조세심판원 심판청구 양도소득세

과세기간을 달리하여 쟁점농지를 2회로 나누어 양도한 것을 하나의 거래로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 적용하여 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2023-광-6785 선고일 2023.06.07

과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 이루어진 계약형식이나 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 실질과세의 원칙에 위배한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점거래를 하나의 거래로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

[주 문] OOO서장이 2022.11.7. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2016.11.18. 상속을 원인으로 취득한 OOO 답 2,645㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 각각의 매매계약에 따라 2018.8.6. AAA(이하 “양수인①”이라 한다)에게 지분 2분의 1을 OOO원에, 2019.1.3. AAA와 자매관계에 있는 BBB(이하 “양수인②”라 하고, 양수인①과 합하여 “양수인들”이라 한다)에게 나머지 지분 2분의 1을 OOO원에 양도하였고(이하 거래의 순서에 따라 각각 “1차거래”, “2차거래”라 하고, 두 거래를 합하여 “쟁점거래”라 한다), 2018년 및 2019년 각 연도별로 조세특례제한법 제69조 에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.
  • 나. 처분청은 2022.8.18.부터 2022.9.6.까지 청구인에 대한 양도소득세를 조사한 결과, 청구인이 양도소득세 감면한도액과 누진세율을 회피하기 위해 형식적으로 지분을 분할하여 거래한 것으로 보고 국세기본법 제14조 제3항 에 따라 하나의 양도로 보아 2022.11.7. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.2.3. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 아래와 같은 매매경위를 고려할 때 쟁점거래를 가장행위로 볼 수 없다. (가) 청구인은 2016.11.18. 쟁점농지를 상속할 당시에 주식회사 CCC에 재직 중이었고, 직접 경작하기 어려워 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 받으려면 조세특례제한법 시행령 제66조 제12항 에 따라 상속일로부터 3년 이내에 양도해야 하므로 매매를 추진하였다. (나) 그러나 쟁점농지의 면적(2,645㎡)이 크고 거래금액이 고액이라 1년 이상 매수자가 나타나지 않았고, 그러던 중 부동산중개사무소에서 분할매각을 제안하여 진행하게 되었다. (다) 청구인은 양수인①과 쟁점농지를 분할하여 매매하기로 하고 가격협상을 진행하였고, 매매계약서 작성 당일 양수인②의 배우자가 나머지 지분 2분의 1에 대한 매수의사를 나타내었으나, 양수인②의 배우자가 건설업을 영위하고 있어 연말까지 자금을 마련할 수 없다고 하여 2019년 1월에 잔금을 수수하기로 합의한 것이다.

(2) 양수인들은 서로 다른 경제주체이므로 각 거래는 별개의 거래로 인정되어야 한다. (가) 처분청은 양수인②가 2018년 8월경 잔금을 납부할 능력이 있었음에도 특별한 사정없이 해를 넘겨 청산하였다는 의견이나, 이는 납세자의 경제적 상황 및 자금 활용 사정을 과세관청이 자의적으로 판단하는 것이다. (나) 2차거래의 경우 양수인②의 배우자가 운영 중인 법인의 연말 자본금을 맞추기 위해 1차거래와 달리 가등기 및 근저당 설정에 관한 특약사항을 추가하기도 하였다. (다) 처분청은 양수인들이 공동소유했던 인근토지와 관련하여서는 지분관계를 가진 별도의 경제적 주체임을 인정하면서도 쟁점거래에 대해서만 가장행위로 보고 있으므로 이는 타당하지 아니하다. (라) 청구인은 상속재산에 대하여 양도소득세 감면적용을 위해 부득이하게 분할매매를 선택하였고, 각각의 거래는 계약의 당사자, 조건, 이행 및 권리․의무관계가 서로 다른 별도의 거래이며, 각각 소유권이전 등기접수하였는바, 이와 같이 서로 다른 경제주체가 당사자 간 자유로운 의사에 따라 거래한 것을 부정하는 것은 민법상 사적자치의 원칙과 계약자유의 원칙을 침해하는 것이다.

