5. 사방사업에 소요된 비용
(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 처분청 조사담당자가 2022년 7월 작성한 양도소득세 조사종결보고서에 의하면, 청구인이 쟁점토지 보유기간 동안 실제 경작을 한 사실이 없고 토지 인근 주민에게 토지를 임대하여 농사를 지었으므로 비사업용토지로 판단하였으며, 쟁점용역수수료의 경우 쟁점토지가 취득시부터 양도시까지 어떠한 개발행위가 이루어진 사실 없이 농지상태로 양도되었고, AAA과의 계약 내용을 보면 개발사업 PM업무 용역에 따른 지출로서 사실상 자본적 지출에 해당하지 아니하거나 양도비 등에도 해당하지 아니한다고 판단하여 필요경비 공제대상이 아닌 것으로 판단한 것으로 나타난다. (나) 청구인과 양수법인간에 2021.7.2. 작성한 쟁점토지 부동산매매계약서에 의하면, 제2조(계약의 목적)에 “청구인 소유 부동산인 쟁점토지 전체를 양수법인이 양수하여 공동주택(아파트) 건립을 목적으로 본 매매계약을 체결함을 인지하고 상호협조 하에 계약하기로 한다.”고 되어 있고, 제3조(매매대금 및 지급방법) 제3항에 “청구인과 주식회사 CCC 간에 2019.3.4. 체결한 매매계약은 무효로 하고 계약금 또한 무효로 한다.”고 되어 있으며, 제4조(청구인의 책임과 협조)에 “청구인은 본 계약 체결 후 양수법인 명의로 시행하는 공동주택 사업의 인허가 등에 필요한 제반서류(토지사용승낙서 및 지상권자 동의서 등)를 양수법인 요청시 양수법인에게 제출한다.”고 되어 있고, 제12조의 특약사항 제1항에 “본 계약은 공동주택사업(아파트)을 전제로 계약하는 것으로서 전체사업부지의 토지가 완전 매수(사업부지 전체 필지의 계약)가 이루어져야 본 사업을 진행할 수 있다는 것을 이해하고 상호협조하기로 하며 상호 계약금액, 계약조건에 대하여는 제3자에게 절대 비밀로 한다.”고 되어 있으며, 제4항에서 “청구인은 목적토징에서 2021년도 경작행위를 하지 않기로 한다.”고 되어 있다. 참고로 청구인과 주식회사 CCC 간에 2019.3.4. 체결한 쟁점토지 부동산매매계약서에는 매매대금이 이 건 매매계약서상 금액인 OOO원보다 OOO원이 낮은 OOO원으로 기재되어 있고, 나머지 계약의 목적, 청구인의 책임과 협조, 특약사항 내용은 이 건 매매계약서 기재사항과 동일한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 양수법인과의 쟁점토지 매매계약이 매매일 까지 진행하여 온 쟁점토지의 사업계획승인 등 개발행위 결과물을 포함하여 이루어진 것이므로 쟁점용역수수료는 토지의 가치를 증가시킨 필요경비에 해당한다고 주장하며. 그 증빙으로 청구인과 AAA 간에 2017년 3월 작성한 쟁점용역계약서와 건설기술용역계약서, 주택건설사업계획승인 고시내역, 세금계산서 및 통장거래내역, 쟁점토지 등기사항전부증명서를 제시하였는바, 쟁점용역계약서 업무범위에는 쟁점토지 개발업무 및 사업비 운영 및 관리총괄, 사업전반의 기초자료 수집, 사업계획서 작성, 분양관련 업체의 선정, 청구인의 직위를 사용한 업무협의 및 추진 등 쟁점토지의 개발과 관련된 제반 사항이 기재되어 있고, 쟁점용역계약서 기본사항 5. 계약금액에는 개발업무대행수수료와 개발업무성공수수료의 약정내용, 개발사업의 진행단계에서 쟁점토지를 양도하게 되는 경우를 대비하여 토지매매시 토지매매대금을 기준으로 상기 기준요율을 적용하여 정산하도록 하는 구체적인 용역대가의 산정과 지급사항이 명시되어 있으며, 건설기술용역계약서에는 쟁점토지 토목건축계획 업무의 수행을 위한 기초자료수집 및 분석, 기획설계, 기본계획 및 기본설계 등으로 세분하여 구체적인 업무의 수행에 대하여 약정 계약을 하였고, 건설기술용역계약에 의해 약정된 비용은 쟁점토지의 개발과 관련하여 필수적으로 수반되는 비용으로 개발계획 뿐만 아니라 관공서 개발 심의 등 개발토지의 가치를 증가시키는 모든 행위를 포함하고 있는 것으로 나타나며, 위 <표1>의 주택건설사업계획승인 고시내역에는 OOO시장이 2021.2.25. 