쟁점①·②토지를 사실상 1회에 양도하였는지 여부

[주 문] OOO세무서장이 2022.11.7. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2020.12.29. AAA, BBB, CCC, DDD(이하 “매수자①”이라 한다)에게 OOO, 임야 2,338㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다)를 매매가액 OOO원으로, 잔금지급일을 2021.1.20.로 하여 양도하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 2020.12.31. 매수자①에게 소유권이전등기를 경료하였으며, 2021.2.1. 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다) OOO원을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세를 신고하였고, 2021.1.20. AAA, BBB, CCC, DDD, EEE(이하 “매수자②”라 한다)에게 OOO 전 3,395㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고 쟁점토지①과 합하여 이하 “쟁점토지들”이라 한다)를 매매가액 OOO원으로, 잔금지급일을 2021.1.25.로 하여 양도하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 2021.1.27. 매수자②에게 소유권이전등기를 경료하였으며, 2021.2.26. 쟁점감면 OOO원을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다.
• 나. 처분청은 2022.8.17.∼2022.9.5. 세무조사를 실시하여 쟁점토지들의 매매거래를 사실상 하나의 거래로서 모두 2021년도에 양도한 것으로 판단하여 쟁점토지①의 2020년 귀속 양도소득세를 취소하고, 2021년 귀속 양도소득세에 대해 자경농지감면한도 OOO원을 적용하여 2022.11.7. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.1.31. 이의신청을 거쳐 2023.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 당초 매수인①에게 쟁점토지①을 양도하기로 하고 2020.12.29. 매매계약을 체결하였으나, 이후 매수인①은 쟁점토지②도 함께 매입하고 싶다는 의사를 밝히면서, 쟁점토지②를 매수할 자금이 부족하여 쟁점토지①의 소유권이전등기를 먼저 경료하여 주면, 금융기관으로부터 대출을 실행하여 쟁점토지②를 매수하겠다고 제안하였는바, 청구인은 이를 수용하였고, 2020.12.31. 매수인①로부터 쟁점토지②에 대한 가계약금 OOO원을 지급받고 쟁점토지①의 소유권이전등기를 경료하여 주었으며, 쟁점토지①의 잔금에 대하여는 채무변제확인서를 작성하였다. 그러나 쟁점토지①을 담보로 한 매수인①의 금융기관 대출시도는 금융기관의 거부로 무산되었고, 잔금지급을 위한 자금이 부족하였던 매수인①은 공동매수인 EEE을 추가로 영입하여 쟁점토지②를 매입하게 된 것이다. 이처럼 청구인의 쟁점토지② 가계약금의 수취 및 채무변제확인서 작성, 공동매수인 EEE의 추가 영입 등 객관적인 사실에 의하여 쟁점토지①의 소유권이전등기를 조기에 경료할 수밖에 없는 불가피한 사정이 입증됨에도, 처분청은 청구인이 양도소득세를 회피하기 위하여 가장거래를 한 것으로 보아 이 건 양도소득세 부과처분을 하였다. 쟁점토지들은 양도시점에 임박하여 하나의 필지를 분필하는 등 임의적 변경행위 등을 통해 분리하였다거나, 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 처음부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 공동매수자들의 자금사정에 따라 잔금의 지급시기만 달리 정한 것에 불과하고, 하나의 계약서를 작성하거나 처음부터 하나의 거래로 인식하지도 아니하였으며 쟁점토지들의 양도시기 현재 공동매수자들은 일부가 중첩되어 있지만 엄연히 그 구성원이 일치하지 않아 법률관계상 하나의 거래가 될 수도 없으므로 쟁점토지들 양도거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 최초 청구인의 계좌에 입금된 OOO원이 쟁점토지들 전체 거래금액의 10%로서 통상적인 부동산 거래에서 나타나는 계약금의 비율로 보면 쟁점토지들 전체의 계약금으로 판단되는 점, 매수인②와 특수관계가 아님에도 쟁점토지②의 가계약금 OOO원만 수령한 상태에서 쟁점토지①의 잔금 OOO원을 수령하기 전에 소유권을 매수인①의 명의로 이전하여 주고 잔금을 별다른 조치없이 금전소비대차로 변경하는 등 쟁점토지①의 잔금을 지급받지 못할 위험과 쟁점토지②의 계약해제(계약금만 지급한 상태에서는 매수인은 계약금을 포기하고 즉시 계약해제가 가능하므로)의 위험에 대한 별다른 조치가 없는 등 일반적이지 않은 매매방식을 취하고 있는 점, 매수인①(4인)과 매수인②(5인)의 구성이 다르나 결국 매수인 중 특수관계자(자매) 1인을 추가하여 쟁점토지들의 최종 양도일인 2021.1.27. 기준으로 쟁점토지들의 매수인 구성 및 비율이 같아진 점, 쟁점토지②의 매매에 대한 논의가 없던 쟁점토지①의 계약시점에 계약서의 특약사항에 이미 쟁점토지②에 대한 손실보상금 지급에 대한 확약서를 작성한 점으로 볼 때 이 건 거래는 양도소득세를 부당하게 감면받기 위해 가장의 거래를 개입시킨 것으로 세법상 실질과세의 원칙을 적용하여 하나의 거래로 본 당해 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지들의 양도를 하나의 거래로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원으로 적용한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

