.법인세법 기본통칙40-71…8(보험차익의 귀속시기)는 보험사고로 인하여 보험회사로부터 손해보험금을 수령함에 따라 발생하는 보험차익의 귀속시기는 그 보험금의 지급이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있는데, 이는 보험금 수령이 예상되는 상황에서 사고로 인한 확정손실가액이 아닌 재량적인 손실추정액을 세무상 미리 인식하지 못하도록 한 대신 보험금 수령시기에 장부상 자산가액과 보험금의 차액을 손실 또는 비용으로 인식하도록 정한 것인바, 위 규정의 취지에 비추어 보아도 쟁점①비용에 관한 보전 절차까지 완료되어 보전 받지 못하는 부분이 확정되는 시점에 해당 금액을 손금으로 인식하는 것이 타당하다. (마) 청구법인은 이미 막대한 사업적 손실이 발생하였음에도 불구하고, 손금 귀속시기를 이연시키는 것은 타당하지 않다고 주장하나, 애초에 쟁점원자력발전소는 2027년 12월경 이후에야 가동될 계획이었고, 청구법인이 2017.10.24. 국무회의 의결에 따라 그 시점에 추가적인 비용을 지출한 것도 아니므로, 비용 보전 절차까지 완료된 뒤에 보전 받지 못하는 부분에 관해서만 손실을 확정하는 것이 특별히 부당하다고 볼 수는 없다.
(2) 쟁점설립추진실 직원은 청구법인이 아닌 쟁점재단법인에 근로를 제공한 것이므로, 쟁점인건비는 업무 무관 비용에 해당한다. (가) 청구법인은 국내 최대 발전사업자로 산업통상자원부 산하 시장형 공기업이고, 주요 사업은 원자력자원의 개발, 발전 및 이와 관련되는 사업이다. 반면 쟁점재단법인은 원전해체 역량 확보의 필요성이 대두됨에 따라 2020년 8월 경 산업통상자원부의 허가로 비영리 공익 재단법인 형태로 설립되었다. 청구법인은 2019년 5월 경 본사조직으로 쟁점설립추진실을 신설하고 연구소 설립 기본계획 수립, 인프라 구축 기본계획 수립 등의 업무를 하였다. 쟁점설립추진실 소속 직원들은 쟁점재단법인이 설립된 이후에도 쟁점재단법인의 직원을 겸직하면서 당해 법인의 인사ㆍ행정ㆍ회계 등 경영관리와 인프라 및 장비 구축 관련 업무를 수행하였다. 즉, 쟁점설립추진실 소속 직원들은 쟁점재단법인의 설립 이후에도 위임과 겸직의 방식으로 자체 인력이 없는 쟁점재단법인의 업무를 대신 수행하였는데, 이에 대한 인건비는 청구법인이 홀로 부담하였다. (나) 청구법인과 쟁점재단법인은 법인격이 엄연히 독립되어 있고, 청구법인이 쟁점재단법인에 특정 업무를 의뢰하고 있는 상황도 아니므로 청구법인의 수익과 쟁점인건비 사이에 구체적 관련성이 인정된다고 할 수 없다. 대전지방법원은 ‘자회사인 해외현지법인에 파견한 직원들의 인건비는 업무와 직접 관련이 없는 비용에 해당하므로 손금불산입하는 것이 타당하다’(대전지방법원 2017.11.19. 선고 2017구합100948 판결)고 판시하였고, 국세청도 질의회신에서 ‘모회사의 직원이 자회사에 파견되어 자회사의 업무를 수행하였음이 인정되는 경우에는 자회사가 파견 직원에게 지급하는 급여 등은 자회사의 손금으로 인정된다’(법인 46012-2253, 1997.8.21.)고 해석한 바 있다. (다) 쟁점인건비는 쟁점재단법인의 설립 과정이 아닌 쟁점재단법인 설립 이후에 발생한 것이다. 쟁점재단법인 설립 등기 이후에는 쟁점재단법인이 권리의무의 주체가 되었으므로 설립 등기 이후 발생한 비용은 청구법인이 아닌 쟁점재단법인이 부담해야 한다. 실제로 쟁점재단법인은 설립등기가 이루어진 이후에는 권리의무의 주체로서 실증인프라구축 및 일반 관리업무와 관련된 비용을 스스로 부담하였다. (라) 청구법인은 쟁점재단법인을 위하여 지출한 출연금을 기부금으로 처리한 바 있는데, 기부금은 법인의 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출한 금액을 의미하는바, 청구법인 스스로 쟁점재단법인을 위하여 지출한 출연금을 기부금으로 처리한 점에서도 쟁점인건비를 사업 관련 비용으로 볼 수는 없다. (마) 청구법인은원자력안전법제28조 제1항을 이유로 쟁점인건비를 지출할 근거가 있다고 주장하나, 위와 같은 규정만으로 쟁점인건비를 적법한 손금에 해당한다고 볼 수는 없다. 당장 쟁점 인건비 지출로 증가하는 수익이 존재하지 않으므로 수익과 직접 관련되었다고 볼 수 없으며, 막연한 미래 기대 내지 가능성만으로 사업 관련성을 인정할 수 없다. 설령 청구법인이 정부 정책에 따라 쟁점인건비를 지원한 것이라고 하더라도 청구법인이 쟁점재단법인에 대하여 기부금을 부담하는 상황에서 추가적으로 쟁점인건비까지 부담해야 했다고 볼 수 없다. (바) 청구법인은 쟁점재단법인의 설립 이전에 발생한 비용과 설립 이후에 발생한 비용의 성격이 동일하므로 쟁점인건비 역시 청구법인의 손비라고 주장하나, 쟁점재단법인은민법제33조 및 제34조에 따라 설립 이후 권리ㆍ의무의 주체가 되었으므로 설립 등기 이후 비용은 청구법인이 아닌 쟁점재단법인이 지출했어야 한다. 쟁점재단법인의 ‘연간 기부금 모금액 및 활용실적 명세서’에서 확인할 수 있듯이 쟁점재단법인은 설립 등기 이후 권리와 의무의 주체로서 실증인프라구축 및 일반 관리업무와 관련된 비용을 스스로 부담하였다. 