[요지] 청구법인의 쟁점취득물건에 취득에 대하여 종전의 규정을 적용한다 하더라도 종전의 규정 등에서 프로젝트금융투자회사가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세를 감면하도록 규정하고 있어 청구법인의 쟁점취득물건의 취득은 취득세 감면 요건을 충족한다고 보기 어려움.
[요지] 청구법인의 쟁점취득물건에 취득에 대하여 종전의 규정을 적용한다 하더라도 종전의 규정 등에서 프로젝트금융투자회사가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세를 감면하도록 규정하고 있어 청구법인의 쟁점취득물건의 취득은 취득세 감면 요건을 충족한다고 보기 어려움.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점 지특법 부칙은 당시 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것을 말한다)의 부칙 제76조(이하 “개정전 조특법 부칙”이라 한다)에 규정되어 있던 PFV에 대한 지방세 감면규정을 지방세특례제한법으로 이관하기 위하여 정부안으로 입안되었다. (가) 2014.11.12. 정부안 발의 당시 개정전 조특법 부칙은 2010년 1월 1일 이전에 설립·등기한 PFV가 취득하는 부동산에 대한 취득세를 취득기한의 제한 없이 50%를 감면하도록 규정하고 있었으며, 지방세특례제한법 일부개정 법률안은 개정전 조특법 부칙을 그대로 인용하여 2010년 1월 1일 이전에 설립·등기한 PFV가 취득하는 부동산에 대한 취득세는 취득기한의 제한 없이 50% 감면하도록 하는 내용으로 발의되었다. ＜ 2014.11.12. 입안 당시의 규정 비교(청구법인 정리) ＞ OOO (나) 위 (가)의 지방세특례제한법 일부개정 법률안은 2014.11.25. 소관 상임위인 안전행정위원회에 회부되어 관련 의원발의안과 함께 2014.12.4. 안전행정위원장안에 최종 포함되었으며, 2014.12.29. 법제사법위원회를 거쳐 같은 날 본회의에서 수정 없이 원안 가결되었고, 2014.12.31. 법률 제12955호로 공포되어, 2015.1.1. 최초 정부발의안과 동일한 내용으로 시행되고, 그 이후 개정되거나 삭제되지 않고 현재까지 유효하게 남아 있다. ＜ 쟁점 지특법 부칙 입법 과정(청구법인 정리) ＞ OOO
(2) 쟁점 지특법 부칙은 2010.1.1. 이전에 설립·등기한 PFV가 취득하는 부동산에 대해 취득기한에 관계없이 취득세를 감면하도록 명확히 규정하고 있으므로 별개의 부칙 규정으로 인하여 감면을 배제하는 것은 타당하지 않다. (가) 쟁점 지특법 부칙에서는 ① 법인세법 제51조의 2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 ② 2010.1.1. 이전에 설립·등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하여 감면요건으로 2010년 이전에 PFV가 설립·등기하는 것 외에 취득기한에 대한 제한 등 추가적인 제한요건이 없다. (나) 또한, 쟁점 지특법 부칙은 입법과정에서 취득기한에 대한 제한이 없는 현재의 부칙규정으로 입법예고가 된 뒤 일체의 논의 없이 원안 그대로 통과된바, 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 조세특례제한법부칙 제76조(이하 “개정후 조특법 부칙”이라 한다)와는 법적취지가 다르므로 청구법인이 취득한 이 건 부동산의 취득세를 과세함에 있어 상기의 두 규정을 동일한 것으로 보아 취득세 감면을 배제하는 것은 조세법률주의에 위배된다. (다) 한편, 개정후 조특법 부칙은 쟁점 지특법 부칙과 달리 PFV가 취득하는 부동산에 대해서 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산으로 취득기한을 제한하고 있으나, 쟁점 지특법 부칙과 같은 시기에 개정된 농어촌특별세법 시행령 부칙은 소급 개정 후 조특법 부칙을 인용하면서 “2016년 12월 31일” 취득기한을 명시하였음을 고려 할 때, 취득기한을 명시하지 않은 쟁점 지특법 부칙은 개정후 조특법 부칙의 취득기한까지 인용한 것으로 볼 수 없다. ＜ 부칙 개정 등 비교(청구법인 정리) ＞ OOO (라) 따라서 청구법인은 ① PFV로서 ② 2008.6.12. 설립·등기한 후 이 건 부동산을 취득하였으므로 청구법인이 취득한 이 건 부동산은 쟁점 지특법 부칙에 따른 취득세 50% 감면대상에 해당한다.
(3) 서로 다른 2개의 감면규정이 존재하는 경우 납세자는 유리한 감면규정 하나를 선택할 수 있다. (가) 대법원은 납세자가 동일한 경제적 목적을 달성을 위해 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 납세자가 선택한 법률관계를 존중하여야 하고, 납세자가 여러 가지 선택가능성이 있는 행위 중에서 세무상 더 불이익한 행위를 우선하여 행한 것으로 의제하는 것은 인정할 수 없다고 일관되게 판시하고 있다. (나) 또한, 서로 다른 2개의 감면규정이 동시에 적용될 때 납세자는 자신에게 유리한 감면규정 하나를 선택할 수 있다 할 것이고, 과세관청이 납세자에 유리한 규정의 적용을 배제하고 납세자에게 불리한 감면규정을 적용하여 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다 할 것이므로 청구법인은 세무상 유리한 쟁점 지특법 부칙을 선택하여 취득세를 감면받을 수 있다 할 것이다.