(3) 처분청은 쟁점거래 후에 양수인들이 쟁점농지를 분필하거나 서로 다른 목적으로 사용하지 않았다는 점을 과세근거로 제시하고 있으나 이 또한 자의적인 의견에 불과하다. (가) 양수인들은 쟁점농지를 매수하기 이전에도 인근토지를 공동소유하였고, 이를 분필하지 않고 보유하다가 매도하였다. (나) 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하고(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결 참조), 설령 그것이 과중한 세금의 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 하며, 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어야 한다(대법원 1999.11.9. 선고 98두14082 판결 참조). (다) 처분청은 계약체결의 경위와 목적, 당사자의 의사 등에 대해 양수인들에 대한 어떠한 조사도 없이 막연한 추정에 근거하여 쟁점거래를 부인하고 있으므로 이는 실질과세의 원칙에 위배된다. (라) 국세청 유권해석에서도 1필지의 농지를 지분을 분할하여 양도연도를 달리하는 경우에 각각의 과세기간에 따라 양도소득세 감면의 한도를 적용하는 것으로 회신하고 있고(국세청 서면 2015부동산-0339, 2015.7.14.), 국세청에서 발간한 세금절약가이드에서도 “두 건 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도시기를 조절하면 세부담을 줄일 수 있다”고 설명하고 있다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래는 양도소득세 감면한도를 회피하기 위한 가장행위이므로 하나의 거래로 보아 최종 잔금청산일에 일괄 양도된 것으로 보아야 한다. (가) 여러 당사자 사이에서 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약 체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2003.5.16. 선고 2000다54659 판결 참조). (나) 양수인들은 자매관계로, 같은 날에 같은 공인중개사의 입회하에 매매계약서를 작성하였고, 계약금 각 OOO원 합계 OOO원도 양수인②의 계좌에서 청구인의 계좌로 이체되었으며, 거래 전후 상황을 고려할 때 1차거래 당시에 잔금을 청산할 수 있었음에도 특별한 사정없이 그 다음 해에 잔금을 청산한 것이다. (다) 양수인들은 쟁점거래 후에도 쟁점농지를 지분비율대로 분필하거나 각각 다른 목적으로 사용하지 않고 같은 필지에서 농지로 사용하고 있는바, 결국 쟁점거래는 청구인이 단순히 양도소득세 감면한도 또는 누진세율을 회피하기 위해 분할한 거래이다.

(2) 청구인은 양수인②의 사정으로 인해 잔금지급시기를 조정하였다고 하나 이는 사실과 다르며, 양수인② 또한 1차거래의 잔금청산일에 잔금을 청산할 수 있었다. (가) 양수인들은 쟁점농지를 매수하기 전에 공동소유하고 있던 인근 토지를 매매하면서 2018.8.3. 각각 OOO원을 수령하였고, 그에 따라 양수인①은 2018.8.6. 쟁점농지에 대한 잔금 OOO원을 정산하였는바, 양수인② 또한 당시에 이를 정산할 수 있었음에도 해를 넘겨 2019.1.3. 잔금을 지급한 것이다. (나) 처분청이 양수인②에게 확인한 결과, 2차거래는 양수인②의 배우자가 실질적으로 거래하였지만 기존 토지를 매각하고 잔금 OOO원을 수령하였으므로 잔금지급을 늦출 이유가 없었다고 유선상으로 확인하였다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 과세기간을 달리하여 쟁점농지를 2회로 나누어 양도한 것을 하나의 거래로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 적용하여 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략) 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (3) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑫ 제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.