그런데 이를 집행한 추진실 직원의 인건비를 연구소가 아닌 청구법인이 부담하여야 한다는 주장은 서로 모순된다. 청구법인과 쟁점재단법인이 체결한 경영지원협약서에도 쟁점재단법인이 청구법인에게 지급해야 할 비용을 발기인총회 개최일(2020년 8월) 이후 발생 분으로 한정한 것은 양 당사자 또한 쟁점재단법인이 설립일(2020년 8월) 이후 권리의무 주체가 된다고 보았기 때문이다. (사) 한편, 청구법인이 쟁점재단법인에 인적용역을 무상으로 제공한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것도 가능하다. 청구법인은 쟁점설립추진실을 통해 사업방침의 결정 등 쟁점재단법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있고(법인세법 시행령제2조 제5항 제1호 참조), 쟁점재단법인 출연재산의 30% 이상을 출연한 설립자로서 쟁점재단법인 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있으므로(법인세법 시행령제2조 제5항 제4호,국세기본법 시행령제1조의2 제4항 제2호 나목 참조), 청구법인과 쟁점재단법인은 특수관계에 해당한다. (아) 청구법인은 예비적으로 쟁점인건비가 의제기부금에 해당한다고 주장하나, 청구법인과 쟁점재단법인 사이에 특수관계가 존재하므로 쟁점인건비를 의제기부금으로 볼 수는 없다(법인세법 시행령제35조 참조). 또한 기부금 지출액을 손금산입하려면 기부금영수증을 수취ㆍ보관하여야 하는데, 청구법인이 이를 수취ㆍ보관한 사실도 없다. 설령 쟁점인건비를 의제기부금으로 볼 수 있다고 하더라도, 쟁점재단법인은 2020.12.31.에 이르러서야 기부금단체로 지정되었으므로, 쟁점인건비 중 2020사업연도 부분만큼은 기부금으로 볼 수도 없다.
(3) 쟁점부서직원들은 본사가 아닌 지역에 상주하면서 해당 지역에 밀접하게 관련된 업무를 담당하였으므로 이전본사 근무인원에 해당하지 않는다. (가) 청구법인의 조직은 본사와 사업소로 나뉘어 있는데, 청구법인은 2017사업연도부터 2021사업연도까지조세특례제한법제63조의2 세액감면을 적용함에 있어서 고리원자력본부 등 각 사업소에 소속된 직원과 대외파견 직원 등 청구법인의 경주시 본사가 아닌 타 지역에 근무하는 직원을 이전본사 근무인원에서 제외하였음에도 동일하게 타 지역에서 상주하면서 근무하고 있는 쟁점부서직원들은 이전본사 근무인원에 포함시켰다. (나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조). 그런데조세특례제한법제63조의2에서는 ‘업무 특성상 본사에서 근무할 수 없었던 경우에는 이전본사 근무인원에 포함시킨다’와 같은 별도의 예외 규정을 마련하고 있지 않다. 오히려조세특례제한법제63조의2 제3항은 “이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말한다.”고 규정하고 있다. 위 조항에 비추어 보아도 본사가 아닌 다른 지역의 임차사옥에서 근무한 직원을 이전본사 근무인원에 포함시킬 수는 없다. (다) 게다가 본사를 지방으로 이전함으로써 수도권 과밀화를 해소하고 지방경제를 활성화하려는조세특례제한법제63조의2의 입법취지를 고려하면, 단순히 ‘업무 특성상 본사에서 근무할 수 없었다는 사유’만으로는 ‘이전본사 근무인원’에 포함된다고 할 수 없다. 수도권 밖으로 이전하지 아니한 쟁점부서직원들을 이전본사 근무인원으로 본다면, 본사를 지방으로 이전함으로써 수도권 과밀화를 해소하고 지방경제를 활성화하려는 입법취지에 반하게 된다. (라) 구체적으로 쟁점부서 중 대외협력부 및 미디어소통부의 경우 그 담당업무인 외부기관과의 소통, 언론ㆍ방송 홍보 및 대응 등의 업무는 청구법인의 본사에서도 수행할 수 있는 업무로 서울에 상주해야만 수행할 수 있는 업무가 아니고, 원전건설준비팀 및 양수준비팀의 경우 현장에 사무소를 개소하고 상주직원을 두면서 홍보, 민원, 지역협력, 주민이주, 보상 등 해당 지역과 밀접한 업무를 하였으므로 이를 본사 업무로 볼 수 없으며, 새만금사업실 소속 직원들도 2018년 1월부터 전라북도 군산시 OOO에서 근무한 사실이 확인되므로 이전본사 근무인원으로 볼 수 없다. (마) 청구법인은 쟁점부서 소속 직원들의 근무형태가 ‘외근직 근무형태’라고 주장하나, 별도의 임차사옥이 존재하므로 그 근무형태는 별도의 임차사옥에서 근무하는 ‘내근직’이지 ‘외근직’이 아니라고 할 것이다. (4)법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목 및 대법원 판례에 따르면 내국법인이 기업회계기준이 제시하는 개발비 요건을 모두 갖추었음이 명백한 비용을 영업비용으로 회계처리 하였다며 과세관청이 경정할 수 있다고 봄이 타당한바, 쟁점④비용은 기업회계기준서상 무형자산(개발비) 요건을 충족하였으므로법인세법제23조 제4항에 따라 쟁점④비용을 손금불산입한 것은 타당하다. (가) 대법원 2017.10.12. 선고 2017두52382 판결의 원심인 서울고등법원 2017.5.31. 