적법한 심판청구인지 여부(심판청구대상 처분)

[주 문] 심판청구를 각하한다.

[이 유] 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 살펴본다.

1. 관련 법령 등 (가) 국세기본법 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

⑨ 동일한 처분에 대해서는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없다 (나) 부가가치세법(2022.12.31. 법률 제19194호로 개정되기 전의 것) 제35조(수입세금계산서) ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약에 따른 관세협력이사회나 관세법에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우
• 나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우
• 다. 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

③ 수입하는 자는 제2항에도 불구하고 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 아니하는 경우 국세기본법 제26조의2 제1항이나 같은 조 제6항 제1호에 따른 기간 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장에게 수정수입세금계산서의 발급을 신청할 수 있다.

④ 제2항에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (다) 부가가치세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33271호로 개정되기 전의 것) 제72조(수입세금계산서) ① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다. 이 경우 법 제50조의2 제1항에 따라 부가가치세 납부가 유예되는 때에는 수입세금계산서에 부가가치세 납부유예 표시를 하여 발급한다.

② 세관장은 관세법에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조 제2항, 제38조의2 제1항ㆍ제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법 제38조의3 제1항에 따른 수정신고를 하는 경우에는 법 제35조 제2항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당할 때에만 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

③ 법 제35조 제2항 제2호 각 목 외의 부분에서 “세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

④ 법 제35조 제2항 제2호 다목에서 “수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 관세법 제9조 제2항에 따라 수입신고가 수리되기 전에 수입자가 세액을 납부한 경우로서 같은 항에 따른 수입신고가 수리되기 전에 해당 세액에 대하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

2. 수입자의 귀책사유 없이 관세법 등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성ㆍ제출되었음이 확인된 경우

3. 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제36조 제2항에 따라 가산세의 전부를 징수하지 아니하는 경우

4. 관세법 제37조에 따른 사전심사에 따라 통보된 과세가격 결정방법을 적용하여 수입자가 수정신고하거나 세관장이 경정하는 경우

5. 관세법 제38조 제2항 단서에 따라 수입신고를 수리하기 전에 세액을 심사하는 물품에 대하여 감면대상 및 감면율을 잘못 적용한 경우

6. 수입자가 수입물품의 거래조건 또는 해당 거래와 관련된 회계처리기준 및 방법 등이 변경된 것을 반영하지 못하여 일부 수입신고에 오류가 발생한 경우로서 수입자가 그 밖의 수입신고에 대해서는 과세표준 및 세액을 적정하게 신고한 것이 관세법 제110조 제2항 제2호에 따른 관세조사 결과 확인되는 경우

7. 수입자가 거래가격에 관세법 제30조 제1항 각 호의 금액(이하 이 호에서 “가산요소”라 한다)을 포함하지 않은 경우로서 해당 가산요소를 거래가격에 포함하려면 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우

8. 수입자가 관세법 제30조 제3항 각 호의 사유가 있어 같은 법 제31조부터 제35조까지의 규정에 따른 방법으로 과세가격을 신고해야 하는 경우로서 수입자가 해당 사유를 인식하는 데에 상당한 지식과 주의가 요구되어 수입자의 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우

9. 제1호부터 제8호까지에서 규정한 사항 외에 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 (라) 수입세금계산서 교부에 관한 고시(관세청 고시 제2014-52호, 2014.5.20.) 제3조(수입세금계산서의 수정교부) ① 세관장은 수입세금계산서를 교부한 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 수입세금계산서를 수정하여 교부하여야 한다.

1. 수입신고서의 납세의무자를 착오로 잘못 신고하여 변경하는 경우

2. 법인합병으로 인한 납세의무의 승계로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우

3. 수입물품이여신전문금융업법에 따른 대여시설물품으로서 수입신고서의 납세의무자와 대여시설이용자가 다른 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지에 준하는 정정사유가 있다고 세관장이 인정하는 경우

② 제1항에 따라 수입세금계산서를 수정교부 받으려는 자는 별지 제2호 서식의 수입세금계산서 수정교부 신청서를 원래의 수입세금계산서를 교부한 세관장에게 제출하여야 하며, 신청서류는 우편으로 제출할 수 있다.

③ 세관장은 제2항에 따른 신청을 받으면 다음 각 호의 방법으로 수정수입세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 추가되는 금액은 정(+)의 세금계산서를 교부하고, 차감되는 금액은 부(-)의 세금계산서를 교부한다.

2. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에는 당초 작성일자로 공급가액과 세액 앞에 각각 부(-)표시한 수입세금계산서와 기재사항을 정정한 수정수입세금계산서를 함께 교부한다.

④ 세관장은 제5조의 일괄수입세금계산서 또는 제5조의2의 월별납부서단위의 수입세금계산서를 수정하려는 경우에는 개별수입세금계산서를 수정한 후 정정된 일괄수입세금계산서 또는 월별납부서단위의 수입세금계산서를 교부한다.

