[요지] 청구법인의 대표이사가 처분청과의 문답서 작성시 쟁점특허권의 연구주체가 청구법인이고 청구법인의 자산가치를 증가시킬 목적으로 본인 명의로 출원한 후 청구법인에게 양도하였다고 진술하고 있고, 쟁점특허권①과 관련한 내화성능시험과 관련하여 청구법인이 ㅁㅁ연구원으로부터 수취한 매입세금계산서의 발행연도가ㅇㅇ년이고 청구법인이 중소벤처기업부에 제출한 사업계획서에도 청구법인이 ㅇㅇ’이라는 과제로 201ㅇ년부터 201ㅇ년까지 연구한 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 쟁점특허권은 청구법인이 연구개발한 것으로 보이므로 위의 청구주장 또한 받아들이기 어려워 보이며 청구법인에 대한 이 건 소득금액변동통지는 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 중복세무조사를 실시하여 이 건 소득금액변동통지를 하였으므로 이는 위법·부당하다. (가) 중복세무조사의 경위를 살펴보면 처분청이 2022년 8월부터 10월까지 통합세무조사를 실시하기에 앞서 OOO서장은 2020.10.26. 청구법인에 쟁점특허권 관련 서류제출을 요구하였으며 아래와 같이 사실관계를 확인점검하였다.
• 아 래 -
① 청구법인이 직접 방문하여 쟁점특허권 관련 서류 일체 제출
② OOO서장은 관련 서류 일체에 대한 검사 및 조사실시(확인점검)
③ OOO서장은 사실관계 확인을 위한 방문(세무서)조사 3회 실시
• 방문자: 대표이사 AAA, 연구소장 BBB, 세무대리인 CCC
• 조사일시: 3회(2020.10.26., 2020.10.27., 2020.10.29.)
• 조사장소: OOO서 법인세과 (나) 과세전적부심은 OOO서장이 쟁점특허권에 대한 조사종료 후 2020.11.5. 소명자료를 서면으로 제출하도록 요구하여 2020.11.10. 청구법인이 제출한 소명자료 내용만 적시하여 쟁점특허권 관련 서류에 대한 사전 확인점검이나 청구법인의 관련자를 직접 접촉하여 조사한 사실이 없는 것처럼 되어 있어 마치 세무조사가 아닌 기획점검이 정당하다는 것을 인식시키기 위한 것으로 판단된다. (다) 또한 중복세무조사에 해당하는지 여부는 대법원 판결(OOO)판결에 명확하게 제시되어 있는바, 기존 판례에 비추어 중복세무조사가 명백하다. ＜표1＞ OOO서장의 행위가 세무조사에 해당하는지 여부 ㅇㅇㅇ (라) 중복세무조사에 해당하지 않는다는 처분청의 답변서에 대하여 추가적으로 항변하자면, ⅰ) OOO서 세원담당자로부터 방문조사요청이 있었고, 상당기간 담당자 및 대표이사의 직접 대면 조사가 진행(3회 조사)되었으며, ⅱ) 조사결과 ‘혐의없음’으로 검토 종결되어 본청에 보고되었고, ⅲ) 청구법인이 쟁점특허권 양수와 관련한 서류에 대한 확인검토, 수정보완을 할 수 있는 시간적 여유를 주지도 않았으며, ⅳ) 쟁점특허권 양수도 관련 서류를 대면조사 과정에서 제출한 점 등으로 보아 중복세무조사가 아니라는 처분청 의견은 타당하지 않다. ＜표2＞ OOO서 소명서 제출 경위 ㅇㅇㅇ