선고 2016누39766 판결은 “법인이 기업회계기준상 개발비의 요건을 갖추었음이 분명한데도 이를 개발비로 계상하지 아니하고 비용처리한 경우, 이는 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액을 손금으로 계상한 경우에 해당하므로 과세관청은 법인세법 시행령제23조 제4항에 따라 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산할 수 있다고 보아야 한다”고 판시하였다. (나) 그런데 쟁점④비용은 기업회계기준(무형자산 기준서 문단 57)이 제시하는 개발비 요건을 모두 갖추었음이 이론의 여지없이 명백한 경우에 해당한다. (다) 청구법인은 특수건강검진, 검체검사, 유전자검사 수행이 가능한 의료기관 및 의학연구소와 용역도급계약을 체결하고, 쟁점연구의 결과를 DB로 구축하고 있는바, 기술적 실현가능성, 무형자산 사용 의도ㆍ능력, 무형자산의 개발을 완료하고 그것을 사용하는 데 필요한 기술적ㆍ재정적 자원 등의 입수가능성이 인정된다. (라) 또한 쟁점연구 관련 연구개발사업계획, 연구개발과제 시행계획서 등을 보면 쟁점연구로 구축한 DB로 종사자에 대한 건강감시시스템을 운영하여 원전의 안전한 운영에 활용하고자 하는 청구법인의 의도가 있었음이 확인된다. 청구법인은 쟁점연구를 통해 위탁 연구로 소요될 비용(연간 약 OOO원)을 절약할 수 있고, 암환자 조기 발견 등에 따른 인적손실 예방비용(연간 약 OOO원)을 절약할 수 있으므로 미래경제적 효익 또한 존재한다. (마) 청구법인은 종사 직원의 건강검진을 수행한 후 그 결과물을 DB로 구축하여 청구법인 통합의료정보관리시스템에 보관함으로써 종사자 건강감시시스템 운영에 필요한 자원을 입수하였고, 쟁점연구에 과제코드를 부여하여 관련 비용을 집계하고 있으므로, 개발과정에서 발생한 무형자산 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수도 있다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점①비용을 2018사업연도 귀속 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점인건비를 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
③ 쟁점부서직원들을 이전본사 근무인원으로 보아조세특례제한법제63조의2 제2항의 감면세액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
④ 쟁점④비용은 개발비가 아닌 단순 연구비로 지출된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인의 감사보고서, 청구법인의 쟁점원전건설사업 종결 관련 이사회 안건, 산업통상자원부의 2017.10.24.자 ‘에너지전환(탈원전) 로드맵 확정’ 보도자료 등의 심리자료를 종합하면 쟁점①과 관련하여 다음의 사실이 나타난다. (가) 산업통상자원부장관은 2012.9.14.전원개발촉진법제11조 제1항의 규정에 의하여 OOO건설사업 및 OOO건설사업의 예정구역을 지정ㆍ고시(아래 ＜표2＞ 참조)하였다. ＜표2＞ 쟁점원전건설사업의 기본 개요 (나) 청구법인이 제출한 자료에 따르면, 당초 쟁점원전건설사업의 추진일정은 아래 ＜표3＞ 및 ＜표4＞와 같은데, 쟁점원전건설사업이 진행되다가 중단된 경위는 다음과 같다. ＜표3＞ OOO건설사업의 추진일정 계획 ＜표4＞ OOO건설사업의 추진일정 계획
1. 정부는 2017.10.24. 제45회 국무회의를 개최하여 에너지전환(탈원전) 로드맵을 수립하고, 이에 따라 OOO및 OOO건설계획을 백지화하기로 의결하였다.
2. 산업통상자원부장관은 2017.12.29. OOO건설계획 등을 백지화하는 내용을 담은 “제8차 전력수급기본계획(2017∼2031)”을 공고하였고, 2018.2.20. 청구법인에게 “제8차 전력수급기본계획”에서 확정된 내용에 따라 필요한 조치를 해줄 것을 공문으로 요청하였다. 이에 청구법인은 2018.6.15. 이사회를 통하여 ‘회사리스크의 최소화 등’을 위하여 OOO의 사업을 종결하기로 의결하였다.
3. 청구법인은 2018.7.3. 산업통상자원부장관에게 OOO에 대한 전원개발사업 예정구역해제를 신청하였고, 산업통상자원부장관은 2019.6.5. 및 2021.2.22. 쟁점원전건설사업 관련 예정구역 유지의 필요성이 소멸되어 그 지정을 철회한다고 고시하였다. (다) 청구법인은 쟁점원전건설사업과 관련하여 2018년까지 쟁점①비용을 지출하고 이를 건설중인자산으로 계상하였는데, 쟁점①비용은 사전준비용역비, 현황 측량용역비에 관한 것으로 그 상세내역은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 쟁점①비용의 상세 내역 (단위: 원) (라) 청구법인은 2018.6.15. 이사회를 개최한 후 쟁점원전건설사업을 종결하기로 의결하고 쟁점①비용을 전액 잡손실로 회계처리하여 2018사업연도 손금에 반영하였다. (마) 쟁점원전건설사업에 지출된 비용의 보전절차 진행 경과는 다음과 같다.
