청구법인이 쟁점토지를 취득하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 면제한 취득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2020.9.8. OOO 외 OOO필지 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)하고, 같은 날지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제3항에 따라농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2022.7.11. 기 면제한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 사업추진을 위한 별도의 조직을 구성하고 인원까지 배정하였고, 건축물 신축을 위한 설계·감리 및 건축도급계약 등을 수의계약이 아닌 경쟁입찰을 통해 해당 업체를 선정하여 선정과정에서 수의계약보다 더 많은 기간이 소요되었다. 신축예정인 건축물은 금융점포·유통시설 및 동물병원 공간이 필요한 복합건축물로서 기본설계와 실시설계를 각 OOO로부터의 기술검토를 받아야 하였고, 사업 수행이 가능한 대규모 건축공사로 상당한 기간이 소요되었다. 2020년 3월 전 세계적으로 유례없는 전염병인 COVID19의 발병과 보건당국의 사회적 거리 두기 시행으로 경제주체의 경제활동이 위축되는 상황에도 불구하고 청구법인은 대규모의 사업을 추진하기 위한 별도의 조직을 신설하였고 사업자 선정을 위한 공모, OOO로부터의 승인절차를 포함한 내부적 절차와 외부적 규정을 준수하여, 쟁점토지를 해당 용도로 사용하기 위해 진지한 노력을 다하였으므로 처분청이 기 면제한 취득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 받았으나, 2년이 경과한 현재 사용승인을 받지 못하였고, 처분청이 쟁점토지에 현지 출장(2022.6.7.)한 결과, 나대지와 자연림으로 확인되는바, 쟁점토지를 감면유예기간(1년) 이내에 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없다. 청구법인은 쟁점토지를 고유목적에 직접 사용하기 위해서 진행되는 공사가 대규모의 건축공사임을 인지하고 있었고 상당한 시간이 걸릴 것을 예상할 수 있었으며, 상당한 기간이 소요될 것이 예상되었다면 유예기간이 1년인 것을 고려하여 착공을 서둘러 시작하였어야 함에도 쟁점토지를 취득한 후 1년 8개월 만에 착공계를 제출하였다. 청구법인이 쟁점토지를 목적사업에 사용하지 못한 데에 법령에 의한 금지·제한 등의 외부적인 사유나 처분청의 귀책사유 등의 외부적인 사유는 없었던 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인이 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 면제한 취득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 지방세특례제한법 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은지방세법제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2020.9.8. 쟁점토지를 취득(매매)하고, 같은 날지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제3항에 따라농업협동조합법에 따라 설립된 조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 면제받았다. (나) 처분청은 2022.6.7. 쟁점토지에 현지출장한 결과, 쟁점토지는 나대지와 자연림으로 되어 있는 것으로 확인된다. (다) 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간에 쟁점토지를 고유업무에 사용하고자 진지한 노력을 다하였다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다. ＜쟁점토지에 건축물 건축을 위한 진행내역＞ 일자 내용 비고 2020.4.29. 업무용 고정자산 취득 승인을 위한 이사회 2020.7.17. 농축협 고정투자 심의신청서 제출 회원조합 고정투자심의회운영준칙 제6조 2020.8.10. 종합청사 신축 기술검토 결과 회신 OOO 2020.9.8. 쟁점토지 소유권 이전 등기 2021.1.7. 종합청사 신축 사업성검토 컨설팅 용역 계약 계약사무처리준칙 제37조, OOO 수의계약 2021.2.18. 종합청사 부동산개발 공동사업협약 계약 부동산개발업 관리 육성에 관한 법률 제7조, OOO 수의계약 2021.4.14. 건축설계용역 위임 계약 계약사무처리준칙 제37조, OOO 수의계약 2021.4.23. 건축설계용역 입찰 및 낙찰자 결정방법 통보 OOO 2021.5.7. 건축설계용역 입찰 6개사 입찰, 지명경쟁 입찰 2021.5.12. 건축설계용역 계약 지명경쟁 입찰 2021.12.8. 신축공사관련 기본설게 기술검토 의뢰 공사관리준칙 제6조의2 2021.12.20. 소규모 지하안전영향평가 실시 지하안전관리에 관한 특별법 제14조 2021.12.30. 신축공사관련 기본설계도서 검토결과 완료 OOO 2022.1.17. 용인시 건축과 설계 인허가 서류 접수 2022.2.14. 소규모 지하안전영향평가서 제출 2022.3.22. 감리용역 입찰업무 위임 의뢰 OOO 수의계약 2022.3.23. 신축공사관련 실시설계 기술검토 의뢰 공사관리준칙 제6조의3 2022.4.8. 소규모 지하안전영향평가 완료 처분청 2022.4.15. 신축공사관련 실시설계도서 검토결과 완료 OOO 2022.4.28. 용인시 도시계획위원회 종합청사 안건 심의 의결 처분청 2022.4.29 종합청사 감리용역 입찰 6개사 입찰 2022.4.29 종합청사 공사도급 수의시담 OOO 수의계약 2022.5.4. 감리용역 계약체결 OOO 2022.5.4. 감리용역 및 시공사 계약체결 2022.5.20. 사업부지 정리, 펜스설치 및 현장사무소 설치 신고 처분청 2022.5.31. 용인시 건축인허가 교부 처분청 2022.6.1. 공사용 컨테이너 4동 설치 2022.6.2. OOO시 착공계 서류 제출 처분청 2022.6.9. 비산먼지 발생사업 등 신고증명서 처분청 2022.6.30. 공사착공 2024.4. 종합청사 준공예정

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장한다. 지방세특례제한법제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”라 함은 부동산의 취득 이후에 발생한 법령상, 사실상의 장애사유로 당해 부동산을 사용할 수 없게 된 사유 등을 말하는 것이고, 부동산을 취득할 당시에 이미 유예기간 내에 고유 업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 부동산을 고유 업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이며, 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유 업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 부동산을 고유 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두10038 판결, 같은 뜻임)할 것이다. 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 받았으나, 처분청이 유예기간을 9개월 경과한 2022.6.7. 쟁점토지에 현지 출장하여 현황을 확인한 결과, 쟁점토지가 나대지와 자연림으로 확인된 점, 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 전부터 건축물을 건축하는 과정에서 사업성 검토 및 건축설계계약, 설계도검토, 인허가 절차 등 상당한 시간이 걸릴 것을 충분히 예상할 수 있었고, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간에 직접 사용하지 못한 이유가 법령에 의한 금지·제한 등의 외부적인 사유나 처분청의 귀책사유 등의 외부적인 사유가 아닌 청구법인의 내부적인 사유로 보이는 점, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 8개월이 경과한 2021.5.12. 건축설계 용역을 체결하고, 그로부터 1년이 경과한 2022.5.31. 건축허가를 받은 사실에서 내부적으로 유예기간내에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 처분청이 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제7항,국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.