쟁점보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부

[사건번호] 조심2023구10492 (2024.06.25) [세 목] 부가 [결정유형] 취소 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 쟁점보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부 [결정요지] 쟁점보조금은 00도가 청구법인으로부터 보조사업의 참가업체 선정, 교육, 운영 및 관리, 상품판매‧중개‧전시 및 상품개발 등의 용역을 공급받은 대가로 지급한 것으로 보이는 점, 청구법인은 상품중개업 등 다수의 수익사업을 영위하고 있는 영리법인으로서, 청구법인 스스로 쟁점보조금을 부가가치세 과세대상으로 보아 관련 보조사업을 수행하면서 공급받은 재화 및 용역에 대한 부가가치세 매입세액을 공제받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인은 ㅇㅇ 등이 주관하는 보조사업을 대행한 대가로서 쟁점보조금을 지급받은 것으로 봄이 타당하다 할 것임 [관련법령] 부가가치세법 제29조 [참조결정] 조심2023구1049 [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 00세무서장이 2023.9.11. 청구법인에게 한 2018년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고 나머지 청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2015.12.22.부터 상품중개업 및 판촉물 도소매업 등을 영위하고 있는 영리법인으로, 지방재정법, 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 등에 따라 “OOO” 및 “OOO” 등의 보조사업자로 선정되어 2018년 제1기∼2022년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 총 OOO원의 보조금(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 수령하였으나 관련 부가가치세 신고 시 이를 과세표준에 포함하지 아니하였다.
• 나. 이후, 청구법인은 2023.4.27. 당초 부가가치세 신고 시 “OOO” 및 “OOO” 등 다수의 단위사업을 수행하면서 공급받은 재화 및 용역에 대하여 착오로 매입세액 공제를 적용하지 아니하였다고 주장하며 관련 부가가치세의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과, 청구법인이 위 보 조사업 등을 수행하면서 부담한 부가가치세 매입세액을 공제하는 한편, 쟁점보조금을 부가가치세 과세표준에 포함하여야 한다고 보아 2023.9.11. 아래 <표1>과 같이 청구법인에게 2018년 제1기〜2022년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정‧고지(환급)하였다. <표1> 이 건 처분 내역 ㅇㅇㅇ
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 0 0도 등으로부터 수령한 쟁점보조금은 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 의 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 보조금”에 해당하므로 쟁점보조금을 과세표준에 포함하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 위법하다. (가) 쟁점보조금은 사회적기업의 창업육성, 사회적 경제 활성화, 사회적 경제기업의 제품구매 촉진 및 판로지원과 사회적경제기업의 고용촉진 및 자립성 향상 등 정부 및 00도의 정책적 목적에 의하여 지방재정법 제17조 및 같은 법 시행령 제29조, 00도 보조금 관리 법률 제7조 등에 따라 보조사업자 모집공고를 통해 청구 법인이 사업수행자로 선정됨으로써 지급받은 것으로, 청구법인은 수행 주체로서 당해 사업을 수행하였는바, 부가가치세법 제29조 제5 항 제4호 에서 국고보조금 등을 과세표준에서 제외하는 취지는 정 부가 재화나 용역을 직접 공급받지 않으면서 특정한 사업을 진흥 또는 촉진시키기 위하여 정책적으로 보조금을 지급하는 것이므로 이러한 보조금에 대한 부가가치세를 지방자치단체 등이 부담하지 않게 하려는 데 있다. (

• 나) 또한, 국고보조금에 대한 부가가치세 과세 여부에 대한 사례를 살펴보면 국가의 정책적 목적 달성을 위한 모든 보조금이 과세대상이 되는 것이 아니라, 그 보조금 등의 지급 주체가 재화 또는 용역을 직접 공급받는 위치에 있는 경우에만 과세하고 있는바, 청구법인이 수 행한 보조사업은 00도 등과 어떠한 용역계약도 체결한 사실이 없는 것이고, 쟁점보조금을 지급한 주체인 00도와 용역 수행에 따른 대가관계가 있다고 할 수도 없다. (다) 청구법인은 이 건 보조사업과 관련하여 사업계획을 직접 수립하여 주도적으로 수행하였고, 동 사업을 진행하면서 얻어진 결과물(상표출원 등)도 00도가 아니라 청구법인의 소유로 귀속되었으며, 그 밖에도 각종 성과지표와 사회적 경제 판로지원을 위한 유통사와의 계약 당사자도 청구법인으로 되어 있는 등 청구법인이 보조사업의 직접적인 주체가 되어 보조사업을 수행하였음에도 처분청은 용역 제공에 대한 직접 관련성에 대하여 단순히 “쟁점보조금을 청구법인이 주관하는 개별 전시‧판매 용역에 대한 대가로서 지급받았고, 이는 당초 계획, 집행, 정산 등 일련의 과정을 통하여 용역제공과 직접 관련된 것임이 확인된다”는 이유로 아무런 입증도 없이 쟁점보조금을 과세표준에 포함한 것에 불과하다.

