[요지]
① 쟁점감면규정의 단서에 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 경감된 취득세를 추징하고, 2018.12.24. 개정된 쟁점사후관리규정에서 ‘내국법인이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경우를 제외’한 적격합병을 한 합병법인이 3년 이내의 범위에서 각 호에 해당하는 사유를 규정하고 있으므로, ‘발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인(피합병법인)을 합병’한 청구법인의 경우 쟁점사후관리규정의 각 호가 발생한 이유로 감면한 취득세를 추징하여야 할 합병법인으로 볼 수 없음.② 쟁점①이 인용됨에 따라 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략함.
[주 문] OOO시장이 2022.5.9. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, OOO원, 합계 OOO원에 대한 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적) 2018년 12월 개정된 쟁점사후관리규정의 입법취지를 볼 때, 피합병법인의 주식발생총수를 소유한 청구법인과 피합병법인과의 합병(완전모‧자회사 간의 합병)은 적격합병에 해당하므로, 청구법인의 경우 쟁점부동산에 대한 취득세 추징사유가 발생하였다고 볼 수 없다. (가) 완전모‧자회사 간의 합병의 경우 합병 전에도 이미 사실상 하나의 법인으로 보고 있어 법인세법상 적격합병의 요건이 없고, 사후관리 의무 또한 없는 것이다. (나) 법인세법 및 지방세관계법령에서도 적격합병의 경우에는 세율 등에 대한 특례규정을 두고 있는데, 사후관리 요건을 충족하지 못하는 경우라 하더라도 부득이한 사유가 있는 경우에는 추징대상에서 제외하고 있다. (다) 따라서 완전모‧자회사 간의 합병의 경우 법인세법에서 사후관리 의무가 없고, 지방세 관계법령에서도 법인세법의 단서 규정을 인정하고 있으므로 청구법인이 합병 이후 근로자 수 요건을 충족하지 못하였다고 하여 취득세 특례 규정을 배제한 것은 부당하다.
(2) (예비적) 청구법인은 흡수합병을 하기 위하여 취득한 피합병법인의 발행주식총수에 대하여 동일한 과세물건(쟁점부동산)으로 과점주주에 대한 취득세를 납부(부과‧고지분)하였는데, 이중과세 조정을 위해서는 기납부된 과점주주 취득세(가산세 제외) 전액이 기납부세액으로 공제되어야 한다.
(1) (주위적) 쟁점부동산에 대하여 쟁점감면규정 및 쟁점사후관리규정 제3호 규정에 따라 취득세 등을 추징한 것은 정당하다. (가) 세금의 부과는 납세의무 성립 시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전‧후의 법령 중 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이며, 쟁점감면규정의 단서에서 취득세 감면세액 추징 대상을 쟁점사후관리규정 각 호에 해당하는 경우로 규정하고 있을 뿐 법인세법제44조 제3항에 따른 적격합병의 경우를 추징대상에서 배제한다는 별도의 명시규정이 없으므로 추징대상에서 제외할 수 없고(행정안전부 지방세특례제도과-697, 2021.3.23.), 또한 이 건의 경우 쟁점감면규정이 개정되지 않았으므로 2018.12.24. 개정된 법인세법제44조의3 제3항이 아닌 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다. (나) 또한 쟁점감면규정 단서의 괄호에서 명시하고 있는 쟁점사후관리규정 각 호의 부분 단서에서는 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니한다고 규정하고 있는데, 청구법인의 경우 위 부득이한 사유에 해당하지 않는다.
