[요지] 병원 내에 위치한 쟁점부동산은 의과대학 부속병원의 부수시설로서 청구법인의 부속병원은 건축물대장상 의료시설로 분류되어 있고, 심리일 현재 종합병원으로 계속 운용되고 있는 점 등에서 학교용이라기보다는 의료용으로 사용되고 있다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.
[요지] 병원 내에 위치한 쟁점부동산은 의과대학 부속병원의 부수시설로서 청구법인의 부속병원은 건축물대장상 의료시설로 분류되어 있고, 심리일 현재 종합병원으로 계속 운용되고 있는 점 등에서 학교용이라기보다는 의료용으로 사용되고 있다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.
[참조결정] 조심2018지3273 / 조심2020지0429 / 조심2016지0609 / 조심2022지0133
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 의과대학 부속병원은 본질적으로 학교 등이 교육사업에 직접 사용하는 부동산이다. 사립대학의 의과대학 부속병원은 교육 관련 법령에서 의무적으로 설치하도록 규정하는 교사(校舍)이며, 재산권 행사가 제한되고 엄격하게 관리되는 교육용 기본재산으로서 교육기관의 본질적 특성을 가지고 있다. (가) 의과대학 부속병원에 대한 교육 관련 규정 사립학교법과대학 설립·운영 규정은 의과대학 부속병원에 대하여 교육용 기본재산 중 교사로 구분하고 있고, 부속병원의 회계는 교비회계와 함께 학교회계를 구성하는 부속병원회계로 규정하고 있으므로, 교육목적 사용을 위한 교비회계 또는 법인일반회계로의 자금 전출 외에는 자금을 외부로 유출할 수 없다. 또한 학교법인이 그 기본재산에 대하여 의무를 부담하거나 권리를 포기하려는 경우에는 관할청의 허가를 받아야 하고, 특히 부속병원과 같은 교사는 학교법인이 매도하거나 담보로 제공할 수 없는 재산에 해당한다. 한편전공의의 수련환경 개선 및 지위 향상을 위한 법률(이하 “전공의지위향상법”이라 한다)은 전공의와 지도전문의가 교육 당사자임을 분명히 하고 수련병원을 이러한 도제식 의료 전문 교육이 이루어지는 교육 장소로 규정하고 있으며,대학 설립·운영 규정제4조 제2항 제3호는 의과대학으로 하여금 전공의지위향상법의 지정기준을 충족하는 부속병원을 직접 갖추거나 그 기준을 충족하는 병원에 위탁하여 학생과 전공의 교육에 지장이 없이 실습할 수 있도록 할 것을 의무화하고 있다. (나) 의과대학 부속병원의 실제 교육 사용현황 청구법인은교육기본법제11조 및사립학교법제2조에 따라 설립된 학교법인으로, 그 설치학교인 OOO대학교는 실습교육 및 수련과 임상의학 연구를 위하여 OOO병원 등 OOO개 부속병원을 운영하고 있다. OOO대학교 의무부총장은 OOO개 부속병원의 총괄책임자인 OOO원장을 겸임하고 있고, 부속병원의 임상교수, 간호사, 진료지원, 행정 등 상시 근무 인력은 OOO대학교의 교직원으로 그 의무와 책임을 다하고 있다. OOO 연보에 기재된 OOO 연구실적을 살펴보면, 교정의 기초의학 교실보다 부속병원의 임상의학 연구실적이 월등히 많은 것을 확인할 수 있고, 교정에 위치한 OOO병원뿐만 아니라 모든 부속병원에서 활발한 연구 활동이 이루어지고 있음을 확인할 수 있다. 2021년 4월 기준 OOO대학교 의학과 대학원 석·박사 과정 재적인원 OOO명 중 부속병원 소속 전공의, 임상강사, 조교수, 부교수는 OOO명으로 OOO%에 이르고, 이들에 대한 교육은 대부분 부속병원의 교육 및 연구시설에서 지도교수와 같이 진료하고 연구하면서 이루어지고 있다. (2)지방세특례제한법제41조 제2항 및 제7항의 조화로운 해석에 따르면 쟁점부동산에는 동법 제41조 제2항 본문이 적용되어야 한다. 