(2) 처분청은 2018년 제1기 부가가치세 부과처분에 대한 과세예고 통지를 2023.6.21. 청구법인에게 하였다고 하나, 청구법인이 최종적으로 과세가 확정되어 납부고지서를 송달받은 2023.9.11. 이미 국세기본 법상 국세 부과제척기간(5년)이 도과되었으므로 이에 대한 부과처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 국고보조금 등이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부는 민간행사보조금, 공익성, 보조사업 관련성, 반대급부 등으로 판정하는 것이 아니라 부가가치세법 제4조 및 제29조에 의하여 판정하는 것인바, 청구법인은 상품판매‧중개‧전시 및 상품개발 등을 제공하는 영리법인으로 그 주요 목적사업이 부가가치세 과세대상 용역에 해당될 뿐만 아니라 보조금을 지급받는 이유가 청구법인이 주관하는 개별 용역에 대한 대가임이 확인되므로 쟁점보조금은 청구법인이 제공한 용역의 공급과 직접 관련하여 지급받은 대가로 보아 부가가치세 과세표준에 포함하여야 한다. (2) 처분청이 2018년 제1기 부가가치세에 대하여 2023.6.21. 청구법인에게 과세예고통지를 한 사실이 확인되므로 이 건 처분은 국세기본법상 국세부과제척기간 내에 적법하게 이루어진 것으로 봄이 타당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부

② 2018년 제1기 부가가치세의 부과제척기간이 도과되었는지 여부

• 나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(괄호 생략)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매‧임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

(2) 부가가치세법 제3조【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가‧지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단‧재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

(3) 지방재정법 제17조【기부 또는 보조의 제한】① 지방자치단체는 그 소관에 속하는 사무와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우와 공공기관에 지출하는 경우에만 개인 또는 법인‧단체에 기부‧보조, 그 밖의 공금 지출을 할 수 있다. 다만, 제4호에 따른 지출은 해당 사업에의 지출근거가 조례에 직접 규정되어 있는 경우로 한정한다.

4. 보조금을 지출하지 아니하면 사업을 수행할 수 없는 경우로서 지방자치단체가 권장하는 사업을 위하여 필요하다고 인정되는 경우

(4) 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "지방보조금"이란 지방자치단체가 법령 또는 조례에 따라 다른 지방자치단체, 법인·단체 또는 개인 등이 수행하는 사무 또는 사업 등을 조성하거나 이를 지원하기 위하여 교부하는 보조금 등을 말한다. 다만, 출자금 및 출연금과 국고보조재원에 의한 것으로서 지방자치단체가 교부하는 보조금은 제외한다.

2. "지방보조사업"이란 지방보조금이 지출되거나 교부되는 사업 또는 사무를 말한다.

3. "지방보조사업자"란 지방보조사업을 수행하는 자를 말한다.

4. "지방보조금수령자"란 지방자치단체 및 지방보조사업자로부터 지방보조금을 지급받은 자를 말한다. 제7조【지방보조금의 교부 신청】① 지방보조금을 교부받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방보조사업의 목적과 내용, 지방보조사업에 드는 경비, 그 밖에 필요한 사항을 적은 신청서에 지방자치단체의 장이 정하는 서류를 첨부하여 지방자치단체의 장이 지정한 기일 내에 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다.

② 지방자치단체의 장은 공모(公募)절차를 통하여 제1항에 따른 지방보조금 교부신청서를 제출받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 그러하지 아니하다.

2. 국고보조사업으로서 대상자가 지정되어 있는 경우

4. 지방보조사업을 수행하려는 자의 신청에 따라 예산에 반영된 사업으로서 그 신청자가 수행하지 아니하고는 해당 지방보조사업의 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우 제17조【지방보조사업의 실적 보고】① 지방보조사업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 그 지방보조사업의 실적보고서(이하 "실적보고서"라 한다)를 작성하여 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다. 이 경우 실적보고서에는 그 지방보조사업에 든 경비를 재원별로 명백히 한 정산보고서 및 지방자치단체의 장이 정하는 서류를 첨부하여야 한다. 다만, 지방보조사업자가 보조금 관리에 관한 법률 제27조 에 따른 실적보고를 한 때 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 이 법에 따른 실적보고를 완료한 것으로 볼 수 있다.

