조세심판원 심판청구 법인세

① 쟁점부동산이「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 해당하는지 여부 ② 청구법인을「중소기업창업지원법 시행령」제2조 제1항 제3호에 따라 조세혜택을 부여받는 창업중소기업으로 볼 수 있는지 여부

사건번호 조심 2022지1603 선고일 2023-11-23 조세심판원

[요지]

① 청구법인은 조서연은 2009년 종전사업장을 단기간에 폐업한 이후, 10년이 지난 2019년 청구법인을 설립하여 심리일 현재 계속하여 식품제조업 등을 영위하고 있는 것으로 나타나는 점, 조서연은 종전사업장 영위 당시지방세특례제한법제58조의3 등에서 규정하는 창업 관련 조세혜택을 받은 사실이 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인은 창업으로 보지 않는지방세특례제한법제58조의3 제6항 제2호 및 제3호의 경우에 해당한다고 보기 어려우므로, 처분청에서 쟁점부동산이지방세특례제한법제58조의3 제1항에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 아니한다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.② 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략함.

[주 문] OOO시장이 2022.1.24. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2021.3.9. OOO토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 2021.10.20.쟁점토지 상에 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점건축물”이라 하고 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후,지방세법제11조 제1항 제3호 및 제7호의 세율을 적용하여 아래 <표>와 같이 취득세 등을 신고·납부하였다. <표> 이 건 취득세 등 신고·납부내역 OOO
  • 나. 청구법인은 2021.11.16. 쟁점부동산이지방세특례제한법제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다는 이유로 기 납부한 취득세 등의 100분의 75(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.1.24. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.19. 이의신청을 거쳐 2022.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 대표자 aaa(이하 “aaa”이라 한다)은 2009년 개인사업자 영업신고만 하고 그대로 폐업하였고 청구법인을 설립한 2019년부터 식품제조업을 영위하였으므로, 청구법인은지방세특례제한법제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업으로 보아야 한다. aaa은 2009년 임차건물(이하 “종전사업장”이라 한다)에서 개인사업을 시작하고자 식품위생법령에서 신고사항으로 규정한 식품제조업 영업신고를 하였으나, 처분청은 종전사업장을 확인한 후 위반건축물(무단증축)임을 근거로 영업을 할 수 없었다고 하였다. 종전사업장은 타인의 건축물로서 사업에 적합한 용도로 리모델링을 할 수도 없었기에, 당시 aaa은 개인적으로 손해(임차금액과 사업을 못한 손해)를 감수하면서 영업 자체를 개시하지 못하고 부득이 폐업할 수밖에 없었다. 이후 aaa은 개인사업을 폐업한 지 10년이 경과한 2019년 청구법인을 설립하여 현재까지 운영하고 고용창출을 하고 있는바, 이 때 비로소 실질적으로 사업을 개시한 것으로 보아야 한다. 처분청은 창업중소기업 취득세 감면 규정이 적용되기 위해서는 원시적인 사업창출효과가 있어야 한다는 대법원 판례 등을 들면서, “aaa은 개인사업자로서 동일 업종인 식품제조업을 영위한 점에서 원시적인 사업창출효과가 없다”라고 한다. 그러나 동 판결은 종전 사업체의 유휴설비를 이용하거나 사실상 폐업한 업체의 자산을 그대로 이용하여 사업을 개시하였으므로 원시적 사업창출 효과가 없어 창업으로 볼 수 없다는 취지로, 개인사업으로 사업자등록만 하였고 실제 사업을 전혀 한 사실이 없는 이 건에 직접 원용할만한 사례로 볼 수 없다. 한편 처분청은 aaa은 개인사업자로서 영업신고를 하였고 사업자등록증을 발급받았다는 형식적인 측면을 강조하고 있다. 그러나 aaa은 개인사업자였던 2009년에는 사업 자체를 하지 아니하였고, 청구법인을 설립한 2019년에 처음으로 사업매출을 기록했으므로 이때부터 실질적인 사업을 시작하였다고 보아야 한다. 