의과대학 부속병원은 교육 및 연구 목적으로 사용되는 교사인 동시에 의료업의 수익을 창출하는 수익사업에 사용되는 부동산이다. 이에지방세특례제한법제41조 제7항은 같은 조 제2항의 재산세 면제 규정에도 불구하고 의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 50%만 감면할 것을 예외조항의 형식으로 규정하고 있다. 예외규정과 원칙규정의 요건을 동시에 충족하여 상충할 때는 예외규정을 우선적용하는 것이 일반적인 법적용의 원칙이나, 그 예외규정의 요건은 엄격하게 해석하여야 할 것이고, 확대해석이나 유추해석이 허용되지 아니하므로 적용 여부가 명확하지 않을 경우라면 원칙으로 돌아가야 한다. (가) 대학병원 부속병원의 특성과 그에 따른 지방세 감면과 배제 의과대학의 부속병원은 교육 및 연구의 목적으로 사용되며, 교육 관련 법령에 따라 엄격한 관리와 통제를 받고 있는바, 이러한 교육 및 연구 공공성에 따라 부속병원은 수익 사업적 성격에도 불구하고 종래 학교 등이 해당 사업에 사용하는 부동산으로 지방세가 비과세 또는 면제되었다. 즉 2015년 이전 비영리법인 의료기관은 각 설립 주체별 고유목적사업의 공공성과 의료공공성을 종합하여 차등적인 재산세 감면 혜택을 받아왔으나, 2015년 이후 단계적으로 감면율이 조정되어 2022년 현재 사립대학 부속병원, 국립대 병원, 국립 의료기관, 사회복지법인, 의료법인, 종교재단 등이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 같은 재산세 감면율을 적용하고 있다. 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산은 수익사업 성격으로 인해지방세특례제한법제41조 제2항 단서에 따라 재산세 감면을 배제하는 것이지만, 다시 ‘의료공공성’을 고려하여 다른 의료기관의 의료업에 직접 사용하는 부동산과 같은 감면율로 일부 감면하는 구조로 이루어져 있다. (나)지방세특례제한법제41조 제2항과 제7항의 구조 및 관계 지방세특례제한법제41조 제2항은 학교 등이 해당 사업에 직접사용하는 부동산의 재산세를 면제하는 ‘본문’과 수익사업에 사용하는 경우의 그 재산, 해당 재산이 유로로 사용되는 경우의 그 재산, 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서 면제 적용을 제외하는 ‘단서’로 구성되어 있다. 한편 같은 조 제7항은 위 규정에도 불구하고 의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대한 감면을 규정하고 있는데, 이는 같은 법 같은 조 다른 항에 관한 예외 조항의 형식이다. 2015년 의료기관 감면 재정비 이전의 부속병원 감면을 살펴보면 원칙과 예외의 논리 구조는 더 명확하게 확인할 수 있다. 당시 법률은 ① 학교 등이 해당 사업에 사용하는 부동산은 재산세 면제(원칙) ② 다만, 수익사업에 사용하는 경우 감면 배제(예외) ③ 의과대학 부속병원의 의료업은 수익사업으로 보지 않음(예외의 예외)의 논리구조 형식을 취하였다. 