1. 청구법인은 2018.6.11. 산업통상자원부장관에게 OOO 건설계획의 종결 등과 관련한 비용보전을 요청하였고, 산업통상자원부장관은 2018.6.14. 관련 법령을 개정하여 비용보전 조치를 할 예정이라는 취지로 회신하였다.
2. 2021.6.8. 대통령령 제31742호로 개정된전기사업법 시행령제34조 제8호, 2021.12.9. 제정된 산업통상자원부 고시 제2021-206호에서 원자력발전 감축에 따른 비용보전 규정이 마련되었다.
3. 청구법인은 2022년 7월경 제6차 이사회를 개최하여 쟁점①비용 중 OOO관련 비용 OOO원에 대한 보전신청서를 제출하기로 의결하였고, OOO과 관련한 비용의 경우 매입부지의 매각 절차가 완료된 이후 비용보전안을 의결하여 산업통상자원부에 보전신청할 예정이다. (바) 한편, 청구법인은 2017년 2월경 OOO에 대한 발전사업허가를 득하였다가, 2017년 10월 및 12월 정부 및 산업부가 신규원전 6기 건설을 중단하기로 함에 따라 신규원전 사업종결 방안(案)을 마련하였고(이사회 의결은 거치지 못하였다), OOO에 투입된 비용과 관련하여 건설중인자산으로 계상하고 있던 OOO원(아래 ＜표6＞ 참조)을 회계상 유형자산손상차손으로 인식한 후, 손금불산입 세무조정하였다. 언론보도 등에 따르면, 정부는 2022년 8월 OOO의 건설재개를 결정하였고, 전원개발사업추진위는 2023.6.12. OOO 전원개발사업 실시계획 승인(안)을 심의ㆍ의결하였으며, 현재 원자력안전위원회의 건설허가를 기다리고 있다. ＜표6＞ OOO 관련 건설중인자산 계상액 (단위: 원)
(2) 정부의 2020.4.21.자 “원천해제연구소 설립 추진현황 및 계획” 보도자료, 쟁점재단법인의 정관, 청구법인의 기부금명세서, 청구법인과 쟁점재단법인이 체결한 경영지원협약서 등의 심리자료를 종합하면 쟁점②와 관련하여 다음의 사실이 나타난다. (가) 정부는 국내원전 해체시장의 본격화에 대비한 원전해체역량을 확보하고, 글로벌 시장확대에 맞추어 원전해체를 혁신성장의 기회로 활용하기 위한 목적에서 2017년 6월경 동남권 원전해체연구소(쟁점재단법인) 설립을 발표(아래 ＜표7＞ 참조)하였다. ＜표7＞ 정부의 쟁점재단법인의 설립 계획 개요 (나) 산업통상자원부는 2018년 11월 경 ‘OOO공론화 후속조치 및 에너지전환 로드맵’(2017.10.24.자)에 근거하여 청구법인에게 쟁점재단법인의 설립 관련 절차를 추진해 줄 것을 요청하였다. (다) 청구법인은 쟁점재단법인의 본원(원전해체연구소) 및 분원(중수로해체기술원)의 설립ㆍ운영을 추진하기 위하여 2019.4.15. 아래 ＜표8＞과 같이 부산광역시장 등과 업무협약을 각 체결하였다. ＜표8＞ 청구법인이 체결한 쟁점재단법인의 설립ㆍ운영 업무협약서 (라) 쟁점재단법인은민법제32조,공익법인 설립ㆍ운영에 관한 법률및 같은 법 시행령에 따라 2020.8.21. 산업통상자원부장관으로터 설립인허가를 받고, 2020.8.25. 재단법인으로 법인설립등기를 마쳤다.
1. 쟁점재단법인의 설립 시 출연자 및 출연가액은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ 쟁점재단법인의 출연자 등 (단위: 원)
2. 쟁점재단법인은 2020.12.31.법인세법 시행령제39조 제1항 제1호 바목 등에 따라 기획재정부장관으로부터 지정기부금단체로 지정되었다.
3. 쟁잼재단법인의 2023.8.30. 개정(2020.8.21. 제정)된 정관의 주요내용은 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ 쟁점재단법인의 정관 주요내용 (마) 청구법인은 2020.11.3. 쟁점재단법인과 경영지원 협약(아래 ＜표11＞ 참조)을 체결하였고, 해당 협약에 따라 쟁점재단법인의 설립 및 운영과 관련한 비용을 지출하고 쟁점재단법인으로부터 이를 보전 받았는데, 다만 쟁점인건비(아래 ＜표12＞ 참조)는 위 협약서 제1조(협약서상 경영지원비용에서 인건비 등 제외)에 따라 보전받지 아니하였다. ＜표11＞ 청구법인과 쟁점재단법인이 체결한 경영지원협약서 ＜표12＞ 쟁점인건비 금액 (단위: 원) (바) 청구법인은 쟁점재단법인에 출연한 금액을 기부금으로 신고하였으나, 쟁점인건비를 기부금으로 신고한 사실은 나타나지 않는다.