2. 지방보조사업 폐지의 승인을 받았을 때

(5) 국세기본법 시행령 제12조의3 【 국세 부과제척기간의 기산일 】

① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조 제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국 세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다. (6) 지방재정법 시행령 제29조【기부‧보조의 제한】③ 법 제17조 제1항 제4호에서 "지방자치단체가 권장하는 사업을 위하여 필요하다고 인정되는 경우"라 함은 당해 지방자치단체의 소관에 속하는 사무의 수행과 관련하여 그 지방자치단체가 권장하는 사업으로서 보조금을 지출하지 아니하면 그 사업을 수행할 수 없는 경우를 말한다.

⑤ 법 제17조 제1항에 따른 지방자치단체의 보조금 또는 그 밖의 공금 지출에 대한 교부신청, 교부결정 및 사용 등에 관하여 필요한 사항은 행정안전부장관이 정하는 기준에 따라 해당 지방자치단체의 조례로 정한다.

(7) 00도 지방보조금 관리 조례 제1조【목적】이 조례는 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 및 같은 법 시행령에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제5조【지방보조사업자 공모】① 도지사는 공모방식을 통해 지방보조사업자를 선정하려는 경우에는 다음 각 호의 냉용을 포함한 사업자 선정 공고문을 도 홈페이지 등을 통해 공고하여야 한다.

3. 지원사업 대상기관 및 응모방법

6. 그 밖에 도지사가 게시가 필요하다고 인정하는 사항

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2018년 제1기∼2022년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 아래 <표2>와 같이 00도 등으로부터 지급받은 쟁점보조금을 과세표준에 포함하지 아니하고 아래 <표3>과 같이 부가가치세를 신고하였다가 2023.4.27. 보조사업을 수행하면서 공급받은 재화 또는 용역에 대하여 착오로 관련 매입세액을 공제받지 못하였다는 이유로 아래 <표4>와 같이 경정청구를 제기하였다. <표2> 쟁점보조금 수취 내역 ㅇㅇㅇ <표3> 청구법인의 부가가치세 신고 내용 ㅇㅇㅇ <표4> 청구법인의 경정청구 내용 ㅇㅇㅇ

(2) 처분청은 청구법인이 당초 부가가치세 신고 시 착오로 공제받지 못하였다고 주장하는 면세사업 등 관련 매입세액을 전액 공제하는 한편, 쟁점보조금을 청구법인이 제공한 용역의 공급과 직접 관련하여 지급받은 대가에 해당한다고 보아 이를 과세표준에 포함하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경정‧고지하였는바, 처분청이 이 건 경정청구처리 시 작성한 ‘경정청구 검토서’에 기재된 주요 검토의견은 다음과 같다.

• 보조금의 부가가치세 과세표준 포함 여부는 민간행사 보조금, 공익성, 보조 사업 관련성, 반대급부 등으로 판단하는 것이 아니라 부가가치세법 제4조 및 제29조에 따라 판단하는 것으로, 청구법인은 상품판매, 상품중개, 상품전시, 상품개발 등을 제공하는 영리법인이며 주요 목적사업이 부가가치세 과세대상 용역에 해당될 뿐만 아니라 보조금을 지급받는 이유가 청구법인이 주관하는 개별 용역에 대한 대가임이 당초 계획, 집행, 정산 등 일련의 과정을 통하여 확인되므로 쟁점보조금은 청구법인이 제공한 용역의 공급과 직접 관련하여 받은 대가로 보아 부가가치세 과세표준에 포함하여야 함

