조세심판원 심판청구 부가가치세

가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2023-구-3507 선고일 2023.06.26

지연발급 경위, 지연정도 및 범위, 이로 인한 조세부과업무의 지장 여부 등에 관계없이 일률적으로 그 공급가액의 100분의 1의 가산세를 부과하는 것은 납세자의 의무해태 정도 및 그 의무를 강제한 목적에 비하여 과도한 제재로 보임

[주 문] OOO서장이 2022.12.2. 청구법인에게 한 2022년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 상품종합 도매업을 주업으로 영위하는 법인으로 2022.3.14. 청구법인 소유의 OOO 소재 전기조명관 1층 100호 외 7건의 부동산을 OOO원에 ㈜AAA에 양도하는 계약을 체결하여 2022.4.29. 잔금 OOO원을 수령하고 같은 날 쟁점부동산의 소유권을 ㈜AAA에 등기이전한 후 청구법인은 2022.5.11. 쟁점부동산 중 건물분 공급가액 OOO원에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급하였다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 공급시기 이후 쟁점세금계산서를 발급한 사실을 확인하고 2022.12.2. 청구법인에게 2022년 제1기 부가가치세 OOO원(지연발급가산세)을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄양수도에 해당하여 세금계산서 발급대상이 아님에도 불구하고 성실하게 세금을 납부하는 과정에서 자체회계시스템 오류로 인해 단 하루의 지연발급이 발생하였는바, 이는 가산세 입법취지와 세금계산서 지연발급 경위 등을 고려하였을 때 청구법인에게 공급가액의 1%에 해당하는 가산세를 부과하는 처분은 부당하다. (가) 조세심판원의 다수의 결정례를 보면 납세자의 의무이행을 기대하기 어려운 사정이 있는 등 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과하지 않는 것이 타당하다고 판단하고 있다(조심 2016중1182, 2017.3.10.외 다수). (나) 청구법인은 ㈜AAA에 쟁점부동산을 양도하면서 매매계약서 특약사항 제1조에 포괄양수도를 원칙으로 규정하고, 임대인으로서의 권리와 함께 전세금, 근저당, 공동담보채무, 단독담보 채무 등 일체의 의무를 포괄적으로 양도하였다. 청구법인이 쟁점부동산을 포괄양수도 하였고 ㈜AAA도 현재까지 임대업을 영위하며 사업자의 지위를 동일하게 유지하고 있으므로 쟁점부동산의 매매는 사업의 포괄양수도에 해당하는바 원칙적으로 세금계산서 발급대상에 해당하지 않는다. (다) 청구법인은 쟁점부동산 매매가 사업의 포괄양수도에 해당함을 알고 있음에도 건물을 팔았으면 세금을 내야 한다고 생각하였고 2022.5.10. 세무대리인을 통해 대리신고납부제도에 대해 알게 되어 쟁점세금계산서를 발급하였으며 양수인인 ㈜AAA을 통해 부가가치세 OOO원을 납부하였다. (라) 다만 청구인이 세무대리인을 통해 대리신고납부제도를 세금계산서 발급기한인 2022.5.10. 뒤늦게 알게 되었고 직원 AAA에게 오후 9시경 쟁점세금계산서 발급을 지시하였으나 해당 직원이 퇴근후 사무실에 출근하는데 2시간 정도가 소요되어 오후 11시 30분경 세금계산서 발급을 위해 OOO 프로그램에 접속하였다. 그러나 청구법인은 제출한 사진 자료와 같이 서버오류 메시지가 떠서 2022.5.10.에 쟁점세금계산서를 발급하지 못하고 하루가 지난 2022.5.11. 쟁점세금계산서를 발행하게 된 것이다. 쟁점부동산의 매매가 사업의 양수도에 해당한다는 점에서 처분청은 대리납부로 인한 기간간 이익도 향유하였으며 앞서 설명한 쟁점세금계산서 발급 경위와 같이 청구법인이 고의로 세금계산서 발급의무를 해태하지 아니하였음이 명백하므로 가산세 부과 처분은 취소되어야 한다.

(2) 청구법인은 의무를 해태한 사실이 없으므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다. 앞서 설명드린 바와 같이 청구법인은 세금계산서 발급을 진행하려 하였으나 회계시스템 오류로 인하여 부득이하게 하루를 도과할 수 밖에 없었고, 조세심판원 심판례에서도 청구법인과 유사한 상황에서 ‘전자세금계산서 도입목적 달성에 방해가 되지 않는 이와 같은 경우에까지 세금계산서 지연발급 경위, 지연정도, 이로 인한 조세부과업무의 지장 야기 여부 등에 관계없이 일률적으로 그 공급가액의 100분의 1의 가산세를 부과하는 것은 납세자의 의무해태의 정도 및 그 의무를 강제한 목적에 비하여 과도한 제재’라고 보아 지연발급가산세 부과를 취소한 바 있다(조심 2013구3316, 2014.2.4.).

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 쟁점세금계산서 지연발급 경위는 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 않는다. (가) 청구법인의 직원 AAA의 확인서를 보면 해당 직원은 개인용무로 세금계산서 발급을 지체하다가 23시 30분경에 전자세금계산서 발급을 시도한 것으로 보이고, 청구법인이 사용하는 OOO 회계프로그램에 대한 접속장애 여부 등도 확인되지 않으며, 객관적인 접속기록이나 오류로그 기록 등도 제출되지 않았다. (나) 청구법인은 쟁점부동산 매매 계약을 2022.3.14. 진행하여 이에 대한 세무신고를 어떻게 할지 약 1달 이상 시간이 있었음에도 2022.5.10. 세금계산서 발급기한 당일 저녁 9시 이후에 이를 직원에게 지시하여 세금계산서 발급기한을 도과하게 된 것이다. 이는 가산세 감면을 인정한 다수의 심판례에서 요구하는 객관성이 결여된 것이고 정당한 사유에도 해당하지 않는 것이다.

