이 건 지목변경에 대하여 「지방세특례제한법」의 일반적 경과조치를 적용하여 종전 「지방세특례제한법」규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 경기도 화성시장이 2022.7.5. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.4.28. 화성시 OOO(이하 “이 건 산업단지”라 한다) 토지 113,554㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 지목변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다) 후, 2017.5.24. 이 건 지목변경이 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제1항 및 경기도 도세 감면 조례제8조 제1호에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 것에 해당된다고 보아 취득세 100분의 60을 경감하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.
• 나. 이후, 청구법인은 이 건 지목변경에 대하여 착공 당시의 법률인 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전지방세특례제한법”이라 한다) 제78조 제1항 및 지방세특례제한법 부칙 제14조(이하 “쟁점부칙규정”이라 한다)에 따라 취득세 면제대상이므로 기 납부한 이 건 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 2022.5.20. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.7.5. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야하며, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 청구법인은 착공 당시 관계법령인 종전 지방세특례제한법제78조 제1항에 따라 취득세가 면제될 것으로 합리적으로 기대하고 사업을 시작하였다. 산업단지에 대한 지방세 감면조항은 1994년지방세법에 “지방공업단지 등 입주공장에 대한 감면”규정으로 신설된 이후, 1997년 “산업단지에 대한 감면”규정으로 전문 개정되었으며 그 이후 수차례의 개정이 존재하기는 하였으나, 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 내용은 동일하게 유지되었다. 또한 당시 법령에서 향후 지방세 감면 내용이 축소, 폐지될 것이라는 아무런 공적이 표명이 없었다. 이러한 연혁을 고려할 때 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하는 데에 귀책사유가 있다고 보기 어렵다. 청구법인은 이러한 신뢰를 바탕으로 이 건 지목변경 공사를 수행하였다. 처분청은 이 건 지목변경 공사 준공시점에 취득세를 산정함에 있어 준공 당시 지방세특례제한법을 적용함으로써 청구법인은 산업단지에 대한 지방세 지원을 충분히 받지 못하여 이익이 침해되는 결과가 초래되었다. 따라서 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 이 건 지목변경에 대한 간주취득세를 산정함에 있어 착공시점의 법령을 적용하여 취득세를 면제하여야 하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세의 부과는 납세의무의 성립시 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이며(대법원 2015.9.24. 선고 2015두45694 판결, 같은 뜻임), 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 일반적 경과규정을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인 행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에 특별히 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세 감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 같은 뜻임) 할 것인바, 청구법인이 이 건 지목변경 공사에 착공(2013.8.8.) 할 당시 종전 지방세특례제한법제78조 제1항에서 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 2015.1.1.부터는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 충분히 인지할 수 있는 상황으로, 청구법인이 그 후에 이 건 지목변경 공사를 완료하였다고 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 처분청의 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어려우므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 지목변경에 대하여 지방세특례제한법의 일반적 경과조치를 적용하여 종전 지방세특례제한법규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 주식회사 OOO는 2010.1.22. 경기도 화성시 OOO를 본점소재지로, 이 건 산업단지 개발 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. 이후 주식회사 OOO는 2018.7.2. 청구법인으로 법인명을 변경하였다. (나) 경기도지사는 2012.7.4. 청구법인을 이 건 산업단지 개발의 사업시행자로 하는 일반산업단지계획을 아래와 같이 승인하고 고시하였다. 경기도 고시 제2012-194호 OOO 일반산업단지계획 승인 고시 산업단지 인·허가 절차 간소화를 위한 특례법제15조 및 토지이용규제 기본법제8조 규정에 따라 OOO 일반산업단지계획을 승인하고 이를 고시합니다. 2021.7.4. 경기도지사

1. 1. 산업단지의 명칭·위치 및 면적

2. 가. 명칭: OOO 일반산업단지

3. 나. 위치: 경기도 화성시 OOO 일원

4. 다. 면적: 1,744,713㎡(단지 외 준용사업: 진입도로 67,807㎡, 수로정비 29,850㎡)

5. 2. 산업단지의 지정목적

6. 가. 바이오 및 제약산업의 타 지역 유출방지 및 재정착을 위한 산업단지 마련

7. 나. 지식기반형 산업고도화 추진을 위한 바이오산업 클러스터 구축

8. 다. 습지와 녹지를 연계한 생태형 녹색산업단지 조성

9. 3. 산업단지개발사업의 시행자

10. 가. 시행자: ㈜OOO 대표이사 OOO

11. 4. 산업단지의 개발기간 및 방법

12. 가. 개발기간: 2010.1.1. ∼ 2015.6.30.