(2) 쟁점특허권의 최초 취득자는 청구법인이 아닌 청구법인의 대표이사 AAA이다. (가) 청구법인이 제출한 쟁점특허권 관련 연구노트를 살펴보면, 연구노트1은 청구법인이 2020년 10월 OOO서에 제출한 것이고, 연구노트2는 2022년 8월 처분청이 통합세무조사시 연구소직원 업무용PC에서 발견한 것이다. ＜표3＞ 연구노트1·2 주제 및 작성자 등 ㅇㅇㅇㅇ (나) 과세전적부심은 연구노트2가 연구소 직원 PC에서 발견되었고 연구노트의 작성 시기가 2017년부터 2018년 4월경이며, 청구법인의 구미지점 사무실 1층 연구소 직원들에 의하여 작성된 것이므로 쟁점특허권의 연구개발은 연구소 직원에 의하여 이루어졌다고 판단하였으나, 연구노트의 작성시기인 2017년부터 2018년 4월에는 청구법인 구미지점은 존재하지도 않았고, 연구소 직원 PC에서 발견된 연구노트2는 쟁점특허권 등록 및 양수도 이후 작성된 2019년도 연구노트로 작성 시기, 연구내용 등 모든 내용이 쟁점특허권과 다른데도 처분청은 두 개의 연구노트에 대하여 잘못 이해하여 이 건 처분을 하게 된 것이다. (다) 쟁점특허권은 방화문으로 방화문의 경우 일반제품과 달리 각종 성능시험(내화성능, 차연성능, 단열성능, 기밀성능, 결로성능, 문세트 성능 등)을 충족하여야 하나의 완제품이 탄생되고, 따라서 방화문에 대한 연구개발은 기술개발 부분과 제품개발 부분으로 구분하고 있으며 아이디어에 의한 특허출원은 기술개발이며, 방화문의 성능을 충족하는 완제품에 대한 연구개발은 제품개발에 해당되는바, 처분청은 기술개발부분에 대하여 제품개발로 오인하여 쟁점특허권의 실질 등록권자가 청구법인의 대표이사가 아닌 청구법인이라고 잘못 판단한 것이다. (라) 또한 처분청은 쟁점특허권의 취득수수료를 지급한 것 외에 청구법인의 대표이사가 내화성능 인증을 위한 시험체 제작비용 등 연구개발 과정에서 발생한 비용지출 내역 등의 증빙을 제시하지 못하였다고 보았으나, 특허출원에 모두 개발비용이 드는 것은 아니다. 특허의 분류는 방법론적 특허, 기술론적 특허로 구분하고 있으며 쟁점특허권은 원천기술인 아이디어만을 가지고 구체적인 기술개발에 대한 내용을 담은 특허인 관계로 내화성능 인증을 위한 시험체 제작비용 등 제품개발에 대한 비용지출은 없다. (마) 마지막으로 처분청은 청구법인이 쟁점특허권을 취득할 당시 대표이사는 청구법인의 지분율 48% 보유하였으나, DDD이 보유한 청구법인의 주식 33,913주(6.78%)는 대표이사가 명의신탁한 주식으로 확인된바, 실제 대표이사의 지분율은 54.78%인 점, 나머지 주주들은 대부분 청구법인의 매입처로 확인되는 점 등에 비추어, 청구법인의 대표이사가 사실상 청구법인을 지배하는 위치에 있었던 것으로 보인다고 판단하였으나, 청구법인의 경영은 AAA 대표가 마음대로 할 수 있는 구조가 아니며, 쟁점특허권의 소유를 AAA 대표가 단독으로 결정할 수 있는 구조 또한 아니고 이러한 구조는 대다수 비상장법인의 공통현상이다. 따라서 쟁점특허권은 청구법인의 이사회의 결의에 의하여 AAA 대표로부터 정당하게 취득한 것이므로 이를 이유로 쟁점특허권이 AAA 대표에게 있다는 것은 이치에 맞지 않는다. (바) 처분청 답변서에 대하여 추가로 항변을 하면, ⅰ) 처분청이 통합세무조사시 발견한 연구노트2는 쟁점특허권 출원과 관련없이 제품개발 과정을 정리한 연구노트이고, ⅱ) 처분청이 대표이사로부터 받은 확인서와 문답서는 연구노트2에 대한 것으로 연구노트 작성 당사자인 임보혁 연구원이 작성한 것이 아니고 대표이사도 문답서 등 작성 당시 심신이 미약한 상태였으므로 증거로 볼 수 없으며, ⅲ) 쟁점특허권의 출원시기가 2018년 4월임에도 연구노트2는 2019년에 작성된 점 등에 비추어 쟁점특허권을 청구법인이 개발한 것이라는 처분청의 판단은 잘못된 것이다.