(1) 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV의 부동산 취득세 감면제도에 대해 개정후 조특법 부칙과 쟁점 지특법 부칙을 다르게 운영하려는 취지가 있었다고 볼 만한 사항이 없으므로 이를 연계하여 해석하여야 한다. (가) 2014.12.31. 법률 제12853호로 개정된 조세특례제한법은 2014.12.31. 일몰기한이 도래하는 PFV의 부동산 취득세 감면규정을 삭제하면서 그 부칙 제76조를 개정하여 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 종전의 규정에 따라 취득세를 감면할 수 있도록 경과조치를 두었다. (나) 한편, “2010년 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 법률 제9921호 조세특례제한법 부칙 제76조에 따라 종전의 규정을 계속 적용”할 것을 각 시ㆍ도에 통보(2015.1.6.)한 당시 법령 소관부처인 행정안전부의 방침에 비추어 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 PFV의 부동산 취득세 감면제도에 대해 개정 조세특례제한법과 다르게 운용하려는 취지가 있었다고 볼 만한 사정은 없었다 할 것이므로 쟁점 지특법 부칙에 따른 “종전의 규정”은 당초 PFV에 대한 부동산 취득세 감면 근거를 둔 조세특례제한법의 감면규정과 연계하여 해석해야 할 것이다. ＜ 행정안전부의 2015년 시행 지방세특례제한법 주요 개정내용(발췌) ＞ OOO
(2) 2010.1.1. 전에 설립ㆍ등기한 PFV에 대해 취득기한에 제한 없이 계속적으로 취득세를 감면한다고 본다면 영구적 취득세 감면혜택을 받게 되는 바, 조세특례제한법 부칙의 개정 취지와 경과조치를 둔 것에 배치되는 결과를 초래하게 된다. 개정 조세특례제한법에 대한 국회 논의 과정을 살펴보면, 2010.1.1. 전에 설립ㆍ등기한 PFV의 경우“2016년 12월 31일까지 취득한 부동산”에 대해서만 취득세를 감면하도록 한 것은 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 부동산 취득기한의 제한 없이 부동산 취득세를 계속 감면할 경우 2010년 1월 1일 이후에 설립ㆍ등기한 PFV와의 형평성 문제 등이 발생할 수 있다는 점을 고려하여 같은 법 부칙 제76조에서 감면 시한을 둔 것인데, 만약 같은 법의 개정 취지 및 부칙의 경과조치를 고려하지 않고 쟁점 부칙에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 PFV에 대해 부동산 취득기한의 제한 없이 계속 취득세를 감면할 수 있다고 본다면, 결국 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 PFV는 부동산을 취득하는 경우 영구적으로 취득세 감면 혜택을 받게 되는바, 이는 위와 같은 개정 취지 및 개정후 조특법 부칙에서 경과조치를 둔 것과 배치되는 결과를 초래하므로 타당하지 않다.
(3) 쟁점 지특법 부칙에서 “법률 제9921호 조세특례제한법 일부 개정법률 부칙 76조에 따라”라고 규정하고 있으므로, 개정후 조특법 부칙의 내용 중“2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산”이라는 문언도 적용되어야 한다.