따라서지방세특례제한법제41조 제2항과 제7항이 원칙과 예외의 형식으로 규정된 점, 60년 이상 지속되어 온(구)지방세법과 (구)지방세특례제한법의 논리구조 등을 감안하면,지방세특례제한법제41조 제7항은 같은 조의 다른 항의 예외 조항이라고 보는 것이 타당하며, 이를 이어나가면지방세특례제한법제41조 제2항 본문(원칙),지방세특례제한법제41조 제2항 단서(예외),지방세특례제한법제41조 제7항(예외의 예외)의 구조라고 보아야 할 것이다. ＜표2＞지방세특례제한법제41조 제2항과 제7항의 관계 도식 법률조항 구분 취지 재산세 감면 여부 제41조 제2항 본문 원칙 교육/연구공공성 면제 제41조 제2항 단서 예외 수익사업적 성격 면제 제외 제41조 제7항 예외의 예외 의료공공성 조건부 일부 감면 (다)지방세특례제한법제41조 제2항 본문과 단서의 관계 등 본문과 단서의 관계는 보통 본문은 원칙을 단서는 예외를 규정한 것으로 단서는 본문을 전제로 한다고 보는 것이 타당하고(대법원 2016.6.9 선고 2015다78536 판결 등), 일반적으로 예외규정은 엄격하게 해석하여야 하고 예외규정의 해석이 명확하지 않은 경우에는 원칙으로 돌아가야 하며 예외규정 확장해석은 허용되지 않는다(대법원 2020.3.27. 선고 2017추5060 판결). 입증책임은 그 법규의 구조와 형식(본문과 단서, 일반규정과 특별규정, 원칙 규정과 예외 규정 등)에 따라 분배되어야 하고(헌법재판소 2015.3.26. 선고 2014헌바202 결정), 감면의 입증책임이 납세자에게 있는 것과는 달리, 단서 조항의 조건에 해당하여 본문과 달리 단서 조항을 적용하여 감면을 배제하여야 된다는 점은 처분청에게 그 입증책임이 있다(대법원 2000.7.7. 선고 98두16095 판결). (라) 재산세 현황 과세와 부분적 사용현황에 대한 현황별 부과 지방세법제106조 제3항은 사실상의 현황에 따라 재산세를 부과할 것을 규정하고 있으며, 일반적으로 사용현황이 부분적으로 나뉘어 있는 경우 현황별로 구분하여 부과하고 공용부분은 안분하여 재산세를 부과하고 있다(조심 2019.12.4., 2018지3273 외 다수). 청구법인의 OOO병원과 같은 부속병원의 경우에도 부속병원 일부를 장례식장 등 의료업이 아닌 수익사업에 사용하는 경우, 그 수익사업이 의료업과 관련되어 있고, 설립 주체가 직접 경영한다고 하더라도 엄격하게 의료업에 사용한다고 할 수 없는 부분에 대해서는 구분하여 감면을 배제하고 재산세를 부과하고 있다. 조세 감면은 원칙적인 일반과세에 대한 예외이므로 감면요건은 엄격하게 해석하여 적용하여야 하나, 엄격해석을 통해 감면요건을 충족하였다면 이는 하나의 원칙이 되는 것이고, 이에 대한 예외를 규정하여 감면을 배제하거나 감면율을 차등 적용하는 단서 역시 그 요건을 엄격하게 해석하여야 하여 그 요건을 충족하는 부분에 한정하여 적용하여야 한다. 따라서 의과대학 부속병원에 대하여 여러 사항들을 종합적으로 고려하여 ‘학교 등이 교육 및 연구 사업목적으로 사용되는 부동산’의 감면요건을 충족하였다면 감면 규정을 적용하고, 다만, ‘수익사업 사용’에 해당한다면 그 요건에 해당하는 부분은 감면을 배제하는 것이며, 다시 ‘그럼에도 불구하고’ 그 수익사업이 ‘의료업’이라면 엄격하게 그 요건을 충족하는 부분에 한정하여 일부 감면을 적용해야 할 것이다. 예컨대, 부속병원 내에 위치한 장례식장 등은 의료업과 관련된 수익사업이지만 엄격하게 의료업에 직접 사용하는 부동산은 아니므로 이를 구분하여 지방세특례제한법 제41조 제7항의 일부 감면이 아닌 제41조 제2항 단서의 감면배제를 적용하고 있다. 그렇다면 이와 마찬가지로 부속병원 내에 교육 및 연구시설인 쟁점부동산은 수익사업에 사용되는 재산이 아니므로 이에 사용되는 부분과 구분하여지방세특례제한법제41조 제2항 단서나 제7항이 아닌 제2항 본문을 적용하여 재산세 등을 면제하여야 할 것이다.
