쟁점토지의 실질 소유자는 남대전교회이므로, 쟁점토지는 남대전교회가 종교행위를 위하여 직접 사용하는 부동산으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2019지1800

[주 문] OOO시 OOO청장이 2022.7.18. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1924.7.3. 설립되어 현재 OOO에서 국내외 선교사업, 교육사업, 구호사업, 사회복지사업 등을 영위하고 있다.
• 나. 청구법인은 2022.4.22. 교단 산하의 소속 교회인 OOO교회(이하 “OOO교회”라 한다) 소유의 OOO 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인 소유의 OOO 임야 OOO㎡(OOO교회가 묘지로 사용하고 있는 임야로 이하 “교환토지”라 한다)와 교환하기로 하는 계약을 체결하였다.
• 다. 청구법인은 2022.6.2. 쟁점토지 취득에 따른 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 라. 청구법인은 2022.7.1. 처분청에 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제50조 제1항에 따라 쟁점토지를 ‘OOO교회’의 예배당 부지로 활용하고 있으므로 기 납부한 취득세 등을 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.7.18. 쟁점토지 소유자(=청구법인)와 쟁점토지에 설치되어 있는 예배당 건물의 소유자(=OOO교회)가 상이하므로 쟁점토지는 청구법인이 종교행위를 위하여 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 청구법인 산하의 소속 개교회인 OOO교회의 예배당 건물 부지로 활용할 목적으로 취득하였는바, 쟁점토지는 종교행위에 직접 사용하는 부동산으로 봄이 타당하므로 취득세를 면제하여야 한다. 특히, 남대전교회는 청구법인에게 교회헌법 규정에 따라 쟁점토지를 명의신탁한 것에 불과하므로, 쟁점토지의 실질 소유자와 이용자는 모두 OOO교회라고 할 것인바, 쟁점토지의 소유자와 이용자가 다르다고 볼 수도 없으므로, 지특법 제50조 제1항 적용 대상에 해당한다. 이와 관련하여 청구법인이 OOO교회에게 교환토지의 소유권을 이전한 이유는 쟁점토지에 대한 대가로 이전한 것이 아니다. 당초 교환토지는 OOO교회가 실질적인 소유권을 보유하면서 묘지로 사용하고 있는데, 교회 헌법에 따라 그 명의만 청구법인이 가지고 있었던 것이다. 그런데 OOO교회에서 묘지에 매장을 하는 등의 과정에서 명의상 소유자와 실질 소유자가 달라 절차가 복잡해지는 문제가 발생하자, 이러한 문제를 해결하기 위하여 청구법인이 실질 소유자인 OOO교회에게 교환토지의 명의를 다시 이전한 것에 불과하다.
• 나. 처분청 의견 지특법 제50조 제1항은 종교단체가 취득한 부동산을 해당 용도에 직접 사용한 경우를 감면대상으로 규정하고 있는데, 쟁점토지 지상에 설치된 예배당은 청구법인이 아닌 OOO교회 소유이므로, 쟁점토지 소유자와 이용자가 상이한 이상 청구법인이 쟁점토지를 종교용으로 직접 사용한 것으로 볼 수 없다. OOO교회는 청구법인의 교단에 소속된 교회이긴 하나, 별도의 정관 및 업무규정, 대표자, 소재지 등 청구법인과는 법인격을 달리하는 등 별개의 종교단체로서 서로 다른 실체를 가지고 있어 동일한 종교단체로 보기 어렵고, 청구법인은 2022.6.2. 쟁점토지를 청구법인 명의로 등기를 하였음에도, OOO교회가 예배당을 설치하여 사용중이므로, 청구법인이 종교용으로 직접 사용하고 있다고 볼 수 없다. 한편, 청구법인은 OOO교회가 쟁점토지를 청구법인에게 명의신탁한 것에 불과하다고 주장하나, 지방세법에서 ‘취득’이란 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이므로, 청구법인이 명의신탁에 의하여 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 마친 경우도 취득세 과세대상이라고 할 것이므로, 실질적인 소유권 유무와 관계없이 청구법인의 취득세 납세의무는 발생하는 것으로 봄이 타당하다. 이와 관련하여 행정안전부 예규[지방세특례제도과-642호, 2021.3.15.) 취득세]에서도 종교단체가 종교용도로 부동산을 사용하던 중 명의신탁한 경우 취득세 추징대상으로 보고 있다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지의 실질 소유자는 OOO교회이므로, 쟁점토지는 OOO교회가 종교행위를 위하여 직접 사용하는 부동산으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(신탁법 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제8조(종중, 배우자 및 종교단체에 대한 특례) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 조세 포탈, 강제집행의 면탈(免脫) 또는 법령상 제한의 회피를 목적으로 하지 아니하는 경우에는 제4조부터 제7조까지 및 제12조 제1항부터 제3항까지를 적용하지 아니한다.