(2) 만일 청구법인의 사업의 포괄양수도에 따른 세금계산서 미발급이 향후 문제가 될 수 있다고 판단하였다면 기한 내에 쟁점세금계산서를 발급하여야 하는 것이고, 쟁점부동산의 양수인인 ㈜AAA도 지연수취에 대한 가산세 0.5%를 가산하여 조기환급신고를 하였으므로 청구법인이 주장하는 사업의 포괄양수도를 인정할 수 없고, 청구법인에 대하여만 가산세를 감면할 정당한 이유 또한 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제48조 (가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 부가가치세법 제10조 (재화 공급의 특례) ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. 제34조(세금계산서 발급시기) 제34조(세금계산서 발급시기) ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 제52조(대리납부) ④ 제10조 제9항 제2호 본문에 따른 사업의 양도(이에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우를 포함한다)에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 같은 호 본문 및 제31조에도 불구하고 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 제49조 제2항을 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부할 수 있다. 제60조(가산세) ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

1. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하는 경우 그 공급가액의 1퍼센트 (3) 부가가치세법 시행령 제70조 (수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

  • 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
  • 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
  • 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
  • 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 ㈜AAA과 쟁점부동산 매매계약을 체결한 후 2022.4.29. 잔금을 수령하고 그 소유권을 등기이전하였으며, 2022.5.11. 쟁점세금계산서를 발급하였다. 2022.9.1. 공급시기 이후 세금계산서 발급과 관련하여 처분청으로부터 해명자료 안내문을 받고 ‘쟁점부동산의 양도는 사업의 포괄양수도에 해당’한다는 취지의 답변과 함께 2022년 제1기 확정분 부가가치세의 수정신고서를 제출하고 2022.9.15. 쟁점세금계산서를 취소한 후 수정세금계산서를 발급하였다. 한편 쟁점부동산을 양수받은 ㈜AAA은 2022.5.11. 쟁점세금계산서를 수취한 후 2022.5.24. 지연수취가산세 0.5%를 반영하여 2022년 4월분 부가가치세에 대한 조기환급신고를 하였고, 2022.5.25. 부가가치세 OOO원을 대리납부하였다. (나) 청구법인과 ㈜AAA은 쟁점부동산 매매와 관련하여 부동산매매계약서와 포괄적 사업의 양도·양수계약서를 각각 작성하였으며 계약서는 아래 <표1>, <표2>와 같다. <표1> 쟁점부동산 매매계약서 주요내용 ㅇㅇㅇ <표2> 포괄적 사업의 양도양수 계약서 ㅇㅇㅇ (다) 쟁점부동산의 매매와 관련하여 청구법인이 발행한 쟁점세금계산서 및 수정세금계산서 내역은 아래 <표3>과 같다. 처분청은 청구법인이 2022.9.15. 발행한 수정세금계산서는 부가가치세 해명자료 안내문(2022.9.1.)을 수령한 이후 발행되었으므로 수정신고내용을 인정하지 아니한다고 청구법인에게 통지하였다. <표3> 쟁점세금계산서 및 수정세금계산서 발급내역 ㅇㅇㅇ (라) 처분청의 부가가치세 해명자료 제출 안내에 청구법인이 제출한 소명서는 아래 <표4>와 같다. <표4> 청구법인 소명서 중 주요내용 ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 2022.5.10. 프로그램 캡쳐화면을 아래 <표5>와 같이 제출하였고, 제출된 캡쳐화면을 보면 시간은 ‘오후 11:42’ 오류 종 류는 ‘[OOO]서버에 연결 할 수 없습니다. [OOO]’라는 안내가 팝업되어 있는 것으로 나타난다. 처분청은 이와 관련하여 OOO 프로그램의 공식적인 오류는 확인되지 않았다는 의견이고, 청구법인은 오류원인은 확인하지 못하였다는 입장이다. <표5> 오류 캡쳐화면 ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 세법상 가산세는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 사업의 포괄 양도·양수 계약서와 같이 쟁점부동산의 양도가 사업의 포괄 양수도에 해당하여 세금계산서 발급대상이 아님에도 성실하게 세금을 납부하는 과정에서 2022.5.10. 세무대리인을 통해 대리신고납부제도에 대해 알게 되어 신속히 쟁점세금계산서를 기한 내 발급하려 하였으나 시스템 오류로 하루 지연이 발생하게 되었다고 주장하고 있고, 청구법인이 제출한 프로그램 오류 캡쳐 사진을 보면 쟁점세금계산서의 발급기한인 2022.5.10. 오후 11시 42분 청구법인이 쟁점세금계산서를 발행하려고 한 것으로 보이나 서버 오류 등로 인하여 쟁점세금계산서를 발행하지 못한 것으로 보이며, 청구법인은 쟁점세금계산서의 발급기한의 익일인 2022.5.11. 쟁점세금계산서를 정상적으로 발급하였는바 청구법인이 쟁점세금계산서 발급 의무를 의도적으로 해태하였다고 보기 어렵고 청구법인과 같은 경우 지연발급 경위, 지연정도 및 범위, 이로 인한 조세부과업무의 지장 여부 등에 관계없이 일률적으로 그 공급가액의 100분의 1의 가산세를 부과하는 것은 납세자의 의무해태 정도 및 그 의무를 강제한 목적에 비하여 과도한 제재로 보이는 점(조심 2016중1182, 2017.3.9. 등 참조) 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 이 건 부가가치세(세금계산서 지연발급가산세)를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)