(3) 조세 형평성을 도모하기 위해서는 대학병원 부속병원 내에 필요한 고유목적사업의 조세 부과 형태에 따라 합리적으로 조세를 부과하여야 한다(수직적 형평성). 행정안전부는 2013년지방세특례제한법제41조 제7항을 신설하는 등 의료기관 감면 재정비를 예고하고 2015년부터 감면율을 단계적으로 조정하였다. 실제로 2022년 현재 지방의료원(재산세 75% 감면)을 제외한 공공의료기관, 국립대 병원, 사립대학 부속병원, 사회복지법인 설립 병원, 의료법인 병원, 종교단체 병원의 재산세 감면율은 단계적으로 축소되어 동일한 감면율(50%)을 적용받고 있다. 그런데, 이 건과 같은 의과대학 부속병원은 같은 의료이익을 창출하는 같은 규모의 의료법인 등의 병원에 비하여 교수연구실 등 교육 및 연구 공간이 부가적으로 필요하다. 병원 건물 내 위치한다고 하여 현황을 구분하지 않고 병원 전체에 같은 감면율을 적용한다면 의과대학 부속병원은 같은 의료시설 규모의 의료법인 병원에 비교하여 교육 및 연구 공간에 대한 재산세를 더 부담하게 되는 불합리가 발생한다. 이는 공공성을 인정받아 원칙적으로 감면을 적용받는 교육 및 연구공간이 필요한 대학병원 부속병원이 그 공간에 대하여 조세를 더 부담시키는 점에서, 조세부담의 형평성을 해하고 공공성에 대한 역차별을 초래한다.
(4) 처분청 의견에 대한 항변 (가) 쟁점부동산은 의료업의 부수시설에 불과하다는 의견에 대한 반박 처분청 의견은 쟁점부동산의 교육 및 연구 목적 사용이 병원의 행정·사무 목적 사용과 같이 의료업의 효율적인 수행을 위한 보조적 부수적 성격의 사용에 불과하므로 주된 사용현황인 의료업으로 간주하여야 한다는 주장으로 이해된다. 그러나 의과대학 부속병원의 교육 및 연구 사업은 의료업을 위한 부수적인 사업이 아니라, 앞서 살펴본 바와 같이 의과대학 부속병원의 본질을 이루는 것이다. 2021년 10월 실시된 청구법인과 OOO대학교의 종합감사 결과에 따르면, 전체 OOO개의 지적사항 중 의과대학 부속병원의 지적사항은 OOO건으로, OOO개 부속병원 모두의 계약·시설·연구·인사·채용·회계 등 운영 전반에 관한 것으로 확인된다. 이는 주무관청인 교육부가 의과대학 부속병원은 교육기관이고, 그 구성원은 교육자와 피교육자이기 때문에 그에 맞는 공공성과 도덕성을 요구하여 교육 관련 법령에 따라 규제하고 관리하는 것임을 나타낸다고 할 수 있다. (나) 진료행위와 직·간접적 관련이 있으면 ‘의료업에 직접 사용하는 부동산’이라는 의견에 대한 반박 의료법을 비롯한 어떠한 법령과 판례에도 ‘의료업에 직접 사용하는 부동산’을 ‘진료행위와 직·간접적으로 관련이 있는 용도로 사용되는 부동산’으로 규정하고 있지 않다. 조세심판원은 부속병원의 장례식장을 의료시설의 부수시설로 보아재산세를 감면해야 한다는 주장에 대하여 “장례식장은 의료업의 부대사업에 불과하며 부대사업을 영위한다고 하여 이를 의료업을 영위한다고 보기 어려운 점, 법제처 유권해석도 위 장례식장이 의료업과 어느 정도 관련성이 있는 부대시설일 뿐의료법에 따른 의료업을 영위하는 시설이라고 확인한 것은 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어, 장례식장용 건축물에 대하여 의료업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다”고 결정한 바 있다(조심 2020지429. 2021.6.10.). 한편 처분청이 근거로 제시한 감사원 심사례(감심 2001-0058, 2001.5.15.) 이 건 사실관계와 일치하지 않는다. 처분청은 해당 심사례 판단부분에서 “일반적으로 의과대학 부속병원이라 하면 의과대학 학생들의 연구 및 교육을 위한 실습장으로 사용되면서 일반적인 진료행위도 행하여지는 병원을 의미한다.”라는 문장을 발췌하여 “의과대학 부속병원이 ‘의료업에 직접 사용하는 부동산’이란 진료행위와 직·간접으로 관련이 있는 용도로 사용되는 부동산을 말하는 것”이라는 처분청 주장의 근거로 제시하였다. 