(3) 청구법인의 본사 조직도, 쟁점부서직원들의 근무장소,조세특례제한법제63조의2의 개정연혁 등의 심리자료를 종합하면 쟁점③와 관련하여 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 설립 당시 본점을 서울특별시 강남구 OOO에 두고 있다가, 2011.3.28. 등기상 본점을 경상북도 경주시 OOO으로 이전하였고, 2016.2.1. 본점 및 주사무소를 현재 사업장 소재지인 경상북도 경주시 OOO로 이전하였다. (나) 쟁점부서는 조직도상 청구법인의 본사 소속 조직으로 되어 있다. (다) 청구법인은조세특례제한법제63조의2 제2항에 따라 감면대상소득을 산정하여 감면 법인세액을 계산하였고, 이때 쟁점부서직원들을 이전본사 근무인원에 포함하였다. (라) 조사청은 청구법인이 이전본사 근무인원에 포함한 인원 중 쟁점부서직원들(아래 ＜표13＞ 및 ＜표14＞ 참조)의 경우 본사 건물이 아닌 수도권 등에 사업장을 두고 상주하면서 근무하였다고 보아 이들을 제외하여조세특례제한법제63조의2 제2항 제2호의 비율을 산정하고, 이에 따른 법인세 감면세액을 재계산하였다. ＜표13＞ 쟁점부서직원들의 근무장소 인원 등에 관한 사항 정리 ＜표14＞ 사업연도별 쟁점부서직원들의 인원수 (단위: 명) (마) 쟁점부서직원들이조세특례제한법제63조의2 제3항의 “이전본사 근무인원”에 해당하는지 여부와 관련한 양측의 주장을 정리하면 다음과 같다. ＜표15＞ 이전본사 근무인원 해당 여부에 관한 양측의 주장 정리 (바)조세특례제한법제63조의2는 2005.12.31. 법률 제7839호로 아래 ＜표16＞과 같이 개정되었고, 2021.12.28. 아래 ＜표17＞과 같은 이유로 법률 제18634호로 아래 ＜표18＞과 같이 개정되었다. 2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것 2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것 제63조의2 ③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월말 현재의 人員을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 人員을 말한다)에서 이전일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 수도권외의 지역에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전후 수도권안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다. 제63조의2 ③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권 외의 지역으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이전본사"라 한다)에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원을 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, (후략) ＜표16＞ 조세특례제한법제63조의 제3항의 개정 내용 ＜표17＞조세특례제한법제63조의2 제1항의 개정이유
1. 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 요건 강화(제63조의2 제1항) 지역경제 활성화를 위하여 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대하여 본사 이전에 따른 투자금액과 이전한 본사의 근무인원에 관한 기준을 충족하는 경우에만 세액감면을 적용하도록 함. ＜표18＞조세특례제한법제63조의2의 개정내용 2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것 2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것 제63조의2(수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등) ① (생 략)
1. 세액감면 요건
1. 세액감면 요건
(4) 쟁점연구 관련 연구개발 활용계획서 및 시행계획서, 쟁점연구 관련 결과물 등의 심리자료를 종합하면 쟁점④와 관련하여 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 연구개발활동은 기술수요 조사 실시, 연구과제 검토ㆍ심의 위원회 개최, 이사회 의결을 거쳐 연구과제 최종확정을 거쳐 이루어지고 있고, 연구개발 전담조직인 중앙연구원과 방사선보건원에서 해당 연구개발활동을 수행하고 있다. (나) 청구법인의 “2018년 연구개발 사업계획(안)”, “2020년 연구개발 사업계획(안)”에 따르면, 청구법인은 5대 전략별 추진방향 중 “원전 안정성 강화” 전략을 위한 신규연구과제로 “원전 종사자 건강조사 DB 구축”(2018년) 및 “방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB 구축”(2020년)을 선정하였다. (다) ‘연구개발과제 활용계획서’, ‘연구개발과세 시행계획서’ 등에 기재된 쟁점연구에 관한 내용을 요약하면 아래 ＜표19＞와 같고, 쟁점④비용의 세부구성내역은 아래 ＜표20＞과 같다. ＜표19＞ 쟁점연구의 주요 내용 ＜표20＞ 쟁점④비용의 상세 명세 (단위: 원) (라) 청구법인의 연구개발과제 시행계획서에는 ‘원전 종사자 건강조사 DB 구축 전략 및 방법’ 등이 아래 ＜표21＞과 같이 기재되어 있고, 청구법인은 이로 인한 인적손실 예방비용 등 연간 합계 OOO원을 절감할 수 있을 것으로 예측하였다. 청구법인은 2018.2.19. 재단법인 OOO와 OOO원 ‘2018년 검체검사 위탁용역’을 체결하였고, 원전종사자 건강조사 DB 구축의 연구담당분야로 ‘건강조사, 질병DB구축, 질병감시, 통합건강조사, 의료DB 등록’ 등이 기재되어 있다. ＜표21＞ 원전종사자 건강조사 DB 구축 관련 추진방법 및 전략 ＜표22＞ 원전종사자 건강조사 DB 구축 관련 기대효과 (단위: 원) (마) 청구법인의 연구개발과제 시행계획서 등에는 ‘방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB 구축 전략 및 방법’ 등이 아래 ＜표23＞과 같이 기재되어 있고, 그 기대효과는 아래 ＜표24＞와 같이 기재되어 있다. 