(1) 처분청이 실시한 통합세무조사는 중복세무조사에 해당하지 않는다. (가) 2022년 8월 통합세무조사에 앞서 2020년 10월 기획점검을 하게 된 계기는 아래와 같다. 국세청 감사관실에서는 특허권 등 무형자산 허위계상을 통한 법인자금 유출점검에 따른 기획점검계획과 점검대상업체 명단을 각 세무서에 시달하였고, 기획점검 검토요령에는 ‘법인 기술연구소 여부, 연구개발활동 비용의 개인 자금지출 여부, 지배주주여부, 특허권이 개인의 능력으로 개발 가능한지 여부 등’의 각 항목에 대해 검토할 것과 ‘대표이사는 법인에 고용된 지위에 있는 자로 법인연구에 노하우 등 아이디어를 제공한 것은 기타소득이 아닌 근로소득으로 보아야 할 것’에 중점을 두고 검토지시를 하였다. 이에 OOO서장은 청구법인에 쟁점특허권 관련 계약서, 대표이사 개인부담 증빙 등 쟁점특허권에 대한 실질 기여 여부를 확인할 수 있는 서류를 팩스로 제출하여 줄 것을 요청하였고, 청구법인은 소명서와 함께 쟁점특허권 양도계약서, 20장 분량의 연구노트1과 경상연구개발비 계정별원장, 대표이사 지출증빙(특허출원, 등록료 세금계산서, 송금증빙) 등을 제출하였으며, OOO서장은 ‘해당 법인은 연구시설을 갖추고 있으나 법인의 기술개발로 부족한 부분은 개인특허권을 양도받아 제품을 제조해야 되는 실정으로 확인되며, 법인이 지출한 경상개발비는 양도받은 특허권과 관련 없는 지출로 당초 신고가 적정한 것으로 판단됨’이라고 내부검토한 사실이 있다. (나) OOO서장이 실시한 기획점검은 단순한 사실관계의 확인에 그치는 것으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하지 않는다. OOO서의 세원 담당자가 사실관계 확인을 위해 실무자의 출두를 요청하자 청구법인은 OOO서에 대표이사와 BBB 연구소장, CCC 세무대리인이 세 차례에 걸쳐 방문하여 소명자료를 제출하였으며, 이 과정에서 세원 담당자로부터 서류 일체에 대한 검토와 확인점검 명목의 조사를 받았다고 주장하나 이는 사실과 다르다. (다) 2020년 2월경 OOO에 소재한 종교단체에서의 코로나19 집단 감염 사건으로 대구는 다른 지역에 비해 코로나19 피해가 심각하여 2020년 3월경에는 특별재난지역으로 선포된 사실도 있다. 위 종교단체와 직선거리 2km, 도로거리 3km로 상대적으로 가까운 OOO서는 감염방지용 아크릴판 설치, 체온계·열화상 감지 카메라 설치, 민원봉사실과 신고센터를 제외한 사무실 내 민원인 방문을 최대한 자제하게 하는 등 코로나19 예방에 있어 적극적으로 대응함에 따라 법인세과 사무실에서도 민원인과 세무대리인 등의 방문을 자제시키고 민원업무 등을 비대면으로 처리함을 원칙으로 하였다. (라) 당시 세원담당자는 당초 소명자료를 팩스로 회신하여 줄 것을 요청하였으나, 청구법인 대표이사 등이 자발적으로 방문한 상황에서 소명자료를 직접 제출받을 수밖에 없었고, 쟁점특허권과 관련 거래에 대한 단순한 사실관계에 대한 설명만 들었을 뿐, 사무실 내에서 대표이사 등을 장시간 대면하여 질문하는 등의 행위는 할 수 없는 상황이었다. (마) 중복세무조사에 대하여 대법원은 “세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실・사업장・공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부・서류・물건 등을 검사・조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야한다”라고 판시하고 있다(OOO 판결). (바) 또한 서울고등법원(OOO 판결)에서는 “과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고,납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다”라고 판시한 바 있다. (사) 기획점검은 청구법인의 대표이사 등이 자발적으로 방문하여 제출한 소명자료를 세원 담당자가 수령하여 검토한 것으로, 설령 쟁점특허권 관련거래에 대해 세원 담당자가 질문하였다고 하더라도, 이는 사실관계 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 불과한 것이어서 쟁점특허권 관련거래를 계획하고 실행한 청구법인 대표이사 등의 입장에서도 손쉽게 응답할 수 있을 것이고, 기획점검기간(2020.10.26.