조세심판원 심판청구 법인세

「농업협동조합법」에 따라 설립된 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

사건번호 조심 2022지1610 선고일 2023-11-20 조세심판원

[요지] 청구법인이 쟁점토지를 유예기간(1년)에 직접 사용하지 못한 사유는 법령에 의한 금지·제한 등의 외부적인 사유나 처분청의 귀책사유 등 외부적인 사유가 아닌 청구법인의 내부적인 사유(의사결정 지연으로 인한 기간 경과 등)로 보이는 점, 청구법인은 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 기 감면한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 처분청은 청구법인이 2020.6.29. OOO필지의 답 OOO㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 취득한 데 대하여, 같은 날 지방세특례제한법제14조 제3항에 따라 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등 OOO원을 면제하였다.
  • 나. 그 후, 처분청은 청구법인이 쟁점농지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다는 OOO도지사의 세무조사 결과의 지적에 따라, 2022.8.25. 쟁점농지에 대하여 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)과 2021년도 재산세(토지) OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 각각 부과ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 대법원에 따르면, 부동산 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 사용하지 아니한 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이라고 하였으며, 또한, 법규상 유예기간 1년의 규정은 법인이 필요 이상의 부동산투자를 억제하고 법인의 건실한 운영을 도모하는데 그 목적이 있을 것이며, 법인이 그 고유의 목적에 사용할 수 있는데도 불구하고 다른 이익을 위하여 그 토지를 방치하는 경우를 제재하려는 취지라 할 것이다.

(2) 청구법인은 2020.6.29. 쟁점농지를 취득한 후, 2021.7.21. 건축허가, 2021.9.16. 착공 승인을 거쳐 2022.7.4. 쟁점토지상에 OOO와 OOO용 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하였는바, 청구법인은 이 건 건축물 신축을 위하여 유예기간(1년)을 전후하여 OOO에 업무보고 및 승인, 내부적인 총회 등 소집 및 결의, 건축을 위한 설계준비부터 착공까지 건축공사와 관련된 일련의 행위를 끊임없이 꾸준하고 진지하게 진행하여 왔음을 알 수 있고, 실제 건물을 완공하지 않고도 그 건축공사에 착공만 한다면 유예기간(1년) 내에 그 취득 부동산을 직접 사용한다고 추정하고 있는데, 이를 더 확장하면 청구법인은 유예기간 내에 설계용역 입찰공고(2020.8.26.)를 하고 낙찰자와 설계용역계약을 체결하였으므로 이러한 입찰공고 행위도 일반인들에게 알리는 행위로서 그 취득 부동산을 사용한다고 봄이 타당하다 할 것이다.

(3) 청구법인은 조합원 약 2,000여명으로 구성된 OOO으로서 조합원 대부분은 취약계층인 노년층으로 주로 농산물을 생산하는 농업인이라 할 것이므로 청구법인은 OOO와 OOO인 이 건 건축물 신축을 통해 지역 물가를 안정시키고, 조합원이 생산한 농산물을 판매하는 로컬푸드를 설치하여 조금 더 경제적 사정에 도움이 되고자 하는데 그 목적이 있다 할 것인바, 청구법인은 쟁점토지상에 이 건 건축물을 신축하여 고유업무에 사용하기 위해서 진지하고 부단한 노력을 다 하였고, 쟁점토지를 어떤 다른 이익을 위하여 이를 방치하지 아니하였음에도 처분청이 쟁점토지에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점농지 취득일로부터 1년 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 것은 법률적·행정적 장애가 아닌 청구법인 내부의 의사결정 지연이 주된 원인으로 보이므로 이는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 보기 어려운 점, 나아가 청구법인이 쟁점농지 상에 신축한 OOO 및 OOO는 전체 인구대비 조합원 비율, 관할구역 내 기존 OOO 및 OOO가 다수 운영되고 있는 상황에서 조합원을 위한 필요성 보다는 조합 자체의 영리를 목적으로 하는 시설이라 봄이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점농지에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 OOO조합법에 따라 설립된 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지1> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 정관(2019.11.28. 기준)에 의한 목적(제2조)하면, 청구법인은 “조합원의 농업생산성을 높이고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술ᆞㆍ자금ㆍ자재 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적ㆍᆞ사회적ㆍᆞ문화적 지위를 향상시킴을 목적으로 한다.”고 되어 있다. (나) 청구법인은 2020.6.29. 쟁점농지(“답”)를 취득하여 처분청으로부터 지방세특례제한법제14조 제3항에 따라 취득세를 면제 받았다. (다) 일반건축물대장(갑) 등에 의하면, 청구법인은 2020.6.29. 취득한 쟁점토지상에 2121.7.21. 이 건 건축물 신축을 위한 건축허가를 받고, 2021.9.16. 공사에 착공하여 2022.7.4. 이 건 건축물(OOO동 451.71㎡, OOO동 2,018.3㎡) 2,740.01㎡를 신축하여 사용승인을 받은 것으로 나타난다. <표1> 이 건 건축물 신축 내역(건축물대장) OOO (라) 청구법인은 쟁점토지를 취득하여 이 건 건축물을 신축하기까지 정상적이고 진지한 노력을 다하여 왔다고 주장하며, 쟁점토지 취득 단계에서부터 이 건 건축물 신축까지의 일정별 추진현황 자료를 정리하여 <별지2>와 같이 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제14조 제3항에서는 OOO조합법에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 면제한다고 규정하면서, 같은 법 제178조 제1항 제1호에서는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우”는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 살피건대, 지방세특례제한법제178조 제1항 제1호에 의한 ‘정당한 사유’를 판단함에 있어서는 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 본문에 규정된 농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 OOO조합법에 따라 설립된 조합에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애 정도, 조합이 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 전부터 이 건 건축물을 건축하는 과정에서 설계용역, 경계복원측량, 지역본부의 고정자산 심의, 이사회 개최 및 인․허가 절차 등에 상당한 시간이 걸릴 것을 충분히 예상할 수 있었던 점, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간(1년)에 직접 사용하지 못한 사유는 법령에 의한 금지·제한 등의 외부적인 사유나 처분청의 귀책사유 등 외부적인 사유가 아닌 청구법인의 내부적인 사유(의사결정 지연으로 인한 기간 경과 등)로 보이는 점, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 날(2020.6.29.)부터 1년(유예기간)이 경과한 2021.7.21. 신축허가를 받고, 2021.9.16. 건축공사에 착공하여 2022.7.4. 이 건 건축물을 신축하였으므로 이는 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 처분청이 기 감면한취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 지방세법 제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다. <별지2> 이 건 건축물 신축관련 일정별 추진현황(청구법인 정리)

원본 출처 (국세법령정보시스템)