[요지] 청구법인이 그 지원비를 받았다고 하여 이를 수익사업으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 이 건 건축물을 취득한 후 쟁점건축물을 포함한 그 전부를 학교 용도에 직접 사용하고 있다고 보는 것이 타당하다고 할 것임.
[요지] 청구법인이 그 지원비를 받았다고 하여 이를 수익사업으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 이 건 건축물을 취득한 후 쟁점건축물을 포함한 그 전부를 학교 용도에 직접 사용하고 있다고 보는 것이 타당하다고 할 것임.
[주 문] 서울특별시 서대문구청장이 2022.7.12. 청구법인에게 한 재산세 OOO원, 지역자원시설세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점건축물은 OOO학교가 나노 과학에 대한 이론 연구를 주도하기 위해 설립한 OOO연구소의 연구시설로서 OOO학교가 학교 사업에 직접 사용하고 있는 건축물이다.
(2) OOO학교는 OOO연구소를 설립한 후 독자적으로 연구 활동을 이어가다가 OOO연구원으로부터 국책 연구비 등을 지원받기 위해 OOO연구소를 OOO연구원 소속 외부연구단에 포함시켰으나, OOO연구소는 여전히 OOO학교 산하 연구기관이고, OOO연구원은 외부연구단의 독립적 연구와 운영을 보장하고 있다.
(3) OOO연구소는 OOO연구원의 외부연구단에 포함된 후에도 여전히 OOO학교의 연구기관으로 남아 나노과학 관련 연구활동을 계속하고 있고, OOO연구소에서 실제 연구 활동을 수행하고 있는 연구자들은 모두 OOO학교 소속 물리학과 교원, 연구원 또는 학생들로서 그들의 인건비 또한 사실상 OOO학교가 부담하고 있다.
(4) 또한,OOO연구원 연구단 운영규칙제56조 제2항 및 제57조 제2항에서 (외부)연구단의 운영은 OOO연구원의 직접적인 지시와 통제로부터 벗어나 연구단장의 주도하에 자율적으로 운영하도록 규정하고 있고, OOO학교 OOO연구소는 aaa 교수를 비롯한 주요 교수진에 의해 연구단의 인력구성과 채용, 세부연구계획 확정 및 예산배분 등을 독립적으로 결정하고 있다.
(5) 이와 같이 OOO연구소는 형식적으로는 OOO연구원에 소속된 것으로 보이지만, 인력구성과 인건비 지급, 연구결과물의 소유에 관한 면면을 볼 때, 실제로는 OOO학교 소속 연구소로서 OOO연구원으로부터 독립성을 유지하면서 연구활동을 하고 있다고 할 것이므로 OOO연구소로 사용하고 있는 쟁점건축물은 청구법인이 목적 사업인 교육 사업에 직접 사용하고 있는 건축물에 해당된다고 할 것임에도 처분청이 그 형식적 소속에만 얽매여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(1) OOO학교와 OOO연구원이 2016.12.22. 체결한 외부연구단 운영지원에 관한 협약서(이하 “이 건 협약”이라 한다)를 보면, OOO연구원은 OOO학교에 OOO연구원의 연구과제 수행을 위한 연구단을 설치하고(제2조), 연구단은 연구단에서 인건비를 지급받는 연구단 전임인력과 연구단에서 인건비를 지급받지 않고 사업에 참여하는 연구단 비전임인력 등으로 구성되며, OOO학교는 해당 연구를 위한 공간을 제공한다고 규정하고 있고(제11조), OOO연구원은 연구인력의 인건비와 연구 수행을 위해 OOO학교가 지출한 비용을 OOO학교에 제공하는 것으로 규정하고 있다(제10조, 제12조).
(2) 이 건 협약을 종합하여 볼 때, 청구법인이 2019.8.6. 취득한 쟁점건축물은 OOO학교가 학교 용도에 직접 사용하기 위해 취득한 것이 아니라 OOO연구원 소속 외부연구단의 연구 등을 위해 취득한 것이라 할 것이므로 처분청이 쟁점건축물에 대하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(신탁법제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ② 학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및지방세법제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1964.2.22. 기독교정신에 입각한 고등교육·중등교육·초등교육 및 유아교육을 실시할 목적으로 설립한 학교법인으로 OOO학교 등을 설치·운영하고 있다. (나) OOO연구원은 2016.4.18. OOO학교를 외부연구단 유치기관으로, OOO학교 OOO연구소 소속의 aaa 교수를 그 연구단의 연구단장으로 선정하였다. (다) OOO연구원과 OOO학교는 2016.12.12. 아래와 같이 이 건 협약을 체결하였다.
○○○ (라) 청구법인은 2019.8.6. 이 건 건축물(12,404.78㎡)을 신축한 후, 이 건 건축물을 OOO학교 OOO대학의 강의실 및 실험실습실, 교수연구실 등으로 사용하겠다는 취지로 취득세 등의 면제를 신청하였고, 처분청은 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 면제하였다. (마) 청구법인은 OOO연구원으로부터 연구비를 지원받기 위해 이 건 협약을 체결하고 그에 따라 OOO연구소를 OOO연구원의 외부연구단으로 등록한 것일 뿐 2022년도 재산세 과세기준일 현재 쟁점건축물을 OOO학교 OOO대학의 강의실, 실험실습실 또는 OOO학교 OOO연구소의 연구실 등으로 사용하고 있다고 주장한다. (2)지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제41조 제2항에서 학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 및 지역자원시설세를 각각 2024.12.31.까지 면제하되, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 이 건 협약 제6조 제2항에서 OOO연구원은 OOO학교의 교원을 연구단의 전임인력(학연교수)으로 임용하고, 제7조 제1항에서 학연교수는 OOO학교 교원의 처우를 받는다고 규정하고 있음을 볼 때 OOO학교 소속 교원 등은 OOO에 관련 연구를 수행하면서 OOO연구원(외부연구단)의 연구 과제도 함께 수행하고 있는 것으로 볼 수 있는 점, 이 건 협약 제8조 제4항, 제9조 제1항 및 제2항을 종합하면, OOO학교의 교원 및 학생들은 외부연구단의 연구에 참여하고, 연구단 소속의 연구인력(학연교수 등)이 OOO학교 대학원생의 연구 지도를 하는 것으로 규정되어 있는 점, 이 건 협약 제12조 제6항에서 OOO학교는 외부연구단의 연구 수행에 대한 성과 및 실적에 대한 종합적인 관리, 감독 계획을 세워 이를 수행하여야 한다고 규정하고 있는 점, OOO연구원이 연구수행경비의 일부를 OOO학교에게 지급하였다 하더라도 이는 연구 활동 등을 지원하기 위한 것이거나 지식재산권 출원·등록 등을 위한 것으로 보이는 바, 이를 수익사업에 의한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점건축물을 포함한 이 건 건축물을 학교 용도에 직접 사용하고 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제7항,국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.