∼2020.11.10.) 동안 과세관청 3회 방문이라는 그 외관에 비추어 그 기간, 횟수나 질문 등의 정도가 청구법인의 영업의 자유를 세무조사에 준하는 수준으로 침해한다고 보기 어렵다. (아) 중복조사에 해당하는지에 대해서는 이를 주장하는 청구법인이 입증하여야 한다. 기획점검 과정에서 세원 담당자가 대표이사 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정 기간 동안 장부 등을 검사·조사하여 결과적으로 납세자의 영업의 자유가 침해되었음을 입증하여야 할 책임이 청구법인에게 있음에도 불구하고, 실제 사실관계를 왜곡한 일방적인 주장만 하고 있을 뿐 세원 담당자와의 구체적인 대면 질문 내용이나 그 과정에서 세원담당자가 청구법인에게 추가적인 수인의무를 부담시키게 하는 등 납세자 권익이 침해되었음을 입증할 수 있는 구체적인 자료를 제출하지 않았다.
(2) 쟁점특허권의 실질귀속자는 청구법인의 대표이사가 아닌 청구법인이다. (가) 조사과정에서 청구법인의 대표이사는 쟁점특허권과 관련하여 본인은 단순 아이디어를 제공하였다는 내용의 진술을 하였다. 처분청은 2022년 통합세무조사 과정에서 쟁점특허권 및 양도거래와 관련하여 대표이사와 문답서 및 확인서를 작성한 사실이 있다. 조사 당시 쟁점특허권의 실제 연구개발 주체는 청구법인의 기술연구소이며, 대표이사는 쟁점특허권에 대하여 단순 아이디어를 제공한 것에 불과하다는 내용의 문답서 등을 작성하였다. (나) 처분청은 청구법인에 대한 조사과정에서 쟁점특허권과 관련한 연구노트2를 확보하였으며, 이를 근거로 쟁점특허권의 연구개발은 청구법인의 기술연구소에서 진행하였으며 쟁점특허권의 실질 귀속자는 청구법인임을 자인하는 취지의 문답서와 확인서를 대표이사로부터 받았음에도 불구하고, 청구법인이 과세처분 근거 자체가 신빙성이 없음을 주장하는 것은 청구법인의 일방적인 주장에 불과하다. (다) 청구법인은 처분청이 증거로 삼은 연구노트2 파일과 ‘양개형 방화문 변형 방지 장치’ 파일에 대해 파일 작성 직원의 진술서를 첨부하여, 해당 파일은 쟁점특허권의 연구개발 단계가 아닌 청구법인이 쟁점특허권을 취득한 이후 2019년 연구개발 과제를 수행하면서 쟁점특허권을 활용한 제품개발 과정을 정리하기 위해 2020년1월 작성한 것이라고 주장하고 있으나, 처분청이 확인한 바에 따르면 해당 파일의 내용은 쟁점특허권의 연구개발 과정을 정리한 내용으로 쟁점특허권①과 관련한 연구노트2 내용 중 청구법인이 직접 연구개발을 수행한 것으로 확인되는 내용은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 연구노트2 중 연구개발 수행내역 ㅇㅇㅇ 위 연구노트2에서는 쟁점특허권①의 연구개발 단계에서의 내화성능 시험과 문제점 파악, 개선안 도출 등의 내용을 담고 있음이 확인된다. (라) 또한 청구법인은 쟁점특허권①과 관련한 내화성능 시험 관련 매입세금계산서(2017~2018년)와 견적서를 OOO, OOO으로부터 수취한 사실이 있다. (마)쟁점특허권②의 핵심기술은 신소재인 ‘OOO’를 적용한 팽창성 발포제로 특허출원서와 연구노트2의 내용으로 확인되므로 쟁점특허권② 개발 및 출원을 위한 연구노트는 연구노트1이 아닌 연구노트2로 보아야 한다. 또한, 청구법인은 쟁점특허권② 출원 전인 2016년도부터 팽창성발포제 OOO를 OOO라는 업체에서 매입하고 있던 사실이 있어 이미 팽창성 발포제와 관련한 원천기술을 연구개발한 정황을 확인할 수 있다. (바) 청구법인은 ‘화재 시 대규모 인원의 신속한 탈출이 용이한 대형 접이식 방화문 개발’이라는 과제명으로 2019년 4월 중소벤처기업부에 지역기업 혁신성장 지원사업 사업계획서를 제출한 사실이 있다. 이를 살펴보면 ‘자체기술개발 수행실적 항목’에 청구법인이 자체자금 3억원을 지출하여 ‘OOO’ 과제를 2017년 10월부터 2018년 4월까지, ‘OOO’ 과제를 2017년 4월부터 2018년 4월까지 연구개발하였다는 사실이 확인된다.