청구법인은 ‘방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB 구축 연구’를 위하여 아래 ＜표25＞ 등의 용역을 위탁한 것으로 나타나고, 방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB 구축의 연구담당분야로 ‘건강조사, 질병DB구축, 질병감시’ 등이 기재되어 있다. ＜표23＞ 방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB 구축 추진방법 ＜표24＞ 방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB 구축의 기대효과 ＜표25＞ 방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB 구축 관련 용역계약 (단위: 원) (바) 청구법인은 ‘원전종사자 건강조사 DB’ 및 ‘방사선 영향평가를 위한 건강조사 DB’ 화면을 제출하였는데, 이를 보면 건강진단결과를 클릭하면 원전종사자의 건강조사 결과를 볼 수 있게 되어 있다. (사) 한편, 2002년 12월경 기업회계기준이 기업회계기준서로 변경되면서 연구개발비에 관한 회계기준은 위 기준서 제3호 무형자산으로 대체되었는데, 위 기준서는 경상개발비와 비경상개발비의 구분 대신에 연구단계와 개발단계로 구분하여 규정하였고, 무형자산의 정의 및 개발비 자산화 요건을 구체적ㆍ명시적으로 새로이 규정하였다(아래 ＜표26＞의 기업회계기준서 제1038호 참조). 위와 같이 기업회계기준서에 개발비의 자산화 요건이 구체적이고 명시적으로 규정됨에 따라 연구개발비에 관한 세무회계를 기업회계기준과 일치시키기 위하여 2002.12.30. 대통령령 제17826호로 개정된 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목은 ‘개발비: 상업적인 생산 또는 사용 전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는 데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것’이라고 개정되었다. ＜표26＞ 2021.4.23. 의결 기업회계기준서 제1038호
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①과 관련하여 처분청은 쟁점①비용이법인세법상 자산의 평가손실로 2018사업연도 손금으로 인정될 수 없고, 비용보전 절차가 종결된 시점에 미보전금액만을 손금으로 인식하여야 한다는 의견이나,법인세법제40조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금 및 손금의 귀속사업연도는 그 익금 및 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하여 권리의무확정주의를 선언하고 있고, 여기서 “확정”의 판단기준은 사업의 취소 등이 현실적으로 실현되지 않더라도 실현가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙ㆍ확정되었는지 여부를 기준으로 귀속시기를 합리적으로 판단하며 이는 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상, 사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 할 것(조심 2022부7229, 2023.5.11., 같은 뜻임)인바, 청구법인은 쟁점원전건설사업의 백지화에 대한 국무회의 의결내용, 쟁점원전건설사업 백지화 관련 산업통상자원부의 협조요청 등에 따라 2018.6.15. 이사회를 개최하여 쟁점원전건설사업을 중단하기로 의결한 후 2018.7.3. 산업통상자원부장관에게 쟁점원전건설사업에 관한 예정구역 해제를 신청한 점, 산업통상자원부장관은 이에 따라 2019.6.5. 및 2021.2.2. 쟁점원전건설사업에 대한 예정구역지정을 철회ㆍ고시한 점(반면 OOO 원전의 경우 청구법인이 이사회 결의를 통하여 그 건설의 중단을 결정하거나, 예정구역지정을 철회해 줄 것을 신청하는 등의 사업종결을 위한 실질적인 행위를 하였다고 단정하기 어려워 보인다), 쟁점①비용은 유형자산의 건설이나 취득과 관계없이 사업 초기에 지출된 용역비 및 타당성 조사비, 광고선전비 등이 전부인 것으로 나타나는 점, 쟁점원전건설사업의 중단 시점에 그 중단에 따른 보상금의 지급이 당연히 예정되어 있었다고 볼 수도 없어 쟁점원전건설사업의 중단과 이에 따른 보상금의 지급을 하나의 경제적 사건으로 보기 어렵고, 쟁점원전건설사업의 중단에 따른 보상금 청구권은 쟁점①비용의 지출의무와는 별개의 법령 및 계약에 근거하여 이루어지는 것으로 각기 다른 시점에 권리ㆍ의무가 확정된다고 보는 것이 합리적인 점,법인세법상 쟁점원전건설사업에 투입된 비용에 대한 손금 귀속시기를 쟁점원전건설사업의 중단에 따른 보상금이 확정ㆍ지급될 때까지 반드시 이연하여야 한다는 규정을 찾기 어려운 점 등에 비추어 쟁점원전건설사업은 2018년에 그 사업의 취소가 높은 정도로 성숙ㆍ확정되었다고 보이므로 이와 다른 전제에서 쟁점①비용을 2018사업연도의 손금에 해당하지 않는 것으로 보아 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②와 관련하여 청구법인은 정부의 지시에 따라 쟁점재단법인의 설립 및 초기 운영을 담당하면서 쟁점인건비를 지출한 것이므로 쟁점인건비가 청구법인의 손금에 해당한다고 주장하나,법인세법제19조 제2항에 따른 손금이란 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 사업과의 관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 그 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 하고(대법원 2003.3.11. 