쟁점토지가 포함된 OOO 공동주택신축공사에 대하여 주택건설사업계획을 승인(2021.2.23.자)하여 고시한 것으로 나타나고, 위 <표2>의 쟁점토지 등기사항전부증명서의 “갑”구에는 양수법인이 위 OOO 시장의 2021.2.23.자 주택건설사업계획승인을 등기원인으로 “이 토지는 주택법에 따라 입주자를 모집한 토지로서 입주예정자의 동의 없이는 양도하거나 제한물권을 설정하거나 압류, 가압류, 가처분 등 소유권에 제한을 가하는 일체의 행위를 할 수 없음”이라는 내용으로 2021.12.2. 금지사항을 등기한 것으로 나타난다. (라) AAA이 2017년 5월 청구인에게 제시한 견적서에는 쟁점용역계약서에 기재된 업무범위 관련 용역별 세부내용과 각 단가가 기재되어 있고, AAA이 AAA에게 2021.11.24. 교부한 세금계산서에는 공급가액 OOO원, 품목이 쟁점토지 개발사업 PM용역수수료로, 같은 날 교부한 다른 세금계산서에는 공급가액 OOO원, 품목이 쟁점토지 건설기술(설계/감리)용역비로 기재되어 있으며, OOO에서 2021.11.24. 발급한 거래내역 확인증에는 같은 날 청구인의 OOO계좌(OOO)에서 OOO원과 OOO원이 2회에 걸쳐 AAA의 OOO은행 계좌(OOO)로 입금된 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점용역수수료가 토지의 가치를 증가시키는 자본적 지출에 해당한다거나 양도비 등의 범위에 포함된다고 보기 어렵다는 의견이나, 소득세법제97조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제163조 제3항 제3호에서는 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우 이를 양도자산의 필요경비로 본다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점토지를 취득한 이후 개발단계에서 AAA과 작성한 쟁점용역계약서의 업무범위에 쟁점토지 개발업무 전반에 관한 사항이 세부적으로 기재되어 있고, AAA이 청구인에게 제시한 견적서에도 용역별 세부내용과 각 단가가 기재되어 있으며, 2021.11.24. 청구인에게 교부한 세금계산서와 OOO은행 입금내역에 의해 쟁점용역수수료의 지급사실이 확인되는 점, 쟁점토지 매매계약서 제3조(매매대금 및 지급방법) 제3항에 기재된 청구인과 주식회사 CCC 간에 2019.3.4. 체결한 매매계약서의 내용을 보면 매매대금이 이 건 매매계약서의 거래대금인 OOO원보다 OOO원이 낮은 OOO원으로 나타나는 사실에서 쟁점용역계약서에 기술된 용역의 제공으로 인해 쟁점토지의 가치가 상승한 것으로 보이는 점, 쟁점토지 매매계약서 제2조에 정하는 계약의 목적에 청구인 소유 부동산인 쟁점토지 전체를 양수법인이 양수하여 공동주택(아파트) 건립을 목적으로 본 매매계약을 체결함을 인지하고 상호협조 하에 계약하기로 한다고 되어 있고, 양수법인이 쟁점토지 등기사항전부증명서의 “갑”구에 OOO 시장의 2021.2.23.자 주택건설사업계획승인을 등기원인으로 하여 2021.12.2. 금지사항을 등기한 것으로 나타나는 사실에서 양수법인이 쟁점토지 매매계약 당시 토지개발업무 진행사항을 인지하고 계약한 것으로 보이는 점, 건설기술용역계약서를 보면 쟁점토지 토목건축계획 업무의 수행을 위한 기초자료수집 및 분석, 기획설계, 기본계획 및 기본설계 등이 세분되어 있어, 관련 비용은 쟁점토지의 개발과 관련하여 필수적으로 수반되는 비용으로 개발토지의 가치를 증가시키는 것과 직접 연관된 것으로 보이는 점 등에서 쟁점용역수수료는 쟁점토지의 용도변경 등을 위해 지출된 것으로서 그 매매가액에 반영되었다고 보는 것이 합리적이므로, 쟁점토지의 자본적 지출에 해당하거나 쟁점토지의 양도와 관련된 비용으로 보아 쟁점용역수수료를 필요경비로 인정함이 타당하다고 판단된다(조심 2020중387, 2020.5.26. 같은 뜻임).