더욱이 처분청은 aaa이 개인사업자로서 2009년에 사업자등록을 하였으므로 매출이 없었다고 단정하기 어렵고, 폐업 전 사업과 폐업 후 사업의 매출액을 비교하여 창업 여부를 판단하는 것은 조세법률주의에 위반된다는 의견을 제시한다. 그러나 aaa의 경우 2009년∼2010년 귀속 종합소득세 및 사업소득 신고사실이 없고, 개인사업자 사업자등록일부터 폐업일까지는 약 53일(2009.7.17.∼9.11.)에 불과하며, 부가가치세 과세증명원상 매출액도 전혀 없는 것으로 확인된다. 그렇다면 청구법인이 제출할 수 있는 최선의 자료로서 부가가치세 과세증명원 등을 제시하였다면, 객관적 증빙과 달리 은닉된 매출이 있었음은 처분청이 증명하여야 함에도 단순히 추정만 하고 있다. 처분청에서 근거로 제시하는 창업으로 보지 않는지방세특례제한법제58조의3 제6항 제2호의 “거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우” 내지 같은 항 제3호의 “폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우”는 사실상 사업한 실적이 있음을 전제하고 있는 점에서 처음부터 전혀 사업이 이루어지지 않았던 이 건에 적용될 수 없다. 또한 aaa은 개인사업 당시 창업과 관련된 감면을 받은 사실이 없고, 종전사업장(2009년)과 현재 청구법인의 사업장(2019년)은 시기와 장소가 달라 종전사업장의 장비 등을 승계 받은 사실도 없다(정확히는 종전사업장에서는 장비 등을 구매하지 않은 채 폐업하였음). (2)중소기업창업지원법 시행령제2조 제1항 제3호에 따라 청구법인은 조세혜택을 부여받는 창업중소기업으로 볼 수 있다. 대법원은 “중소기업창업지원법및 같은 법 시행령에 따른 창업을 전제로 여기에 해당하는 중소기업에 대하여는 조세감면의 혜택을 부여하고자 한 것으로 봄이 상당하고, 개정된조세특례제한법제6조 제4항에서 구중소기업창업 지원법및 그 시행령에서와 같은 창업의 범위를 제한하는 규정이 신설되었다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다”라고 판시하고 있다. 중소기업창업지원법 시행령제2조 제1항 제3호에서 개인인 중소기업자가 기존 사업을 폐업한 후 중소기업을 새로 설립하여 기존사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것은 창업으로 보지 않으나, 다만 사업을 폐업한 날부터 3년 이상 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우에는 동법상의 창업으로 보고 있다. 그렇다면, aaa이 개인사업자였다가 2009년 폐업한 후 2019년 청구법인을 설립한 것은 중소기업창업지원법령상 ‘창업’으로서, 위 대법원 판례의 취지에 따라 조세혜택을 부여하여야 할 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 개인사업자 당시인 2009년에는 임차한 건물 내에 무단 증축된 위반건축물이 있어 영업을 개시하지도 못하였고 영업을 위한 장비도 구입할 시간적인 여유도 없었다는 청구주장은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다. 식품위생법령은 식품제조·가공업 등을 하고자 하는 자는 보건복지가족부령이 정하는 시설기준에 적합한 시설을 갖춘 후 영업신고를 관청에 제출하도록 규정하고 있다. 또한 청구법인이 제출한 심리자료(임차건물 관련 제주시 인터넷 질의)에 의하면 “무허가 건물은 건축물대장에 등록되지 않은 불법건축물로 영업 등록이 불가합니다. 그러나 해당 건물 내 무허가 건물이 존치할 경우, 무허가 건물을 제외한 면적으로 영업 등록이 가능할 것으로 판단되오나, 자세한 사항은 현장 조사 등의 절차 진행이 이루어져야 할 것입니다.”고 행정청이 답변한 사실이 나타난다. 건축물대장에 의하면, 종전사업장은 경량철골조 구조의 제2종 근린생활시설 2개의 주건물로 구성되는데, 여기에는 제2종근린생활시설이 무단증축되었음이 표기되어 있다. 그런데 청구법인의 영업신고증에 의하면, 청구법인이 처분청에 신고한 영업의 종류는 식품제조·가공업, 영업장 면적은 OOO㎡로 기재되어 있는 것으로 확인된다. 이와 같이 청구법인의 제출자료 및 관련 법령들을 종합하여 보면, 식품제조·가공업 영업신고를 하기 위해서는 시설기준에 적합한 시설을 반드시 갖추어야 하는바, 청구법인이 개인사업자 당시인 2009년에 영업신고증을 받았다는 사실만으로도 당시에 영업을 위한 시설을 갖추었음을 알 수 있다. 나아가 무단 증축된 일반음식점 OOO㎡는 청구법인이 종전사업장 내 영업신고가 이루어진 영업장면적 OOO㎡와는 별개의 부분으로 해당 무허가 건물을 제외한 면적으로도 영업 등록이 충분히 가능하다고 할 것이다.

