창업보육센터용으로 취득한 건물 중 공실 부분에 대해서 「지방특례제한법」제60조 제3항 제1의2호에 따라 재산세를 감면할 수 있는지 여부

[주 문] OOO시장(OOO구청장)이 청구법인에게 2022.7.7. 한 재산세 OOO원, 지역자원시설세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원 및 2022.9.5. 한 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 2022.7.7. 청구법인이 2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 OOO 지상의 창업보육센터용 건축물(이하 “이 건 창업보육센터”라 한다) 중 공실 부분 OOO㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대한 재산세 OOO원, 지역자원시설세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과‧고지하였고, 2022.9.5. 쟁점건축물의 부속토지 OOO㎡(쟁점건축물과 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(쟁점건축물에 대한 재산세 등과 합하여 이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 부과‧고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1999.8.5. 창업보육센터 사업자로 지정받아 교내 건축물 중 OOO개 동을 창업보육센터로 운영하고 있고, 창업보육센터는 법률에 따라 입주기업이 제한되고 등록기준에 맞지 않게 사용하는 경우 등록을 취소하거나 사업의 정지를 명할 수 있도록 규정하고 있어서 해당 사업의 휴업이나 폐업한 경우가 아니라면, 입주자 퇴실 등으로 일부 공실이 발생하였다 하더라도 해당 건물 전체는 여전히 창업보육센터에 직접 사용되고 있다고 보아야 한다. 더욱이, 청구법인은 공실 부분을 강의실로 편성하여 학교용으로 사용함으로써 재산세를 면제받을 수 있음에도 관련 법령 탓에 학교용으로 전용할 수도 없는 상황에서 제3자(임차인)의 행위에 대한 책임을 청구법인에게만 묻는 것도 합리적이라고 할 수 없다. 따라서 재산세 과세기준일 현재(6.1.) 일시적인 공실을 들어 감면을 배제하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방특례제한법 제2조 제1항 제8호는 “직접 사용”을 부동산의 소유자가 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제60조 제1항 제1호의2(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)는 창업보육센터에 직접 사용하는 경우에만 재산세를 감면하도록 규정하고 있으므로 처분청이 공실 상태인 쟁점건축물에 대해서 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 창업보육센터용으로 취득한 건물 중 공실 부분에 대해서 지방특례제한법제60조 제3항 제1의2호에 따라 재산세를 감면할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 이 건 창업보육센터를 포함하여 OOO를 운영하고 있다. (나) 중소기업청장은 OOO 이 건 창업보육센터를 센터의 주소지로 하여 청구법인을 창업보육센터사업자로 지정하였다. (다) 이 건 창업보육센터는 총 OOO개의 보육실을 보유하고 있고, 이 건 재산세 과세기준일 현재 11개 호실이 공실인 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 과세기준일 현재 창업보육센터 용도로 직접 사용하지 않았으므로 이 건 감면요건을 충족하지 못하였다는 의견이다. 그러나지방특례제한법상의 재산세 감면규정은 “과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 감면한다(종교단체, 노인복지시설 등 다수)”는 형태와 “해당 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세를 감면한다”는 형태로 구분되는데, 그 문언이 명백히 다른 두 규정의 감면 요건을 같다고 보기 어려운 점, 이 건 감면규정은 “창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”을 그 요건으로 두고 있으므로 청구법인이 이 건 창업보육센터 전부를 창업보육센터용으로 취득한 이상 쟁점부동산에도 이 건 감면규정의 요건을 충족한 것으로 보이는 점, 이 건 창업보육센터는 이 건 재산세 등의 과세기준일 현재 관련 법령에 따라 창업보육센터로 지정되어 있고, 입주자의 사정으로 일시적으로 공실이 된 부분을 다른 용도로 사용하고 있다고 볼 수 없으며, 그 공실 비율(OOO%)까지 고려하면 이 건 창업보육센터는 전체적으로 본래 취득 목적대로 사용되고 있다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점부동산은 이 건 감면규정에 따른 재산세 감면대상에 해당하는 것으로 보인다. 따라서 처분청이 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제2조(정의) 8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제60조(중소기업협동조합 등에 대한 과세특례) ③ 중소기업창업 지원법에 따른 창업보육센터에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. 1의2. 제41조제1항에 따른 학교등이 창업보육센터사업자의 지정을 받고 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(학교등이 취득한 부동산을 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단이 운영하는 경우의 부동산을 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75를, 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100을 각각 2023년 12월 31일까지 감면한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우