3. 종교단체의 명의로 그 산하 조직이 보유한 부동산에 관한 물권을 등기한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2022.4.22. OOO교회와 청구법인 소유의 OOO 임야 OOO㎡와 쟁점토지를 교환하는 계약을 체결하였다.

(2) 쟁점토지 등기사항증명서에 따르면 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인은 2022.6.2. OOO교회로부터 쟁점토지를 취득한 것으로 확인된다. ＜표1＞ 쟁점토지 등기사항증명서 갑구 내용 중 발췌 [갑구] (소유권에 관한 사항) 순위번호 등기목적 접수 등기원인 권리자 및 기타사항 2 소유권이전 2003.10.31. 제82296호 2003.9.30. 매매 소유자 OOO교회 OOO (중략) 2-1 (생략) 2-2 (생략) 3 소유권이전 2022.6.2. 제21059호 2022.4.22. 교환 소유자 청구법인 OOO (중략)

(3) 청구법인이 제출한 소속증명서에 따르면, OOO교회는 청구법인에 소속된 교회임이 확인된다.

(4) OOO는 법인으로 보는 단체로, 고유번호는 305--072이며, 청구법인은 비영리법인으로 사업자등록번호는 120--*45이다.

(5) OOO교회가 제출한 회의록에 따르면, 2022.2.13. 12시 30분에 쟁점토지를 청구법인에게 수탁하기로 의결한 사실이 확인되며, OOO교회와 청구법인은 2022.4.1. 쟁점토지에 대한 수탁계약서도 작성한 것으로 확인된다. ＜표2＞ OOO교회 회의록(2022.2.13. 12시 30분) 내용 중 발췌 연월일: 2022.2.13. 오후 12시 30분 장소: 당회의실 재적 10명 중 10명이 참석하였으므로 개회 성수가 되어 회장은 본 회가 성회됨을 선포하며 아래와 같이 안건을 토의하며 결의한다.

• 안 건 - ㅇ 의안 안건: 신교육관토지 수탁의뢰건 ※ 수탁 부동산의 표시 토지: 쟁점토지

1. 의장은 상기 부동산을 청구법인에게 수탁하기로 결의하다. (이하 생략) ＜표3＞ 수탁계약서 내용 중 발췌 수탁계약서 위탁자: OOO교회 수탁자: 청구법인 부동산의 표시: 쟁점토지 상기 재산은 남대전교회 재산으로 청구법인에 위탁함에 있어 아래 사항이 발생시에는 상기 재산을 임의처분해도 민·형사상의 이의를 제기하지 않는 조건으로 귀 재단에 위탁합니다.

1. 위탁교회가 적법한 부채로 인하여 부채변제의 필요성이 있을 때

2. 위탁교회 운영으로 인한 부채를 교회가 변제하지 못했을 때

3. 상기 조건 외에 기타 운영상의 문제로 인하여 위탁교회와 유지재단이 합의할 때 (중략) 2022.4.1. 위탁자: OOO교회 대표자 홍○○ 수탁자: 청구법인 이사장

(6) OOO교회는 임시사무총회 기록에 의하면, 쟁점토지 소유권을 청구법인에게 이전하기로 가결한 사실이 확인된다. ＜표4＞ OOO교회 임시사무총회 가결 내용 중 발췌

5. 교회묘지, 신교육관 토지 전환 신청의 건 현재 청구법인 명의로 되어 있는 교회묘지를 OOO교회 명의로 소유권을 이전하고, OOO교회 명의로 되어 있는 쟁점토지를 청구법인 명의로 소유권을 이전하기로 하는 안건에 대하여 헌법 제78조 제9항에 의거하여 투표하니 정회원 605명중 서명동의 462명(위임장 350명, 재석 112명)으로 정회원 3분의2 이상이 찬성하므로 가결되다.

