3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점부동산의 실지취득가액이 불분명하므로, 환산가액을 취득가액으로 보아 양도차익을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
- 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
- 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.
④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 "감정평가법인등"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
(1) 처분청이 제시한 자료를 정리하면 다음과 같다. (가) 청구인은 2003.2.20. 개업(일반과세자)하여, 2021.2.5. 폐업할 때까지 쟁점부동산에서 숙박 및 사우나 등을 운영해왔는데, 쟁점건물의 신축과 관련하여 2002년 제2기부터 2003년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 시공사로부터 합계 OOO원(공급가액 기준)의 세금계산서 5매를 수취하여 매입으로 처리하였다. (나) 청구인은 복식부기의무자(외부조정)로, 2020년 귀속 종합소득세신고 시 제출한 재무상태표상의 쟁점부동산 현황은 다음과 같다. OOO (다) 처분청은 청구인이 쟁점건물을 착공할 때, 관할지방자치단체장(OOO시장)에게 제출한 공사도급계약서(설계ㆍ감리계약서 포함)상의 금액에 취ㆍ등록세를 더하고, 보유기간 중에 (필요경비로) 인식한 감가상각비는 차감하여 쟁점처분가액을 산정하였다. OOO (라) 처분청이 청구인이 신고한 쟁점건물의 환산취득가액을 부인하고, 쟁점처분가액을 실지취득가액으로 판단한 근거는 다음과 같다. OOO
(2) 청구인이 제시한 자료 및 항변을 정리하면 다음과 같다. (가) 청구인과 그 배우자는 쟁점부동산에서 장기간 여관 및 목욕탕 등을 운영하였는데, 신축당시 여러 지출액이 실제로 발생하였음에도 관련증빙 등이 없거나 미비하여 어쩔 수 없이 장부가액은 실지취득가액 전부를 반영하지 못한 채, 과소하게 계상할 수밖에 없었다. (나) 국토교통부가 고시(2017.10.22.)한 건물 1㎡당 표준건축비와 비교해 보면, 쟁점건물의 장부가액은 약 35% 수준에 불과하여, 실지취득가액을 제대로 반영하지 못하고 있음이 확인된다. OOO (다) 또한, 통상적으로 부동산의 기준시가는 실지취득가액 보다 낮게 산정되는 것이 일반적인데, 취득당시 쟁점건물의 기준시가는 OOO원으로 산정되는데, 오히려 쟁점건물의 장부가액(OOO원)이 그 보다 약 19% 정도가 낮은 상황이다. (라) 청구인은 쟁점토지는 자기자금으로 취득하였으나, 쟁점건물은 신축할 자금여력이 없어, (쟁점건물의 준공을 전제로) 쟁점부동산을 담보로 은행으로부터 OOO원을 대출금으로 조달하였는데, 당시 쟁점부동산에 설정된 근저당액은 OOO원으로, 쟁점부동산의 장부가액(OOO원)과 비교하면, 쟁점건물의 장부가액이 현실을 제대로 반영하지 못하고 있음을 알 수 있다. (마) 청구인은 쟁점건물의 신축자금을 은행대출로 조달할 만큼 자금여력이 넉넉하지 않아, 지출최소화를 위해 대규모공사 외에 작은 공사들(엘리베이터, 오폐수 정화비용, 심야전기 온수탱크, 도시가스 배관공사, 간판, 지하가스보일러 등)의 경우, 영세업자 또는 미등록기술자들에게 의뢰하였고, 그 지출액이 실제 약 OOO원에 이르는데도, 세금계산서 등은 수수할 수 없었던 사정이 있다. (바) 장부가액은 향후 종합소득세 신고 시 필요경비(감가상각비)로 인식할 부분이어서, 반드시 객관적 증빙을 보유한 가액으로 한정할 수밖에 없었지만, 양도소득세 취득가액은 비록 증빙을 갖추지 못했더라도 실체적인 사실관계에 비추어, 장부에 계상된 금액과 실지취득가액에 상당한 차이가 있다고 인정되면, 취득가액이 불분명한 상황으로 보아 환산(취득)가액을 적용함이 타당하다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 실지취득가액을 확인할 수 없어, 환산가액을 취득가액으로 신고한 것이라며 적법하다고 주장하나, 양도소득세의 과세대상이 되는 양도차익은 실거래가액에 근거하여 산정함이 원칙으로, 환산가액은 실거래가액을 확인할 수 없는 데 정당한 사정이 있는 경우 등에 한하여 제한적으로 적용되어야 할 것인바(조심 2018중3199, 2018.11.16. 외 다수, 같은 뜻임), 이 사건 쟁점건물은 청구인이 직접 신축한 것으로, 착공 및 준공 당시 청구인이 관할시청에 제출한 서류 등을 통해 관련된 공사대금과 취․등록세 등 납부사실이 확인되고, 특히 청구인이 기장의무가 있는 사업자로서 쟁점부동산을 취득하면서 장부에 기재하여 보유하던 중 장기간 감가상각을 해 왔던 점까지 종합하면, 특별한 사정이 없는 한, 그 장부가액을 쟁점건물의 취득가액으로 봄이 합리적이라 할 것이고, 그와 달리 쟁점건물의 실지취득가액을 확인할 수 없는데 정당하거나 불가피한 사정이 있었다고 인정하기 곤란한 점, 청구인은 장부가액에는 쟁점부동산을 취득하기 위해 실제로 지출한 금액 중 상당부분이 누락되었다고도 주장하나, 장부 및 거래증빙의 보관은 납세자(특히 기장의무가 있는 사업자의 경우 더욱 그러하다)에게 부여된 기본적 의무로 봄이 타당한바, 청구인이 관련 지출에 대한 적격증빙 등을 제시하지 않는 한 그 부분 주장 또한 받아들이기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고, 장부가액 등을 기초로 산정한 쟁점처분가액을 쟁점건물의 실지취득가액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.