하지만 처분청이 인용한 감사원 판단의 문장은 ‘의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산’이 아닌 ‘의과대학 부속병원’을 ‘실습 교육용으로도 사용하고, 진료행위도 행하여지는 병원’으로 규정한 것으로 처분청 논리의 근거로 적합하지 않다. 오히려 해당 사건의 전반적인 사실관계와 감사원 판단의 전체적인 적용 논리를 종합적으로 살펴보면, “수익용 기본재산인 수익사업병원일지라도 실습 등 교육 및 연구 목적으로 사용된다면 교육용 기본재산인 의과대학 부속병원으로 볼 수 있는 것으로 그 교육 사용을 인정하여 당시 법령에 따라 ‘의료업 직접 사용 부분’도 학교의 교육사업 용도 구분에 의한 비과세를 적용하여야 한다”라고 결정한 점에서 청구주장과 유사하다. 나아가 “일반적으로 의과대학 부속병원이라 하면 의과대학 학생들의 연구 및 교육을 위한 실습장으로 사용되면서 일반적인 진료행위도 행하여지는 병원을 의미한다”라는 부분은 의과대학 부속병원은 원칙적으로지방세특례제한법제41조 제2항 본문의 ‘학교 등이 교육사업에 직접 사용하는 재산’에 해당하는 것이나, 다만 단서와 예외 규정인 제7항의 수익사업인 의료업의 진료행위도 이루어지는 재산이라고 이해할 수 있다. (다) 근로계약을 맺은 전공의들은 교육 당사자가 아니라는 의견에 대한 반박 전공의는 전공의지위향상법 제10조의 ‘수련 계약’을 맺고 전문의 자격을 취득하기 위하여 수련 받는 사람으로 지도전문의로부터 교육을 받는 피교육자인 동시에 의료서비스를 제공하는 근로자의 성격을 함께 가지고 있다. 수련병원의 전공의 수련 과정은 국민의 건강을 보호·증진하는 최고의 의료전문가를 양성하는 교육 과정으로, 국가에서 공인하는 전문의 자격 취득을 위한 필수 과정이고, 미국·영국·캐나다 등 선진국에서는 전공의 임금과 지도전문의 인건비는 물론 교육에 필요한 간접비용까지 국가가 부담하고 있다. 따라서 양성과정의 특성과 선진국의 사례를 살펴보면, 전공의 수련과정은 원칙적으로 국가에서 시행하고 그 비용을 부담하여야 할 ‘교육사업’임에도 의과대학 부속병원 등의 수련병원에 이를 위탁하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다. 이처럼 의과대학 부속병원의 전공의 수련 교육은 국가로부터 위임받은 교육기관으로서의 본연의 목적사업이자 의과대학 교육의 연장선으로 보아야 한다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2021.10.19. 법률 제18503호로 개정된 것) 제37조(국립대병원 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 2024년 12월 31일까지 각각 경감한다. 1.서울대학교병원 설치법에 따라 설치된 서울대학교병원 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.
1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다. 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ①초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교등”이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. (각 호 생략)
② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및지방세법제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.
1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다.
(2) 의료법 제3조(의료기관) ①이 법에서 “의료기관”이란 의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료ㆍ조산의 업(이하 “의료업”이라 한다)을 하는 곳을 말한다. 제49조(부대사업) ① 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다.