(7) 청구법인의 헌법 제8장 제77조 등 내용은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 헌법 제8장 제77조 등 내용 중 발췌 제8장 재산관리 제77조(재산)

1. 본 교회(총회본부 및 각 기관), 각 지교회가 조성하는 재산 중 종교목적으로 사용하는 재산에 한하여 청구법인 명의로 등기하여 교회복적 기본 재산을 구성한다.

2. 지교회의 토지나 건물 중 직접 종교고유목적에 사용하는 부동산(본당, 교육관, 담임목사 사택, 기도원 및 법률에 의한 면세 부동산)은 청구법인 유지재단 명의로 등기보전하며 지교회에서 관리한다.

3. 총회, 지방회 또는 각 기관이 조성·관리하는 부동산은 유지재단 명의로 등기하여 유지재단의 기본재산으로 보존한다.

4. 제77조 제2항에서 정하지 않는 지교회의 기타 부동산은 각 지교회의 명의로 자체 소유관리한다. 제78조(재산관리 및 용도)

1. 총회의 재산은 총회가 설립한 청구법인 명의로 등기하고, 청구법인으로 하여금 관리하게 한다.

2. 청구법인 명의로 등기되지 아니한 지교회의 기타 부동산은 해당 지교회의 당회나 직원회가 관리·운영한다.

3. 총회와 지교회의 재산은 교인에게 지분권이 없는 재산이므로, 기독교대한성결교회 교리나 규칙에 준수하지 않거나 또는 이탈하는 자는 그 재산의 사용, 처분 및 관리에 참여하지 못한다.

4. 각 지교회, 총회, 지방회 또는 각 기관은 법 제77조 제2, 3항의 부동산 중 청구법인 앞으로 등기되지 아니한 일체의 부동산을 청구법인 명의로 등기하여야 한다. (이하 생략)

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO교회가 쟁점토지를 청구법인에게 명의신탁한 것이라 하더라도 쟁점토지의 소유자는 청구법인이고, 청구법인과 남대전교회는 별개의 소유권 주체이므로 지특법 제50조 제1항에 따른 취득세 면제 대상으로 볼 수 없다는 의견이다. 그러나, 지특법 제50조 제1항 본문 및 제3호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 부분에 대하여 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제8호에서 직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 종교단체가 부동산을 그 용도에 직접 사용한다고 함은 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 종교용으로 직접 사용하는 것을 의미한다 할 것이다(대법원 2015.3.26. 선고 2014두43097 판결, 같은 뜻임). 따라서 사실상 소유자의 지위에서 쟁점토지를 종교용으로 직접 사용하는 경우에도 지특법 제50조 제1항 본문에 따른 감면이 적용된다고 할 것인데, ① 청구법인이 제출한 회의록 등 증거에 의하면 남대전교회는 쟁점토지를 청구법인에게 명의신탁하기로 결의하고(위 ＜표2＞ 회의록 참조), ② 이에 따라 2022.4.1. OOO교회와 청구법인은 쟁점토지를 청구법인에게 명의신탁하기로 계약을 체결(위 ＜표3＞ 수탁계약서 참조)한 사실이 확인되는 점, ③ 청구법인이 쟁점토지를 취득한 이후에도 남대전교회에게 토지사용료를 청구하는 등 소유권자로서 쟁점토지에 대한 권리를 행사한 사실이 확인되지 않는 점, ④ 청구법인 교회 헌법 제8장 제77조에 의하면 지교회는 토지나 건물 중 직접 종교고유목적에 사용되는 부동산은 청구법인 명의로 등기보전하도록 규정하고 있으므로 청구법인의 소속교회로 확인되는 OOO교회는 위 규정에 따라 쟁점토지의 소유권을 청구법인에게 이전할 수 밖에 없었던 것으로 보이는 점, ⑤ 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률제8조 제3호에서는 종교단체의 명의로 그 산하조직이 보유한 부동산에 관한 물권을 등기한 경우 명의신탁을 인정하고 있는 점 등에 비추어 보면, OOO교회는 여전히 사실상의 소유자로서 쟁점토지를 종교용으로 직접 사용하고 있다고 봄이 타당하다(조심 2019지1800, 2019.7.8. 외 다수, 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 청구법인의 쟁점토지 취득에는 지특법 제50조 제1항 본문이 적용되지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.