(4) 또한 위와 동일한 취지와 내용으로 2010년 1월 1일 이전에 설립·등기한 PFV가 2017년 1월 1일 이후에 취득한 부동산은 쟁점 지특법 부칙에 따라 취득세가 감면된다고 볼 수 없다는 법제처의 법령해석이 있었다는 점 역시 고려되어야 한다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2008.6.12. 구 법인세법제51조2와 같은 법 시행령 제86조2에 따라 설립·등기된 PFV로서 OOO일원의 사업 지구 내 산업용지, 주거단지, 상업 및 근린생활시설, 산학연구단지 등의 복합산업단지 개발, 분양과 이에 따른 부대사업의 시행과 그 관련시설의 관리 및 운영을 주요 사업목적으로 하며, OOO에 본점을 두고 있다. (나) OOO일원에 조성되는 이 건 산업단지조성사업은 2008.8.8. 처분청으로 산업단지 지구지정(개발계획) 승인되었고, 청구법인은 이 건 산업단지조성사업의 사업시행자로 지정되었다. (다) 이 건 산업단지조성사업은 2012.2.3. 처분청으로부터 실시계획이 승인ㆍ고시되었다. (라) 청구법인은 이 건 산업단지조성사업을 시행하는 과정에서 2018년부터 2021년까지의 기간 동안 이 건 부동산을 취득한 후, 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 조세특례제한법제120조 제4항에서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서 그 제3호에서 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산을 규정하고 있다. 그 후, 2014.12.23. 법률 제12853호로 조세특례제한법을 개정하면서 2014.12.31. 일몰이 종료되는 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 감면 규정인 제120조를 삭제한 후, 개정후 조특법 부칙(제76조)을 개정하여 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 종전의 규정에 따라 취득세 등을 감면하도록 하였다. 그리고, 기존의 조세특례제한법에서 규정하고 있던 지방세 감면 등 특례에 관한 규정을 지방세특례제한법으로 일원화하는 과정에서 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대한 감면 규정을 종료한 후, 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 지특법에 부칙(제23조)을 두어 법률 제9921호(2010.1.1.) 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다는 부칙을 마련하였다. (나) 청구법인은 2017.1.1. 이후 취득한 이 건 부동산에 대하여 PFV가 취득하는 부동산으로서 취득세의 50% 감면 대상이라고 주장하나, 취득세 등이 감면대상이 되는지 여부는 원칙적으로 납세의무성립 당시의 법률을 적용하여 판단하여야 하고, PFV에 대한 취득세 감면규정은 2014.12.31. 삭제되어 청구법인이 2017.1.1. 이후 이 건 부동산을 취득할 당시에는 PFV가 취득하는 부동산에 대한 감면규정이 존재하지 않았던 점, 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 개정후 조특법 부칙(제76조)에서 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사의 경우 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 감면하도록 규정한 취지는 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기하였다는 이유로 그 취득시기에 관계없이 취득세 등을 계속하여 감면할 경우 2010.1.1. 이후에 설립된 프로젝트금융투자회사와의 과세 형평 등을 고려하여 그 감면의 시한을 둔 것으로 보이는 점, 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 개정전 조특법 부칙(제76조)은 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정후 조특법 부칙(제76조)으로 개정되어 2010.1.1. 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여는 종전의 규정에 따라 취득세 등을 감면하도록 감면 시한을 두었고, 그 후, 쟁점지특법 부칙(제23조)에서 프로젝트금융회사에 관한 경과조치로 ‘법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’는 규정을 두었는바, 쟁점지특법 부칙(제23조)에서 말하는 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조는 2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 개정후 조특법 부칙(제76조)을 말한다고 보는 것이 합리적인 해석으로 보이는 점, 청구법인의 이 건 부동산 취득에 대하여 종전의 규정을 적용한다 하더라도 종전의 규정 등에서 프로젝트금융투자회사가 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대하여만 취득세를 감면하도록 규정하고 있어 청구법인의 이 건 부동산은 취득세 감면 요건을 충족한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 2010.1.1. 이전인 2008.6.12. 설립ㆍ등기한 PFV인 청구법인이 2017.1.1. 이후 취득한 이 건 부동산은 취득세 경감 대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때
(2) 조세특례제한법 (2004.12.31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각호의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산
(3) 조세특례제한법 (2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
3. 프로젝트금융투자회사가 2012년 12월 31일까지 취득하는 부동산 부칙 ＜제9921호, 2010.1.1.＞ 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
(4) 조세특례제한법 (2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제120조(취득세의 면제 등) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(지방세법 제13조 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산은 제외한다)을 2014년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 30(제3호의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 지방세법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다
3. 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산 부칙 ＜제11614호, 2013. 1. 1.＞ 제45조(지방세 개정 관련 일반적 경과조치) 2013년 1월 1일 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(5) 조세특례제한법 (2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제120조 삭제 부칙 ＜제12853호, 2014. 12. 23.＞ 제72조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 부칙 ＜제9921호, 2010.1.1.＞ 제76조(등록세 및 취득세의 면제 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 등록세와 취득세의 감면에 대해서는 제119조 제6항 제3호 및 제120조 제4항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. ＜개정 2014.12.23.＞
(6) 지방세특례제한법 (2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 ＜제12955호, 2014. 12. 31.＞ 제23조(프로젝트금융회사에 관한 경과조치) 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 회사가 2010년 1월 1일 이전에 설립ㆍ등기한 경우, 해당 회사가 취득하는 부동산에 대한 취득세의 감면에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(7) 농어촌특별세법 (2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정된 것) 제4조(비과세)다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.
12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것
(8) 농어촌특별세법 시행령 (2015.2.27. 대통령령 제26125호로 개정된 것) 부칙＜대통령령 제26125호, 2015.2.27.＞ 제4조(프로젝트금융투자회사에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 관한 경과조치) ① 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제76조에 따라 2010년 1월 1일 전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2016년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
② 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제72조에 따라 2014년 12월 31일 이전에 설립ㆍ등기한 프로젝트금융투자회사가 2015년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 비과세에 대해서는 제4조 제6항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
(9) 법인세법 (2004.1.29. 법률 제7117호로 개정된 것) 제51조의2(유동화전문회사등에 대한 소득공제) ① 다음 각호의 1에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 공제한다.
6. 제1호 내지 제5호와 유사한 투자회사로서 다음 각목의 요건을 갖춘 법인일 것