[요지] 청구법인이 유예기간(3년) 내에 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 관계 없이 처분청이지방세특례제한법제78조 제5항 제2호에 따라 쟁점부동산에 대하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[요지] 청구법인이 유예기간(3년) 내에 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 관계 없이 처분청이지방세특례제한법제78조 제5항 제2호에 따라 쟁점부동산에 대하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 쟁점부동산을 물류업체인 AAA 주식회사(이하 “AAA”이라 한다)에게 임대하였다 하더라도 이는 청구법인이 산업용 건축물 등의 용도인 “물류창고업”에 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하다. (가) 산업단지의 취득세 감면대상 업종인 ‘창고업’은 물류창고를 운영하여 화주(貨主)의 수요에 따라 유상으로 화물을 보관하는 “물류창고업”을 말한다고 할 것이다. (나) 물류창고업은 크게 “수탁창고”방식과 “임대창고”방식으로 나뉘는데, 수탁창고 방식은 창고업자가 화주의 물품을 보관하는 것이 주된 목적인 방식이므로 계약상 창고업자의 물품 보관을 위한 다양한 의무를 부담하는 내용으로 구성되는 반면, 임대창고 방식은 화주가 필요에 맞게 물류창고 전체를 원활히 이용하게 하는데 그 목적이 있으므로 창고업자는 화주의 이용에 필요한 기본적인 의무만을 부담하는 것이다. 대법원은 임대창고 방식을 창고업의 운영형태 중 하나라는 점을 인정한 후 임대창고를 물류사업에서 배제하는 것은 물류사업의 현실에 부합하지 않는다는 취지로 임대창고 방식으로 운영하는 창고는 창고업에 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하다고 판시(대법원 2016.7.29. 선고 2016두37232 판결, 대법원 2018.10.4. 선고 2018두46643 판결)하였으며, 국세청도 “임대창고” 방식으로 영위하는 창고업을 물류사업으로 보아 취득금액의 일정율을 법인세 과세표준에서 공제하고 있다. (다) 청구법인은 2017.5.1. 이 건 건축물(OOO㎡, 2개동)을 신축한 후물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제21조의2에 따라 부산광역시장에게 물류창고업 등록을 신청하여 2017.7.18. 물류창고업 등록증을 교부받았고, 2017.7.28. 사업자등록증의 업종에 일반창고업을 추가하여 물류창고업을 영위하기 위한 형식상의 요건을 모두 갖추었을 뿐만 아니라 그 후 AAA이 쟁점부동산을 임대창고 방식으로 운영하고 있으므로 청구법인이 쟁점부동산을 AAA에게 임대하였다 하더라도 이는 사실상 청구법인이 창고업의 용도에 직접 사용하고 있는 것이라 할 것인바, 이 건 부동산에 대한 취득세 등은 면제대상이다.
(2) 쟁점부동산을 그 취득일부터 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 아래와 같은 정당한 사유가 있으므로 이에 대하여 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다. (가) 이 건 토지는 공유수면을 매립하여 조성한 토지로서 구조적으로 연약지반이므로 청구법인은 이 건 토지의 지반보강공사를 먼저 한 후 이 건 건축물의 골조 공사를 진행하였으나, 쟁점건축물의 경우 사용승인(2017.5.1.) 후에도 지반 침하 현상으로 건축물의 주요 구조부에 균열이 발생하였다. (나) 청구법인은 지반침하 및 쟁점건축물의 균열 발생을 해결하고자 2018년 2월부터 2018년 5월까지 지반 보강공사(1차) 및 건축물 균열 보수공사를 하였으나, 1차 보강공사 후에도 지속적인 지반침하가 발생하여 2019년 5월까지 “지반조사 및 구조물 안전진단 용역”을 실시하였고, 그 결과 쟁점건축물(창고)은 전체적으로 침하가 발생되어 정밀안전진단 E등급을 받았고, 그 옆에 소재하는 창고용 건축물 OOO㎡(청구법인이 창고로 직접 사용, 이하 “B동 건축물”이라 한다)는 정밀안전진단 D등급을 받았으며, 쟁점건축물의 경우 상당 수준의 침하가 추가로 발생할 것이 예상됨에 따라 2020년 12월부터 2021년 6월까지 2차 보강공사(바닥 파일 시공 및 바닥 슬래브 보강)를 하였다. (다) 청구법인은 2017.5.1. 이 건 건축물(OOO㎡)을 신축한 후, 해당 용도인 창고(산업용 건축물)로 사용하고자 하였으나, 예기치 못한 지반침하로 쟁점건축물의 주요구조부에 균열이 발생하여 해당 용도로 직접 사용할 수 없었고, 이를 해결하기 위한 보강공사 등으로 약 4년을 보냈으므로 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나, 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것으로 내부적 사유에 해당하고, 이러한 지반침하 현상은 이 건 토지에서만 발생한 것이 아닌 부산신항 배후부지 매립지에서 전반적으로 발생한 것으로 이는 사실상 그 사업시행자인 OOO에 책임이 있으며, 청구법인으로서는 이 건 토지의지반 침하가 OOO의 예측치를 크게 벗어나는 수준으로 단기간에 발생할 것이라는 사실을 전혀 알 수 없었으므로, 이와 같은 사유는 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용할 수 없는 외부적 사유에 해당된다고 할 것이다. (라) 처분청은 청구법인이 쟁점건축물을 취득한 날(2017.5.1.)부터 유예기간이 경과할 때까지 이 건 부동산을 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하지 못하였고, 이 건 토지의 지반 침하와 쟁점건축물의 균열 발생 등은 충분히 예측할 수 있었다고 하여 쟁점부동산을 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 않는다고 보아 이 건 취득세 등을 부과하였으나, 이는 앞에서 살펴본 여러 사실에 비추어 볼 때 부당한 처분이다.