3. 심리 및 판단
① 이 건 세무조사가 중복세무조사에 해당한다는 청구주장의 당부
② 쟁점특허권의 최초 취득자가 청구법인이 아닌 청구법인의 대표이사라는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.
④ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.
(2) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
(3) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우
(4) 조사사무처리규정 제3조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "세무조사"란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전통지 또는 세무조사 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 말한다.(이하 이 규정에서는 조세범칙조사와 구분되는 개념으로 "일반세무조사"라 한다.)
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) OOO서장은 국세청 감사관실의 기획점검 지시에 따라 2020년 10월부터 2020년 11월까지 청구법인으로부터 쟁점특허권 관련 서류 및 소명서 등을 제출받은바 있고, 처분청은 2022년 8월부터 10월까지 청구법인에 대한 통합세무조사를 실시하여 쟁점특허권의 실제 소유권이 청구법인의 대표이사가 아닌 청구법인에게 있는 것으로 보아 이 건 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인은 이에 대하여 처분청의 통합세무조사 이전에 OOO서장의 세무조사가 있었으므로 중복세무조사에 해당하고, 쟁점특허권의 최초 실질 취득자가 청구법인의 대표이사라는 취지로 심판청구를 하였다. (나) OOO서장은 2020년 10월 기획점검 당시 청구법인을 방문하는 현장조사는 실시하지 않은 것으로 보이고, 청구법인 대표이사와 연구소장이 OOO서를 3회에 걸쳐 방문하여 쟁점특허권 관련 자료를 제출한 사실에는 처분청과 청구법인간 이견이 없으나, OOO서 세원 담당자와 청구법인 방문자간 질의응답이 있었는지 여부와 OOO서를 청구법인 연구소장 BBB 등이 방문하게 된 계기에 대하여는 처분청과 청구법인간 이견이 있다. ＜표5＞ 청구법인의 OOO서 방문일자 등 ㅇㅇㅇ (다) 쟁점특허권의 출원 및 양수도 내역은 아래 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞ 쟁점특허권 출원 및 양수도 내역 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인은 청구법인의 대표이사가 작성한 연구노트1에 기초하여 쟁점특허권이 출원되었다고 주장하나, 처분청은 2022년 8월 통합세무조사시 발견한 연구노트2가 쟁점특허권의 연구개발과정과 밀접하게 관계되어 있어 연구노트2를 기반으로 쟁점특허권이 출원되었고, 연구노트2를 청구법인 연구소 직원 임보혁이 작성한 것으로 보아 쟁점특허권의 소유권이 당초부터 청구법인에게 있었다고 판단하였다. (마) 처분청은 청구법인이 2019년 4월 중소벤처기업부에 ‘화재시 대규모 인원의 신속한 탈출이 용이한 대형 접이식 방화문 개발’이라는 과제명으로 지역기업 혁신성장 지원사업에 제출한 사업계획서 일부를 아래 ＜표7＞과 같이 제출하였고 이를 살펴보면 ‘OOO’, ‘OOO’이라는 과제로 2017년부터 2018년까지 연구가 진행되었다고 기재되어 있다. ＜표7＞ 청구법인이 중소벤처기업부에 제출한 사업계획서 중 일부 ㅇㅇㅇ (바) 청구법인은 이사회 결의를 통해 2019.3.26. 