(2) 소득세법 제5조【과세기간】① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

(3) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(4) 조세특례제한법 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(5) 민법 제703조【조합의 의의】 ① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다. 제704조【조합재산의 합유】 조합원의 출자 기타 조합재산은 조합원의 합유로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지들의 등기사항전부증명서의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점토지① 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 2020.12.29. 매매를 원인으로 2020.12.31. 쟁점토지①의 소유권을 AAA 외 3명에게 이전등기한 것으로 확인된다. (나) 쟁점토지② 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 2021.1.20. 매매를 원인으로 2021.1.27. 쟁점토지②의 소유권을 AAA 외 4명에게 이전등기한 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지들 매수인 및 일자별 지분변동 내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 쟁점토지들의 매수인 및 일자별 지분변동 내역 OOO

(2) 쟁점토지들은 2020.12.18. OOO시장의 토지이동신청에 따라 아래 ＜표2＞와 같이 모번지로부터 일부 분할되어 지번이 신규부여된 것으로 나타난다. ＜표2＞ 쟁점토지들 분할 내역 OOO

(3) 처분청은 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점토지②의 ㎡당 공시지가가 훨씬 높음에도 실지거래가액은 이를 반영하지 않았으므로 사실상 하나의 거래라는 의견이나, 청구인은 쟁점토지들의 매매가액은 OOO에서 감정평가법인에 의뢰(가격시점 2020.12.15.)하여 감정한 가액에 비추어 보더라도 적정하다고 주장하면서 쟁점토지들 감정평가서를 제출한바, 쟁점토지들 감정평가액과 매매가액을 비교하면 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표3＞ 쟁점토지들의 공시지가 및 실거래가 비교 OOO ＜표4＞ 쟁점토지들 감정평가액과 매매가액 비교 OOO

(4) 쟁점토지① 매매계약서에 의하면 계약일자는 2020.12.29., 잔금일자는 2021.1.20.이고 매수자는 매수자①이며 특약사항에 ‘3. 매수자는 소유권이전 후에도 매매 토지에 대한 지료는 매도인에게 청구하지 않는다(별도 이행확약서 첨부함)’, ‘4. 금번 매매계약은 매매 지상에 식재된 수목은 제외한 토지만 매매 계약임’, ‘5. 향후 공익사업에서 발생되는 농업손실에 대한 보상금은 매도인(실제경작자)에게 귀속된다.’ 등이 기재되어 있고, 쟁점토지② 매매계약서에 의하면 계약일자는 2021.1.20., 잔금일자는 2021.1.27.이며, 매수자는 매수자②이고, 특약사항에 ‘2. 매수인은 소유권이전 후에도 매매 토지에 대한 지료나 점용료를 매도인에게 청구하지 않는다.’, ‘3. 매수인은 향후 공익사업의 시행으로 발생되는 농업손실에 대한 영농보상비는 매도인(실제경작자)에게 지급되도록 적극 협조한다.’ 등이 기재되어 있다.

(5) 쟁점토지들 거래 관련 대금 지급내역은 아래 ＜표5＞와 같고, 처분청은 2020.12.31. 청구인이 지급받은 OOO원이 쟁점토지들 매매대금 합계의 10%에 상당하는 금액이므로 쟁점토지들 전체 거래대금의 계약금으로 봄이 타당한바, 쟁점토지들의 거래를 하나의 매매거래로 보아야 한다는 의견이며, 청구인은 2020.12.31. 청구인이 지급받은 OOO원에 대하여 청구인은 당초 쟁점토지①만 계약하려다 쟁점토지②까지 구입하려는 매수인과의 합의로 쟁점토지②의 가계약금을 수취한 후 쟁점토지①의 잔금을 소비대차로 전환하고 소유권이전 등기하는 것에 합의한 것이라고 주장하면서, 채무변제확인서(국도주와 매수자① 간에 작성된 것으로 채무금액은 OOO원, 변제완료약속일자는 2021.1.20.이고, 이자에 대한 별도의 약정내용은 없음)를 제출하였다. ＜표5＞ 쟁점토지들 거래 관련 대금 지급내역 OOO

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지들의 양도를 하나의 거래로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 OOO원으로 적용하여야 한다는 의견이나, 납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이며, 실질과세원칙에 따라 특정 거래행위를 조세회피행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것인바(대법원 1991.5.14. 선고 90누3027 판결, 대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결 등 같은 뜻임), 이 건과 같이 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 법적 실질과세원칙에 위배되어 부당하다고 보이는 점, 청구인은 구성이 동일하지 아니한 공동매수자인 매수자① 및 매수자②와 각각 매매계약을 체결하고 쟁점토지들을 양도하였고, 청구인이 양도시점에 임박하여 쟁점토지들을 분필 등 임의적 변경행위 등을 통해 분리하였다거나 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 당초부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 소유권이전 시기만 달리 한 것이며, 2020.12.29. 매수자①과 쟁점토지①에 대한 매매계약을 체결한 후 2020.12.31. 쟁점토지②의 가계약금을 수취하고 쟁점토지①의 소유권이전등기를 경료한 사실, 쟁점토지②의 매매계약시 공동매수인에 EEE이 추가된 사실 등에 비추어 공동매수자들의 자금사정으로 인하여 쟁점토지①의 소유권이전등기를 조기에 경료하여 줄 수밖에 없었다는 청구주장에 신빙성이 있는 반면, 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매하면서 소유권이전등기일을 달리하였다는 사정과 처분청이 제시한 정황증거 등만으로 여기에 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지①과 쟁점토지②의 거래형식을 부인하고 하나의 양도거래로 보아 1과세기간의 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.