(3) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2015.12.22. 수익사업을 개시하여 상품중개업 등 다 수의 사업을 영위하고 있는 영리법인으로, 국세청의 국세통합시스템에 의하여 확인되는 청구법인의 사업자등록상 업종은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구법인의 사업자등록상 업종 업태 종목 도소매업 상품중개업, 판촉물 제조 인쇄업 서비스 소프트웨어개발 및 공급업 서비스 연구개발업 서비스 경영컨설팅업, 공공관계 서비스업 (나) 청구법인은 지방재정법 및 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 등에 따라 지방 보조사업을 수행하는 보조사업자로 선정되어 ‘OOO’, ‘OOO’, ‘OOO’, 및 ‘OOO’ 등을 수행하고 쟁점보조금을 수령한 것으로 확인되는바, 청구법인이 2018년 제1기〜2022년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 수행한 보조사업은 아래 <표6>과 같다. <표6> 청구법인의 보조사업 수행내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 쟁점보조금이 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금”이라고 주장하며 청구법인이 수행한 보조 사업의 사업자 모집공고문 및 보조금 지원신청서, 단체소개서, 사업계획서 등을 제시하였다. (라) 청구법인이 이 건 보조사업을 진행하면서 체결한 주요 업무협약서 중 일부의 내용은 다음과 같은바, 동 협약서에 의하면 00도는 주최기관으로, 청구법인은 주관기관으로 각각 협약서를 체결한 것으로 나타난다. ㅇㅇㅇ (마) 그 밖에 처분청이 제시한 납부고지서 송달증빙에 의하면, 처분청은 2018년 제1기 부가가치세 OOO원에 대한 납부고지서를 2023.9.11. 등기우편(등기번호: OOO)을 통하여 청구법인의 사업장 소재지인 ‘00도 00시 OOO’로 송달한 것으로 나타나고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점보조금은 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 의 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 보조금”에 해당하므로 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나, 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금 또는 공공보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금 또는 공공보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 또는 공공보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 할 것인데(대법원 2001.10.9. 선고 2000두369 판결 참조), 위와 같이 보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외하는 취지는 보조금의 교부대상이 되는 보조사업에 대하여 부가가치세를 비과세함으로써 재정지원의 목적을 효과적으로 달성하고 또한 정부 또는 공공단체가 재화나 용역을 직접 공급받지 않으면서 특정한 사업을 진흥 또는 촉진시키기 위하여 정책적으로 보조금을 지급하는 경우 당해 보조금은 재화 또는 용역의 공급과는 직접적인 대가관계가 없기 때문이라 할 것이므로, 정부 또는 공공단체가 재화나 용역을 직접 공급받을 것을 전제로 사업자에게 보조금을 지급하는 등 당해 보조금이 재화 또는 용역의 공급과 사이에 직접적인 관련성 내지 대가관계가 인정되는 경우에는 당해 보조금은 모두 과세표준에 포함되어야 할 것인바, 이 건 보조사업에 관한 모집공고문, 보조금 지원신청서, 사업계획서 및 업무협약서 등에 의하면, 00도는 주최기관으로서 관련 사업의 주요 사항을 최종적으로 결정할 권한이 있고, 청구법인은 주관기관으 로서 사업의 준비‧운용 등 실무적인 업무를 총괄한 것으로 나타나는바, 쟁점보조금은 00도가 청구법인으로부터 보조사업의 참가업체 선정, 교육, 운영 및 관리, 상품판매‧중개‧전시 및 상품개발 등의 용역을 공급받은 대가로 지급한 것으로 보이는 점, 지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 제2조 에서 “지방보조금”이란 ‘지방자치단체가 법령 또는 조례에 따라 다른 지방자치단체, 법인‧단체 또는 개인 등이 수행하는 사무 또는 사업 등을 조성하거나 이를 지원하기 위하여 교부하는 보조금 등’이라고 정의하고 있는바, 위와 같은 보조금 정의 규정에 의하면 00도가 수행하는 사무 또는 사업과 관련하여 00도 외의 자로부터 용역 등을 공급받고 그에 대한 대가로 지급되는 금전인 쟁점보조금은 과세표준에서 제외되는 보조금이라기보다는 보조금을 재원으로 하여 지급된 금원에 불과한 것으로 보이는 점, 청구법인은 상품중개업 등 다 수의 수익사업을 영위하고 있는 영리법인으로서, 청구법인 스스로 쟁점보조금을 부가가치세 과세대상으로 보아 관련 보조사업을 수행하면서 공급받은 재화 및 용역에 대한 부가가치세 매입세액을 공제받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인은 00도 등이 주관하는 보조사업을 대행한 대가로서 쟁점보조금을 지급받은 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점보조금을 과세표준에 포함하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 부과제척기간 내인2023.6.21. 2018년 제1기 부가가치세 OOO원에 대한 과세예고통지를 하여 이 건 처분이 적법하다는 의견이나, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호 에서 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날을 국세 부과제척기간의 기산일로 규정하고 있는바, 처분청이 제시한 납부고지서 송달증빙에 의하면 처분청은 2018년 제1기 부가가치세 OOO원에 대한 납부고지서를 2023.9.11. 등기우편을 통하여 청구법인의 사업장 소재지인 ‘00도 00시 OOO’로 송달한 것으로 확인되는데, 이는 2018년 제1기 부가가치세 신고기한(2018.7.25.)으로부터 5년의 국세 부과제척기간이 경과한 후에 이루어진 것으로서 부적법하므로 취소함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3항에 의하여 주문과 같이 결정한다.