외부평가기관의 평가를 거쳐 산출된 쟁점특허권 평가가액 OOO원을 매매가액으로 하여 대표이사로부터 쟁점특허권을 양수하기로 결정하고, 2019.3.27. 이를 취득하였다. (사) 쟁점특허권 취득과 관련한 청구법인의 회계처리내역은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ 쟁점특허권 관련 회계처리내역 ㅇㅇㅇ (아) 처분청의 통합세무조사 당시 청구법인의 대표이사가 쟁점특허권과 관련하여 작성한 문답서는 아래 ＜표9＞와 같고, 청구법인의 대표이사는 쟁점특허권 등록을 위한 연구주체는 청구법인이고, 자산가치 증가를 위하여 본인 명의로 등록한 후 청구법인에 양도하였다고 진술하였다. ＜표9＞ 청구법인 대표이사 문답서 주요내용 ㅇㅇㅇ (자) 청구법인이 쟁점특허권①의 내화성능 시험과 관련하여 OOO, OOO으로부터 수취한 매입세금계산서와 견적서는 아래 ＜표10＞과 같다. ＜표10＞ 쟁점특허권①과 관련한 매입세금계산서 등 ㅇㅇㅇ (차) 쟁점특허권②의 특허출원서와 연구노트2의 일부내용은 아래 ＜표11＞과 같다. ＜표11＞ 특허출원서 및 연구노트2 일부 ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO서장이 처분청의 통합세무조사에 앞서 2020년 10월 세무조사를 실시하였으므로 중복세무조사에 해당하므로 처분청의 통합세무조사결과에 따른 이 건 소득금액변동통지는 위법·부당하다고 주장하나, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니고, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어려운바(OOO 판결), 이 건에서 OOO서장이 처분청의 통합세무조사에 앞서 실시한 기획점검이 설령 대외적으로 기획점검임이 표시되지 않았고 청구법인의 대표이사와 연구소장 및 세무대리인이 직접 OOO서를 단기간(4일 이내)에 3회(2020.10.26., 2020.10.27., 2020.10.29.)에 걸쳐 방문하였다 하더라도 OOO서장이 청구법인에게 조사를 목적으로 세무서에 방문할 것을 요청한 내역이 확인되지 아니하고 청구법인의 사업장을 방문하거나 쟁점특허권 관련 서류를 예치하는 등의 행위가 존재하지도 아니한 점, OOO서 담당직원이 OOO서에 방문한 청구법인의 대표이사 등에게 질문을 하고 서면으로 소명자료 제출을 요청하였다고 하나 이는 쟁점특허권과 관련한 단순한 사실 확인행위에 그치는 것으로 보이는 점 등에 비추어 OOO서장의 기획점검이 ‘재조사’가 금지되는 세무조사에 해당하는 것으로 보기는 어려워 보이므로 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 다음으로 쟁점②와 관련하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권이 청구법인의 대표이사 AAA이 최초 취득한 것이라고 주장하나, 청구법인의 대표이사가 처분청과의 문답서 작성시 쟁점특허권의 연구주체가 청구법인이고 청구법인의 자산가치를 증가시킬 목적으로 본인 명의로 출원한 후 청구법인에게 양도하였다고 진술하고 있고, 쟁점특허권①과 관련한 내화성능시험과 관련하여 청구법인이 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서의 발행연도가 2017~2018년이고 청구법인이 중소벤처기업부에 제출한 사업계획서에도 청구법인이 ‘OOO’, ‘OOO’이라는 과제로 2017년부터 2018년까지 연구한 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 쟁점특허권은 청구법인이 연구개발한 것으로 보이므로 위의 청구주장 또한 받아들이기 어려워 보이며 청구법인에 대한 이 건 소득금액변동통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.