(2) 청구법인은 2019년에 비로소 매출과 고용창출이 처음 이루어졌고, 이에 따른 사업창출이 있었던 점에서 창업중소기업에 해당한다는 청구주장은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다. 이 건의 핵심은 법인의 대표자가 개인사업자로 동일사업을 폐업하고 새로 동종업종의 법인을 설립한 경우를지방세특례제한법제58조의3에 따른 창업으로 볼 수 있는지에 있다. 법인이란 법에 의하여 특정한 단체에 권리와 능력을 갖춘 인격이 부여되는 것으로, 개인사업자와 법인은 별개의 독립된 법인격체이므로 개인사업자가 하던 사업을 법인이 개시했다고 하여 법인이 그 동종 사업을 영위한다고 볼 수 없을 것이나, 거주자가 법인의 최대주주 또는 최대출자자이거나 대표자로서 그 법인을 실질적으로 지배하는 경우라면 창업으로 볼 수 없을 것이다. 이 건의 경우 청구법인의 경우는 개인사업자가 법인의 대표자이며 최대주주(60%)로 그 법인을 실질적으로 지배하고 있는 경우로서, 창업으로 보지 않는지방세특례제한법제58조의3 제6항 제2호의 “거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우”에 해당한다. 더욱이 청구법인은 대표 aaa이 2009년에 도시락 제조업으로 개인 사업자등록을 한 후 같은 해 폐업을 했고, 2019년에 동일한 업종으로 법인을 설립하여 다시 사업을 개시한 점에서지방세특례제한법제58조의3 제6항 제3호의 “폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우”에도 해당하는 점에서 조세혜택을 부여받는 창업으로 볼 수 없다. 한편, 청구법인은 2009년 실질적으로 사업을 개시하지 못했다고 주장하면서, 증빙으로 대표자의 사실증명서(2009∼2010년)과 부가가치세과세표준증명원(2009.7.5.∼2009.9.11.)을 제출하고 있다. 그러나지방세특례제한법제58조의3 감면규정에는 사업소득의 발생 여부나 사업 개시와 폐업의 기간에 대한 규정을 별도로 두지 아니하고 있고, 사업을 실질적으로 영위했는지 여부는부가가치세법에 따라 관할 세무서장이 이를 확인하고 교부한 사업자등록증에 근거하여 판단하는 것이 합리적이라 할 것이다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 쟁점부동산이지방세특례제한법제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 해당하는지 여부

② 청구법인을중소기업창업지원법 시행령제2조 제1항 제3호에 따라 조세혜택을 부여받는 창업중소기업으로 볼 수 있는지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2023년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은통계법제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다. (각 호 생략)

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

(2) 중소기업창업 지원법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “중소기업”이란 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 말한다.

2. “창업”이란 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다.