(2) (예비적) 지방세법령에 따르면 ① 과점주주에 대한 취득세의 과세표준은 장부가액으로, 1,000분의 20의 세율을 적용하여 산출하는 것이고, ② 흡수합병으로 인한 취득세는 시가표준액을 과세표준으로 1,000분의 35의 세율을 적용하는 것인데, 시가표준액을 과세표준으로 하여 1,000분의 20의 세율을 적용한 금액(과점주주에 대한 취득세)을 흡수합병으로 인한 취득세에서 차감(이중과세 조정)한 것은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① (주위적) 합병등기일부터 3년 이내에 쟁점사후관리규정 제3호에 해당하는 사유가 발생한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
② (예비적) 기납부한 쟁점부동산에 대한 과점주주 간주취득세 전액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 법인 등기사항일부증명서 및 합병계약서에 따르면, 청구법인은 2014.11.28. 부동산개발사업 등을 영위할 목적으로 설립되었고, 2018.10.31. 피합병법인과 합병계약을 하였으며, 2018.12.17. 피합병법인을 흡수합병하는 등기를 경료하였다. (나) 2018년 12월 작성된 피합병법인의 주주명부에 따르면, 청구법인은 피합병법인의 총주식수 OOO주를 소유하고 있다. (다) 처분청은 2019.9.16. 청구법인에게 피합병법인의 주식을 취득한 것에 대하여 쟁점부동산에 대한 장부가액(OOO원)을 과세표준으로 하여 과점주주에 따른 취득세를 OOO원(가산세 포함)을 부과‧고지하였다. (라) 청구법인과 피합병법인이 합병한 이후, 각 사업연도 종료일 현재 ‘합병법인에 종사하는 근로자 수’가 ‘합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합’이 100분의 80 미만으로 하락하였다는 사실에 대하여 청구법인과 처분청의 다툼은 없다. (마) 처분청은 2022.5.9. 쟁점부동산의 시가표준액을 과세표준으로 하여 1천분의 35의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 당초 신고‧납부한 취득세 등과 과점주주에 대한 취득세 등을 차감하고 가산세를 가산하여 계산한 취득세 등 합계 OOO원을 부과‧고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①을 살피건대, 처분청은 납세의무가 성립될 당시의 법령에 법인세법제44조 제3항에 따른 적격합병의 경우를 추징대상에서 배제한다는 별도의 명시 규정이 없으므로 추징대상에서 제외할 수 없다는 의견이나, 추징처분은 취득세를 감면받은 자가 당초 감면받은 취지에 합당한 사용을 하지 않은 것을 요건으로 한 처분으로서, 감면요건을 갖추지 못한 경우에 대한 본래의 취득세 부과처분과는 요건을 달리하는 별개의 처분이라 할 것(대구고등법원 2010.1.22. 선고 2009누1533 판결)이므로, 쟁점부동산을 취득한 이후 취득세 면제에 관한 규정이 개정된 경우에 있어 그 취득세의 면제대상이 되는 것인지 여부는 그 취득당시의 법률에 따라 판단되어야 할 것이지만, 취득세를 추징할 사유에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 과세요건이 갖추어졌는지 여부가 문제된 위 추징 사유의 발생 당시의 법률에 따라 판단되어야 할 것(대법원 1992.6.9. 선고 91누10725 판결, 같은 뜻임)인바, 쟁점감면규정의 단서에 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 경감된 취득세를 추징하고, 2018.12.24. 개정된 쟁점사후관리규정에서 ‘내국법인이 발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인을 합병하는 경우를 제외’한 적격합병을 한 합병법인이 3년 이내의 범위에서 각 호에 해당하는 사유를 규정하고 있으므로, ‘발행주식총수를 소유하고 있는 다른 법인(피합병법인)을 합병’한 청구법인의 경우 쟁점사후관리규정의 각 호가 발생한 이유로 감면한 취득세를 추징하여야 할 합병법인으로 볼 수 없다. 따라서 처분청이 청구법인이 쟁점감면규정 단서의 쟁점사후관리규정에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 쟁점①이 인용됨에 따라 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항과 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련법률
(1) 지방세특례제한법 (2017.12.26. 법률 제15295호로 일부개정된 것) 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 법인세법 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 재산을 2018년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제하되, 해당 재산이 지방세법 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.
1. 지방세법제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액
(2) 법인세법 (2017.4.18. 법률 제14795호로 개정된 것) 제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.
1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액
2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.
2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것
4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것
③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.
1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우
2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우 제44조의3(적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 제44조 제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.
③ 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우
3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 “근로자”라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우
(3) 법인세법 (2018.12.24. 법률 제14795호로 개정된 것) 제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ③ 적격합병(제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면ㆍ세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우
3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 “근로자”라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우