선고 2002두4068 판결 등 참조), 일반적으로 용인되는 통상적인 비용인지 여부는 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미한다(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결 등 참조)고 할 것인바, 쟁점재단법인은 청구법인과 그 설립 목적 및 목적사업 등이 다른 별개의 법인인 점, 쟁점재단법인의 정관에는 쟁점재단법인의 목적사업에 따른 수혜자는 특정인으로 제한되지 않고 불특정 다수로 한다고 규정되어 있는 점,원자력안전법상 발전사업자의 발전소 해체의무를 규정하고 있다고 하더라도청구법인이 쟁점재단법인의 설립 및 운영으로 인하여 얻게 될 이익은 반사적ㆍ간접적인 이익에 그치는 점, 청구법인은 쟁점재단법인의 설립 당시 출연한 금액 외 쟁점인건비를 기부금으로 신고하지 않았고, 쟁점인건비와 관련하여 기부금 영수증을 수취ㆍ보관한 사실 없이 이 건 청구에 이르러 사후적으로 쟁점인건비가 기부금에 해당한다고 주장하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점재단법인을 대신하여 인사ㆍ행정ㆍ계획ㆍ회계 등 업무를 수행하는 데 지출한 쟁점인건비를 청구법인의 사업에 필요하여 지출한 금액으로 청구법인과 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서 지출하였을 것으로 인정되는 손비에 해당한다거나법인세법상 기부금에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③와 관련하여 청구법인은 쟁점부서직원들의 근무형태, 업무내용 등의 특성상 본사가 아닌 지역에서 근무할 수밖에 없고, 관련 업무내용을 본사에 지속적으로 보고하였으므로 쟁점부서직원들이조세특례제한법제63조의2 제3항의 “이전본사 근무인원”에 해당한다고 주장하나, 법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 감면의 혜택을 부여하는 취지는 법인의 수도권 외의 지역으로의 이전을 장려하여 수도권 외의 지역의 고용창출 및 경제활성화를 도모하기 위한 것으로 보이고, 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하는 것으로, 여기에 해당하는지 여부는 실질적인 업무수행 장소, 수행하는 업무의 내용, 겸임의 경우 겸임내용, 겸임장소 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는바, 쟁점부서 소속 직원들 중 쟁점부서직원들의 경우 청구법인의 본사가 아닌 수도권 등에 있는 별도의 사무실에서 상주하면서 근무한 것으로 나타나고, 본사에 관련 업무내용을 보고하였다고 하더라도 이는 단순히 회사운영 및 보고체계에 따른 것으로 보이며, 청구법인이 쟁점부서직원들의 본사 출근일수, 본사 내 사무실의 존부 등에 대하여 구체적인 자료를 제시하고 있지 못한 점 등에 비추어 쟁점부서직원들을조세특례제한법제63조의2 제3항의 “이전본사 근무인원”로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (라) 마지막으로 쟁점④와 관련하여 청구법인은 쟁점④비용이법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목의 개발비가 아니라 단순 연구비에 해당한다고 주장하나,법인세법제23조 제1항 및 같은 법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목 등은 감가상각자산에 해당하는 개발비란 “상업적인 생산 또는 사용전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것”을 의미한다고 규정하고 있고, 법인이 기업회계기준상 개발비의 요건을 갖추었음이 분명한데도 이를 개발비로 계상하지 아니하고 비용처리를 한 경우, 이는 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액을 손금으로 계상한 경우에 해당한다고 할 것인바, 청구법인이 내부적인 연구개발과제 검토 및 심의절차를 거쳐 쟁점연구를 신규연구과제로 선정하였고, 쟁점연구에 관한 연구개발과제 활용계획서 등을 보면 청구법인은 쟁점연구를 통한 기술적ㆍ경제적 기대성과로 “원전 종사자 건강 상태에 대한 국내 유일의 장기 추적 연구 기술 확보”, “원전 종사자 질병 감시 시스템 운영 기술 확보”, “원전 종사자의 인적 자원 손실 최소화로 비용 절감” 등을, 활용방안으로 “원전 종사자에 대한 건강감시시스템을 통해 원전 안전 운영 제고” 등을 제시하고 있는 점, 특히 청구법인은 쟁점연구 중 원전 종사자 건강조사 DB 구축 관련 연구의 경우 3년간 약 OOO원의 비용절감 효과를 구체적으로 계산하여 제시하고 있는 점 등에 비추어 보면 쟁점연구 관련 비용은 쟁점연구의 기술적 실현 가능성, 청구법인이 그 결과물을 사용하려는 의도, 그 결과물이 창출하는 경제적 효익 등의 기업회계기준상 개발비 요건을 모두 갖추었다고 볼 수 있으므로 이와 다른 전제에 선 청구법인의 위와 같은 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 다만, 청구법인이 쟁점연구 중 원전 종사자 건강조사 DB 구축 관련 연구에 대해서만 그 경제적 효과를 3년간 약 OOO원이라고 밝히고 있는데, 이는 그 효과를 창출하기 위하여 지출된 비용인 쟁점④비용보다 오히려 적은 금액이고, 처분청 또한 쟁점연구에 따른 경제적 효과를 구체적으로 제시하고 있지 못한 점 등에 비추어 쟁점④비용을 전액법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목의 무형자산(개발비)으로 계상하는 것은 불합리하다고 할 것인바, 쟁점연구에 따른 경제적 효과를 재조사하고 그 결과에 따른 금액의 한도에서 쟁점④비용을 감가상각자산으로 하여 이 사건 처분의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 법인세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
12. “특수관계인”이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.
④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제22조(자산의 평가손실의 손금불산입) 내국법인이 보유하는 자산의 평가손실은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 제42조 제2항 및 제3항에 따른 평가로 인하여 발생하는 평가손실은 손금에 산입한다. 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 “감가상각자산”이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.
④ 제1항을 적용할 때 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 손비로 계상한 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 감가상각비로 계상한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.