(3) 중소기업창업 지원법 시행령 제2조(창업의 범위) ① 중소기업창업 지원법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제2호의 창업은 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 것으로 한다.

3. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 폐업한 후 중소기업을 새로 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것. 다만, 사업을 폐업한 날부터 3년(부도 또는 파산으로 폐업한 경우에는 2년을 말한다) 이상 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우는 제외한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) aaa은 bbb으로부터 종전사업장을 보증금 OOO원, 1년 차임 OOO원, 사용기간 1년으로 하여 임차하였다. (나) aaa은 2009.7.3. 영업소명칭을 ‘OOO’으로 하여 처분청에 식품제조가공업으로 영업신고한 후, 2009.7.15. 상호: ‘OOO’, 업태: 식품제조/음식, 종목: 도시락/제조로 하여 사업자등록을 하였다가, 2009.9.11. 종전사업장을 폐업하였다. (다) aaa은 2019.7.29. 청구법인을 설립하였는데, 본점주소는 OOO, 사업목적은 식품제조업, 도시락 제조 및 판매업 등으로 확인된다. (라) 청구법인이 제출한 증빙은 다음과 같다.

1. 종전사업장의 부가가치세 과세증명원에는 과세기간(2009년 제2기) 매출액이 OOO원으로 기재되어 있는 반면, 청구법인의 매출액은 2019년 OOO원, 2020년 OOO원, 2021년 OOO원으로 확인된다.

2. 사실증명서에는 aaa의 2009년∼2010년 귀속 종합소득세 신고 및 과세내역이 없고, 근로소득, 사업소득 등이 연말정산에 제출된 사실도 없는 것으로 나타난다.

3. 쟁점부동산을 비롯하여 식품제조업을 영위하기 위한 자산(화물차, 냉장고, 주방용품, 식기세척기 등)은 청구법인의 설립 이후 구매된 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가)지방세특례제한법제58조의3 제1항에서 2023년 12월 31일까지 창업하는 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하도록 규정하고 있고, 같은 조 제6항에서는 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우(제2호) 및 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우(제3호) 등을 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 이에 해당하는지 여부는 창업의 경위, 개인사업자와 법인의 소재지, 법인 설립시점, 사업개시일을 전후한 매출규모의 변화, 종전사업장의 임직원 및 거래처 승계 여부 등을 감안하여 실질에 따라 판단하여야 한다. (나) 처분청은 종전사업장의 사업자등록증 등을 근거로 aaa이 당시 개인사업자로서 식품제조업 등을 영위하였다는 의견이나, aaa은 2009.7.15. 종전사업장으로 개인사업자등록을 한 후, 2009.9.11. 폐업신고를 한 것으로 확인되는데, 종전사업장의 부가가치세 과세증명원 및 aaa의 종합소득세 신고내역 등에 의하면 해당 기간(53일) 사업실적이 전혀 없어 실질적인 창업을 하지 아니한 것으로 보이는 점, 이와 달리 aaa이 종전사업장에서 실제 사업을 영위하였음을 인정할만한 종전사업장의 주요 거래처 내지 유형자산 등의 승계사실, 원재료 구입내역이나 은닉된 매출자료 등 객관적이고 구체적인 심리자료가 제시되지 아니한 점, 종전사업장의 법인전환사실은 확인되지 아니하는 반면, aaa은 2009년 종전사업장을 단기간에 폐업한 이후, 10년이 지난 2019년 청구법인을 설립하여 심리일 현재 계속하여 식품제조업 등을 영위하고 있는 것으로 나타나는 점, aaa은 종전사업장 영위 당시지방세특례제한법제58조의3 등에서 규정하는 창업 관련 조세혜택을 받은 사실이 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인은 창업으로 보지 않는지방세특례제한법제58조의3 제6항 제2호 및 제3호의 경우에 해당한다고 보기 어려우므로, 처분청에서 쟁점부동산이지방세특례제한법제58조의3 제1항에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 아니한다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)