13. 나. 개발방법: 민간개발에 의한 일반산업단지 조성 (다) 청구법인은 2013.7.19. 이 건 산업단지 조성을 위하여 주식회사 OOO건설과 아래와 같이 공사도급계약을 체결한 것으로 확인된다. 공사도급표준계약서 계약자 발주처 주식회사 OOO 계약상대자 주식회사 OOO건설 계약내용 공사명 OOO 단지조성공사 계약금액 OOO원 착공연월일 2013.7.22. 준공연월일 2016.1.21. ㈜OOO와 계약상대자는 상호 대등한 입장에서 붙임의 계약문서 등에 의하여 위의 공사에 대한 도급계약을 체결하고 신의에 따라 성실히 계약상의 의무를 이행할 것을 확약한다. 2013.7.19. 발주처: 주식회사 OOO 계약상대자: 주식회사 OOO건설 (라) 국토교통부의 산업입지정보시스템에서 이 건 산업단지의 단지기본정보조회를 열람하면 이 건 산업단지는 2013.8.8. 착공한 것으로 확인되고, 국토지리정보원에서 제공하는 2014년 7월 항공사진을 보면 청구법인은 이 건 산업단지 조성공사에 사실상 착공하여 진행중인 것으로 확인된다. (마) 경기도지사는 2017.4.28. 청구법인의 이 건 산업단지 개발사업에 대하여 준공인가를 하고 고시(제2017-5370호)한 것으로 확인된다. (바) 산업단지 등에 대한 감면 규정의 연혁 등은 아래와 같다. 법/조례 조항 감면율 일몰기한 시행일자 비고 지방세법 제276조제1항 (지방공업단지 등 입주공장에 대한 감면) 100%

• 1995.1.1. 지방세법 제276조제1항 (산업단지 등에 대한 감면) 100% 2009.12.31. 2008.9.26. 지방세특례제한법 제78조제1항 (산업단지 등에 대한 감면) 100% 2012.12.31. 2010.6.10. 시행자지정 (2012.7.4.) 지방세특례제한법 제78조제1항 (산업단지 등에 대한 감면) 100% 2014.12.31. 2013.1.1. 착공시점 (2013.8.8.) 지방세특례제한법 제78조제1항 (산업단지 등에 대한 감면) ※ 제78조 제8항을 신설하여 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감가능 35% 현재까지 2015.1.1. 준공시점 (2017.4.28.) 경기도 도세 감면 조례 제9조(산업단지 등에 대한 감면) 25% 2017.12.31. 2015.1.1.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 종전지방세특례제한법제78조 제1항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 지방세특례제한법제78조 제1항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 2016년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. (나) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것(대법원 2015. 9.24. 선고 2015두42152 판결 참조)이다. (다) 처분청은 이 건 지목변경에 따른 취득에 대하여 지방세특례제한법제78조 제1항을 적용하여야 한다는 의견이나, 산업단지사업시행자에 대한 취득세 면제조항은 1995년에 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 이 건 토지의 지목변경공사를 착공하여 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점, 청구법인은 종전 지방세특례제한법에 따라 이 건 지목변경에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 이 건 산업단지의 조성공사를 추진한 점, 이 건 지목변경 공사가 2017.4.28.에 준공되었으나, 2012년 개발계획을 수립한 이후 준공시까지 개발계획의 취소됨이 없이 동일한 사업으로 진행되었고, 종전 지방세특례제한법시행 당시인 2013.8.8. 착공한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 이 건 지목변경에 따른 취득에 대하여 종전 지방세특례제한법 제78조 제1항을 적용하여야 한다는 청구주장에는 합리적인 이유가 있어 보인다고 하겠다. 따라서 처분청이 이 건 지목변경에 따른 취득에 대하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. 부칙(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제13조(산업단지 사업시행자 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항부터 제3항에 따른 사업시행자와 같은 조 제6항에 따른 한국산업단지공단이 해당 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정규정에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 감면율을 적용한다.

(4) 경기도 도세 감면 조례(2015.3.3. 조례 제4859호로 제정된 것) 제9조(산업단지 등에 대한 감면) 지방세특례제한법제78조 제1항부터 제4항까지에 따라 취득세를 경감하는 경우 같은 조 제8항에 따른 추가 경감률은 취득세의 100분의 25(같은 조 제4항 제2호 나목의 경우에는 취득세의 100분의 15)로 하며, 2016년 12월 31일까지 적용한다. 다만, 지방세특례제한법제78조에 따른 추징대상이 되는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다.

(5) 경기도 도세 감면 조례(2017.4.12. 조례 제5564호로 개정된 것) 제8조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따라 추가로 경감하는 율은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 법 제78조 제1항·제2항, 제3항 제1호 및 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 25

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 15