1. 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액
2. 감가상각자산에 대한 대통령령으로 정하는 자본적 지출에 해당하는 금액
⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 감가상각비의 손금산입방법, 한국채택국제회계기준 적용 시기의 결정, 종전감가상각비 및 기준감가상각비의 계산, 감가상각방법의 변경, 내용연수의 특례 및 변경, 중고자산 등의 상각범위액 계산특례, 즉시 상각할 수 있는 자산의 범위 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제24조(기부금의 손금불산입) ① 이 조에서 “기부금”이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다. 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액
3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액
② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제42조(자산ㆍ부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 보험업법이나 그 밖의 법률에 따른 유형자산 및 무형자산 등의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)
2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가
② 제1항 제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.
③ 제1항과 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.
1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것
2. 유형자산으로서 천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것
3. 대통령령으로 정하는 주식등으로서 해당 주식등의 발행법인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 법인세법 시행령 제2조(정의) ⑤ 법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(국세기본법 시행령 제1조의2 제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다)
4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.
3. 인건비
22. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제1항에서 “건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산”이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산
② 법 제23조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 무형자산”이란 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산 중에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 감가상각비를 손비로 계상할 때 적용하는 내용연수(이하 “결산내용연수”라 한다)를 확정할 수 없는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 무형자산
2. 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제5조 제1항 제1호에 따른 회계처리기준(이하 “한국채택국제회계기준”이라 한다)을 최초로 적용하는 사업연도 전에 취득한 제24조 제1항 제2호 가목에 따른 영업권
③ 감가상각자산은 다음 각호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다)
2. 건설 중인 것
3. 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것 제35조(기부금의 범위) 법 제24조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 거래”란 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 특수관계인 외의 자로부터 정상가액보다 높은 가액으로 매입하는 것을 말한다. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 더하거나 뺀 범위의 가액으로 한다. 제39조(지정기부금의 범위 등) ④ 법 제24조의 규정에 의하여 기부금을 지출한 법인이 손금산입을 하고자 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 기부금영수증을 받아서 보관하여야 한다. 제71조(임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도) ⑦ 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)ㆍ조세특례제한법 및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다. 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
③ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하는 것으로 한다.
1. 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액
2. 법 제28조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액
3. 유형고정자산의 취득과 함께 국ㆍ공채를 매입하는 경우 기업회계기준에 따라 그 국ㆍ공채의 매입가액과 현재가치의 차액을 당해 유형고정자산의 취득가액으로 계상한 금액 제78조(재고자산 등의 평가차손) ①법 제42조 제3항 제2호에서 “천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
1. 천재ㆍ지변 또는 화재
2. 법령에 의한 수용 등
3. 채굴예정량의 채진으로 인한 폐광(토지를 포함한 광업용 고정자산이 그 고유의 목적에 사용될 수 없는 경우를 포함한다)
③ 법 제42조 제3항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 같은 항 각 호에 따른 자산의 장부가액을 해당 감액사유가 발생한 사업연도(법 제42조 제3항 제2호에 해당하는 경우에는 파손 또는 멸실이 확정된 사업연도를 포함한다)에 다음 각 호에 따른 평가액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 해당 사업연도의 손비로 계상하는 방법을 말한다.
1. 법 제42조 제3항 제1호의 재고자산의 경우에는 당해 재고자산을 사업연도종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액
2. 법 제42조 제3항 제2호의 유형자산의 경우에는 사업연도종료일 현재 시가로 평가한 가액
3. 법 제42조 제3항 제3호의 주식등의 경우에는 사업연도종료일 현재 시가(주식등의 발행법인별로 보유주식총액을 시가로 평가한 가액이 1천원 이하인 경우에는 1천원으로 한다)로 평가한 가액
4. 법 제42조 제3항 제3호 라목의 주식등의 경우에는 사업연도종료일 현재 시가(시가로 평가한 가액이 1천원 이하인 경우에는 1천원으로 한다)로 평가한 가액 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
(3) 법인세법 시행규칙 제36조(기타 손익의 귀속사업연도) 영 제71조 제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
(4) 국세기본법 제1조의2(특수관계인의 범위) ③ 법 제2조 제20호 다목에서 “주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영지배관계”라 한다)를 말한다.
2. 본인이 법인인 경우
④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.
1. 영리법인인 경우
2. 비영리법인인 경우
(5) 민법 제33조(법인설립의 등기) 법인은 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 제34조(법인의 권리능력) 법인은 법률의 규정에 좇아 정관으로 정한 목적의 범위내에서 권리와 의무의 주체가 된다.
(6) 원자력안전법 제28조(발전용원자로 및 관계시설의 해체) ① 발전용원자로운영자가 발전용원자로 및 관계시설을 해체하려는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 위원회의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경하려는 때에도 또한 같다. 다만, 총리령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 때에는 이를 위원회에 신고하여야 한다.
(7) 조세특례제한법 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.
③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.
④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.
2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 “임원”이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우
⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.
1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우
3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우
5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우
6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 경우
⑪ 제1항부터 제5항까지 및 제7항을 적용하는 경우 기간 계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(8) 조세특례제한법 시행령 제60조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면)
④ 법 제63조의2 제1항 제2호에 따라 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.
1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것
2. 수도권과밀억제권역 안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2017년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2017년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2020년 12월 31일까지 사업을 개시할 것
3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것
4. 수도권과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사 외의 용도로 전환한 날부터 2017년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2017년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2020년 12월 31일까지 사업을 개시할 것
⑪ 법 제63조의2 제7항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 기준 이상”이란 본사를 수도권 밖으로 이전한 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 지난 후 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다.