1. 택지개발촉진법 제3조 에 따라 지정된 택지개발지구

2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조 ㆍ제7조ㆍ제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지

3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역

(4) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (5) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1차거래 및 2차거래의 양도소득에 대하여 아래 <표1>과 같이 신고하였는바, 과세기간을 달리하여 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지 감면을 각각 적용하였고, 처분청은 하나의 거래로 보아 최종 잔금지급일이 속하는 2019년을 과세기간으로 하여 2022.11.7. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. <표1> 양도소득세 신고 및 경정내용 OOO

(2) 쟁점거래에 대한 매매계약의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구인과 양수인들은 아래 <표2>와 같이 2018.5.27. 각각 매매계약을 체결하였고, 잔금지급일을 달리한 것으로 확인된다. <표2> 매매계약의 주요내용 OOO (나) 2차거래의 매매계약에 의하면 아래와 같이 1차거래와 달리 가등기와 근저당 설정에 관한 약정이 확인되는바, 청구인은 양수인②의 자금사정을 고려하여 특약사항을 추가한 것이며 잔금지급일을 정한 것이라고 주장한다. <쟁점거래 매매계약서상 특약사항> OOO

(3) 처분청은 아래 <표3>과 같이 매매대금 수수내역을 제시하였는바, 1차거래의 계약금을 양수인②가 송금하였으므로 정상거래로 보기 어렵다는 의견인 반면, 청구인은 양수인들이 어떤 계좌에서 송금하였는지 알지 못하므로 이를 이유로 가장행위라고 단정하는 것은 부당하며 청구인의 계좌에는 양수인①․②가 구분표시되었다고 주장한다. <표3> 매매대금 수수내역 OOO

(4) 쟁점농지의 등기사항전부증명서에 의하면, 양수인들은 2018.8.7. 및 2019.1.7.에 각각 쟁점농지의 지분 2분의 1에 대한 소유권이전등기를 접수한 것으로 나타난다.

(5) 청구인은 아래와 같이 쟁점거래를 중개한 공인중개사의 확인서를 제시하였는바, 양수인들이 각각 거래한 사정이 확인된다고 주장한다. <공인중개사의 확인서(2023.1.26.)> OOO

(6) 양수인들은 2010.1.29. OOO의 지분 2분의 1을 각 취득한 후, 2018.8.3. 양도하였는바, 처분청은 양수인들이 2018년 8월경 위 토지의 양도대금으로 쟁점농지의 잔금을 지급할 수 있었다는 의견이다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 국세기본법 제14조 제3항 은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”라고 규정하고 있다. 국세기본법 제14조 제3항 을 둔 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이지만, 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 또한 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상 뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 그 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결, 같은 뜻임). 처분청은 청구인이 양도소득세를 부당하게 감면받고자 의도적으로 쟁점거래를 분할하여 거래하였다는 의견이나, 쟁점거래의 양수인들은 특수관계에 있기는 하나 경제적으로 독립된 주체이고, 각자의 자금으로 쟁점농지의 지분을 양수한 것으로 보이며, 처분청에서도 명의신탁 등 토지소유자가 한명이라는 점에 대하여는 주장하고 있지 아니하므로 1차거래 및 2차거래의 법률관계를 부인하기는 어려운 점, 소득세법 제98조 에서 해당 자산의 대금을 청산한 날을 그 자산의 양도시기로 본다고 하고 있는바, 1차 거래는 2018.8.6., 2차 거래는 2019.1.3. 잔금이 청산된 것으로 나타나므로 과세기간을 달리하고 있고, 반면 처분청은 청구인이 과세기간을 달리하여 잔금을 지급받았다는 사실 외에 조세회피 의도에 대한 입증이 없는 점, 청구인의 경우 쟁점농지를 상속할 당시에 다른 직업이 있었으므로 자경농지에 따른 양도소득세 감면을 받고자 거래를 서둘렀다는 주장에 개연성이 있고, 양수인들의 경우 각자의 자금사정을 고려하여 잔금지급일을 정하여 거래하였다는 사정이 매매계약서의 특약사항 및 공인중개사의 확인서에서 나타나는 점, 이 건에서 청구인과 양수인들 어느 일방이 거래를 통제․가장할 수 있는 것으로 보이지 아니하고, 과세기간을 달리하여 분할거래하는 과정에서 손실 등의 위험을 부담하게 되는바, 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 이루어진 계약형식이나 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 실질과세의 원칙에 위배한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점거래를 하나의 거래로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)