2. 사실관계 및 판단

• 가. 청구법인은 반도체 제조에 사용되는 특수가스 제조 및 수입판매를 영업목적으로 OOO 외국인 투자기업으로서 수입물품의 50%이상을 특수관계자인 OOO(미국, 이하 ‘A’라 한다) 등으로부터 수입하여 판매하고 있고, 상위 지배회사인 ‘A’가 청구법인의 지분을 100% 소유하고 있으며, 최상위 지배회사로는 OOO(일본)이 있다.
• 나. 청구법인은 디보란(B2H₆), 암모니아(NH3) 등과 같은 특수가스와 특수가스를 담는 전용 ‘용기’를 반복적으로 미국 본사 또는 중국 등지에 수출·입하면서 전용 용기에 대해 관세법 제97조에 의한 재수출 면세 및 같은 법 제99조에 의한 재수입 면세로 수입하고 있다.
• 다. 서울세관장은 2022.5.9.부터 2022.6.7.까지 청구법인에 대하여 관세조사를 실시하였으나, 청구법인이 관련 자료를 제출하지 않아 계속하여 조사를 종료하지 못하여, 2022.8.18. 청구법인에게 ‘기업심사 중지’를 통보한 후, 2023.3.13. 관세조사를 재개하여 조사한 결과, 청구법인은 재수출 면세를 받아 수입한 용기에 대하여 사후관리를 부실하게 하거나 아예 관리하지 않는 등의 중대한 문제점을 적발하였고, 또한 재수출 면세로 수입된 용기에 대하여 재수출 이행보고 등을 하기 위해 고의로 실제 수출한 용기번호 대신 다른 용기번호를 기재하여 허위로 수출신고를 한 후, 서울세관장에 허위 재수출 이행보고를 한 사실 등과 재수출 면세를 받은 수입물품 용기를 세관장 승인 없이 용도외로 사용한 사실 등도 확인하였다.
• 라. 이에 서울세관장은 청구법인이 수입신고 이전뿐만 아니라 감면신청 시에도 관세법상 감면규정을 준수할 의사가 전혀 없다고 판단하여, 청구법인이 자료 제출 등을 통하여 소명한 수입신고 건을 제외하고, ① 감면 부적정 및 용도외 사용을 사유로 2023.4.3. 과세전통지를 하려는 날로부터 3월 이내에 관세부과 제척기간이 만료되는 수입신고에 대해 관세 등 합계 OOO원을 경정처분(이하 ‘경정처분①’이라 한다) 하였고, ② 부정감면 등을 사유로 관세 등 합계 OOO원의 과세전통지를 하였다.
• 마. 청구법인은 2023.4.17. 위 과세전통지에 대하여 조기경정신청을 하였고, 서울세관장은 2023.4.18. 부정감면을 사유로 관세 등 합계 OOO원의 경정처분(이하 ‘경정처분②’라 한다)을 하였으며, 2023.5.3.에는 감면 부적정으로 판단된 나머지 수입신고 건에 대하여 관세 등 합계 OOO원의 경정처분(이하 ‘경정처분③’이라 한다)하였다.
• 바. 청구법인은 2023.6.13., 2023.6.14. 및 2023.6.21. 아래 ＜표3＞과 같이 통관지세관장에게 기 납부한 부가가치세 OOO원에 대한 수정수입세금계산서 발급을 각각 신청하였으나, 통관지세관장은 2023.6.26. 및 2023.6.30. 수정수입세금계산서 발급 신청을 각각 거부(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.
• 사. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.29. 및 2023.6.30. 각각 심판청구를 제기하였다.
• 아. 한편, 청구법인은 2023.8.28. 서울세관장에게 부정감면 경정(경정처분②) 수입신고건(451건, 부가가치세 합계 OOO원)에 대한 수정수입세금계산서 발급신청을 다시 하였으나, 2023.9.7. 서울세관장은 이를 거부하여, 청구법인은 2023.9.27. 심판청구를 제기하였다.
• 자. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법 제35조 제1항에 따르면 수입세금계산서는 세관장이 부가가치세를 징수할 때 발급한다고 규정하고 있으므로, 경정․고지한 부가가치세에 대한 수정수입세금계산서의 발급 신청은 쟁점물품의 통관지세관장이 아니라 경정․고지한 서울세관장에게 발급신청하는 것이 타당해 보이는 점, “수입세금계산서 교부에 관한 고시” 제3조 제2항에서 수입세금계산서를 수정교부 받으려는 자는 수입세금계산서 수정교부 신청서를 원래의 수입세금계산서를 교부한 세관장에게 제출토록 규정하고 있는 점, 청구법인은 통관지세관장에게 위 ＜표3＞과 같이 해당 세관에서 통관한 것을 구분하여 수입신고 451건 전체에 대하여 각각 수정수입세금계산서 발급신청을 하였고, 이와 별도로 부가가치세를 경정ㆍ고지한 서울세관장에게도 경정ㆍ고지금액 전체에 대하여 수정수입세금계산서 발급신청을 하여 통관지세관장에 대한 이 건 심판청구를 각하하더라도 청구법인에게 아무런 불이익이 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 통관지세관장을 대상으로 제기한 이 건 심판청구는 불복대상인 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

3. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 관세법제131조와 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.