1. 의료인과 의료관계자 양성이나 보수교육
2. 의료나 의학에 관한 조사 연구 3.노인복지법제31조 제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치ㆍ운영 4.장사 등에 관한 법률제29조 제1항에 따른 장례식장의 설치ㆍ운영
5. 주차장법 제19조제1항에 따른 부설주차장의 설치ㆍ운영
6. 의료업 수행에 수반되는 의료정보시스템 개발ㆍ운영사업 중 대통령령으로 정하는 사업
7. 그 밖에 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업
② 제1항 제4호ㆍ제5호 및 제7호의 부대사업을 하려는 의료법인은 타인에게 임대 또는 위탁하여 운영할 수 있다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO대학교 등을 유지, 경영하는 학교법인으로, OOO학생들을 위한 OOO과 일반학생을 위한 OOO, 의과대학생을 위한 OOO으로 구성된다. (나) 쟁점부동산을 포함한 OOO병원은 청구법인의 교육용 기본재산으로 등록되어 있다. (다) 처분청은 쟁점부동산의 사용현황을 ① ‘쟁점의료면적’(의과대학의 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 면적과 ② ‘수익사업에 사용하는 면적’으로 구분한 후, 그 전용면적 비율(OOO)에 따라 재산세 등의 감면율(OOO)을 달리 적용하여 이 건 재산세 등을 청구법인에 부과하였다. (라) 청구법인은 쟁점의료면적을 ①-1 의료업 직접 사용면적(OOO%)과 ①-2 교육 및 연구목적 사용면적(OOO%, 쟁점부동산)으로 구분하여 과세하여 달라는 취지의 심판청구를 제기하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 본다. (가)지방세특례제한법제41조 제2항은초·중등교육법및고등교육법에 따른 학교 등이 과세기준일 현재 “해당 사업에 직접 사용하는 부동산”에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제7항에서는 위 규정에도 불구하고고등교육법제4조에 따라 설립된 의과대학의 부속병원이 과세기준일 현재 “의료업에 직접 사용하는 부동산”에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있다. 여기서 “해당 사업”이란 학교로서의 사업으로 그 범위가 제한되고, “학교가 부동산을 해당 사업에 직접 사용”한다고 함은 현실적으로 부동산을 학교의 ‘교육사업’ 자체에 사용하는 것을 뜻하며, 또한 의과대학 부속병원이 “의료업에 직접 사용하는 부동산”이란 당해 부동산이 환자의 치료 등의료법에 의한 의료인의 진료행위와 직·간접적으로 관련이 있는 용도로 사용되는 부동산을 말하는 것으로, 의료업 자체에 사용하는 것인지는 해당 병원의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두3238 판결, 같은 뜻임). (나) 청구법인은 쟁점의료면적 중 쟁점부동산은 의료행위를 통한 의료수익 창출과 직접적 관련이 없는 교육 및 연구목적으로 사용되고 있으므로,지방세특례제한법제41조 제2항을 적용하여 재산세를 면제하여야 한다고 주장하나, 동 규정에서 학교법인이 교육사업 자체에 사용하는 부동산이란사립학교법규정에 따라 관할 교육청에 교육용 기본재산으로 등재되어야 함은 물론, 그 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 교사, 체육장 등과 같이 당해 토지의 사용용도가 그 법인의 교육사업 자체에 ‘직접’ 사용되는 것으로만 한정하여야 할 것인바(조심 2016지609, 2016.9.9., 같은 뜻임), 청구법인의 부속병원은 건축물대장상 의료시설로 분류되어 있고, 심리일 현재 종합병원으로 계속 운용되고 있는 점 등에서 해당 병원 내에 위치한 쟁점부동산은 의과대학 부속병원의 부수시설로서 학교용이라기보다는 의료용으로 사용되고 있다고 보는 것이 타당한 점, 쟁점부동산보다는 오히려 청구법인의 의과대학과 동일한 곳에 소재한 OOO병원의 일부 부지가 청구법인의 교육사업에 직접 사용되었다고 봄이 합리적인 점, OOO구청장도 이러한 전제에서 청구법인의 OOO대학교 OOO 내 토지 일부(OOO%)가 의과대학생들의 교육목적용으로 직접 사용된다고 보아 이에 대하여 재산세를 면제한 것으로 확인되는 점(조심 2022지133, 2022.11.29., 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점의료면적에 대하여지방세특례제한법제41조 제7항 제1호에 따라 재산세의 100분의 50을 감면하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.