(2) 청구법인은 2016.6.30. OOO로부터 이 건 토지를 취득한 후 2016.12.8. 이 건 건축물(OOO㎡, 2개동)의 신축 공사를 착공하여 2017.5.1. 이 건 건축물의 사용승인을 받은 것으로 보아 여기에 건축물을 신축할 수 없는 외부적 장애요인이 있었다고 보기 어렵고, 청구법인이 2012.8.10. 체결한 이 건 토지의 공급계약서의 용지매입 유의서에 이 건 토지가 연약지반에 해당하므로 건축물 실시설계에 의한 개량층의 1차 압밀침하 예상량과 2차압밀침하량 및 미개량층의 잔류침하량 등을 시설물 설치 및 건축 시에 감안해야 한다고 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인은 이 건 토지가 연약지반으로 건축물 신축 공사 시 지반 보강이 필요하다는 사실을 사전에 알고 있었다고 할 것이다. 따라서, 청구법인이 쟁점부동산(쟁점건축물 및 그 부속토지)을 해당용도로 사용하기 위하여 정상적인 노력 내지 적극적인 행위를 다하였으나 시간적 여유가 없어 그 유예기간을 넘긴 것으로 보기 어렵다 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1997.10.1. 유·무선 통신서비스, 통신기기 도·소매업 등을 목적사업으로 설립된 법인으로 OOO에 본점을 두고 있다. (나) 청구법인은 2012.8.10. OOO와 OOO공장용지 OOO㎡(이 건 토지)를 OOO원에 연부로 취득하는 매매계약을 체결한 후, 2016.6.30. 이 건 토지에 대한 매매대금을 모두 지급하였으며, 이 건 토지의 매매계약서에 첨부된 용지매입 유의서는 아래와 같다. (다) 청구법인은 2016.12.8. 이 건 건축물(OOO㎡, 2개동)의 신축공사를 착공하여 2017.5.1. 처분청으로부터 이 건 건축물의 사용승인을 받았다. (라) 청구법인은 2017.7.18. 이 건 건축물을 보관시설(일반창고)로 하여 물류창고업 등록을 하였고, 2017.7.28. 사업자등록증의 목적사업에 일반창고업을 추가하였다. (마) 청구법인은 2021.8.4. AAA과 쟁점부동산에 대한 임대차계약(계약기간 2021.9.1.〜2026.8.31., 보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원)을 체결하여, 이 건 심판청구일 현재 쟁점부동산을 AAA이 물류창고로 사용하고 있고, 나머지 B동 건축물은 청구법인의 통신상품 등을 보관하는 물류창고로 사용 중에 있다. (바) 청구법인은 쟁점건축물의 신축 공사 당시 뿐만 아니라 사용승인을 받은 후에도 계속적인 지반침하 등이 발생하여 수 차례 보강 공사를 할 수 밖에 없어 유예기간 내에 직접 사용할 수 없었다고 주장하면서 관련 공사 내역을 제출하였는데, 이를 일자별로 요약하면 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 쟁점건축물에 대한 일자별 보강 공사 현황 (2)지방세특례제한법제2조 제1항 제8호에서 직접 사용이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제78조 제4항 제1호, 제2호 가목, 같은 조 제5항 및 같은 법 부칙 제25조를 종합하면 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2017.12.31.까지 취득세를 면제하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 면제한 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,지방세특례제한법제2조 제1항 제8호에서 직접 사용이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 해당 부동산을 제3자에게 임대하는 것은 세법상 특별한 규정이 없는 한 직접 사용에 해당되지 않는다고 할 것인데,지방세특례제한법제78조 제4항 제2호 가목에서는 산업 단지 내 공장용 건축물을 중소기업자에게 임대하는 경우에 한하여 직접 사용으로 보아 취득세를 감면(면제)하고 있는 점, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 특히 조세의 감면과 같은 특례 규정은 더욱 엄격하게 해석하는 것이 조세 형평의 원칙에 부합하는 점, 청구법인은 2017.5.1. 쟁점건축물을 취득(사용승인)한 후 산업용 건축물의 용도로 한 번도 사용하지 아니하다가 4년 이상 경과한 2021.9.1. 쟁점부동산을 다른 용도로 사용(AAA에게 유상으로 임대)하였다는 사실은 다툼이 없고,지방세특례제한법제78조 제5항 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우 면제한 취득세를 추징한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 유예기간(3년) 내에 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 관계 없이 처분청이지방세특례제한법제78조 제5항 제2호에 따라 쟁점부동산에 대하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제78조[산업단지 등에 대한 감면] ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역 가.산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
2. 감면 내용
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 지방세특례제한법 부칙 제25조[산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례] 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물 등을 건축공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.